View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12893_low_1 (Length: 465)

Name: NF12893_low_1
Description: NF12893
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12893_low_1
NF12893_low_1
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-449)||(1499465-1499913)
chr5 (1-440)||(1492393-1492832)
chr5 (1-444)||(1478224-1478667)
chr5 (1-444)||(1482418-1482861)
chr5 (4-396)||(1509352-1509743)
chr5 (1-440)||(1505202-1505641)
chr5 (17-392)||(1486911-1487286)
chr5 (369-444)||(1496085-1496160)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (17-448)||(24163240-24163671)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (2-440)||(5315337-5315775)
chr7 (1-447)||(5284533-5284979)
chr7 (1-440)||(5310622-5311061)
chr7 (1-439)||(5302721-5303159)
chr7 (1-447)||(46706439-46706885)
chr7 (1-440)||(5289155-5289594)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-440)||(44133004-44133443)
chr1 (1-440)||(44141426-44141865)
chr1 (1-440)||(44128799-44129238)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-269)||(37863019-37863287)
chr3 (1-417)||(37858845-37859261)
chr3 (5-49)||(39030300-39030344)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-281)||(35251036-35251323)
chr8 (369-447)||(35251404-35251482)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 449
Target Start/End: Original strand, 1499465 - 1499913
Alignment:
Q  1 tcgtttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatact 100  Q
    ||||||||| || || || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1499465 tcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaaatcactgcaatctcattttgtggacctagtaatact 1499564  T
Q  101 caactacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttg 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1499565 cacctacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagtcattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttg 1499664  T
Q  201 agttagtttggactacacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcataaggatgt 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1499665 agttagtttggactgcacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcgtaaggatgt 1499764  T
Q  301 ctctgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1499765 ctctgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccg 1499864  T
Q  401 ggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttaggcttgaaag 449  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1499865 ggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttaggcttgaaag 1499913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 440
Target Start/End: Original strand, 1492393 - 1492832
Alignment:
Q  1 tcgtttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatact 100  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||| || ||||||||     
T  1492393 tcgtttggctaaggatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttagttgtttgttctgaagtcactgcagtcacatttcgtggtcccagtgataca 1492492  T
Q  101 caactacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttg 200  Q
    ||  |  |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||| |  ||||| |||||||| |||||| ||||||    
T  1492493 cacttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatggagcagctgcacttattgttgggtctgatccggtaccagaaattgaaaaacctatatttg 1492592  T
Q  201 agttagtttggactacacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcataaggatgt 300  Q
    || |  |||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| || |||  |||||| |||||||||| |||| |||||| | |  ||| ||| |||||    
T  1492593 agatgatttggacagcacaaacaattgctcctgatagtgaaggtgccattgatggtcatcttcgtgaagctgggttaacatttcaccttcttaaagatgt 1492692  T
Q  301 ctctgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccg 400  Q
      ||| |||||| ||||| |||||  |||||| | |||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||     
T  1492693 tcctgggattgtgtcaaaaaatataaataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccct 1492792  T
Q  401 ggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttag 440  Q
    ||||| ||||||||| |||| ||| | |||||||||||||    
T  1492793 ggtggacctgcaattttagaccaagtagagcaaaagttag 1492832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 444
Target Start/End: Original strand, 1478224 - 1478667
Alignment:
Q  1 tcgtttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatact 100  Q
    ||||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||  |||| ||||||||||||    
T  1478224 tcgtttggccaaggacttggctgagaacaataaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagttactgcagtgacattccgtggtcctagtgatact 1478323  T
Q  101 caactacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttg 200  Q
    ||  |  |||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| | |||||||| ||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  1478324 catttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatggtgctgctgcactcattgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttg 1478423  T
Q  201 agttagtttggactacacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcataaggatgt 300  Q
    || | ||||||||| |||||||||||||| | || ||||| ||||| |||  |||||| |||||||||| ||| ||||||| | |  ||| ||| |||||    
T  1478424 agatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgt 1478523  T
Q  301 ctctgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccg 400  Q
      ||| |||||| |||||||| |||||||||| | | || ||||| || |||||||||   |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||     
T  1478524 tcctgggattgtttcaaagaacattgataaagcattggtcgaggctttccaaccattaaacatctctgattataattcaatcttctggattgctcaccca 1478623  T
Q  401 ggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttaggctt 444  Q
    ||||| || ||||||||||| ||| ||||  |||||||||||||    
T  1478624 ggtggacccgcaattctagaccaagttgaagaaaagttaggctt 1478667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 444
Target Start/End: Original strand, 1482418 - 1482861
Alignment:
Q  1 tcgtttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatact 100  Q
    ||||||||| || || ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||  |||| ||||||||||||    
T  1482418 tcgtttggccaaggacttggctgagaataataaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagttactgcagtgacattccgtggtcctagtgatact 1482517  T
Q  101 caactacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttg 200  Q
    ||  |  |||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  1482518 catttggacagtcttgttggacaagcactctttggagatggagctgctgcactcattgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttg 1482617  T
Q  201 agttagtttggactacacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcataaggatgt 300  Q
    || | ||||||||| |||||||||||||| | || ||||| || || |||   ||||| |||||||||| ||| ||||||| | |  ||| ||| |||||    
T  1482618 agatggtttggactgcacaaacaattgctccagacagtgagggggccattgacggtcatcttcgtgaagctggtctaacatttcaccttcttaaagatgt 1482717  T
Q  301 ctctgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccg 400  Q
      ||| |||||| |||||||| |||||||||| | |  | || || || |||||||||   || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  1482718 tcctgggattgtttcaaagaacattgataaagcattgatcgatgctttccaaccattaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatcca 1482817  T
Q  401 ggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttaggctt 444  Q
    ||||| || |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||    
T  1482818 ggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggctt 1482861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 4 - 396
Target Start/End: Original strand, 1509352 - 1509743
Alignment:
Q  4 tttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatactcaa 103  Q
    |||||| || |||||||| || || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||||||| ||| ||||||||||     
T  1509352 tttggcaaaggatttggctgaaaataaccaagatgctcgtgtgttggttgtttgttctaaagtcattgcagtcacattttgtggccctggtgatactcat 1509451  T
Q  104 ctacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttgagt 203  Q
     |  |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||  ||||||  ||||| |||||||||||| || ||||||||     
T  1509452 ttggacagtcttgttggacaagcattatttggagatggagctgctgcactcattgttggtactgaccctgtaccagaaattgagaaatctatatttgaga 1509551  T
Q  204 tagtttggactacacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcataaggatgtctc 303  Q
    | ||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||| || |||   ||||| |||||||||||||| ||||||| |  | ||| ||| ||||||||    
T  1509552 tggtttggactgcacaaacaattgctccaaatagtgaaggtgccattgacggtcaccttcgtgaagttggactaacatttcgtcttcttaaagatgtctc 1509651  T
Q  304 tgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctca 396  Q
    || || ||||||||| || |||||| ||| |||  ||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  1509652 tgtgactgtctcaaa-aacattgattaagcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctctgattacaactcaatattttggattgctca 1509743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 440
Target Start/End: Original strand, 1505202 - 1505641
Alignment:
Q  1 tcgtttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatact 100  Q
    ||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| || ||||| | || ||||||||||||    
T  1505202 tcgtttggccaaggacttggctgagaacaacaaaggtgcccgtgtgttggttgtctgttccgaagtcactgcagtcacatttcgcggccctagtgatact 1505301  T
Q  101 caactacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttg 200  Q
    ||  |  |||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||| | |||||||| || || | | |||| ||||||||||||||| ||||||    
T  1505302 cacttggacagccttgttggacaagctctatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccaataccagaaattgagaaacctatatttg 1505401  T
Q  201 agttagtttggactacacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcataaggatgt 300  Q
    |  | ||||||||| |||||||||| ||  ||||||| |||||||| |||   ||||| |||||||||| ||| ||||||| | |  ||| ||| |||||    
T  1505402 aaatggtttggactgcacaaacaatcgcgcctgatagcgaaggagccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgt 1505501  T
Q  301 ctctgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccg 400  Q
      |||| ||||| |||||||| ||  |||||| | | ||||| || || |||||||||||| | ||||| || ||||||||||| |||||||| || ||     
T  1505502 tcctgaaattgtttcaaagaacatcaataaagcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccct 1505601  T
Q  401 ggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttag 440  Q
    ||||| ||||||||| |||||||| | |||||||||||||    
T  1505602 ggtggccctgcaattttagatcaagtagagcaaaagttag 1505641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 392
Target Start/End: Original strand, 1486911 - 1487286
Alignment:
Q  17 ttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctc-attttgtggacctagtgatactcaactacacaaactt 115  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||  | ||||||||||||||| || || | ||||||||| |||| ||| ||| |  |   ||| |||    
T  1486911 ttggctgagaacaataaagatgctcttgtgttggtaatatgttctgaagtcactaca-tcactattttgtggccctaatgaaactgacatgagcaacctt 1487009  T
Q  116 gttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttgagttagtttggacta 215  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||  | ||| ||||||||||| || |   || |  |||||||||||||| | |||||| | |||||||||     
T  1487010 gttggacaagcattatttggtgatggagctgttgtagtcattgttggctccgatccgatatcaaaaattgagaaacctctctttgagcttgtttggactg 1487109  T
Q  216 cacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcataaggatgtctctgagattgtctc 315  Q
    |||||||||| |||   |||||||||| ||| ||| | || ||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| ||| |||||| |||| ||| ||||    
T  1487110 cacaaacaatagctctagatagtgaagaagcaattagcggccaacttcgtgaagttggactaacatttaatcttcgtaaagatgtccctgaaattatctc 1487209  T
Q  316 aaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattg 392  Q
    |||||| || ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||  |||| ||||||||||    
T  1487210 aaagaacatcgataaagaactagttaaggcattccaaccattaggcatctctgattacaatgcaattttttggattg 1487286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 369 - 444
Target Start/End: Original strand, 1496085 - 1496160
Alignment:
Q  369 attataactcaatcttttggattgctcatccgggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttaggctt 444  Q
    |||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||    
T  1496085 attacaacccaatcttctggattgctcatccgagtggacctgcaattatagatcaagttgagcacaagttaggctt 1496160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 17 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 24163671 - 24163240
Alignment:
Q  17 ttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatactcaactacacaaacttg 116  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||| || ||||||||  || |||| ||||    
T  24163671 ttggctgagaacaacaaaggttctcgtgtgttggttgtttgttctgaagttaccgcaatcacattttgtggaccaagcgatactcacttagacaaccttg 24163572  T
Q  117 ttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttgagttagtttggactac 216  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |    
T  24163571 ttggacaagctctatttggagatggagctgctgcagtcattgttggctctgacccaatacaggaaattgagaaacctctatttgagttagtttggacagc 24163472  T
Q  217 acaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcataaggatgtctctgagattgtctca 316  Q
    ||||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| | || ||  |||||||||  | || |||||||||    
T  24163471 acaaacaatcgctccaaatagtgaaggagctatttgtggccaacttcgtgaatttgggctatcatttcatctttgtaaggatgttccagacattgtctca 24163372  T
Q  317 aagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccgggtggtcctgcaattc 416  Q
    |||||||||||||||| | |  |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||| || |||||||    
T  24163371 aagaatattgataaagcattgtttgaggcattccaaccattaggtatctctgattacaactcaatcttttggattgctcactctggtggacccgcaattc 24163272  T
Q  417 tagatcaaattgagcaaaagttaggcttgaaa 448  Q
    ||||  |||||||| ||||||||| |||||||    
T  24163271 tagacaaaattgaggaaaagttagccttgaaa 24163240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 2 - 440
Target Start/End: Original strand, 5315337 - 5315775
Alignment:
Q  2 cgtttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatactc 101  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||| |||| |||||||||||||    
T  5315337 cgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacatttcgtggtcctagtgatactc 5315436  T
Q  102 aactacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttga 201  Q
    |  || |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||||    
T  5315437 acttagacagccttgttggacaagcactatttggagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaatagagaaacctatatttga 5315536  T
Q  202 gttagtttggactacacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcataaggatgtc 301  Q
    | | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||| ||| ||||||| | |  ||| ||| |||||     
T  5315537 gatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgtt 5315636  T
Q  302 tctgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccgg 401  Q
     ||| |||||| |||||||| |||  ||||| | | |||||||| ||  | ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  5315637 cctgggattgtttcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccg 5315736  T
Q  402 gtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttag 440  Q
    |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  5315737 gtggacctgcaattctagatcaagtggagcaaaagttag 5315775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 447
Target Start/End: Original strand, 5284533 - 5284979
Alignment:
Q  1 tcgtttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatact 100  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||| |||| ||||| ||||||    
T  5284533 tcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacatttcgtggccctagcgatact 5284632  T
Q  101 caactacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttg 200  Q
    ||  || |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| | |||| |||||||||| |||| ||||||    
T  5284633 cacttagacagtcttgttggacaagcactatttggagatggagctgctgctcttattgttggctctgacccaataccagaaattgagagacctatatttg 5284732  T
Q  201 agttagtttggactacacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcataaggatgt 300  Q
    || | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||| ||| ||||||| | |  ||| ||| |||||    
T  5284733 agatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgt 5284832  T
Q  301 ctctgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccg 400  Q
      ||| |||||| |||||||| |||  ||||| | | |||||||| ||| | ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||     
T  5284833 tcctgggattgtttcaaagaacattactaaagcattggttgaggcttttgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatccc 5284932  T
Q  401 ggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttaggcttgaa 447  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||    
T  5284933 ggtggacctgcaattctagatcaagtagagcaaaagttagccttgaa 5284979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 440
Target Start/End: Original strand, 5310622 - 5311061
Alignment:
Q  1 tcgtttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatact 100  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||| |||| || |||||||||    
T  5310622 tcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacatttcgtggccccagtgatact 5310721  T
Q  101 caactacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttg 200  Q
    ||  |  |||  |||||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  5310722 cacttggacagccttgttgggcaagcattgtttggagatggagctgctgctcttattgttggttctgacccagtaccagaaattgagaaacctatatttg 5310821  T
Q  201 agttagtttggactacacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcataaggatgt 300  Q
    || | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||| ||| ||||||| | |  ||| ||| |||||    
T  5310822 agatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgt 5310921  T
Q  301 ctctgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccg 400  Q
      ||| ||||||||||||||| |||  ||||| | | |||||||| ||  | ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||     
T  5310922 tcctgggattgtctcaaagaacattactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatccc 5311021  T
Q  401 ggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttag 440  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  5311022 ggtggacctgcaattctagatcaagtagagcaaaagttag 5311061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Original strand, 5302721 - 5303159
Alignment:
Q  1 tcgtttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatact 100  Q
    ||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||  || ||||| |||| ||||||||||||    
T  5302721 tcgtttggccaaagatctagctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtatgttcagaggtcaccgctgtcacatttcgtggccctagtgatact 5302820  T
Q  101 caactacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttg 200  Q
    ||  |  |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  5302821 cacttggacagtcttgttggacaagcactatttggagatggagctgctgctcttattgttggctctgaccccgtaccagaaattgagaaacctatatttg 5302920  T
Q  201 agttagtttggactacacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcataaggatgt 300  Q
    || | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||| ||| ||||||| | |  ||| ||| |||||    
T  5302921 agatggtttggactgcacaaacaattgctcctgatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgt 5303020  T
Q  301 ctctgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccg 400  Q
      ||| |||||| |||||||| |||  ||||| | | ||||| || ||| | ||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||     
T  5303021 tcctgggattgtttcaaagaacattactaaagcattggttgacgcttttgagccactgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatccc 5303120  T
Q  401 ggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagtta 439  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  5303121 ggtggacctgcaattctagatcaagtagagcaaaagtta 5303159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 46706885 - 46706439
Alignment:
Q  1 tcgtttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatact 100  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||  | || ||||||||||||    
T  46706885 tcgtttggctaacgatttggctgagaacaacaaaggtgcccgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagtcacattccgcggccctagtgatact 46706786  T
Q  101 caactacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttg 200  Q
    ||  |  |||  |||||||| |||||| | |||||||   ||||||| ||| |||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  46706785 cacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagtcagagctgctgcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttg 46706686  T
Q  201 agttagtttggactacacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcataaggatgt 300  Q
    || | ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| |||  |||||| |||||||||| ||| |||||||   |  |||  || |||||    
T  46706685 agatggtttggacttcacaaacaattgctccagatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacattccaccttctaaaagatgt 46706586  T
Q  301 ctctgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccg 400  Q
      ||| |||||| |||||||| |||||||||| | |||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||     
T  46706585 tcctgggattgtttcaaagaacattgataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacaccct 46706486  T
Q  401 ggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttaggcttgaa 447  Q
    ||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||||||    
T  46706485 ggtggccctgcaattttagatcaagtagagcaaaagttagccttgaa 46706439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 5289594 - 5289155
Alignment:
Q  1 tcgtttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatact 100  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||  |||| || |||||||||    
T  5289594 tcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacattccgtggccccagtgatact 5289495  T
Q  101 caactacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttg 200  Q
    ||  |  |||  |||||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  5289494 cacttggacagccttgttgggcaagcactgtttggagatggagctgctgctcttattgttggttctgacccagtaccagaaattgagaaacctatatttg 5289395  T
Q  201 agttagtttggactacacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcataaggatgt 300  Q
    || | ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| |||  ||| || |||||||||| ||| ||||||| | |  ||| ||| |||||    
T  5289394 agatggtttggactgcacaaacaattgctccggatagtgaaggagccattgatggccaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgt 5289295  T
Q  301 ctctgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccg 400  Q
      ||| |||||| |||||||| ||   ||||| | | |||||||| ||  | ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||     
T  5289294 tcctgggattgtttcaaagaacatcactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatccc 5289195  T
Q  401 ggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttag 440  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  5289194 ggtggacctgcaattctagatcaagtggagcaaaagttag 5289155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 440
Target Start/End: Original strand, 44133004 - 44133443
Alignment:
Q  1 tcgtttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatact 100  Q
    |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| | || ||||||||||||    
T  44133004 tcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcagtcacatttcgcggccctagtgatact 44133103  T
Q  101 caactacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttg 200  Q
    ||  |  |||  ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||| | |||||||| || || | |||||| ||||||||||||||  ||||||    
T  44133104 cacttggacagccttgttggacaggccctatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttg 44133203  T
Q  201 agttagtttggactacacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcataaggatgt 300  Q
    || | ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| |||  |||||| |||||||||| ||| ||||||| | |  ||| ||| |||||    
T  44133204 agatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgt 44133303  T
Q  301 ctctgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccg 400  Q
      ||| |||||| |||||||| ||  |||||| | | |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| || ||     
T  44133304 tcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccct 44133403  T
Q  401 ggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttag 440  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44133404 ggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 44133443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 440
Target Start/End: Original strand, 44141426 - 44141865
Alignment:
Q  1 tcgtttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatact 100  Q
    |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| | || ||||||||||||    
T  44141426 tcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcagtcacatttcgcggccctagtgatact 44141525  T
Q  101 caactacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttg 200  Q
    ||  |  |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | |||||||| || || | |||||| ||||||||||||||  ||||||    
T  44141526 cacttggacagccttgttggacaagcactatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttg 44141625  T
Q  201 agttagtttggactacacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcataaggatgt 300  Q
    || | ||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| || |||   ||||| |||||||||| ||| ||||||| | |  ||| ||| |||||    
T  44141626 agatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggggccattgacggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgt 44141725  T
Q  301 ctctgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccg 400  Q
      ||| |||||| |||||||| ||  |||||| | | |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| || ||     
T  44141726 tcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagcattggttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccct 44141825  T
Q  401 ggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttag 440  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44141826 ggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 44141865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 440
Target Start/End: Original strand, 44128799 - 44129238
Alignment:
Q  1 tcgtttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatact 100  Q
    |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| | || ||||||||||||    
T  44128799 tcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcagtcacatttcgcggccctagtgatact 44128898  T
Q  101 caactacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttg 200  Q
    ||  |  |||  ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||| | |||||||| || || | |||||| ||||||||||||||  ||||||    
T  44128899 cacttggacagccttgttggacaggccctatttggagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttg 44128998  T
Q  201 agttagtttggactacacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcataaggatgt 300  Q
    || | ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| |||  |||||| |||||||||| ||| ||||||| | |  ||| ||| |||||    
T  44128999 agatggtttggactgcacaaacaattgctccagatagtgaaggagccattgatggtcaccttcgtgaagctggactaacatttcaccttcttaaagatgt 44129098  T
Q  301 ctctgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccg 400  Q
      ||| |||||| |||||||| ||  ||||||   | |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| || ||     
T  44129099 tcctgggattgtttcaaagaacatcaataaagctttggttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccct 44129198  T
Q  401 ggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttag 440  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44129199 ggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttag 44129238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 37863287 - 37863019
Alignment:
Q  1 tcgtttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatact 100  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||  |||||||| |  | ||  |||||||||||||||||    
T  37863287 tcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaaggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatact 37863188  T
Q  101 caactacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttg 200  Q
    || ||  | |  ||||| || || ||| | ||||||||||| || || || || |||||||| || || |   | || ||| ||||||| ||||| ||||    
T  37863187 catcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttggagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttg 37863088  T
Q  201 agttagtttggactacacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaag 269  Q
    | || ||||||||| |||||||||| | | | ||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||    
T  37863087 aattggtttggactgcacaaacaatcgttccagatagtgaaggagctattgatggtcaccttcgagaag 37863019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 37859261 - 37858845
Alignment:
Q  1 tcgtttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatact 100  Q
    ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  | |||||| |  | ||  ||||||| ||||| |||    
T  37859261 tcgtttggctaaagacttggctgaaaacaacaaaggtgctcgtgtgttggtagtttgttcagagataactgcagttactttccgtggacccagtgacact 37859162  T
Q  101 caactacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggagctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttg 200  Q
    || ||  | |  ||||| || |||||| | ||||||||||| || || || || || || || || |||| | ||||  || |||||||||| || ||||    
T  37859161 catcttgatagccttgtggggcaagcattgtttggagatggtgcagcagctgtgatcgtaggttcagacccattaccacaagttgagaaacccttgtttg 37859062  T
Q  201 agttagtttggactacacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacatataatattcataaggatgt 300  Q
    | || || |||||| ||||||| ||   | | |||||||||||||| |||   ||||| ||||||||||| ||||| ||||   || | |  ||||||||    
T  37859061 aattggtatggactgcacaaacgatccttccagatagtgaaggagcaattgacggtcaccttcgtgaagtcgggcttacattccatctcctcaaggatgt 37858962  T
Q  301 ctctgagattgtctcaaagaatattgataaagtactagttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccg 400  Q
      |||   || |||||||||| ||||| ||||  || | |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || || ||||||||||| || || ||     
T  37858961 tcctggtcttatctcaaagaacattgagaaagctcttgctgaggcctttcaacctttaggtatctctgattacaattccatcttttggatcgcacaccct 37858862  T
Q  401 ggtggtcctgcaattct 417  Q
    ||||| || ||||||||    
T  37858861 ggtggaccagcaattct 37858845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 49
Target Start/End: Original strand, 39030300 - 39030344
Alignment:
Q  5 ttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttg 49  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  39030300 ttggctaaagatttggctgagaacaacaaaggtgcccgtgtgttg 39030344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 281
Target Start/End: Original strand, 35251036 - 35251323
Alignment:
Q  1 tcgtttggctaaagatttggcggagaacaacaaaggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcactgcaatctcattttgtggacctagtgatact 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  | || |||||||| ||  |||||||| |  | ||| |||| |||||||| ||     
T  35251036 tcgtttggctaaagatttggctgagaacaataaaggtgctcgtgttcttgtggtttgttcagagatcactgcagtgacttttcgtggccctagtgacacc 35251135  T
Q  101 caactacacaaacttgttggacaagcaatatttggagatggag-------ctgcggcagttattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacct 193  Q
    || ||  | |  || || ||||||||| | ||||||||||| |       |||| || || || ||||| || || | | |||||||  |||||| ||||    
T  35251136 catcttgatagtctcgtgggacaagcattgtttggagatggcgctgcagcctgcagctgtgatcgttggttcagatccattacctgaggttgagagacct 35251235  T
Q  194 ttatttgagttagtttggactacacaaacaattgcttctgatagtgaaggagctatttgtggtcaacttcgtgaagttgggctaacat 281  Q
    || |||||| |||  |||||| ||||||||||   | |||||||| |||||||||||  |||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  35251236 ttgtttgagctagagtggactgcacaaacaatccttcctgatagtcaaggagctattgatggtcaccttcgtgaggttggactaacat 35251323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 369 - 447
Target Start/End: Original strand, 35251404 - 35251482
Alignment:
Q  369 attataactcaatcttttggattgctcatccgggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttaggcttgaa 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || || ||||| || ||| ||||| | ||||||||||||||    
T  35251404 attataactcaatcttttggattgctcacacgggtggaccagcgattcttgaccaagttgaggacaagttaggcttgaa 35251482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University