View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12833_low_5 (Length: 453)

Name: NF12833_low_5
Description: NF12833
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12833_low_5
NF12833_low_5
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (1-406)||(44962967-44963372)
chr7 (1-265)||(20046517-20046785)
chr7 (2-349)||(28124610-28124962)
chr7 (2-323)||(4895468-4895792)
chr7 (2-265)||(28126437-28126703)
chr7 (88-211)||(37405559-37405682)
chr7 (175-269)||(44962224-44962318)
chr7 (2-112)||(28014296-28014406)
chr7 (2-112)||(25471794-25471904)
chr7 (2-86)||(8405631-8405715)
chr7 (222-323)||(6323957-6324058)
chr7 (99-161)||(36989570-36989632)
chr7 (71-146)||(4880267-4880343)
chr7 (263-314)||(21631461-21631513)
chr7 (233-267)||(36989612-36989646)
chr7 (149-202)||(21631159-21631212)
chr7 (149-202)||(21633120-21633173)
chr7 (78-154)||(4571066-4571144)
chr7 (163-211)||(25471955-25472003)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (1-309)||(23564697-23565006)
chr4 (1-265)||(7040306-7040570)
chr4 (1-254)||(18656064-18656317)
chr4 (2-349)||(52520458-52520810)
chr4 (1-265)||(23566391-23566626)
chr4 (2-265)||(52518702-52518968)
chr4 (21-184)||(54296454-54296617)
chr4 (83-211)||(3529251-3529379)
chr4 (83-211)||(23985773-23985901)
chr4 (13-211)||(52545137-52545333)
chr4 (119-265)||(3274580-3274726)
chr4 (13-99)||(56074680-56074766)
chr4 (111-211)||(24807423-24807522)
chr4 (263-323)||(18807593-18807655)
chr4 (161-211)||(18395816-18395866)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (1-265)||(30224175-30224439)
chr8 (1-265)||(5567371-5567635)
chr8 (1-267)||(3375456-3375711)
chr8 (1-265)||(25248957-25249215)
chr8 (13-267)||(31032038-31032287)
chr8 (1-253)||(6428699-6428950)
chr8 (13-231)||(3379149-3379366)
chr8 (71-182)||(36535924-36536035)
chr8 (149-211)||(14935576-14935638)
chr8 (1-50)||(36535873-36535922)
chr8 (13-86)||(19473656-19473728)
chr8 (13-86)||(19544581-19544653)
chr8 (13-86)||(19588043-19588115)
chr8 (214-265)||(5567676-5567727)
chr8 (13-100)||(14939625-14939711)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (1-265)||(29758065-29758329)
chr2 (30-122)||(8759115-8759207)
chr2 (86-256)||(20516051-20516227)
chr2 (199-267)||(8759203-8759271)
chr2 (259-386)||(18776617-18776746)
chr2 (13-112)||(18612074-18612174)
chr2 (210-260)||(31155713-31155763)
chr2 (271-323)||(25306655-25306708)
chr2 (263-314)||(17308534-17308586)
chr2 (151-211)||(18739671-18739730)
[»] chr6 (25 HSPs)
chr6 (1-309)||(19645322-19645631)
chr6 (1-323)||(5378616-5378942)
chr6 (1-265)||(5376820-5377087)
chr6 (49-268)||(15149108-15149334)
chr6 (1-241)||(1088675-1088915)
chr6 (88-211)||(15868391-15868514)
chr6 (88-211)||(33866098-33866221)
chr6 (88-211)||(15866579-15866702)
chr6 (88-211)||(33869245-33869368)
chr6 (197-294)||(9414935-9415032)
chr6 (2-183)||(9415095-9415276)
chr6 (210-286)||(9415031-9415107)
chr6 (2-108)||(8915570-8915676)
chr6 (83-211)||(14611083-14611210)
chr6 (140-211)||(32079909-32079980)
chr6 (2-108)||(20985831-20985937)
chr6 (11-72)||(24544757-24544818)
chr6 (88-211)||(28884363-28884487)
chr6 (263-323)||(33869174-33869235)
chr6 (263-323)||(15868320-15868381)
chr6 (151-211)||(14620510-14620570)
chr6 (227-265)||(30376227-30376265)
chr6 (83-159)||(14618975-14619050)
chr6 (263-323)||(14620439-14620500)
chr6 (2-30)||(31528957-31528985)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (1-268)||(17449253-17449519)
chr1 (2-265)||(16808601-16808867)
chr1 (88-211)||(9312028-9312151)
chr1 (88-211)||(3282800-3282923)
chr1 (88-211)||(3284501-3284624)
chr1 (88-211)||(9310411-9310534)
chr1 (160-265)||(48940621-48940726)
chr1 (119-211)||(37664695-37664787)
chr1 (119-211)||(37674417-37674509)
chr1 (119-211)||(37702185-37702277)
chr1 (4-164)||(48941646-48941810)
chr1 (111-211)||(902076-902175)
chr1 (21-211)||(5924828-5925006)
chr1 (263-323)||(3284430-3284491)
chr1 (228-265)||(51020572-51020609)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (1-267)||(1139956-1140210)
chr3 (1-265)||(17402804-17403071)
chr3 (1-265)||(6789565-6789829)
chr3 (111-211)||(20302625-20302725)
chr3 (119-211)||(20327167-20327259)
chr3 (263-323)||(4608927-4608988)
chr3 (111-168)||(41874441-41874497)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (13-211)||(58785-58982)
[»] scaffold0251 (2 HSPs)
scaffold0251 (88-211)||(6225-6348)
scaffold0251 (263-319)||(6158-6215)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (29-211)||(39144-39325)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (88-211)||(39787168-39787291)
chr5 (40-211)||(25076176-25076348)
chr5 (40-211)||(25134145-25134317)
chr5 (263-331)||(4895939-4896010)
chr5 (15-86)||(20012959-20013029)
chr5 (111-155)||(6569888-6569932)
chr5 (272-323)||(33689796-33689848)
chr5 (263-323)||(25502243-25502305)
chr5 (263-323)||(10412181-10412242)
[»] scaffold0311 (1 HSPs)
scaffold0311 (281-384)||(14914-15018)
[»] scaffold0189 (1 HSPs)
scaffold0189 (2-93)||(19063-19153)
[»] scaffold0245 (1 HSPs)
scaffold0245 (275-323)||(11027-11076)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 44963372 - 44962967
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  44963372 gtcatagatgtaagtaagatagcaagcataagagtattcatgagggagatactcaaagaaattcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 44963273  T
Q  101 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44963272 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattaatttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 44963173  T
Q  201 atagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattcaca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44963172 atagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattcaca 44963073  T
Q  301 atttgagttcgaaatacaatgaattacaattgaaatttgcatactataaggacgaagtaaaacataaggtgtaaactagtaaaagacaagaaaatgatga 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  44963072 atttgagtttgaaatacaatgaattacaattgaaatttgcatactataaggacgaagtaaaacataaggtgtaaactagtaaaagacaagaaactgatga 44962973  T
Q  401 aatgga 406  Q
    ||||||    
T  44962972 aatgga 44962967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 265
Target Start/End: Original strand, 20046517 - 20046785
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattga-aaaaagataatga 99  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  20046517 gtcatagatgtaagcgagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaaagatattga 20046616  T
Q  100 atgagtacaatagtgttcctatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaa 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20046617 atgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaa 20046716  T
Q  199 ctatagttgattac--taactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 265  Q
    ||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  20046717 ctatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaa 20046785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 2 - 349
Target Start/End: Original strand, 28124610 - 28124962
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaa--aaaagataatga 99  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||  |  |||  | ||| |||| | |||  |  ||||||| ||||    
T  28124610 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaa-tgaaaatatttgattaaaagatgatga 28124708  T
Q  100 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaac 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28124709 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 28124808  T
Q  200 tatagttgattac--taactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattc 297  Q
    |||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28124809 tatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaacagcctccctcaaactcaaaatggggaaattc 28124908  T
Q  298 a-caatttgagttcgaaatacaatg-aattacaattgaaatttgcatactataa 349  Q
    | ||||||||| | | ||||||||| || |||||||| |||||  |||||||||    
T  28124909 accaatttgagcttggaatacaatgaaagtacaattggaatttatatactataa 28124962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 2 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 4895792 - 4895468
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaa-aaaagataatgaa 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||  |||||||||||| ||  |  |||  | ||| |||||| |||||  ||||||| |||||    
T  4895792 tcatagatgtaagcaagagagcaaacataagagtactcatctgggagatactcatagagatccatattggaa-tgaatatattgattaaaagatgatgaa 4895694  T
Q  101 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4895693 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaaataactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaact 4895594  T
Q  201 atagttgattac--taactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattca 298  Q
    ||||||||||||  | |||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  4895593 atagttgattacaattactctaatctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaacagcctccctcaaactcaaaatggggaaaatca 4895494  T
Q  299 -caatttgagttcgaaatacaatgaa 323  Q
     ||||||||| | | |||||||||||    
T  4895493 ccaatttgagcttggaatacaatgaa 4895468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 2 - 265
Target Start/End: Original strand, 28126437 - 28126703
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaa--aaaagataatga 99  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||  |  |||  | ||| |||| | |||  |  ||||||| ||||    
T  28126437 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaa-tgaaaatatttgattaaaagatgatga 28126535  T
Q  100 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaac 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28126536 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 28126635  T
Q  200 tatagttgattac--taactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 265  Q
    |||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  28126636 tatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaa 28126703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 88 - 211
Target Start/End: Original strand, 37405559 - 37405682
Alignment:
Q  88 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttac 187  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  37405559 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttat 37405658  T
Q  188 ttatcaactaactatagttgatta 211  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  37405659 ctatcaactaactatagttgatta 37405682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 175 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 44962318 - 44962224
Alignment:
Q  175 aaccctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaatagc 269  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  44962318 aaccctagtttacttatcaactaactatagttgattactcactcaagtctaactaccttaactaacttcacataacttccaactatgttaatagc 44962224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 2 - 112
Target Start/End: Original strand, 28014296 - 28014406
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaat 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  |||    
T  28014296 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtgctcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgaataat 28014395  T
Q  102 gagtacaatag 112  Q
    |||||||||||    
T  28014396 gagtacaatag 28014406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 2 - 112
Target Start/End: Original strand, 25471794 - 25471904
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaat 101  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| || | | | |||||||||| | || |||||||| || ||||||||||||||| ||||||| |  |||    
T  25471794 tcatagatgtaagaaagatagcaagcataagattattcacgtgggagatactaatagaaactcattatataaatgaatagattgataaaagatgaataat 25471893  T
Q  102 gagtacaatag 112  Q
    |||||||||||    
T  25471894 gagtacaatag 25471904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 2 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 8405715 - 8405631
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattga 86  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| | ||| |||||||| ||  || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  8405715 tcatatatgtaagcaaaatagcaagcataagagtattcatgggggagataatcgtagaaactcattgtagaaatgactagattga 8405631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 222 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 6324058 - 6323957
Alignment:
Q  222 tctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattcacaatttgagttcgaaatacaatg 321  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||| | ||||| |||| |  || |||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||   |||||||||    
T  6324058 tctaactatctaaactaactccacataactttctactattttaacaatctacctcaaactcaaaatggggaaatccactatttgagtttcgaatacaatg 6323959  T
Q  322 aa 323  Q
    ||    
T  6323958 aa 6323957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 99 - 161
Target Start/End: Original strand, 36989570 - 36989632
Alignment:
Q  99 aatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttc 161  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||||||    
T  36989570 aatgactacaataatgtttctatatatagagattagtttgaataactaactctacataacttc 36989632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 71 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 4880343 - 4880267
Alignment:
Q  71 gaaatgaat-agattgaaaaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaacta 146  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||| ||  ||||||||    
T  4880343 gaaatgaattagattgataaaagatgatgaatgagtataatggtgttcatatatatcgagattaattgaagtaacta 4880267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 263 - 314
Target Start/End: Original strand, 21631461 - 21631513
Alignment:
Q  263 taatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattca-caatttgagttcgaaa 314  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  21631461 taatagtccccctcaaactcaaaatgggaaaattcaccaatttgagtttgaaa 21631513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 233 - 267
Target Start/End: Original strand, 36989612 - 36989646
Alignment:
Q  233 taactaactccacataacttccaactatcttaata 267  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36989612 taactaactctacataacttccaactatcttaata 36989646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 202
Target Start/End: Original strand, 21631159 - 21631212
Alignment:
Q  149 tctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactat 202  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  21631159 tctaactaactcctaacctaccaactaaccatagtttacatatcaactaactat 21631212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 202
Target Start/End: Original strand, 21633120 - 21633173
Alignment:
Q  149 tctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactat 202  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  21633120 tctaactaactcctaacctaccaactaaccatagtttacatatcaactaactat 21633173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 78 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 4571144 - 4571066
Alignment:
Q  78 atagattgaaaaaagataatgaa--tgagtacaat-agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaac 154  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  4571144 atagattgataaaagataatgaaaatga-tacaatgagtgttcatatatatagagattagttgaagtaattaactctaac 4571066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 163 - 211
Target Start/End: Original strand, 25471955 - 25472003
Alignment:
Q  163 aaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    |||||| |||||||| |||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  25471955 aaccaacctactaactctagttaacctatcaactaactatagttaatta 25472003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Original strand, 23564697 - 23565006
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23564697 gtcatagatgtaagcaaaatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 23564796  T
Q  101 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23564797 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 23564896  T
Q  201 atagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattc-ac 299  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||  |    
T  23564897 atagttgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaacagcctccctcaaactcaaaacggggaaattcgcc 23564996  T
Q  300 aatttgagtt 309  Q
    ||||||||||    
T  23564997 aatttgagtt 23565006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 7040570 - 7040306
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7040570 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 7040471  T
Q  101 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  7040470 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 7040371  T
Q  201 atagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 265  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040370 atagttgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 7040306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 18656317 - 18656064
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  18656317 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 18656218  T
Q  101 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||    
T  18656217 tgagtacaatagttttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaactaagctactaactctagtttagctatcaactaact 18656118  T
Q  201 atagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttcc 254  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18656117 atagttgattactaactctagtctaactaccttaactaacttcacataacttcc 18656064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 2 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 52520810 - 52520458
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaa--aaaagataatga 99  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||  |  |||  | |||||||| | |||  |  ||||||| ||||    
T  52520810 tcatagatgtaagaaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatatt-gaaatgaaaatatttgattaaaagatgatga 52520712  T
Q  100 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaac 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  52520711 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 52520612  T
Q  200 tatagttgattac--taactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattc 297  Q
    |||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  52520611 tatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaacagcctccctcaaactcaaaatggggaaattc 52520512  T
Q  298 a-caatttgagttcgaaatacaatg-aattacaattgaaatttgcatactataa 349  Q
    | ||||||||| | | ||||||||| || |||||||| |||||  |||||||||    
T  52520511 accaatttgagcttggaatacaatgaaagtacaattggaatttatatactataa 52520458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 265
Target Start/End: Original strand, 23566391 - 23566626
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||                    |||||| |||||||||||||    
T  23566391 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacccatgagggagatactcaaagta--------------------gattgataaaagataatgaa 23566470  T
Q  101 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  23566471 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaagtctagtttacttatcaactaact 23566570  T
Q  201 atagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 265  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||         |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23566571 atagttgattactaactctagtctaac---------taactccacataactttcaactatcttaa 23566626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 2 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 52518968 - 52518702
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaa--aaaagataatga 99  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| ||  |  |||  | ||| |||| | |||  |  ||||||| ||||    
T  52518968 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagaactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaa-tgaaaatatttgattaaaagatgatga 52518870  T
Q  100 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaac 199  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  52518869 ttgagtacaacagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 52518770  T
Q  200 tatagttgattac--taactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 265  Q
    |||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  52518769 tatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaa 52518702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 21 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 54296617 - 54296454
Alignment:
Q  21 agcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaa-aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcct 119  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| || |||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54296617 agcaagcataagagtactgatgagggagatactcatagaaactcattata-aaatgaattgattgattaaaagatcatgaatgagtacaatagtgttcct 54296519  T
Q  120 atatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtt 184  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  54296518 atatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtt 54296454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 83 - 211
Target Start/End: Original strand, 3529251 - 3529379
Alignment:
Q  83 ttgaaaaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctag 182  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  3529251 ttgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactttag 3529350  T
Q  183 tttacttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  3529351 tttacctatcaactaactacagttgatta 3529379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 83 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 23985901 - 23985773
Alignment:
Q  83 ttgaaaaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctag 182  Q
    |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  23985901 ttgataaaagatggtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctag 23985802  T
Q  183 tttacttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23985801 tttacctatcaactaactatagttgatta 23985773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 13 - 211
Target Start/End: Original strand, 52545137 - 52545333
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa-tgagtacaata 111  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| || ||| ||||  |    
T  52545137 agcaagaaagcgagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaagataataaaatga-tacatga 52545234  T
Q  112 gtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  52545235 gtgttcctatatatagagtttagtt-gtgtaactaactctaaccaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 52545333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 119 - 265
Target Start/End: Original strand, 3274580 - 3274726
Alignment:
Q  119 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactc 218  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||     
T  3274580 tatatatagaaattaatttgagtaattaactctaactaacttctaatcaagccactaactcttgtttacctatcaactaattatagttgattactaacta 3274679  T
Q  219 aagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 265  Q
     ||| | |||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||    
T  3274680 tagttttactaccttaactaacttcatataacttccaactattttaa 3274726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 13 - 99
Target Start/End: Original strand, 56074680 - 56074766
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatga 99  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||| ||||||| ||||    
T  56074680 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcgttatagaaatgaatagaatgataaaagatgatga 56074766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 111 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 24807522 - 24807423
Alignment:
Q  111 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatt 210  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| | ||||||| ||||  ||||||  |||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24807522 agtgttcctatatatagattttagtt-gtgtaactaactcttcctaactcttaaccaagcttctaactctaatttacctatcaactaactatagttgatt 24807424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 263 - 323
Target Start/End: Original strand, 18807593 - 18807655
Alignment:
Q  263 taatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattcac--aatttgagttcgaaatacaatgaa 323  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||||    
T  18807593 taatagtccccctcaaactcaaaatgggaaaattcaccaattttgagtttgaaatacaatgaa 18807655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 161 - 211
Target Start/End: Original strand, 18395816 - 18395866
Alignment:
Q  161 ctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    |||||||| ||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18395816 ctaaccaacctattaactatagtttacctatcaactaactatagttgatta 18395866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 30224439 - 30224175
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30224439 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 30224340  T
Q  101 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30224339 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 30224240  T
Q  201 atagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 265  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224239 atagttgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 30224175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 5567635 - 5567371
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  5567635 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 5567536  T
Q  101 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||    
T  5567535 tgagtacaatagttttcctatatatagagattagtttgagtaactaactccaactaacttctaactaagctactaactctagtttagctatcaactaact 5567436  T
Q  201 atagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 265  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  5567435 atagttgattactaactctagtctaactactttaactaacttcacataacttccagctattttaa 5567371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 267
Target Start/End: Original strand, 3375456 - 3375711
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||          |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3375456 gtcatagatgtaagtaagatagcaagcaaaagagtactcatgtgggagatactca----------ttgtagaaatgaatagattgaaaa-agataatgaa 3375544  T
Q  101 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 200  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3375545 tgggtacaatagagttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 3375644  T
Q  201 atagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaata 267  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3375645 atagttgattactaacagaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaata 3375711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 25249215 - 25248957
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  25249215 gtcatatatgtaagcaagatagcaagcataagggtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatcatgaa 25249116  T
Q  101 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttac---ttatcaacta 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||| ||    
T  25249115 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctttaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttattatcaatta 25249016  T
Q  198 actatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 265  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25249015 actatagttgattactaactctagtc---------taactaactccacataacttccaactatcttaa 25248957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 13 - 267
Target Start/End: Original strand, 31032038 - 31032287
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaatgagtacaatag 112  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||  | ||     
T  31032038 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaagatcatgaatgagtgtagtaa 31032136  T
Q  113 tgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgattac 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31032137 tgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaa----cttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgattac 31032232  T
Q  213 taactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaata 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31032233 taactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaata 31032287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 6428950 - 6428699
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaa--aaaagataatg 98  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||  |  ||||||| |||    
T  6428950 gtcatagatgtaagtaagatagcaaacataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattgtagag-tgaatagatttgattaaaagatgatg 6428852  T
Q  99 aatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaa 198  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6428851 aatgattacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttttaactaaggtactaactctagtttacttatcaactaa 6428752  T
Q  199 ctatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttc 253  Q
     |||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  6428751 ttatagttgattactaactcttgtctaactac--taactaactccacataacttc 6428699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 13 - 231
Target Start/End: Original strand, 3379149 - 3379366
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaatgagtacaatag 112  Q
    ||||||| |||||| |||| |||||| ||| |||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||| |||| || |||||||||||||||||    
T  3379149 agcaagaaagcaagtataaaagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaaaatgatgaatgagtacaatag 3379247  T
Q  113 tgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgattac 212  Q
    | |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  3379248 ttttccttaatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaactaaactactaactctagtttaactatcaactaactatagttgattac 3379347  T
Q  213 taactcaagtctaactacc 231  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  3379348 taactctagtctaactacc 3379366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 71 - 182
Target Start/End: Original strand, 36535924 - 36536035
Alignment:
Q  71 gaaatgaatagattgaaaaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagc 170  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36535924 gaaatgaatagattgataaaagatgatgaatgagtacaacagtattgctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagc 36536023  T
Q  171 tactaaccctag 182  Q
    ||||||| ||||    
T  36536024 tactaactctag 36536035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 149 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 14935638 - 14935576
Alignment:
Q  149 tctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14935638 tctaactaacttctaaccaagttactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 14935576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Original strand, 36535873 - 36535922
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagat 50  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  36535873 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagat 36535922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 19473728 - 19473656
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattga 86  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  19473728 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatag-aatgaatagattga 19473656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 19544653 - 19544581
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattga 86  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  19544653 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatag-aatgaatagattga 19544581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 86
Target Start/End: Original strand, 19588043 - 19588115
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattga 86  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  19588043 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatag-aatgaatagattga 19588115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 214 - 265
Target Start/End: Original strand, 5567676 - 5567727
Alignment:
Q  214 aactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 265  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  5567676 aactctagtctaactaccttaactaacttcacataacttccagctattttaa 5567727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 14939711 - 14939625
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa 100  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| |||  | ||||||||  || |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||    
T  14939711 agcaagaaagcaagcatatgagtactcatgtagaagatactcgtagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaagatgatgaa 14939625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 29758329 - 29758065
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29758329 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 29758230  T
Q  101 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29758229 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 29758130  T
Q  201 atagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 265  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758129 atagttgattactaagtctagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 29758065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 122
Target Start/End: Original strand, 8759115 - 8759207
Alignment:
Q  30 aagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctata 122  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8759115 aagagtactcatgagggagatactcaaagaaactcattgtagaaatgaacagattgataaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctata 8759207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 86 - 256
Target Start/End: Original strand, 20516051 - 20516227
Alignment:
Q  86 aaaaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttg----agtaactac-----ctctaactaacttctaaccaagctactaa 176  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||    ||||||||      ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  20516051 aaaaaaaataatgaatgagtacaatagtgttcttatatataaaaattagtttgtttgagtaactaaactaactctaactatcttttaaccaagctactaa 20516150  T
Q  177 ccctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaa 256  Q
    |||||| | |||||   ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20516151 ccctagctaactta---actaactatagttaattactaactccagtttaattaccttaactaactgcacataacttccaa 20516227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 199 - 267
Target Start/End: Original strand, 8759203 - 8759271
Alignment:
Q  199 ctatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaata 267  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8759203 ctatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaata 8759271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 259 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 18776746 - 18776617
Alignment:
Q  259 atcttaatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattcac-aatttgagttcgaaatacaatgaattacaattgaaatttgcatactataaggacgaag 357  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||| |||| | |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||     
T  18776746 atcttaacagcctcccttaaactcaaaatggagaaattcaccaatttcagtttggaataaaatgaattacaattgaaatgtgcatactataagaactaat 18776647  T
Q  358 t-aaaacataaggtgtaaactagtaaaaga 386  Q
    | ||||||   |||||||||||||||||||    
T  18776646 taaaaacaaggggtgtaaactagtaaaaga 18776617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 13 - 112
Target Start/End: Original strand, 18612074 - 18612174
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaag-ataatgaatgagtacaata 111  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||| | | |  |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  18612074 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatatttacaaaaactcattatagaaatgaatagattgataaaagtataatgattgagtacaata 18612173  T
Q  112 g 112  Q
    |    
T  18612174 g 18612174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 210 - 260
Target Start/End: Original strand, 31155713 - 31155763
Alignment:
Q  210 tactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactat 260  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31155713 tactaactctagtttaactaccttaactaactccgcataacttccaactat 31155763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 271 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 25306708 - 25306655
Alignment:
Q  271 tccctcaaactcaaaatgggaaaattca-caatttgagttcgaaatacaatgaa 323  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  25306708 tccctcaaactcaaagtgggaaaattcaccaatttgagtttgaaatacaatgaa 25306655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 263 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 17308586 - 17308534
Alignment:
Q  263 taatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattca-caatttgagttcgaaa 314  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||    
T  17308586 taatagtccccctcaaactcaaaatggggaaattcaccaatttgagtttgaaa 17308534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 151 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 18739730 - 18739671
Alignment:
Q  151 taactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||| |||||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  18739730 taactaact-ctaaccagactactaactctagttaacgtatcaactaactataattgatta 18739671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 25)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 309
Target Start/End: Original strand, 19645322 - 19645631
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  19645322 gtcatagatgtaaccaagatagcaagtataagagtactcatgagggagatactcaaagaaattcattgtagaaataaatagattgataaaagataatgaa 19645421  T
Q  101 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  19645422 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctgactaatttctaaccaagctactaactttagtttacttatcaactaact 19645521  T
Q  201 atagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattca-c 299  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  19645522 ataattgattactaactctagtctaactaccttaactaactccacatatcttctaactatcttaagagcctccctcaaactcaaaatggggaaattcacc 19645621  T
Q  300 aatttgagtt 309  Q
    ||||||||||    
T  19645622 aatttgagtt 19645631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 5378942 - 5378616
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5378942 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatattgaa 5378843  T
Q  101 tgagtacaatagtgttcctatatat-agagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaac 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5378842 tgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 5378743  T
Q  200 tatagttgattac--taactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattc 297  Q
    |||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5378742 tatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactaatttaacagcctccctcaaactcaaaatggggaaattc 5378643  T
Q  298 a-caatttgagttcgaaatacaatgaa 323  Q
    | ||||||||| | | |||||||||||    
T  5378642 accaatttgagattggaatacaatgaa 5378616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 5377087 - 5376820
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5377087 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatattgaa 5376988  T
Q  101 tgagtacaatagtgttcctatatat-agagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaac 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5376987 tgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 5376888  T
Q  200 tatagttgattac--taactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 265  Q
    |||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||    
T  5376887 tatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacatataacttccaactattttaa 5376820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 49 - 268
Target Start/End: Original strand, 15149108 - 15149334
Alignment:
Q  49 atactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaatgagtacaata-----gt--gttcctatatatagagattagtttgagt 141  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||     ||  ||||||||||||||| |||| |||||||    
T  15149108 atactcaaagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacagtacaacagtacgttcctatatatagaaattaatttgagt 15149207  T
Q  142 aactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaact 241  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15149208 aactaactctaactaacttctaaccaagctactgaccctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaact 15149307  T
Q  242 ccacataacttccaactatcttaatag 268  Q
    || ||||||||||||||||||||||||    
T  15149308 ccgcataacttccaactatcttaatag 15149334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 1088675 - 1088915
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaa-gtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatga 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  1088675 gtcatagatgtaagcaagatagcaaacataagagtactcatatgggagatactcaaaagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaagatgatga 1088773  T
Q  100 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaac 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  1088774 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgactaactaactctaactaacttctaacaaagctactaactctaatttacttatcaactaac 1088873  T
Q  200 tatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaact 241  Q
    |||||||||| |||||||| | | ||||||| ||||||||||    
T  1088874 tatagttgatcactaactctaatttaactactttaactaact 1088915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 88 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 15868514 - 15868391
Alignment:
Q  88 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttac 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  15868514 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctattaactctagtttac 15868415  T
Q  188 ttatcaactaactatagttgatta 211  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  15868414 ctatcaactaactatagttgatta 15868391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 88 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 33866221 - 33866098
Alignment:
Q  88 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttac 187  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33866221 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtctgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 33866122  T
Q  188 ttatcaactaactatagttgatta 211  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  33866121 ctatcaactaactatagttgatta 33866098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 88 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 15866702 - 15866579
Alignment:
Q  88 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttac 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||    
T  15866702 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctaaatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctacccaagctattaactctagtttac 15866603  T
Q  188 ttatcaactaactatagttgatta 211  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  15866602 ctatcaactaactatagttgatta 15866579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 88 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 33869368 - 33869245
Alignment:
Q  88 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttac 187  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33869368 aaaagatagtgaatgcgtacaatagtgttcctatatatagagattagtttaagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 33869269  T
Q  188 ttatcaactaactatagttgatta 211  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  33869268 ctatcaactaactatagttgatta 33869245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 197 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 9415032 - 9414935
Alignment:
Q  197 aactatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaa 294  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  9415032 aactatagttgatcactaactctagtctaactaccttaactaactccgcataacttccaactattttaacagcctcccttaaactcaaaatggaaaaa 9414935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 2 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 9415276 - 9415095
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaa--aaaagataatga 99  Q
    ||||| |||||| ||| | | ||| |||||||||||| ||| |||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||  |  ||||||| |  |    
T  9415276 tcataaatgtaaacaaaagaacaaacataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaa-tga-tagatttgattaaaagatgacta 9415179  T
Q  100 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagt 183  Q
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9415178 gagagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttcactaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagt 9415095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 210 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 9415107 - 9415031
Alignment:
Q  210 tactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaatagcctccctcaaactcaaaa 286  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||    
T  9415107 tactaactctagtctaacttccttaactaactccacataacttccaactattttaacagcctcccttaaactcaaaa 9415031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 2 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 8915676 - 8915570
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaat 101  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || || ||||||||| || |||| ||| |||||||||||||||| | |||||||  | |||    
T  8915676 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcgtgtggaagatactcatagaaacttattatagaaatgaatagattaataaaagatgctaaat 8915577  T
Q  102 gagtaca 108  Q
    |||||||    
T  8915576 gagtaca 8915570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 83 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 14611210 - 14611083
Alignment:
Q  83 ttgaaaaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaacccta 181  Q
    |||| ||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| |||||| |||||  |||| ||||||||||| |||    
T  14611210 ttgataaaagataatgaaatga-tacacgagtgttcctatatatagagtttagtt-gtgtaactaactctaaataactcttaacgaagctactaactcta 14611113  T
Q  182 gtttacttatcaactaactatagttgatta 211  Q
     ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  14611112 atttacctatcaactaaccatagttgatta 14611083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 140 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 32079980 - 32079909
Alignment:
Q  140 gtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32079980 gtaactaactctaactaactcttaaccaagcttctaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 32079909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 2 - 108
Target Start/End: Original strand, 20985831 - 20985937
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaat 101  Q
    |||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| ||| || ||||||| | |  || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||   |||    
T  20985831 tcatagatgtaatcaagtttgcaagcataagagtactcatgtggtagatacttataaaaattcattatagaaatgaatagattgataaaagatagcaaat 20985930  T
Q  102 gagtaca 108  Q
    |||||||    
T  20985931 gagtaca 20985937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 24544818 - 24544757
Alignment:
Q  11 taagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtaga 72  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||| |||||    
T  24544818 taagcaagaaagcaagcataagagtactcatgagggagatactcatagaaactcatagtaga 24544757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 88 - 211
Target Start/End: Original strand, 28884363 - 28884487
Alignment:
Q  88 aaaagataatgaatgagtacaat-agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagttta 186  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||| ||  ||||||   ||||||| ||||   ||| ||||| ||||| |||||| |    
T  28884363 aaaagataatgaatgagtacaatgattgttcctttatatacagattaattgaagtaaccgactctaaccaactataaacaaagcttctaactctagttaa 28884462  T
Q  187 cttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    | |||||||||||||||| ||||||    
T  28884463 cctatcaactaactatagctgatta 28884487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 263 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 33869235 - 33869174
Alignment:
Q  263 taatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattca-caatttgagttcgaaatacaatgaa 323  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||    
T  33869235 taatagtccccctcaaactcaaaatgggaaaattcaccaatttgagtttgaaaaacaatgaa 33869174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 263 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 15868381 - 15868320
Alignment:
Q  263 taatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattca-caatttgagttcgaaatacaatgaa 323  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||    
T  15868381 taatagtccccctcaaactcaaaatggggaaattcaccaatttgagtttgaaaaacaatgaa 15868320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 151 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 14620570 - 14620510
Alignment:
Q  151 taactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||  |||||||||||    
T  14620570 taactaactcttaaccaagctactaactgtagtttacctatcaactaatcatagttgatta 14620510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 227 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 30376265 - 30376227
Alignment:
Q  227 ctaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 265  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30376265 ctacgttaactaactccacataacttccaactattttaa 30376227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 83 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 14619050 - 14618975
Alignment:
Q  83 ttgaaaaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaact 159  Q
    |||| ||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||    
T  14619050 ttgataaaagataatgaaatga-tacatgagtgttcctatatatagagtttag-ttgtgtaactaactctaactaact 14618975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 263 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 14620500 - 14620439
Alignment:
Q  263 taatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattcac-aatttgagttcgaaatacaatgaa 323  Q
    |||||| | |||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  14620500 taatagtccccctcaaatttaaaatggggaaattcaccaatttgagtttgaaatacaatgaa 14620439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 2 - 30
Target Start/End: Complemental strand, 31528985 - 31528957
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcata 30  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31528985 tcatagatgtaagcaagatagcaagcata 31528957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 17449519 - 17449253
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| || | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  17449519 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcaaaagagtactcatgtgggagatactcatagaatctcattgtagacatgaatagattgaaaaa-gataatgaa 17449421  T
Q  101 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17449420 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaacgaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 17449321  T
Q  201 atagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaatag 268  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  17449320 atagttgattactaactcaagtccaactaccttaactaactccatataacttccaactatcataatag 17449253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 2 - 265
Target Start/End: Original strand, 16808601 - 16808867
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaa--aaaagataatga 99  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||  |  |||  | ||| |||| | |||  |  ||||||| ||||    
T  16808601 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtcggagatactcatagagatccatattggaa-tgaaaatatttgattaaaagatgatga 16808699  T
Q  100 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaac 199  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16808700 atgagtacaatagtgttcatatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 16808799  T
Q  200 tatagttgattac--taactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 265  Q
    |||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  16808800 tatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaa 16808867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 88 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 9312151 - 9312028
Alignment:
Q  88 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttac 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9312151 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 9312052  T
Q  188 ttatcaactaactatagttgatta 211  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  9312051 ctatcaactaactatagttgatta 9312028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 88 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 3282923 - 3282800
Alignment:
Q  88 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttac 187  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3282923 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 3282824  T
Q  188 ttatcaactaactatagttgatta 211  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  3282823 ctatcaactaactatagttgatta 3282800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 88 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 3284624 - 3284501
Alignment:
Q  88 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttac 187  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3284624 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 3284525  T
Q  188 ttatcaactaactatagttgatta 211  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  3284524 ctatcaactaactatagttgatta 3284501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 88 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 9310534 - 9310411
Alignment:
Q  88 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttac 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9310534 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagatattaatttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 9310435  T
Q  188 ttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  9310434 ttatcaactaactatagttgatta 9310411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 160 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 48940726 - 48940621
Alignment:
Q  160 tctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaacta 259  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48940726 tctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaactatagttgattactaactcttgtctaactaccttaactaactccacataacttccaacta 48940627  T
Q  260 tcttaa 265  Q
    | ||||    
T  48940626 ttttaa 48940621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 119 - 211
Target Start/End: Original strand, 37664695 - 37664787
Alignment:
Q  119 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37664695 tatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 37664787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 119 - 211
Target Start/End: Original strand, 37674417 - 37674509
Alignment:
Q  119 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37674417 tatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 37674509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 119 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 37702277 - 37702185
Alignment:
Q  119 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37702277 tatatatagagattagtttgaataactaactctaactaatttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 37702185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 4 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 48941810 - 48941646
Alignment:
Q  4 atagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgta--gaaatgaatagattgaa--aaaagataatga 99  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||| | ||| | |||||||||| |  |||||||| ||  ||||||||||||||  |  |||||||| |||    
T  48941810 atagatgtaagcaagagagcaagtataagagtattcatgtgagagatactcatataaactcattatatagaaatgaatagatttgattaaaagatactga 48941711  T
Q  100 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaa 164  Q
    |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  48941710 atgagtacaatagtgtttatatgtatagagattagtttgagtaaccaactctaactaacttctaa 48941646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 111 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 902175 - 902076
Alignment:
Q  111 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatt 210  Q
    |||||||||||||| |||| ||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  902175 agtgttcctatatagagagtttaatt-gtgtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagatgatt 902077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 21 - 211
Target Start/End: Original strand, 5924828 - 5925006
Alignment:
Q  21 agcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaatgagtacaatagtgttccta 120  Q
    |||||||||||||||| | ||   ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||  | ||||  ||||||| ||    
T  5924828 agcaagcataagagtattcatataggagatactcatagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaagatgatgaaataatacacgagtgttctta 5924926  T
Q  121 tatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    ||||||||| |||         |||   | |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5924927 tatatagagttta---------actg--tttaactaacttctaaccaaactactaactctaatttacctatcaactaactatagttgatta 5925006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 263 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 3284491 - 3284430
Alignment:
Q  263 taatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattcac-aatttgagttcgaaatacaatgaa 323  Q
    |||||| | |||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||    
T  3284491 taatagtccccctcaaactcaaagtgggaaaactcaccaatttgagtttgaaatacaatgaa 3284430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 228 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 51020609 - 51020572
Alignment:
Q  228 taccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 265  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  51020609 taccttaaccaactccacataacttccaactattttaa 51020572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 1140210 - 1139956
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  1140210 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 1140111  T
Q  101 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||    
T  1140110 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttct------------aaccctagtttacttatcaactaact 1140023  T
Q  201 atagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaata 267  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1140022 atagttgattactaactcaagtccaactaccttaactaactccatataacttccaactatcttaata 1139956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 265
Target Start/End: Original strand, 17402804 - 17403071
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  17402804 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatattgaa 17402903  T
Q  101 tgagtacaatagtgttcctatatat-agagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaac 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17402904 tgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 17403003  T
Q  200 tatagttgattac--taactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 265  Q
    |||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  17403004 tatagttgattacaattactctagtctaactaccttaactaactacacataacttccaactattttaa 17403071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 6789829 - 6789565
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaa-gatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatga 99  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  6789829 gtcatagatgtaagcaaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaa-tgaatagattgaaaaaagatagtga 6789731  T
Q  100 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaac 199  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||    
T  6789730 atgagtacaatagtattcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagttcacttatccactaac 6789631  T
Q  200 tatagttgattactaactcaagtctaactaccttaactaactccacataacttccaactatcttaa 265  Q
    ||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  6789630 tatacatgattaccaactctagtctaactaccttaactaactacacattacttccaactattttaa 6789565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 111 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 20302725 - 20302625
Alignment:
Q  111 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaact-aactatagttgat 209  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | || ||||| |||| ||||||| |||||||  |||||| || | |||||| |||||||||| ||    
T  20302725 agtgttcttatatatagagattagtttgaataaccaactataacttactt-taaccaatctactaagtctagttaacctttcaactaaactatagtttat 20302627  T
Q  210 ta 211  Q
    ||    
T  20302626 ta 20302625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 119 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 20327259 - 20327167
Alignment:
Q  119 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaact-aactatagttgatta 211  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| | || ||||| |||| |||||||||||||||  |||||| || | |||||| |||||||||| ||||    
T  20327259 tatatagagagattagtttgagtaaccaactataacttactt-taaccaagctactaagtctagttaacctttcaactaaactatagtttatta 20327167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 263 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 4608988 - 4608927
Alignment:
Q  263 taatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattcac-aatttgagttcgaaatacaatgaa 323  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |||| |||||    
T  4608988 taatagtccccctcaaactcaaaatggaaaaattcactaatttgagtttgagatactatgaa 4608927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 111 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 41874497 - 41874441
Alignment:
Q  111 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaa 168  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  41874497 agtgttcctatatatagagtttag-ttgtgtaactaactctaactaactcttaaccaa 41874441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 13 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 58982 - 58785
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaatgagtacaatag 112  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  58982 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaa-tgaatagattgataaaagatgatgaatgagtacaatag 58884  T
Q  113 tgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||    
T  58883 tgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctactaactaactatagttgatta 58785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 2)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 88 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 6348 - 6225
Alignment:
Q  88 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttac 187  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6348 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 6249  T
Q  188 ttatcaactaactatagttgatta 211  Q
     |||||| ||||||||||||||||    
T  6248 ctatcaattaactatagttgatta 6225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 263 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 6215 - 6158
Alignment:
Q  263 taatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattca-caatttgagttcgaaatacaa 319  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  6215 taatagtccccctcaaactcaaaatggggaaaatcaccaatttgagtttgaaatacaa 6158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 29 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 39325 - 39144
Alignment:
Q  29 taagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcctatatatag 127  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||  |||||||||||||||||    
T  39325 taagagtactcatgtgggagatactcataaaaactcattatagaaatgaatagattgataaaagatgatgaaatga-tacatgagtgttcctatatatag 39227  T
Q  128 agattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    || |||||| | ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39226 agtttagtt-gtgtaactaactttaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 39144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 88 - 211
Target Start/End: Original strand, 39787168 - 39787291
Alignment:
Q  88 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttac 187  Q
    |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39787168 aaaagacagtgaatgagtaaaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 39787267  T
Q  188 ttatcaactaactatagttgatta 211  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  39787268 ctatcaactaactatagttgatta 39787291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 40 - 211
Target Start/End: Original strand, 25076176 - 25076348
Alignment:
Q  40 atgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaatgagtacaatag-tgttcctatatatagagattagtttg 138  Q
    ||||| |||||| ||| || |||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |    
T  25076176 atgagagagatattcatagaaactcattatagaaatgaatatattgataaaagatgatgaaagagtacaattgttgttcctatatctagagattagttgg 25076275  T
Q  139 agtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    | | |||  ||||||||||||   |||   ||| ||||  |||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  25076276 aatgacttactctaactaactctaaacttggcttctaattctagttaacctatcaactaactatagttgatta 25076348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 40 - 211
Target Start/End: Original strand, 25134145 - 25134317
Alignment:
Q  40 atgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaagataatgaatgagtacaatag-tgttcctatatatagagattagtttg 138  Q
    ||||| |||||| ||| || |||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |    
T  25134145 atgagagagatattcatagaaactcattatagaaatgaatatattgataaaagatgatgaaagagtacaattgttgttcctatatctagagattagttgg 25134244  T
Q  139 agtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgatta 211  Q
    | | |||  ||||||||||||   |||   ||| ||||  |||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  25134245 aatgacttactctaactaactctaaacttggcttctaattctagttaacctatcaactaactatagttgatta 25134317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 263 - 331
Target Start/End: Original strand, 4895939 - 4896010
Alignment:
Q  263 taatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattca-caatttgagttcgaaatacaatg--aattacaatt 331  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  4895939 taatagtccccctcaaactcaaaatggggaaattcaccaatttgagtttgaaatacaatggaaattacaatt 4896010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 15 - 86
Target Start/End: Original strand, 20012959 - 20013029
Alignment:
Q  15 caagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattga 86  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| || |||||||| ||| ||||||| ||||||    
T  20012959 caagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatag-aatgaattgattga 20013029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 111 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 6569932 - 6569888
Alignment:
Q  111 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaact 155  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||    
T  6569932 agtgttcctatatatagagattagttggactaactaactctaact 6569888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 272 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 33689848 - 33689796
Alignment:
Q  272 ccctcaaactcaaaatgggaaaattca-caatttgagttcgaaatacaatgaa 323  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||    
T  33689848 ccctcaaactcaaaatggggaaattcaccaatttgagtttgaaacacaatgaa 33689796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 263 - 323
Target Start/End: Original strand, 25502243 - 25502305
Alignment:
Q  263 taatagcctccctcaaactcaaaatgggaaaattca-caatttgagttcg-aaatacaatgaa 323  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||    
T  25502243 taatagtccccctcaaactcaaaatggggaaattcaccaatttgagtttgaaaatacaatgaa 25502305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 263 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 10412242 - 10412181
Alignment:
Q  263 taatagcctccctcaaactcaaaatgg-gaaaattcacaatttgagttcgaaatacaatgaa 323  Q
    |||||| | |||||||||||||||| | |||||||  ||||||||||| |||||||||||||    
T  10412242 taatagtccccctcaaactcaaaattgagaaaattaccaatttgagtttgaaatacaatgaa 10412181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0311 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0311
Description:

Target: scaffold0311; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 281 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 15018 - 14914
Alignment:
Q  281 tcaaaatgggaaaattcac-aatttgagttcgaaatacaatgaattacaattgaaatttgcatactataaggacgaagtaaaacataaggtgtaaactag 379  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||| | ||||||||||||    
T  15018 tcaaaatggggaaattcaccaatttgagtttggaatacaatgaattacaattgaaatttgcatactacaagaactaagtcaaacaaagggtgtaaactag 14919  T
Q  380 taaaa 384  Q
    |||||    
T  14918 taaaa 14914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0189 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0189
Description:

Target: scaffold0189; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 19153 - 19063
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacttatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgaaaaaaga 93  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||||| |||| || |||||||| ||| |||||||||||||| ||||||    
T  19153 tcatagatgtaagcaagatagaaagcataggagtactcatgtgggagatgctcatagaaactcattatag-aatgaatagattgataaaaga 19063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0245 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0245
Description:

Target: scaffold0245; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 275 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 11076 - 11027
Alignment:
Q  275 tcaaactcaaaatgggaaaattca-caatttgagttcgaaatacaatgaa 323  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||    
T  11076 tcaaactcaaagtgggaaaattcaccaatttgagtttgaaatactatgaa 11027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University