View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12841_low_3 (Length: 708)

Name: NF12841_low_3
Description: NF12841
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12841_low_3
NF12841_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (12-690)||(46731307-46731978)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 637; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 637; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 46731978 - 46731307
Alignment:
Q  12 acagaacagcacggcacggcagagggtcagatttgttttggagtgcacaaagataacaacctctgccagtagaagtgatatatgacaatcaaagacataa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46731978 acagaacagcacggcacggcagagggtcagatttgttttggagtgcacaaagataacaacctctgccagtagaagtgatatatgacaatcaaagacataa 46731879  T
Q  112 ggcaaaatatccgtaccttttttggttctattatcattcagtatgcacattgcacagataatatagacaaaatattacaactattgatgatgttatgcct 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46731878 ggcaaaatatccgtaccttttttggttctattatcattcagtatgcaca-------gataatatagacaaaatattacaactattgatgatgttatgcct 46731786  T
Q  212 atgcttataataattaacaaaagtgaaatactattaatcatatcatatcaatataaatattgaatatactactatttctctacccaccttagccctcgtg 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46731785 atgcttataataattaacaaaagtgaaatactattaatcatatcatatgaatataaatattgaatatactactatttctctacccaccttagccctcgtg 46731686  T
Q  312 atttgaggggcattgtttgcactttttcagttaaaaacagttatcgatggtgaccaagtttactttttctccaccatccccaagattttaatgttcacaa 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46731685 atttgaggggcattgtttgcactttttcagttaaaaacagttatcgatggtgaccaagtttactttttctccaccatccccaagattttaatgttcacaa 46731586  T
Q  412 cgatacagtaatttaattaatgtgattattattgttcatatgcatgtctgcttgcttttatggacaaatgaagaaggtgaacacaaggtgctgcgtttta 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46731585 cgatacagtaatttaattaatgtgattattattgttcatatgcatgtctgcttgcttttatggacaaatgtagaaggtgaacacaaggtgctgcgtttta 46731486  T
Q  512 tgctatgtgttttgtcccattaaaaccatccttgtccaattatgtctctttccaatggccccctcgtataaaattaagttttactttcacctaactttgg 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46731485 tgctatgtgttttgtcccattaaaaccatccttgtccaattatgtctctttccaatggccccctcgtataaaattaagttttactttcacctaactttgg 46731386  T
Q  612 tccctttttaaaaacaaaagtatgatttaattctttgatttatcaacaattgatttttggtttctcatgagagtctaaa 690  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  46731385 tccctttttaaaaacaaaagtatgatttaattctttcatttatcaacaattgatttttggtttctcatgagaatctaaa 46731307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University