View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1286_low_1 (Length: 532)

Name: NF1286_low_1
Description: NF1286
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1286_low_1
NF1286_low_1
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-509)||(23852570-23853078)
chr2 (1-509)||(23751869-23752377)
chr2 (1-509)||(22619262-22619770)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 509; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 509; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Original strand, 23852570 - 23853078
Alignment:
Q  1 aggttttggagcaatgaaagttttgaaacccaactgacatcatcagagtgtaaataagtattgaaactgagatcaagaaaggacaattttgtgaggtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852570 aggttttggagcaatgaaagttttgaaacccaactgacatcatcagagtgtaaataagtattgaaactgagatcaagaaaggacaattttgtgaggtttc 23852669  T
Q  101 caaggttatttgggatcttaccactcaaatgggagtcatagagagaaagaaattgtaactgattcatagaatggataaactttggtattggacttgaatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852670 caaggttatttgggatcttaccactcaaatgggagtcatagagagaaagaaattgtaactgattcatagaatggataaactttggtattggacttgaatt 23852769  T
Q  201 gaaattgtttccactaaggtccaaataactaagatacttgaactgtgaatgagcaggatggatatactgagcttcaagcttagattttgagtagggacag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852770 gaaattgtttccactaaggtccaaataactaagatacttgaactgtgaatgagcaggatggatatactgagcttcaagcttagattttgagtagggacag 23852869  T
Q  301 tttgaatcaaattgttctcctttttgtgggtaacatggattcctaaggtcaatttttacaacatgtcctgtgatgttgctgcaacttatacctttccatt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852870 tttgaatcaaattgttctcctttttgtgggtaacatggattcctaaggtcaatttttacaacatgtcctgtgatgttgctgcaacttatacctttccatt 23852969  T
Q  401 tacaacagtcatttcctttccaagaggaaagtctaaataatggatcattaaagcttcctttgatttcaagaagagctttcctctcttgttccatgcaacc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23852970 tacaacagtcatttcctttccaagaggaaagtctaaataatggatcattaaagcttcctttgatttcaagaagagctttcctctcttgttccatgcaacc 23853069  T
Q  501 aaatgatga 509  Q
    |||||||||    
T  23853070 aaatgatga 23853078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Original strand, 23751869 - 23752377
Alignment:
Q  1 aggttttggagcaatgaaagttttgaaacccaactgacatcatcagagtgtaaataagtattgaaactgagatcaagaaaggacaattttgtgaggtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  23751869 aggttttggagcaatgaaagttttgaaacccaatttacatcatcagagtgtaaataagaatttaaactgagatcaagaaagttcaattttgtgaggtttc 23751968  T
Q  101 caaggttatttgggatcttaccactcaaatgggagtcatagagagaaagaaattgtaactgattcatagaatggataaactttggtattggacttgaatt 200  Q
     |||||||||||||||  | |||||||||| ||| ||| ||| |||||| |||| ||||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  23751969 taaggttatttgggattattccactcaaattggaatcagagatagaaaggaattttaactgattcattaaatggataaatgttggtattggacttgaatt 23752068  T
Q  201 gaaattgtttccactaaggtccaaataactaagatacttgaactgtgaatgagcaggatggatatactgagcttcaagcttagattttgagtagggacag 300  Q
     |||||||||||||||||||| |||| ||||||||  || || | |||| |||  | |||||| |   |||||| |||||||  |||||   | | ||||    
T  23752069 taaattgtttccactaaggtctaaattactaagatttttaaaatttgaaagagatgtatggatttctggagctttaagcttattttttgttaatgaacag 23752168  T
Q  301 tttgaatcaaattgttctcctttttgtgggtaacatggattcctaaggtcaatttttacaacatgtcctgtgatgttgctgcaacttatacctttccatt 400  Q
    ||||| | | ||| || || | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23752169 tttgattgatatttttttcttctttgtgggtagcatggattcctaaggtcaattttaacaacatgacctgtaatgttgctgcaacttatacctttccatt 23752268  T
Q  401 tacaacagtcatttcctttccaagaggaaagtctaaataatggatcattaaagcttcctttgatttcaagaagagctttcctctcttgttccatgcaacc 500  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||    
T  23752269 tacaacattcatttccttcccaagaggaaagtcttaatgatgtatcattaaagcttcctttgagttcaagaagtgcttgcctctcttgttctatgcaacc 23752368  T
Q  501 aaatgatga 509  Q
    |||||||||    
T  23752369 aaatgatga 23752377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 509
Target Start/End: Original strand, 22619262 - 22619770
Alignment:
Q  1 aggttttggagcaatgaaagttttgaaacccaactgacatcatcagagtgtaaataagtattgaaactgagatcaagaaaggacaattttgtgaggtttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  22619262 aggttttggagcaatgaaagttttgaaacccaatttacatcatcagagtgtaaataagaatttaaactgagatcaagaaagttcaattttgtgaggtttc 22619361  T
Q  101 caaggttatttgggatcttaccactcaaatgggagtcatagagagaaagaaattgtaactgattcatagaatggataaactttggtattggacttgaatt 200  Q
     |||||||||||||||  | |||||||||| ||| ||| ||| |||||| |||| ||||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  22619362 taaggttatttgggattattccactcaaattggaatcagagatagaaaggaattttaactgattcattaaatggataaatgttggtattggacttgaatt 22619461  T
Q  201 gaaattgtttccactaaggtccaaataactaagatacttgaactgtgaatgagcaggatggatatactgagcttcaagcttagattttgagtagggacag 300  Q
     |||||||||||||||||||| |||| ||||||||  || || | |||| |||  | |||||| |   |||||| |||||||  |||||   | | ||||    
T  22619462 taaattgtttccactaaggtctaaattactaagatttttaaaatttgaaagagatgtatggatttctggagctttaagcttattttttgttaatgaacag 22619561  T
Q  301 tttgaatcaaattgttctcctttttgtgggtaacatggattcctaaggtcaatttttacaacatgtcctgtgatgttgctgcaacttatacctttccatt 400  Q
    ||||| | | ||| || || | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22619562 tttgattgatatttttttcttctttgtgggtagcatggattcctaaggtcaatttttataacatgacctgtaatgttgctgcaacttatacctttccatt 22619661  T
Q  401 tacaacagtcatttcctttccaagaggaaagtctaaataatggatcattaaagcttcctttgatttcaagaagagctttcctctcttgttccatgcaacc 500  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| | | | |||||||| |||||||||||| | ||||||    
T  22619662 tacaacattcatttccttcccaagaggaaagtcttaatgatgtatcattaaagcttcctttgagtgctaaaagagcttgcctctcttgttctaagcaacc 22619761  T
Q  501 aaatgatga 509  Q
    |||||||||    
T  22619762 aaatgatga 22619770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University