View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12879_low_4 (Length: 677)

Name: NF12879_low_4
Description: NF12879
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12879_low_4
NF12879_low_4
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (10-658)||(26127270-26127946)
chr2 (339-658)||(26121808-26122150)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (10-658)||(34339412-34340085)
chr4 (278-479)||(42094340-42094539)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (10-571)||(23100641-23101216)
chr8 (595-652)||(23100580-23100637)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (146-658)||(6719214-6719749)
chr6 (10-86)||(6720120-6720196)
chr6 (79-110)||(6719756-6719787)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 472; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 26127946 - 26127270
Alignment:
Q  10 agcagcacagagacaacgacaacaccagaaaattgctacagaagaaacctttttgcctactgctacactatggtggctatgacttacacggttataacaa 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26127946 agcagcacagagacaacgacaacaccagaaaattgctacagaagaaacctttttgcctactgctacactatggtggctatgacttacacggttataacaa 26127847  T
Q  110 -----tctttcattgaaaccaacctttatggaggnnnnnnntcagctatcctaagcaataatcaacataatcacaaaaatcagctttcataagctatcct 204  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26127846 aaaaatctttcattgaaaccaacctttatggaggaaaaaaatcagctatcctaagcaataatcaacataatcacaaaaatcagctttcataagctatcct 26127747  T
Q  205 aatatacattttttcatgactggttgtgctatgttctcaatatacattttcgaagtcaaaaacaactatattaaaactcaattctaattacttgtaactt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26127746 aatatacattttttcatgactggttgtgctatgttctcaatatacatttttgaagtcaaagacagctatattaaaactcaattctaattacttgtaactt 26127647  T
Q  305 gaaatcagataaaattgggaggcattacctatgcagagtatactataacaaatagtgatttttcttcctcattttcccttgtccctaaaagccacatcaa 404  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26127646 gaaatcagataaaattgggaagcattacctatgcagagtatactataacaaatagtgatttttcttcctcattttctcttgtccctaaaagccacatcaa 26127547  T
Q  405 agcttgatagccttcaggtccttatcgttctcatatgccacactactgtcttcataaaatagtgcaaataatgag--------------gtttgaaatca 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||              |||||||||||    
T  26127546 agcttgatagccttcaggtccttatcgttctcatatgccacactactgtcttcataaaatagtacaaataatgagcaaatatttttcttgtttgaaatca 26127447  T
Q  491 ttggagcacaacatggagaaataaatattttgtaagctcattgtttattnnnnnnntgcaaaccaactgataaaaaagtaactgatcaaaatgga----- 585  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||       | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  26127446 ttggagcacaacatggagaaataaatattttgtaagctcattatttattaaaaaaatacaaaccaactgataaaaaagtaactgatcaaaatggaaaaaa 26127347  T
Q  586 ----annnnnnnnagagaaaggagagaattagaagacagactgggacgcgtgaaggccataaaggaagagatgattc 658  Q
        |        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  26127346 aattagagaaatcagagaaaggagagaattagaagacagactgggacgcgtgaaggacataaaggaagagataattc 26127270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 339 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 26122150 - 26121808
Alignment:
Q  339 agagtatactataacaaatagtgatttttcttcctcattttcccttgtccctaaaagccacatcaaagcttgatagccttcaggtccttatcgttctcat 438  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26122150 agagtatactataacaaatagtgatttttcttcctcattttctcttgtccctaaaagccacatcaaagcttgatagccttcaggtccttatcgttctcat 26122051  T
Q  439 atgccacactactgtcttcataaaatagtgcaaataatgag--------------gtttgaaatcattggagcacaacatggagaaataaatattttgta 524  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26122050 atgccacactactgtcttcataaaatagtacaaataatgagcaaatatttttcttgtttgaaatcattggagcacaacatggagaaataaatattttgta 26121951  T
Q  525 agctcattgtttattnnnnnnntgcaaaccaactgataaaaaagtaactgatcaaaatgga---------annnnnnnnagagaaaggagagaattagaa 615  Q
    |||||||| ||||||       | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |        |||||||||||||||||||||    
T  26121950 agctcattatttattaaaaaaatacaaaccaactgataaaaaagtaactgatcaaaatggaaaaaaaattagagaaatcagagaaaggagagaattagaa 26121851  T
Q  616 gacagactgggacgcgtgaaggccataaaggaagagatgattc 658  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  26121850 gacagactgggacgcgtgaaggacataaaggaagagataattc 26121808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 466; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 34340085 - 34339412
Alignment:
Q  10 agcagcacagagacaacgacaacaccagaaaattgctacagaagaaacctttttgcctactgctacactatggtggctatgacttacacggttataacaa 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34340085 agcagcacagagacaacgacaacaccagaaaattgctacagaagaaacctttttgcctactgctacactatggtggctatgacttacacggttataacaa 34339986  T
Q  110 tctttcattgaaaccaacctttatggaggnnnnnnn-tcagctatcctaagcaataatcaacataatcacaaaaatcagctttcataagctatcctaata 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34339985 tctttcattgaaaccaacctttatggaggaaaaaaaatcagctatcctaagcaataatcaacataatcacaaaaatcagctttcataagctatcctaata 34339886  T
Q  209 tacattttttcatgactggttgtgctatgttctcaatatacattttcgaagtcaaaaacaactatattaaaactcaattctaattacttgtaacttgaaa 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34339885 tacattttttcatgactggttgtgctatgttctcaatatacatttttgaagtcaaagacagctatattaaaactcaattctaattacttgtaacttgaaa 34339786  T
Q  309 tcagataaaattgggaggcattacctatgcagagtatactataacaaatagtgatttttcttcctcattttcccttgtccctaaaagccacatcaaagct 408  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34339785 tcagataaaattgggaagcattacctatgcagagtatactataacaaatagtgatttttctttctcattttcccttgtccctaaaagccacatcaaagct 34339686  T
Q  409 tgatagccttcaggtccttatcgttctcatatgccacactactgtcttcataaaatagtgcaaataatgag--------------gtttgaaatcattgg 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||              |||||||||||||||    
T  34339685 tgatagccttcaggtccttatcgttctcatatgccacaccactgtcttcataaaatagtacaaataatgagcaaataattttcttgtttgaaatcattgg 34339586  T
Q  495 agcacaacatggagaaataaatattttgtaagctcattgtttattnnnnnnntgcaaaccaactgataaaaaagtaactgatcaaaatggaa-------- 586  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||       | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||            
T  34339585 agcacaacatggagaaataaatattttgtaagctcattatttattaaaaatatacaaaccatctgataaaaaagtaactgatcaaaatggaatttttttt 34339486  T
Q  587 --nnnnnnnnagagaaaggagagaattagaagacagactgggacgcgtgaaggccataaaggaagagatgattc 658  Q
              ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  34339485 agtagaaatcagagaaaggagagaattagcagacagactgggacgcgtgaaggacataaaggaagagataattc 34339412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 278 - 479
Target Start/End: Original strand, 42094340 - 42094539
Alignment:
Q  278 aaactcaattctaattacttgtaacttgaaatcagataaaattgggaggcattacctatgcagagtatactataacaaatagtgatttttcttcctcatt 377  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||||||||| | || ||| ||| || |||||   ||| |||  ||||| ||| | ||| || |||||||||||||||    
T  42094340 aaactcaatttaaattacttgcaacttgaaataatatgaaaatggaagacattatacatgtagaacatactgtaatagataatgctttttcttcctcatt 42094439  T
Q  378 ttcccttgtccctaaaagccacat-caaagcttgatagccttcaggtccttatcgttctcatatgccacactactgtcttcataaaatagtgcaaataat 476  Q
    |||| ||||||||| ||||||||  | ||||||  | ||||| |||| || ||| |||||||||| ||| || |   ||||||||| || ||||||||||    
T  42094440 ttcctttgtccctagaagccacaaactaagcttagtcgccttaaggttctgatcattctcatatgtcactctgc---cttcataaagtaatgcaaataat 42094536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 23101216 - 23100641
Alignment:
Q  10 agcagcacagagacaacgacaacaccagaaaattgctacagaagaaacctttttgcctactgctacactatggtggctatgacttacacggttataacaa 109  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23101216 agcagcacagagacaacaacaacaccagaaaattgctacagaa-aaacctttttgcctactgctacactatggtggctatgacttacacggttataacaa 23101118  T
Q  110 tctttcattgaaaccaacctttatggaggnnnnnnn-tcagctatcctaagcaataatcaacataatcacaaaaatcagctttcataagctatcctaata 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23101117 tctttcattgaaaccaacctttatggaggaaaaaaaatcagctatcctaagcaataatcaacataatcacaaaaatcagctttcataagctatcctaata 23101018  T
Q  209 tacattttttcatgactggttgtgctatgttctcaatatacattttcgaagtcaaaaacaactatattaaaactcaattctaattacttgtaacttgaaa 308  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23101017 tacattttttcatgactggatgtgctatgttctcaatatacattttcgaagtcaaagacaactatattaaaactcaattctaattacttgtaaattgaaa 23100918  T
Q  309 tcagataaaattgggaggcattacctatgcagagtatactataacaaatagtgatttttcttcctcattttcccttgtccctaaaagccacatcaaagct 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23100917 tcagataaaattgggaggcattacctatgcagagtatactataacaaatagtgatttttcttcctcattttcccttgtccctaaaagccacataaaagct 23100818  T
Q  409 tgatagccttcaggtccttatcgttctcatatgccacactactgtcttcataaaatagtgcaaataatgag--------------gtttgaaatcattgg 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||||||||              |||||||||||||||    
T  23100817 tgatagccttcaggtccttatcgttctcatatgacacactactaacttcataaaatagtacaaataatgagcaaataattttcttgtttgaaatcattgg 23100718  T
Q  495 agcacaacatggagaaataaatattttgtaagctcattgtttattnnnnnnntgcaaaccaactgataaaaaagtaa 571  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||       | |||||||||||||||||||||||    
T  23100717 agcacaacatggagaaataaatattttgtaagctcattatttattaaaaaaatacaaaccaactgataaaaaagtaa 23100641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 595 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 23100637 - 23100580
Alignment:
Q  595 agagaaaggagagaattagaagacagactgggacgcgtgaaggccataaaggaagaga 652  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  23100637 agagaaaggagagaattagaagaaagactgagacgcgtgaaggacataaaggaagaga 23100580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 146 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 6719749 - 6719214
Alignment:
Q  146 tcagctatcctaagcaataatcaacataatcacaaaaatcagctttcataagctatcctaatatacattttttcatgactggttgtgctatgttctcaat 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6719749 tcagctatcctaagcaataatcaacataatcacaaaaatcagctttcataagctatcctaatatacattttttcatgactggttgtgctatgttctcaat 6719650  T
Q  246 atacattttcgaagtcaaaaacaactatattaaaactcaattctaattacttgtaacttgaaatcagataaaattgggaggcattacctatgcagagtat 345  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6719649 atacattttcgaagtcaaagccaactatattaaaactcaattctaattacttgtaacttgaaatcagataaaattgggaggcattacctatgtagagtat 6719550  T
Q  346 actataacaaatagtgatttttcttcctcattttcccttgtccctaaaagccacatcaaagcttgatagccttcaggtccttatcgttctcatatgccac 445  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6719549 actataacaaatagtgatttttcttcctcattttcccttgtccctaaaagccacatcaaagcttgatagccttcaggtccttatcgttctcatatgccac 6719450  T
Q  446 actactgtcttcataaaatagtgcaaataatgag--------------gtttgaaatcattggagcacaacatggagaaataaatattttgtaagctcat 531  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6719449 actactatcttcataaaatagtacaaataatgagcaaataattttcttgtttgaaatcattggagcacaacatggagaaataaatattttgtaagctcat 6719350  T
Q  532 tgtttattnnnnnnntgcaaaccaactgataaaaaagtaactgatcaaaatgga---------annnnnnnnagagaaaggagagaattagaagacagac 622  Q
    | ||||||       | ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||         |        |||||||||||||||||||||||||||     
T  6719349 tatttattaaaaaaatacaaactaattgataaaaaagtaactgatcaaaatggaattttttttagagaaatcagagaaaggagagaattagaagacagat 6719250  T
Q  623 tgggacgcgtgaaggccataaaggaagagatgattc 658  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  6719249 tgggacgcgtgaaggacataaaggaagagataattc 6719214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 10 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 6720196 - 6720120
Alignment:
Q  10 agcagcacagagacaacgacaacaccagaaaattgctacagaagaaacctttttgcctactgctacactatggtggc 86  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6720196 agcagcacagagacatcgacaacaccagaaaattgctacaaaagaaacctttttgcctactgttacactatggtggc 6720120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 6719787 - 6719756
Alignment:
Q  79 atggtggctatgacttacacggttataacaat 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6719787 atggtggctatgacttacacggttataacaat 6719756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University