View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1281_high_3 (Length: 723)

Name: NF1281_high_3
Description: NF1281
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1281_high_3
NF1281_high_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (29-716)||(25996845-25997532)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (66-715)||(12557829-12558478)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 660; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 660; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 716
Target Start/End: Original strand, 25996845 - 25997532
Alignment:
Q  29 agattcaacctcgatttcaagccggtcgataagtacgcggatattgtccaaatccttaatagctacataagtaccagcttgcattgagccaataacttct 128  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25996845 agattcaacctcgatttcaagccgatcgataagcacgcggatgttgtccaaatccttgatggctacataagtaccagcttgcattgagccaataacttct 25996944  T
Q  129 ttctgtcctttcaatgcaatttcatagtttctccaaagtgaatcaatccattttcccatcgaaccgatagggatcgatgtagcggctgctaaagccgcag 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25996945 ttctgtcctttcaatgcaatttcatagtttctccaaagtgaatcaatccattttcccatcgaaccgatagggatcgatgtagcggctgctaaagccgcag 25997044  T
Q  229 caacaggtggagctgcaatagctgcagccacaacagaacatattaaaacagctgcaaatgttgctacaaatatcatacttgaaactttcctccatgaatg 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25997045 caacaggtggagctgcaatagctgcagccacaacagaacatattaaaacagctgcaaatgttgctacaaatatcatacttgaaactttcctccatgaatg 25997144  T
Q  329 aattcctttcagcttcttatcaagcttgttctttctgatttgaagcttttcaagcattgaagtctgttgcttataaacagattgaaaaatttggaaaaat 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25997145 aattcctttcagcttcttatcaagcttgttctttctgatttgaagcttttcaagcattgaagtctgttgcttataaacagattgaaaaatttggaaaaat 25997244  T
Q  429 tcctcagtgaaaggatcaccagctgttttaaaattcttcaattcttgcaatgttcttgcatagcatttgtctcctgattcagattcttcctcgaaccgtt 528  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25997245 tcctcagtgaaaggatcaccagctgttttaaaattcttcaattcttgcaatgttcttgcatagcatttgtctcctgattcagattcttcctcgaaccgtt 25997344  T
Q  529 gaatcgcaacaagaataagcaattggctatccctagctcttttcaagcacttctccaatgcagtgcagaaatccaatgtctgcaaactgttttcaaaata 628  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25997345 gaatcgcaacaagaataagcaattggctatccctagctcttttcaagcacttctccaatgcagtgcagaaatccaatgtttgcaaactgttttcaaaata 25997444  T
Q  629 ttcttcaaccagctcaaacagttcttggctgttccatatgtctttcttgcaatccaagattactttcacaacttcttgattcatctca 716  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25997445 ttcttcaaccagctcaaacagatcttggctgttccatatgtctttcttgcaatccaagattactttcacaacttcttgattcatctca 25997532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 66 - 715
Target Start/End: Original strand, 12557829 - 12558478
Alignment:
Q  66 cggatattgtccaaatccttaatagctacataagtaccagcttgcattgagccaataacttctttctgtcctttcaatgcaatttcatagtttctccaaa 165  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||| ||| |||||||  | | ||||| || || |||||||||||| ||||||||||  ||  ||    
T  12557829 cggatattgtccaaatcctttatagctacataggatccaacttccattgagatagttacttccttatgacctttcaatgcattttcatagttcttcataa 12557928  T
Q  166 gtgaatcaatccattttcccatcgaaccgatagggatcgatgtagcggctgctaaagccgcagcaacaggtggagctgcaatagctgcagccacaacaga 265  Q
    |||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| |  ||| | || |||| ||| || |||||| ||||||  |||| |||||| || ||||| ||    
T  12557929 gtgagtcgatccactttcccattgaaccaattgggatagcagtaacagcagctacagcagctgcaacatgtggagaagcaacagctgctgctacaactga 12558028  T
Q  266 acatattaaaacagctgcaaatgttgctacaaatatcatacttgaaactttcctccatgaatgaattcctttcagcttcttatcaagcttgttctttctg 365  Q
     || || |||||||  |||| ||| ||||||||||| |||   || || ||||||||   | | |||  ||| || ||||| |||||||||   ||||||    
T  12558029 gcagatcaaaacagaagcaactgtggctacaaatatgataaacgacaccttcctccaaatacggatttgttttagtttcttgtcaagcttgccttttctg 12558128  T
Q  366 atttgaagcttttcaagcatt-gaagtctgttgcttataaacagattgaaaaatttggaaaaattcctcagtgaaaggatcaccagctgttttaaaattc 464  Q
    | ||  |  || ||||||||  | | | || || ||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||  | |  |||||| ||    
T  12558129 agtttcaatttctcaagcatgagtact-tgctgattataaacagattgatatatttggaagaattcttcagtgaaaggatcaccgacagccttaaaactc 12558227  T
Q  465 ttcaattcttgcaatgttcttgcatagcatttgtctcctgattcagattcttcctcgaaccgttgaatcgcaacaagaataagcaattggctatccctag 564  Q
    ||||  || || || ||  |  | ||||| |||||||| ||  ||| ||| || || |||  |||||  || |||  |||||||||||| |||||||| |    
T  12558228 ttcagctcctgtaacgtcttcacgtagcaattgtctcccgacacagtttcctcatcaaacttttgaagagctacatcaataagcaattgactatccctgg 12558327  T
Q  565 ctcttttcaagcacttctccaatgcagtgcagaaatccaatgtctgcaaactgttttcaaaatattcttcaaccagctcaaacagttcttggctgttcca 664  Q
    |||| ||||  |||||||| || ||| |||||||||| |  |||| ||| || || ||||| || || ||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  12558328 ctctcttcagacacttctctaaagcattgcagaaatctagagtcttcaagctattatcaaagtactcctcaacaagctcaaacagttcttgactcttcca 12558427  T
Q  665 tatgtctttcttgcaatccaagattactttcacaacttcttgattcatctc 715  Q
    ||| |||||||| || || |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  12558428 tatatctttcttacagtctaagattaccttcacaacttcctgattcatctc 12558478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University