View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12832_low_5 (Length: 536)

Name: NF12832_low_5
Description: NF12832
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12832_low_5
NF12832_low_5
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (9-517)||(44395854-44396362)
chr4 (211-320)||(53395498-53395607)
chr4 (109-165)||(53395396-53395452)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (89-430)||(6971021-6971362)
chr1 (139-433)||(6968259-6968553)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (214-430)||(11449895-11450111)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (205-433)||(1800807-1801035)
chr7 (79-116)||(1800681-1800718)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (203-434)||(2842237-2842468)
chr6 (211-439)||(2828887-2829115)
chr6 (211-434)||(2833152-2833375)
chr6 (211-434)||(2865840-2866063)
chr6 (211-434)||(2885030-2885253)
chr6 (211-434)||(2860461-2860684)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 472; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 517
Target Start/End: Original strand, 44395854 - 44396362
Alignment:
Q  9 gaggagcagagagaggaaattgtatacaaacagtcctggttacaaatggcctagctataagcaaactatgtggagtcacattgtttttgaacatcctgca 108  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44395854 gaggaacagacagaggaaattgtatacaaacagtcctggttacaaatggcctagctataagcaaactatgtggagtcacattgtttttgaacatcctgca 44395953  T
Q  109 acttttgaaacaatggctatggaacctcagaagaagaaagagattattgaagatttggttacttttagtaaaagtaaggatttttatgctaggattggta 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44395954 acttttgaaacaatggctatggaacctcagaagaagaaagagattattgaagatttggttacttttagtaaaagtaaggatttttatgctaggattggta 44396053  T
Q  209 aagcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgtttatga 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44396054 aagcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgtttatga 44396153  T
Q  309 tttggagttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgattgttca 408  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44396154 tttagagttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgattgttca 44396253  T
Q  409 cttgatcttacaggtcaaaggaagaaaaaaggtgaaagtaagnnnnnnnctgatgatgagaacgaaaataaggctaattttgatgctgtgaggaaggagg 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44396254 cttgatcttacaggtcaaaggaagaaaaaaggtgaaagtaagtttttttctgatgatgagaatgaaaataaggctaattttgatgctgtgaggaaggagg 44396353  T
Q  509 tgaaggaag 517  Q
    |||||||||    
T  44396354 tgaaggaag 44396362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 211 - 320
Target Start/End: Original strand, 53395498 - 53395607
Alignment:
Q  211 gcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgtttatgatt 310  Q
    ||||||||||| |||||| | |||| |||||||||||| ||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||    
T  53395498 gcttggaaaagaggttatcttctttatggtcctccaggaactggaaaatctagcatgattgctgctatggctaattttcttggttatgatatttatgatt 53395597  T
Q  311 tggagttaac 320  Q
    ||||||||||    
T  53395598 tggagttaac 53395607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 165
Target Start/End: Original strand, 53395396 - 53395452
Alignment:
Q  109 acttttgaaacaatggctatggaacctcagaagaagaaagagattattgaagatttg 165  Q
    |||||||| ||| |||||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||||    
T  53395396 acttttgatacattggctatggatcctatgaagaagaaagagattatggaagatttg 53395452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 89 - 430
Target Start/End: Original strand, 6971021 - 6971362
Alignment:
Q  89 ttgtttttgaacatcctgcaacttttgaaacaatggctatggaacctcagaagaagaaagagattattgaagatttggttacttttagtaaaagtaagga 188  Q
    |||| |||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||     |||||||||||  ||| ||||| ||| |  |||| |||||||||  |   ||    
T  6971021 ttgtgtttgaacatccttcaacatttgaaacattagctatggatttcgagaagaagaaaatgatcattgatgatcttattacatttagtaaagctggtga 6971120  T
Q  189 tttttatgctaggattggtaaagcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttg 288  Q
     || ||||| || ||||| |  ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  6971121 attctatgcaagaattggaagggcttggaaaagaggttatttactttatggtcctccagggactggaaagtcaacaatgattgctgccatggcaaatttg 6971220  T
Q  289 ttgggttatgatgtttatgatttggagttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgtta 388  Q
    || || |||||| |||||||| | || || || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||| |    
T  6971221 ttaggctatgatctttatgatcttgaattgactgctgttaaggataacactgagttgaggaagcttttgattgagacatcaagtaagtctataattgtga 6971320  T
Q  389 ttgaagacattgattgttcacttgatcttacaggtcaaagga 430  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||    
T  6971321 ttgaagatattgattgttcacttgatttgactggtcaaagga 6971362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 139 - 433
Target Start/End: Original strand, 6968259 - 6968553
Alignment:
Q  139 aagaagaaagagattattgaagatttggttacttttagtaaaagtaaggatttttatgctaggattggtaaagcttggaaaaggggttatttactttttg 238  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| | ||||| || |||||   ||| || | |||||| |  ||||| ||  ||||||| || || ||||| |||| ||    
T  6968259 aagaagaaagagattgttgatgatcttgttacattcagtaaggctaaagagtattatgcaaaaattggcaagccttggaagagaggctatttgctttatg 6968358  T
Q  239 gtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgtttatgatttggagttaacagcagtgaaggataatac 338  Q
    |||||||||| || || |||||| || |  |||||||||| |||||||| |||   |||||| |||||||  | ||||||||    |||||  ||||| |    
T  6968359 gtcctccaggaacaggaaaatcatcactagttgctgctattgctaattttttgaagtatgatatttatgacattgagttaaccaatgtgaaaaataatgc 6968458  T
Q  339 tgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgattgttcacttgatcttacaggtcaaaggaaga 433  Q
    |||||| ||||| ||||||||||  |  || ||||||||| || ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||    
T  6968459 tgagttaaggaaacttttgattggaatcacgagtaagtcagttgttgttatagaagatattgattgttcgcttgatcttaccggtcagaggaaga 6968553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 214 - 430
Target Start/End: Original strand, 11449895 - 11450111
Alignment:
Q  214 tggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgtttatgatttgg 313  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||  | |    
T  11449895 tggaaaagaggttatttactttatggtcctccagggactggaaagtcaacaatgattggtgctatggctaatctgttaagttatgatctttatgaccttg 11449994  T
Q  314 agttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgattgttcacttga 413  Q
    | || || || ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||   ||||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  11449995 aattgactgctgtgaaggataacactgcattgaggaagcttttgattgagatatcaagtaaatctataattgtgattgaagatatagattgttcacttga 11450094  T
Q  414 tcttacaggtcaaagga 430  Q
    | | || ||||||||||    
T  11450095 tttgactggtcaaagga 11450111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 205 - 433
Target Start/End: Original strand, 1800807 - 1801035
Alignment:
Q  205 ggtaaagcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgttt 304  Q
    ||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| || ||||| || |||||||| |||||  ||   ||||||||||    
T  1800807 ggtaaggcttggaaacgcggttatttactttatggtcctccaggaacaggtaaatctactatgatagccgctatggcgaatttcatgaactatgatgttt 1800906  T
Q  305 atgatttggagttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgattg 404  Q
    ||||| | || ||||| || || ||||||||||| ||||| || ||| | || ||||||||| | |||||  | ||||| ||| ||||||| ||||||||    
T  1800907 atgatcttgaattaaccgcggttaaggataataccgagttaagaaagttgttaattgagacttctagtaaagctattatagttgttgaagatattgattg 1801006  T
Q  405 ttcacttgatcttacaggtcaaaggaaga 433  Q
    |||||||||| ||||  | ||||||||||    
T  1801007 ttcacttgattttactagccaaaggaaga 1801035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 79 - 116
Target Start/End: Original strand, 1800681 - 1800718
Alignment:
Q  79 tggagtcacattgtttttgaacatcctgcaacttttga 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1800681 tggagtcacattgtttttgaacatcctgcgacttttga 1800718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 203 - 434
Target Start/End: Original strand, 2842237 - 2842468
Alignment:
Q  203 ttggtaaagcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgt 302  Q
    |||| |||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||  | ||||| ||||||||  ||   ||||||||    
T  2842237 ttggaaaagcttggaaacgtggttatctactttttggtcctccaggaaccggtaaatctaccatgatatcggctattgctaatttcatgaactatgatgt 2842336  T
Q  303 ttatgatttggagttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgat 402  Q
     |||||| | || ||||||   || |||||||| | ||||||||  |  ||||||||||||||  | ||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  2842337 gtatgatcttgaattaacaattgtcaaggataacaatgagttgaaaagacttttgattgagacgtcgagtaaatcgattattgttattgaagatattgat 2842436  T
Q  403 tgttcacttgatcttacaggtcaaaggaagaa 434  Q
    ||||| || ||||| || || |||||||||||    
T  2842437 tgttctctcgatctcaccgggcaaaggaagaa 2842468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 211 - 439
Target Start/End: Original strand, 2828887 - 2829115
Alignment:
Q  211 gcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgtttatgatt 310  Q
    ||||||||| | |||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||  | ||||| ||||||||  ||  ||||||||| ||||||     
T  2828887 gcttggaaacgtggttatctactttttggtcctcctggaactggaaaatctacgatgatatcagctattgctaatttcatgaattatgatgtgtatgatc 2828986  T
Q  311 tggagttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgattgttcact 410  Q
    | ||||||||| |  | ||| |||| | ||||||||  |  |||||||| |||||  | ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||    
T  2828987 ttgagttaacaactatcaagaataacaatgagttgaaaagacttttgatcgagacgtcgagtaaatcgattatagttattgaagatattgattgttctct 2829086  T
Q  411 tgatcttacaggtcaaaggaagaaaaaag 439  Q
    |||||| || || ||||| ||||| ||||    
T  2829087 tgatctcaccggccaaagaaagaagaaag 2829115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 211 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 2833375 - 2833152
Alignment:
Q  211 gcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgtttatgatt 310  Q
    ||||||||| | |||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||| || |||||  | ||||| || ||||   ||   |||||||| ||||||     
T  2833375 gcttggaaacgtggttatctactttatggtcctccaggaactggaaaatctactatgatatcagctatagcaaattacatgaactatgatgtgtatgatc 2833276  T
Q  311 tggagttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgattgttcact 410  Q
    | || |||||| | || |||||||| | |||||||| ||  ||||||||||| ||  ||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||    
T  2833275 ttgaattaacaactgttaaggataacaatgagttgaagagacttttgattgaaacgtcaagtaaatcgattatagttatcgaagatattgattgttctct 2833176  T
Q  411 tgatcttacaggtcaaaggaagaa 434  Q
     ||||| || || |||||||||||    
T  2833175 cgatctcactgggcaaaggaagaa 2833152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 211 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 2866063 - 2865840
Alignment:
Q  211 gcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgtttatgatt 310  Q
    ||||||||| | |||||| |||| | |||||| ||||| ||||| ||||| || |||||  ||||||| || |||||  ||   || ||||| ||||||     
T  2866063 gcttggaaacgcggttatctactctatggtccaccaggaactgggaaatctaccatgatatctgctattgcaaatttcatgaactacgatgtatatgatc 2865964  T
Q  311 tggagttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgattgttcact 410  Q
    | || |||||| | || |||||||| | ||||||||  |  ||||||||||||||  | || || ||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||    
T  2865963 ttgaattaacaactgtcaaggataacaatgagttgaaaacacttttgattgagacgtcgagcaaatcagttatcgttattgaagatattgattgttctct 2865864  T
Q  411 tgatcttacaggtcaaaggaagaa 434  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||    
T  2865863 tgagcttaccggtcaaaggaagaa 2865840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 211 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 2885253 - 2885030
Alignment:
Q  211 gcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgtttatgatt 310  Q
    ||||||||| |||||||| |||||| |||||| ||||| ||||| ||||| || |||||  | ||||| || |||||  ||   || ||||| ||||||     
T  2885253 gcttggaaacggggttatctactttatggtccaccaggaactgggaaatctaccatgatatcggctattgcaaatttcatgaactacgatgtatatgatc 2885154  T
Q  311 tggagttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgattgttcact 410  Q
    | || |||||  | || |||||||| | ||||||||  |  ||||||||||||||  |||| || ||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||    
T  2885153 tagaattaaccactgtcaaggataacaatgagttgaaaacacttttgattgagacgtcaagcaaatcagttatcgttattgaagatattgattgttctct 2885054  T
Q  411 tgatcttacaggtcaaaggaagaa 434  Q
     || ||||| ||||||||||||||    
T  2885053 cgagcttactggtcaaaggaagaa 2885030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 211 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 2860684 - 2860461
Alignment:
Q  211 gcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgtttatgatt 310  Q
    ||||||||| |||||||| |||| | |||||| ||||| ||||| ||||| || |||||  ||||||| || |||||  ||   || || || ||||||     
T  2860684 gcttggaaacggggttatctactctatggtccaccaggaactgggaaatctaccatgatatctgctattgcaaatttcatgaactacgacgtgtatgatc 2860585  T
Q  311 tggagttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgattgttcact 410  Q
    | || |||||| | || |||||||| | |||||| |  |  ||||||||||||||  | || || ||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||    
T  2860584 ttgaattaacaactgtcaaggataacaatgagttaaaaagacttttgattgagacgtcgagcaaatcagttatcgttattgaagatattgattgttctct 2860485  T
Q  411 tgatcttacaggtcaaaggaagaa 434  Q
     || ||||| ||||| ||||||||    
T  2860484 cgagcttaccggtcagaggaagaa 2860461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University