View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12888_low_5 (Length: 466)

Name: NF12888_low_5
Description: NF12888
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12888_low_5
NF12888_low_5
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (112-448)||(41670396-41670732)
chr1 (112-419)||(40795765-40796071)
chr1 (112-392)||(29391462-29391742)
chr1 (1-50)||(41670285-41670334)
chr1 (312-387)||(45576399-45576474)
chr1 (265-373)||(33216594-33216702)
chr1 (1-49)||(40795654-40795702)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (114-387)||(23885825-23886098)
chr4 (114-387)||(23415716-23415989)
chr4 (117-387)||(23402075-23402345)
chr4 (112-367)||(26434020-26434275)
chr4 (112-367)||(34662068-34662323)
chr4 (112-367)||(26832731-26832986)
chr4 (117-387)||(23453379-23453649)
chr4 (114-387)||(24307221-24307494)
chr4 (114-387)||(23868730-23869003)
chr4 (112-367)||(26435800-26436055)
chr4 (117-387)||(23408547-23408817)
chr4 (207-329)||(23451797-23451919)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (112-389)||(40180275-40180552)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (115-238)||(29684699-29684822)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 112 - 448
Target Start/End: Original strand, 41670396 - 41670732
Alignment:
Q  112 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcat 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41670396 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctcaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcat 41670495  T
Q  212 caatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41670496 caatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcttccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgt 41670595  T
Q  312 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctcttgaattcgatacatttctctagttt 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41670596 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctcttgaattcgatacatttctctagttt 41670695  T
Q  412 atataattagggtttatgtaaagtttattttggatct 448  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41670696 atataattagggtttatgtaaagtttattttggatct 41670732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 112 - 419
Target Start/End: Original strand, 40795765 - 40796071
Alignment:
Q  112 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcat 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40795765 gcgtagaaacctacaagatctacatcttcaaggttctcaagcaggttcatcctgacattggaatctccagcaaggctatggggatcatgaacagtttcat 40795864  T
Q  212 caatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgt 311  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  40795865 caatgacatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagactcgctcgctacaacaagaaacctaccatcacctctcgtgagattcagactgctgttcgt 40795964  T
Q  312 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctcttgaattcgatacatttctctagttt 411  Q
    || ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || || || ||||| || ||||||||||||  ||||||||||| | ||     
T  40795965 ctcgttcttcccggcgaacttgccaagcacgctgtctccgagggaaccaaagcagtcactaaatttacaagctcttgaatt-tatacatttctccaatta 40796063  T
Q  412 atataatt 419  Q
    ||||||||    
T  40796064 atataatt 40796071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 112 - 392
Target Start/End: Original strand, 29391462 - 29391742
Alignment:
Q  112 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcat 211  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||   ||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  29391462 gcgttgaaacctataagatttacatcttcaaggttctcaaacaggttcatcctgatataggtatttcttccaaagctatggggattatgaacagtttcat 29391561  T
Q  212 caatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgt 311  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| | || ||| | ||  | ||||||||||| || || || || ||  ||||||| || || ||||| |||    
T  29391562 caatgatatctttgagaaactcgctcaggaagcttctagattggctcgttacaacaagaaaccgacgattacgtcgagggagattcaaacggctgtgcgt 29391661  T
Q  312 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctcttgaatt 392  Q
     | ||||| ||||||||| | || || |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  29391662 ttggttcttcccggtgaattggcgaaacatgctgtttccgaaggaaccaaggctgttaccaaatttacgagttcttgaatt 29391742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Original strand, 41670285 - 41670334
Alignment:
Q  1 ccgccgagaagaagccagcagagaaggcgccagcagagaaaaccaaagcc 50  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41670285 ccgccgagaagaagccagcagagaaggcgccagcagagaaaaccaaagcc 41670334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 312 - 387
Target Start/End: Original strand, 45576399 - 45576474
Alignment:
Q  312 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctctt 387  Q
    |||||||| |||| |||| | |||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  45576399 cttgttctgcccgatgaattggctaagcatgttgtttctgagggtaccaaagctgtgaccaaattcacaagctctt 45576474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 265 - 373
Target Start/End: Original strand, 33216594 - 33216702
Alignment:
Q  265 acaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgtcttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggc 364  Q
    |||||||||| |||||||||||  || | || || ||||||||  | |||||||| |  |||||| | || || |||||||| |||||||| ||||||||    
T  33216594 acaagaagccaacaatcacttcaaggaaaattcaaactgctgtcagacttgttcttcttggtgaattggccaaacatgctgtttctgagggtaccaaggc 33216693  T
Q  365 tgttaccaa 373  Q
    ||| |||||    
T  33216694 tgtgaccaa 33216702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 49
Target Start/End: Original strand, 40795654 - 40795702
Alignment:
Q  1 ccgccgagaagaagccagcagagaaggcgccagcagagaaaaccaaagc 49  Q
    |||| ||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||    
T  40795654 ccgctgagaagaagccagcagaaaaagctcccgcagagaaaaccaaagc 40795702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 114 - 387
Target Start/End: Original strand, 23885825 - 23886098
Alignment:
Q  114 gttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcatca 213  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  23885825 gttgaaacatacaagatctacatcttcaaagttctgaagcaggttcacccagacattggtatctcaagcaaggccatgggtatcatgaacagtttcatca 23885924  T
Q  214 atgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgtct 313  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || |||||||| ||  | ||    
T  23885925 atgatatcttcgagaagcttgctcaagaatcatccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagactgcagtcaggct 23886024  T
Q  314 tgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctctt 387  Q
    |||||| || |||||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||    
T  23886025 tgttcttcctggtgaattggccaagcatgctgtctctgagggaaccaaagctgtgaccaagtttactagttctt 23886098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 114 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 23415989 - 23415716
Alignment:
Q  114 gttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcatca 213  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  23415989 gttgaaacatacaagatctacatcttcaaagttctgaagcaggttcacccagacattggtatctcaagcaaggccatgggtatcatgaacagtttcatca 23415890  T
Q  214 atgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgtct 313  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || |||||||| ||  | ||    
T  23415889 atgatatcttcgagaagcttgctcaagaatcatccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagactgcagtcagact 23415790  T
Q  314 tgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctctt 387  Q
    |||||| || |||||| | || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || || ||||||||||    
T  23415789 tgttcttcctggtgaattggccaagcatgctgtttctgagggtaccaaggctgtgactaagtttactagctctt 23415716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 117 - 387
Target Start/End: Original strand, 23402075 - 23402345
Alignment:
Q  117 gaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcatcaatg 216  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  23402075 gaaacatacaagatctacatcttcaaagttctgaagcaggttcacccagacattggtatctcaagcaaggccatgggtatcatgaacagtttcatcaatg 23402174  T
Q  217 atatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgtcttgt 316  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || |||||||| ||  | |||||    
T  23402175 atatcttcgagaagcttgctcaagaatcatccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagactgcagtcaggcttgt 23402274  T
Q  317 tctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctctt 387  Q
    ||| || |||||| | || |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||    
T  23402275 tcttcctggtgaattggccaagcatgctgtctcagagggaaccaaagctgtgaccaagtttactagttctt 23402345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 112 - 367
Target Start/End: Original strand, 26434020 - 26434275
Alignment:
Q  112 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcat 211  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||    
T  26434020 gcgttgaaacatacaagatctacatcttcaaggttctgaaacaagttcatccagacattggtatctcaagcaaagccatgggtatcatgaacagtttcat 26434119  T
Q  212 caatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgt 311  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || ||||| || ||  |     
T  26434120 caatgatatcttcgagaaactcgctcaagaatcatccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagaccgcggtcagg 26434219  T
Q  312 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgt 367  Q
    |||||||| ||||||||| | || ||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  26434220 cttgttctgcccggtgaattggccaagcatgctgtttctgagggtaccaaggctgt 26434275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 112 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 34662323 - 34662068
Alignment:
Q  112 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcat 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| |||||    
T  34662323 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaaacaagttcaccctgacattggtatctcaagcaaagccatgggtattatgaacagtttcat 34662224  T
Q  212 caatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgt 311  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || || |||||  |||| || |||||||||||| |     
T  34662223 caatgatatcttcgagaagctcgctcaagaatcttccagacttgcaaggtataacaagaagccgacgataacttcgagggaaattcagactgctgttagg 34662124  T
Q  312 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgt 367  Q
    |||||||| || || ||| | |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  34662123 cttgttcttcctggagaattggctaagcatgctgtgtctgagggtaccaaagctgt 34662068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 112 - 367
Target Start/End: Original strand, 26832731 - 26832986
Alignment:
Q  112 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcat 211  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||    
T  26832731 gcgttgaaacatacaagatctacatcttcaaggttctgaaacaagttcacccagacattggtatctcaagcaaagccatgggtatcatgaacagtttcat 26832830  T
Q  212 caatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgt 311  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || ||||| || ||  |     
T  26832831 caatgatatcttcgagaaactcgctcaagaatcatccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagaccgcggtcagg 26832930  T
Q  312 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgt 367  Q
    |||||||| ||||||||| | || ||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  26832931 cttgttctgcccggtgaattggccaagcatgctgtttctgagggtaccaaggctgt 26832986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 117 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 23453649 - 23453379
Alignment:
Q  117 gaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcatcaatg 216  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  23453649 gaaacatacaagatctacatcttcaaagttctgaatcatgttcacccagacattggtatctcaagcaaggccatgggtatcatgaacagtttcatcaatg 23453550  T
Q  217 atatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgtcttgt 316  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || |||||||| ||  |||||||    
T  23453549 atatcttcgagaagcttgctcaagaatcatccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagactgcagtcagtcttgt 23453450  T
Q  317 tctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctctt 387  Q
    ||| || |||||| | || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| || ||||| ||||    
T  23453449 tcttcctggtgaattggccaagcatgctgtttctgaaggcaccaaggctgtgaccaagtttactagttctt 23453379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 114 - 387
Target Start/End: Original strand, 24307221 - 24307494
Alignment:
Q  114 gttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcatca 213  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| |||||||    
T  24307221 gttgaaacatacaagatctatatcttcaaggttctgaaacaagttcacccagacattggtatctcaagcaaagccatgggaataatgaacagtttcatca 24307320  T
Q  214 atgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgtct 313  Q
    |||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || |||||||||||  | ||    
T  24307321 atgatatcttcgagaaactagctcaagaatcatccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagactgctgtcagact 24307420  T
Q  314 tgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctctt 387  Q
    |||||| || |||||| | || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  24307421 tgttcttcctggtgaattggccaagcatgctgtttctgagggtaccaaagctgtgaccaagttcactagttctt 24307494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 114 - 387
Target Start/End: Original strand, 23868730 - 23869003
Alignment:
Q  114 gttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcatca 213  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| |||||||    
T  23868730 gttgaaacatacaagatctacatcttcaaagttctgaagcaggttcacccagacattggtatctcaagcaaagccatgggaataatgaacagtttcatca 23868829  T
Q  214 atgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgtct 313  Q
    |||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || |||||||||||  | ||    
T  23868830 atgatatcttcgagaaacttgctcaagaatcatccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagactgctgtcagact 23868929  T
Q  314 tgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctctt 387  Q
    |||||| || |||||| | || || |||||||| ||||| ||||| || ||||| || || |||||||| ||||    
T  23868930 tgttcttcctggtgaattggccaaacatgctgtttctgaaggaacaaaagctgtgactaagttcactagttctt 23869003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 112 - 367
Target Start/End: Original strand, 26435800 - 26436055
Alignment:
Q  112 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcat 211  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||    
T  26435800 gcgttgaaacatacaagatctacatcttcaaggttctgaaacaagttcacccagacattggtatctcaagcaaagccatgggtatcatgaacagtttcat 26435899  T
Q  212 caatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgt 311  Q
    |||||||||||| ||||| ||| |||| ||||| |||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || ||||| || ||  |     
T  26435900 caatgatatcttcgagaaactcactcaagaatcttccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagaccgcggtcagg 26435999  T
Q  312 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgt 367  Q
    |||||||| ||||||||| | || ||||||| ||| |||||||| |||||||||||    
T  26436000 cttgttctgcccggtgaattggccaagcatgatgtttctgagggtaccaaggctgt 26436055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 117 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 23408817 - 23408547
Alignment:
Q  117 gaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcatcaatg 216  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  23408817 gaaacatacaagatctacatcttcaaagttctgaaacaagttcacccagacattggtatctcaagcaaagcgatgggtatcatgaacagtttcatcaatg 23408718  T
Q  217 atatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgtcttgt 316  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || ||||| || ||  | |||||    
T  23408717 atatcttcgagaagcttgctcaagaatcatccagacttgctcgttacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagaccgcggtcagacttgt 23408618  T
Q  317 tctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctctt 387  Q
    ||| || || ||| | || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| || || || ||||||||||    
T  23408617 tcttcctggagaattggccaagcatgctgtttctgaaggcaccaaggctgtgactaagtttactagctctt 23408547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 207 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 23451919 - 23451797
Alignment:
Q  207 ttcatcaatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctg 306  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||  |||| || ||||| || |    
T  23451919 ttcatcaacgatatctttgagaagctcgctcaagaatactccagacttgctcgctacaacaagaagccaacaatcacttcaagggaaattcagaccgcag 23451820  T
Q  307 ttcgtcttgttctccccggtgaa 329  Q
    |  | |||||||| |||||||||    
T  23451819 tcaggcttgttctgcccggtgaa 23451797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 118; Significance: 5e-60; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 112 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 40180552 - 40180275
Alignment:
Q  112 gcgttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcat 211  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  40180552 gcgttgaaacctacaagatatacatcttcaaggttctgaaacaggttcatcctgatatcggtgtttcaagcaaggctatgggaatcatgaacagtttcat 40180453  T
Q  212 caatgatatctttgagaagctcgctcaggaatcatccagacttgcgaggtacaacaagaagcctacaatcacttctcgggagatacagactgctgttcgt 311  Q
     || |||||||||||||| |||||||||||||| ||  |  | || ||||| ||||||||||| || || |||||| ||||||| || ||||||||| |     
T  40180452 taacgatatctttgagaaactcgctcaggaatcgtctcgtttggctaggtataacaagaagccgacgattacttctagggagattcaaactgctgttaga 40180353  T
Q  312 cttgttctccccggtgaacttgctaagcatgctgtctctgagggaaccaaggctgttaccaaattcactagctcttga 389  Q
     | ||||| || || ||| | ||||| |||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  40180352 ttggttcttcctggagaattggctaaacatgctgtttctgaagggactaaggctgttaccaaattcaccagctcttga 40180275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 115 - 238
Target Start/End: Original strand, 29684699 - 29684822
Alignment:
Q  115 ttgaaacctacaagatctacatcttcaaggttctgaagcaggttcatcctgacattggtatctcaagcaaggctatggggatcatgaacagcttcatcaa 214  Q
    |||||||||||||||| || || ||||||||||| || || |||||||||| ||||||| | ||||| || ||||||||  | || ||||| ||| | ||    
T  29684699 ttgaaacctacaagatatatatattcaaggttctcaaacaagttcatcctgccattggtgtttcaagtaaagctatgggagttattaacagtttcgtgaa 29684798  T
Q  215 tgatatctttgagaagctcgctca 238  Q
     ||||||||| |||| ||||||||    
T  29684799 cgatatctttaagaaactcgctca 29684822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University