View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12861_low_3 (Length: 583)

Name: NF12861_low_3
Description: NF12861
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12861_low_3
NF12861_low_3
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (17-572)||(2749217-2749772)
chr3 (17-570)||(2837963-2838516)
chr3 (17-570)||(2855173-2855726)
chr3 (17-572)||(5413108-5413663)
chr3 (67-572)||(2759486-2759991)
chr3 (17-572)||(2807489-2808044)
chr3 (63-572)||(2818825-2819334)
chr3 (63-572)||(2769337-2769846)
chr3 (54-571)||(2790579-2791096)
chr3 (54-567)||(2797620-2798133)
chr3 (227-333)||(3201376-3201482)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (12-572)||(5513-6073)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 544; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 544; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 572
Target Start/End: Original strand, 2749217 - 2749772
Alignment:
Q  17 aacatgatggagcaattctgtcggagtactaaagactctcttctgcagatgttacacaaaatggatgaccagtcactaattatagaagtgaggcaatacc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749217 aacatgatggagcaattctgtcggagtactaaagactctcttctgcagatgttacacaaaatggatgaccagtcactaattatagaagtgaggcaatacc 2749316  T
Q  117 tgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagattttgcggaccaggttcaatttgccatgccaaataacaataaaggtagtag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749317 tgcaacataagaggtatttgatattctttgatgacgtatggcaagaagattttgcggaccaggttcaatttgccatgccaaataacaataaaggtagtag 2749416  T
Q  217 gattatcatcaccactagaatgatgtatgttgcagattttttcaaaaaatcctttctaactcatattcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749417 gattatcatcaccactagaatgatgtatgttgcagattttttcaaaaaatcctttctaactcatattcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagca 2749516  T
Q  317 tgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtgggcattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattgttcaaaagtgcaggc 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749517 tgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtggacattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattgttcaaaagtgcaggc 2749616  T
Q  417 agctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaatctgagtctggaatt 516  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749617 agctacctctagcaattgtagctattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaatctgagtctggaatt 2749716  T
Q  517 aggacgtaatgcccatttaacgtgtctagtaaagattctatcacttagttatgatg 572  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2749717 aggacgtaatgcccatttaacgtgtctagtaaagattctatcacttagttatgatg 2749772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 2838516 - 2837963
Alignment:
Q  17 aacatgatggagcaattctgtcggagtactaaagactctcttctgcagatgttacacaaaatggatgaccagtcactaattatagaagtgaggcaatacc 116  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||| ||||||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||    
T  2838516 aacatgatggagcaattttgtcggggaactgaagaccctcttccacagatgttgcacaaaaaggatgaccagtcactgattgaagaagtgaggcaatacc 2838417  T
Q  117 tgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagattttgcggaccaggttcaatttgccatgccaaataacaataaaggtagtag 216  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2838416 tccaacataagaggtacttgatattctttgatgatgtttggcaagaagatttttccgaccagattgaatttgccatgcctaataacaataaaggtagtag 2838317  T
Q  217 gattatcatcaccactagaatgatgtatgttgcagattttttcaaaaaatcctttctaactcatattcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagca 316  Q
    ||| || ||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2838316 gatcataatcactactagaatgatgcatgttgcagaatttttcaagaaatcctttctaactcatattcataacctgcaacttttgcctccaaacaaagca 2838217  T
Q  317 tgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtgggcattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattgttcaaaagtgcaggc 416  Q
    |||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  2838216 tgggaactcttctgtaagaaagtatttagatttgaacctggtgggcattgtccaccagagcttaaggctgtgtcaaaagaaattgttcaaaaatgcaagc 2838117  T
Q  417 agctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaatctgagtctggaatt 516  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||    
T  2838116 agctacctctggcaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaacgtgagtgaaaatatgagactggaatt 2838017  T
Q  517 aggacgtaatgcccatttaacgtgtctagtaaagattctatcacttagttatga 570  Q
     ||||||||||||||||||||  |||||  ||||||| |||| || ||||||||    
T  2838016 gggacgtaatgcccatttaactagtctaacaaagattttatctctcagttatga 2837963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 2855726 - 2855173
Alignment:
Q  17 aacatgatggagcaattctgtcggagtactaaagactctcttctgcagatgttacacaaaatggatgaccagtcactaattatagaagtgaggcaatacc 116  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | ||| ||||| ||||||  | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||    
T  2855726 aacatgatggagcaattttgtcggggaactgaagaccctcttccactgatgttgcacaaaatggatgaccagtcactgattatacaagtaaggcaatacc 2855627  T
Q  117 tgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagattttgcggaccaggttcaatttgccatgccaaataacaataaaggtagtag 216  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2855626 tgcaacataagaggtatttggtattctttgatgatgtttggcaagaagatttttccgaccaggttgaatttgccatgcctaataacaataaaggtagtag 2855527  T
Q  217 gattatcatcaccactagaatgatgtatgttgcagattttttcaaaaaatcctttctaactcatattcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagca 316  Q
    ||| || ||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2855526 gatcataatcactactagaatgatgcatgttgcagaatttttcaagaaatcctttctaactcatattcataacctgcaacttttgcctccaaacaaagca 2855427  T
Q  317 tgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtgggcattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattgttcaaaagtgcaggc 416  Q
    |||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||    
T  2855426 tgggaactcttctgtaagaaagtatttagatttgaacctggtgggcattgtccaccagagcttgaggctgtgtcaaaagaaattgttctaaaatgcaagc 2855327  T
Q  417 agctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaatctgagtctggaatt 516  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||||||    
T  2855326 agctacctctggcaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaacgtgagtgaaaatatgagattggaatt 2855227  T
Q  517 aggacgtaatgcccatttaacgtgtctagtaaagattctatcacttagttatga 570  Q
     ||||||||||||||||||||   ||||  ||||||| |||| || ||||||||    
T  2855226 gggacgtaatgcccatttaaccaatctaacaaagattttatctctcagttatga 2855173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 572
Target Start/End: Original strand, 5413108 - 5413663
Alignment:
Q  17 aacatgatggagcaattctgtcggagtactaaagactctcttctgcagatgttacacaaaatggatgaccagtcactaattatagaagtgaggcaatacc 116  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5413108 aacatgatggagcaattttgtcggggaactgaagactctcttccgcagatgttacacaaaatggatgaccggtcactgattatagaagtgaggcaatacc 5413207  T
Q  117 tgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagattttgcggaccaggttcaatttgccatgccaaataacaataaaggtagtag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | ||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  5413208 tgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaacaagatttctctgaccaggttgaatttgcgatgcctaaaaacaataaaggtagtag 5413307  T
Q  217 gattatcatcaccactagaatgatgtatgttgcagattttttcaaaaaatcctttctaactcatattcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagca 316  Q
    ||| || |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5413308 gatcataatcaccactagaatgatgcaagttgcggattttttcaaaaaatcctttctagtatatgttcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagca 5413407  T
Q  317 tgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtgggcattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattgttcaaaagtgcaggc 416  Q
    |||||||||| ||||||||  || ||| ||| ||| ||||||||| |||||||||| || ||| ||| ||| || ||||||||||||| ||| |||| ||    
T  5413408 tgggaactttactgcaagaaggtgtttggatttgaacttggtgggaattgtccatcggagcttcaggatgtatcgaaagaaattgttcgaaaatgcaagc 5413507  T
Q  417 agctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaatctgagtctggaatt 516  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  5413508 agcttcctctagaaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaattattgaatggcaaaaggtgagtcaaaatctgagcctggaatt 5413607  T
Q  517 aggacgtaatgcccatttaacgtgtctagtaaagattctatcacttagttatgatg 572  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  5413608 aggacgtaatgcccatttaacgagtctaacaaagattctgtcacttagttacgatg 5413663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 67 - 572
Target Start/End: Original strand, 2759486 - 2759991
Alignment:
Q  67 gttacacaaaatggatgaccagtcactaattatagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagat 166  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||| ||| || ||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2759486 gttacacaaaatggatgacaggtcactgattacagaggtaaggaaatacctagaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagat 2759585  T
Q  167 tttgcggaccaggttcaatttgccatgccaaataacaataaaggtagtaggattatcatcaccactagaatgatgtatgttgcagattttttcaaaaaat 266  Q
    ||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||    
T  2759586 ttttccgaccaggttgaatttgccatgcctaataacaacaaaggtagtaggatcataatcaccactagaattatgcaagttgcagattttttcaagaaat 2759685  T
Q  267 cctttctaactcatattcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtgggcattg 366  Q
    | ||||||  |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||    
T  2759686 catttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttagatatgatcttggagggcgttg 2759785  T
Q  367 tccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattgttcaaaagtgcaggcagctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaaatct 466  Q
    |||| | || |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||| |||||||| |||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||    
T  2759786 tccaccggagcttgaggctgtggcaaaagaaattgtgcaaaagttcaagcaactacctcttgcaattgtggccgttgctggtctactttcaacaaaatct 2759885  T
Q  467 aaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaatctgagtctggaattaggacgtaatgcccatttaacgtgtctagtaaagattctatcacttagtt 566  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| || ||  ||||| ||||||||||| |||||  ||||||| | || |||||||    
T  2759886 aaaaccatgattgaatggcaaaaggtgagtcaaaatttgagcctggagttggggtgtaatacccatttaacgagtctaacaaagattttgtcgcttagtt 2759985  T
Q  567 atgatg 572  Q
    ||||||    
T  2759986 atgatg 2759991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 17 - 572
Target Start/End: Original strand, 2807489 - 2808044
Alignment:
Q  17 aacatgatggagcaattctgtcggagtactaaagactctcttctgcagatgttacacaaaatggatgaccagtcactaattatagaagtgaggcaatacc 116  Q
    ||||||||||||||||| |||| |   ||| ||||| ||||||   | | ||||| |||| |||||||| | ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  2807489 aacatgatggagcaattttgtcaggaaactgaagaccctcttccaaataagttacgcaaattggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacc 2807588  T
Q  117 tgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagattttgcggaccaggttcaatttgccatgccaaataacaataaaggtagtag 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  2807589 tgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttctgaccaggttgaatttgctatgcctaacaacaataaaggtagtag 2807688  T
Q  217 gattatcatcaccactagaatgatgtatgttgcagattttttcaaaaaatcctttctaactcatattcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagca 316  Q
    ||| || ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  2807689 gatcataatcacaactagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagca 2807788  T
Q  317 tgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtgggcattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattgttcaaaagtgcaggc 416  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||  || |||| |||||| |||||| | || ||||||||| |||||| ||| ||||||| ||| |||| ||    
T  2807789 tgggaactcttctgcaagaaagtatttagattcgatcttgatgggcactgtccaccggagcttgaggctatgtcaatagatattgttcgaaaatgcaagc 2807888  T
Q  417 agctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaatctgagtctggaatt 516  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||| ||||||||||  |||| ||    
T  2807889 agctacctttggcaattgtagctattggcggtctactttcaacaaaatataaaacaataatggaatgggaaaaggtgagtcaaaatctgagcttggagtt 2807988  T
Q  517 aggacgtaatgcccatttaacgtgtctagtaaagattctatcacttagttatgatg 572  Q
     ||||||||||||||||||||  |||||  ||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  2807989 gggacgtaatgcccatttaacaagtctaacaaagattttatcactgagttacgatg 2808044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 63 - 572
Target Start/End: Original strand, 2818825 - 2819334
Alignment:
Q  63 agatgttacacaaaatggatgaccagtcactaattatagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaaga 162  Q
    |||| |||| |||||||||||||  || ||| |||||||| || ||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2818825 agattttacgcaaaatggatgacaggttactgattatagaggtaaggaaatacctagaacataagaggtatttaatattctttgatgatgtatggcaaga 2818924  T
Q  163 agattttgcggaccaggttcaatttgccatgccaaataacaataaaggtagtaggattatcatcaccactagaatgatgtatgttgcagattttttcaaa 262  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||     
T  2818925 agatttttccgaccaggttgaatttgccatgcccaataacaacaaaggtagtaggatcataatcaccacaagaatgatgcaagttgcagattttttcaag 2819024  T
Q  263 aaatcctttctaactcatattcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtgggc 362  Q
    ||||| ||||||  |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||| |    
T  2819025 aaatcatttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttaggtctgagcttggtggtc 2819124  T
Q  363 attgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattgttcaaaagtgcaggcagctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaa 462  Q
     ||||||| | |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| | || |||  ||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2819125 gttgtccaccggaacttgaggttgtggcaaaagaaattgttcaaaaattcaagcaattacctttggcaatcgtagccattggtggtctactttcaacaaa 2819224  T
Q  463 atctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaatctgagtctggaattaggacgtaatgcccatttaacgtgtctagtaaagattctatcactt 562  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| || | ||||||||||||||||||| |||||  ||||||| | || |||    
T  2819225 atctaaaaccatgatcgaatggcaaaaggtgagtcaaaatttgagcctggagttggaacgtaatgcccatttaacgagtctaacaaagattttgtcgctt 2819324  T
Q  563 agttatgatg 572  Q
    ||||||||||    
T  2819325 agttatgatg 2819334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 63 - 572
Target Start/End: Original strand, 2769337 - 2769846
Alignment:
Q  63 agatgttacacaaaatggatgaccagtcactaattatagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaaga 162  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||  | ||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2769337 agatgttacacaaaatggatgacatgtcactggtaatagaggtaaggaaatacctacaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaaga 2769436  T
Q  163 agattttgcggaccaggttcaatttgccatgccaaataacaataaaggtagtaggattatcatcaccactagaatgatgtatgttgcagattttttcaaa 262  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| || || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||     
T  2769437 agatttttccgaccaggttgaattttccatgccaaataacaataaacgtagtaggatcataataaccacaagaatgatgcatgttgcagattttttcaag 2769536  T
Q  263 aaatcctttctaactcatattcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtgggc 362  Q
    ||||||||||||  |||| |||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| || ||| |||| ||| |||| |||||    
T  2769537 aaatcctttctagttcatgttcttaacatgcaacttttgcctcctaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagcattcagatttgaacttgatgggc 2769636  T
Q  363 attgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattgttcaaaagtgcaggcagctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaa 462  Q
    | |||||| |||| ||| || |  |||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  2769637 aatgtccaccagagcttcagtccatgtctaaagaaattgttcgaaaatgcaagcagctacctctggcaattgtagccattggtggtctattttcaacaaa 2769736  T
Q  463 atctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaatctgagtctggaattaggacgtaatgcccatttaacgtgtctagtaaagattctatcactt 562  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||| || |  ||||| || |||||||||||||||||| |  |||||  ||||||| | || |||    
T  2769737 atctaaaacaagaactgaatggcaaaaggtgagtcaaaagctaaacctggagttgggacgtaatgcccatttatctagtctaacaaagattttgtctctt 2769836  T
Q  563 agttatgatg 572  Q
    ||||||||||    
T  2769837 agttatgatg 2769846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 54 - 571
Target Start/End: Original strand, 2790579 - 2791096
Alignment:
Q  54 ctcttctgcagatgttacacaaaatggatgaccagtcactaattatagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgt 153  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  2790579 ctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattcttcgatgatgt 2790678  T
Q  154 atggcaagaagattttgcggaccaggttcaatttgccatgccaaataacaataaaggtagtaggattatcatcaccactagaatgatgtatgttgcagat 253  Q
    |||||||||||||||| | |||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||| | |||||||||    
T  2790679 atggcaagaagatttttccgaccagattgaatttgccattccaaataacaataaaggttgtaggatcataatcaccactagaatgatgcaagttgcagat 2790778  T
Q  254 tttttcaaaaaatcctttctaactcatattcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagc 353  Q
    |||||||| ||||| ||||||  |||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||| || ||| |||| |||||    
T  2790779 tttttcaagaaatcttttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgacaccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagcattcagatttgagc 2790878  T
Q  354 ttggtgggcattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattgttcaaaagtgcaggcagctacctctagcaattgtagccattggtggtttact 453  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| ||    |||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| || |||||||||||| |  ||||| ||||    
T  2790879 ttggtgggcattgtccaccagagcttaagttcatgtcaaaagaaattgttcgaaaatgcaagcagctacccctggcaattgtagccgtcagtggtctact 2790978  T
Q  454 ttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaatctgagtctggaattaggacgtaatgcccatttaacgtgtctagtaaagatt 553  Q
    |||||||||| |||||||  ||| ||||||| ||| ||||||| |||| ||||  ||||| || |||||||||||||||||| |  |||||  |||||||    
T  2790979 ttcaacaaaagctaaaaccgtgactgaatggaaaatggtgagtcaaaacctgaacctggagttgggacgtaatgcccatttatctagtctaacaaagatt 2791078  T
Q  554 ctatcacttagttatgat 571  Q
     |||| || |||||||||    
T  2791079 ttatctctgagttatgat 2791096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 54 - 567
Target Start/End: Original strand, 2797620 - 2798133
Alignment:
Q  54 ctcttctgcagatgttacacaaaatggatgaccagtcactaattatagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgt 153  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  2797620 ctcttttgcagatgttacacaaaatggatgacaagtcattgattatacaagtgaggcaatacctgcaacataaaaagtatttgatattctttgatgatgt 2797719  T
Q  154 atggcaagaagattttgcggaccaggttcaatttgccatgccaaataacaataaaggtagtaggattatcatcaccactagaatgatgtatgttgcagat 253  Q
    |||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||  | |||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||||    
T  2797720 atggcaagaagacttttctgaccaggttgaatttgccatgcctaataacaacaaagcaaataggatcatcatcaccacgagaatgatgcaagttgcagat 2797819  T
Q  254 tttttcaaaaaatcctttctaactcatattcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagc 353  Q
    |||||||| |||||||||| |  |||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||||||| || ||| |||| ||||     
T  2797820 tttttcaagaaatcctttcaagttcatgttcacaacttgcaacttttgacaccaaacaaatcatgggaactcttctgcaagaaagcattcagatttgagg 2797919  T
Q  354 ttggtgggcattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattgttcaaaagtgcaggcagctacctctagcaattgtagccattggtggtttact 453  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| |  |  |||||| |||||| |||| ||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| || |    
T  2797920 ttggtgggcattgtccaccagagcttaactccatgtcaatagaaatagttcgaaaatgcaagcagctacccctggcaattgtagccattggtggtctatt 2798019  T
Q  454 ttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaatctgagtctggaattaggacgtaatgcccatttaacgtgtctagtaaagatt 553  Q
    ||| |||||| |||||||  ||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||  ||||| || ||||| ||||||||||||||  ||||   |||||||    
T  2798020 ttcgacaaaagctaaaactgtgactgaatggaaaatggtgagtcaaaatctgaacctggagttgggacgcaatgcccatttaactagtcttacaaagatt 2798119  T
Q  554 ctatcacttagtta 567  Q
     |||| ||||||||    
T  2798120 ttatctcttagtta 2798133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 227 - 333
Target Start/End: Original strand, 3201376 - 3201482
Alignment:
Q  227 accactagaatgatgtatgttgcagattttttcaaaaaatcctttctaactcatattcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaacttt 326  Q
    |||| |||||||||| |||| || || | ||| || ||||| |||||   |||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| |    
T  3201376 accagtagaatgatgcatgtagctgaatattttaagaaatcttttcttgttcatattcaccacctacaacctttgcctccaaacaaagcgtgggaactgt 3201475  T
Q  327 tctgcaa 333  Q
    | |||||    
T  3201476 tttgcaa 3201482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 6073 - 5513
Alignment:
Q  12 tcatcaacatgatggagcaattctgtcggagtactaaagactctcttctgcagatgttacacaaaatggatgaccagtcactaattatagaagtgaggca 111  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||   ||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  6073 tcataaacatgatggagcaattttgtcgggaaactgaagaccctcttccgcaaatgttacacaaaatggatgacaagtcattaattatagaagtgaggca 5974  T
Q  112 atacctgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagattttgcggaccaggttcaatttgccatgccaaataacaataaaggt 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5973 atacctgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttctgaccaggttgaatttgccatgcctaataacaataaaggt 5874  T
Q  212 agtaggattatcatcaccactagaatgatgtatgttgcagattttttcaaaaaatcctttctaactcatattcacaacctgcaacttttgcctccaaaca 311  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||| || |||||||| ||||||||| ||  |||| ||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  5873 agtaggattataatcaccacaagaatgatgcttgttgccgaatttttcaagaaatcctttatagttcatgttcacaaactgcaactcttgcctccaaaca 5774  T
Q  312 aagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtgggcattgtccatcagaacttgaggctgtgtcaaaagaaattgttcaaaagtg 411  Q
    ||| ||||||||| |||||||| | ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||   || ||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||    
T  5773 aagtatgggaactcttctgcaaaaaagtatttagatttgaacctggtgggcattgtccacttgagcttgaggctgtatcaaaagaaattgttaaaaaatg 5674  T
Q  412 caggcagctacctctagcaattgtagccattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatgattgaatggcaaaaggtgagtgaaaatctgagtctg 511  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||     
T  5673 caagcagctacctcttgcaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaatggttgaatggcaaaaggtgagtcaaaatttgagccta 5574  T
Q  512 gaattaggacgtaatgcccatttaacgtgtctagtaaagattctatcacttagttatgatg 572  Q
    || || | ||||||||||||||||||| |||||  ||||||| | ||||||||||||||||    
T  5573 gagttggaacgtaatgcccatttaacgagtctaacaaagattttgtcacttagttatgatg 5513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University