View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12836_low_3 (Length: 696)

Name: NF12836_low_3
Description: NF12836
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12836_low_3
NF12836_low_3
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (24-689)||(41366226-41366893)
chr5 (254-689)||(41328033-41328471)
chr5 (254-689)||(41332046-41332484)
chr5 (249-689)||(41316066-41316509)
chr5 (249-689)||(41324135-41324578)
chr5 (317-689)||(31188453-31188825)
chr5 (317-689)||(31178408-31178780)
chr5 (317-689)||(31224988-31225360)
chr5 (255-689)||(41336975-41337412)
chr5 (249-434)||(41310581-41310769)
chr5 (377-542)||(41369703-41369869)
chr5 (462-689)||(41322116-41322344)
chr5 (466-650)||(41286141-41286325)
chr5 (620-689)||(41430997-41431066)
chr5 (377-435)||(41431253-41431311)
chr5 (661-689)||(31185277-31185305)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (249-689)||(17249070-17249513)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 605; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 605; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 41366893 - 41366226
Alignment:
Q  24 gaagatgattgagtgccaccaacaaacatgtcctgcaaatggattaacggtagccttgtctaatatcaaaccaaaatgaatttcttctatacaagctcaa 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41366893 gaagatgattgagtgccaccaacaaacatgtcctgcaaatggattaacggtagccttgtctaatatcaaaccaaaatgaatttcttctatacaaactcaa 41366794  T
Q  124 cnnnnnnnntg--ttattaatttgatgttccctccaaattactatactggaaattttacttttaagcaaatgaaaaattatgaactatcctttaaattgt 221  Q
    |            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41366793 caaaaaaaaaaaattattaatttgatgttccctccaaattactatactggaaattttacttttaaacaaatgaaaaattatgaactatcctttaaattgt 41366694  T
Q  222 gaaaataaatgtgttaacatattcgatttgttgactaacctggatgaccgattttatattgtcgtcggtcaagggatgttgtgagtgatttacacgttga 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41366693 gaaaataaatgtgttaacatattcgatttgttgactaacctggatgaccgattttatattgtcgtcggtcaagggatgttgtgagtgatttacacgttga 41366594  T
Q  322 atcttgagaagaacatctactagatcatcattcttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcgatgatctcttgcaatatcatatcagtctctc 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41366593 atcttgagaagaacatctactagatcatcattcttcctagctttcttgtgactacttttgtgatcatcgatgatctcttgcaatatcatatcagtctctc 41366494  T
Q  422 tatgaagtttttcaagttttttccttggccaacttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaa 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41366493 tatgaagtttttcaagttttttccttggccaacttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaa 41366394  T
Q  522 tatttccttcattgctgatttaaacacttcttggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttga 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41366393 tatttccttcattgctgatttaaacacttcttggtgtttattcttttttccaaatgctgcccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttga 41366294  T
Q  622 gtgagattaacaactgatccttcacttgcagttattgatttaacaagatttgacacctcttcttctct 689  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41366293 gtgagattaacaaccgatccttcacttgcagttattgatttaacaagatttgacacctcttcttctct 41366226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 254 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 41328471 - 41328033
Alignment:
Q  254 gactaacctggatgaccgattttatattgtcgtcggtcaagggatgttgtgagtgat---ttacacgttgaatcttgagaagaacatctactagatcatc 350  Q
    |||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||| || ||||||| ||||||||   || |  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  41328471 gactaacctggatgattgatttcatattgtcatcggttaaaggatgttctgagtgataattttcctgttgaatcttgagaagaacatctactagatcttc 41328372  T
Q  351 attcttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcgatgatctcttgcaatatcatatcagtctctctatgaagtttttcaagttttttccttggc 450  Q
    ||  || |  |||| ||||||| ||||| ||||||| |||||||| |||||   |||||||||| ||||| ||||||||||||| | |||  || |   |    
T  41328371 atcattgcttgcttccttgtgaatacttctgtgatcgtcgatgatgtcttgtgctatcatatcaatctctgtatgaagtttttccattttggtcttctcc 41328272  T
Q  451 caacttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgatttaaacactt 550  Q
    | | | | |  |||||| | ||||||||||||||||||||||||||    ||||| ||| ||||||   | || || || || ||||| | | ||||| |    
T  41328271 ctagtcatccattgaagcaatttaatagaaggatacaaatctgcaatttcaaatcttcctaatagcaccactactttctccaatgctggtatgaacacat 41328172  T
Q  551 cttggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaactgatccttcacttgc 650  Q
    |||||||| ||||| |||| ||||| |||| ||||||||| |||||| |||| | ||||| |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41328171 cttggtgtctattccttttcccaaaagctgcccgcgctgttatcccatttgtcattgagaaaatcttccgagtgagattaacaactgatccttcacttgc 41328072  T
Q  651 agttattgatttaacaagatttgacacctcttcttctct 689  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  41328071 agttattgatttaacaaggtttgacacctcatcttctct 41328033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 254 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 41332484 - 41332046
Alignment:
Q  254 gactaacctggatgaccgattttatattgtcgtcggtcaagggatgttgtgagtgat---ttacacgttgaatcttgagaagaacatctactagatcatc 350  Q
    |||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||| || ||||||| ||||| ||   || |  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  41332484 gactaacctggatgattgatttcatattgtcatcggttaaaggatgttctgagtaataattttcctgttgaatcttgagaagaacatctactagatcttc 41332385  T
Q  351 attcttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcgatgatctcttgcaatatcatatcagtctctctatgaagtttttcaagttttttccttggc 450  Q
    ||  || |  |||| ||||||| | ||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||| |||||| | |||  || |   |    
T  41332384 atcgttgcttgcttccttgtgaatgcttctgtgatcgtcgatgatgtcttgcattatcatatcaagctctctatgaattttttccattttggtcttctcc 41332285  T
Q  451 caacttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgatttaaacactt 550  Q
    | ||| |    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| ||||||   |||| || || |||||||||| | ||||| |    
T  41332284 ctactcatgcattgaagcattttaatagaaggatacaaatctgcaatttcaaatcctcctaatagcaccaatactttctccattgctgatatgaacacat 41332185  T
Q  551 cttggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaactgatccttcacttgc 650  Q
    |||||| | ||||| |||| ||||| |||| ||||||||| |||||| |||| | ||||| |||| |  |||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  41332184 cttggtttctattccttttcccaaaagctgcccgcgctgttatcccatttgtcattgagaaaatcttccgagtgagatttacaaccgatccttcacttgc 41332085  T
Q  651 agttattgatttaacaagatttgacacctcttcttctct 689  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||    
T  41332084 agttattgatttaacaagatttgtcacttcatcttctct 41332046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 249 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 41316509 - 41316066
Alignment:
Q  249 ttgttgactaacctggatgaccgattttatattgtcgtcggtcaagggatgttgtgagtgat---ttacacgttgaatcttgagaagaacatctactaga 345  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||||||||||| || || || ||||||||||||||||   || |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41316509 ttgtggactaacctggatgattgattttatattgtcatcagttaaaggatgttgtgagtgataattttcctgttgaatcttgagaagaacatctactaga 41316410  T
Q  346 tcatcattcttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcgatgatctcttgcaatatcatatcagtctctctatgaagtttttcaagttttttcc 445  Q
    || ||||  || |   ||| ||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||  |||| | ||||||||||| | |||  ||     
T  41316409 tcttcatcattgctttcttccttgtgaatgcttttgtgatcgtcgatgatgtcttgcaatgtcatatcaagctctttgtgaagtttttccattttggtct 41316310  T
Q  446 ttggccaacttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgatttaaa 545  Q
    | |  | ||| ||   |||||| | ||||||||||||| |||||||  ||| | |||  |||||||| |   |   || |||||  ||||||||| ||||    
T  41316309 tcgctctactcaagcattgaagcaatttaatagaaggaaacaaatccacaatacaaacgcctcccaacaaacttgctacttcctctattgctgatctaaa 41316210  T
Q  546 cacttcttggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaactgatccttca 645  Q
    |||||||||||||||  || |||| ||||| || |  |||||||| ||||||  |||   ||| | |||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  41316209 cacttcttggtgtttgctccttttcccaaaagccgctcgcgctgttatcccatatgtcgttgacaaaatcttctgagtgagattaacaactgatccttca 41316110  T
Q  646 cttgcagttattgatttaacaagatttgacacctcttcttctct 689  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||    
T  41316109 cttgcagttattgatttaacaagatttgtcacttcatcttctct 41316066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 249 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 41324578 - 41324135
Alignment:
Q  249 ttgttgactaacctggatgaccgattttatattgtcgtcggtcaagggatgttgtgagtgat---ttacacgttgaatcttgagaagaacatctactaga 345  Q
    ||||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||   || |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41324578 ttgttgactaacctggatgattgactttatattgtcatcggttaaaggatgttgtgagtgataattttcctgttgaatcttgagaagaacatctactaga 41324479  T
Q  346 tcatcattcttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcgatgatctcttgcaatatcatatcagtctctctatgaagtttttcaagttttttcc 445  Q
    |  || |  || | | ||| ||||||| | ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| | ||||  ||    
T  41324478 tattcttcattgctatcttccttgtgaatgcttttgtgatcgtcgataatgtcttgcaatatcatatcaatctctttgtgaagtttttcca-ttttggcc 41324380  T
Q  446 ttggcca-acttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgatttaa 544  Q
    || |||  ||| |    |||||| | |||||||||||||||||||||  ||| | |||  |||||||| |   | | ||||||||  | |||||||||||    
T  41324379 ttcgccctactcacgcattgaagcaatttaatagaaggatacaaatcaacaatacaaatgcctcccaacaaacttactatttcctctactgctgatttaa 41324280  T
Q  545 acacttcttggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaactgatccttc 644  Q
    ||  ||  ||||||||  || |||| ||||| || | ||||| ||| ||||||  ||| | ||||| |||| | |||||||||||||||| |||||||||    
T  41324279 acgattgctggtgtttgctccttttgccaaaagccgcccgcgttgttatcccatatgtcattgagaaaatcttatgagtgagattaacaattgatccttc 41324180  T
Q  645 acttgcagttattgatttaacaagatttgacacctcttcttctct 689  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||| || || ||||||||    
T  41324179 acttgcagttattgatgtagcaagatttgatacttcatcttctct 41324135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 317 - 689
Target Start/End: Original strand, 31188453 - 31188825
Alignment:
Q  317 gttgaatcttgagaagaacatctactagatcatcattcttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcgatgatctcttgcaatatcatatcagt 416  Q
    |||||||||||||||||  ||| |||||||| |||| ||| |   ||| ||||||| |  |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| |    
T  31188453 gttgaatcttgagaagagtatcaactagatcttcatccttgctttcttccttgtgaatgtttttatgatcaacgatgatatcttgcaatatcatatcaat 31188552  T
Q  417 ctctctatgaagtttttcaagttttttccttggccaacttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagc 516  Q
    |||| ||||||| ||||||| |||  || | | || ||| | |  |||||  ||||||| ||||||||||| ||| |||| | ||||| ||||||  |      
T  31188553 ctctttatgaagcttttcaactttcgtcttcgccctactcacccattgaaacattttaacagaaggatacacatcagcaatacaaaattctcccagcaaa 31188652  T
Q  517 ttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttcttggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatca 616  Q
     ||  ||| ||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||| || |||| ||||| ||||  || |  || |||||   ||| | | | | ||||     
T  31188653 ctagctatctcctttattgctgatttgaaagcttcttggtgtttactccttttcccaaacgctgctcgtgtcgttatccctgatgtcattaaaaaaatct 31188752  T
Q  617 tttgagtgagattaacaactgatccttcacttgcagttattgatttaacaagatttgacacctcttcttctct 689  Q
    | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31188753 tatgactgagattaacaattgatccttcacttgcagatattgatttaacaagatttgacacctcttcttctct 31188825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 317 - 689
Target Start/End: Original strand, 31178408 - 31178780
Alignment:
Q  317 gttgaatcttgagaagaacatctactagatcatcattcttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcgatgatctcttgcaatatcatatcagt 416  Q
    |||||||||||| |||  |||| |||||||| |||| ||| |   ||| ||||||| |  |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||| |    
T  31178408 gttgaatcttgataagtgcatcaactagatcttcatccttgctttcttccttgtgaatgtttttatgatcatcgacgatatcttgcaatatcatatcaat 31178507  T
Q  417 ctctctatgaagtttttcaagttttttccttggccaacttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagc 516  Q
    |||| ||||||  ||||||| |||  || |   || ||| | |  |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| | ||||||||||||  |      
T  31178508 ctctttatgaaacttttcaaatttggtcttcaccccactcacccgttgaagcattttaatagaaggatacacatcagcaatacaaaatcctcccatcaaa 31178607  T
Q  517 ttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttcttggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatca 616  Q
     |   ||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| ||||| ||||  || |  || ||| |   ||| | || || ||||     
T  31178608 ctcgctatttcctttattgctgattggaacacttgttggtgtttattccttttcccaaacgctgctcgtgtcgttatcgccgatgtcattgcgaaaatct 31178707  T
Q  617 tttgagtgagattaacaactgatccttcacttgcagttattgatttaacaagatttgacacctcttcttctct 689  Q
    | ||| ||||||| ||||||||||||| ||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  31178708 tatgactgagatttacaactgatcctttacttgtagatatcgatttaataagatttgacacctcttattctct 31178780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 317 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 31225360 - 31224988
Alignment:
Q  317 gttgaatcttgagaagaacatctactagatcatcattcttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcgatgatctcttgcaatatcatatcagt 416  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||||||| |||| ||| |   ||| ||||||| |  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  31225360 gttgtatcttgagaagagtatcaactagatcttcatccttgctttcttccttgtgaatgtttttatgatcatcgatgatatcttgcaatatcatatcaat 31225261  T
Q  417 ctctctatgaagtttttcaagttttttccttggccaacttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagc 516  Q
    |||| ||||||| ||||||| |||  || | | || ||| | |  |||||| ||||| ||||||||||||| |||  ||| | ||||||||||||  |      
T  31225260 ctctttatgaagcttttcaactttggtcttcgccctactcacccattgaagcatttttatagaaggatacacatcaacaatacaaaatcctcccatcaaa 31225161  T
Q  517 ttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttcttggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatca 616  Q
     ||  ||| ||||| | ||||||| | |||||||  || || |||||| |||| ||||| |||| | | |  || |||||   ||| | ||    ||||     
T  31225160 ctagttatctcctttagtgctgatctgaacacttgatgctgcttattccttttcccaaacgctgcctgtgtcgttatccccgatgtcattgcataaatct 31225061  T
Q  617 tttgagtgagattaacaactgatccttcacttgcagttattgatttaacaagatttgacacctcttcttctct 689  Q
    | ||| | |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31225060 tatgactcagattaacaattgatccttcacttgcagatattgattcaacaagatttgacacctcttcttctct 31224988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 255 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 41337412 - 41336975
Alignment:
Q  255 actaacctggatgaccgattttatattgtcgtcggtcaagggatgttgtgagtga---tttacacgttgaatcttgagaagaacatctactagatcatca 351  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||   ||| || |||||| ||||||||||||||| ||||| || |||    
T  41337412 actaacctgaatgactgattttatattttcatcagtcaagggttgttgtgagtgaacattttcatgttgaaccttgagaagaacatcaactaggtcttca 41337313  T
Q  352 ttcttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcgatgatctcttgcaatatcatatcagtctctctatgaagtttttcaagttttttccttggcc 451  Q
    | ||| |  | |||  ||||| |  || | ||||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||  || | | | |||| | |  || |    |    
T  41337312 tccttgcttgttttactgtgattgtttctatgatcattgatgatgtcttgcaatatcctatcaatctctccttgtaatctctcaactctggtcttcactc 41337213  T
Q  452 aacttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttc 551  Q
     ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| || |||| | ||||| ||||||||||    |||  |||||  |||| |||||| |||| ||     
T  41337212 tacttaccttttgaagtattttaatagaaggatacaagtcagcaatacaaaattctcccaataggcccaatgcttcctctattgttgatttgaacaattg 41337113  T
Q  552 ttggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaactgatccttcacttgca 651  Q
    ||||||| | |||||||| ||||| ||||  || ||    ||||||   || | ||||| ||||   | || ||||||||| | |||||||||| |||||    
T  41337112 ttggtgtctgttctttttcccaaacgctgaacgtgccacgatcccataagtcattgagaaaatcgacttagagagattaacgattgatccttcatttgca 41337013  T
Q  652 gttattgatttaacaagatttgacacctcttcttctct 689  Q
    | |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  41337012 gatattgatttaacaagatcggacacctcttcttctct 41336975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 249 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 41310769 - 41310581
Alignment:
Q  249 ttgttgactaacctggatgaccgattttatattgtcgtcggtcaagggatgttgtgagtgat---ttacacgttgaatcttgagaagaacatctactaga 345  Q
    |||| |||| ||||||||||  ||||| |||||||| || || || ||||||| ||||||||   || |  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41310769 ttgtagacttacctggatgattgatttcatattgtcatccgttaaaggatgttctgagtgataattttcctgtttaatcttgagaagaacatctactaga 41310670  T
Q  346 tcatcattcttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcgatgatctcttgcaatatcatatcagtctctctatgaagtttttc 434  Q
    || ||||  || | | ||| |||| || | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| | ||||| | |||| ||||||    
T  41310669 tcttcatcattgctatcttccttgcgaatgcttttgtgatcgtcgatgatgtcttgcaatatcatataaatctctttgtgaactttttc 41310581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 377 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 41369869 - 41369703
Alignment:
Q  377 ttttgtgatcatcgatgatctcttgcaatatcatatca-gtctctctatgaagtttttcaagttttttccttggccaacttaacatttgaagaattttaa 475  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| | || ||| ||||||||||| | |||  || ||| || ||||| | ||||||| |||||||    
T  41369869 ttttgtgatcattgatgatatcttgcaatataatatcatgcctttctctgaagtttttccattttggtctttgccctacttaccctttgaagtattttaa 41369770  T
Q  476 tagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgattt 542  Q
    |||||||||||||||| ||||   |||||||| |||||| ||| | |  ||||| ||||||||||||    
T  41369769 tagaaggatacaaatcagcaatgcaaaatccttccaataactttattgattcctccattgctgattt 41369703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 462 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 41322344 - 41322116
Alignment:
Q  462 ttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttcttggtgttta 561  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||    ||||| ||| ||||||   | || || || || ||||| | | ||||| ||||||||| ||    
T  41322344 ttgaagcaatttaatagaaggatacaaatctgcaatttcaaatcttcctaatagcaccactactttctccaatgctggtatgaacacatcttggtgtcta 41322245  T
Q  562 ttcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaactgatccttcacttgca-gttattgat 660  Q
    ||| |||| |||||  | | || |||||| ||||||  ||| | ||||| |||| | | | ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||    
T  41322244 ttccttttcccaaaaaccgccctcgctgttatcccatatgtcattgagaaaatcttctcactgagattaacaactgatccttcacttaaaagttattgat 41322145  T
Q  661 ttaacaagatttgacacctcttcttctct 689  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||    
T  41322144 ttaacaagatttgtcacttcatcttctct 41322116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 466 - 650
Target Start/End: Complemental strand, 41286325 - 41286141
Alignment:
Q  466 agaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgatttaaacacttcttggtgtttattct 565  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  |||   ||||||||||||  ||  | |||  ||||| ||||||| |||| ||  ||||||||||| | ||||    
T  41286325 agaaatttaatagaaggatacaaatcaacaatgcaaaatcctcccatcaggctcaatgcttcctccattgctaatttgaatgcttcttggtgtatgttct 41286226  T
Q  566 tttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaactgatccttcacttgc 650  Q
    |||| ||||| | ||  ||||| || ||||||   |||  ||| | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41286225 ttttcccaaaagttgcacgcgccgttatcccataggttgttgacaaaatcttctgagtgagattaacaactgatccttcacttgc 41286141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 620 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 41431066 - 41430997
Alignment:
Q  620 gagtgagattaacaactgatccttcacttgcagttattgatttaacaagatttgacacctcttcttctct 689  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || |  ||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||    
T  41431066 gagtgagattaacaattgatccttcacatgtacatatggatttaactagttttgaaacctcttcttctct 41430997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 377 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 41431311 - 41431253
Alignment:
Q  377 ttttgtgatcatcgatgatctcttgcaatatcatatcagtctctctatgaagtttttca 435  Q
    |||| ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||    
T  41431311 ttttatgatcattgatgatgtcttgcaatatcgtatcagtttctctacaaagtttttca 41431253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 661 - 689
Target Start/End: Original strand, 31185277 - 31185305
Alignment:
Q  661 ttaacaagatttgacacctcttcttctct 689  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31185277 ttaacaagatttgacacctcttcttctct 31185305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 74; Significance: 1e-33; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 249 - 689
Target Start/End: Original strand, 17249070 - 17249513
Alignment:
Q  249 ttgttgactaacctggatgaccgattttatattgtcgtcggtcaagggatgttgtgagtgat---ttacacgttgaatcttgagaagaacatctactaga 345  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||||||||||| || ||||| | || ||||| || ||   || |  |||||||||||| |||| |||| ||||||    
T  17249070 ttgtagactaacctggatgattgattttatattgtcatcagtcaatgaattttgtgggtaatcactttcttgttgaatcttgataagagcatcaactaga 17249169  T
Q  346 tcatcattcttcccagctttcttgtgactacttttgtgatcatcgatgatctcttgcaatatcatatcagtctctctatgaagtttttcaagttttttcc 445  Q
    || |||| ||| |  ||||| || || | | || |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||| | |||  |      
T  17249170 tcttcatccttgcgtgctttgttttgtccatttctgtgatcatctatgatatcttgcaatatcatatcaatttccctatgaagtttttccattttggttt 17249269  T
Q  446 ttggccaacttaacatttgaagaattttaatagaaggatacaaatctgcaaaagaaaatcctcccaatagcttaaatatttccttcattgctgatttaaa 545  Q
    |   |  ||||| | ||| ||| ||||| |||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||| |   | | ||||||||  ||||||||||| ||    
T  17249270 tcacctgacttacccttttaagtattttgatagaaggatacaaatcaacaatacaaaatcctcccaacaaactcactatttcctctattgctgatttgaa 17249369  T
Q  546 cacttcttggtgtttattcttttttccaaatgctgtccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaactgatccttca 645  Q
    ||||| ||||||||| ||| |||| || || ||||  |||||    ||||||  |||||| ||   |||| | |||||||||||||||||  ||||||||    
T  17249370 cacttgttggtgtttgttccttttcccgaaagctgctcgcgccactatcccatatgttaaagaagaaatcttctgagtgagattaacaacacatccttca 17249469  T
Q  646 cttgcagttattgatttaacaagatttgacacctcttcttctct 689  Q
    |||| |  ||||||||||||||||| | |||| |||||||||||    
T  17249470 cttgaaaatattgatttaacaagatctaacacttcttcttctct 17249513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University