View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1285-Insertion-2 (Length: 776)

Name: NF1285-Insertion-2
Description: NF1285
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1285-Insertion-2
NF1285-Insertion-2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-771)||(52901977-52902741)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 709; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 709; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 771
Target Start/End: Original strand, 52901977 - 52902741
Alignment:
Q  8 atgcgttcttctaatccatttgtagatcctttacccgtacctagctattcttatggttccatgccccaccaagggagctacaatataatgtagacttcag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52901977 atgcgttcttctaatccatttgtagatcctttacctgtacctagctattcttatggttccatgccccaccaagggagctacaatataatgtagacttcag 52902076  T
Q  108 tctctaagaaaggatgtattgtttgttatttgaagcagggttaatccaagtcttgcctgtcaatgttacatataatgtacatttttatttgtaaccatcg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  52902077 tctctaagaaaggatgtattgtttgttatttgaagcagggttaatccaagtcttgcctgtcaatgttgcatatgatgtacatttttatttgtaaccatcg 52902176  T
Q  208 atcatttatttttcattgagccttcttggttgcacacttgcaaccgctcacattaaatggttaacttttctaagtaaaatgccaagagtaaaggtccaaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52902177 atcatttatttttcattgagccttcttggttgcacacttgcaaccgctcacattaaatggttaacttttctaagtaaaatgccaagagtaaaggtccaaa 52902276  T
Q  308 tagaaactaataaggacgggaataaaactccattaacaattattcaaagcccaatgattcattaaccttactaaatcaacctgacaaagtgtactcaatg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52902277 tagaaactaataaggacgggaataaaactccattaacaattattcaaagcccaatgattcattaaccttactaaatcaacctgacaaagtgtactcaatg 52902376  T
Q  408 tcggtgatggcttaacaggccccttgaattgctcaaaaattcatgaaaacaaacattaggagttaggacccagtcggcgctaaaaaatgtctagtgggag 507  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52902377 tcggtgatggcttaacagaccccttgaattgctcaaaaattcatgaaaacaaacattaggagttaggacccagtcggcgctaaaaaatgtctagtgggag 52902476  T
Q  508 ttacggtccgatgggatgagcaattctgaggaacctattgagcaatcattctcaatgtcacttaactctacctacagtttggggggtcaaaccatttaag 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52902477 ttacggtccgatgggatgagcaattctgaggaacctattgagtaatcattctcaatgtcactgaactctacctacagtttggggggtcaaaccatttaag 52902576  T
Q  608 tgccttgtgtatccaagatcaaggaatttgttgtcaaggttagtcaagaatgtaatctaagtgccaataaaatttaaatttccatctaaaagcaatctta 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52902577 tgccttgtgtatccaagatcaaggaatttgtggtcaagattagtcaagaatgtaatctaagtgccaataaaatttaaatttccatctaaaagcaatctta 52902676  T
Q  708 agtatcattgtc-agatcgaactgccgatctttcaacttcgtaattttattccaaattacatgat 771  Q
    | |||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  52902677 aatatcatagtcaagatcgaactgccgatgtttcaacttcgtaattttattccaaaatacatgat 52902741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University