View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12884_low_3 (Length: 582)

Name: NF12884_low_3
Description: NF12884
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12884_low_3
NF12884_low_3
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (21-577)||(10887653-10888209)
chr5 (21-528)||(10866214-10866712)
chr5 (21-528)||(10873593-10874091)
chr5 (21-528)||(10878664-10879162)
chr5 (21-528)||(10883735-10884233)
chr5 (295-535)||(39675780-39676020)
chr5 (21-227)||(39676070-39676276)
chr5 (340-533)||(10045775-10045968)
chr5 (25-218)||(10046135-10046328)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (25-77)||(30709636-30709688)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 477; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 477; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 577
Target Start/End: Original strand, 10887653 - 10888209
Alignment:
Q  21 ctcgcaacactgtcctaatatagaatcgtagtcaaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatc 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10887653 ctcgcaacactgtcctaatatagaatcgtagtcaaaacctttcatcggtaaaccttcaagtgaccttccggtaaccctctccactgcttggttcctaatc 10887752  T
Q  121 tttgctgcacgacggcaatctccgagctttgactcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatggaca 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10887753 tttgctgcacgacggcaatctccgagcttcgactcaagggagtaagaaggaattgatcccgataccactgcaccgacaacctcttcgtcttccatggaca 10887852  T
Q  221 taactttctggtcagatattttcggtggtggtaacataggtagcttctttggcacgactcctccggtcaattttgcagaaatgtcgacaacttcgtcttc 320  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||   |||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  10887853 taactttttggtcagatatcttcggtggtgttaacataggtagcttcttcggcacaactcctccggtgggttttgcagaattgtcgactacttcgtcttc 10887952  T
Q  321 atcatcatcgtaatgaaagatgaaggcagtgccgaaaaaagcaataaggtagacgaaggaagcgatgagggaaactacagcaacaatctcagagactgtg 420  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10887953 atcatcatcgtaatgaatgatgaaggcagtgccgaagaaagcaataaggtagacgaaggaagcgatgagggaaactacagcaacaatctcagagactgtg 10888052  T
Q  421 aggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttttcacgccacctgttaagaagaaagtacgcggcggagaagaagagaccaaagaaaacagcgtttgtta 520  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10888053 aggatgtggagaggtgtagaggttcggatcttttcacgccacctgttaagaagaaagtacgcggcggagaagaagagaccaaagaaaacagcgtttgtta 10888152  T
Q  521 aatacagtgaagaagaaggttgttgtgactgtgaatcctgctgctgcctttgcttct 577  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10888153 aatacagtgaagaagaaggttgttgtgactgtgaatcctgctgctgcctttggttct 10888209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 21 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 10866712 - 10866214
Alignment:
Q  21 ctcgcaacactgtcctaatatagaatcgtagtcaaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  10866712 ctcgcaacactgtcctaatatagaattgtagtcaaaaccttccatcggtaaaccttcaagtgaccttccggtaactctctccaccgcttggttcctaata 10866613  T
Q  121 tttgctgcacgacggcaatctccgagctttgactcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatggaca 220  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  10866612 tttgctgcacgtcggcaatctccaagcttggattcaagcgagtaagatggaattgatcctgacaccactgcactgacaacctcctcgtcttccatggaca 10866513  T
Q  221 taactttctggtcagatattttcggtggtggtaacataggtagcttctttggcacgactcctccggtcaattttgcagaaatgtcgacaacttcgtcttc 320  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||||   ||   |||||||| ||||         || |||||    
T  10866512 taactttttggtcggagattttgggtggaggtaacgtaggtagcttcttcggcaagactccttgagtggtttttgcagcaatg---------tcttcttc 10866422  T
Q  321 atcatcatcgtaatgaaagatgaaggcagtgccgaaaaaagcaataaggtagacgaaggaagcgatgagggaaactacagcaacaatctcagagactgtg 420  Q
     || ||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||| ||||    
T  10866421 ttcttcatcgtaatgaaggatgaaggcaatgccgaagaaagtgataaggtagacaaaggaagcgatgagggaaacaagagcgagaatctcagagattgtg 10866322  T
Q  421 aggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttttcacgccacctgttaagaagaaagtacgcggcggagaagaagagaccaaagaaaacagcgtttgtta 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  10866321 aggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttttcacgccacctgttgagaagaaagtaggcgacggagaagaagagaccaaagaaaacaacatttgtta 10866222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 21 - 528
Target Start/End: Original strand, 10873593 - 10874091
Alignment:
Q  21 ctcgcaacactgtcctaatatagaatcgtagtcaaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  10873593 ctcgcaacactgtcctaatatagaatcgtaatcaaaaccttccatcggtaaaccttcaagtgaccttccggtaactctctccacggcttggttcctaata 10873692  T
Q  121 tttgctgcacgacggcaatctccgagctttgactcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatggaca 220  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  10873693 tttgctgcacgtcggcaatctccaagcttggattcaagcgagtaagatggaattgatcctgacaccactgcactgacaacctcctcgtcttccatggaca 10873792  T
Q  221 taactttctggtcagatattttcggtggtggtaacataggtagcttctttggcacgactcctccggtcaattttgcagaaatgtcgacaacttcgtcttc 320  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||||   ||   |||||||| ||||         || |||||    
T  10873793 taactttttggtcggagattttgggtggaggtaacgtaggtagcttcttcggcaagactccttgagtggtttttgcagcaatg---------tcttcttc 10873883  T
Q  321 atcatcatcgtaatgaaagatgaaggcagtgccgaaaaaagcaataaggtagacgaaggaagcgatgagggaaactacagcaacaatctcagagactgtg 420  Q
     || ||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||| ||||    
T  10873884 ttcttcatcgtaatgaaggatgaaggcaatgccgaagaaagtgataaggtagacaaaggaagcgatgagggaaacaagagcgagaatctcagagattgtg 10873983  T
Q  421 aggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttttcacgccacctgttaagaagaaagtacgcggcggagaagaagagaccaaagaaaacagcgtttgtta 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  10873984 aggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttttcacgccacctgttgagaagaaagtaggcgacggagaagaagagaccaaagaaaacaacatttgtta 10874083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 21 - 528
Target Start/End: Original strand, 10878664 - 10879162
Alignment:
Q  21 ctcgcaacactgtcctaatatagaatcgtagtcaaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  10878664 ctcgcaacactgtcctaatatagaatcgtaatcaaaaccttccatcggtaaaccttcaagtgaccttccggtaactctctccacggcttggttcctaata 10878763  T
Q  121 tttgctgcacgacggcaatctccgagctttgactcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatggaca 220  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  10878764 tttgctgcacgtcggcaatctccaagcttggattcaagcgagtaagatggaattgatcctgacaccactgcactgacaacctcctcgtcttccatggaca 10878863  T
Q  221 taactttctggtcagatattttcggtggtggtaacataggtagcttctttggcacgactcctccggtcaattttgcagaaatgtcgacaacttcgtcttc 320  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||||   ||   |||||||| ||||         || |||||    
T  10878864 taactttttggtcggagattttgggtggaggtaacgtaggtagcttcttcggcaagactccttgagtggtttttgcagcaatg---------tcttcttc 10878954  T
Q  321 atcatcatcgtaatgaaagatgaaggcagtgccgaaaaaagcaataaggtagacgaaggaagcgatgagggaaactacagcaacaatctcagagactgtg 420  Q
     || ||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||| ||||    
T  10878955 ttcttcatcgtaatgaaggatgaaggcaatgccgaagaaagtgataaggtagacaaaggaagcgatgagggaaacaagagcgagaatctcagagattgtg 10879054  T
Q  421 aggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttttcacgccacctgttaagaagaaagtacgcggcggagaagaagagaccaaagaaaacagcgtttgtta 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  10879055 aggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttttcacgccacctgttgagaagaaagtaggcgacggagaagaagagaccaaagaaaacaacatttgtta 10879154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 21 - 528
Target Start/End: Original strand, 10883735 - 10884233
Alignment:
Q  21 ctcgcaacactgtcctaatatagaatcgtagtcaaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  10883735 ctcgcaacactgtcctaatatagaatcgtaatcaaaaccttccatcggtaaaccttcaagtgaccttccggtaactctctccacggcttggttcctaata 10883834  T
Q  121 tttgctgcacgacggcaatctccgagctttgactcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatggaca 220  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  10883835 tttgctgcacgtcggcaatctccaagcttggattcaagcgagtaagatggaattgatcctgacaccactgcactgacaacctcctcgtcttccatggaca 10883934  T
Q  221 taactttctggtcagatattttcggtggtggtaacataggtagcttctttggcacgactcctccggtcaattttgcagaaatgtcgacaacttcgtcttc 320  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||||   ||   |||||||| ||||         || |||||    
T  10883935 taactttttggtcggagattttgggtggaggtaacgtaggtagcttcttcggcaagactccttgagtggtttttgcagcaatg---------tcttcttc 10884025  T
Q  321 atcatcatcgtaatgaaagatgaaggcagtgccgaaaaaagcaataaggtagacgaaggaagcgatgagggaaactacagcaacaatctcagagactgtg 420  Q
     || ||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||| ||||    
T  10884026 ttcttcatcgtaatgaaggatgaaggcaatgccgaagaaagtgataaggtagacaaaggaagcgatgagggaaacaagagcgagaatctcagagattgtg 10884125  T
Q  421 aggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttttcacgccacctgttaagaagaaagtacgcggcggagaagaagagaccaaagaaaacagcgtttgtta 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  10884126 aggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttttcacgccacctgttgagaagaaagtaggcgacggagaagaagagaccaaagaaaacaacatttgtta 10884225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 295 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 39676020 - 39675780
Alignment:
Q  295 gcagaaatgtcgacaacttcgtcttcatcatcatcgtaatgaaagatgaaggcagtgccgaaaaaagcaataaggtagacgaaggaagcgatgagggaaa 394  Q
    |||| ||||||  ||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||  ||| || |||||  |||||||||  | | |||| ||||||||||    
T  39676020 gcagcaatgtcagcaacttcatcttcttcttcatcgtaatgaaggatgaaggcaacgccaaagaaagccgtaaggtagataaggcaagcaatgagggaaa 39675921  T
Q  395 ctacagcaacaatctcagagactgtgaggacgtggagaggtgtagaggttcggatcttttcacgccacctgttaagaagaaagtacgcggcggagaagaa 494  Q
    ||| ||||| |||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  39675920 ctagagcaagaatctcggagattgtgaggacatggagaggtgtagaggttcggatcttttcacgccaccggttaagaagaaagtatgcgacggagaagaa 39675821  T
Q  495 gagaccaaagaaaacagcgtttgttaaatacagtgaagaag 535  Q
    |||||| ||||||| || ||||||||| || ||||||||||    
T  39675820 gagaccgaagaaaaaagtgtttgttaagtaaagtgaagaag 39675780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 21 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 39676276 - 39676070
Alignment:
Q  21 ctcgcaacactgtcctaatatagaatcgtagtcaaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatc 120  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  39676276 ctcgcaacattgtcctaatatagaatcataatcaaaaccttccattggtaaaccttcaagtgaccttccagtaactctctccacagcttggttcctaatc 39676177  T
Q  121 tttgctgcacgacggcaatctccgagctttgactcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatggaca 220  Q
       || ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  39676176 acagcagcacgtcggcaatctccaagcttcgattcaagcgagtaagatggaattgatccagacaccactgcaccaacaacctcctcatcttccatggaca 39676077  T
Q  221 taacttt 227  Q
     ||||||    
T  39676076 aaacttt 39676070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 340 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 10045968 - 10045775
Alignment:
Q  340 atgaaggcagtgccgaaaaaagcaataaggtagacgaaggaagcgatgagggaaactacagcaacaatctcagagactgtgaggacgtggagaggtgtag 439  Q
    |||||| || ||||||| ||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||| |  |||||||||||| |||||| || || |||||||| |    
T  10045968 atgaagccaatgccgaagaaagccataaggtaaataaaggaagctatgagggaaacaacaccggcaatctcagagattgtgagaacatgaagaggtgtgg 10045869  T
Q  440 aggttcggatcttttcacgccacctgttaagaagaaagtacgcggcggagaagaagagaccaaagaaaacagcgtttgttaaatacagtgaaga 533  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||| || ||||||||    
T  10045868 aggttcggatcttctcacgccacctgtgaagaagaaaatacgcgacggagaagaaaagaccgaagaaaattgcgtttgttaagtagagtgaaga 10045775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 25 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 10046328 - 10046135
Alignment:
Q  25 caacactgtcctaatatagaatcgtagtcaaaaccttccatcggtagaccttcaagtgaccttccggtaactctctccactgcttggttcctaatctttg 124  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||| |||    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |  |||   |    
T  10046328 caacactgtcctaatatcgaatcataatcaaaaccttccattggtaaacccgagagtgactttccggtaactctctccaccgcttggttacgtatcgccg 10046229  T
Q  125 ctgcacgacggcaatctccgagctttgactcaagggagtaagacggaattgatcccgataccaccgcaccgacaacctcttcgtcttccatgga 218  Q
    | |||||   |||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||  || | ||||||||||| ||||||||| || |||||||||||    
T  10046228 ccgcacgtttgcaatctccgagttttgattcaagcgagtatgacggaattgtaccggttaccaccgcacggacaacctcgtcatcttccatgga 10046135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 25 - 77
Target Start/End: Original strand, 30709636 - 30709688
Alignment:
Q  25 caacactgtcctaatatagaatcgtagtcaaaaccttccatcggtagaccttc 77  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  30709636 caacactgtcccaatatcgaatcgtaatcaaaaccttccaacggtaaaccttc 30709688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University