View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12881_low_7 (Length: 628)

Name: NF12881_low_7
Description: NF12881
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12881_low_7
NF12881_low_7
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (20-612)||(51113329-51113919)
chr3 (230-599)||(51764196-51764565)
chr3 (273-589)||(13470531-13470847)
chr3 (230-599)||(514481-514853)
chr3 (473-581)||(51120892-51121000)
chr3 (393-585)||(1657239-1657427)
[»] chr6 (27 HSPs)
chr6 (324-581)||(6394856-6395113)
chr6 (336-601)||(7119129-7119394)
chr6 (336-601)||(7131607-7131872)
chr6 (276-583)||(6432151-6432458)
chr6 (387-601)||(6402832-6403046)
chr6 (324-589)||(6415950-6416215)
chr6 (273-583)||(6409996-6410306)
chr6 (387-593)||(6585150-6585356)
chr6 (304-599)||(6426485-6426780)
chr6 (323-589)||(7994031-7994297)
chr6 (393-585)||(11936194-11936386)
chr6 (393-585)||(11948174-11948366)
chr6 (273-556)||(6589122-6589405)
chr6 (387-583)||(6594519-6594715)
chr6 (398-599)||(19632413-19632611)
chr6 (273-589)||(6423201-6423517)
chr6 (387-579)||(14820687-14820879)
chr6 (393-574)||(6596847-6597028)
chr6 (327-595)||(10579589-10579858)
chr6 (470-578)||(14802331-14802439)
chr6 (502-601)||(6603230-6603329)
chr6 (501-579)||(14818376-14818454)
chr6 (473-590)||(9411338-9411455)
chr6 (232-370)||(9411558-9411693)
chr6 (323-442)||(8913834-8913952)
chr6 (120-173)||(6588521-6588574)
chr6 (473-565)||(12102274-12102366)
[»] chr4 (38 HSPs)
chr4 (230-590)||(546896-547259)
chr4 (299-589)||(570335-570622)
chr4 (234-580)||(1548183-1548530)
chr4 (393-599)||(55908647-55908853)
chr4 (345-599)||(8186959-8187216)
chr4 (393-587)||(1524405-1524599)
chr4 (394-599)||(53761692-53761894)
chr4 (393-548)||(1600444-1600599)
chr4 (334-599)||(8183887-8184155)
chr4 (96-179)||(532578-532661)
chr4 (408-518)||(644885-644995)
chr4 (474-593)||(1513407-1513526)
chr4 (408-586)||(553466-553644)
chr4 (404-590)||(3438496-3438681)
chr4 (464-589)||(1552757-1552882)
chr4 (468-599)||(640889-641020)
chr4 (273-518)||(21834177-21834422)
chr4 (400-600)||(7225809-7226009)
chr4 (475-583)||(12121458-12121566)
chr4 (436-596)||(55505070-55505230)
chr4 (464-590)||(1537757-1537883)
chr4 (475-556)||(1519143-1519224)
chr4 (404-545)||(12116505-12116646)
chr4 (463-590)||(566172-566299)
chr4 (393-583)||(659701-659889)
chr4 (476-590)||(7307843-7307957)
chr4 (547-599)||(370894-370946)
chr4 (529-585)||(558486-558542)
chr4 (392-482)||(12120060-12120150)
chr4 (463-576)||(532186-532299)
chr4 (511-583)||(1508040-1508112)
chr4 (94-180)||(7225364-7225450)
chr4 (327-372)||(570735-570780)
chr4 (393-442)||(1519062-1519111)
chr4 (474-590)||(1489361-1489477)
chr4 (258-358)||(1504892-1504992)
chr4 (137-181)||(7308310-7308354)
chr4 (234-286)||(10634194-10634246)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (230-578)||(19468255-19468603)
chr1 (232-611)||(9586601-9586980)
chr1 (222-442)||(9581199-9581422)
chr1 (453-572)||(52082582-52082701)
chr1 (511-593)||(7554468-7554550)
chr1 (98-167)||(9581457-9581526)
chr1 (98-180)||(9587015-9587097)
chr1 (387-574)||(52092776-52092960)
chr1 (234-286)||(7554709-7554761)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (273-589)||(10614577-10614893)
chr7 (273-589)||(15091950-15092266)
chr7 (232-484)||(10169888-10170140)
chr7 (232-484)||(10177413-10177665)
chr7 (393-548)||(7977603-7977758)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (393-612)||(45245004-45245223)
chr2 (393-599)||(1037583-1037789)
chr2 (237-588)||(32785535-32785886)
chr2 (96-181)||(32785282-32785367)
chr2 (406-442)||(43277392-43277428)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (393-599)||(543-749)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (299-587)||(18315095-18315386)
chr8 (230-566)||(17636150-17636493)
chr8 (463-587)||(32151287-32151411)
chr8 (394-600)||(34936083-34936289)
chr8 (393-585)||(28246214-28246404)
chr8 (476-599)||(27922482-27922605)
chr8 (422-589)||(21235542-21235709)
chr8 (235-372)||(17627817-17627954)
chr8 (111-170)||(18314867-18314926)
chr8 (538-584)||(44736524-44736570)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (240-601)||(41889317-41889681)
chr5 (404-599)||(32267449-32267641)
chr5 (279-598)||(20477887-20478206)
chr5 (481-578)||(41901542-41901639)
chr5 (397-486)||(28525098-28525187)
chr5 (481-583)||(37937877-37937979)
chr5 (480-585)||(38267562-38267667)
chr5 (334-370)||(37938094-37938130)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (398-567)||(1388-1560)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (521-600)||(39157-39236)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (495-599)||(88813-88917)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 558; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 558; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 612
Target Start/End: Original strand, 51113329 - 51113919
Alignment:
Q  20 agcagccctttagaatgtaacaacgaccaattacttgatgaggtagagagagtctctctagtcattactacatcagggttaatctctctagtcattacta 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51113329 agcagccctttagaatgtaacaacgaccaattacttgatgaggtagagagagtctctctagtcattactacatcagggttaatctctctagtcattacta 51113428  T
Q  120 catcaactaccaattgtttttccacttgttcaaaaattgtaagcttctcgaggaggccatcagggtttgctgcaatggggtgtaaccggcacaggtattg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  51113429 catcaactaccaattgtttttccacttgttcaaaaattctaagcttctcgaggtggccatcagggtttgctgcaatgg--tgtaaccagcacaggtattg 51113526  T
Q  220 ttagaatgattgtagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagagga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  51113527 ttagaatgattgtagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagatga 51113626  T
Q  320 gagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagaga 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51113627 gagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagaga 51113726  T
Q  420 tgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaa 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  51113727 tgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctcccaaactggaggtgttagacttgtcaa 51113826  T
Q  520 atacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgttaccatttcacag 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  51113827 atacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgttaccatgtcacag 51113919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 230 - 599
Target Start/End: Original strand, 51764196 - 51764565
Alignment:
Q  230 tgtagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcata 329  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||  |||| ||||   || ||||||||||||||| |  ||| | | ||| |||||||||| || || |||||||||    
T  51764196 tgtagagaattctgattctttggtggactttggtgtataccctcaattaaagtctctctatctgggtgaaaatacatggttaagtgatgaaagcatcata 51764295  T
Q  330 atgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaa 429  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | |  |||| ||   |||||  ||||| | ||| ||||||||| |||||||| ||| |    
T  51764296 atgtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgattttaattcttgcaatcgcatatctaaaggtgtctgtgaagttttaaggagatgttctaaga 51764395  T
Q  430 ttaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggt 529  Q
    |||||||||||||  || |  | ||||||| | |||||||||||||||||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||||  |||||  ||    
T  51764396 ttaggcatttgaacctatccgaatgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgttagacttgtcatttacaaaagt 51764495  T
Q  530 tgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgt 599  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||| |||| |||||| |||||||||||||| |||||| || |||||    
T  51764496 tgatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgcgggcttttgcaactattactggaacattgt 51764565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 273 - 589
Target Start/End: Original strand, 13470531 - 13470847
Alignment:
Q  273 caattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 372  Q
    ||||||||||||||| | ||||   | |||| ||||||||| || ||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |    
T  13470531 caattaaagtctctctatttgggaaaaaatcaatggttaagtgatgaaggcatcataatgtttgcttccaatttccccaatttgcagctgcttgatttga 13470630  T
Q  373 ctcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctact 472  Q
     |  |||| ||    ||||  ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||  |||| ||||||||||    
T  13470631 attgttgcaatctcttatcaaaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctact 13470730  T
Q  473 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtggg 572  Q
    ||||||||||||||  | ||| || |||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  13470731 tggaatgaactttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtggg 13470830  T
Q  573 cttttgcaactgttact 589  Q
    ||||||||||| |||||    
T  13470831 cttttgcaactattact 13470847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 230 - 599
Target Start/End: Original strand, 514481 - 514853
Alignment:
Q  230 tgtagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcata 329  Q
    ||||||||| || ||||||||| |||  |||||||| |  || |||||||| |||||| | |||| ||||||| |||| |||||||| || | | | |||    
T  514481 tgtagagaactccaattctttgttggactttgttgtgaaccctcaattaaaatctctctatttggctcacaattcatgcttaagagatgaaaaccttata 514580  T
Q  330 atgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccga---aggtatttgtcaagttttaaagagatgttgta 426  Q
    ||| ||||||| |||||||| ||| |||||||  ||||||| |   ||||  || | ||||| ||   | |||| |||||||||||||||||||| | ||    
T  514581 atgtttgcttcaattttcccgaatttgcagctaattgatttgagctattgtgataacatatctgacaaaagtatctgtcaagttttaaagagatggtcta 514680  T
Q  427 aaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaat 526  Q
    | |||||||||||||| |||||  |||| |||| | ||||| |    || |||||| ||  || ||  ||||| ||||||||   |||   | ||||||     
T  514681 agattaggcatttgaacttagcccactgctcaagagtgaagttgtacggtatgaacattagagttctcaaacttgaggtgttgagcttaatagatacaag 514780  T
Q  527 ggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgt 599  Q
     || || |||||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  514781 agtcgacgatgaagcacttcatgtgatctcgaagagttgctgtgggcttttgcaactattactgcaaaattgt 514853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 473 - 581
Target Start/End: Original strand, 51120892 - 51121000
Alignment:
Q  473 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtggg 572  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||  |||||||  ||||||  ||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  51120892 tggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtggg 51120991  T
Q  573 cttttgcaa 581  Q
    |||||||||    
T  51120992 cttttgcaa 51121000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 393 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 1657427 - 1657239
Alignment:
Q  393 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 492  Q
    |||||||||  ||| ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||| ||| ||  ||    || ||||||||||| |  | |||||||||||| ||    
T  1657427 gaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgct----aagactgaagctacgtacattgaactttgaagttc 1657332  T
Q  493 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgt 585  Q
    | |||||||||||||| |||||||||  |||||  |||||  ||  | ||||||||  |||||| ||||||||  | ||||||||||||||||    
T  1657331 ccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacaatatatcactctattggatctcaaagagttgcagcgggcttttgcaactgt 1657239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 110; Significance: 4e-55; HSPs: 27)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 324 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 6395113 - 6394856
Alignment:
Q  324 atcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgtt 423  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| | ||||| |||||||| || | |||||   | ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6395113 atcataatgtttacttccattttccccaatttacagctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgtt 6395014  T
Q  424 gtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatac 523  Q
    ||||  |||  |||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||| |||||||||||||| || |||  | |||||||||||  |||||||||||||    
T  6395013 gtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatac 6394914  T
Q  524 aatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaa 581  Q
    ||  |||||||||||||| || | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  6394913 aagcgttgatgatgaaactctttctgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaa 6394856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 336 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 7119394 - 7119129
Alignment:
Q  336 gcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggc 435  Q
    |||||| ||||||||||| | || ||||||||||| | |  |||| || | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||  |    
T  7119394 gcttcctttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaac 7119295  T
Q  436 atttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatga 535  Q
    ||||||| |||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  | ||   | |||||||||||  |||||||| |||| | |||||||||    
T  7119294 atttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatga 7119195  T
Q  536 tgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgtta 601  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  7119194 tgaaacactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattactgaaagattgtta 7119129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 336 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 7131872 - 7131607
Alignment:
Q  336 gcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggc 435  Q
    |||||| ||||||||||| | || ||||||||||| | |  |||| || | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||  |    
T  7131872 gcttcctttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaac 7131773  T
Q  436 atttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatga 535  Q
    ||||||| |||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  | ||   | |||||||||||  |||||||| |||| | |||||||||    
T  7131772 atttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatga 7131673  T
Q  536 tgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgtta 601  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  7131672 tgaaacactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattactgaaagattgtta 7131607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 276 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 6432458 - 6432151
Alignment:
Q  276 ttaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactc 375  Q
    |||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||  | || || ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||   |     
T  6432458 ttaaagtctctctatttgggtcacaattcatggttaaggaatgaaaggatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcaacatcttgatttgcgtt 6432359  T
Q  376 attgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttgg 475  Q
      ||  ||   |||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||| ||||| || |||  |||| ||||||||| |||    
T  6432358 ggtgtcatcgtataaatgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatgg 6432259  T
Q  476 aatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggctt 575  Q
    |||||||||||||| ||| || ||| |||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  6432258 aatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattgttgtgggctt 6432159  T
Q  576 ttgcaact 583  Q
     |||||||    
T  6432158 ctgcaact 6432151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 387 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 6403046 - 6402832
Alignment:
Q  387 atatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttg 486  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| ||   ||||||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  6403046 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttg 6402947  T
Q  487 aagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgtt 586  Q
     || |||  |||| || |||||  |||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||| ||    
T  6402946 cagttccccaactagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtagtgggcttttgaaactatt 6402847  T
Q  587 actgaaaaattgtta 601  Q
    | ||| | |||||||    
T  6402846 attgagagattgtta 6402832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 324 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 6416215 - 6415950
Alignment:
Q  324 atcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgtt 423  Q
    ||||||||| || ||||||  ||||||||| ||||||| |||||||| | || |||  ||    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6416215 atcataatgttttcttccaacttccccaatttgcagctgcttgatttgaatcgttgtaatctcttatctgaaggtatttgtcaagttttaaagatatgtt 6416116  T
Q  424 gtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatac 523  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||| |  |||  |||| ||||||||| ||||||| |||||| || ||| || |||||||||||  |||||||||||||    
T  6416115 gtaagattgggcatttgaacttagccttttgtaaaaaagtgaagctacatggaatggactttgtagttcccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatac 6416016  T
Q  524 aatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttact 589  Q
    || |||| ||||| |||| |||||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||| |||||    
T  6416015 aaaggttaatgataaaactctctatgtgatctcaaagaattgtagcgggcttttgcaactattact 6415950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 273 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 6410306 - 6409996
Alignment:
Q  273 caattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 372  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||| ||| |||||| || || |  |||||  || ||||||||||||| |||||| | || || |||||||| |    
T  6410306 caattaaagtctctctatttggattacaatacatcgttaagtgatgaaataatcattttgtttgcttccatttttcccaatttacaactacttgatttga 6410207  T
Q  373 ctcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctact 472  Q
    |   |||| |  | ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||| ||||||| | ||||| || ||   |||| |||||||||     
T  6410206 cgggttgccagcaaatatctgaaggtatttgtcaagttttacagaaatgttgtaagcttaagcatttggacttagcctattgcaaaaaagtgaagctaca 6410107  T
Q  473 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtggg 572  Q
    ||||||||||||||||| ||| || ||| |||||||  ||| |||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||| ||    
T  6410106 tggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgatctcaaagaattgttgtcgg 6410007  T
Q  573 cttttgcaact 583  Q
    |||||||||||    
T  6410006 cttttgcaact 6409996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 387 - 593
Target Start/End: Original strand, 6585150 - 6585356
Alignment:
Q  387 atatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttg 486  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||| ||  ||   ||||||| | |||||||||||||||| ||||||     
T  6585150 atatctgaaggtatttgtcatgttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttt 6585249  T
Q  487 aagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgtt 586  Q
     || | |  |  ||||||| ||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||| |||| ||    
T  6585250 tagttacccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttctgcgcttttggaactatt 6585349  T
Q  587 actgaaa 593  Q
    |||||||    
T  6585350 actgaaa 6585356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 304 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 6426780 - 6426485
Alignment:
Q  304 catggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttg 403  Q
    |||||||||| || || | ||||||||||  ||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| |    ||||  ||| ||||| |||||||||||    
T  6426780 catggttaagtgatgaaatcatcataatgtatgcttccattttccccaatttacagctacttgatttgaaggtttgccgtgaaatatctgaaggtatttg 6426681  T
Q  404 tcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggag 503  Q
    | ||||||||| || |||||||||  |||  |||||||| ||||||| |||||||||  |||| |||| |||||||||||||| || |||  | ||||||    
T  6426680 tgaagttttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaacgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggag 6426581  T
Q  504 gtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgt 599  Q
    |||||  | |||||||| ||||   |||||||||||||  | |||| |||||| |||| ||||||| || |||||||| | |||||  ||||||||    
T  6426580 gtgttgaatttgtcaaacacaagcattgatgatgaaactttttatgcgatctcaaagaattgttgtcggattttgcaattattacttgaaaattgt 6426485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 323 - 589
Target Start/End: Original strand, 7994031 - 7994297
Alignment:
Q  323 catcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgt 422  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||| ||| ||||| | || ||||| | |  |||| |||  ||||| |||||||||||| | ||||||| || ||||    
T  7994031 catcatattgtttgctaccattttcccaaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgt 7994130  T
Q  423 tgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaata 522  Q
    ||||| || |||||||||||  ||||  | ||| ||| | |||||||||| ||||||||||||| || ||| || || ||||||||  || |||||||||    
T  7994131 tgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaata 7994230  T
Q  523 caatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttact 589  Q
    ||| |||| |||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  7994231 caagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattact 7994297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 393 - 585
Target Start/End: Original strand, 11936194 - 11936386
Alignment:
Q  393 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 492  Q
    |||||||||  ||| ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||| |  | |||||||||||| ||    
T  11936194 gaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttc 11936293  T
Q  493 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgt 585  Q
    | |||||||||||||| |||||||||  |||||  ||||| ||| || ||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11936294 ccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaactgt 11936386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 393 - 585
Target Start/End: Original strand, 11948174 - 11948366
Alignment:
Q  393 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 492  Q
    |||||||||  ||| ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||| |  | |||||||||||| ||    
T  11948174 gaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttc 11948273  T
Q  493 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgt 585  Q
    | |||||||||||||| |||||||||  |||||  ||||| ||| || ||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11948274 ccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaactgt 11948366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 273 - 556
Target Start/End: Original strand, 6589122 - 6589405
Alignment:
Q  273 caattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 372  Q
    ||||||||||||||| | |||| | | ||| |||||||||| || |  |  ||||||||| |||||||||||||||||||| |  || | |||||||| |    
T  6589122 caattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatttca 6589221  T
Q  373 ctcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctact 472  Q
     |  |||  || | |||||  |||||||||||||||| || |  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||   ||| ||||||||||    
T  6589222 attcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctact 6589321  T
Q  473 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctc 556  Q
    |||||||||||||| || ||| |  |||||||||||  |||||||||||||||  ||| ||||| ||||||| ||| |||||||    
T  6589322 tggaatgaactttgtagttcccatgctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctc 6589405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 387 - 583
Target Start/End: Original strand, 6594519 - 6594715
Alignment:
Q  387 atatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttg 486  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||  |||||| | ||| |    ||||||| | ||||||||| |||||| ||||||     
T  6594519 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttataagattacacatttgtacttatccgggtgttcaagagtgaagctacatggaataaactttt 6594618  T
Q  487 aagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaact 583  Q
     || ||| ||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||| |||||   ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  6594619 tagttcccaaactggaggtgttgtacttgtcaaatacagaggttgatgatgagacactacgtgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaact 6594715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 398 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 19632611 - 19632413
Alignment:
Q  398 tatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaa 497  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||| || | ||||||||| ||| ||   ||||||| | | || ||||||||||| ||||||  || ||| ||     
T  19632611 tatttgtcaagttttaa---gatgttgtaagataacgcatttgaacttaactcgatgttcaatagttaacctacttggaataaactttctagttcccaag 19632515  T
Q  498 ctggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaatt 597  Q
    || |||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||   ||| | ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19632514 ctagaggtgttggacttgtcgtatacaaaggttgatgatgagcaactttttgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactcttactgaaaaatt 19632415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 273 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 6423517 - 6423201
Alignment:
Q  273 caattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 372  Q
    ||||||||||||||| | |||| | ||| | | |||||||| || || | |||||||||| |||||||||||||||| ||| |  | || |||||||| |    
T  6423517 caattaaagtctctctatttgggttacacttcgtggttaagtgatgaaatcatcataatgtttgcttccattttccctaatttaaaactacttgatttga 6423418  T
Q  373 ctcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctact 472  Q
        |||| || | ||||  || ||||||||||| ||||||  || |||| || |  |||  |||||||| ||||| || |||  | || |||||||||     
T  6423417 agggttgccatcaaatatttgatggtatttgtcatgttttacggaaatgtcgtgagcttaaacatttgaacttagcctattgtgaacaagtgaagctacg 6423318  T
Q  473 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtggg 572  Q
    || |||||||||| ||| ||| || |||||||||||  |||||||||||||||  |||   ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  6423317 tgcaatgaacttttaagttcccaagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaagagttgttgtggg 6423218  T
Q  573 cttttgcaactgttact 589  Q
     |||||||||| |||||    
T  6423217 attttgcaactattact 6423201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 387 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 14820879 - 14820687
Alignment:
Q  387 atatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttg 486  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||  |||||||| ||||  |  ||||||  | |||| |||| |||||| |||||||    
T  14820879 atatctgaaggtatttgtcaaggtttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttcaggagtgaaactacatggaattaactttg 14820780  T
Q  487 aagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgc 579  Q
     || ||| ||  | ||||||||  |||| |||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  14820779 cagttcccaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttgtgggcttttgc 14820687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 393 - 574
Target Start/End: Original strand, 6596847 - 6597028
Alignment:
Q  393 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 492  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||  ||| |||| ||||||||| | |||  | |||||||   |||||| ||||| ||| |||||||||  ||    
T  6596847 gaaggtatttgtcaagttttcaggagatgtgataagattaagcatttgaactgagccgaatgttcaagtgtgaagcgacttgaaataaactttgaaattc 6596946  T
Q  493 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggct 574  Q
    |  | |||||||||||  ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |  ||||| |||| ||||| ||||||    
T  6596947 cccagctggaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttgatgatgaaacactctacgctatctcaaagaattgttctgggct 6597028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 327 - 595
Target Start/End: Original strand, 10579589 - 10579858
Alignment:
Q  327 ataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgta 426  Q
    |||||| | |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| | |  |||| |  | ||||| |||||||||| |||||||| |   |||||| |||    
T  10579589 ataatgttagcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggta 10579688  T
Q  427 aaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaat 526  Q
    | |||| ||||||||| |||||  | ||| ||| | |||||| |||| |||| ||  ||| |  |||  | |||||||||||  |||||||| ||||||     
T  10579689 agattaagcatttgaacttagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaa 10579788  T
Q  527 ggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaact-gttactgaaaaa 595  Q
     ||||||||| |||||||||||  |||||| |||| ||||||| |||||||| ||||  |||||||||||    
T  10579789 agttgatgataaaacactctattcgatctcaaagaattgttgtcggcttttggaactatttactgaaaaa 10579858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 470 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 14802439 - 14802331
Alignment:
Q  470 acttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgt 569  Q
    ||||||||  |||||||||| ||| ||  |||| |||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||    
T  14802439 acttggaactaactttgaagttcccaagatggaagtgttgaatttgtcaaatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatttcaaagaattgttgt 14802340  T
Q  570 gggcttttg 578  Q
    || ||||||    
T  14802339 ggtcttttg 14802331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 502 - 601
Target Start/End: Original strand, 6603230 - 6603329
Alignment:
Q  502 aggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgtta 601  Q
    ||||||| |||||| || |||||   ||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||  |||||||||| |||| ||| ||||| |||||||    
T  6603230 aggtgttggacttggcagatacaggtgttgatgatgaaacagtctatgcgatctcaaagagttgtcctgggcttttggaactattattgaaatattgtta 6603329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 501 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 14818454 - 14818376
Alignment:
Q  501 gaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgc 579  Q
    ||||||||  |||| |||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||    
T  14818454 gaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttctgggcttttgc 14818376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 473 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 9411455 - 9411338
Alignment:
Q  473 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtggg 572  Q
    |||| |||||||||| | ||| || |||||||||||  |||||||| |||||   |||   ||||||| |||||||| |||||| |||| |||| ||||     
T  9411455 tggattgaactttgaggttcccaagctggaggtgttgaacttgtcatatacaggtgttttcgatgaaatactctatgagatctcaaagaattgtcgtgga 9411356  T
Q  573 cttttgcaactgttactg 590  Q
    ||||||||||||||||||    
T  9411355 cttttgcaactgttactg 9411338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 232 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 9411693 - 9411558
Alignment:
Q  232 tagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataat 331  Q
    |||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||| || ||||| ||||||||    |||| || ||||   |||||||||||  | | ||||| ||     
T  9411693 tagaaaattctaattctttgatgaattttgctgtaaggccccaattgaagtctctaggtttggttcgcaat---tggttaagagataaaaacatcaaaag 9411597  T
Q  332 gattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgattt 370  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  9411596 gtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgattt 9411558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 323 - 442
Target Start/End: Original strand, 8913834 - 8913952
Alignment:
Q  323 catcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgt 422  Q
    |||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||  | |||||||||| | ||||  || | |||||  |||||||||||||||||||||  ||||||    
T  8913834 catcataatgtttgcttccattttttccaatttgcatatgcttgatttaatt-attgagattatatatctaaaggtatttgtcaagttttaagaagatgt 8913932  T
Q  423 tgtaaaattaggcatttgaa 442  Q
    ||||| ||||  ||||||||    
T  8913933 tgtaagattaaacatttgaa 8913952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 120 - 173
Target Start/End: Original strand, 6588521 - 6588574
Alignment:
Q  120 catcaactaccaattgtttttccacttgttcaaaaattgtaagcttctcgagga 173  Q
    ||||||| | |||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  6588521 catcaacaatcaatcgcttttccacttgttcaacaattgtaagcttctccagga 6588574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 473 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 12102366 - 12102274
Alignment:
Q  473 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttg 565  Q
    |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||| |||||   |||||| | |||  ||||||| |||| || ||||||||    
T  12102366 tggattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacatgagttgataacgaagaactctatctgatttcaaagagttg 12102274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 110; Significance: 4e-55; HSPs: 38)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 230 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 547259 - 546896
Alignment:
Q  230 tgtagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcata 329  Q
    ||||||||||||||||||||| | || |||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||| | | ||| ||||  ||||||| || ||||||| |    
T  547259 tgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaa 547160  T
Q  330 atgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaag---gtatttgtcaagttttaaagagatgttgta 426  Q
    ||| || ||||||| ||||||||| |||| || |||||||||| | ||||   | | ||||| ||||   |||||||| | ||||||| |||||||||||    
T  547159 atgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgta 547060  T
Q  427 aaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaat 526  Q
    | || ||||||||||| ||| |  | |||| |  | |||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| |  ||||||||  ||||||    
T  547059 agataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacgtacaat 546960  T
Q  527 ggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactg 590  Q
     ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  546959 tgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactg 546896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 299 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 570622 - 570335
Alignment:
Q  299 caatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggt 398  Q
    |||| |||||||||| || || | |||  ||||| ||||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||| | ||||| || ||||||||||  ||    
T  570622 caatacatggttaagtgatgaaaacattttaatgtttgcttctattttccccaatttgcagatacttgatttaagttattgcaatcagatatccgatagt 570523  T
Q  399 atttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaac 498  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||| |||| || | |||| |||||||||||| ||  ||||    
T  570522 atttgtcaagttttaa---gatgttgtaaacttaggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgcgtggattgaactttgaagttctcaaac 570426  T
Q  499 tggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttact 589  Q
    | ||||||||  |||||||| |||||   |||||| | |||  ||||||| |||| || ||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  570425 tcgaggtgttgaacttgtcatatacaggagttgataacgaagaactctatctgatttcaaagagttgtcgcgggcttttgcaactgttact 570335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 234 - 580
Target Start/End: Original strand, 1548183 - 1548530
Alignment:
Q  234 gagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatga 333  Q
    |||| |||||||||||| ||||   ||||||||||||| ||||||||||| |||   |||  ||||||| || | |||||||| || | ||||| |||      
T  1548183 gagacttctaattctttcatggaccttgttgtaagacctcaattaaagtcactctgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatat 1548282  T
Q  334 ttgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatc---cgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaat 430  Q
    || |||| |||||||||||| |||| || |||||||| | | |||||  ||  |||||   ||||||||||||| |||||||||   |||||||||| ||    
T  1548283 tttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaa---gatgttgtaagat 1548379  T
Q  431 taggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctactt-ggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggt 529  Q
    ||| || ||||| ||||||    ||| |||| ||||||||||| ||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||   |    
T  1548380 tagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctactttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtat 1548479  T
Q  530 tgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgca 580  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1548480 tgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttgca 1548530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 393 - 599
Target Start/End: Original strand, 55908647 - 55908853
Alignment:
Q  393 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 492  Q
    |||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||  |||| |||||||| ||||| |||||||||| | |||| |||||| |||| |||||| ||| ||    
T  55908647 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 55908746  T
Q  493 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaa 592  Q
    |  || | ||||||||  |||||||| |||||   ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||| |    
T  55908747 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctgga 55908846  T
Q  593 aaattgt 599  Q
    |||||||    
T  55908847 aaattgt 55908853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 345 - 599
Target Start/End: Original strand, 8186959 - 8187216
Alignment:
Q  345 ttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaag---gtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttga 441  Q
    ||||||||| ||||| | |||||||| | |||||||||||| ||||| ||||   |||||||||||||||| |||||||||||| | |||||| ||||||    
T  8186959 ttccccaatttgcagttgcttgatttgagtcattgctatgacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttgaagagatgttgtgagattagggatttga 8187058  T
Q  442 aattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaac 541  Q
    | ||||| |||||| ||| | |   |||    |||||||||||||||  | | ||||||||||||||  |||||||| ||||||  ||||||||| ||||    
T  8187059 acttagcctactgtccaagagttgggctctccggaatgaactttgaaatttccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgataaaac 8187158  T
Q  542 actctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgt 599  Q
    ||| ||||  || || |||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  8187159 actttatgcaatttcaaagagttgttgtgggcttttgcagttgttactggaaaattgt 8187216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 393 - 587
Target Start/End: Original strand, 1524405 - 1524599
Alignment:
Q  393 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 492  Q
    |||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||| ||| |  | || | ||||||||||||||||| ||    
T  1524405 gaaggtattcttcaggttttaaggagatgttgtaaacttaggcatttgaacttagccaactgttctaaaatagaacttcatggaatgaactttgaagttc 1524504  T
Q  493 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgtta 587  Q
    | ||  ||||||||||  | ||||||  |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1524505 ccaatttggaggtgttgaatttgtcacgtacaagtgttgatgatgaaacactctatatgatctcacagagttgtcgtgggcttttgcaactgtta 1524599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 394 - 599
Target Start/End: Original strand, 53761692 - 53761894
Alignment:
Q  394 aaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctcc 493  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||  | ||||||| | |||||||| ||||||||||||||| || |||    
T  53761692 aaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaattggaatgaactttgtagttcc 53761791  T
Q  494 aaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaa 593  Q
     || || |||| |||  ||||||||  ||| |  ||| | ||| ||||||||  |||||||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  53761792 caagctagaggcgttgaacttgtcatttacgaaagttaacgataaaacactc--tgtgatctcgaagaattgtcgtgggcttttgcaa-tattactgaaa 53761888  T
Q  594 aattgt 599  Q
     |||||    
T  53761889 cattgt 53761894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 393 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 1600599 - 1600444
Alignment:
Q  393 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 492  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||| |||||  | ||||||| | ||||||| |  |||||||||||||||| ||    
T  1600599 gaaggtatttgtcaagttttaaggagattttctaaaattagacatttgaacttagcccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaactttgaagttc 1600500  T
Q  493 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctat 548  Q
      ||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||| |||||| ||||||||    
T  1600499 ttaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaagggttgacgatgaagcactctat 1600444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 334 - 599
Target Start/End: Original strand, 8183887 - 8184155
Alignment:
Q  334 ttgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaa---ggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaat 430  Q
    |||||||| | ||||||||| ||||||  |||||||| | |||||||| ||| || || |||   ||||||  |||| |||||| ||| |||||| | ||    
T  8183887 ttgcttccgtgttccccaatttgcagcggcttgatttgagtcattgctttgacatttctgaaaaaggtattactcaaattttaaggagttgttgtgagat 8183986  T
Q  431 taggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggtt 530  Q
    |||  ||||||| |||||||||  | ||||| ||| |||     ||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||  |||||||| ||||||  |||    
T  8183987 tagagatttgaacttagcttacattccaaaaatgaggctgagcagaatgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagagtt 8184086  T
Q  531 gatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgt 599  Q
    ||||||  | |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8184087 gatgatatagcactctatgcaatctcaaagagttgttgtgggcttttggaactgttactggaaaattgt 8184155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 96 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 532661 - 532578
Alignment:
Q  96 ggttaatctctctagtcattactacatcaactaccaattgtttttccacttgttcaaaaattgtaagcttctcgaggaggccat 179  Q
    ||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  532661 ggttaatctttctactcatgactacatcaacgaccaatcgcttttccacttgttcaaaaattgtaagcttctcgaggaggccat 532578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 408 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 644995 - 644885
Alignment:
Q  408 gttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgt 507  Q
    ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||| ||| ||  |||||||| |||||||||||||  | |||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  644995 gttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacttacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgt 644896  T
Q  508 tagacttgtca 518  Q
    |||||||||||    
T  644895 tagacttgtca 644885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 474 - 593
Target Start/End: Original strand, 1513407 - 1513526
Alignment:
Q  474 ggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggc 573  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| || |||||  ||||||||  |||||  |||||||||||||||||||| || ||||| ||| ||||| ||||||    
T  1513407 ggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaacactctacgtaatctcaaagtgttgtcgtgggc 1513506  T
Q  574 ttttgcaactgttactgaaa 593  Q
    ||||||||||  ||||||||    
T  1513507 ttttgcaactcatactgaaa 1513526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 408 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 553644 - 553466
Alignment:
Q  408 gttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgt 507  Q
    ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||| ||| |   |||||||| | ||||| ||| |  | |||||||| ||| ||  |||||||||||||    
T  553644 gttttaaggacatgttgtaacattagacatttgaacttaacccgctgttcaagagtgaagttacgtacattgaactttaaagttctcaaactggaggtgt 553545  T
Q  508 tagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgtt 586  Q
    |  ||||||||  |||||  |||||||||||| ||||  ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  553544 tgaacttgtcatttacaagagttgatgatgaagcacttaatgtgatttcaaagagttgttctgggcttttgcaactgtt 553466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 404 - 590
Target Start/End: Original strand, 3438496 - 3438681
Alignment:
Q  404 tcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggag 503  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||   |||| |  | ||||  |   || |||||||||||| | | ||||| |||||    
T  3438496 tcaagttttaaggagatgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgtgtgcaatgaactttgatgtttcaaaattggag 3438595  T
Q  504 gtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactg 590  Q
    || ||   ||||||| ||||||  ||||||||| ||| |||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3438596 gtattgagcttgtcacatacaagagttgatgat-aaatactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactg 3438681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 464 - 589
Target Start/End: Original strand, 1552757 - 1552882
Alignment:
Q  464 gaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagt 563  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  ||| |||||||| |||||  | |||||| ||||||   || |||||||||||||| ||||||| || |||| |    
T  1552757 gaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaagtgttgaatttgtcacatacaaatattaatgatgaaacactcaatgtgatatcaaagaat 1552856  T
Q  564 tgttgtgggcttttgcaactgttact 589  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  1552857 tgtcgtgggcttttgcagctgttact 1552882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 468 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 641020 - 640889
Alignment:
Q  468 ctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgtt 567  Q
    |||||||||||||| ||||||   |||| | ||||||||||  |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||      
T  641020 ctacttggaatgaaatttgaactaccaatattggaggtgttgaacttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaagaattgcc 640921  T
Q  568 gtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgt 599  Q
    |||| |||||||| ||||||||| || |||||    
T  640920 gtggtcttttgcatctgttactggaagattgt 640889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 273 - 518
Target Start/End: Original strand, 21834177 - 21834422
Alignment:
Q  273 caattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 372  Q
    |||||||||||||||   ||||  | |||| |||||||||  || || || ||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||| |    
T  21834177 caattaaagtctctctttttgggccgcaattcatggttaaatgatgaaagaatcataatgtttgcttcaattttccccaatttacagctgcttgatttga 21834276  T
Q  373 ctcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctact 472  Q
    ||  || |    ||||||| |||||||||||  ||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||| ||| |    ||||  ||| |||||||||     
T  21834277 cttcttccacacagatatcagaaggtatttgcgaagttttaaggaaatgttgtaagattaagcatttgaacttatcaggttgttataaagtgaagctaca 21834376  T
Q  473 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtca 518  Q
    | | || ||||||| || ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  21834377 tagtatcaactttgtagttcccaagctggaggtgttggacttgtca 21834422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 400 - 600
Target Start/End: Original strand, 7225809 - 7226009
Alignment:
Q  400 tttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaact 499  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| ||||| |||||||| ||| | |||||| ||| | |||||||||     ||||||||||||| ||   || |    
T  7225809 tttgtcaagttttacggagatgttgtaagattagacatttgaacttatcctactgtccaagagtgaagctacgcaacatgaactttgaagttctcgaatt 7225908  T
Q  500 ggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgt 599  Q
    |||||| ||  |||||||| ||||||  ||||||||  ||  |||   |||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  7225909 ggaggtcttgaacttgtcacatacaagagttgatgacaaaggacttcgtgtgatatcaaagagttgttgtggacttttgcaactattactggaaagttgt 7226008  T
Q  600 t 600  Q
    |    
T  7226009 t 7226009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 475 - 583
Target Start/End: Original strand, 12121458 - 12121566
Alignment:
Q  475 gaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggct 574  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| || |||||  |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||  || ||||| ||| ||||  |||||||    
T  12121458 gaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaaacactctccgtaatctcaaagtgttgccgtgggct 12121557  T
Q  575 tttgcaact 583  Q
    |||||||||    
T  12121558 tttgcaact 12121566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 436 - 596
Target Start/End: Original strand, 55505070 - 55505230
Alignment:
Q  436 atttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatga 535  Q
    |||||||  |||| |||||||||| | |||| ||| ||||||||||||||  ||  ||  |||| ||||||||  |||||||| |||||| |||||| ||    
T  55505070 atttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccaactagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacga 55505169  T
Q  536 tgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaat 596  Q
    || |||||| ||||||| ||| |||| |||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||    
T  55505170 tggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgtggacttttgcatttgttattgaaaaat 55505230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 464 - 590
Target Start/End: Original strand, 1537757 - 1537883
Alignment:
Q  464 gaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagt 563  Q
    |||||| | ||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||  |||||||| ||||||  ||| ||||  ||||||| | ||| ||||| ||| ||    
T  1537757 gaagctgcatggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaatgacaaaacactgtgtgtaatctcaaagtgt 1537856  T
Q  564 tgttgtgggcttttgcaactgttactg 590  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  1537857 tgtcgtgggcttttgcaacttttactg 1537883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 475 - 556
Target Start/End: Original strand, 1519143 - 1519224
Alignment:
Q  475 gaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctc 556  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||  |||||||| |||||| |||||||||  || ||||||||||||||||    
T  1519143 gaatgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatgaataagcactctatgtgatctc 1519224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 404 - 545
Target Start/End: Original strand, 12116505 - 12116646
Alignment:
Q  404 tcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggag 503  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| | |||||||  || ||||| |||||||||||| | || || | | ||||||||||||| | ||||||  | |||    
T  12116505 tcaaattttaaggagatgttgtaaactaaggcattaaaacttagcctactgttcaaaaataaaactgcgtagaatgaactttgatgttccaaatttagag 12116604  T
Q  504 gtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactc 545  Q
    |||||  |||||||| ||||||  |||||||||||| |||||    
T  12116605 gtgttgaacttgtcacatacaagtgttgatgatgaatcactc 12116646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 463 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 566299 - 566172
Alignment:
Q  463 tgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagag 562  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||   ||| || || |||  | |||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||      
T  566299 tgaagctacgtggaatgaactttgaagttctaaaacttgaaacgttggatttatcatgttcaagcgttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagta 566200  T
Q  563 ttgttgtgggcttttgcaactgttactg 590  Q
     ||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  566199 ctgtcgtgggcttttgcagctgtcactg 566172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 393 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 659889 - 659701
Alignment:
Q  393 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 492  Q
    |||| |||| ||||| |||||| |||||||||||| |||||  |||| || ||||| | |||||||| |  ||||||||  | ||| || ||||||| ||    
T  659889 gaagatattggtcaaattttaaggagatgttgtaacattagatatttaaacttagcctgctgttcaagagggaagctacgagtaataaattttgaagttc 659790  T
Q  493 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaact 583  Q
    | ||||| ||||||||  |||||||| ||||||  ||| || ||||||||  |||||||||||| | || ||||| |||| |||| |||||    
T  659789 ccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttaataatgaaaca--ctatgtgatctcaaggaattgttttggggttttacaact 659701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 476 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 7307957 - 7307843
Alignment:
Q  476 aatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggctt 575  Q
    |||||||||| ||| ||| ||| ||||||| ||  |||||||| |||||   |||||||||||| ||||   | ||||||| |||||||||||| |||||    
T  7307957 aatgaactttaaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcatatacagaagttgatgatgaagcactacgtatgatctcaaagagttgttgtaggctt 7307858  T
Q  576 ttgcaactgttactg 590  Q
    ||||| |||||||||    
T  7307857 ttgcacctgttactg 7307843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 547 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 370946 - 370894
Alignment:
Q  547 atgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgt 599  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  370946 atgtgatctcaaagagttgttgtcggcttttgcaactattactgcaaaattgt 370894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 529 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 558542 - 558486
Alignment:
Q  529 ttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgt 585  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  558542 ttgatgatgaagcactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttggaactgt 558486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 392 - 482
Target Start/End: Original strand, 12120060 - 12120150
Alignment:
Q  392 cgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaac 482  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | || |||| ||||| |||||||| || ||  ||||||||| |||||||| ||||  |||||||    
T  12120060 cgaaggtattggtcaagttttaaagaaaagtagtaagattagacatttgaactttgcccactgttcaagactgaagcaacttataatgaac 12120150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 463 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 532299 - 532186
Alignment:
Q  463 tgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagag 562  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  || || || ||||||||  |||||||| ||||||   ||||||||||||  || ||||||| ||| ||||     
T  532299 tgaatctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaacattgatgatgaaaagctttatgtgacctcaaagaa 532200  T
Q  563 ttgttgtgggcttt 576  Q
    |||| ||| |||||    
T  532199 ttgtcgtgagcttt 532186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 511 - 583
Target Start/End: Original strand, 1508040 - 1508112
Alignment:
Q  511 acttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaact 583  Q
    |||||||| |||| |  ||||||||||||||||| | ||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  1508040 acttgtcacataccaatgttgatgatgaaacactgtgtgtaatctcaaagtgttgtcgtgggcttttgcaact 1508112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 94 - 180
Target Start/End: Original strand, 7225364 - 7225450
Alignment:
Q  94 agggttaatctctctagtcattactacatcaactaccaattgtttttccacttgttcaaaaattgtaagcttctcgaggaggccatc 180  Q
    ||||||||||||||| ||||| | ||||||||  |  ||||| ||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||    
T  7225364 agggttaatctctctggtcatgaatacatcaatgatgaattgcttttccatttgtttaagaattgcaagcttctcgaagatgccatc 7225450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 327 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 570780 - 570735
Alignment:
Q  327 ataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 372  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||    
T  570780 ataatgtttgcttccattttccccaatttgcaactacttgatttaa 570735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 393 - 442
Target Start/End: Original strand, 1519062 - 1519111
Alignment:
Q  393 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaa 442  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||| |  ||||||||||||||    
T  1519062 gaaggtatttgtcaagttttaagaagatgttgaaggattaggcatttgaa 1519111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 474 - 590
Target Start/End: Original strand, 1489361 - 1489477
Alignment:
Q  474 ggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggc 573  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| || |||||  |||||||| ||||||  ||| |  | |||||||| | ||| ||||| | | ||||  ||||||    
T  1489361 ggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaacaacgaaacactgtgtgtaatctcaatgtgttgccgtgggc 1489460  T
Q  574 ttttgcaactgttactg 590  Q
    |||||||||| ||||||    
T  1489461 ttttgcaactcttactg 1489477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 258 - 358
Target Start/End: Original strand, 1504892 - 1504992
Alignment:
Q  258 tttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgc 357  Q
    ||||||||| | || ||||||||||||||||| |||  |   |||||||| ||| |||| || ||||||  || |||||||||| ||||||||||| |||    
T  1504892 tttgttgtaggccctcaattaaagtctctccatttgatttttaatccatgtttacgagatgaaagcatccaaacgattgcttccgttttccccaatttgc 1504991  T
Q  358 a 358  Q
    |    
T  1504992 a 1504992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 137 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 7308354 - 7308310
Alignment:
Q  137 ttttccacttgttcaaaaattgtaagcttctcgaggaggccatca 181  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||    
T  7308354 ttttccacttgtttaagaattgtaagcttctggaagaggccatca 7308310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 234 - 286
Target Start/End: Original strand, 10634194 - 10634246
Alignment:
Q  234 gagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctct 286  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||| | ||||||||    
T  10634194 gagaattctaattctttgagggattttgttggaagacctcaacttaagtctct 10634246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 110; Significance: 4e-55; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 230 - 578
Target Start/End: Original strand, 19468255 - 19468603
Alignment:
Q  230 tgtagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcata 329  Q
    ||||||||||||| ||||||||  || ||||| ||||   || |||||||||| |||| | |||| | | ||| |||||||||| || || | |||||||    
T  19468255 tgtagagaattctgattctttgccggattttggtgtattccctcaattaaagtatctctacttggctgagaattcatggttaagcgatgaaaacatcata 19468354  T
Q  330 atgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgattt-aactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaa 428  Q
    ||| ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||| || |  | ||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||| |||     
T  19468355 atgtttgcttccatttttcccaatttgcagctgcttgatttgaactcat-gcaaccacatatcggaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgttctaat 19468453  T
Q  429 attaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatgg 528  Q
    ||||||||||| || |||||  ||||||||| | |||| ||||||||| ||||||||| || ||| || |||||||||||  | |||||| |||||| ||    
T  19468454 attaggcatttaaacttagcccactgttcaagagtgaatctacttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaagg 19468553  T
Q  529 ttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttg 578  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||| ||||||    
T  19468554 ttgatgatgaaacactttatgtgatctcaaagaactgttgtggacttttg 19468603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 232 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 9586980 - 9586601
Alignment:
Q  232 tagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataat 331  Q
    ||||||||||||| | ||||| || | ||||||||||||| ||||| ||||||||  | |||| || ||||| ||||||||||||  | | |||||||||    
T  9586980 tagagaattctaaatttttgaaggatattgttgtaagacctcaattgaagtctcttgatttgggtcgcaatcaatggttaagagataaaaacatcataat 9586881  T
Q  332 gattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccga---aggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaa 428  Q
    | ||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| |    ||||||| | | |||||  |   ||||||||||||||||||| | ||||||||| |     
T  9586880 gtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgatctgtgccattgctgtaacatatctaaaagaggtatttgtcaagttttacaaagatgttgtcag 9586781  T
Q  429 attaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatgg 528  Q
    ||||| ||||||||  || ||   |||||     | || ||||||| ||| || |||||||  || || || ||||||||  |||||||| |||||   |    
T  9586780 attagacatttgaacatatct---tgttctcctgtaaacctacttgaaattaattttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacagatg 9586684  T
Q  529 ttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgttaccatttcaca 611  Q
    || ||||||||||||| ||||||| ||| | || |||| |||| |||||||| || |||| |||||||||||| ||| |||||    
T  9586683 ttaatgatgaaacactttatgtgacctcaatgaattgtcgtggacttttgcatcttttacagaaaaattgttatcatgtcaca 9586601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 222 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 9581422 - 9581199
Alignment:
Q  222 agaatgattgtagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggaga 321  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| ||||| | || | ||| |||||| || ||||||||||||||  | |||| |||||||| ||| ||||||||  | |    
T  9581422 agaatgagtgtcgagaattctaagtctttcaaggatattggtgtaagccctcaattaaagtctcttgatttgggtcacaatcaatgtttaagagataaaa 9581323  T
Q  322 gcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccga---aggtatttgtcaagttttaaagag 418  Q
     |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| |    ||||||| | | |||||  |   ||||||||||||||||||||| ||    
T  9581322 acatcataatgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgatctgcgccattgctgtaacatatctaaaagaggtatttgtcaagttttaaaaag 9581223  T
Q  419 atgttgtaaaattaggcatttgaa 442  Q
    ||||||| | ||||| ||||||||    
T  9581222 atgttgtcagattagacatttgaa 9581199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 453 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 52082701 - 52082582
Alignment:
Q  453 tgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtga 552  Q
    ||||||| |||||| ||||||  |||||||||| ||| | | ||| ||||||||||  |||||||||| ||||   |||||||||||||| | |||||||    
T  52082701 tgttcaacactgaatctactttcaatgaactttcaagtttccaaattggaggtgttgaacttgtcaaagacaaaaattgatgatgaaacattgtatgtga 52082602  T
Q  553 tctcgaagagttgttgtggg 572  Q
    |||| |||||||||||||||    
T  52082601 tctcaaagagttgttgtggg 52082582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 511 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 7554550 - 7554468
Alignment:
Q  511 acttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaa 593  Q
    |||| ||| ||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||    
T  7554550 acttatcatatacaagtgttgatgatgaagcactctatatgatctcaaagagttgtggtggacttttacaactgttactgaaa 7554468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 9581526 - 9581457
Alignment:
Q  98 ttaatctctctagtcattactacatcaactaccaattgtttttccacttgttcaaaaattgtaagcttct 167  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9581526 ttaatctctctcgtcatgactacctcaacaaccatttgcttttccacttgttcaaaaattgtaatcttct 9581457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 9587097 - 9587015
Alignment:
Q  98 ttaatctctctagtcattactacatcaactaccaattgtttttccacttgttcaaaaattgtaagcttctcgaggaggccatc 180  Q
    ||||||||||| ||||   |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||    
T  9587097 ttaatctctctggtcagagctacctcaacaaccaatcgcttttccacttgttcaaaaattgtaatcttcttgaagagaccatc 9587015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 387 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 52092960 - 52092776
Alignment:
Q  387 atatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttg 486  Q
    |||||||||||||||  | |||||||||   |||||||||||||||  |||||||| ||    |  || |||| | |||| ||||||  ||||||||||     
T  52092960 atatccgaaggtattgttgaagttttaa---gatgttgtaaaattactcatttgaacttgagatcttggtcaacattgaatctactttcaatgaactttc 52092864  T
Q  487 aagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggct 574  Q
    ||| | | ||| ||||||||||  ||||| |||| ||||   |||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  52092863 aagtttccaaattggaggtgttgaacttggcaaagacaaaaattgatgatgacacattgtatgtgatctcaaagagtttttgtgggct 52092776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 234 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 7554761 - 7554709
Alignment:
Q  234 gagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctct 286  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||  | |||||||||||    
T  7554761 gagaattcttattctttgatggattttgttgtaagccccaacttaaagtctct 7554709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 101; Significance: 1e-49; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 273 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 10614893 - 10614577
Alignment:
Q  273 caattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 372  Q
    ||||||||||||||| | ||||   | ||||  |||||||| || ||  |||| |||| | ||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |    
T  10614893 caattaaagtctctctatttgggaaaaaatcagtggttaagcgatgaaggcattataaagtttgcttccaatttccccaatttgcaactgcttgatttga 10614794  T
Q  373 ctcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctact 472  Q
     || |||| ||    |||  |||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||  |||| ||||||||||    
T  10614793 atcgttgcaatctcttatatgaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctact 10614694  T
Q  473 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtggg 572  Q
    |||||||||| |||  | ||| || |||||||||||  ||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||    
T  10614693 tggaatgaacgttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacgaaggttaatgataaaacactctatgtgatctcgaagaactgtagtggg 10614594  T
Q  573 cttttgcaactgttact 589  Q
    ||||||||||| |||||    
T  10614593 cttttgcaactattact 10614577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 273 - 589
Target Start/End: Original strand, 15091950 - 15092266
Alignment:
Q  273 caattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 372  Q
    ||||||||||||||| | |||| |||||||    ||||||| || || | ||||| |||  |||||||||||||||||||  |  |||| ||||||||      
T  15091950 caattaaagtctctctatttggctcacaattaccggttaagtgatgaaatcatcagaatacttgcttccattttccccaacttagagctacttgatttgg 15092049  T
Q  373 ctcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctact 472  Q
     |||||||||| | |||||  ||||||||| ||||||||||| || ||||| |||  |||  |||||||| ||| ||   |||| ||   |||| ||||     
T  15092050 gtcattgctataacatatctcaaggtatttctcaagttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatgtttaagtgtgaaactaca 15092149  T
Q  473 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtggg 572  Q
    |||||||||||||| || |||  | |||||||||||  | |||||| | |||| |||| ||||| |||||||||||| |||||| |||| ||||||||||    
T  15092150 tggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgtggg 15092249  T
Q  573 cttttgcaactgttact 589  Q
    ||||||||||| |||||    
T  15092250 cttttgcaactattact 15092266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 232 - 484
Target Start/End: Original strand, 10169888 - 10170140
Alignment:
Q  232 tagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataat 331  Q
    |||| |||||| ||||||||  || ||||| ||||   || ||||| ||||||||| | |||| | ||||| ||||| |||| || ||   |||||||||    
T  10169888 tagacaattctgattctttgccggattttggtgtataccctcaattgaagtctctctatttggcttacaatacatgggtaagggatgaacacatcataat 10169987  T
Q  332 gattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgattt-aactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaat 430  Q
    | || |||||||||| || ||| || ||||  ||||||| ||||| |||| || | ||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||| ||    
T  10169988 gttttcttccatttttcctaatttgaagctgtttgatttgaactc-ttgcaatcacatatcggaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgttctaatat 10170086  T
Q  431 taggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactt 484  Q
    ||||||||| || |||||  ||||||||| | |||| ||||||| | |||||||    
T  10170087 taggcatttaaatttagcccactgttcaagagtgaatctacttgaagtgaactt 10170140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 232 - 484
Target Start/End: Original strand, 10177413 - 10177665
Alignment:
Q  232 tagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataat 331  Q
    |||| |||||| ||||||||  || ||||| ||||   || ||||| ||||||||| | |||| | ||||| ||||| |||| || ||   |||||||||    
T  10177413 tagacaattctgattctttgccggattttggtgtataccctcaattgaagtctctctatttggcttacaatacatgggtaagggatgaacacatcataat 10177512  T
Q  332 gattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgattt-aactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaat 430  Q
    | || |||||||||| || ||| || ||||  ||||||| ||||| |||| || | ||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||| ||    
T  10177513 gttttcttccatttttcctaatttgaagctgtttgatttgaactc-ttgcaatcacatatcggaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgttctaatat 10177611  T
Q  431 taggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactt 484  Q
    ||||||||| || |||||  ||||||||| | |||| ||||||| | |||||||    
T  10177612 taggcatttaaatttagcccactgttcaagagtgaatctacttgaagtgaactt 10177665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 393 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 7977758 - 7977603
Alignment:
Q  393 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 492  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||  |||| |  |||||||   |||| |||| ||||||||| || || | |     
T  7977758 gaaggtattggtcaagttttaaggagatgttgtaacattagacatttaaacctagcctgttgttcaagggtgaatctacgtggaatgaaattcgacgttt 7977659  T
Q  493 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctat 548  Q
      ||||| ||||  ||  |||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  7977658 gcaaactcgaggctttgaacttgtcacatacaacagttgatgataaaacactctat 7977603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 100; Significance: 4e-49; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 393 - 612
Target Start/End: Original strand, 45245004 - 45245223
Alignment:
Q  393 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 492  Q
    ||||| || ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||| || |||||||| |||| |  ||| |||||| |||||||||| ||    
T  45245004 gaaggaatgtgtcatgttttaaggagatgttgtaacattaggcatttaaacttagtttgctgttcaagactggaattacgtggaataaactttgaagttc 45245103  T
Q  493 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaa 592  Q
    ||||||| ||||||||  | |||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||    
T  45245104 caaaacttgaggtgttgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaacactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaactattattgaa 45245203  T
Q  593 aaattgttaccatttcacag 612  Q
    ||| ||||| ||| ||||||    
T  45245204 aaaatgttatcatgtcacag 45245223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 393 - 599
Target Start/End: Original strand, 1037583 - 1037789
Alignment:
Q  393 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 492  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  |||| |||||||| ||||| |||| ||||| | |||| |||||| |||| |||||| ||| ||    
T  1037583 gaaggtatttgtgaagttttaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactattcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 1037682  T
Q  493 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaa 592  Q
    |  || | ||||||||  |||||||| |||||   ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||| |    
T  1037683 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctgga 1037782  T
Q  593 aaattgt 599  Q
    |||||||    
T  1037783 aaattgt 1037789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 237 - 588
Target Start/End: Original strand, 32785535 - 32785886
Alignment:
Q  237 aattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattg 336  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||||| |||||| |||| || ||||   ||||||||||| || |||||||  ||| ||     
T  32785535 aattctaattctttgatggattttgttgtaatccctcaattaaagtttctccatttggctcgcaattattggttaagagatgaaagcatcaggatgtttt 32785634  T
Q  337 cttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatc---cgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattag 433  Q
    |||| |||||  ||||| |||| || |||||||| |   |||||||| | |||||    ||||||||||||||| |||||   ||||||| ||| |||||    
T  32785635 cttctattttttccaatttgcaactacttgatttgagctattgctataacatatctgaagaaggtatttgtcaattttta---agatgttctaagattag 32785731  T
Q  434 gcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgat 533  Q
     |||||||| || |   ||| ||||| | |  |||  | | ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||  |||||||| ||||||   |||||    
T  32785732 acatttgaatttggaccacttttcaagaatcgagcaccgtcgaatgaactttaaagctcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagaattgat 32785831  T
Q  534 gatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttac 588  Q
    |||||| |||| ||||||||||| |  |||| |  |||||||||| |||||||||    
T  32785832 gatgaagcactttatgtgatctcaataagttttcatgggcttttgaaactgttac 32785886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 181
Target Start/End: Original strand, 32785282 - 32785367
Alignment:
Q  96 ggttaatctctctagtcattactacatcaactaccaattgtttttccacttgttcaaaaattgtaagcttctcgaggaggccatca 181  Q
    |||||||||  || ||||||| ||||||||| | |||| | ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | || |||||||    
T  32785282 ggttaatcttactggtcattattacatcaacaatcaatcgcttttccacttgttcaaaaacttgaagcttctcaaagaagccatca 32785367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 406 - 442
Target Start/End: Original strand, 43277392 - 43277428
Alignment:
Q  406 aagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaa 442  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  43277392 aagttttaaggagatgttgtaaaattacgcatttgaa 43277428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 83; Significance: 5e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 393 - 599
Target Start/End: Original strand, 543 - 749
Alignment:
Q  393 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 492  Q
    |||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||   ||| |||||||| ||||| |||||||||| | |||| |||||| |||| |||||| ||| ||    
T  543 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggctagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 642  T
Q  493 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaa 592  Q
    |  || | ||||||||  |||||||| ||||||  || |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| |    
T  643 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaacactctatatgatctcgaagaattgttgtgggctattacaactgttactgga 742  T
Q  593 aaattgt 599  Q
    |||||||    
T  743 aaattgt 749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 299 - 587
Target Start/End: Original strand, 18315095 - 18315386
Alignment:
Q  299 caatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaag-- 396  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||| |||  || ||||||||||||||||| ||||| | |||||||| |   | ||| || | ||| | ||||      
T  18315095 caattcatggttaagagaggaaagcatcaaaatattttcttccattttccccaatttgcagttgcttgatttgagctactgcgataacatacctgaagaa 18315194  T
Q  397 -gtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaa 495  Q
     |||||||||||||||||   || |||| | | ||||| || ||||| ||||||     ||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |    
T  18315195 ggtatttgtcaagttttacgaagttgttctgagattagacagttgaacttagctcgtgattcaagaatgaagctacgtggaatgaactttaaagttccca 18315294  T
Q  496 aactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgtta 587  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||    
T  18315295 aactggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagttgatgatgaagcactctatgtgatctcaaagagttgtcgtaggcttttgcaactgtta 18315386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 230 - 566
Target Start/End: Original strand, 17636150 - 17636493
Alignment:
Q  230 tgtagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcata 329  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||  || ||||| ||||||||||| |||  | ||||| ||||||||||||| || ||| |||||    
T  17636150 tgtagagaattctaattcttcgatgaattttgttgtaaaccctcaatttaagtctctccatttgccttacaattcatggttaagagatgaaagcctcata 17636249  T
Q  330 atgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccg---aaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgta 426  Q
    | | | | | |||||||||||||| ||||||| |||||||||    ||||| || | ||||| |   ||||||||||||||||||||| | |||||| ||    
T  17636250 aagctcgataccattttccccaatttgcagctgcttgatttacgagattgcaataaaatatcagagaaaggtatttgtcaagttttaaggggatgttcta 17636349  T
Q  427 aaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctac----ttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaata 522  Q
    | |||||||||||||| ||||     ||||||| | |||| ||||     | ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||  |||||||| | |    
T  17636350 atattaggcatttgaacttaggccgatgttcaagagtgaaactacatcgatcgaatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcacaaa 17636449  T
Q  523 caatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgt 566  Q
    ||   ||||| |||||| || | ||||||||||| |||||||||    
T  17636450 caggagttgacgatgaagcattgtatgtgatctcaaagagttgt 17636493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 463 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 32151411 - 32151287
Alignment:
Q  463 tgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagag 562  Q
    ||||||| | |||||||||||| |||| | | || |||||||||||| ||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32151411 tgaagctgcgtggaatgaacttcgaagtttccaatctggaggtgttaaacttgtcatgtacaaggtttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagag 32151312  T
Q  563 ttgttgtgggcttttgcaactgtta 587  Q
    |||| ||||||||||||||||||||    
T  32151311 ttgtagtgggcttttgcaactgtta 32151287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 394 - 600
Target Start/End: Original strand, 34936083 - 34936289
Alignment:
Q  394 aaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctcc 493  Q
    ||||||||| ||| ||||||| |||||||||| | ||||| |||||| | || ||  | ||||||||| |||| || |   |||||| |||||| | |||    
T  34936083 aaggtatttatcatgttttaaggagatgttgtgacattagacatttgtacttggccgattgttcaaaagtgaaccttcacagaatgatctttgatgttcc 34936182  T
Q  494 aaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaa 593  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||  ||| | ||||||||| |||||||||||||||| |||||  ||    
T  34936183 aaaactagaggtgttggacttgtcatatacaagagttgatgataaaacactctatgccatcgcaaagagttgtcgtgggcttttgcaactattacttcaa 34936282  T
Q  594 aattgtt 600  Q
    |||||||    
T  34936283 aattgtt 34936289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 393 - 585
Target Start/End: Original strand, 28246214 - 28246404
Alignment:
Q  393 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 492  Q
    |||||||||  ||| ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||| ||| ||   ||||||| ||||||||||| |  | |||||||||||| ||    
T  28246214 gaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgttgttcaagactgaagctacatacattgaactttgaagttc 28246313  T
Q  493 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgt 585  Q
    | |||||||||||||| |||||||||  |||||  |||||  || || ||||||||  |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  28246314 ccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttga--ataaatcactctattggatctcaaagagttgtagcgggcttttgcaactgt 28246404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 476 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 27922605 - 27922482
Alignment:
Q  476 aatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggctt 575  Q
    |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||  |||||||| ||||||  |||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  27922605 aatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggctt 27922506  T
Q  576 ttgcaactgttactgaaaaattgt 599  Q
    ||| || ||| |||  ||||||||    
T  27922505 ttgaaattgtcacttgaaaattgt 27922482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 422 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 21235709 - 21235542
Alignment:
Q  422 ttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaat 521  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||| |||| ||   |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||| ||    
T  21235709 ttgtaaacttaggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgtgtggagtgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatat 21235610  T
Q  522 acaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttact 589  Q
    |||   |||||| | |||  ||||||| |||| || ||||| ||| |  |||||||||||||||||||    
T  21235609 acaggagttgataacgaagaactctatttgatttcaaagagctgtcgcaggcttttgcaactgttact 21235542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 235 - 372
Target Start/End: Original strand, 17627817 - 17627954
Alignment:
Q  235 agaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgat 334  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| || |||||||| |||||| | |||| |  |||| ||| | || | || || | ||||| |||| |    
T  17627817 agaattctaattctttggtggatttcgttgtaagccctcaattaaaatctctctatttggctttcaattcattgctatgcgatgaaaacatcaaaatgtt 17627916  T
Q  335 tgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 372  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||    
T  17627917 tgcttccattttccccaatttgcaactgcttgatttaa 17627954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 111 - 170
Target Start/End: Original strand, 18314867 - 18314926
Alignment:
Q  111 tcattactacatcaactaccaattgtttttccacttgttcaaaaattgtaagcttctcga 170  Q
    |||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  18314867 tcattactacatcaacgatcaatcgcttttccacttgttcaagaactgtaagcttctcga 18314926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 538 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 44736570 - 44736524
Alignment:
Q  538 aaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactg 584  Q
    ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  44736570 aaacactcattgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttgtaactg 44736524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 71; Significance: 8e-32; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 240 - 601
Target Start/End: Original strand, 41889317 - 41889681
Alignment:
Q  240 tctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgctt 339  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| |   || |||||||||  ||| |  |||| ||| ||||||||||||  ||| ||   |||||||||| ||||||    
T  41889317 tctaaatctttgatggattttgttgcataccctcaattaaagcatcttcgtttggctcaaaatccatggttatcagatgaagacatcataatgtttgctt 41889416  T
Q  340 ccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccga---aggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggca 436  Q
    |||||||||| ||| ||||||| |||||||| |   |||| | |   ||||  ||   |||||||  ||||||||||| || ||||||||| |||||  |    
T  41889417 ccattttccctaatttgcagctacttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgatgaaggtattactcaagttttaaggatatgttgtaacattagata 41889516  T
Q  437 tttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgat 536  Q
    |||||| ||| |    ||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||  |||| ||| ||||||  |||||||||    
T  41889517 tttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgttgaacttatcatatacaaaagttgatgat 41889616  T
Q  537 gaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgtta 601  Q
    |||||||| |||  |||||| ||||||||||| ||||||| | || ||||||| |||||||||||    
T  41889617 gaaacactttataagatctcaaagagttgttgcgggctttcgaaattgttacttaaaaattgtta 41889681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 404 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 32267641 - 32267449
Alignment:
Q  404 tcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggag 503  Q
    |||| |||||| || ||||||||| ||||| |||||||| ||| |  | ||||||| | |||| |||   | |||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  32267641 tcaatttttaaggatatgttgtaacattagacatttgaacttatcccagtgttcaacagtgaaacta---gaaatgaactttgaagttcccaaattggag 32267545  T
Q  504 gtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgt 599  Q
    || ||  |||||||| | ||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||||    
T  32267544 gtattgaacttgtcacaaacaatagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttgaaattgtcacttaaaaattgt 32267449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 279 - 598
Target Start/End: Original strand, 20477887 - 20478206
Alignment:
Q  279 aagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcatt 378  Q
    ||||||||| | |||| ||| |||||||||||||| || || |  || |||||  ||||||| || ||||||||| |||| | |||||||||  ||   |    
T  20477887 aagtctctctacttgggtcataatccatggttaagtgatgaaataataataatatttgcttctatgttccccaatttgcaacatcttgattttccttggt 20477986  T
Q  379 gctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaat 478  Q
    || ||   ||||| |||| |||||||||| | |||| ||||||||||||  | ||||||||||| ||||||   |||  || |  |||||||||||||||    
T  20477987 gcaatcgtatatctgaagatatttgtcaattcttaacgagatgttgtaagttaaggcatttgaacttagctggatgtcgaagagcgaagctacttggaat 20478086  T
Q  479 gaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttg 578  Q
     ||| ||| |  |||  | |||||||||||  |||||||| ||||||  |||||||| |||||| | | ||||||||| | || ||||||||||||||||    
T  20478087 aaacgttgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgacgaaacattatctgtgatctcaaggaattgttgtgggcttttg 20478186  T
Q  579 caactgttactgaaaaattg 598  Q
    ||| |  |||||||||||||    
T  20478187 caaatactactgaaaaattg 20478206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 481 - 578
Target Start/End: Original strand, 41901542 - 41901639
Alignment:
Q  481 actttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttg 578  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||  |||||||||||| |||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  41901542 actttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtggacttttg 41901639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 397 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 28525187 - 28525098
Alignment:
Q  397 gtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttg 486  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||    ||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||    
T  28525187 gtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaagatgagggatttgaaattaagcaactgttcaataatgaagccacttggaatcaactttg 28525098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 481 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 37937979 - 37937877
Alignment:
Q  481 actttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgca 580  Q
    ||||||||| ||| || || |||||||| |||||| || ||||||   |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||  ||| |||||||||||||    
T  37937979 actttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagaattgatgatcaaacactctatgtaatctcaaagatgtgtcgtgggcttttgca 37937880  T
Q  581 act 583  Q
    |||    
T  37937879 act 37937877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 480 - 585
Target Start/End: Original strand, 38267562 - 38267667
Alignment:
Q  480 aactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgc 579  Q
    |||||||||| ||| || || |||||||| |||||| || ||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||  ||  |||||||||||     
T  38267562 aactttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagagttgatgatgacacactctatgtaatctcaaagacgtgccgtgggcttttga 38267661  T
Q  580 aactgt 585  Q
    ||||||    
T  38267662 aactgt 38267667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 334 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 37938130 - 37938094
Alignment:
Q  334 ttgcttccattttccccaatctgcagcttcttgattt 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  37938130 ttgcttccattttccccaatctgcaatttcttgattt 37938094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 55; Significance: 3e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 398 - 567
Target Start/End: Original strand, 1388 - 1560
Alignment:
Q  398 tatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaa 497  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| |  ||||||    || | ||| ||| ||||||||||| || ||| ||     
T  1388 tatttgtcaagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagcctggtgttcatctgtggacctatttgaaatgaactttgtagttcctaag 1487  T
Q  498 ctggaggtgttagacttgtcaaatacaa---tggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgtt 567  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||   | | ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  1488 ctagaggtgttggacttgtcaaatacaaatgttgatgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtt 1560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 521 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 39236 - 39157
Alignment:
Q  521 tacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgtt 600  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||| ||||    
T  39236 tacaaaggttaatgatgaaacactttatgtgatctcaaagagttgtagtgggcttttgcacctgatactggaaaaatgtt 39157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 495 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 88917 - 88813
Alignment:
Q  495 aaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaa 594  Q
    ||||||||||| ||  |||||||||  |||||  | || |||||| ||||| |||||||||| ||||| |||  ||||||||||||| ||| |||  |||    
T  88917 aaactggaggtattgaacttgtcaagaacaatcatagacgatgaagcactccatgtgatctcaaagaggtgtcatgggcttttgcaattgtaactacaaa 88818  T
Q  595 attgt 599  Q
    |||||    
T  88817 attgt 88813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University