View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12890_low_1 (Length: 683)

Name: NF12890_low_1
Description: NF12890
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12890_low_1
NF12890_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-670)||(29131885-29132537)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 633; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 29132537 - 29131885
Alignment:
Q  18 ataactcaagattagtccatgatgtgaagcttctaggaagtgcaaagttctcagatgaaaagggttcacttcaaatcccaaatgaatcagaagaaacaga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29132537 ataactcaagattagtccatgatgtgaagcttctaggaagtgcaaagttctcagatgaaaagggttcacttcaaatcccaaatgaatcagaagaaacaga 29132438  T
Q  118 tataagagatcaagcaggtagaggtttatattccttcccaattcgtttgttagatccaattaccaaaacaccagcttcttttcaaaccaccttttctttt 217  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29132437 tataagacatcaagcaggtagaggtttatattccttcccaattcgtttgttagatccaatcaccaaaacaccagcttcttttcaaaccaccttttctttt 29132338  T
Q  218 cagcttaataatttaactactgcttctgatataagtgattatggtggtggtagtggacttactttcatcattgtacctgatgaattcactgttggaaggc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29132337 cagcttaataatttaactactgcttctgatataagtgattatggtggtggtagtggacttactttcatcattgtacctgatgaattcactgttggaaggc 29132238  T
Q  318 caggaccttggcttggtatgcttaatgatgcttgcgagagcgattataaagctgttgcaattgagtttgatacacgagaaaatccagaattcggtgatcc 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29132237 caggaccttggcttggtatgcttaatgatgcttgcgagagcgattataaagccgttgcaattgagtttgatacacgagaaaatccagaattcggtgatcc 29132138  T
Q  418 aaatgataaccatgttggtataaatttaggtagcatagtatctactaaaattatcaatgtttcagatattggagtttctcttaaggatggttttgttcac 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29132137 aaatgataaccatgttggtataaatttaggtagcatagtatctactaaaattatcaatgtttcagatattggagtttctcttaaggatggttttgttcac 29132038  T
Q  518 catgcttggattgattatgatggtcctcgaagacgaattgacattcgtttaggacttgctaatcaagatgtttatcctactaagcctattttctcggagt 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29132037 catgcttggattgattatgatggtcctcaaagacgaattgacattcgtttaggacttgctaatcaagatgtttatcctactaagcctattttctcggagt 29131938  T
Q  618 ttatggatctgtcaccttatctgaatgagtatatgtttgtaggattctctgct 670  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29131937 ttatggatctttcaccttatctgaatgagtatatgtttgtaggattctctgct 29131885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University