View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12891_low_75 (Length: 248)

Name: NF12891_low_75
Description: NF12891
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12891_low_75
NF12891_low_75
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (1-238)||(8035875-8036112)
chr4 (28-230)||(8041297-8041499)
chr4 (30-232)||(8416703-8416905)
chr4 (28-230)||(9138481-9138683)
chr4 (28-230)||(8411099-8411301)
chr4 (30-232)||(8359045-8359247)
chr4 (1-109)||(8354614-8354722)
chr4 (39-231)||(8404062-8404254)
chr4 (32-238)||(43144349-43144555)
chr4 (32-204)||(8356024-8356196)
chr4 (49-227)||(9576894-9577072)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (28-231)||(33084251-33084454)
chr2 (15-203)||(24845317-24845504)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (35-231)||(5476606-5476802)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 8036112 - 8035875
Alignment:
Q  1 tttgttatagtaggaataacacagatacaaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatatttcaagtttgttgcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8036112 tttgttatagtaggaataacacggatacaaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatatttcaagtttgttgcaac 8036013  T
Q  101 tcacaatcattgtgctgacccctttcaaaactgtcatgtgttgaatattttggttctcgatagctgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8036012 tcacaatcattgtgctgacccctttcaaaactgtcatgtgttgaatattttggttctcgatagctgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcata 8035913  T
Q  201 tctaatcagacactatccaatttgactatatcatctgt 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8035912 tctaatcagacactatccaatttgactatatcatctgt 8035875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 28 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 8041499 - 8041297
Alignment:
Q  28 caaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatatttcaagtttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccctttca 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  8041499 caaagtgtccaaaatctcttcacttacctgcattaagaaccttgcatcttaattttttcagatttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttcc 8041400  T
Q  128 aaactgtcatgtgttgaatattttggttctcgatagctgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacactatccaatttgact 227  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8041399 aaactgtcacgtgttgaatattttggttctcgatagctgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccaatttgact 8041300  T
Q  228 ata 230  Q
    |||    
T  8041299 ata 8041297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 30 - 232
Target Start/End: Original strand, 8416703 - 8416905
Alignment:
Q  30 aagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatatttcaagtttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccctttcaaa 129  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  ||    
T  8416703 aagtgtccaaaatctcttcacttacctgcattaagaaccttgcatcttaaattttttaactttgttgcaactcacgatcattgtgctgagcccttttcaa 8416802  T
Q  130 actgtcatgtgttgaatattttggttctcgatagctgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacactatccaatttgactat 229  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||| ||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8416803 actgtcatgtgctgaatactttggttatcagtggttgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccaatttgactat 8416902  T
Q  230 atc 232  Q
    |||    
T  8416903 atc 8416905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 28 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 9138683 - 9138481
Alignment:
Q  28 caaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatatttcaagtttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccctttca 127  Q
    ||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||| |||  ||| | ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||     
T  9138683 caaagtgtccaaaatctcttcacataccagcattaagaaccttgcatcttcaatggttccactttgttgcaactcacgatcactgtgctgacccctttcc 9138584  T
Q  128 aaactgtcatgtgttgaatattttggttctcgatagc-tgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacactatccaatttgac 226  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9138583 aaactgtcacgtgttgaatactttggttctc-attgcttgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacactatccaatttgac 9138485  T
Q  227 tata 230  Q
    ||||    
T  9138484 tata 9138481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 28 - 230
Target Start/End: Original strand, 8411099 - 8411301
Alignment:
Q  28 caaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatatttcaagtttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccctttca 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  8411099 caaagtgtccaaaatctcttcacttacctgcattaagaaccttgcatcttaaatttttcaactttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccttttcc 8411198  T
Q  128 aaactgtcatgtgttgaatattttggttctc-gatagctgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacactatccaatttgac 226  Q
    ||| ||||||||| |||| | |||||| ||| | ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  8411199 aaaatgtcatgtgctgaagactttggtgctcaggta-ttgttctttgattgaagatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacattatccagtttgac 8411297  T
Q  227 tata 230  Q
    ||||    
T  8411298 tata 8411301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 30 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 8359247 - 8359045
Alignment:
Q  30 aagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatatttcaagtttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccctttcaaa 129  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||||||||  ||    
T  8359247 aagtgtccaaaatctcttcacctgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatgcttcaactttgttacaactcactatcactgtgctgaccccttttcaa 8359148  T
Q  130 actgtcatgtgttgaatattttggttctcgatagctgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacactatccaatttgactat 229  Q
    |||||||||||||||| | ||||   ||| |    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8359147 actgtcatgtgttgaacactttgcagctcaagtattgttctttgattgatgatgcacaaatcctctgcatatctaatcagacattatccaatttgactat 8359048  T
Q  230 atc 232  Q
    |||    
T  8359047 atc 8359045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 8354722 - 8354614
Alignment:
Q  1 tttgttatagtaggaataacacagatacaaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatatttcaagtttgttgcaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | |||| |||||||||||    
T  8354722 tttgttatagtaggaataacacggagacaaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcagtaagaaccttgcatctcaaatgtgtcaactttgttgcaac 8354623  T
Q  101 tcacaatca 109  Q
    |||| ||||    
T  8354622 tcaccatca 8354614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 39 - 231
Target Start/End: Original strand, 8404062 - 8404254
Alignment:
Q  39 aaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatatttcaagtttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccctttcaaaactgtcatg 138  Q
    |||||| |||| ||||||| ||||||||| || |||||| ||||  |||| ||||||||||||||| |||| | || ||| ||||||  ||||  |||||    
T  8404062 aaatcttttcatttgcctgtattaagaactttacatcttgaatacgtcaactttgttgcaactcacgatcactatgttgatcccttttcaaaccttcatg 8404161  T
Q  139 tgttgaatattttggttctcgatagctgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacactatccaatttgactatat 231  Q
     |||||||| |||||| |||      |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  8404162 cgttgaatactttggtgctcaggttttgtgatttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacactgtccagtttgactatat 8404254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 32 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 43144555 - 43144349
Alignment:
Q  32 gtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatatttcaagtttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccctttcaaaac 131  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| |||| |||||| |||| ||||||||||| ||| |||| | ||||||||| |||  ||||    
T  43144555 gtgtccaaaatctctacgcttgcctgcattaagaactttgtatctcaaatatgtcaactttgttgcaacacaccatcactatgctgaccctttttcaaac 43144456  T
Q  132 tgtcatgtgttgaatattttggttctcgatagctgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacactatccaatttgactatat 231  Q
    ||||||| ||| |||| |||||| ||       |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| |  |||| |||| ||| |||||||    
T  43144455 tgtcatgagttaaataatttggtacttagggattgttctttgattcaggatgcaaaagtcctttgcatatctaataatgcactttccagtttaactatat 43144356  T
Q  232 catctgt 238  Q
    | |||||    
T  43144355 cttctgt 43144349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 32 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 8356196 - 8356024
Alignment:
Q  32 gtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatatttcaagtttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccctttcaaaac 131  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||  ||| | |||| ||||||||||||||| |||| | ||| ||||| |||  ||||    
T  8356196 gtgtccaaaatctcttcaatttcctgcattaagaactttgcatctcgaatgtgtcaactttgttgcaactcaccatcactatgccgaccctttttcaaac 8356097  T
Q  132 tgtcatgtgttgaatattttggttctcgatagctgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatcta 204  Q
    ||||||| ||| |||| |||||| || |||   |||   ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  8356096 tgtcatgagttaaatactttggtacttgatgattgtaaattgattgaggacgcacaagtcctttgcatatcta 8356024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 49 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 9577072 - 9576894
Alignment:
Q  49 acttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatatttcaagtttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccctttcaaaactgtcatgtgttgaatat 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | |||| ||||||| ||| ||| |||||||| ||||||   |||||||  ||||||||||     
T  9577072 acttgcctgcattaagaaccttgcatcttgaatacttctactttgctgcaactaacagtcactgtgctgatcccttttcgaactgtctcgtgttgaatac 9576973  T
Q  149 tttggttctcgatagctgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacactatccaatttgact 227  Q
     ||||| |||| |   |||| ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||  ||||||||    
T  9576972 attggtgctcggttattgttgtttgattaaggaaacacaagtcctctgcatatctaattatacactttcacatttgact 9576894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 28 - 231
Target Start/End: Original strand, 33084251 - 33084454
Alignment:
Q  28 caaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatatttcaagtttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccctttca 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33084251 caaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttcaatttttcaacttctttgcaactcacaatcattgtgctgacccctttcc 33084350  T
Q  128 aaactgtcatgtgttgaatattttggttctcgatagctgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacactatccaatttgact 227  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||  | | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33084351 aaactgtcacgtgttgaatactttggttctcagtggttgttctttgattgaggatgcacaagtcctctacatgtctaatcagacactatccaatttgact 33084450  T
Q  228 atat 231  Q
    ||||    
T  33084451 atat 33084454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 15 - 203
Target Start/End: Original strand, 24845317 - 24845504
Alignment:
Q  15 aataacacagatacaaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatatttcaagtttgttgcaactcacaatcattgtg 114  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | |||| ||||| ||||||||| |||| | ||    
T  24845317 aataacacggatacaaagtgtccaaaatctcttcacttgcctgcagtaagaaccttgcatctcaaatgtgtcaactttgtagcaactcaccatcactatg 24845416  T
Q  115 ctgacccctttcaaaactgtcatgtgttgaatattttggttctcgatagctgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatct 203  Q
    ||||||  |||| ||||||||||||||| |||| ||| || ||   | | || || |||| ||||||||||||| |||| |||||||||    
T  24845417 ctgacctttttc-aaactgtcatgtgttaaatactttagtacttactgggtgctcattgagtgaggatgcacaaatcctttgcatatct 24845504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 81; Significance: 3e-38; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 35 - 231
Target Start/End: Original strand, 5476606 - 5476802
Alignment:
Q  35 tccaaaatctcttcacttgcctgcattaagaaccttgcatcttaaatatttcaagtttgttgcaactcacaatcattgtgctgacccctttcaaaactgt 134  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||| ||||  |||| ||||||||||||| | |||| | || ||| ||||||  ||||  |    
T  5476606 tccaaaatctctacatttgcctgcattaagaactttacatcttgaatacgtcaactttgttgcaactcgcgatcactatgttgatcccttttcaaacctt 5476705  T
Q  135 catgtgttgaatattttggttctcgatagctgttctttgattgaggatgcacaagtcctctgcatatctaatcagacactatccaatttgactatat 231  Q
    |||| |||||||| |||||| |||    | |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5476706 catgcgttgaatactttggtgctcaggtgttgttatttgattgaggatgcactagtcctctgcatatctaatcagacactgtccaatttgactatat 5476802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University