View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12838_high_1 (Length: 727)

Name: NF12838_high_1
Description: NF12838
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12838_high_1
NF12838_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-714)||(42445002-42445698)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 693; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 693; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 714
Target Start/End: Original strand, 42445002 - 42445698
Alignment:
Q  18 atggacacgggactcacacagcaagtacagcggctggtgcttttgtcgacaatgcagaagtgctaggaaatgctaaaggtacggcagcagggatggctcc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445002 atggacacgggactcacacagcaagtacagcggctggtgcttttgtcgaaaatgcagaagtgctaggaaatgctaaaggtacggcagcagggatggctcc 42445101  T
Q  118 tcatgctcacctagcaatttacaaagtgtgctttggagaagactgtgccgagagtaatatacttgcggcattagatgcagctgtggaggatggtgtggat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445102 tcatgctcacctagcaatttacaaagtgtgctttggagaagactgtgccgagagtaatatacttgcggcattagatgcagctgtggaggatggtgtggat 42445201  T
Q  218 gtaatatcgatatcacttggtctaagtgagcctcctccatttttcaatgatagcactgccataggcgcttttgcagcaattcagaagggaatctttgtaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445202 gtaatatcgatatcacttggtctaagtgagcctcctccatttttcaatgatagcactgccataggcgcttttgcagcaattcagaagggaatctttgtaa 42445301  T
Q  318 gtattgcagcaggaaactttggtccttctgatgcctccttggttaatggagccccatggatgctcacagttggagcaagcactattgacagaaccattgt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445302 gtattgcagcaggaaactttggtccttctgatgcctccttggttaatggagccccatggatgctcacagttggagcaagcactattgacagaaccattgt 42445401  T
Q  418 ggcaacagcagtgcttggaaatggggaagaatttgagggcgaatctgttttccagccttccgatttctctccaacactgttgcccttagcatatgcagga 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445402 ggcaacagcagtgcttggaaatggggaagaatttgagggcgaatctgttttccagccttccgatttctctccaacactgttgcccttagcatatgcagga 42445501  T
Q  518 ataaatggcaaagtagaatcttcattttgtgctaatggatccttgagtgacattgacttcagaggaaaggttgttttgtgtgagaggggagggggtatag 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445502 ataaatggcaaagtagaatcttcattttgtgctaatggatccttgagtgacattgacttcagaggaaaggttgttttgtgtgagaggggagggggtatag 42445601  T
Q  618 gaagaattgccaaaggacaggaagtacaaagagcaggtggtgccgccatgattctcatgaatgatgaactcaatggtttcagtctctcagctgatgt 714  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445602 gaagaattgccaaaggacaggaagtacaaagagcaggtggtgccgccatgattctcatgaatgatgaactcaatggtttcagtctctcagctgatgt 42445698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University