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Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12855_high_1 (Length: 1075)

Name: NF12855_high_1
Description: NF12855
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12855_high_1
NF12855_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (66-1075)||(52003636-52004646)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 899; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 899; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 66 - 1075
Target Start/End: Complemental strand, 52004646 - 52003636
Alignment:
Q  66 aatgtcatgcattgagtgatgcatgaaactatgagtgttcggcctccgagagatggcgatccaaaaaatagaagttcatttttatatcgagtgtgattca 165  Q
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T  52004646 aatgtcatgcattgagtgatgcatgaaactatgagtgttcgtgcttcgagagatggcgatccaaaaaatagaagttcatttttatatcgagtgcgattca 52004547  T
Q  166 tcattacaaaattacaacatgtaaaacttatgttttccccattacaccctcacattccatactatttgggtttggtgcatagataagaacggtggataac 265  Q
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T  52004546 ttattacaaaattacaacatgtaaaacttatgttttctccattacaccctcacattccatactatttgggtttggtgcatagataagaacggtggataac 52004447  T
Q  266 ctagctagtaaatagactcgaataacatatatattaaatttatatatttgtctaactatttttacaaaatcagctttatggagacgtatcactattaagc 365  Q
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T  52004446 ctagctagtagatagactccaataacatatatattaaatttatatatttgtctaactatttttacaaaatcagctttatggagacgtatcactattaagc 52004347  T
Q  366 ttggtatatgaatataaaggatagataaataccatattgaatttttacattgagtttaatttcatcattacataacttaaaaatagagtgtgaatctcat 465  Q
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T  52004346 ttggtatatgaatataaaggatagataaataccatattgaatttttacattgagtttaatttcatcattacataacttaaaaatagagtgtgaatctcat 52004247  T
Q  466 ttcaaactcttatatccattgaaggtagcacttaaatttgcataactaatacatataggagtacgtagtagaccagaaagaacaaaacaagatcaccaac 565  Q
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T  52004246 ttcaaactcttatatccattgaaggtagcacttaaatttgcataactaatacatatagga----gtagtagaccagaaagaacaaaacaagatcaccaac 52004151  T
Q  566 ttgtttgaattttgtgagctaagcccaactttggaagcattgtgaagtagggtccatatgggaaattttgttcaagggtttagagaaagagagtttgatt 665  Q
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T  52004150 ttgtttgaattttgtgagctaagcccaactttggaagcattgtgaagtagggtccatatgggaaattttgttcaagggtttagagaaagagagtttgatt 52004051  T
Q  666 acaagaattaatattacagaattttaaacatacaaagaacctggcaggtttttataaaagtaatattaatcctttttgtttccagacagttgtgagggtc 765  Q
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T  52004050 acaagaattaatattacagaattttaaacatacaaagaacctggcaggtttttataaaagtaatattaatcctttttgtttccagacagttgtgagggtc 52003951  T
Q  766 aaagttttgtagcagaatgacaattatatatatagtctgtgttttttattgcagagatttcggtgaaaaagacataaaccccactgtgaaatataaagca 865  Q
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T  52003950 aaagttttgtagcaaaatgacaattatatatatagtctgtgttttttattgcagagatttcggtgaaaaagacataaaccccactgtgaaatataaagca 52003851  T
Q  866 gattccctttatgtcttaggctatatagagtatagacacc-----aatgaatacaacattatacatnnnnnnnnnnnnntatattgcattataataatta 960  Q
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T  52003850 gattccctttatgtcttaggctatatatagtatagacaccaatgaaatgaatacaacattatacataaaaaataaaaaatatattgcattataataatta 52003751  T
Q  961 atatgccacaaattaacctagctgtattcccctataaattcttcatcttagtattatatactctcaaaaggtgtttcttaccattcacaacacaaacacg 1060  Q
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T  52003750 atatgccacaaattaacctagctgtattcccctataaattcttcatcttagtattatatactctcaaaaggtgtttcttaccattcacaacacaaacacg 52003651  T
Q  1061 tgcacactctcacat 1075  Q
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T  52003650 tgcacactctcacat 52003636  T

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