View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12833_low_1 (Length: 866)

Name: NF12833_low_1
Description: NF12833
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12833_low_1
NF12833_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-851)||(38198683-38199520)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 719; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 719; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 851
Target Start/End: Complemental strand, 38199520 - 38198683
Alignment:
Q  14 cagagaacagttcaaccaatgggcagctgacttggctgcacggcacaattacaatgtggagtttagtggggttggtggttttgctgatgttgaaccaggt 113  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38199520 cagagaacagttcaaccagtgggcatctgacttggctgcacggcacaattacaatgtgaagtttagtggggttggtggttttgctgatgttgaaccaggt 38199421  T
Q  114 tttgcttcacagattgctgtgttcaaaagagaatggagtcatgaagatgaagtccagacgcatactgatgatatagatagccattataatgtaatatggg 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38199420 tttgcttcacagattgctgtgttcaaaagagaatggagtcatgaagatgaagtccagacgcatactgatgatatagatagccattataatgtaatatggg 38199321  T
Q  214 aatggagtagcaaaaagaaataacnnnnnnnn-ctttaaa-gaagctaacagaatgagacttatatagttctgattgccgggcttgcaagaagacaacca 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||         ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  38199320 aatggagtagcaaaaagaaataactttttttttctttaaaagaagctaacagaatgagacttatatagttctgattgctgggcttgcaagaagacaaccg 38199221  T
Q  312 aagtagaatggatgctaggaaataagggaaagaagtattgataggtttagttaagggatagagtctgaaattgctaggatatatgtggggagatattttg 411  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38199220 aaatagaatggatgctaggaaataagggaaagaagtattgataggtttagttaagggatagaatctgaaattgctaggatatatgtggggagatattttg 38199121  T
Q  412 cggagctggatggttaaaaagttagggtcttcccctagggtgacatgaagtttaaaagaatacacatgttggttttttatggtagaatcctattattatt 511  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38199120 tggagctggatggttaaaaagttagggtcttcccctaggctgacatgaagtttaaaagaatacacatgttggttttttatggtagaatcctattattatt 38199021  T
Q  512 ttattataaagataatggcgatgtttggtttattttgcatccgagacaagagattgtgttttggtttttcatcaattcattcggcgtattcaaaacacta 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38199020 ttattataaagataatggcgatgtttggtttattttgcatccgagacaagagattgtgttttggtttttcatcaattcattcggcgtattcaaaacacta 38198921  T
Q  612 ata-aaaaggttgtatgtttaactttttaaatatcaactattcgtaagagcagattgaaagataagataatttctataaatgaagttcaacacatagtag 710  Q
    ||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||    
T  38198920 ataaaaaaagttgtatatttaactttttaaatatcaactattcgtaagagcagattgaaagataagataattgctataaatgaagttcaacaca---tag 38198824  T
Q  711 tggctgtaagatatacgtacatgacccacgaaaatattttaaagagacatttgcttgagttaaataaatttgaaacattttacagaaaacaagacaaata 810  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38198823 tggctgtaagatatacgtacatgacccatgaaaatattttaaagagacatttgcttgagttaaagaaatttgaaacattttacagaaaacaagacaaata 38198724  T
Q  811 cgcataaaatgcaggaacatgtaagctagaacgtaacaact 851  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38198723 cgcataaaatgcaggaacatgtaagctagaacataacaact 38198683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University