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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1285-Insertion-16 (Length: 811)
Name: NF1285-Insertion-16
Description: NF1285
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1285-Insertion-16 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 717; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 717; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 24615611 - 24614806
Alignment:
| Q |
7 |
agaaggggctccctagagaaactcctcagaattgtttcatgttatatcctgataattgtgaagagaaaaacaaagaaatcttaaaactatgagcagacga |
106 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
24615611 |
agaaggggctccctagagaaactcctcagaattgtttcatgttatatcttgataattgtgaagagaaaaacaaagaaatcttaaaactatgagcagacga |
24615512 |
T |
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| Q |
107 |
tctagttgaattgggaagcatttctttaccatctcgattgaatccacgtttctttcttatgttctt--caaaatttgactctattaattattccttatat |
204 |
Q |
| |
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|
| T |
24615511 |
tctagttgaattgggaagcatttctttaccatctcaattgaatccacgtttctttcttatgttctatacaaaatttgactctattaattattccttatat |
24615412 |
T |
|
| Q |
205 |
cttcagcccccctttctatattggaactctctgtttaccaagatcttgaagacataatctgctctccatattatttaaaacagatgatattgtcattgtt |
304 |
Q |
| |
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|
| T |
24615411 |
cttcagcccccctttctatattggaactctat--ttaccaagatcttgaagacataatctgctttctatattatttaaaacagatgatattgtcattgtt |
24615314 |
T |
|
| Q |
305 |
ttcctcacaaaccagtatttcctctcatgattttgttatatatatttgaaatgattcatgtaatacttattaactagtcctgtaatacttgaaattagat |
404 |
Q |
| |
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|
|
| T |
24615313 |
ttcctcacagaccagtatttcctc-catgattttcttatatatatttgaaatgattcatgtaatacttgttaactagtcctgtaatacttgaaattagat |
24615215 |
T |
|
| Q |
405 |
tttgatgtttaaaaacaattcaaaacttgacattcacaacataataggacagaaa---aacagcattaacaaatccacaaaatttagcaagactgaagaa |
501 |
Q |
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| T |
24615214 |
tttgatgtttaaaaacaattcaaaacttgacattcacaacataataggacagaaacataacagcattaacaaatccacaaaatttagtaagactgaagaa |
24615115 |
T |
|
| Q |
502 |
taaagcaatttaataaagaagcctgcagaattggtacttaactttctatattaaactatgaaacaaacatcaaaaagatgtgaacattagttttcgacag |
601 |
Q |
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| T |
24615114 |
taaagcaatttaataaagaagcctgcagaattggtacttaactttctatattaaactatgaaacaaacatcaaaaagatgtgaacattagttttcgacag |
24615015 |
T |
|
| Q |
602 |
acaataaaatgtcacatattattacaaatttcttaaatcgagatattcttgagcaatacatgaaaccctagattgatataaacttgaaaatttcttaaaa |
701 |
Q |
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|
| T |
24615014 |
acaataaaatgttacatattaatacaaatttcttaaatcgagatattcttgagcaatacatgaaaccctagattgatataaacttgaaaatttcttaaaa |
24614915 |
T |
|
| Q |
702 |
acttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgatcataacgttggcacaagacaataacttttcctcggagtaccccgtacacatcttca |
801 |
Q |
| |
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| T |
24614914 |
acttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgatcataacgttggcacaagacaataacttttcctcggagtaccccgtacacatcttca |
24614815 |
T |
|
| Q |
802 |
aatcattgc |
810 |
Q |
| |
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||||||||| |
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| T |
24614814 |
aatcattgc |
24614806 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 398 - 810
Target Start/End: Original strand, 24108442 - 24108861
Alignment:
| Q |
398 |
attagattttgatgttta--aaaacaattcaaaacttgacattcacaacataataggacagaaa---aacagcattaacaaatccacaaaatttagcaag |
492 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
24108442 |
attagtttttgatgtttataaaaaaaattcaaaacttgaaattcacatcataatacaacaaaaacataacagcattaagaaatccacacaatttag---- |
24108537 |
T |
|
| Q |
493 |
actgaagaataaagcaatttaataaagaagcctgcagaattggtacttaactttctatattaaactatgaaacaaacatcaaaaagatgtgaacat-tag |
591 |
Q |
| |
|
|| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
24108538 |
acagaagattaaagcaatttaataaagaagtatgcagagttggtacttaactttttatattaaatgatgaaacaaacatcaaaaagatgtgaacatatag |
24108637 |
T |
|
| Q |
592 |
ttttcgacagacaataaaatgtcacatattattacaaatttcttaaa--tcgagatattcttgagcaatacatgaaaccctagattgat---ataaactt |
686 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
24108638 |
ttttcgacagacaatgaaatgtcacatattgatacgaatttcttaaacttcgagaaattcttgagcaatacatgaaaccctagattgatgatataaactt |
24108737 |
T |
|
| Q |
687 |
gaaaatttcttaaaaacttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgatcataacgttggcacaagacaataacttttcctcggagtacc |
786 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |
|
|
| T |
24108738 |
gaaaatttcttaaaaacttccatgtatccatctctacaaatttgaatgcacgaatccatcataacactggcacaagacaataacttgtcctcagagtacc |
24108837 |
T |
|
| Q |
787 |
ccgtacacatcttcaaatcattgc |
810 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24108838 |
ctgtacacatcttcaaatcattgc |
24108861 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 502 - 810
Target Start/End: Original strand, 24116258 - 24116568
Alignment:
| Q |
502 |
taaagcaatttaataaagaagcctgcagaattggtacttaactttctatattaaactatgaaacaaacatcaaaaagatgtgaacattagttttcgacag |
601 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| || || ||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| || |
|
|
| T |
24116258 |
taaagcaatttaataatgaagcttgcagaattggtagtttacattctatattaaacgataaaacaaacatcaacaagatgtgaacaatggttttcgatag |
24116357 |
T |
|
| Q |
602 |
acaataaaatgtcacatattattacaaatttcttaaatc--gagatattcttgagcaatacatgaaaccctagattgatataaacttgaaaatttcttaa |
699 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24116358 |
acaatgaaatgtcacatattgatacaaatttcttaaattttgagaaattcttgagcaatacatgaaaccctagattgatataaacttgaaaatttcttaa |
24116457 |
T |
|
| Q |
700 |
aaacttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgatcataacgttggcacaagacaataacttttcctcggagtaccccgtacacatctt |
799 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| || ||||||||| | || ||||||||||||||||| || || ||||| |
|
|
| T |
24116458 |
aaacttccatgtgtccatctccacaaatttgaatgcacgatttcatcataacattagcacaagaccacaagttttcctcggagtaccctgtgcatatctt |
24116557 |
T |
|
| Q |
800 |
caaatcattgc |
810 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
24116558 |
caaatcattgc |
24116568 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 36 - 365
Target Start/End: Original strand, 24115721 - 24116047
Alignment:
| Q |
36 |
aattgtttcatgttatatcctgataattgtgaagagaaaaacaaagaaatcttaaaactatgagcagacgatctagttgaattgggaagcatttctttac |
135 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||| |||||| | |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
24115721 |
aattgtttcatgttatatcttgataattgtgaata-aaaaacagagaaatatctaaaccatgagcagacaatttagttgaattgggaagcatttatttac |
24115819 |
T |
|
| Q |
136 |
catctcgattgaatccacg----tttctttcttatgttcttcaaaatttgactctattaattattccttatatcttcagcccccctttctatattggaac |
231 |
Q |
| |
|
||| || |||||||| | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || |
|
|
| T |
24115820 |
cat-tcaattgaatcaatgttgctttctttcttatgttctacaaaatttgactctattaattattccttatatcttcggtgcccctttctatattgcaa- |
24115917 |
T |
|
| Q |
232 |
tctctgtttaccaagatcttgaagacataatctgctctccatattatttaaaacagat-gatattgtcattgttttcctcacaaaccagtatttcctctc |
330 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24115918 |
-ctctatttaccaagatcttaaaaacataatctgctttttatattatttaaaacagatagatatcctcattgttttcctcacaaaccagtatttcctctc |
24116016 |
T |
|
| Q |
331 |
atgattttgttatatatatttgaaatgattcatgt |
365 |
Q |
| |
|
|||||||| | ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24116017 |
atgattttct----tatatttgaaatgattcatgt |
24116047 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 502 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 23693671 - 23693365
Alignment:
| Q |
502 |
taaagcaatttaataaagaagcctgcagaattggtacttaactttctatattaaactatgaaacaaacatcaaaaagatgtgaacattagttttcgacag |
601 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||| | ||| || || || | ||||||||||||||||| |||| | |
|
|
| T |
23693671 |
taaagcaatttaataaagaagcc----gaacgggtacttaaatttttatattaaatcacagaacgaaaattaacaggatgtgaacattagtttccgacgg |
23693576 |
T |
|
| Q |
602 |
acaataaaatgtcacatattattacaaatttcttaaa--tcgagatattcttgagcaatacatgaaaccctagattgatataaacttgaaaatttcttaa |
699 |
Q |
| |
|
||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
23693575 |
acaatgaaatgtaacatattgatacaaattttttaaacttccagaaattcttgagcaatacatgaaaccctacattgatataaacttgaaaatttcataa |
23693476 |
T |
|
| Q |
700 |
aaacttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgatcataacgttggcacaagacaataacttttcctcggagtaccccgtacacatctt |
799 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
23693475 |
aaacttccatgattccctctccacaaatttgaatgcacgattccatcataacatgggcacaagacaataacttatcctcggagtaccccgtacacatttt |
23693376 |
T |
|
| Q |
800 |
caaatcattgc |
810 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
23693375 |
caaatcattgc |
23693365 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 502 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 23712111 - 23711805
Alignment:
| Q |
502 |
taaagcaatttaataaagaagcctgcagaattggtacttaactttctatattaaactatgaaacaaacatcaaaaagatgtgaacattagttttcgacag |
601 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||| | ||| || || || | ||||||||||||||||| |||| | |
|
|
| T |
23712111 |
taaagcaatttaataaagaagcc----gaacgggtacttaaatttttatattaaatcacagaacgaaaattaacaggatgtgaacattagtttccgacgg |
23712016 |
T |
|
| Q |
602 |
acaataaaatgtcacatattattacaaatttcttaaa--tcgagatattcttgagcaatacatgaaaccctagattgatataaacttgaaaatttcttaa |
699 |
Q |
| |
|
||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
23712015 |
acaatgaaatgtaacatattgatacaaattttttaaacttccagaaattcttgagcaatacatgaaaccctacattgatataaacttgaaaatttcataa |
23711916 |
T |
|
| Q |
700 |
aaacttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgatcataacgttggcacaagacaataacttttcctcggagtaccccgtacacatctt |
799 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
23711915 |
aaacttccatgattccctctccacaaatttgaatgcacgattccatcataacatgggcacaagacaataacttatcctcggagtaccccgtacacatttt |
23711816 |
T |
|
| Q |
800 |
caaatcattgc |
810 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
23711815 |
caaatcattgc |
23711805 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 502 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 23730567 - 23730261
Alignment:
| Q |
502 |
taaagcaatttaataaagaagcctgcagaattggtacttaactttctatattaaactatgaaacaaacatcaaaaagatgtgaacattagttttcgacag |
601 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||| | ||| || || || | ||||||||||||||||| |||| | |
|
|
| T |
23730567 |
taaagcaatttaataaagaagcc----gaacgggtacttaaatttttatattaaatcacagaacgaaaattaacaggatgtgaacattagtttccgacgg |
23730472 |
T |
|
| Q |
602 |
acaataaaatgtcacatattattacaaatttcttaaa--tcgagatattcttgagcaatacatgaaaccctagattgatataaacttgaaaatttcttaa |
699 |
Q |
| |
|
||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
23730471 |
acaatgaaatgtaacatattgatacaaattttttaaacttccagaaattcttgagcaatacatgaaaccctacattgatataaacttgaaaatttcataa |
23730372 |
T |
|
| Q |
700 |
aaacttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgatcataacgttggcacaagacaataacttttcctcggagtaccccgtacacatctt |
799 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
23730371 |
aaacttccatgattccctctccacaaatttgaatgcacgattccatcataacatgggcacaagacaataacttatcctcggagtaccccgtacacatttt |
23730272 |
T |
|
| Q |
800 |
caaatcattgc |
810 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
23730271 |
caaatcattgc |
23730261 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 502 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 23749022 - 23748716
Alignment:
| Q |
502 |
taaagcaatttaataaagaagcctgcagaattggtacttaactttctatattaaactatgaaacaaacatcaaaaagatgtgaacattagttttcgacag |
601 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||| | ||| || || || | ||||||||||||||||| |||| | |
|
|
| T |
23749022 |
taaagcaatttaataaagaagcc----gaacgggtacttaaatttttatattaaatcacagaacgaaaattaacaggatgtgaacattagtttccgacgg |
23748927 |
T |
|
| Q |
602 |
acaataaaatgtcacatattattacaaatttcttaaa--tcgagatattcttgagcaatacatgaaaccctagattgatataaacttgaaaatttcttaa |
699 |
Q |
| |
|
||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
23748926 |
acaatgaaatgtaacatattgatacaaattttttaaacttccagaaattcttgagcaatacatgaaaccctacattgatataaacttgaaaatttcataa |
23748827 |
T |
|
| Q |
700 |
aaacttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgatcataacgttggcacaagacaataacttttcctcggagtaccccgtacacatctt |
799 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
23748826 |
aaacttccatgattccctctccacaaatttgaatgcacgattccatcataacatgggcacaagacaataacttatcctcggagtaccccgtacacatttt |
23748727 |
T |
|
| Q |
800 |
caaatcattgc |
810 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
23748726 |
caaatcattgc |
23748716 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 646 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 23690071 - 23689907
Alignment:
| Q |
646 |
attcttgagcaatacatgaaaccctagattgatataaacttgaaaatttcttaaaaacttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgat |
745 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || || |
|
|
| T |
23690071 |
attcttgagcaacacatgaaaccctacattgatataaacttgaaaatttcttaaagacttccatgattccctctccacaaatttgaatgcacgatttcat |
23689972 |
T |
|
| Q |
746 |
cataacgttggcacaagacaataacttttcctcggagtaccccgtacacatcttcaaatcattgc |
810 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23689971 |
cataacgtgtgcacaagacaacaagttttcctcagagtaccctgtacacatcttcaaatcattgc |
23689907 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 113; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 646 - 810
Target Start/End: Complemental strand, 24062308 - 24062144
Alignment:
| Q |
646 |
attcttgagcaatacatgaaaccctagattgatataaacttgaaaatttcttaaaaacttccatgattccatctccacaaatttgactgcacgacttgat |
745 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || || |
|
|
| T |
24062308 |
attcttgagcaacacatgaaaccctacattgatataaacttgaaaatttcttaaagacttccatgattccctctccacaaatttgaatgcacgatttcat |
24062209 |
T |
|
| Q |
746 |
cataacgttggcacaagacaataacttttcctcggagtaccccgtacacatcttcaaatcattgc |
810 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
24062208 |
cataacgtgtgcacaagacaacaagttttcctcagagtaccctgtacacatcttcaaatcattgc |
24062144 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 295 - 368
Target Start/End: Original strand, 24102197 - 24102272
Alignment:
| Q |
295 |
tgtcattgttttcctcacaaaccagtatttcctctcatgattttgt--tatatatatttgaaatgattcatgtaat |
368 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24102197 |
tgtcattattttcctcacaaaccagtatttcctctcatgattttcttatatatatatttgaaatgattcatgtaat |
24102272 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 502 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 23690187 - 23690136
Alignment:
| Q |
502 |
taaagcaatttaataaagaagcctgcagaattggtacttaactttctatatt |
553 |
Q |
| |
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||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| |||||| |
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| T |
23690187 |
taaagcaatttaatacagaagccgacaaaattggtacttaactttttatatt |
23690136 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 502 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 24062424 - 24062373
Alignment:
| Q |
502 |
taaagcaatttaataaagaagcctgcagaattggtacttaactttctatatt |
553 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| |||||| |
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|
| T |
24062424 |
taaagcaatttaatacagaagccgacaaaattggtacttaactttttatatt |
24062373 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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