View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1285-Insertion-3 (Length: 765)

Name: NF1285-Insertion-3
Description: NF1285
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1285-Insertion-3
NF1285-Insertion-3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-765)||(43482621-43483363)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 630; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 630; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 43483363 - 43482621
Alignment:
Q  8 tttaggactctgtttgtcttgtgactctattaattgaaaaaataattaagccatgattgagatttcaagccatgcttatttttggaaatcagataataca 107  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483363 tttaggactctgtttgtcttatgattctattaattgaaaaaataattaagccatgattgagatttcaagccatgcttatttttggaaatcagataataca 43483264  T
Q  108 tatcaactgtgcttataatctatggatgatattcctctcaaaaaataatcaggatcataggttaaaaattagttattggatcaaaatctttggtctgaca 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483263 tatcaactgtgcttataatctatggatgatattcctctcaaaaaataatctggatcataggttaaaaattagttattggatcaaaatctttggtctgaca 43483164  T
Q  208 aactcatttattttctttaaacttaattgtatgattggattgactctaaactcgtcagaatcacagccagccacatgattttagtaaaaactacatttta 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43483163 aactcatttattttctttaaacttaactgtatgattggattgactctaaactcgtcagaatcacagccagccacatgattttagcaaaaactacatttta 43483064  T
Q  308 gatcgaacttcaacaaattcacagcatcaccgtaattttatcgaatacattattcatcaaacacacactaaatccatgcaactttcaataactaaaaccg 407  Q
     |    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43483063 aa----acttcaacaaattcacagcatccccgtaattttatcgaatacattattcatcaaa-----------tccatgcaactttcaataactaaaaccg 43482979  T
Q  408 ggtgaaaatgtcacgtaccttctggcacaagataatgacatccacgattcatgtctgatgtattgccaaaactttgagnnnnnnntgtatcaaattttga 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       |||||||||||||||    
T  43482978 ggtgaaaatgtcacgtaccttctggcacaagataatgacatccacgattcatgtctgatgtatttccaaaactttgagaaaaaaatgtatcaaattttga 43482879  T
Q  508 gttgggccattggatatgtgccgcaatttgcagacaaggtaataccttcaagccctgcaacataggtgcggggccatatgtcaggtctgtaaccagttta 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43482878 gttgggccattggatatgtgccgcaatttgcagacaaggtaataccttcaagccctgcaacataggtgcggggccatatgtcaggtctgtaaccagttta 43482779  T
Q  608 ccctgccatcacttcttagctacctcatccacttgtcaatgtctaccttttcacctggaaatatataaaacatttgtagtttgatttgtttaactttggg 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43482778 ccctgccatcacttcttagctacctcatccacttgtcaatgtctaccttttcacctggaaatatataaaacatttgtagtttgatttgtttaagtttggg 43482679  T
Q  708 ttgagggtgaatttggcaaaaattacgatgccaccatgatttcattgaagttctaaag 765  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43482678 ttgagggtgaatttggcgaaaattgcaatgccaccatgatttcgttgaagttctaaag 43482621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University