View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12877_low_49 (Length: 291)

Name: NF12877_low_49
Description: NF12877
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12877_low_49
NF12877_low_49
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (18-291)||(3809177-3809448)
chr4 (23-291)||(3816761-3817026)
chr4 (23-231)||(3920438-3920646)
chr4 (24-287)||(3986162-3986424)
chr4 (26-231)||(4024454-4024659)
chr4 (23-237)||(3956182-3956396)
chr4 (23-237)||(4001522-4001736)
chr4 (23-237)||(3800804-3801016)
chr4 (23-231)||(3933662-3933867)
chr4 (23-237)||(4009212-4009426)
chr4 (23-237)||(4217856-4218070)
chr4 (23-231)||(3963961-3964166)
chr4 (23-153)||(4018017-4018147)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (23-276)||(13397124-13397377)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (59-231)||(7074733-7074905)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (162-230)||(23454238-23454306)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 18 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 3809448 - 3809177
Alignment:
Q  18 ctaacagtgataattcagtggctgctgggttagaaagcttgaaagacaaagctcttataactatttctaaagataatgttatatctatgcatgacattct 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3809448 ctaacagtgataattcagtggctgctgggttagaaagcttgaaagacaaagctcttataactatttctgaatataatgttatatctatgcatgacattct 3809349  T
Q  118 acaagaaatgggtcgggaggtagttcgccaagaatctagagaacaccctgaaaaacgcagtcgattatggaatccagatgaaatttatgatgtattgaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3809348 acaagaaatgggtcgggaggtagttcgccaagaatctagagaacaccctgaaaaacgcagtcgattatggaatcctgatgaaatttatgatgtattgaaa 3809249  T
Q  218 aatgacaaggtaaaaaatatgtcatttttagattaatatttgtcatgttggttaaaaatgtgcctttcaaagat 291  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  3809248 aatgacaaggtaaaaagtatgtcatttttaga-taacatttgtcatgtt-gttaaaaaggtgcctttcaaagat 3809177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 23 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 3817026 - 3816761
Alignment:
Q  23 agtgataattcagtggctgctgggttagaaagcttgaaagacaaagctcttataactatttctaaagataatgttatatctatgcatgacattctacaag 122  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3817026 agtgataattacgtggctggtgggttagaaacgttgaaagataaagctcttataactatttctgaagataatgttatatctatgcatgacattcttcaag 3816927  T
Q  123 aaatgggtcgggaggtagttcgccaagaatctagagaacaccctgaaaaacgcagtcgattatggaatccagatgaaatttatgatgtattgaaaaatga 222  Q
    |||||||| ||||| | ||||| ||||||||||| ||   || || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3816926 aaatgggttgggagattgttcggcaagaatctagtga---ccttggaaaacgcagtcgattatggaatcctgatgaaatttatgatgtattgaaaaatga 3816830  T
Q  223 caaggtaaaaaatatgtcatttttagattaatatttgtcatgttggttaaaaatgtgcctttcaaagat 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  3816829 caaggtaaaaaatatgtcatttttagattaatatttgtcatgtcgattaaaaatgtgcctttcaaagat 3816761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 23 - 231
Target Start/End: Original strand, 3920438 - 3920646
Alignment:
Q  23 agtgataattcagtggctgctgggttagaaagcttgaaagacaaagctcttataactatttctaaagataatgttatatctatgcatgacattctacaag 122  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3920438 agtgataattacgtggctggtgggttagaaagcttgaaagataaagctcttataactatttctgaagataatgttatatctatgcatgacattctacaag 3920537  T
Q  123 aaatgggtcgggaggtagttcgccaagaatctagagaacaccctgaaaaacgcagtcgattatggaatccagatgaaatttatgatgtattgaaaaatga 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  3920538 aaatgggtcgggaggtagttcgccaagaatctagagaacaccctgaaaaacgcagtcgattatgggatgttgatgacatttgtgatgtattgaaaaatga 3920637  T
Q  223 caaggtaaa 231  Q
    |||||||||    
T  3920638 caaggtaaa 3920646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 24 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 3986424 - 3986162
Alignment:
Q  24 gtgataattcagtggctgctgggttagaaagcttgaaagacaaagctcttataactatttctaaagataatgttatatctatgcatgacattctacaaga 123  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3986424 gtgataattcagtggctgttgggatagaaaggttgaaagataaagctctcataactatttctgaagataatgttatatctatgcatgacattcttcaaga 3986325  T
Q  124 aatgggtcgggaggtagttcgccaagaatctagagaacaccctgaaaaacgcagtcgattatggaatccagatgaaatttatgatgtattgaaaaatgac 223  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||  | |||||||||||||||||| |||  ||||||||||  ||||| || |||||||||    
T  3986324 aatgggtcgggaggttgttcgccaagaatctagtgaatacccaaacaaacgcagtcgattatgggatcatgatgaaatttgcgatgtcttaaaaaatgac 3986225  T
Q  224 aaggtaaaaaatatgtcatttttagattaatatttgtcatgttggttaaaaatgtgcctttcaa 287  Q
    |||||| |||||||  ||| |||| | ||| |||||| || |||||| |||||||| |||||||    
T  3986224 aaggtataaaatatagcatctttaca-taacatttgttattttggtttaaaatgtgtctttcaa 3986162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 26 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 4024659 - 4024454
Alignment:
Q  26 gataattcagtggctgctgggttagaaagcttgaaagacaaagctcttataactatttctaaagataatgttatatctatgcatgacattctacaagaaa 125  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4024659 gataattcagtggctgttggtttagaaaggttgagagataaagctcttataactatttctgaagataatattatatctatgcatgacattctacaagaaa 4024560  T
Q  126 tgggtcgggaggtagttcgccaagaatctagagaacaccctgaaaaacgcagtcgattatggaatccagatgaaatttatgatgtattgaaaaatgacaa 225  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| | | |||||  ||||||||||||||||||| |||  ||||| |||| |||||||||| ||||||||||    
T  4024559 tgggtcgggaggttgttcgccaagaatctagtgcagaccctagaaaacgcagtcgattatgggatcatgatgacatttgtgatgtattggaaaatgacaa 4024460  T
Q  226 ggtaaa 231  Q
    ||||||    
T  4024459 ggtaaa 4024454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 23 - 237
Target Start/End: Original strand, 3956182 - 3956396
Alignment:
Q  23 agtgataattcagtggctgctgggttagaaagcttgaaagacaaagctcttataactatttctaaagataatgttatatctatgcatgacattctacaag 122  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| |||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3956182 agtgataatgcagtggctgttggtttagaaaggttgaaagataaatctcttataacaatttctgaagataatgttatatccatgcatgacattctacaag 3956281  T
Q  123 aaatgggtcgggaggtagttcgccaagaatctagagaacaccctgaaaaacgcagtcgattatggaatccagatgaaatttatgatgtattgaaaaatga 222  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||||  |||| ||||||||||||  ||||| |||   || ||||||||||||||||||||    
T  3956282 aaatgggtcgggaggttgttcgccaagaatccagtgaagaccctagaaaatgcagtcgattatccaatcctgatattatctatgatgtattgaaaaatga 3956381  T
Q  223 caaggtaaaaaatat 237  Q
    |||||||||||||||    
T  3956382 caaggtaaaaaatat 3956396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 23 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 4001736 - 4001522
Alignment:
Q  23 agtgataattcagtggctgctgggttagaaagcttgaaagacaaagctcttataactatttctaaagataatgttatatctatgcatgacattctacaag 122  Q
    ||||| |||||||||| || ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  4001736 agtgacaattcagtggttgttggtttagaaaggttgaaagataaagctcttataactatttcgaaatataatgttgtatctatgcatgacattttacaag 4001637  T
Q  123 aaatgggtcgggaggtagttcgccaagaatctagagaacaccctgaaaaacgcagtcgattatggaatccagatgaaatttatgatgtattgaaaaatga 222  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||   ||||| ||||| |||||| |||| ||||| ||||   ||||||||||||||||    
T  4001636 aaatgggtcgggaggttgttcgccaagaatctagtgaagaccctagtaaacgaagtcggttatgggatcctgatgacatttgctatgtattgaaaaatga 4001537  T
Q  223 caaggtaaaaaatat 237  Q
    |||||||||||||||    
T  4001536 caaggtaaaaaatat 4001522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 23 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 3801016 - 3800804
Alignment:
Q  23 agtgataattcagtggctgctgggttagaaagcttgaaagacaaagctcttataactatttctaaagataatgttatatctatgcatgacattctacaag 122  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  3801016 agtgataattcagtggctgttgggttagaaaggttaaaagataaagctcttataactatttctc--gataatgttatatctatgcatgacattctatgag 3800919  T
Q  123 aaatgggtcgggaggtagttcgccaagaatctagagaacaccctgaaaaacgcagtcgattatggaatccagatgaaatttatgatgtattgaaaaatga 222  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||  |||| ||||||  |||||| |||| |||   || ||||||||||||||||||||    
T  3800918 aaatgggtcgggaggttgttcgccaagaatatagtgaagaccctagaaaatgcagtcatttatgggatcctgatattatctatgatgtattgaaaaatga 3800819  T
Q  223 caaggtaaaaaatat 237  Q
    |||||||||||||||    
T  3800818 caaggtaaaaaatat 3800804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 23 - 231
Target Start/End: Original strand, 3933662 - 3933867
Alignment:
Q  23 agtgataattcagtggctgctgggttagaaagcttgaaagacaaagctcttataactatttctaaagataatgttatatctatgcatgacattctacaag 122  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3933662 agtgataattacgtggctggtgggttagaaacgttgaaagataaagctcttataactatttctgaagataatgttatatctatgcatgacattcttcaag 3933761  T
Q  123 aaatgggtcgggaggtagttcgccaagaatctagagaacaccctgaaaaacgcagtcgattatggaatccagatgaaatttatgatgtattgaaaaatga 222  Q
    |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |   ||| || |||| |||||||||||||| ||   ||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  3933762 aaatgggttgggaggttgttcggcaagaatctagtg---accttggaaaatgcagtcgattatgggatgttgatgacatttttgatgtattgaaaaatga 3933858  T
Q  223 caaggtaaa 231  Q
    |||||||||    
T  3933859 caaggtaaa 3933867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 23 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 4009426 - 4009212
Alignment:
Q  23 agtgataattcagtggctgctgggttagaaagcttgaaagacaaagctcttataactatttctaaagataatgttatatctatgcatgacattctacaag 122  Q
    ||||||||| ||||||||  |||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4009426 agtgataatgcagtggctattgggttagaaaggttaaaagataaagctcttataacaatttctgaagataatgtaatatctatgcatgacattctacaag 4009327  T
Q  123 aaatgggtcgggaggtagttcgccaagaatctagagaacaccctgaaaaacgcagtcgattatggaatccagatgaaatttatgatgtattgaaaaatga 222  Q
    |||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||| | |||  |||| |||||| | ||||| |||| |||   || ||||||||||||||||| ||    
T  4009326 aaatgggtcgggaggttgttcgttaagaatctagtgaagatcctataaaatgcagtcaactatgggatcctgatattatctatgatgtattgaaaaacga 4009227  T
Q  223 caaggtaaaaaatat 237  Q
    |||||||||| ||||    
T  4009226 caaggtaaaatatat 4009212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 23 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 4218070 - 4217856
Alignment:
Q  23 agtgataattcagtggctgctgggttagaaagcttgaaagacaaagctcttataactatttctaaagataatgttatatctatgcatgacattctacaag 122  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||     
T  4218070 agtgataattcagtggccgttgggttagaaaggttgaaagataaagctcttattactatttctgaagataatgtaatatctatgcatgactttcaacaaa 4217971  T
Q  123 aaatgggtcgggaggtagttcgccaagaatctagagaacaccctgaaaaacgcagtcgattatggaatccagatgaaatttatgatgtattgaaaaatga 222  Q
    | |||||||||||||| ||||||| ||||||||   || |||||   ||||  ||||| |||||| |||| ||||| ||||   |||||||| |||||||    
T  4217970 agatgggtcgggaggttgttcgcctagaatctattaaagaccctagtaaacaaagtcggttatgggatcctgatgacatttgctatgtattggaaaatga 4217871  T
Q  223 caaggtaaaaaatat 237  Q
    |||||||||||||||    
T  4217870 caaggtaaaaaatat 4217856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 23 - 231
Target Start/End: Original strand, 3963961 - 3964166
Alignment:
Q  23 agtgataattcagtggctgctgggttagaaagcttgaaagacaaagctcttataactatttctaaagataatgttatatctatgcatgacattctacaag 122  Q
    |||||||||||||| ||   |||||||||||| |||||||| |||| |||| |  || |||||||| |||||||||||||||||||||  ||| ||||||    
T  3963961 agtgataattcagtagccagtgggttagaaaggttgaaagataaagatcttgtttctgtttctaaacataatgttatatctatgcatggaattatacaag 3964060  T
Q  123 aaatgggtcgggaggtagttcgccaagaatctagagaacaccctgaaaaacgcagtcgattatggaatccagatgaaatttatgatgtattgaaaaatga 222  Q
    | |||||| ||||| | |||||||||||||| || | | |||||| ||  || |||||||||||| ||   ||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  3964061 acatgggtagggagattgttcgccaagaatcaagtggagaccctggaagccgtagtcgattatgggat---gatgacatttatgaagtattaaaaaatga 3964157  T
Q  223 caaggtaaa 231  Q
    |||||||||    
T  3964158 caaggtaaa 3964166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 23 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 4018147 - 4018017
Alignment:
Q  23 agtgataattcagtggctgctgggttagaaagcttgaaagacaaagctcttataactatttctaaagataatgttatatctatgcatgacattctacaag 122  Q
    |||||||||||||| ||   |||||||||||| |||||||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  4018147 agtgataattcagtagccagtgggttagaaaggttgaaagataaaggtcttatatctttttctaaagataatgttatatccatgcatgacattatacaag 4018048  T
Q  123 aaatgggtcgggaggtagttcgccaagaatc 153  Q
    |||||||| ||||  | ||||||||||||||    
T  4018047 aaatgggtagggaaattgttcgccaagaatc 4018017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 131; Significance: 5e-68; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 23 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 13397377 - 13397124
Alignment:
Q  23 agtgataattcagtggctgctgggttagaaagcttgaaagacaaagctcttataactatttctaaagataatgttatatctatgcatgacattctacaag 122  Q
    ||||||||||| || |||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13397377 agtgataattctgtagctattgggttagaaaggttgaaagataaagctcttataactatttctaaagataatgttatatctatgcatgacattctacagg 13397278  T
Q  123 aaatgggtcgggaggtagttcgccaagaatctagagaacaccctgaaaaacgcagtcgattatggaatccagatgaaatttatgatgtattgaaaaatga 222  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||  |||| |||||||||||||| |||| |||   || || |||||||||||||||||    
T  13397277 aaatgggtcgcgaggttgttcgccaagaatctagtgaagaccctagaaaatgcagtcgattatgggatcctgatattatctacgatgtattgaaaaatga 13397178  T
Q  223 caaggtaa-aaaatatgtcatttttagattaatatttgtcatgttggttaaaaat 276  Q
    |||||||| ||||| || || ||||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  13397177 caaggtaaaaaaatttggcaattttaga-taacatttgtcattttggtaaaaaat 13397124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 59 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 7074905 - 7074733
Alignment:
Q  59 aaagacaaagctcttataactatttctaaagataatgttatatctatgcatgacattctacaagaaatgggtcgggaggtagttcgccaagaatctagag 158  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||| || | |   || |||| |||||||||||| |||||||||  | | ||||| | |||||||||||||||   |    
T  7074905 aaagataaagctcttgtaactatttctcaacaaagcattgtatcaatgcatgacattatacaagaaacagctagggagattgttcgccaagaatctgttg 7074806  T
Q  159 aacaccctgaaaaacgcagtcgattatggaatccagatgaaatttatgatgtattgaaaaatgacaaggtaaa 231  Q
    || | |||| ||| || || ||| ||| | |||| ||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  7074805 aagaacctggaaaccgaagccgactattggatcctgatgacatttatcatgtattgaaagatgacaaggtaaa 7074733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 162 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 23454306 - 23454238
Alignment:
Q  162 accctgaaaaacgcagtcgattatggaatccagatgaaatttatgatgtattgaaaaatgacaaggtaa 230  Q
    |||||| |||||| |||||||| |||||| | || ||||| | |||||||||||||||  |||||||||    
T  23454306 accctggaaaacgaagtcgattgtggaatgctgaagaaatatctgatgtattgaaaaaaaacaaggtaa 23454238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University