View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1284_high_3 (Length: 498)

Name: NF1284_high_3
Description: NF1284
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1284_high_3
NF1284_high_3
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (38-469)||(4078545-4078983)
chr8 (251-469)||(4101298-4101528)
chr8 (50-248)||(34501095-34501290)
chr8 (45-248)||(33817508-33817707)
chr8 (45-248)||(26426778-26426977)
chr8 (45-248)||(37233486-37233690)
chr8 (45-248)||(21405721-21405920)
chr8 (45-248)||(21800213-21800412)
chr8 (45-248)||(29601133-29601333)
chr8 (45-248)||(10953580-10953784)
chr8 (45-248)||(10961585-10961789)
chr8 (45-167)||(10582187-10582309)
chr8 (50-248)||(33317602-33317795)
chr8 (48-248)||(14123217-14123412)
chr8 (45-248)||(14122253-14122451)
chr8 (49-167)||(10334599-10334717)
chr8 (188-248)||(10582098-10582158)
chr8 (195-248)||(10334730-10334783)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (45-248)||(23219415-23219615)
chr6 (50-248)||(14206579-14206774)
chr6 (50-248)||(4486624-4486819)
chr6 (51-244)||(31715348-31715537)
chr6 (188-248)||(34527062-34527122)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (38-248)||(24596242-24596461)
chr3 (45-248)||(10695808-10696007)
chr3 (45-248)||(43171577-43171776)
chr3 (45-248)||(14242764-14242968)
chr3 (45-248)||(53175754-53175950)
chr3 (45-248)||(39625355-39625554)
chr3 (45-248)||(45906057-45906256)
chr3 (45-248)||(52722456-52722654)
chr3 (45-248)||(10475822-10476028)
chr3 (45-248)||(52553327-52553524)
chr3 (45-248)||(8034381-8034583)
chr3 (48-167)||(40690582-40690701)
chr3 (45-248)||(4970965-4971170)
chr3 (45-167)||(38572773-38572895)
chr3 (45-248)||(50517063-50517263)
chr3 (45-167)||(26406941-26407063)
chr3 (45-248)||(24656930-24657129)
chr3 (45-248)||(38834461-38834654)
chr3 (56-167)||(54244984-54245095)
chr3 (188-248)||(38572924-38572984)
chr3 (188-248)||(40690497-40690557)
chr3 (188-248)||(17332083-17332143)
chr3 (113-149)||(24656833-24656869)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (50-248)||(46940019-46940213)
chr7 (49-248)||(6587596-6587791)
chr7 (45-248)||(38150390-38150589)
chr7 (45-248)||(16188985-16189187)
chr7 (45-248)||(1783559-1783758)
chr7 (45-248)||(36333000-36333205)
chr7 (45-248)||(29665970-29666168)
chr7 (45-248)||(19893490-19893691)
chr7 (45-248)||(32801636-32801834)
chr7 (45-248)||(3175995-3176191)
chr7 (45-248)||(27895084-27895282)
chr7 (45-248)||(47748918-47749117)
chr7 (45-167)||(7835080-7835200)
chr7 (45-248)||(38098353-38098552)
chr7 (45-248)||(28147055-28147254)
chr7 (63-248)||(29172246-29172427)
chr7 (49-245)||(23979916-23980111)
chr7 (56-167)||(7118146-7118257)
chr7 (45-167)||(44073833-44073956)
chr7 (188-248)||(7835239-7835299)
chr7 (188-248)||(47262807-47262867)
chr7 (191-248)||(7118278-7118335)
chr7 (195-248)||(35407125-35407178)
chr7 (188-248)||(38075804-38075864)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (45-248)||(45463549-45463751)
chr2 (45-248)||(4391667-4391867)
chr2 (45-248)||(5003456-5003656)
chr2 (45-248)||(34599573-34599771)
chr2 (45-247)||(16492421-16492619)
chr2 (45-248)||(25459479-25459675)
chr2 (45-248)||(28439785-28439983)
chr2 (45-248)||(12131377-12131577)
chr2 (45-248)||(15381814-15382009)
chr2 (45-246)||(38903352-38903551)
chr2 (185-248)||(38033634-38033697)
chr2 (44-147)||(34132343-34132448)
chr2 (122-167)||(38033576-38033621)
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (45-248)||(46580291-46580490)
chr4 (45-248)||(43100399-43100603)
chr4 (45-248)||(53227976-53228176)
chr4 (47-248)||(13229633-13229831)
chr4 (50-248)||(1121327-1121520)
chr4 (45-244)||(6890972-6891171)
chr4 (45-248)||(28714301-28714501)
chr4 (45-248)||(40219016-40219217)
chr4 (45-167)||(575885-576007)
chr4 (49-167)||(1124163-1124281)
chr4 (45-248)||(21629417-21629616)
chr4 (45-248)||(26619165-26619365)
chr4 (45-167)||(50435899-50436021)
chr4 (45-167)||(48832892-48833014)
chr4 (76-248)||(32129155-32129324)
chr4 (45-250)||(56038079-56038280)
chr4 (190-248)||(48833042-48833100)
chr4 (194-248)||(50435833-50435887)
chr4 (191-248)||(576023-576080)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (50-248)||(25764210-25764404)
chr5 (45-248)||(3466328-3466530)
chr5 (45-248)||(19858117-19858316)
chr5 (45-248)||(21145723-21145921)
chr5 (45-244)||(794517-794711)
chr5 (46-248)||(22527444-22527642)
chr5 (46-248)||(3514314-3514512)
chr5 (188-248)||(9717281-9717341)
chr5 (188-248)||(15927351-15927411)
chr5 (188-248)||(41284480-41284540)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (45-255)||(13832669-13832876)
chr1 (45-248)||(37350509-37350709)
chr1 (53-253)||(7351310-7351510)
chr1 (45-248)||(42434537-42434736)
chr1 (45-248)||(9411951-9412151)
chr1 (45-236)||(40535510-40535697)
chr1 (45-248)||(29824192-29824397)
chr1 (49-248)||(31924483-31924677)
chr1 (45-248)||(40977012-40977210)
chr1 (188-248)||(40535445-40535505)
chr1 (181-248)||(27286058-27286125)
chr1 (188-248)||(1804238-1804298)
[»] scaffold0054 (1 HSPs)
scaffold0054 (46-248)||(30373-30572)
[»] scaffold0208 (1 HSPs)
scaffold0208 (52-248)||(2925-3119)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 4078983 - 4078545
Alignment:
Q  38 taaataagtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagat 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4078983 taaataagtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagat 4078884  T
Q  138 atataaccattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnn------ttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaac 231  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  4078883 atataaccattattttcgtgtcttacatataaaaaaaaaaaaaaaaaattattttaggccccaaaaaattgaaggcccggtatcgttgcccagcctcgac 4078784  T
Q  232 gggctatgggccggcccagactaaggaacaatgaatgaaataaacttgcacaaagtaacaaacaattcaaattcatgctaacatcctaacaaagtcataa 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4078783 gggctatgggccggcccagactaaggaacaatgaatgaaataaacttgcacaaagtaacaaacaattcaaattcatgctaacatcctaacaaagtcataa 4078684  T
Q  332 atatataccttgaaatttgc-aaatcatcacaatcattccctgctattgattgatcatatccctagccatttaaactttatgcatcaacatcaggagtga 430  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4078683 atatataacttgaaatttgcaaaatcatcacaatcattccctgctattgatagatcacatccctagccatttaaactttatgcatcaacatcaggagtga 4078584  T
Q  431 ttttgctttataatctgtaactgctaactttgcaacatt 469  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4078583 ttttgctttataatctgtaactgctaactttgcaacatt 4078545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 251 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 4101528 - 4101298
Alignment:
Q  251 actaaggaacaatgaatgaaataaacttgcacaaagtaacaaacaattcaaattcatgctaacatcctaacaaagtcataaatatataccttgaaatttg 350  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  4101528 actaaggaacaatggatgaaataaacttgatcaaagtaacaaacaattcaaattcatgctaacatcctaacaaagtcataaacatataccttgacatttg 4101429  T
Q  351 caaatc------------atcacaatcattccctgctattgattgatcatatccctagccatttaaactttatgcatcaacatcaggagtgattttgctt 438  Q
    ||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4101428 caaatcctcatacaaatcatcacaatcattccctgctattgattgatcatatccctagccatttaaactttatgcatcaacatcaggagtgattttgctt 4101329  T
Q  439 tataatctgtaactgctaactttgcaacatt 469  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4101328 tataatctgtaactgctaactttgcaacatt 4101298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 50 - 248
Target Start/End: Original strand, 34501095 - 34501290
Alignment:
Q  50 tcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccatta 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34501095 tcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccatgccactaaagcaagctgtacaaattgaattaatttgcttttaatagatatataaccatta 34501194  T
Q  150 tattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    | |||||| |||||||||             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34501195 ttttcgtggcttacatataaaaaaaaaa---tattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccggccc 34501290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 33817508 - 33817707
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33817508 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagttgtcacaccactaaagcaagctgtacaaatttaattaatttgcttttaatagatatataac 33817607  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| |||||| |||||||||             |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  33817608 cattattttcgtggcttacatataaaaaaaaa----tatttcgggccccaaaaaattagaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 33817703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 26426778 - 26426977
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26426778 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtgaccatgccactaaagcaagctgtacagattgaattaatttgcttttaatagatatataac 26426877  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||| || |||||||||             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  26426878 cattattttcatggcttacatataaaaaaaaa----tattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 26426973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 37233690 - 37233486
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37233690 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaagtggccacaccactaaagcaagctttacaaatcaaattaatttgcttttaatagatatataac 37233591  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttat-tttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggcc 243  Q
    |||||| |||||| |||||||||              || ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||    
T  37233590 cattattttcgtggcttacatataaaaataaaaaaaaatatttgggccccaaaaaattggaggcccagtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatggacc 37233491  T
Q  244 ggccc 248  Q
    |||||    
T  37233490 ggccc 37233486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 21405721 - 21405920
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  21405721 gtgggtcttgaacacatgacctcacacttaacaaaaagtggccatgccactaaagcaagctgtacaaattgaaaaaatttgcttttaatagatatataac 21405820  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||| ||||||||||||             |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||    
T  21405821 cattattttcatgtcttacatataaaaaaaaa----tattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgttgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 21405916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 21800213 - 21800412
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  21800213 gtgggtcttgaacacatgacctcacacttaacaaaaagtggccatgccactaaagcaagctgtacaaattgaaaaaatttgcttttaatagatatataac 21800312  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||| ||||||||||||             |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||    
T  21800313 cattattttcatgtcttacatataaaaaaaaa----tattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgttgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 21800408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 29601133 - 29601333
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||     
T  29601133 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaaatagccatgccactaaagcaagctgtacaaattgaataaatttgcttttaatagatatataat 29601232  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||||||||||||||||             |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  29601233 cattattttcgtgtcttacatataaaaaaaata---tattttgggccccaaaaaattggagacccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 29601329  T
Q  245 gccc 248  Q
    ||||    
T  29601330 gccc 29601333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 10953580 - 10953784
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10953580 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaaatggccatgccactaaagcaagctgtacaaattgaattaatttgcttttaatagatatataac 10953679  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatat-nnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggcc 243  Q
    |||||| |||||| |||||||||               | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||    
T  10953680 cattattttcgtggcttacatataaaaaaaaataaaaaaatttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatggacc 10953779  T
Q  244 ggccc 248  Q
    |||||    
T  10953780 ggccc 10953784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 10961585 - 10961789
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10961585 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaaatggccatgccactaaagcaagctgtacaaattgaattaatttgcttttaatagatatataac 10961684  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatat-nnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggcc 243  Q
    |||||| |||||| |||||||||               | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||    
T  10961685 cattattttcgtggcttacatataaaaaaaaataaaaaaatttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatggacc 10961784  T
Q  244 ggccc 248  Q
    |||||    
T  10961785 ggccc 10961789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 45 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 10582309 - 10582187
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10582309 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaagtagctgcgccactaaagcaagctgtacaaattgaattaatttgcttttaatagatatataac 10582210  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatat 167  Q
    |||||| |||||| |||||||||    
T  10582209 cattattttcgtggcttacatat 10582187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 50 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 33317795 - 33317602
Alignment:
Q  50 tcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccatta 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33317795 tcttgaacacatgacctcacactcaataaatattggccacgccactgaagcaagctgtacaaattagaataatttgcttttaatacatatataaccatta 33317696  T
Q  150 tattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    | ||| |||||||||| |             |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33317695 ttttcatgtcttacatttaaaaaaaa-----tattttgggcctcaaaaaattggaggcgcggtgtcgtcgcccagcctcaacgggctataggccggccc 33317602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 48 - 248
Target Start/End: Original strand, 14123217 - 14123412
Alignment:
Q  48 ggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccat 147  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  14123217 ggtcttgaacatatgacctcacactcaacaaaaagcagccttgccactaaagcaagctgcacatattgaaataatttgcttttaatagatatataacaat 14123316  T
Q  148 tatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggcc 247  Q
    ||| || ||||||| |||||             |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14123317 tatttttgtgtcttgcatataaaaaaaa-----tattttgggccccaaaaaattggaggcctggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccggcc 14123411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 14122253 - 14122451
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |  ||||| |||||||||| ||||||| || || ||| |||||||||||||||||||    
T  14122253 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagcgacaatgccactgaagcaagctgcacaaattgaaatagttttcttttaatagatatataac 14122352  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| |||||||||| |||||             |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  14122353 cattattttcgtgtcttgcatataaaaaaaa-----tattttgggtcccaaaaaattggaggtccggtgtcgtcacccagcctcgacgggctatgggccg 14122447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 49 - 167
Target Start/End: Original strand, 10334599 - 10334717
Alignment:
Q  49 gtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccatt 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10334599 gtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaagtggccatgccactaaagcaaactgtacaatttgaattaatttgcttttaatagatatataaccatt 10334698  T
Q  149 atattcgtgtcttacatat 167  Q
    || ||| || |||||||||    
T  10334699 attttcatggcttacatat 10334717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 188 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 10582158 - 10582098
Alignment:
Q  188 ggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10582158 ggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccggccc 10582098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 195 - 248
Target Start/End: Original strand, 10334730 - 10334783
Alignment:
Q  195 aaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||    
T  10334730 aaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgaagggctatgggccggccc 10334783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 23219415 - 23219615
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23219415 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattgaattaatttgcttttaatagatatataac 23219514  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||||||||||||||||             ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||    
T  23219515 cattattttcgtgtcttacatataaaaaaaata---tattttgtgccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgaagggctatgggccg 23219611  T
Q  245 gccc 248  Q
    ||||    
T  23219612 gccc 23219615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 50 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 14206774 - 14206579
Alignment:
Q  50 tcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccatta 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14206774 tcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccatgccactaaagcaagctgtacaaattgaattaatttgcttttaatagatatataaccatta 14206675  T
Q  150 tattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    | |||||| |||||||||             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14206674 ttttcgtggcttacatataaaaaaaaaa---tattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccggccc 14206579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 50 - 248
Target Start/End: Original strand, 4486624 - 4486819
Alignment:
Q  50 tcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccatta 149  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  || ||||||||| | ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  4486624 tcttgaacacatgatctcacactcaacaaaaagtggccatgcctctaaagcaaacggtacaaattgaataaacttgcttttaatagatatataaccatta 4486723  T
Q  150 tattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    | ||||||||||||||||              ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  4486724 ttttcgtgtcttacatataaaaaaaaaaa---attttggaccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccaacctcgacgggctatgggccggccc 4486819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 51 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 31715537 - 31715348
Alignment:
Q  51 cttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccattat 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||||| |||||||| | || |   |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  31715537 cttgaacacatgacctcacactcaacaaaaaggggccacgccactgtagcaagttgtacaaactgaaatggattgcttttgatagatatataaacattat 31715438  T
Q  151 attcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
     ||||||||||||||||             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  31715437 tttcgtgtcttacatataaaaaaaaa----tattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 31715348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 248
Target Start/End: Original strand, 34527062 - 34527122
Alignment:
Q  188 ggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    |||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||    
T  34527062 ggcccccaaaaatttgaggcccagtgtcgtcgcccagccccgacgggctatgggccggccc 34527122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 38 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 24596461 - 24596242
Alignment:
Q  38 taaataagtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagat 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24596461 taaataagtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagat 24596362  T
Q  138 atataaccattatattcgtgtcttacatat---------nnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctc 228  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||                     || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24596361 atataaccattattttcgtgtcttacatataaatatatatatatatatatttttttttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctc 24596262  T
Q  229 aacgggctatgggccggccc 248  Q
     |||||||||||||||||||    
T  24596261 gacgggctatgggccggccc 24596242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 10695808 - 10696007
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  10695808 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacgccactaaagcaagctg-acaaattaaattaattcgcttttaatagatatataat 10695906  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||||||||||||||||             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  10695907 cattattttcgtgtcttacatattaaaaaaaaa---tattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 10696003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 43171776 - 43171577
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  43171776 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgtttttaatagatatataac 43171677  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
     ||||| |||||| |||||||||              |  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  43171676 tattattttcgtggcttacatataaaaaaataa----aaattgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 43171581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 14242764 - 14242968
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14242764 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaagtggccacacgactaaagcaagctgtacagattgaattaatttgcttttaatagatatataac 14242863  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatat-nnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggcc 243  Q
    |||||| |||||| |||||||||              ||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  14242864 cattattttcgtggcttacatataaaaaaaaataaaataaattgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggcc 14242963  T
Q  244 ggccc 248  Q
    |||||    
T  14242964 ggccc 14242968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 53175950 - 53175754
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  53175950 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaagtggccacaccactaaagtaagctgtacaaattgaactaatttgcttttaatagatatataac 53175851  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| |||||| |||||||||              | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||    
T  53175850 cattattttcgtggcttacatataaaaaaa-------aatttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgagctatgggccg 53175758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 39625554 - 39625355
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||     
T  39625554 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggtcatgccactaaagcaagctatacaaattgaataaatttgcttttaatagatatataat 39625455  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||||||||||||||||             |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  39625454 cattattttcgtgtcttacatataaaaaaaaa----tattttgggccccaaaaaattgaaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 39625359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 45906256 - 45906057
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||     
T  45906256 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaaatgatcacaccactaaagcaagctgtacagattgaataaatttgcttttaatagatatataat 45906157  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||||||||||||||||             |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  45906156 cattattttcgtgtcttacatataaaaataaa----tattttggaccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 45906061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 52722456 - 52722654
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52722456 gtgggtcttgaacacatgacttcacactcaacaaaaagtggtcatgccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 52722555  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| |||||| |||||||||              ||||  || ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  52722556 cattattttcgtggcttacatattaaaaaaaaaa---attt--gggcccaaaaaattggagacccggtgtcgtcgcccagcctcgaccggctatgggccg 52722650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 10476028 - 10475822
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10476028 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaataaaaagtggccatgccactaaagcaagctatacaaattgaattgatttgcttttaatagatatataac 10475929  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnt---tattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatggg 241  Q
    |||||| |||||| |||||||||            |   |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||    
T  10475928 cattattttcgtggcttacatataaaaaaaatatatatatattttgggccccaaaaaattggaggcccgatgtcgtcgcccagcctcgaccggctatggg 10475829  T
Q  242 ccggccc 248  Q
     ||||||    
T  10475828 tcggccc 10475822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 52553524 - 52553327
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  52553524 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaagtggtcattc-actaaagcaagctgtacaaattgaattaatttgcttttaatagatatataac 52553426  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| |||||| |||||||||              | ||| |||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  52553425 cattattttcgtgacttacatataaaaaaaaa-----aatttgggccccaaaaaattggagacccgatgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 52553331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 8034381 - 8034583
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8034381 gtgggtcttaaacacatgacctcacactcatcaaaaagcggccacgccactaaagcaagctgtacagattgaattaattcgcttttaatagatatataac 8034480  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| |||||| |||||||||              |  || |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  8034481 cattattttcgtggcttacatataaaaaataaaaa-aaaattgggccccaaaaaattagaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 8034579  T
Q  245 gccc 248  Q
    ||||    
T  8034580 gccc 8034583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 48 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 40690701 - 40690582
Alignment:
Q  48 ggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccat 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40690701 ggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaagtggccacgccacaaaagtaagctgtacaaattgaattaatttgcttttaatagatatataaccat 40690602  T
Q  148 tatattcgtgtcttacatat 167  Q
    ||| |||||| |||||||||    
T  40690601 tattttcgtggcttacatat 40690582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 4970965 - 4971170
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4970965 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaagtaaccatgccactaaagcaagctatacaaattgaattaatttgcttttaatagatatataac 4971064  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatat--nnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggc 242  Q
    |||||| |||||| |||||||||                |  || | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  4971065 cattattttcgtggcttacatataaaaaaaaaaaaaaaaaaatttgaccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggc 4971164  T
Q  243 cggccc 248  Q
    ||||||    
T  4971165 cggccc 4971170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 45 - 167
Target Start/End: Original strand, 38572773 - 38572895
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38572773 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaagtgactacgccactaaagcaagctgtacagattgaattaatttgcttttaatagatatataac 38572872  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatat 167  Q
    |||||| |||||| |||||||||    
T  38572873 cattattttcgtggcttacatat 38572895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 50517063 - 50517263
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||  ||||||||||||| |||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||     
T  50517063 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaaacagccatgccactaaagcaagttgtataaattgaataactttgcttttaatagatatataat 50517162  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||||| ||||||||||             |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  50517163 cattattttcgtatcttacatataaaaaaaaaa---tattttggaccccaaaaaattggaagcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 50517259  T
Q  245 gccc 248  Q
    ||||    
T  50517260 gccc 50517263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 45 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 26407063 - 26406941
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||    
T  26407063 gtgggtcttgaacacatgaccttacattcatcaaaaagtggctacgccactaaagcaagctgtacaaattgaactaagttgcttttaatagatatataac 26406964  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatat 167  Q
    |||||| |||||| |||||||||    
T  26406963 cattattttcgtggcttacatat 26406941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 24656930 - 24657129
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| || | ||| || | |||||||||||||||||||||    
T  24656930 gtgggtcatgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaacactgaagtaagctgtaaaattcaaaatagtatgcttttaatagatatataac 24657029  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||||||||||||||||              |  || |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |    
T  24657030 cattattttcgtgtcttacatataaaaaaaaaa----aaattgggccccaaaaaattggaggcacggtgtcgtcgcccaacttcaacgggctatgggctg 24657125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 38834461 - 38834654
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||||       ||||||||    
T  38834461 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccatgccactaaagcaagctgtccaaattgaaaaaatttgcttt-------tatataac 38834553  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||| ||||||||||||             |||||| |||||||||| |||| | |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  38834554 cattattttcatgtcttacatataaaaaaaata---tattttgggccccaaaatattgaaagcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 38834650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 56 - 167
Target Start/End: Original strand, 54244984 - 54245095
Alignment:
Q  56 acacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccattatattcg 155  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  54244984 acacatgacctcacactcaacaaaaaatgaccacgccactaaagcaagctatacagattgaataaattcgcttttaatagatatataatcattattttcg 54245083  T
Q  156 tgtcttacatat 167  Q
    ||||||||||||    
T  54245084 tgtcttacatat 54245095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 188 - 248
Target Start/End: Original strand, 38572924 - 38572984
Alignment:
Q  188 ggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38572924 ggccccaaaaaattggaggcctggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccggccc 38572984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 188 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 40690557 - 40690497
Alignment:
Q  188 ggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  40690557 ggccccaaaaaattggaggtccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccggccc 40690497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 248
Target Start/End: Original strand, 17332083 - 17332143
Alignment:
Q  188 ggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    |||||| ||||||| ||||||| |||| || |||||||| | |||||||||||||||||||    
T  17332083 ggcccccaaaaatttgaggcccagtgtggtcgcccagccccgacgggctatgggccggccc 17332143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 113 - 149
Target Start/End: Original strand, 24656833 - 24656869
Alignment:
Q  113 ttaaattaatttgcttttaatagatatataaccatta 149  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24656833 ttaaaatagtttgcttttaatagatatataaccatta 24656869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 50 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 46940213 - 46940019
Alignment:
Q  50 tcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccatta 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46940213 tcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacgccactaaagcaagctgtacaaattgaattaatttgcttttaatagatatataaccatta 46940114  T
Q  150 tattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    | |||||| |||||||||             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  46940113 ttttcgtggcttacatataaaaaaaaa----tattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccggccc 46940019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 49 - 248
Target Start/End: Original strand, 6587596 - 6587791
Alignment:
Q  49 gtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccatt 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6587596 gtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacgccactaaagcaagctatacaaattgaattaatttgcttttaatagatatataaccatt 6587695  T
Q  149 atattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    || |||||| |||||||||             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6587696 attttcgtggcttacatataaaaaaaaa----tattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccggccc 6587791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 38150589 - 38150390
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  38150589 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacgccactaaagcaagctg-acaaattaaattaattcgcttttaatagatatataat 38150491  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||||||||||||||||             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  38150490 cattattttcgtgtcttacatattaaaaaaaaa---tattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 38150394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 16188985 - 16189187
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16188985 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaagttgccacgccactaaagcaagctgtacaaatttaattaatttgcttttaatagatatataac 16189084  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| |||||| |||||||||             || ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  16189085 cattattttcgtggcttacatataaaaaaaataaaata-tttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 16189183  T
Q  245 gccc 248  Q
    ||||    
T  16189184 gccc 16189187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 1783758 - 1783559
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1783758 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaagtggccacgccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 1783659  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| |||||| |||||||||              | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||     
T  1783658 cattattttcgtggcttacatataaaaaaaaaa----aatttgggccccaaaaagttggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggcca 1783563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 36333000 - 36333205
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36333000 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 36333099  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatat--nnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggc 242  Q
    |||||| |||||| |||||||||                |  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||    
T  36333100 cattattttcgtggcttacatataaaaaaaaaaaaaaaaaaattgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagtctcgacgggctatgggc 36333199  T
Q  243 cggccc 248  Q
    ||||||    
T  36333200 cggccc 36333205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 29666168 - 29665970
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  29666168 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaaatggccacgccactaaagcaagctgtacaaattgaattaatttgcttttaatagatatataac 29666069  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| |||||| |||||||||              | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  29666068 cattattttcgtggcttacatataaaaaaaaa-----aatttgggccccaaaaagttggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 29665974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 19893490 - 19893691
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||     
T  19893490 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggtcacgccactaaagcaagttgtacaaattaaaaaaatttgcttttaatagatatataat 19893589  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||| ||||||||||||            ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||    
T  19893590 cattattttcatgtcttacatat--aaaaaaaaaattattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgttgtcgcccatcctcgacgggctatgggccg 19893687  T
Q  245 gccc 248  Q
    ||||    
T  19893688 gccc 19893691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 32801636 - 32801834
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  32801636 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacgccactaaagcaagctgtacaaattgaaaaaatttgcttttaatagatatataac 32801735  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||| ||||||||||||             |||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||    
T  32801736 cattattttcatgtcttacatataaaaaaaa-----tattttgggtcccaaaaaattggagacccagtgtcgtcgcccagcctcgacgggttatgggccg 32801830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 3175995 - 3176191
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||||     
T  3175995 gtgggtcttgaacac--gacctcacactcaacaaaaaatggtcacgccactaaagcaagctgtacagattgaataaattcgcttttaatagatatataat 3176092  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||||||||||||||||             |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  3176093 cattattttcgtgtcttacatataaaaaaaa-----tattttaggccccataaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 3176187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 27895282 - 27895084
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  27895282 gtgggtcttgaacacatgaccttacactcatcaaaaagtggccacaccactaaagcaagctatacatattaaattagttcgcttttaatagatatataac 27895183  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| |||||| |||||||||              |  ||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  27895182 cattattttcgtggcttacatataaaaaaaaa-----aaattgagccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 27895088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 47748918 - 47749117
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||||     
T  47748918 gtggatcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaaatagccacgccactaaggcaagctgcacaaattgattaaatttgcttttaatagatatataat 47749017  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||||||||||||||||             |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||    
T  47749018 cattattttcgtgtcttacatataaaaaaaaa----tattttgggccgcaaaaaattggaggcccggtgtcatcgcccagcctcgacgggctatgggccg 47749113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 45 - 167
Target Start/End: Original strand, 7835080 - 7835200
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7835080 gtgggtcttgaacacatgacctcac--tcatcaaaaagcggccacgccactaaaacaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 7835177  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatat 167  Q
    |||||| |||||| |||||||||    
T  7835178 cattattttcgtggcttacatat 7835200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 38098353 - 38098552
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  || ||||| ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38098353 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaatgtaggaacgccactgaagcaagatatacaaattaaaataatttgcttttaatagatatataac 38098452  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||| | |||||||||||||||              |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  38098453 cattcttttcgtgtcttacata----aaaaataaaatattttgggccccaaaaaattggtggcccgatgtcgtctcccagcctcgacgggctatgggccg 38098548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 28147254 - 28147055
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||  |||||||||||||||||  |||||||||  |||||||||||||| ||||||||     
T  28147254 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaaattaccatgccactaaagcaagctgtgtaaattaaatagatttgcttttaatatatatataat 28147155  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||  ||||||||||||||||             |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||||||| |||||    
T  28147154 cattactttcgtgtcttacatattaaaaaaaa----tattttgggccccaaaaaattggaggcccgatgtcgtcgctcagcctcgacgggctataggccg 28147059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 63 - 248
Target Start/End: Original strand, 29172246 - 29172427
Alignment:
Q  63 acctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccattatattcgtgtctta 162  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  29172246 acctcacactcaacaaaaaatggccacgccactaaagcaagttgtacaaattaaaataatttgcttttaatagatatataatcattattttcgtgtctta 29172345  T
Q  163 catatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    |||||             ||||||||   |||||||||||||||||||||||| | ||||||| || || ||||||||||||||||    
T  29172346 catataaaaaatata---tattttagattccaaaaaattggaggcccggtgtcatcgcccagcttcgac-ggctatgggccggccc 29172427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 49 - 245
Target Start/End: Original strand, 23979916 - 23980111
Alignment:
Q  49 gtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaatta---aattaatttgcttttaatagatatataacc 145  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||| |||| | | ||   || |||||||||||||||| ||||||||||    
T  23979916 gtcttgaacacatgatctcacactcaacaaaaagtggccatgccactaaaacaaggtgtatagactactaaaataatttgcttttaataaatatataacc 23980015  T
Q  146 attatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccgg 245  Q
    ||||| ||||||||||||||||             |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  23980016 attattttcgtgtcttacatataaaaaaata----tattttggaccccaaaaaattggaggcccggtatcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccgg 23980111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 56 - 167
Target Start/End: Original strand, 7118146 - 7118257
Alignment:
Q  56 acacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccattatattcg 155  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||| |||  ||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  7118146 acacatgacctgacactcaataaaaagtgaccatgccactaaagcaagttgtacaaattgaaataatttgcttttaatagatatataactattattttcg 7118245  T
Q  156 tgtcttacatat 167  Q
    ||||||||||||    
T  7118246 tgtcttacatat 7118257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 45 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 44073956 - 44073833
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaa-gtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataa 143  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||| ||||||| ||| |||||| || ||| |||||||||||||||||||||    
T  44073956 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaaagtgaccatgccactcaagcaaggtgtccaaattgaaataaattgcttttaatagatatataa 44073857  T
Q  144 ccattatattcgtgtcttacatat 167  Q
    | ||||| ||||||||||||||||    
T  44073856 ctattattttcgtgtcttacatat 44073833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 188 - 248
Target Start/End: Original strand, 7835239 - 7835299
Alignment:
Q  188 ggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||    
T  7835239 ggccccaaaaaattggaggtccggtgtcgtcgcccagccttgacgggctatgggccggccc 7835299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 248
Target Start/End: Original strand, 47262807 - 47262867
Alignment:
Q  188 ggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    |||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||    
T  47262807 ggcccccaaaaatttgaggcccagtgtcgtcgcccagccccgacgggctatgggccggccc 47262867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 191 - 248
Target Start/End: Original strand, 7118278 - 7118335
Alignment:
Q  191 cccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||| | ||||||| |||||||||    
T  7118278 cccaaaaaattgaaggtccggtgtcgtcgcccaacctcgatgggctataggccggccc 7118335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 195 - 248
Target Start/End: Original strand, 35407125 - 35407178
Alignment:
Q  195 aaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| |||||||| | |||||||||||| ||||||    
T  35407125 aaaaatttgaggcccagtgtcgtcgcccagccccgacgggctatgggtcggccc 35407178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 188 - 248
Target Start/End: Original strand, 38075804 - 38075864
Alignment:
Q  188 ggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    ||||||||| || | || |||||||| | | |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38075804 ggccccaaataaatcgaagcccggtggcatagcccagcctcaatgggctatgggccggccc 38075864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 45463549 - 45463751
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  45463549 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaaatggccatgccactaaagcaagctgtacaaattaaataaatttgcttttaatagatatataat 45463648  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||||||||||||||||            ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  45463649 cattattttcgtgtcttacatat-taaaaaaaaaattattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 45463747  T
Q  245 gccc 248  Q
    ||||    
T  45463748 gccc 45463751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 4391867 - 4391667
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||     
T  4391867 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaaatggtcacaccactaaagcaagctgtacaaattgaataaatttgcttttaatagatatataat 4391768  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| || |||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  4391767 cattatttttgtgtcttacatataaaaaaaaaa---tattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 4391671  T
Q  245 gccc 248  Q
    ||||    
T  4391670 gccc 4391667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 5003456 - 5003656
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  5003456 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaaatggcgacgccactaaagcaagctgtacaaattcaaaaaatttgcttttaatagatatataac 5003555  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||| ||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  5003556 cattattttcatgtcttacatataaaaaaaaaa---tattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 5003652  T
Q  245 gccc 248  Q
    ||||    
T  5003653 gccc 5003656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 34599573 - 34599771
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34599573 gtgggtcttgaacacataacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaaacaagctgtacaaattgaattaatttgcttttaatagatatataac 34599672  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| |||||| |||||||||              |  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  34599673 cattattttcgtggcttacatataataaaaaa-----aaattgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 34599767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 45 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 16492619 - 16492421
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||||||||||     
T  16492619 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccatgccactgaagcaagctgtatagattgaataaatttgcttttaatagatatataat 16492520  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||||||||||||||||             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  16492519 cattattttcgtgtcttacatataaaaaaaaa----tattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 16492424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 25459479 - 25459675
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25459479 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaagtggtcacaccactaaagcaagctatacagattgaattaatttgcttttaatagatatataac 25459578  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| |||||| |||||||||              | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  25459579 cattattttcgtggcttacatataaaaaaa-------aatttgggccccaaaaaattggaggcccgatgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 25459671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 28439785 - 28439983
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28439785 gtggatcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccgcgctactaaagcaagctgtacaaataaaattaatttgcttttaatagatatataac 28439884  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| |||||  |||||||||             |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||    
T  28439885 cattattttcgtagcttacatataaaaaaaa-----tattttaggccccaaaaaattggaggtccggtgtcgtcgcccaacctcgacggactatgggccg 28439979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 12131377 - 12131577
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaa-agtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataa 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12131377 gtgggtcttgaacacatgacctcacacttaacaaaaaagtggccatgccactcaagcaaggtgtacaaatcaaaataatttgcttttaatagatatataa 12131476  T
Q  144 ccattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggcc 243  Q
    ||||||| |||||||||| |||||             |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  12131477 ccattattttcgtgtcttgcatataaaaaaaaa----tattttaggccccaaataattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggcc 12131572  T
Q  244 ggccc 248  Q
    |||||    
T  12131573 ggccc 12131577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 15381814 - 15382009
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  15381814 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaagtagccatgccactaaagcaagctgtacagattaaattaattcgcttttaataaatatataac 15381913  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| |||||| |||||||||              |  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  15381914 cattattttcgtggcttacatataaaaaa--------aaattgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 15382005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 45 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 38903551 - 38903352
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaa-gtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataa 143  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||| |||| |||  ||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  38903551 gtgggtcttgaacacttgacctcacactcaacaaaaaagtggcaataccactcaagcaaggtgtataaacaaaaataacttgcttttaatagatatataa 38903452  T
Q  144 ccattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggcc 243  Q
    ||| |||  || ||||||||||||             |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  38903451 ccactattgtcatgtcttacatataaaaaaaaaa---tattttgggccccaaataattggaggtccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggcc 38903355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 185 - 248
Target Start/End: Original strand, 38033634 - 38033697
Alignment:
Q  185 ttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38033634 ttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccggccc 38033697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 44 - 147
Target Start/End: Original strand, 34132343 - 34132448
Alignment:
Q  44 agtgggtcttga--acacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatat 141  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||   ||| | | ||| |||||||||||| | ||| || |||||  ||||||||||||||||    
T  34132343 agtgggtcttgagaacgcatgacctcacactcaacaaaaacaagcctcgcaactgaagcaagctgtaaagattgaaataattcacttttaatagatatat 34132442  T
Q  142 aaccat 147  Q
    ||||||    
T  34132443 aaccat 34132448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 122 - 167
Target Start/End: Original strand, 38033576 - 38033621
Alignment:
Q  122 tttgcttttaatagatatataaccattatattcgtgtcttacatat 167  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||    
T  38033576 tttgcttttaatagatatataactattattttcgtggcttacatat 38033621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 46580490 - 46580291
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||     
T  46580490 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaaatggtcacaccactaaagcaagctgtacaaattgaataaatttgcttttaatagatatataat 46580391  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| || |||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  46580390 cattatttttgtgtcttacatataaaaaaaaa----tattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 46580295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 43100399 - 43100603
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  43100399 gtgggtcttgaacacatgacttcacactcaacaaaaagtgaccatgccactaaagcaagctgtacaaattgaaataatttgcttttaatagatatataac 43100498  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatat-nnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggcc 243  Q
    |||||| ||||||||||||||||             | | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||    
T  43100499 cattattttcgtgtcttacatataaaaataaataaataaatttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacaggctatgggcc 43100598  T
Q  244 ggccc 248  Q
    |||||    
T  43100599 ggccc 43100603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 53227976 - 53228176
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||     
T  53227976 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaaatggtcacgccactaaagcaagctgtacaaattgaataaattcgcttttaatagatatataat 53228075  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||||||||||||||||             |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  53228076 cattattttcgtgtcttacatataaaaaaaaaa---tattttgggccccaaaaaattggaggtccggtgtcgtcgcccagcctcgacggactatgggccg 53228172  T
Q  245 gccc 248  Q
    ||||    
T  53228173 gccc 53228176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 47 - 248
Target Start/End: Original strand, 13229633 - 13229831
Alignment:
Q  47 gggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataacca 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13229633 gggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaaatggccatgccactaaagcaagctgtacaaatttaattaatttgcttttaatagatatataacca 13229732  T
Q  147 ttatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggc 246  Q
    |||| |||||| |||||||||              | ||| | |||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  13229733 ttattttcgtgacttacatataaaaaaaaaaa---aatttggaccccaaaaaattggaggcccggtgccgtcgcctagcctcgacgggctatgggccggc 13229829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 50 - 248
Target Start/End: Original strand, 1121327 - 1121520
Alignment:
Q  50 tcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccatta 149  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  1121327 tcttgaacacatgacctcatactcaacaaaaa-tgaccacaccactaaagcaagctgtacagattgaattaatttgcttttaatagatatataaccatca 1121425  T
Q  150 tattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    | |||||| |||||||||              | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  1121426 ttttcgtggcttacatataaaaaaaaaa----aatttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccatcctcgacgggctatgggccggccc 1121520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 45 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 6891171 - 6890972
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  6891171 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaaatggccacgccactaaagcaaactgtacaaattaaattaattttcttttaattgatatataac 6891072  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| |||||| |||||||||              | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||    
T  6891071 cattattttcgtggcttacatataaaaaaaaaataaaaatttgggccccaaaaaattggaggtccggtgtcgtcgcccaacctcgacggactatgggccg 6890972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 28714501 - 28714301
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||| | |||||||||||||||||     
T  28714501 gtggatcttgaacacatgacctcacactcaacaaatagtggccacgccactaaagcaagctgtacaaattgaataaattcgtttttaatagatatataat 28714402  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| || || ||||||||||             |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  28714401 cattatttttgtatcttacatataaaaaaaaaa---tattttggaccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccaacctcgacgggctatgggccg 28714305  T
Q  245 gccc 248  Q
    ||||    
T  28714304 gccc 28714301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 40219016 - 40219217
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||     
T  40219016 gtgggtctagaacacatgaccacacattcaacaaaaattggccatgccactaaagcaagctgtacagattaaataaatttacttttaatagatatataat 40219115  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||||| ||||||||||             |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  40219116 cattattttcgtatcttacatattaaaaaaaaaa--tattttggaccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 40219213  T
Q  245 gccc 248  Q
    ||||    
T  40219214 gccc 40219217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 45 - 167
Target Start/End: Original strand, 575885 - 576007
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  575885 gtggatcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctatacaaattgaattaattcgcttttaatagttatataac 575984  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatat 167  Q
    |||||| |||||| |||||||||    
T  575985 cattattttcgtggcttacatat 576007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 49 - 167
Target Start/End: Original strand, 1124163 - 1124281
Alignment:
Q  49 gtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccatt 148  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1124163 gtcttgaacacatggcctcacactcaacaaaaaatggccacaccactaaagcaagctgtacaaattgaattaattttcttttaatagatatataaccatt 1124262  T
Q  149 atattcgtgtcttacatat 167  Q
    || |||||| |||||||||    
T  1124263 attttcgtggcttacatat 1124281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 21629616 - 21629417
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||    
T  21629616 gtggatcttgaacacatgacttcacactcaacaaaaagtgaccatgccactaaagcaagttgtacaaattgaaataaattgcttttaatagatatataac 21629517  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
     ||||| ||||||||||||||||             |||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  21629516 aattattttcgtgtcttacatataaaaaaaata---tatttt-gggcccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccaacctcgacgggctatgggccg 21629421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 26619365 - 26619165
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |   ||  ||||||||||||| |||||||||| || || |||| ||||||||||||||||||    
T  26619365 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaatagaaaataaacatgccactaaagcaagttgtacaaattgaaatattttgattttaatagatatataac 26619266  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||||||||||||||||             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  26619265 cattattttcgtgtcttacatataaaaaaaata---tattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 26619169  T
Q  245 gccc 248  Q
    ||||    
T  26619168 gccc 26619165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 45 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 50436021 - 50435899
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  50436021 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaagtgaccatgccactaaagcaagctgtacagattaaattaatttacttttaatagatatataac 50435922  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatat 167  Q
    |||||| |||||| |||||||||    
T  50435921 cattattttcgtggcttacatat 50435899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 45 - 167
Target Start/End: Original strand, 48832892 - 48833014
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48832892 gtgggtcttgaacacatgacatcacactcatcaaaaagtggccacgccactaaagcaaactgtacagattgaattaattcgcttttaatagatatataac 48832991  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatat 167  Q
    |||||| |||||| |||||||||    
T  48832992 cattattttcgtggcttacatat 48833014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 76 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 32129324 - 32129155
Alignment:
Q  76 caaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnn 175  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||            
T  32129324 caaaaagtggccacgccactaaaataagctgtacaaattgaaaaaatttgcttttaatagatatataaccattatttacatgttttacatataaaaaaaa 32129225  T
Q  176 nnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
         |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32129224 ta---tattttagaccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccggccc 32129155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 45 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 56038280 - 56038079
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||| ||| ||| || || ||||||||||||||||||     
T  56038280 gtgggtttagaacacatgacctcacactcaacaaaaaatggccacgtcactaaagcaagctatacagattgaataaacttacttttaatagatatataat 56038181  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||||| ||||||||||              | |||   ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  56038180 cattattttcgtatcttacatattaaaaaaaaa----aatttgaaccccaaaaaattggaggtccggtgtcgtcgtccagcctcgacgggctatgggccg 56038085  T
Q  245 gcccag 250  Q
    ||||||    
T  56038084 gcccag 56038079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 190 - 248
Target Start/End: Original strand, 48833042 - 48833100
Alignment:
Q  190 ccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  48833042 ccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacggcctatgggccggccc 48833100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 194 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 50435887 - 50435833
Alignment:
Q  194 aaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  50435887 aaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccggccc 50435833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 248
Target Start/End: Original strand, 576023 - 576080
Alignment:
Q  191 cccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  576023 cccaaaaaactggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggctggccc 576080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 123; Significance: 6e-63; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 50 - 248
Target Start/End: Original strand, 25764210 - 25764404
Alignment:
Q  50 tcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccatta 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25764210 tcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccatgccactaaagcaagctgtacaaattgaattaatttgcttttaatagatatataaccatta 25764309  T
Q  150 tattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    | |||||| |||||||||             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25764310 ttttcgtggcttacatataaaaaaaaa----tattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccggccc 25764404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 3466530 - 3466328
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  3466530 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaaatggccatgccactaaagcaagctgtacaaattaaataaatttgcttttaatagatatataat 3466431  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||| ||||||||||||             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  3466430 cattattttcatgtcttacatattaaaaaaatata-tattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 3466332  T
Q  245 gccc 248  Q
    ||||    
T  3466331 gccc 3466328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 19858117 - 19858316
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19858117 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagttgtcacaccactaaagcaagctgtacaaatttaattaatttgcttttaatagatatataac 19858216  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| |||||| |||||||||             |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  19858217 cattattttcgtggcttacatataaaaaaaaa----tatttcgggccccaaaaaattagaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 19858312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 21145723 - 21145921
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21145723 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaaatggccacatcactaaagcaagctatacagattgaattaattcgcttttaatagatatataac 21145822  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| |||||| |||||||||              | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21145823 cattattttcgtggcttacatataaaaaaaaa-----aatttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcaacgggctatgggccg 21145917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 45 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 794711 - 794517
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||  |||| ||||||||||||||||||     
T  794711 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaaatggccacgctactaaagcaagctttacaaatttaatatattttcttttaatagatatataat 794612  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||||||||||||||||            ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||    
T  794611 cattattttcgtgtcttacatat-----aaaaaaattattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctataggccg 794517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 46 - 248
Target Start/End: Original strand, 22527444 - 22527642
Alignment:
Q  46 tgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataacc 145  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||   ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| |    
T  22527444 tgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaaatggtcatgtcactaaagcaagctgtacaaattaaataattttgcttttaaaagatatataatc 22527543  T
Q  146 attatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccgg 245  Q
    ||||| || |||||||||||||             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  22527544 attatttttgtgtcttacatataaaaaaaaa----tattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccgg 22527639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 46 - 248
Target Start/End: Original strand, 3514314 - 3514512
Alignment:
Q  46 tgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataacc 145  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3514314 tgggtcttgaacacatgacctcatactcaacaaaaaatgaccacaccactaaagcaagctatacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataacc 3514413  T
Q  146 attatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccgg 245  Q
    || || || ||| |||||||||              | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||    
T  3514414 atcatttttgtggcttacatataaaaaaaaaa----aatttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccatcctcgatgggctatgggccgg 3514509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 9717341 - 9717281
Alignment:
Q  188 ggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    |||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||    
T  9717341 ggcccccaaaaatttgaggcccagtgtcgtcgcccagccccgacgggctatgggccggccc 9717281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 15927411 - 15927351
Alignment:
Q  188 ggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    |||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||    
T  15927411 ggcccccaaaaatttgaggcccagtgtcgtcgcccagccccgacgggctatgggccggccc 15927351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 248
Target Start/End: Original strand, 41284480 - 41284540
Alignment:
Q  188 ggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    |||||| ||||||| |||||||| |||| | |||||||| | |||||||||||||||||||    
T  41284480 ggcccccaaaaatttgaggcccgatgtcatcgcccagccccgacgggctatgggccggccc 41284540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 123; Significance: 6e-63; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 45 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 13832876 - 13832669
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||     
T  13832876 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaaatggtcacaccactaaagcaagctgtacaaattgaataaatttgcttttaatagatatataat 13832777  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| || |||||||||||||             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  13832776 cattatttttgtgtcttacatataaaaaaaaaa---tattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 13832680  T
Q  245 gcccagactaa 255  Q
    |||| ||||||    
T  13832679 gccctgactaa 13832669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 37350509 - 37350709
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||     
T  37350509 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaaatggtcacaccactaaagcaagctgtacaaattgaataaatttgcttttaatagatatataat 37350608  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| || |||||||||||||             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  37350609 cattatttttgtgtcttacatataaaaaaaaaa---tattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 37350705  T
Q  245 gccc 248  Q
    ||||    
T  37350706 gccc 37350709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 53 - 253
Target Start/End: Original strand, 7351310 - 7351510
Alignment:
Q  53 tgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccattatat 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  7351310 tgaacacatgacctcacactcaacaaaaaatggccatgccactaaagcaagctgtacagattaaataaatttgcttttaatagatatataatcattattt 7351409  T
Q  153 tcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggcccagac 252  Q
    |||||||||||||||             |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  7351410 tcgtgtcttacatattaaaaaatatatatattttgggccccaaaaaattggaggtccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccggccctgac 7351509  T
Q  253 t 253  Q
    |    
T  7351510 t 7351510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 42434537 - 42434736
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  42434537 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaagtggccacaccactaaagcaatctatacaaattgaattaatttgtttttaatagatatataac 42434636  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| |||||| |||||||||              |  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  42434637 cattattttcgtggcttacatataaaaaaaaaa----aaattgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 42434732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 9412151 - 9411951
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  9412151 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaataaaaagtgatcttgccactaaagcaagctgtacaaattgaaataatttgcttttaatagatatataac 9412052  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
    |||||| ||||| ||||||||||             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  9412051 cattattttcgtatcttacatataaaaaaataa---tattttgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccg 9411955  T
Q  245 gccc 248  Q
    ||||    
T  9411954 gccc 9411951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 45 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 40535697 - 40535510
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40535697 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagttgtcacaccactaaagcaagctgtacaaatttaattaatttgcttttaatagatatataac 40535598  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggct 236  Q
    |||||| |||||| |||||||||             |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  40535597 cattattttcgtggcttacatataaaaaaaaa----tatttcgggccccaaaaaattagaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggct 40535510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 29824397 - 29824192
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29824397 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcatcaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattgaattaattcgcttttaatagatatataac 29824298  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatat--nnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggc 242  Q
    |||||| |||||| |||||||||                |  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  29824297 cattattttcgtggcttacatataaaaaaaaaaaaaaaaaaattgggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgagctatgggc 29824198  T
Q  243 cggccc 248  Q
    ||||||    
T  29824197 cggccc 29824192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 49 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 31924677 - 31924483
Alignment:
Q  49 gtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccatt 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31924677 gtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacgccactaaagcaagctgtacaaattgaattgatttgcttttaatagatatataaccatt 31924578  T
Q  149 atattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    || |||||| |||||||||              ||||| |  ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31924577 attttcgtggcttacatataaaaaaaaa-----attttggatcccaaaaaattagaggtccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccggccc 31924483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 45 - 248
Target Start/End: Original strand, 40977012 - 40977210
Alignment:
Q  45 gtgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataac 144  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  40977012 gtgggtcttgaacatatgacctcacactcctcaaaaagtggccacaccactaaagcaagctatacaaattaaattaattttcttttaatagatatataac 40977111  T
Q  145 cattatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccg 244  Q
     ||||| |||||| |||||||||              | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  40977112 tattattttcgtggcttacatataaaaaaaaa-----aatttgggccccaaaaaattggaggtccggtgtcgtcgcccaacctcgacgggctatgggccg 40977206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 188 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 40535505 - 40535445
Alignment:
Q  188 ggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  40535505 ggccccaaaaaattagaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatgggccggccc 40535445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 181 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 27286125 - 27286058
Alignment:
Q  181 tattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |||||||||| | || ||||||| ||||||    
T  27286125 tattttaggccctaaaaaatttgaggcccggtgtcatagcccagcctcgaaggactatgggtcggccc 27286058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 248
Target Start/End: Original strand, 1804238 - 1804298
Alignment:
Q  188 ggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    |||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||| || | |||||||||||||||||||||    
T  1804238 ggcccccaaaaatttgaggcccagtgtcgtcgcctagtcccaacgggctatgggccggccc 1804298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054 (Bit Score: 98; Significance: 5e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0054
Description:

Target: scaffold0054; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 46 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 30572 - 30373
Alignment:
Q  46 tgggtcttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataacc 145  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |    
T  30572 tgggtcttgaacacatgacctcacacttcacaaaaaatggccatgccactaaagcaagctgtacaaattaaataaatttgtttttaatagatatataatc 30473  T
Q  146 attatattcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccgg 245  Q
    ||||| ||| ||||||||||||            ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||    
T  30472 attattttcatgtcttacatat---aaaaagaaattattttggaccccaaaaaattggaggtccggtgtcgtcgtccagcctcgacgggctatgggccgg 30376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0208 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0208
Description:

Target: scaffold0208; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 52 - 248
Target Start/End: Original strand, 2925 - 3119
Alignment:
Q  52 ttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacaccactaaagcaagctgtacaaattaaattaatttgcttttaatagatatataaccattata 151  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| | | ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  2925 ttgaacacatgacctcacactcaacaaaaagtggccacgccactaaaacaaactgcatagatagaattaatttgcttttaatagatatataatcattatt 3024  T
Q  152 ttcgtgtcttacatatnnnnnnnnnnnnttattttaggccccaaaaaattggaggcccggtgtcgttgcccagcctcaacgggctatgggccggccc 248  Q
    ||||||||||||||||             |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  3025 ttcgtgtcttacatataaaaaaaaaaa--tattttgggccccaaaaatttagaggcccggtgtcgtcgcccagcctcgacgggctatggaccggccc 3119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University