View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12841_low_34 (Length: 346)

Name: NF12841_low_34
Description: NF12841
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12841_low_34
NF12841_low_34
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (24-339)||(29871174-29871489)
chr5 (20-339)||(30059345-30059664)
chr5 (20-339)||(4380646-4380965)
chr5 (24-339)||(30434810-30435125)
chr5 (24-292)||(30243172-30243440)
chr5 (24-339)||(30748631-30748946)
chr5 (24-339)||(30339325-30339640)
chr5 (24-292)||(30714234-30714502)
chr5 (20-339)||(30399053-30399372)
chr5 (24-292)||(30677968-30678239)
chr5 (24-339)||(30482392-30482707)
chr5 (24-288)||(29852338-29852602)
chr5 (93-292)||(30205545-30205747)
chr5 (93-241)||(17982006-17982152)
chr5 (106-339)||(30203138-30203372)
chr5 (181-241)||(29709866-29709926)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (24-329)||(20297403-20297708)
chr4 (109-156)||(52351128-52351175)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (24-329)||(26706330-26706635)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (93-292)||(7582597-7582796)
chr1 (93-286)||(7098456-7098649)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 24 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 29871489 - 29871174
Alignment:
Q  24 ttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatttgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagga 123  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29871489 ttgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactggaattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcagga 29871390  T
Q  124 tggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatataagttacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 223  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29871389 tggtatggaggtgaggattttcccatctctggaggaactcgtattatataagttaccaaacatagagggtttattgaaagttgaaagaggggagatgttt 29871290  T
Q  224 ccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagt 323  Q
    ||||||||||||| |||| |||| |   | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| || | ||||||||||||||||||    
T  29871289 ccttgtctttctagtttggatatttggaaatgccctaaaattggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcgttgccgatccatgtaacaatgagt 29871190  T
Q  324 tactgatgtccatctc 339  Q
    |||||| ||| |||||    
T  29871189 tactgaggtcaatctc 29871174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 20 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 30059664 - 30059345
Alignment:
Q  20 aaagttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatttgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctg 119  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| |       ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30059664 aaagttgtgcggcttcagttacttggtatactaccatctttaaaaaacctggaattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctg 30059565  T
Q  120 aggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatataagttacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30059564 aggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggaactcgtattatatcagttaccaaacatagagggtttattgaaagtggaaagaggggagat 30059465  T
Q  220 gtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaat 319  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||      ||||||||||    
T  30059464 gtttccttgtctttctaagttggatatctctgaatgccgtaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaatccctcactgtatcggaatgtaacaat 30059365  T
Q  320 gagttactgatgtccatctc 339  Q
    |||||||||| ||| |||||    
T  30059364 gagttactgaggtcaatctc 30059345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 9e-92
Query Start/End: Original strand, 20 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 4380965 - 4380646
Alignment:
Q  20 aaagttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatttgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||        || ||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4380965 aaagttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaacatctctaaaaaaattggaattatttcgtacggataatctgaaatacttggatgatgatgaatttg 4380866  T
Q  120 aggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatataagttacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4380865 aggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcgaattatattgtctaccaaacataaaggggttattgaaagtggaaagaggggagtt 4380766  T
Q  220 gtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaat 319  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||||| |||  |   ||||||||||    
T  4380765 gtttccttgtctttctaacttggatatctagaattgccctaaacttggactgccatgtcatccatctcttaaacacctcgttgttgagggatgtaacaat 4380666  T
Q  320 gagttactgatgtccatctc 339  Q
    |||||||||| ||| |||||    
T  4380665 gagttactgaggtcaatctc 4380646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 24 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 30435125 - 30434810
Alignment:
Q  24 ttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatttgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagga 123  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||       || | | ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30435125 ttgtgcggcttccgttatttggtaaactaccatctctaaaaaaacttagagtatatggtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagga 30435026  T
Q  124 tggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatataagttacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 223  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30435025 tggtatggaggtgagggctttcccatctttggaggtactcgaattacatgggttaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 30434926  T
Q  224 ccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagt 323  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||   | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||| ||  | ||||||||||||    
T  30434925 ccttgtctttctagtttggatatctggaaatgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcggtgtcgatggacgtaacaatgagt 30434826  T
Q  324 tactgatgtccatctc 339  Q
    |||||| ||| |||||    
T  30434825 tactgaggtcaatctc 30434810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 24 - 292
Target Start/End: Original strand, 30243172 - 30243440
Alignment:
Q  24 ttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatttgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagga 123  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||       ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243172 ttgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatatctaaaaaaactggaattattcgaaatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagga 30243271  T
Q  124 tggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatataagttacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||| |    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243272 tggtatggaggtgagggttttcccatctctagaggtactccaattatcttgtctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 30243371  T
Q  224 ccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctcttaaa 292  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||   | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30243372 ccttgtctttctagtttggatatctggaaatgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaa 30243440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 24 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 30748946 - 30748631
Alignment:
Q  24 ttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatttgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagga 123  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       || | ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  30748946 ttgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactaagattatatggtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagta 30748847  T
Q  124 tggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatataagttacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 223  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| ||||| |     ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30748846 tggtatggaggtgagcgttttcccatctctagaggaactcaacttaaaatccctaccaaacatagagggattattgaaagtggaaagaggggagatgttt 30748747  T
Q  224 ccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagt 323  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |      ||||||||||||||    
T  30748746 ccttgtctttctaagttggatatctgggattgccctgaacttggactgccatgtcttccatctcttaaatccctccatttatgggaatgtaacaatgagt 30748647  T
Q  324 tactgatgtccatctc 339  Q
    |||||| ||| |||||    
T  30748646 tactgaggtcaatctc 30748631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 24 - 339
Target Start/End: Original strand, 30339325 - 30339640
Alignment:
Q  24 ttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatttgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagga 123  Q
    |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||       || | | ||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339325 ttgtgctgcttcagttacttggtaaactaccatctctaaaaaatcttagagtatatcgtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagga 30339424  T
Q  124 tggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatataagttacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339425 tggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttacaacgcctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 30339524  T
Q  224 ccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagt 323  Q
    |||||||||||||| |||   ||||   ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||| ||||  |   ||||||||||||||    
T  30339525 ccttgtctttctaacttgacaatctcctattgccctaaaattggactgccatgtcttccatctcttaaagacctctatgttgagggatgtaacaatgagt 30339624  T
Q  324 tactgatgtccatctc 339  Q
    |||||| ||| |||||    
T  30339625 tactgaggtcaatctc 30339640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 24 - 292
Target Start/End: Original strand, 30714234 - 30714502
Alignment:
Q  24 ttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatttgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagga 123  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       |||| ||||| || |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714234 ttgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactgagattatatggtatcaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagga 30714333  T
Q  124 tggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatataagttacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 223  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||| |    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714334 tggtatggaggtgagggttttcccctctctggagatactcgaattatcttgtctacgaaacatagtggggttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 30714433  T
Q  224 ccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctcttaaa 292  Q
    |||| ||||||||| |||   ||| ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30714434 ccttctctttctaaattggtaatcgattgttgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaa 30714502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 20 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 30399372 - 30399053
Alignment:
Q  20 aaagttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatttgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctg 119  Q
    ||||||||||| |||| || | ||||||||||||| |||||       ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30399372 aaagttgtgcgacttcagttaattggtaaactaccgtctctaaaaaaactggaattatctgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctc 30399273  T
Q  120 aggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctactta-tataagttacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggaga 218  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30399272 aggatggtgtggaggtgagggttttcccatctctggaggaactccatttactat-gcctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggaga 30399174  T
Q  219 tgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaa 318  Q
    ||||||||||||||||| | |||   |||   | |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||      |||||||||    
T  30399173 tgtttccttgtctttctgagttgagaatcacagcttgccctaaacttggagtgccatgtcttccatctcttaaatccctctatgtattgggatgtaacaa 30399074  T
Q  319 tgagttactgatgtccatctc 339  Q
    ||||||||||| ||| |||||    
T  30399073 tgagttactgaggtcaatctc 30399053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 24 - 292
Target Start/End: Original strand, 30677968 - 30678239
Alignment:
Q  24 ttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatttgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagga 123  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||       |||| ||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30677968 ttgtgcggcttccgttacgtggtaaactaccatctctaaaaagactgagattatctcgtatgaataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagga 30678067  T
Q  124 tggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatataagttacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 223  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30678068 tggtatgaaggtgagggttttcccatctctggagaaactcttattagattctctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 30678167  T
Q  224 ccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaa---cttggactaccatgtcttccatctcttaaa 292  Q
    |||||||||||||  ||| ||||||   |||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30678168 ccttgtctttctaggttggatatctggaattgccctaaactgcttggactgccatgtcttccatctcttaaa 30678239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 24 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 30482707 - 30482392
Alignment:
Q  24 ttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatttgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagga 123  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30482707 ttgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctaaaaaaactggaattatcttatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcagga 30482608  T
Q  124 tggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatataagttacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 223  Q
    |||| ||||||||| |||||||| |||||||  ||  ||| | |||    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30482607 tggtgtggaggtgatggttttccgatctctgatggatctccatttacgatacctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 30482508  T
Q  224 ccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagt 323  Q
    |||||||||||| | ||| | ||||   |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||  |||| ||||  ||  ||||||||||||||    
T  30482507 ccttgtctttcttacttggaaatctcatattgccataaacttggactgccatctcttccatctcttgaaggcctctatgtggatggatgtaacaatgagt 30482408  T
Q  324 tactgatgtccatctc 339  Q
    |||||| ||| |||||    
T  30482407 tactgaggtcaatctc 30482392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 24 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 29852602 - 29852338
Alignment:
Q  24 ttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatttgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagga 123  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||        ||  ||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29852602 ttgtgcggcttccgttactttgtaaactaccatatctaaaaaagttggtattattcaaaatggataatctgaaatacttagatgatgatgaatctgagga 29852503  T
Q  124 tggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtact-ctacttatataagttacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtt 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| |     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  29852502 tggtatggaggtgagggttttcccatctctggagatacttcta-ttacaacgcctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagagggaagatatt 29852404  T
Q  223 tccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctct 288  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||   |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  29852403 tccttgtctttctaatttgaaaatctcatattgccctgaacttggactgccatgtcttccatctct 29852338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 93 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 30205747 - 30205545
Alignment:
Q  93 tgaaatacttggatgatgatgaa---tctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatataagttacgaaacataga 189  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||| | |||||||| | || |||| |||||||||||||||||||||||   ||| | |   ||| |||| ||||    
T  30205747 tgaaatacttggatgatgatgaagaatctcaagatggtattgtggcgaggattttcccatctctggaggtactcatattagaaatcctaccaaacttaga 30205648  T
Q  190 ggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctctt 289  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||    ||||    |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||    
T  30205647 agggttattgaaagtggaaagaggtgagatgtttccttgtctttctcgtttaaccatctccttttgccctaaacttggactgccatgtcttgtatctctt 30205548  T
Q  290 aaa 292  Q
    |||    
T  30205547 aaa 30205545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 93 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 17982152 - 17982006
Alignment:
Q  93 tgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatataagttacgaaacatagaggg 192  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||| |||    |||||||||||||||| |||||   ||| |||| |||  |||| |||||||    
T  17982152 tgaaatacttggatgatgatgaatttgaaaatggtgtggagatgataaatttcccatctctggagatactcacattaaataatttatcaaacttagaggg 17982053  T
Q  193 gttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttg 241  Q
      | ||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||| ||||    
T  17982052 tctgttgaaagtggaaagaggagaaatg--tccttgtctttctattttg 17982006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 30203372 - 30203138
Alignment:
Q  106 tgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatataagttacgaaacatagaggggttattgaaa--- 202  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||      ||| || | |||| |||| |||||||||| ||||||       
T  30203372 tgatgatgaatctcacaatggtatggaggtgaggattttcccatatttggaggta------ttaaatgatttaccaaacttagaggggttgttgaaactt 30203279  T
Q  203 ----gtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctcttaaatccctc 298  Q
        |||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||| |||||     || ||||||||||  |||  |||||||||||| | |||||  |||     
T  30203278 gaaagtggaaagagaggagatgtttccttgtctttttcaattggatatcgccttttaccctaaacttcaactgtcatgtcttccatatgttaaaaacctt 30203179  T
Q  299 gatgtcaatccatgtaacaatgagttactgatgtccatctc 339  Q
     |||| |||  |||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  30203178 tatgtaaatgaatgtaacaatgagttactgaggtcgatctc 30203138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 241
Target Start/End: Original strand, 29709866 - 29709926
Alignment:
Q  181 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttg 241  Q
    |||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||    
T  29709866 aaacttagaggggttagtgaatgtggaaagagaggaggtgtttccttgtccttctattttg 29709926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 173; Significance: 6e-93; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 24 - 329
Target Start/End: Original strand, 20297403 - 20297708
Alignment:
Q  24 ttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatttgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagga 123  Q
    |||||| |||||||| | |||||||||||||||||||       |||| | ||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  20297403 ttgtgcagcttccgttaattggtaaactaccatctctaaaaaaactgacaatatctggtatgtataatctgaaatacttggatgatgatgaatctcggga 20297502  T
Q  124 tggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatataagttacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 223  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20297503 tggtagggaggtgagggttttcccatctctggaggtactcgacttattttgtctacaaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 20297602  T
Q  224 ccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagt 323  Q
    |||||||||||||| ||| | ||||   | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20297603 ccttgtctttctaagttgaaaatctccaaatgccctaaacttggaatgccatgtcttccatctcttaaatccctcgatgtcgatccatgtaacaatgagt 20297702  T
Q  324 tactga 329  Q
    ||||||    
T  20297703 tactga 20297708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 109 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 52351175 - 52351128
Alignment:
Q  109 tgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctgga 156  Q
    |||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52351175 tgatgaatctcacgatggtgtgggggtgagggttttcccatctctgga 52351128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 153; Significance: 5e-81; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 24 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 26706635 - 26706330
Alignment:
Q  24 ttgtgcggcttccgtcacttggtaaactaccatctctnnnnnnnctgaaattatttgatatggataatctgaaatacttggatgatgatgaatctgagga 123  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       ||| |||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26706635 ttgtgcggcttccgttacttggtaaactaccatctctagaaaaactggaattatcttctatggttaatctgaaatacttggatgatgatgaatctcagga 26706536  T
Q  124 tggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatataagttacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgttt 223  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||    
T  26706535 tggcatggaggtgagggttttcccatctctgaaggtactccacttatatgagttaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggaaaggtgttt 26706436  T
Q  224 ccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctcttaaatccctcgatgtcaatccatgtaacaatgagt 323  Q
    ||||||||||||  ||||   || ||  |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||      ||||||||||||||    
T  26706435 ccttgtctttctcgtttgacaatatactattgccctaagctaggactgccatgtcttccatctcttaaatccctcaatgtttcgggatgtaacaatgagt 26706336  T
Q  324 tactga 329  Q
    ||||||    
T  26706335 tactga 26706330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 93 - 292
Target Start/End: Original strand, 7582597 - 7582796
Alignment:
Q  93 tgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactc-tacttatataagttacgaaacatagagg 191  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |  ||||| |||| |||||  ||||||||||||| ||||||||  || ||  || | |||| |||| ||||||    
T  7582597 tgaaatacttggatgatgatgaatttcacaatggtttggaagtgagaattttcccatctcttgaggtacttataattg-atgacttaccaaacttagagg 7582695  T
Q  192 ggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatctcttaa 291  Q
    |||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||| | ||| |  ||||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||||    
T  7582696 ggttgttgaaagtggaaaaaaaggagatgtttccttgtctttctattttgaacatcaacaattgccctaaacttgaacttccgtgtcttccatctgttaa 7582795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 93 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 7098649 - 7098456
Alignment:
Q  93 tgaaatacttggatgatgatgaatctgaggatggtatggaggtgagggttttcccatctctggaggtactctacttatataagttacgaaacatagaggg 192  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |  ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||  |||||  |||     | | | |||| |||||||    
T  7098649 tgaaatacttggatgataatgaatttcacaatggtatggaggtaaggattttcccatctctagagacactcttgttacgcgggatgccaaacttagaggg 7098550  T
Q  193 gttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtatatctatgattgccctaaacttggactaccatgtcttccatct 286  Q
      | ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||| | ||| |  ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||    
T  7098549 actgttgaaagtggaaagagatgagacgtttccttgtctttctattttggaaatcgacaattgccctaaacttgaacttccgtgtcttccatct 7098456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University