View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12891_low_12 (Length: 527)

Name: NF12891_low_12
Description: NF12891
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12891_low_12
NF12891_low_12
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (47-520)||(38850390-38850864)
chr8 (223-509)||(38827290-38827576)
chr8 (225-509)||(38841075-38841359)
chr8 (230-509)||(38865121-38865403)
chr8 (225-494)||(38858822-38859094)
chr8 (223-483)||(38861716-38861979)
chr8 (223-479)||(38846919-38847154)
chr8 (67-203)||(38859137-38859265)
chr8 (67-122)||(38862083-38862138)
chr8 (154-210)||(38827599-38827655)
chr8 (67-122)||(38841463-38841518)
chr8 (7-49)||(38850178-38850220)
chr8 (70-122)||(38865520-38865573)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (393-483)||(43666311-43666401)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 520
Target Start/End: Original strand, 38850390 - 38850864
Alignment:
Q  47 ttaaataaacatattgcgatcaaattataataatagttaaattcaaactttaataaaagcaagataccatatcctatatcatattctataaactaaccta 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38850390 ttaaataaacatattgcgatcaaattataataatagttaaattcaaactttaataaaagcaagataccatatcctatatcatattatataaactaaccta 38850489  T
Q  147 tatatagtatagtcctctatcttagataacataccaacaaccctcaagctctaattaactaactcaacnnnnnnnn-caatgtatgcttctacttctttt 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||| |||||||||| ||     
T  38850490 tatatagtatagtcctctatcttagataacataccaacaaccctcaagctctaattaactaactcaacaaaaaaaaacaatgtatacttctacttcctta 38850589  T
Q  246 acttcaccactcctccatgagcttcttgtagaatcacacacaagaaggttactcttccaaaatccaattgattatcaatcaccaaccagctcccctgtgt 345  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38850590 acttcacaactcctccatgagcttcttgtagaatcacacacaagaaggttactcttccaaaatccaattgattttcaatcaccaaccagctcccctgtgt 38850689  T
Q  346 taacaaacaatcacaattcaacagactcaaattttggagctcgtgaatttgattcaaatgttgtgatgatagttgcagtcctattatgtgcttttatttg 445  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38850690 taacaaacaatcacaattcaacagactcaaattttggagctcgtgaatttgattcaaatgttgtgatgatagttgcagtcctattatgtgcttttatttg 38850789  T
Q  446 ctcacttgcattaaactccatcataaggtgtgccttaagggtttcaaacgtagccataaacaacaattcatctca 520  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38850790 ctcacttgcattaaactccatcataaggtgtgccttaagggtttcaaacgtagccataaacaacaattcacctca 38850864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 223 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 38827576 - 38827290
Alignment:
Q  223 caatgtatgcttctacttcttttacttcaccactcctccatgagcttcttgtagaatcacacacaagaaggttactcttccaaaatccaattgattatca 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38827576 caatgtatgcttctacttcttttacttcacaactcctccatgagcttcttgtagaatcacacacaagaaggttactcttccaaaatccaattgattatca 38827477  T
Q  323 atcaccaaccagctcccctgtgttaacaaacaatcacaattcaacagactcaaattttggagctcgtgaatttgattcaaatgttgtgatgatagttgca 422  Q
    |||||||||||||||||||||  | ||| |||| || ||||||||  ||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  38827476 atcaccaaccagctcccctgttctcacacacaaccataattcaactaactcatattttggaattcgtgaatttgatgcaaatgttgtgatgatacttgca 38827377  T
Q  423 gtcctattatgtgcttttatttgctcacttgcattaaactccatcataaggtgtgccttaagggtttcaaacgtagccataaacaac 509  Q
    || ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||    
T  38827376 gttctattgtgtgctcttatttgctcacttgccttaaactcgatcataaggtgcgccttaaggttttctaacgtagccctaaacaac 38827290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 225 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 38841359 - 38841075
Alignment:
Q  225 atgtatgcttctacttcttttacttcaccactcctccatgagcttcttgtagaatcacacacaagaaggttactcttccaaaatccaattgattatcaat 324  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| ||| | |  || ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| | ||||| ||| ||||| ||||||    
T  38841359 atgtatgcttctatttcctttactacacaaatattcaatgagcttcttgtggaatctcacataagaaggttactcattcaaaacccagttgatcatcaat 38841260  T
Q  325 caccaaccagctcccctgtgttaacaaacaatcacaattcaacagactcaaattttggagctcgtgaatttgattcaaatgttgtgatgatagttgcagt 424  Q
    ||| ||||| |||||||   ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  38841259 cactaaccaactcccctactttaacaaacaaccataattcaacagactcaaattttggagatcgtgaatttgattcaaaagttgtgatgatacttgcagt 38841160  T
Q  425 cctattatgtgcttttatttgctcacttgcattaaactccatcataaggtgtgccttaagggtttcaaacgtagccataaacaac 509  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  38841159 catattatgtgtttttatttgctcacttgcattaaactccattatcaggtgtgccttaaggttttcaaacgtagccatcaacaac 38841075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 230 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 38865403 - 38865121
Alignment:
Q  230 tgcttctacttcttttacttcaccactcctccatgagcttcttgtagaatcacacacaagaaggttactcttccaaaatccaattgattatcaatcacca 329  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||  ||||||||| |    
T  38865403 tgcttctacttcctttacttcacaactcgtccatgagcttcttgtggaatctcacacaagaaggttactctttcaagacccaattgaacatcaatcacta 38865304  T
Q  330 accagctcccctgtgttaacaaacaatcac---aattcaacagactcaaattttggagctcgtgaatttgattcaaatgttgtgatgatagttgcagtcc 426  Q
    || | ||||| ||| |||||||| ||| ||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||| |||||||      
T  38865303 actaactcccatgttttaacaaataataaccataattcaacagactcatattttggagctcgtgaattcgattcaaatgttataatgatacttgcagttt 38865204  T
Q  427 tattatgtgcttttatttgctcacttgcattaaactccatcataaggtgtgccttaagggtttcaaacgtagccataaacaac 509  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||||| || |||||    
T  38865203 tattgtgtgctcttatttgctcacttgcattaaactccatcataaggtgtggtttaaggttttctaacgtagccctacacaac 38865121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 225 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 38859094 - 38858822
Alignment:
Q  225 atgtatgcttctacttcttttacttcaccactcctccatgagcttcttgtagaatcacacacaagaaggttactcttccaaaatccaattgattatcaat 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||| ||||||    
T  38859094 atgtatgcttctacttcttttacttcaccacttctacatgagcttcttgtggaatctcacacaagaaggttactcattcaaaacccagttgatcatcaat 38858995  T
Q  325 cacc---aaccagctcccctgtgttaacaaacaatcacaattcaacagactcaaattttggagctcgtgaatttgattcaaatgttgtgatgatagttgc 421  Q
    |||    || || | ||||||| || || |||||  |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  38858994 cacttaaaatcaacccccctgttttcacgaacaacaacaattcaaccgactcaaagttcggagctcgtgaatttgattcagatgttgtgatgataattgc 38858895  T
Q  422 agtcctattatgtgcttttatttgctcacttgcattaaactccatcataaggtgtgccttaagggtttcaaac 494  Q
    ||| |||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  38858894 agttctattatgtgcttttatttgtttacttgtattaaactccatcataaggtgtttcttaaggatttcaaac 38858822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 223 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 38861979 - 38861716
Alignment:
Q  223 caatgtatgcttctacttcttttacttcaccactcctccatgagcttcttgtagaatcacacacaagaaggttactcttccaaaatccaattgattatca 322  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||| ||||    
T  38861979 caatgtatgcttctacttcctttacttcaccacttctccatgaacttcttgtggaatctcacacaagaaggttactcattcaaaacccagttgatcatca 38861880  T
Q  323 atcacc---aaccagctcccctgtgttaacaaacaatcacaattcaacagactcaaattttggagctcgtgaatttgattcaaatgttgtgatgatagtt 419  Q
    |||||    || || ||||| | | || ||||| |  ||||||||||| |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38861879 atcacttaaaatcaactcccgtattttcacaaatagccacaattcaaccgactcatattttagagctcctgaatttgattcaaatgttgtgatgatactt 38861780  T
Q  420 gcagtcctattatgtgcttttatttgctcacttgcattaaactccatcataaggtgtgccttaa 483  Q
    |||||  ||||||||||||||||| |  | |||||||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  38861779 gcagttgtattatgtgcttttattggtccccttgcattaaactttatcataaggcgtgccttaa 38861716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 223 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 38847154 - 38846919
Alignment:
Q  223 caatgtatgcttctacttcttttacttcaccactcctccatgagcttcttgtagaatcacacacaagaaggttactcttccaaaatccaattgattatca 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  38847154 caatgtatgcttctacttcttttacttcacaactcctccatgagcttcttgtagaatcacacacaagaaggttactcttccaaaacccagttgatcatca 38847055  T
Q  323 atcaccaaccagctcccctgtgttaacaaacaatcacaattcaacagactcaaattttggagctcgtgaatttgattcaaatgttgtgatgatagttgca 422  Q
    |                     || ||| ||||| ||||||||||  ||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |     
T  38847054 a---------------------ttcacacacaataacaattcaactaactcgtattttggagctcgtgagtttgaatcaaatgttgtgatgatagtttct 38846976  T
Q  423 gtcctattatgtgcttttatttgctcacttgcattaaactccatcataaggtgtgcc 479  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  38846975 gtcctattgtgtgctattatttgctcaattgcattaaactccattgtaaggtgtgcc 38846919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 67 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 38859265 - 38859137
Alignment:
Q  67 caaattataataatagttaaattcaaactttaataaaagcaagataccatatcctatatcatattctataaactaacctatatatagtatagtcctctat 166  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||| | |||||||||||||||||| ||||   ||| ||| | ||||||     || |||| |||||    
T  38859265 caaataataataatggttaaattcaaactttataaaaggaaagataccatatcctataccata---tattaaccatcctata-----taaagtcatctat 38859174  T
Q  167 cttagataacataccaacaaccctcaagctctaatta 203  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38859173 ctaagataacataccaaaaaccctcaagctctaatta 38859137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 67 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 38862138 - 38862083
Alignment:
Q  67 caaattataataatagttaaattcaaactttaataaaagcaagataccatatccta 122  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  38862138 caaattataataatagttaaactcaaactttagtaaaagcaagatactatatccta 38862083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 154 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 38827655 - 38827599
Alignment:
Q  154 tatagtcctctatcttagataacataccaacaaccctcaagctctaattaactaact 210  Q
    ||||||||||| |||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38827655 tatagtcctctgtctaggataatataacaacaaccctcaagctctaattaactaact 38827599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 67 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 38841518 - 38841463
Alignment:
Q  67 caaattataataatagttaaattcaaactttaataaaagcaagataccatatccta 122  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  38841518 caaattatagcaatagttaaattcaaacttttaataaagcaagataccatatccta 38841463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 7 - 49
Target Start/End: Original strand, 38850178 - 38850220
Alignment:
Q  7 tataattcactctgtgcgccactccctccaacatgttatgtta 49  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38850178 tataatccattctgtgcgccactccctccaacatgttatgtta 38850220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 70 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 38865573 - 38865520
Alignment:
Q  70 attataataatagttaaattcaaactttaa-taaaagcaagataccatatccta 122  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38865573 attataatactagttaatttgaaactttaaataaaagcaagataccatatccta 38865520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 393 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 43666401 - 43666311
Alignment:
Q  393 tttgattcaaatgttgtgatgatagttgcagtcctattatgtgcttttatttgctcacttgcattaaactccatcataaggtgtgccttaa 483  Q
    |||||| |||||||||| ||| || |  | ||||||||||||||| ||||||| ||||||   || ||||| |||||||||||||| ||||    
T  43666401 tttgatgcaaatgttgttatggtactctctgtcctattatgtgctcttatttgttcactttgtttgaactcaatcataaggtgtgcattaa 43666311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University