View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12877_low_23 (Length: 402)

Name: NF12877_low_23
Description: NF12877
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12877_low_23
NF12877_low_23
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (23-384)||(36288375-36288737)
chr2 (15-384)||(35036740-35037109)
chr2 (15-333)||(35008874-35009193)
chr2 (85-312)||(35026159-35026387)
chr2 (237-338)||(35019417-35019518)
chr2 (237-312)||(35033168-35033243)
chr2 (238-312)||(34998904-34998978)
chr2 (237-336)||(35012391-35012490)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (221-312)||(30595238-30595329)
chr4 (221-312)||(30612586-30612677)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 36288737 - 36288375
Alignment:
Q  23 gttcaatttgaggttgtgtttgatccatagctgtcatgatgagtggacctaaagagaaagagacatctgaagtggtttcagcgccaaagggtaggccttc 122  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36288737 gttcaatttgaggttttgtttgatccatagctgtcatgatgagtggacctaaagagaaagagacatctgaagtggtttcagcgccaaagggtaggccttc 36288638  T
Q  123 aatgtgaggaacattgagagggtaaaaggtgataaggtttgggtaaaggttgaatttttctaacttggtttgtgttttcttggggatgaagaaaga-gat 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  36288637 aatgtgaggaacattgagagggtaaaaggtgataaggtttgggtaaaggttgaatttttctaacttggtttgtgttttcttggggatgaagaaagaggtt 36288538  T
Q  222 ttgtgtccctttttggctaatttgtttgagaggtgaagatatggaattaggtgtcccattgcaaaccatggaaacattgctatgtgcaaagaagaatgtg 321  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36288537 ttgtctccctttttggctaatatgtttgagaggtgaagatatggaattaggtgtcccattgcaaaccatggagacattgctatgtgcaaagaagaatgtg 36288438  T
Q  322 gatccatggctgctattttctgaattacttggcaatgtctctctgcttataaggtctatataa 384  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36288437 gatccaaggctgctattttctgaattacttggcaatatctctctgcttataaggtctatataa 36288375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 15 - 384
Target Start/End: Original strand, 35036740 - 35037109
Alignment:
Q  15 gagaagaagttcaatttgaggttgtgtttgatccatagctgtcatgatgagtggacctaaagagaaagagacatctgaagtggtttcagcgccaaagggt 114  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  35036740 gagaagaagttcaacttgaggctgtgtttgatccatagctgtcatgatgagtggacctaaagagaatgagacatctgaagtggtttcagcaccaaatgga 35036839  T
Q  115 aggccttcaatgtgaggaacattgagagggtaaaaggtgataaggtttgggtaaaggttgaatttttctaacttggtttgtgttttcttggggatgaaga 214  Q
    || || | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| |||||||    
T  35036840 agaccatgaatgtgaggaacattgagagggtaaaaagtgatgagatttggataaaggttgaattgttctaatttggtttgtgttttcgtgggaatgaaga 35036939  T
Q  215 aagaga-tttgtgtccctttttggctaatttgtttgagaggtgaagatatggaattaggtgtcccattgcaaaccatggaaacattgctatgtgcaaaga 313  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35036940 aagagattttgtgtccccttttggctaatttgtttgagagatgaagatatggagttaagtgtcccattgcaaaccatggaaacattgctatgtgcaaaga 35037039  T
Q  314 agaatgtggatccatggctgctattttctgaattacttggcaatgtctctctgcttataaggtctatataa 384  Q
    |||  |||  |||||||||||| || |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35037040 agatggtgactccatggctgct-ttgtctgaactacttagcaatgtttctctgcttataaggtctatataa 35037109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 15 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 35009193 - 35008874
Alignment:
Q  15 gagaagaagttcaatttgaggttgtgtttgatccatagctgtcatgatgagtggacctaaagagaaagagacatctgaagtggtttcagcgccaaagggt 114  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  35009193 gagaagaagttcaacttgaggttgagtttgatccatagctgtcatgatgagtggacctaaagagaatgagacatctgaagtggtttcagcaccaaatgga 35009094  T
Q  115 aggccttcaatgtgaggaacattgagagggtaaaaggtgataaggtttgggtaaaggttgaatttttctaacttggtttgtgttttcttggggatgaaga 214  Q
    || || | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  35009093 agaccatgaatatgaggaacattgagagggtaaaaagtgattaaatttggataaaggttgaattgttctaatttggtttgtgttttcttgggaatgaaga 35008994  T
Q  215 aagaga-tttgtgtccctttttggctaatttgtttgagaggtgaagatatggaattaggtgtcccattgcaaaccatggaaacattgctatgtgcaaaga 313  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35008993 aagagattttgtgtccccttttggctaatttgtttgagagatgaagatatggagttaagtgtcccattgcaaaccatggaaacattgctatgtgcaaaga 35008894  T
Q  314 agaatgtggatccatggctg 333  Q
    |||  |||  ||||||||||    
T  35008893 agatggtgactccatggctg 35008874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 85 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 35026387 - 35026159
Alignment:
Q  85 acatctgaagtggtttcagcgccaaagggtaggccttcaatgtgaggaacattgagagggtaaaaggtgataaggtttgggtaaaggttgaatttttcta 184  Q
    ||||||||||  |||||||| |||  ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||  |||||||  | || ||    
T  35026387 acatctgaagatgtttcagcaccatcgggaagaccatcaatgtgaggaacattgagagggtaaaaagtgatgagatttgggtttaggttgagatgttgta 35026288  T
Q  185 acttggtttgtgttttcttggggatgaagaaagaga-tttgtgtccctttttggctaatttgtttgagaggtgaagatatggaattaggtgtcccattgc 283  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| || | |||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  | | ||||||||| ||    
T  35026287 acttggtttgtgtttttttggggatgaagaatgatattttgtgacctttttttgctaatttgttggagaggtgaagatatggggtgaagtgtcccatagc 35026188  T
Q  284 aaaccatggaaacattgctatgtgcaaag 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35026187 aaaccatggaaacattgctatgtgcaaag 35026159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 237 - 338
Target Start/End: Original strand, 35019417 - 35019518
Alignment:
Q  237 gctaatttgtttgagaggtgaagatatggaattaggtgtcccattgcaaaccatggaaacattgctatgtgcaaagaagaatgtggatccatggctgcta 336  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | ||||||  ||||||    
T  35019417 gctaatttgttggagaagtgaagatatggagttaagtgtcccatagcaaaccatggaaacattgctatgtgcaaaggagaaggagcatccattactgcta 35019516  T
Q  337 tt 338  Q
    ||    
T  35019517 tt 35019518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 237 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 35033243 - 35033168
Alignment:
Q  237 gctaatttgtttgagaggtgaagatatggaattaggtgtcccattgcaaaccatggaaacattgctatgtgcaaag 312  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35033243 gctaacttgtttgagaggtgaagatatggagttaagtgtcccatagcaaaccatggaaacattgctatgtgtaaag 35033168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 238 - 312
Target Start/End: Original strand, 34998904 - 34998978
Alignment:
Q  238 ctaatttgtttgagaggtgaagatatggaattaggtgtcccattgcaaaccatggaaacattgctatgtgcaaag 312  Q
    |||||||||| |||||| | | | ||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34998904 ctaatttgttagagaggcggataaatggagttgagtgtcccatagcaaaccatggaaacattgctatgtgcaaag 34998978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 237 - 336
Target Start/End: Original strand, 35012391 - 35012490
Alignment:
Q  237 gctaatttgtttgagaggtgaagatatggaattaggtgtcccattgcaaaccatggaaacattgctatgtgcaaagaagaatgtggatccatggctgcta 336  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||  | |  |||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| || || | | | ||||||||||||||    
T  35012391 gctaatttgtttgagaagtggagatatggggtgaaatgtcccatagcaaaccatggaaacattgatatatgcataggaggaagagcatccatggctgcta 35012490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 221 - 312
Target Start/End: Original strand, 30595238 - 30595329
Alignment:
Q  221 tttgtgtccctttttggctaatttgtttgagaggtgaagatatggaattaggtgtcccattgcaaaccatggaaacattgctatgtgcaaag 312  Q
    |||||| || ||||| |||| ||||||||  || |||||  ||||| || |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  30595238 tttgtgacctttttttgctagtttgtttgctagatgaaggaatggagtttggtggcccattgcaaaccatggatacattgctatgtgtaaag 30595329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 221 - 312
Target Start/End: Original strand, 30612586 - 30612677
Alignment:
Q  221 tttgtgtccctttttggctaatttgtttgagaggtgaagatatggaattaggtgtcccattgcaaaccatggaaacattgctatgtgcaaag 312  Q
    |||||| || ||||| |||| ||||||||  || |||||  ||||| || |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  30612586 tttgtgacctttttttgctagtttgtttgctagatgaaggaatggagtttggtggcccattgcaaaccatggatacattgctatgtgtaaag 30612677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University