View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12872_high_9 (Length: 394)

Name: NF12872_high_9
Description: NF12872
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12872_high_9
NF12872_high_9
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (5-202)||(5165273-5165471)
chr6 (5-202)||(25942222-25942420)
chr6 (5-202)||(17694281-17694479)
chr6 (5-202)||(13879292-13879490)
chr6 (5-139)||(22351348-22351482)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (5-202)||(47882318-47882516)
chr3 (5-202)||(22625409-22625607)
chr3 (5-202)||(54189063-54189261)
chr3 (10-202)||(29913385-29913578)
chr3 (5-202)||(10612207-10612405)
chr3 (5-202)||(10897558-10897756)
chr3 (5-190)||(16458019-16458205)
chr3 (10-202)||(6303869-6304062)
chr3 (5-202)||(10205121-10205319)
chr3 (5-202)||(10098225-10098423)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (7-193)||(4558863-4559050)
chr4 (5-190)||(15312871-15313057)
chr4 (5-192)||(16633043-16633231)
chr4 (274-360)||(26633303-26633389)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (5-202)||(33033194-33033391)
chr8 (5-193)||(21034421-21034610)
chr8 (5-192)||(28891317-28891505)
chr8 (5-202)||(16756690-16756888)
chr8 (5-202)||(28328461-28328659)
chr8 (5-202)||(15945205-15945409)
chr8 (103-202)||(4819669-4819769)
chr8 (270-339)||(32211224-32211293)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (5-202)||(44016095-44016293)
chr7 (5-202)||(25351905-25352103)
chr7 (5-202)||(7070348-7070546)
chr7 (5-202)||(25405967-25406165)
chr7 (5-202)||(3324217-3324415)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (5-202)||(20054190-20054388)
chr2 (5-202)||(22716663-22716861)
chr2 (5-202)||(28456933-28457131)
chr2 (5-202)||(2736758-2736956)
chr2 (5-202)||(39680599-39680797)
chr2 (30-194)||(10941948-10942113)
chr2 (30-194)||(10947817-10947982)
chr2 (270-339)||(22985792-22985861)
chr2 (270-339)||(37781103-37781172)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (6-202)||(16879-17076)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (5-202)||(10627912-10628110)
chr5 (5-202)||(31781890-31782089)
chr5 (5-202)||(25446040-25446238)
chr5 (5-132)||(28786952-28787079)
chr5 (132-193)||(28788402-28788464)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (5-193)||(9522278-9522467)
chr1 (7-202)||(14997592-14997786)
chr1 (5-202)||(2400654-2400852)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (5-67)||(16601-16663)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 5165471 - 5165273
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5165471 tcagtgctatcattctttgtcttggggataaggtttcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgattcattgtacat 5165372  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  |||||||    
T  5165371 gaccaagtccttggcacatagacaatgtccgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggaatcaaaacctataatggatcaattgacgaaattcaa 5165273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Original strand, 25942222 - 25942420
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  25942222 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 25942321  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  25942322 gaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 25942420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 17694479 - 17694281
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  17694479 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattaattatacat 17694380  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
     |||||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  17694379 aaccaagtctttggcacatagaaaatgtctgaaacaacaactctacttttatcgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 17694281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Original strand, 13879292 - 13879490
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  13879292 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 13879391  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  13879392 gaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 13879490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 5 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 22351482 - 22351348
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  22351482 tcagtgctatcattctatgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 22351383  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaac 139  Q
    |||||| |  || |||||||| ||||||| |||||    
T  22351382 gaccaaatctttggcacatagtcaatgtcggaaac 22351348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 131; Significance: 7e-68; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 47882516 - 47882318
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  47882516 tcagtgctatcattttgtgtcttggggataaggtgttgagagaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtgaaataaacttgattcattgtacat 47882417  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| ||| || |||||    
T  47882416 gaccaagtccttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaacagacggagttcaa 47882318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 22625607 - 22625409
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||  || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  22625607 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgatagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 22625508  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  22625507 gaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 22625409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Original strand, 54189063 - 54189261
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  54189063 tcagcgctatcattatgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaaactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 54189162  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  54189163 gaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 54189261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 10 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 29913578 - 29913385
Alignment:
Q  10 gctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacatgacca 109  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  29913578 gctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagtctactgctgtgtctatgaggaataaacttgattcattatacatgacca 29913479  T
Q  110 agtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    |||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  29913478 agtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 29913385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 10612405 - 10612207
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||  | ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  10612405 tcagcgctatcattctgtgttttggggataaggtgttgagaaaagtatcaagggagactattgttgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 10612306  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | || |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  10612305 gaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttatcaaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 10612207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Original strand, 10897558 - 10897756
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  10897558 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 10897657  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||||||||  || || ||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||||| || |||||    
T  10897658 gaccaagtctttggcccataggcaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatcgagcaactgacggagttcaa 10897756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 5 - 190
Target Start/End: Original strand, 16458019 - 16458205
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  16458019 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 16458118  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaact 190  Q
    ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  16458119 gaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccaaatggtggagtcaaaacctataatggagcaact 16458205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 202
Target Start/End: Original strand, 6303869 - 6304062
Alignment:
Q  10 gctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacatgacca 109  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  6303869 gctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacatgacca 6303968  T
Q  110 agtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    |||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  6303969 agtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 6304062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 10205319 - 10205121
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||| | | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  10205319 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagaggggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 10205220  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  10205219 gaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 10205121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 10098423 - 10098225
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  10098423 tcagcgctatcattttgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaaggggggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 10098324  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||| |||| || |||||    
T  10098323 gaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaattgacggagttcaa 10098225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 7 - 193
Target Start/End: Original strand, 4558863 - 4559050
Alignment:
Q  7 agtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacatga 106  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4558863 agtgctatcattctgtgtcttggggataaggtgtggagagaggtaggaagggagactattgttgtgtctatgtggaataaacttgattcattgtacatga 4558962  T
Q  107 ccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgac 193  Q
    |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  4558963 ccaagtacttggtacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgac 4559050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 5 - 190
Target Start/End: Original strand, 15312871 - 15313057
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15312871 tcagcgctatcattctgtgtcttggagataagatgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgatttattatacat 15312970  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaact 190  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| | |||| ||||||| |||||||||||||||    
T  15312971 gaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttatcgaatgatggagtcaaaacctataatggagcaact 15313057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 5 - 192
Target Start/End: Original strand, 16633043 - 16633231
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||||||    
T  16633043 tcagtgccatcattctgtgtattggggataaggtgttgagagaggcagcaagggagactactgatgtgtctatgtgaaataaaattgattcattgtacat 16633142  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactga 192  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||| |||||| |||||||  | ||||||| ||||||    
T  16633143 gaccaagtccttggcacatacacaatgtttgaaacaacaactctacttataccgaatggtggagtcaaaacccacaatggagtaactga 16633231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 274 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 26633389 - 26633303
Alignment:
Q  274 tcttgatatctcttattcttttcaaccagagctagacacgttcatgttttctgtcaatattgctcataacaaatgttgaaataagtg 360  Q
    |||||||||| |||||||||||| | ||||| |||| || |||||||||  ||||||||||  |||||| |   |||||||||||||    
T  26633389 tcttgatatcacttattcttttcgatcagagttagagacattcatgtttcttgtcaatattcttcataaaaggggttgaaataagtg 26633303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Original strand, 33033194 - 33033391
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33033194 tcagtgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaggtagcaagggagactactactgtgtctatgtggaataaacttgattcattgtacat 33033293  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  33033294 gaccaagtccttggcacatagacaatgtctgaagcaacaact-tacttttaccgaatggtggagtcgaaacttataatggagcaactgacggagttcaa 33033391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 5 - 193
Target Start/End: Original strand, 21034421 - 21034610
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||||||||||||| | || |||| |||||||||||  || || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  21034421 tcagtgctatcattttgtggcttggggataaggtgttaagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 21034520  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgac 193  Q
    ||||||||  || |||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  21034521 gaccaagtctttggcacatagacaatgactgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgac 21034610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 5 - 192
Target Start/End: Original strand, 28891317 - 28891505
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  28891317 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctaatgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 28891416  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactga 192  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  28891417 gaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactga 28891505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 16756888 - 16756690
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  16756888 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 16756789  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  16756788 gaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 16756690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Original strand, 28328461 - 28328659
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  28328461 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 28328560  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||||||||  || ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  28328561 gaccaagtctttggcacatagacagtgcctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 28328659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Original strand, 15945205 - 15945409
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgtt---gtgtctatgtggaataaacttgatttattgta 101  Q
    ||||||| |||||| | |||||||  ||||||| || | | |||||| ||||||||||||||  |   ||||||||||||||||||| ||||| || |||    
T  15945205 tcagtgccatcattttgtgtcttggagataaggagttgggagaggtatcaagggagactactactactgtgtctatgtggaataaacatgattcatcgta 15945304  T
Q  102 catgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtgg---aatcaaaacatataatggagcaactgacagaa 197  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||   | ||||||| |||||||||| ||||||| ||     
T  15945305 catgaccaagtccttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttactgaatggtggcgtactcaaaacctataatggagaaactgacggag 15945404  T
Q  198 ttcaa 202  Q
    |||||    
T  15945405 ttcaa 15945409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 103 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 4819769 - 4819669
Alignment:
Q  103 atgaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattca 201  Q
    ||||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| ||||||||||||| |||| || ||||    
T  4819769 atgaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaaatgacggagttca 4819670  T
Q  202 a 202  Q
    |    
T  4819669 a 4819669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 270 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 32211293 - 32211224
Alignment:
Q  270 tttctcttgatatctcttattcttttcaaccagagctagacacgttcatgttttctgtcaatattgctca 339  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||    ||||||||| ||||||||||||||||    
T  32211293 tttctcttgatatcacttattcttttcgatcaaagctagaggtattcatgtttcctgtcaatattgctca 32211224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 44016293 - 44016095
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    ||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44016293 tcagttctatcattctatgtctttgggataaggtgttgagagaggtagcaagggaaactattgttgtgtctatgtggaataaacttgattcattgtacat 44016194  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  44016193 gaccaagtccttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatagtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 44016095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Original strand, 25351905 - 25352103
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  25351905 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 25352004  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  25352005 gaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 25352103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Original strand, 7070348 - 7070546
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  7070348 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 7070447  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  7070448 gaccaagtctttggcacataggcaatgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 7070546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Original strand, 25405967 - 25406165
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  25405967 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 25406066  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  25406067 gaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 25406165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 3324415 - 3324217
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||| || |||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  3324415 tcagcgctatcattctgtgtcttggggacaaggtgttgagagaagtataaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 3324316  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  3324315 gaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 3324217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 20054388 - 20054190
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  20054388 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 20054289  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  20054288 gaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 20054190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 22716861 - 22716663
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  22716861 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 22716762  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  22716761 gaccaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 22716663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 28457131 - 28456933
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||| || | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28457131 tcagtgccatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaggtaacatgagagactactgttgtttctatgtggaataaacttgattcattgtacat 28457032  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||  ||||||| || |||||    
T  28457031 gaccaagtccttgtcacatagacaatgtctgaaacaacaattctacttttaccgaatggtggagtcaaaacctataatggaataactgacggagttcaa 28456933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Original strand, 2736758 - 2736956
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||  || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  2736758 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgaaagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 2736857  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||||||||  || |||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  2736858 gaccaagtctttggcacataggcaatttctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 2736956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Original strand, 39680599 - 39680797
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  39680599 tcagcgctatcattctgtgtcttagggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacat 39680698  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||||||||  || ||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||| || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  39680699 gaccaagtctttggcacatagacagtgcctgaaacaacaactctacttttatcgtatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 39680797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 30 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 10942113 - 10941948
Alignment:
Q  30 ggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaa 129  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||  || |||| |||||||    
T  10942113 ggataaggtgttgagaaaggtagcaagggagactactgatgtgtctatatggaataaactagattcattgtatatgacaaagtctttggcacgtagacaa 10942014  T
Q  130 tgtctgaaacaacaactatactattac-cgaaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgaca 194  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||  || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  10942013 tgtctgaaacaacaactctacttttactggatggtggagtcaaaatatataatggagcaactgaca 10941948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 30 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 10947982 - 10947817
Alignment:
Q  30 ggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacatgaccaagtgcttagcacatagacaa 129  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||  || |||| |||||||    
T  10947982 ggataaggtgttgagaaaggtagcaagggagactactgatgtgtctatatggaataaactagattcattgtatatgacaaagtctttggcacgtagacaa 10947883  T
Q  130 tgtctgaaacaacaactatactattac-cgaaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgaca 194  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||  || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  10947882 tgtctgaaacaacaactctacttttactggatggtggagtcaaaatatataatggagcaactgaca 10947817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 270 - 339
Target Start/End: Original strand, 22985792 - 22985861
Alignment:
Q  270 tttctcttgatatctcttattcttttcaaccagagctagacacgttcatgttttctgtcaatattgctca 339  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||    ||||||||| || |||||||||||||    
T  22985792 tttctcttgatatcacttattcttttcgatcaaagctagaggtattcatgtttcctatcaatattgctca 22985861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 270 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 37781172 - 37781103
Alignment:
Q  270 tttctcttgatatctcttattcttttcaaccagagctagacacgttcatgttttctgtcaatattgctca 339  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | || || ||||    ||||||||| ||||||||||||||||    
T  37781172 tttctcttgatatcacttattcttttcgatcaaagttagaggtattcatgtttcctgtcaatattgctca 37781103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 110; Significance: 3e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 6 - 202
Target Start/End: Original strand, 16879 - 17076
Alignment:
Q  6 cagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacatg 105  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  16879 cagtgctatcattctgtgtcttggggacaaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataagcttgattcattatacatg 16978  T
Q  106 accaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    |||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  16979 accaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggaatcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 17076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Original strand, 10627912 - 10628110
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||| | ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  10627912 tcagtgccatcattctgtgtcttggggatacggtatagagagagttagcaagggagactattgttgtgtctatgtggaataaacttgattcattgtgcat 10628011  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||| || |||||    
T  10628012 gaccaagtccttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctactttaaccgaatggtggagtcaaaaccgataatggagcaactgacggagttcaa 10628110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 31782089 - 31781890
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    ||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31782089 tcagtgccatcgttctgtgtcttggggataaggtgttgagagaggtagcaagggagactattgttgtgtctatgtggaataaacttgattcattgtacat 31781990  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatc-aaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    |||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| || || |||||  |||||| |||||||||| ||||||||    
T  31781989 gaccaagtcctggacacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtcgagtcaaaaaccaataatgaagcaactgacggaattcaa 31781890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Original strand, 25446040 - 25446238
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  25446040 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaggctactgctatgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 25446139  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccg-aaggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    || |||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  25446140 gatcaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgaaaggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 25446238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 5 - 132
Target Start/End: Original strand, 28786952 - 28787079
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  28786952 tcagtgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 28787051  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgt 132  Q
    | ||||||  || |||||||||||||||    
T  28787052 ggccaagtctttggcacatagacaatgt 28787079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 132 - 193
Target Start/End: Original strand, 28788402 - 28788464
Alignment:
Q  132 tctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgac 193  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  28788402 tctgaaacaacaaccatacttttatcgaacggtggagtcaaaacctataatggagcaactgac 28788464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 106; Significance: 6e-53; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 5 - 193
Target Start/End: Original strand, 9522278 - 9522467
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  9522278 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactgctgtgtctatgtggaataaacttgattcattatacat 9522377  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgac 193  Q
    ||||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  9522378 gaccaagtctttggcacatagacagtgtctgaaacaacaactctacttttatcgaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgac 9522467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 7 - 202
Target Start/End: Original strand, 14997592 - 14997786
Alignment:
Q  7 agtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacatga 106  Q
    ||||| |||||| | ||||||| ||||||||| | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  14997592 agtgccatcattatgtgtcttggggataaggtattgagataggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaatagacttgatt--ttgtacatga 14997689  T
Q  107 ccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  14997690 ccaagtccttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccaaatggtggagtcaaaacctataatggagcaactgacggagttcaa 14997786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 5 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 2400852 - 2400654
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactgttgtgtctatgtggaataaacttgatttattgtacat 104  Q
    |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||  |||||    
T  2400852 tcagtgatatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggaaactactgttgtgtctatatggaataaacttaattcataatacat 2400753  T
Q  105 gaccaagtgcttagcacatagacaatgtctgaaacaacaactatactattaccgaa-ggtggaatcaaaacatataatggagcaactgacagaattcaa 202  Q
    ||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||    
T  2400752 gactaagtctttggcacatagacaatgtctgaaacaacaactctacttttaccgaatggtggagtcaaaatctataatggagcaactgacagagttcaa 2400654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 16663 - 16601
Alignment:
Q  5 tcagtgctatcattctttgtcttgaggataaggtgtcgagtgaggtagcaagggagactactg 67  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||    
T  16663 tcagcgctatcattctgtgtcttggggataaggtgttgagagaagtatcaagggagactactg 16601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University