View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF12841_high_23 (Length: 390)
Name: NF12841_high_23
Description: NF12841
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12841_high_23 |
 | |
|
| [»] scaffold0386 (6 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0753 (1 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold1952 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold1826 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0911 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 381
Target Start/End: Original strand, 18537303 - 18537665
Alignment:
| Q |
19 |
ttgttaaaagtctatcaatatataagaaaggagccaatgttatataattgattcatacaattgatgtgaataagaaaatggaataaataatgcaatcaaa |
118 |
Q |
| |
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||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
18537303 |
ttgttaaaagtctattaatatataagaaaggagccaatgttatataattgattcatacaattgatgtaaataagaaaatggaataaataatgcaatcaaa |
18537402 |
T |
|
| Q |
119 |
tttttcaaatataaattatttatgatccaatgatttaataaaaaatagattgttcataacatatgttctacttgttcataaatatccaacggtgatttat |
218 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18537403 |
tttttcaaatataaattatttatgatccaatgatttaataaaaaaaagattgttcataacatatgttctacatattcataaatatccaacggtgatttat |
18537502 |
T |
|
| Q |
219 |
atttgtacataactttatagtggtatataaatatatatttattcactttactctcatgaaaggttaaaaatataataaaattatttaaaggatgacaagt |
318 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18537503 |
atttgtacataactttatagtggtatataaatatatatttattcactttactctcatgaaaggttaaaaatataataaaattatttaaaggatgacaagt |
18537602 |
T |
|
| Q |
319 |
tagtaaaattgtattcaattattttgattatgtttattacatgatcaattgtcatgtgatgtc |
381 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
18537603 |
tagtaaaattgtattcaattattttggttatgtttattacatgatcaattgtcatgtaatgtc |
18537665 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 22 - 361
Target Start/End: Original strand, 18546721 - 18547062
Alignment:
| Q |
22 |
ttaaaagtctatcaatatataagaaaggagccaatg-ttatataattgattcatacaattgatgtgaataagaaaatggaataaataatgcaatcaaatt |
120 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||| |||| || ||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| || || |
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| T |
18546721 |
ttaaaagtctatcaatatacaagagggg-gccaatgattatataattgattcgtataattgatgtgaataagaaagtaaaataaatcatgcaatgaattt |
18546819 |
T |
|
| Q |
121 |
tttcaaatataaattatttatgatccaatgatttaa-taaaaaatagattgttcataacatatgttctacttgttcataaatatccaacggtgatttata |
219 |
Q |
| |
|
||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
18546820 |
ttttaaatatatattctttatgatctaatgatttaattaaaaaatagatagctcataacatacgttctacttgttcataaatatccaatggtgttttata |
18546919 |
T |
|
| Q |
220 |
tttgtacataactttatagtggtatataaatatatatttattcactttactctcatgaaaggttaaaaatataataaaattatttaaaggatgacaagtt |
319 |
Q |
| |
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|| ||||||| ||||| | ||||| | ||||| ||| | | || ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || || |
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|
| T |
18546920 |
ttcatacataaatttattattgtataaacctatat-tttttcccctctactctcat-aaaggttaaaagaataataaaattatttaaatgatgataaatt |
18547017 |
T |
|
| Q |
320 |
agtaaaattgtattcaattattttg---attatgtttattacatg |
361 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18547018 |
agtaaaactgtattcaattattttgattattatgtttattacatg |
18547062 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 58 - 364
Target Start/End: Original strand, 18548857 - 18549162
Alignment:
| Q |
58 |
ttatataattgattcatacaattgatgtgaataagaaaatggaataaataatgcaatcaaatttttcaaatataaattatttatgatccaatgatttaat |
157 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
18548857 |
ttatataattgattcgtataattgatgtgaataagaaagtggaataaattatgcaatgaatttttttaaatataaattctttatgagataatgatttaat |
18548956 |
T |
|
| Q |
158 |
---aaaaaatagattgttcataacatatgttctacttgttcataaatatccaacggtgatttatatttgtacataactttatagtggtatataaatatat |
254 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||| || ||| ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||| |||| |||||||| |||||| | || |
|
|
| T |
18548957 |
aaaaaaaaatagattgctcagaaaatacgttct--ttgttcataaatatccaatgatgttttatattcatacacaactttatgatggtat----aagcat |
18549050 |
T |
|
| Q |
255 |
atttattcactttactctcatgaaaggttaaaaatataataaaattatttaaaggatgacaagttagtaaaattgtattcaattattttg---attatgt |
351 |
Q |
| |
|
|||| ||| | || |||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
18549051 |
attttttc-cattgctcttatgaaaggtttaaaaaataataaaattatttaaaggatgacaagttagtaaaattgtatttaattattttgattattatgt |
18549149 |
T |
|
| Q |
352 |
ttattacatgatc |
364 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
18549150 |
ttattacatgatc |
18549162 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 125 - 364
Target Start/End: Original strand, 18549981 - 18550221
Alignment:
| Q |
125 |
aaatataaattatttatgatcc-aatgatttaat-aaaaaatagattgttcataacatatgttctacttgttcataaatatccaacggtgatttatattt |
222 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||| |
|
|
| T |
18549981 |
aaatataaattctttatgatcttaatgatttaattaaaaaatagattgctcataacatacattctacttattcataaatattcaatcgtgtgttatattc |
18550080 |
T |
|
| Q |
223 |
gtacataactttatagtggtatataaatatatatttattcactttactctcatgaaaggttaaaaatataataaaattatttaaaggatgacaagttagt |
322 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||| |||||||||||| || ||| ||||||||| | ||||||||||| | ||| || || ||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
18550081 |
atacataactttatgatgg--tataaatatatactt-ttccctttactcttgtcgaaggttaaaaaaaaaat-aatttttttaaaggaagacaagttagt |
18550176 |
T |
|
| Q |
323 |
aaaattgtattcaattattttgatt---atgtttattacatgatc |
364 |
Q |
| |
|
||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18550177 |
aaaattgtatttaaatattttgattatcatgtttattacatgatc |
18550221 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 284 - 362
Target Start/End: Original strand, 18535876 - 18535957
Alignment:
| Q |
284 |
aaaaatataataaaattatttaaaggatgacaagttagtaaaattgtattcaattattt---tgattatgtttattacatga |
362 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18535876 |
aaaaaaataataaaaatatttaaaggatgacaagttattaaaattatattcaattatttttattattatgtttattacatga |
18535957 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0386 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 6)
Name: scaffold0386
Description:
Target: scaffold0386; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 19 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 3425 - 3070
Alignment:
| Q |
19 |
ttgttaaaagtctatcaatatataagaaaggagccaatgttatataattgattcatacaattgatgtgaataagaaaatggaataaataatgcaatcaaa |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3425 |
ttgttaaaagtctatcaatatataagaaaggggccaatgttatataattgattcatacaattgatgtgaataagaaaaaggaataaataatgcaatcaaa |
3326 |
T |
|
| Q |
119 |
tttttcaaatataaattatttatgatccaatgatttaataaaaaatagattgttcataacatatgttctacttgttcataaatatccaacggtgatttat |
218 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
3325 |
ttttttaaatataaattatttatgatccaatgatttaataaaaaatagattggtcataacatatgttctacttgttcataagtatccaacagtgatttat |
3226 |
T |
|
| Q |
219 |
atttgtacataactttatagtggtatataaatatatatttattcactttactctcatgaaaggttaaaaatataataaaattatttaaaggatgacaagt |
318 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3225 |
atttgtacataactttatgctgatatataaat--atatttattcactttactctgatgaaaggttaaaaataaaataaaattatttaaaggatgacaagt |
3128 |
T |
|
| Q |
319 |
tagtaaaattgtattcaattattttg---attatgtttattacatgatcaattgtcat |
373 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3127 |
tagtaaaattgtattcaattattttgattattatgtttattacatgatcaattgtcat |
3070 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0386; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 23 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 14860 - 14703
Alignment:
| Q |
23 |
taaaagtctatcaatatataagaaaggagccaatgttatataattgattcatacaattgatgtgaataagaaaatggaataaataatgcaatcaaatttt |
122 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||| ||||| | |
|
|
| T |
14860 |
taaaagcctatcaatatacaagaaaggggccaatggtatatatttgattcatacaattgatgtcaataagaaagttgaataaattatgcaatgaaattgt |
14761 |
T |
|
| Q |
123 |
tcaaatataaattatttatgatccaatgatttaataaaaaa---tagattgttcataa |
177 |
Q |
| |
|
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
14760 |
ttaaatataaattctttatgatccaatgatttaataaaaaaagttagattgttcataa |
14703 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0386; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 280 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 4868 - 4783
Alignment:
| Q |
280 |
ggttaaaaatataataaaattatttaaaggatgacaagttagtaaaattgtattcaattattt---tgattatgtttattacatga |
362 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4868 |
ggttaaaaaaataataaaattatttaaaggatgacaagttattaaaattatattcaattatttttattattatgtttattacatga |
4783 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0386; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 190 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 14712 - 14574
Alignment:
| Q |
190 |
ttgttcataaatatccaacggtgatttatatttgtacataactttatagtggtatataaatatatatttattcactttactctcatgaaaggttaaaaat |
289 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| || |||| |||||||| ||| ||||||||| || ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
14712 |
ttgttcataaatatctaagggtgctttatattcctacgtaactttatgatg--atataaaaatgtattttttcactttactctcatgaaagg-taaaaaa |
14616 |
T |
|
| Q |
290 |
ataataaaattatttaaaggatgacaagttagtaaaattgta |
331 |
Q |
| |
|
| || |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
14615 |
aaaaaaaaaatatttaaatgatgacaagttagtaaagttgta |
14574 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0386; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 280 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 9108 - 9024
Alignment:
| Q |
280 |
ggttaaaaatataataaaattatttaaaggatgacaagttagtaaaattgtattcaattattttga---ttatgtttattacatg |
361 |
Q |
| |
|
|||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
9108 |
ggttaagaaaataataaaactatttaaaggatgacaacttagtaaagttgtattcaattattttgattattatgtttattacatg |
9024 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0386; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 280 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 13470 - 13401
Alignment:
| Q |
280 |
ggttaaaaatataataaaattatttaaaggatgacaagttagtaaaattgtattcaattattttgattat |
349 |
Q |
| |
|
|||||| || |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13470 |
ggttaagaaaataataaaattatttaaaagataacaagttagtaaaattatattcaattattttgattat |
13401 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 118; Significance: 4e-60; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 23 - 364
Target Start/End: Original strand, 5674623 - 5674973
Alignment:
| Q |
23 |
taaaagtctatcaatatataagaaaggagccaatg-ttatataattgattcatacaat-tgatgtgaataagaaaatggaataaataatgcaatcaaatt |
120 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| |||| || ||||| |
|
|
| T |
5674623 |
taaaagtctatcaatatataagacgggggccaatgattatataattgattcatacaaaatgatgtgaataagaaagtagaataaattatgctatgaaatt |
5674722 |
T |
|
| Q |
121 |
tttcaaatataaattatttat-gatccaatgatttaataaaaaa-tagattgttcataacatatgttctacttgttcataaatatccaacggtgatttat |
218 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| || ||||||||| |||||||| || |||| ||||| |
|
|
| T |
5674723 |
gtttaaatataaattcttttttgatccaatgatttaataaaaaaatatattgctcataacatacattttacttgttcctaaatatcaaagggtgctttat |
5674822 |
T |
|
| Q |
219 |
atttgtacataactttatagtggtatataaatatatatttattcactttactctcatgaaaggttaaaaatataa------taaaattatttaaaggatg |
312 |
Q |
| |
|
||| || ||||||||| | ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5674823 |
att---acgtaactttatgatcgtatacaaatatattttt--tcactttactctcatgaaaggtacaaaaaaaaaaagaaataaaattatttaaaggatg |
5674917 |
T |
|
| Q |
313 |
-acaagttagtaaaattgtattcaattattttgattatg---tttattacatgatc |
364 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
5674918 |
tacaagttagtaaaattgtatttaattattttgattattatatttattacatgatc |
5674973 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 58 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 9287898 - 9287654
Alignment:
| Q |
58 |
ttatataattgattcatacaattgatgtgaataagaaaatggaataaataatgcaatcaaatttttcaaatataaattatttatgatccaatgatttaat |
157 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| || ||| |||||||| |||||| || | ||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
9287898 |
ttatataattgattcatataattgatgtgaataagaaagtggaataaattataaaatgaaattttttaaatattaaatctttatgatcaaatgatttaat |
9287799 |
T |
|
| Q |
158 |
-aaaaaatagattgttcataacatatgttctacttgttcataaatatccaacggtgatttatatttgtacataactttatagtggtatataaatatatat |
256 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| | |
|
|
| T |
9287798 |
caaaaaatagatttctcataacatatgtcttacttgttcataaatatctaatggtgctttatattcgtacataactttatgatggtata---------ct |
9287708 |
T |
|
| Q |
257 |
ttattcactttactctcatgaaaggttaaaaatataataaaattatttaaagga |
310 |
Q |
| |
|
|| || ||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
9287707 |
ttttttcctttactctcacaaaaggttaaaaacataatacaattatttaaagga |
9287654 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 120 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 5616202 - 5615961
Alignment:
| Q |
120 |
ttttcaaatataaattatttatgatccaatgatttaat-aaaaaatagattgttcataacatatgttctacttgttcataaatatccaacggtgatttat |
218 |
Q |
| |
|
|||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | || ||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
5616202 |
tttttaaatatacattctttatgatccaatgatttaatcaaaaaatagatcgcttatgacatacgttatactttttcataaatatccaatggtgttttat |
5616103 |
T |
|
| Q |
219 |
atttgtacataactttatagtggtatataaatatatatttattcactttactctcatgaaaggttaaaaatataataaaattatttaaagg--------a |
310 |
Q |
| |
|
||| ||||| |||||||| || ||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| | |
|
|
| T |
5616102 |
attcgtacacaactttatgatgacata-------atattttttccctttacactcatgaaaggttaaa--------aaaattatctaaaggaaaacttaa |
5616018 |
T |
|
| Q |
311 |
tgacaagttagtaaaattgtattcaattattttg---attatgtttattacatgatc |
364 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5616017 |
tgagaagttagtaaaattgtattcaattattttgattattatgtttattacatgatc |
5615961 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 290 - 349
Target Start/End: Original strand, 5685649 - 5685708
Alignment:
| Q |
290 |
ataataaaattatttaaaggatgacaagttagtaaaattgtattcaattattttgattat |
349 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5685649 |
ataataaaattatttaaaggatgacaagttagtaaaattttattcaattattttgattat |
5685708 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 302 - 347
Target Start/End: Original strand, 5691850 - 5691895
Alignment:
| Q |
302 |
tttaaaggatgacaagttagtaaaattgtattcaattattttgatt |
347 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5691850 |
tttaaaggatgacaaggtagtagaattgtattcaattattttgatt |
5691895 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 9196544 - 9196482
Alignment:
| Q |
173 |
cataacatatgttctacttgttcataaatatccaacggtgatttatatttgtacataacttta |
235 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| |||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
9196544 |
cataacatatgttctacttgtttataaatatttaattgtgctttatattcgtacataacttta |
9196482 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 183 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 9276893 - 9276831
Alignment:
| Q |
183 |
gttctacttgttcataaatatccaacggtgatttatatttgtacataactttatagtggtata |
245 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
9276893 |
gttctacttgatcataaatatacaatggtgctttatattcatacataactttatgatggtata |
9276831 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 172 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 9245349 - 9245317
Alignment:
| Q |
172 |
tcataacatatgttctacttgttcataaatatc |
204 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9245349 |
tcataacatacgttctacttgttcataaatatc |
9245317 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0753 (Bit Score: 46; Significance: 4e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0753
Description:
Target: scaffold0753; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 183 - 236
Target Start/End: Original strand, 1680 - 1733
Alignment:
| Q |
183 |
gttctacttgttcataaatatccaacggtgatttatatttgtacataactttat |
236 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
1680 |
gttctacttgttcataaatatccaatggtgatttatattcgtacataactttat |
1733 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1952 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold1952
Description:
Target: scaffold1952; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 368 - 306
Alignment:
| Q |
173 |
cataacatatgttctacttgttcataaatatccaacggtgatttatatttgtacataacttta |
235 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
368 |
cataacatacattctacttgttcataaatatttaattgtgatttatattcgtacataacttta |
306 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1826 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold1826
Description:
Target: scaffold1826; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 586 - 524
Alignment:
| Q |
173 |
cataacatatgttctacttgttcataaatatccaacggtgatttatatttgtacataacttta |
235 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
586 |
cataacatacattctacttgttcataaatattaaattgtgccttatatttgtacataacttta |
524 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0911 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0911
Description:
Target: scaffold0911; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 1195 - 1133
Alignment:
| Q |
173 |
cataacatatgttctacttgttcataaatatccaacggtgatttatatttgtacataacttta |
235 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||| |||||| || ||| |||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
1195 |
cataacatatgtcctacttgttcaaaaatatttaattgtgctttatattcgtacataacttta |
1133 |
T |
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