View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12845_high_1 (Length: 428)

Name: NF12845_high_1
Description: NF12845
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12845_high_1
NF12845_high_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (18-405)||(202157-202545)
chr3 (18-403)||(206554-206940)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (25-405)||(6908449-6908828)
chr4 (18-405)||(44924415-44924801)
chr4 (160-400)||(6901452-6901692)
chr4 (234-400)||(44927080-44927246)
chr4 (45-106)||(6901694-6901755)
chr4 (234-326)||(44926961-44927053)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (45-403)||(24652676-24653034)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (18-403)||(29514352-29514743)
chr1 (48-400)||(43626062-43626417)
chr1 (109-250)||(43997926-43998065)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 202545 - 202157
Alignment:
Q  18 aaaaggctcaactatcacaaagatcaccaaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagcacatattaaaaacaaattgtctcgagcaaagatttc 117  Q
    |||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  202545 aaaaggttcaatcatcacaaagatcatcaaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaagatcaaaaacaacatgtctcgagcaaagatttc 202446  T
Q  118 ctcacacaataaacagggatgggaaaatggtaaaagtcatttgcatgacagaaaatctaaagtctagggcagatataaaaaggctagagcaaggatctaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202445 ctcacacaataaacagggatgggaaaatggtaaaagtcatttgcatgacagaaaatctaaagtctagggcagatataaaaaggctagagcaaggatctaa 202346  T
Q  218 gcaaaagaaaatcat-aatttaatcttcatcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgacc 316  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202345 gcaaaagaaaatcataaatttaatcttcatcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgacc 202246  T
Q  317 aggaagaccaccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcacca 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202245 aggaagaccaccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcacca 202157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 18 - 403
Target Start/End: Original strand, 206554 - 206940
Alignment:
Q  18 aaaaggctcaactatcacaaagatcacc-aaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagcacatattaaaaacaaattgtctcgagcaaagattt 116  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | || ||||||||  |||||| |||||||||||    
T  206554 aaaaggttcaattataacaaagatcatttaaatgtattggagcaaaacttaatacttggaaaagaaaagatcaaaaacaacatgtctcaagcaaagattt 206653  T
Q  117 cctcacacaataaacagggatgggaaaatggtaaaagtcatttgcatgacagaaaatctaaagtctagggcagatataaaaaggctagagcaaggatcta 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  206654 cctcacacaataaacagggatgggaaaacggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaaggatcta 206753  T
Q  217 agcaaaagaaaatcataatttaatcttcatcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgacc 316  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  206754 agaaaatgaaaatcataatttaatcttcatcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagccttaaggttcttacgcttcacacgacc 206853  T
Q  317 aggaagaccaccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcac 403  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  206854 aggaagaccaccaccgaatggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaacccttaccatgaaggatgggatgttcac 206940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 333; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 405
Target Start/End: Original strand, 6908449 - 6908828
Alignment:
Q  25 tcaactatcacaaagatcaccaaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagcacatattaaaaacaaattgtctcgagcaaagatttcctcacac 124  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | | || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  6908449 tcaattatcacaaagatcatcaaatgtattggagcaaaact-aatacttagaaaagaaaagatcaaaaacaacatgtcttgagcaaagatttcctcacac 6908547  T
Q  125 aataaacagggatgggaaaatggtaaaagtcatttgcatgacagaaaatctaaagtctagggcagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaag 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6908548 aataaacagggatgggaaaatggtaaaagtcatttgcatgacagaaaatctaaagtctagggcagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaag 6908647  T
Q  225 aaaatcataatttaatcttcatcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgaccaggaagac 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6908648 aaaatcataatttaatcttcatcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgtttcacacgaccaggaagac 6908747  T
Q  325 caccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcacca 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6908748 caccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcacca 6908828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 18 - 405
Target Start/End: Original strand, 44924415 - 44924801
Alignment:
Q  18 aaaaggctcaactatcacaaagatcaccaaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagcacatattaaaaacaaattgtctcgagcaaagatttc 117  Q
    |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   || ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  44924415 aaaaggttcaattatcacaaagatcatcaaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaggataaaaaacaacatgtctcgagcaaagatttc 44924514  T
Q  118 ctcacacaataaacagggatgggaaaatggtaaaagtcatttgcatgacagaaaatctaaagtctagggcagatataaaaaggctagagcaaggatctaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44924515 ctcacacaataaacagggatgg-aaaatggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaaggatctaa 44924613  T
Q  218 gcaaaagaaaatcataatttaatcttcatcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgacca 317  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44924614 gcaaaatgaaatcataatttaatcttcatcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcacttcacacgacca 44924713  T
Q  318 ggaagaccaccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcacca 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44924714 ggaagaccaccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcacca 44924801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 160 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 6901692 - 6901452
Alignment:
Q  160 gcatgacagaaaatctaaagtctagggcagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatcttcatcctcctcatcacc 259  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6901692 gcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggcgagagcaaggatctaagaaaatgaaaatcataatttaatcttcatcctcctcatcacc 6901593  T
Q  260 atcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgaccaggaagaccaccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatg 359  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6901592 atcaccaccggaagccttcttggctgcagccttaaggttcttacgcttcacacgaccaggaagaccaccaccgaatggacttgtgagtgaaaagtcaatg 6901493  T
Q  360 tgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgtt 400  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6901492 tgcttctgtgaatcaacccttaccatgaaggatgggatgtt 6901452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 234 - 400
Target Start/End: Original strand, 44927080 - 44927246
Alignment:
Q  234 atttaatcttcatcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgaccaggaagaccaccgccga 333  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||| ||||||||||||||||| || |    
T  44927080 atttaatcttcatcctcctcatctccatcaccaccggaagccttcttggctgcagccttaaggttctttcacttcacgcgaccaggaagaccaccaccaa 44927179  T
Q  334 aaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgtt 400  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44927180 agggacttgtgagggaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgtt 44927246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 45 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 6901755 - 6901694
Alignment:
Q  45 caaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagcacatattaaaaacaaattgtctcga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | || ||||||||  ||||||||    
T  6901755 caaatgtattggagcaaaacttaatacttggaaaagaaaagatcaaaaacaacatgtctcga 6901694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 234 - 326
Target Start/End: Original strand, 44926961 - 44927053
Alignment:
Q  234 atttaatcttcatcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgaccaggaagacca 326  Q
    |||| ||||||||||||||  ||  ||||||||||||| |||||||  |  |||||||| | |||||||  |||||| ||||||||| |||||    
T  44926961 attttatcttcatcctccttgtcttcatcaccaccggacgccttctaagtagcagccttaaggttctttaacttcacgcgaccaggatgacca 44927053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 45 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 24653034 - 24652676
Alignment:
Q  45 caaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagcacatattaaaaacaaattgtctcgagcaaagatttcctcacacaataaacagggatgggaaaa 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | || ||||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24653034 caaatgtattggagcaaaacttaatacttggaaaagaaaagatcaaaaacaacatgttttgagcaaagatttcctcacacaataaacagggatgggaaaa 24652935  T
Q  145 tggtaaaagtcatttgcatgacagaaaatctaaagtctagggcagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatcttc 244  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  24652934 cggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaaggatctaagaaaatgaaaatcataatttaatcttc 24652835  T
Q  245 atcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgaccaggaagaccaccgccgaaaggacttgtg 344  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  24652834 atcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagccttaaggttcttacgcttcacacgaccaggaagaccaccaccgaatggacttgtg 24652735  T
Q  345 agtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcac 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24652734 agtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaacccttaccatgaaggatgggatgttcac 24652676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 18 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 29514743 - 29514352
Alignment:
Q  18 aaaaggctcaactatcacaaagatcaccaaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagcacatattaaaaacaaattgtctcgagcaaagatttc 117  Q
    |||||| |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||| | |  | ||||| ||  | ||||||||||||||||     
T  29514743 aaaaggttcaattatcataaagatcatcaaatgtattggagcaaaactctatacttggaaaagaaaagctcaaaaagaacatctctcgagcaaagattta 29514644  T
Q  118 ctcacacaataaacagggatgggaaaatggtaaaagtcatttgcatgacagaaaatctaaagtctagggcagatataaaaaggctagagcaaggatctaa 217  Q
    ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  29514643 ctcgcacaataaacaaggataggaaaatggtaaaagtcatatgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatatcaagaggctagagcaaggatctaa 29514544  T
Q  218 gcaaaagaaaatcataatttaa------tcttcatcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcaca 311  Q
    ||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||     
T  29514543 gcaaaagaaaatcataatttaaatttaatcttcatcctcctcatcaccatcaccaccagaagccttcttggctgcagccttaaggttctttcgcttcacg 29514444  T
Q  312 cgaccaggaagaccaccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcac 403  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29514443 cgaccgggaagaccaccaccaaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaatgatgggatgttcac 29514352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 48 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 43626417 - 43626062
Alignment:
Q  48 atgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagcacatattaaaaacaaattgtctc-gagcaaagatttcctcacacaataaacagggatgggaaaa-t 145  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||| | | || ||||||||   ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| |    
T  43626417 atgtattggagcaaaacttaatatttggaaaagaagagataaaaaacaacacgtctctgagaaaagatttccttacacaataaacaaggatgagaaaaat 43626318  T
Q  146 ggtaaaagtcatttgcatgacagaaaatctaaagtctagggcagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatcttca 245  Q
    |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  43626317 ggtaaaagtcatatgcatcatagaaaatctaaagtctaggacagata--aaaaggctagagcaaggatctaagtaaaagaaaatcataatttaaccttca 43626220  T
Q  246 tcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgc-agcctttaagttctttcgcttcacacgaccaggaagaccaccgccgaaaggacttgtg 344  Q
    |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||    
T  43626219 tcctcctcgtcaacatgaccaccggaagccttcttggctgccagtcttaaggttctttcgcttcacacgaccaggaagacaaccaccaaaaggacttgtg 43626120  T
Q  345 agtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctca--ccatgaaggatgggatgtt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  43626119 agtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccccatgaaggatgggatgtt 43626062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 109 - 250
Target Start/End: Original strand, 43997926 - 43998065
Alignment:
Q  109 aaagatttcctcacacaataaacagggatgggaaaatggtaaaagtcatttgcatgacagaaaatctaaagtctagggcagatataaaaaggctagagca 208  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||    
T  43997926 aaagatttcctcacacaataaacaaggatgggaaaatggtaaaagtcatatgcatcatagaaaatctaaagtctaggacag--ctaaaaaggctagagca 43998023  T
Q  209 aggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatcttcatcctc 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43998024 aggatctaagcaaaagaaaatcataatttaaccttcatcctc 43998065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University