View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12882_low_13 (Length: 589)

Name: NF12882_low_13
Description: NF12882
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12882_low_13
NF12882_low_13
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (16-570)||(21725020-21725571)
chr5 (16-570)||(21804748-21805296)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (20-570)||(9988155-9988700)
chr7 (37-418)||(25330392-25330774)
chr7 (432-523)||(17216661-17216752)
chr7 (177-290)||(25325205-25325317)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (16-244)||(14331443-14331668)
[»] scaffold0094 (1 HSPs)
scaffold0094 (430-570)||(8459-8598)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (421-570)||(48631888-48632035)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 453; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 453; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 21725571 - 21725020
Alignment:
Q  16 atgaacatgctctaactctaaaaatatatatggtttgatcttaatgagcaacagaatgtcaaaagactactacaatgttttatatcatttaggaataatc 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  21725571 atgaacatgctataactctaaaaatatatatggtttgatcttaatgagcaacataatgtcaaaatactactacaatgtgttatatcatttgggaataatc 21725472  T
Q  116 atacatgaatataaagaaaatgtaaaagcataacattaggaattgaagnnnnnnnnnngagaagaacaaacttggtaagctgaagttgatacaccaaaca 215  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21725471 atacatgaatataaagaaaatgcaaaagcataacattaggaattgaa---aaaagagagagaagaacaaacttggtaagctgaagttgatacaccaaaca 21725375  T
Q  216 caaagtcggaaagggaactcatctttgttaaaactataagcacaaggaaggaggattgctagtaatactgctgcatcagttaatagttcattcatagaaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21725374 caaagtcggaaagggaactcatctttgttcaaactataagcacaaagaaggaggattgctaataatactgctgcaacagttaatagttcattcatagaaa 21725275  T
Q  316 agttcttcaagatcaaagccatactgattgtgcttatggtttaagcttgtagtgttttttagtcaattaatcaaccttatatgcatttcatttcgttgta 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21725274 agttcttcaagatcaaagccatactgattgtgcttatggtttaagctagtagtgttttttagtcaattaatcaaccttatatgcatttcatttcgttgta 21725175  T
Q  416 tagaaaaaggtaaatctgtgatggtaacaatcagtagtaaaattcataaatatgagcaataacatcaaattactatagctatatttaccactgctaattg 515  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21725174 tagcaaaaggtaaatctgtgatggtaacaattagtagtaaaattcataaatatgagcaataacatcaaattactatagctatatttaccactactaattg 21725075  T
Q  516 aaaacagcccctatgaatagatagaaaagtcacaacaaaattctcacataaagaa 570  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21725074 aaaacagcccccatgaatagatagaaaagtcacaacagaattctcacataaagaa 21725020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 21805296 - 21804748
Alignment:
Q  16 atgaacatgctctaactctaaaaatatatatggtttgatcttaatgagcaacagaatgtcaaaagactactacaatgttttatatcatttaggaataatc 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  21805296 atgaacatgctataactctaaaaatatatatggtttgatcttaatgagcaacataatgtcaaaatactactacaatgtgttatatcatttgggaataatc 21805197  T
Q  116 atacatgaatataaagaaaatgtaaaagcataacattaggaattgaagnnnnnnnnnngagaagaacaaacttggtaagctgaagttgatacaccaaaca 215  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21805196 atacatgaatataaagaaaatgcaaaagcataacattaggaattgaa---aaaagagagagaagaacaaacttggtaagctgaagttgatacaccaaaca 21805100  T
Q  216 caaagtcggaaagggaactcatctttgttaaaactataagcacaaggaaggaggattgctagtaatactgctgcatcagttaatagttcattcatagaaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21805099 caaagtcggaaagggaactcatctttgttcaaactataagcacaaagaaggaggattgctaataatactgctgcaacagttaatagttcattcatagaaa 21805000  T
Q  316 agttcttcaagatcaaagccatactgattgtgcttatggtttaagcttgtagtgttttttagtcaattaatcaaccttatatgcatttcatttcgttgta 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21804999 agttcttcaagatcaaagccatactgattgtgcttatggtttaagctagtagtgttttttagtcaattaatcaaccttatatgcatttcatttcgttgta 21804900  T
Q  416 tagaaaaaggtaaatctgtgatggtaacaatcagtagtaaaattcataaatatgagcaataacatcaaattactatagctatatttaccactgctaattg 515  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||    
T  21804899 tagcaaaaggtaaatctgtgatggtaacaattagtagtaaaattcataaatatgagcaataacatcaaattactatagctatatttacca---ctaattg 21804803  T
Q  516 aaaacagcccctatgaatagatagaaaagtcacaacaaaattctcacataaagaa 570  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21804802 aaaacagcccccatgaatagatagaaaagtcacaacagaattctcacataaagaa 21804748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 418; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 9988700 - 9988155
Alignment:
Q  20 acatgctctaactctaaaaatatatatggtttgatcttaatgagcaacagaatgtcaaaagactactacaatgttttatatcatttaggaataatcatac 119  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  9988700 acatgctctaactctaaaagtatatatggtttgatcttaatgagcaacagaatgtcaaaagtctagtacaatgtgttatatcatttgggaataatcatac 9988601  T
Q  120 atgaatataaagaaaatgtaaaagcataacattaggaattgaagnnnnnnnnnngagaagaacaaacttggtaagctgaagttgatacaccaaacacaaa 219  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||            ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9988600 atgaatataaagaaaatgcaaaagcataacattaggaattgaaaaaaaagat---agaagaacaaaattggtaagctgaagttgatacaacaaacacaaa 9988504  T
Q  220 gtcggaaagggaactcatctttgttaaaactataagcacaaggaaggaggattgctagtaatactgctgcatcagttaatagttcattcatagaaaagtt 319  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||    
T  9988503 gttggaaagggaactcatctttgttcaaactataagcacaaagaaggaggattgctaataatactgctgcaacagttaatagttcattcata--aaagtt 9988406  T
Q  320 cttcaagatcaaagccatactgattgtgcttatggtttaagcttgtagtgttttttagtcaattaatcaaccttatatgcatttcatttcgttgtataga 419  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9988405 cttcaagatcaaagccatattgattgtgcttatggtttaagctagtagtgttttttagtcaattaatcaaccttatatgcatttcatttcgttgtatagc 9988306  T
Q  420 aaaaggtaaatctgtgatggtaacaatcagtagtaaaattcataaatatgagcaataacatcaaattactatagctatatttaccactgctaattgaaaa 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9988305 aaaaggtaaatctgtgatggtaacaattagtagtaaaattcataaatatgagcaataacatcaaattactatagctatatttaccactactaattgaaaa 9988206  T
Q  520 cagcccctatgaatagatagaaaagtcacaacaaaattctcacataaagaa 570  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9988205 cagcccccatgaatagatagaaaagtcacaacagaattctcacataaagaa 9988155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 37 - 418
Target Start/End: Original strand, 25330392 - 25330774
Alignment:
Q  37 aaatatatatggtttgatcttaatgagcaacagaatgtcaaaagactactacaatgttttatatcatttaggaataatcatacatgaatataaagaaaat 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25330392 aaatatatatggtttgatcttaatgagcaacagaatgtcaagagactaatagaatgtgttatattatttgggaataatcatacatgaatataaagaaaat 25330491  T
Q  137 gtaaaagcataacattaggaattgaagnnnnnnnnnngaga--agaacaaacttggtaagctgaagttgatacaccaaacacaaagtcggaaagggaact 234  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||           ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |    
T  25330492 gcaaaagcataacattaggaaatgaaaaaaaaacagagagagaagaacaaacttggtaagctgaagttgatacaccaaacacaaagtcagaa-gggaatt 25330590  T
Q  235 catctttgttaaaactataagcacaaggaaggaggattgctagtaatactgctgcatcagttaatagttcattcatagaaaagttcttcaagatcaaagc 334  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||  |  |||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||| |||  ||| |||||| |||||||||||||||||    
T  25330591 catctttgttcaaactataagcactagagaaaaggattactactaacactgctgcagcagttaataattctgtcaaagaaaaattcttcaagatcaaagc 25330690  T
Q  335 catactgattgtgcttatggtttaagcttgtagtgttttttagtcaattaatcaaccttatatgcatttcatttcgttgtatag 418  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||    
T  25330691 catagtgattgtgcttatggtttaagataatagtgttttttagtcaattaatcaagcttatatgcatttcatttctttatatag 25330774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 432 - 523
Target Start/End: Original strand, 17216661 - 17216752
Alignment:
Q  432 tgtgatggtaacaatcagtagtaaaattcataaatatgagcaataacatcaaattactatagctatatttaccactgctaattgaaaacagc 523  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||||    
T  17216661 tgtgatggtaacaatcagtagtgaaaatcctaaatatgagcaataacatcaaattactatagctaaatgtactagtgctaattgaaaacagc 17216752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 177 - 290
Target Start/End: Original strand, 25325205 - 25325317
Alignment:
Q  177 aagaacaaacttggtaagctgaagttgatacaccaaacacaaagtcggaaagggaactcatctttgttaaaactataagcacaaggaaggaggattgcta 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  | ||||||| |||||| || | |||| |||||||| ||| ||||||||| |||    
T  25325205 aagaacaaacttggtaagctgaagttgaagcaccaaacacaaagtaag-aagggaattcatctctgctcaaaccataagcactagggaggaggattacta 25325303  T
Q  277 gtaatactgctgca 290  Q
    |||| ||| |||||    
T  25325304 gtaacactactgca 25325317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 167; Significance: 4e-89; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 16 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 14331668 - 14331443
Alignment:
Q  16 atgaacatgctctaactctaaaaatatatatggtttgatcttaatgagcaacagaatgtcaaaagactactacaatgttttatatcatttaggaataatc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  14331668 atgaacatgctctaactctaaaaatatatatggtttgatcttaatgagcaatagaatgtcaaaatactactacaatgtgttatatcatttgggaataatc 14331569  T
Q  116 atacatgaatataaagaaaatgtaaaagcataacattaggaattgaagnnnnnnnnnngagaagaacaaacttggtaagctgaagttgatacaccaaaca 215  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14331568 atacatgaataaaaagaaaatgcaaaagcataacattaggaattgaa---caaaaagagagaagaacaaacttggtaagctgaagttgatacaccaaaca 14331472  T
Q  216 caaagtcggaaagggaactcatctttgtt 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14331471 caaagtcggaaagggaactcatctttgtt 14331443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0094 (Bit Score: 109; Significance: 2e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0094
Description:

Target: scaffold0094; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 430 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 8598 - 8459
Alignment:
Q  430 tctgtgatggtaacaatcagtagtaaaattcataaatatgagcaataacatcaaattactatagctatatttaccactgctaattgaaaacagcccctat 529  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||    
T  8598 tctgagatggtaacaatcactagtaaaattcataaatatgagcaataacatcaaattactatagctatatgtaccactgctatttcaaaacagcccc-at 8500  T
Q  530 gaatagatagaaaagtcacaacaaaattctcacataaagaa 570  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8499 gaacagatagaaaagtcacaacaaaattctcacataaagaa 8459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 421 - 570
Target Start/End: Original strand, 48631888 - 48632035
Alignment:
Q  421 aaaggtaaatctgtgatggtaacaatcagtagtaaaattcataaatatgagcaataacatcaaattactatagctatatttaccactgctaattgaaaac 520  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  48631888 aaaggtaaatttgtgatggtaacaatcagtagtagaattcataaatatgagcaacaacatcaaactactatagctatctgtaccactgctaattgaaaac 48631987  T
Q  521 agcccctatgaatagatagaaaagtcacaacaaaattctcacataaagaa 570  Q
    ||||||  |||||||  ||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  48631988 agccccagtgaatagtcagaaaagtcaca--aaaattctcacataaagaa 48632035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University