View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12879_high_4 (Length: 657)

Name: NF12879_high_4
Description: NF12879
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12879_high_4
NF12879_high_4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-635)||(28209493-28210127)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 619; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 619; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 28210127 - 28209493
Alignment:
Q  1 ctgtgttggtgaagaattcatccaccaacagttgtcgcaaatcaggtcgtcgtgtagccttcgaagtgccttctggccacaaccaccaaagccattcctc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28210127 ctgtgttggtgaagaattcatccaccaacagttgtcgcaaatcaggtcgtcgtgtagccttcgaagtgccttctggccacaaccaccaaagccattcctc 28210028  T
Q  101 tggcctcgacaacaatattgacacctccattgatgattttgacaagggacaccacaatccatgttttttggcatgttgtgcatggtcatgtcttgctatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28210027 tggcctcgacaacaatattgacacctccattgatgattttgacaagggacaccacaatccatgttttttagcatgttgtgcatggtcatgtcttgctatt 28209928  T
Q  201 tttatatttgtcatagtttttctctttttagggatatcctatttggctttcctcaaagcagggatgcccaaagtcaatgtgaggacattcaacatgacaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28209927 tttatatttgtcatagtttttctctttttggggatatcctatttggctttcctcaaagcagggatgcccaaagtcaatgtgaggacattcaacatgacaa 28209828  T
Q  301 agttacaagtggattctagctcacaaaaaatggatgcaataataaatttgggtttaagattctcaaacaagaatgaagagttaaaacttttgtatggtcc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28209827 agttacaagtggattctagctcacaaaaaatggatgcaataataaatctgggtttaagattctcaaacaagaatgaagagttaaaacttttgtatggtcc 28209728  T
Q  401 tctttttgtagaggtaatcagtaatgatgtcttattaggtaggactaaagttaaaggattctctcaagtgcctaaaaatgacacaaatttggatatgaca 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28209727 tctttttgtagaggtaatcagtaatgatgtcttattaggtaggactaaagttaaaggattctctcaggtgcctaaaaatgacacaaatttggatatgaca 28209628  T
Q  501 atgacaacaaatgatgaaaatgttaacgtatatgctacagatgatttaaaatcagacatcaaggcatatgagatggtgtttgacgtgtatgttagtggaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28209627 atgacaacaaatgatgaaaatgttaacgtatatgctacagatgatttaaaatcagacatcaaggcatatgagatggtgtttgacgtgtatgttagtggaa 28209528  T
Q  601 acattggtgtgcaaattggtagtttgcatatggtc 635  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28209527 acattggtgtgcaaattggtagtttgcatatggtc 28209493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University