View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12898_low_2 (Length: 545)

Name: NF12898_low_2
Description: NF12898
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12898_low_2
NF12898_low_2
[»] chr6 (27 HSPs)
chr6 (20-535)||(5344594-5345109)
chr6 (26-488)||(5128297-5128759)
chr6 (36-500)||(5690027-5690491)
chr6 (42-488)||(5073788-5074234)
chr6 (22-500)||(5278301-5278779)
chr6 (22-480)||(5383061-5383519)
chr6 (22-500)||(5176474-5176952)
chr6 (35-488)||(5096456-5096909)
chr6 (42-488)||(5102494-5102940)
chr6 (20-485)||(5447320-5447785)
chr6 (41-488)||(5433789-5434236)
chr6 (41-488)||(5354494-5354941)
chr6 (35-488)||(5066574-5067027)
chr6 (35-488)||(5157508-5157961)
chr6 (22-488)||(5284269-5284735)
chr6 (20-488)||(5181807-5182275)
chr6 (40-488)||(5425663-5426111)
chr6 (35-488)||(5370319-5370772)
chr6 (40-450)||(5350149-5350557)
chr6 (22-405)||(5257297-5257680)
chr6 (367-535)||(5243746-5243914)
chr6 (35-371)||(5446905-5447241)
chr6 (22-488)||(5396685-5397151)
chr6 (37-325)||(5243910-5244198)
chr6 (267-477)||(5179521-5179731)
chr6 (267-477)||(5281280-5281490)
chr6 (25-258)||(5147006-5147239)
[»] chr4 (25 HSPs)
chr4 (35-488)||(4344394-4344847)
chr4 (35-485)||(4320502-4320952)
chr4 (40-488)||(4360830-4361278)
chr4 (41-488)||(4123819-4124266)
chr4 (35-488)||(4335093-4335546)
chr4 (20-426)||(4133367-4133771)
chr4 (35-484)||(6498410-6498859)
chr4 (239-484)||(6651019-6651264)
chr4 (236-456)||(6621419-6621639)
chr4 (241-484)||(6545332-6545575)
chr4 (46-437)||(7885322-7885713)
chr4 (90-477)||(6796590-6796977)
chr4 (243-477)||(6752916-6753150)
chr4 (236-484)||(6532116-6532364)
chr4 (260-484)||(6675676-6675900)
chr4 (236-480)||(6728355-6728599)
chr4 (354-480)||(6588084-6588210)
chr4 (236-484)||(6815419-6815667)
chr4 (293-488)||(6758730-6758925)
chr4 (35-155)||(6772852-6772972)
chr4 (239-480)||(6837226-6837467)
chr4 (113-216)||(6532384-6532487)
chr4 (398-453)||(6822802-6822857)
chr4 (53-127)||(6588437-6588511)
chr4 (53-127)||(6728172-6728246)
[»] scaffold0294 (1 HSPs)
scaffold0294 (46-488)||(8780-9222)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (17-488)||(8877339-8877810)
chr5 (395-486)||(20838740-20838831)
chr5 (398-486)||(12599054-12599142)
chr5 (395-486)||(20812385-20812476)
chr5 (395-484)||(15803019-15803108)
chr5 (266-312)||(20812256-20812302)
chr5 (398-488)||(30417931-30418021)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (20-488)||(36213709-36214177)
chr7 (48-488)||(18935147-18935587)
chr7 (48-438)||(34724516-34724906)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (26-488)||(47986752-47987194)
chr3 (26-488)||(47996039-47996481)
chr3 (26-488)||(48005326-48005768)
chr3 (26-488)||(48014611-48015053)
chr3 (387-488)||(32411083-32411184)
chr3 (395-488)||(6905806-6905899)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (192-490)||(22584092-22584390)
[»] scaffold0813 (1 HSPs)
scaffold0813 (239-484)||(4710-4955)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (269-487)||(3286516-3286734)
chr8 (387-486)||(3262629-3262727)
chr8 (397-485)||(3325003-3325091)
chr8 (395-488)||(3391536-3391629)
chr8 (266-486)||(7164654-7164874)
chr8 (395-486)||(31175955-31176046)
chr8 (395-485)||(3314966-3315056)
chr8 (395-488)||(3364277-3364370)
chr8 (411-488)||(3407323-3407400)
chr8 (395-486)||(3398522-3398613)
chr8 (398-488)||(3267198-3267288)
chr8 (266-312)||(3398696-3398742)
chr8 (267-312)||(3364149-3364194)
chr8 (267-312)||(3391712-3391757)
[»] scaffold0286 (1 HSPs)
scaffold0286 (239-456)||(6611-6828)
[»] scaffold0468 (1 HSPs)
scaffold0468 (395-488)||(6146-6239)
[»] scaffold0373 (1 HSPs)
scaffold0373 (239-480)||(9642-9883)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 508; Significance: 0; HSPs: 27)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 535
Target Start/End: Original strand, 5344594 - 5345109
Alignment:
Q  20 acatttatgttctaacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatc 119  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5344594 acatttatgttcttacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatc 5344693  T
Q  120 ttgaaaagttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5344694 ttgaaaagttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtat 5344793  T
Q  220 tagcctatgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggactta 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5344794 tagcctatgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggactta 5344893  T
Q  320 gaacaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctc 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5344894 gaacaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctc 5344993  T
Q  420 tgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaagttctctttcattcgaagttcaaatatctcc 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5344994 tgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaagttctctttcattcgaagttcaaatatctcc 5345093  T
Q  520 tgcaatgtcatctctg 535  Q
    ||| ||||||||||||    
T  5345094 tgcgatgtcatctctg 5345109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 26 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 5128759 - 5128297
Alignment:
Q  26 atgttctaacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaa 125  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||    
T  5128759 atgttcttgcagatgatggagaagctgaaaattctcaatcatagtcattctcattgtctgacacacaccccagacttttcatatttacctaatcttgaaa 5128660  T
Q  126 agttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcct 225  Q
    || ||||||||   |||||| |||  |||| |||| |||||  |||||| ||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||    
T  5128659 agctagtactcaaagattgttcaatgttgtctgaggtttctactagcatcggacatctcaataaaattcttctgataaatttggaagattgcattagcct 5128560  T
Q  226 atgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaa 325  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5128559 atgtagcctcccaagaagcatctataagttgaaatctttgaaaactctcattctttctggttgtataatgattgacaagttggaagaggacttggaacaa 5128460  T
Q  326 atgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtg 425  Q
    ||| |||| ||||| | |||| | ||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  5128459 atggaatcattaacaactctgcttgcaaataacactgcaataaaaagagtacccttttcagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatctctctgtgcg 5128360  T
Q  426 gctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    || |||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5128359 gccatgaaggattttcaagtgatgtgtttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 5128297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 36 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 5690491 - 5690027
Alignment:
Q  36 agatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtact 135  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||| ||||||||   | | ||||||||||||||| || ||||    
T  5690491 agatgatggagaagcttaaaattctcaatcttagtcactctcattatctgacacagaccccagacttttcaatcatgcctaatcttgaaaagctaatact 5690392  T
Q  136 cgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcctg 235  Q
    |   ||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| | || |||     
T  5690391 caaagattgtccaaggttgcgtgaggtttcccatagcattggacatctcgacaaaattcttctgataaatttggaagattgtattagcctttctaacctt 5690292  T
Q  236 ccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||| || |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  5690291 ccaagaagcatctataagttgaaatctctgaaaactctcattctttccgggtgttcaatgattaacaagttggaagaggacttggaacaaatggaatctt 5690192  T
Q  336 taaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaagg 435  Q
    |||||| |||| | |||||| |||||| ||||||||  || ||||||| | | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||    
T  5690191 taaccactctgcttgcaaatgacactggaataacaagtgtgcccttttcaattgtaaggtcaaaaagcattgggtatatttctctgtgcggacatgaagg 5690092  T
Q  436 attctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaagttctctttcat 500  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5690091 attctcacgtgatatatttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaacaagtgctctttcat 5690027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 42 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 5074234 - 5073788
Alignment:
Q  42 tggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtactcgtgga 141  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| || || |||||  |||| |||||||||||| |  ||||||||   ||    
T  5074234 tggagaagctgaaaatactcaatcttagtcattctcattatctgacgcaaactccagatttttcaaacttgcctaatcttgaacaactagtactcacaga 5074135  T
Q  142 ttgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcctgccaaga 241  Q
    ||||||||| ||||  ||| |||||||||| |||| | ||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||| | ||    ||||| ||||||    
T  5074134 ttgtccaaggttgtcagaggtttctcatagtattgaacatctcaataaaattcttctgataaatttggaagattgtattggtcttcagagccttccaaga 5074035  T
Q  242 agcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaacca 341  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  5074034 agtatctataagttgaaatctctaaaaactctcattctttccgggtgttcaatgattgacaagttggaagaggacttagaacagatgacatctttaacca 5073935  T
Q  342 ttctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctc 441  Q
     |||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  5073934 ctctgatagcaaataacaccgcaataacaagagtgcccttttcagtagtaaggtcgaaaagcattggatatatttctttgtgcggctatgaaggattctc 5073835  T
Q  442 acgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    ||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  5073834 acgtgatgtgttcccatcgatcatttggtcttggatgtcaccgacaa 5073788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 22 - 500
Target Start/End: Original strand, 5278301 - 5278779
Alignment:
Q  22 atttatgttctaacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatctt 121  Q
    |||| ||||||  |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | | ||||| ||||||||  || | |||||||||    
T  5278301 atttttgttcttgcagaggatggagaagctgaaaattcttaatcttagtcattctcattatctgacagagaccccagacttttcaaacatgcctaatctt 5278400  T
Q  122 gaaaagttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtatta 221  Q
    |||||| |  ||||| | ||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| || || |||||||| |||||||    
T  5278401 gaaaagcttatactcatagattgcccaaggttgtgtgaggtttctcatagcattggatatctcgataaaattcttctgataaacttggaagattgtatta 5278500  T
Q  222 gcctatgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttaga 321  Q
    ||||    || || |||||||| |||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||| || ||||  | |||||||||||||||||||||||| ||    
T  5278501 gccttcagagtcttccaagaagtatctataagttgaaatctttgaaaacactcattctttctgggtgttcgatgattgacaagttggaagaggacttgga 5278600  T
Q  322 acaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctg 421  Q
    ||||||| |||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||||| |   ||||||||||||||||||||||||| || ||| ||    
T  5278601 acaaatggaatctttaactactctgcttgcaaataacactgcaataacaagagtgcccttgtctatagtaaggtcaaaaagcattggatacatctctttg 5278700  T
Q  422 tgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaagttctctttcat 500  Q
    || |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5278701 tgcggctatgaaggattctcacgtgatatatttccatcaatcatttggtcttggatgtcaccaacaagttctctttcat 5278779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 22 - 480
Target Start/End: Original strand, 5383061 - 5383519
Alignment:
Q  22 atttatgttctaacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatctt 121  Q
    |||||||||||  |||| ||||||||  |||||||| || || ||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||| ||  | || |||||||||    
T  5383061 atttatgttcttgcagaggatggagatactgaaaatcctaaaccttagtcattctcattacctggtgcagaccccagacttctcaaatttgcctaatctt 5383160  T
Q  122 gaaaagttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtatta 221  Q
    |||||| |||||||||  |||||||| || ||||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  5383161 gaaaagctagtactcgcagattgtccgaggttgtccgaggtttctcctagcattggagatctcaagaaaattcttctgattaatttggaagactgtgtta 5383260  T
Q  222 gcctatgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttaga 321  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  5383261 gcctatgtagcctcccaagaagcatttataagttgaaatctctgaaaactctcattctttctggttgtttaaagattaccaagttggaagaggacataga 5383360  T
Q  322 acaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctg 421  Q
    ||||||| |||||||||| | | || | ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| | |  ||||||||||||| |||| |||||||||| ||    
T  5383361 acaaatggaatctttaactactttgcttgcagataacactgcaataacaagagttcccctttcaattttaaggtcaaaaagtattgtatatatttctttg 5383460  T
Q  422 tgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtc 480  Q
    || ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||   ||||||||||||    
T  5383461 tgcggccatgaaggattctcacgtgatgtgtttccatccatcattaagtcttggatgtc 5383519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 22 - 500
Target Start/End: Original strand, 5176474 - 5176952
Alignment:
Q  22 atttatgttctaacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatctt 121  Q
    |||| ||||||  |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | | ||||| ||||||||  || | |||||||||    
T  5176474 atttttgttcttgcagaggatggagaagctgaaaattcttaatcttagtcattctcattatctgacagagaccccagacttttcaaacatgcctaatctt 5176573  T
Q  122 gaaaagttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtatta 221  Q
    |||||| |  ||||| | ||||| ||||| ||| ||||| |||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||| || || |||||||| |||||||    
T  5176574 gaaaagcttatactcatagattgcccaaggttgcgtgaggtttcccatagcattggacatctcgataaaattcttctgataaacttggaagattgtatta 5176673  T
Q  222 gcctatgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttaga 321  Q
    ||||    || || |||||||| |||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||| || ||||  | |||||||||||||||||||||||| ||    
T  5176674 gccttcagagtcttccaagaagtatctataagttgaaatctttgaaaacactcattctttctgggtgttcgatgattgacaagttggaagaggacttgga 5176773  T
Q  322 acaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctg 421  Q
    ||||||| |||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||||| || ||| ||    
T  5176774 acaaatggaatctttaactactctgcttgcaaataacactgcaataacaagagtgcccttgtcaatagtaaggtcaaaaagcattggatacatctctttg 5176873  T
Q  422 tgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaagttctctttcat 500  Q
    || |||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5176874 tgcggctatgaaggattctcacgtgatatatttccatcaatcatttggtcttggatgtcaccaacaagttctctttcat 5176952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 35 - 488
Target Start/End: Original strand, 5096456 - 5096909
Alignment:
Q  35 cagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtac 134  Q
    |||| |||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||| ||||| |||||||| ||| | ||||||||||| ||| | ||||    
T  5096456 cagaggatggaaaaactgaaaattctaaatcttagtcattctcattgtctgacacacaccccagacttttcatacatgcctaatcttgagaagctggtac 5096555  T
Q  135 tcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcct 234  Q
    |    ||||||||||  |||| |||| |||||| |||||||||| ||||||   |||||||||| ||  |||||||||| ||| |||||||  |||||||    
T  5096556 ttaaagattgtccaatgttgtctgaggtttctcctagcattggaaatctcagtgaaattcttctaatagatttggaagattgtgttagccttcgtagcct 5096655  T
Q  235 gccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatct 334  Q
     ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||     
T  5096656 tccaggaagcatctataagttgaaatctctgaaaactctcattctttctgggtgtataatgattgacgagttggaagaggacatagaacaaatggaatca 5096755  T
Q  335 ttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaag 434  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||| ||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||    
T  5096756 ttaaccattctgcttgcaaataacactggaataaaaagagtacccttttcagtagtaaggtcaaaaagcattggatacatttctctatgtggccatgaag 5096855  T
Q  435 gattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    |||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5096856 gattttcacgtgatgtgtttccgtctatcatctggtcttggttgtcaccaacaa 5096909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 42 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 5102940 - 5102494
Alignment:
Q  42 tggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtactcgtgga 141  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||  || ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||||   ||    
T  5102940 tggaaaagctgaaaattctaaatcttagtcattctcattgtctgacgcacacccctgacttttcatacttgcctaatcttgagaagctggtactcaaaga 5102841  T
Q  142 ttgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcctgccaaga 241  Q
    ||||||||  |||| |||| ||| || || ||||||||||||||   |||| ||||| ||  |||||||||| ||| |||||||  ||||||| ||||||    
T  5102840 ttgtccaatgttgtctgaggtttgtcctaccattggagatctcactgaaatacttctaatagatttggaagattgtgttagccttcgtagccttccaaga 5102741  T
Q  242 agcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaacca 341  Q
    ||||||||||||||||| ||| | ||||  ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| |||||||    
T  5102740 agcatctataagttgaaatctttgaaaatactcattctttctgggtgtttaatgattgacaagttggaagacgacttggaacaaatggaatcattaacca 5102641  T
Q  342 ttctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctc 441  Q
     |||  | ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||    
T  5102640 ctcttctagcaaacaacactgcaataacaacagtgcccttttcagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatctctctatgtggctatgaaggactttc 5102541  T
Q  442 acgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5102540 acatgatgtgtttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 5102494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 20 - 485
Target Start/End: Original strand, 5447320 - 5447785
Alignment:
Q  20 acatttatgttctaacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatc 119  Q
    |||||| ||||||  |||| |||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||   |||| | | | |||||||||||| | ||| |||||||    
T  5447320 acatttttgttcttgcagaggatggaaaatctgaaaaatctcaatcttagtcattctcatcgtctgacaaacatcccggacttttcatgcttgcctaatc 5447419  T
Q  120 ttgaaaagttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtat 219  Q
    |||||||| ||||||||   ||||||||||  |||| |||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  5447420 ttgaaaagctagtactcaaagattgtccaatgttgtctgaggtttctcctagcattggacatctcaataaaattcttctgataaatttggaagattgtat 5447519  T
Q  220 tagcctatgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggactta 319  Q
    | ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  5447520 tggcctaggtaacctcccaagaagcatctataagttgaaatctttgaaaactctcattctttctggttgtttaaagattgacaagctggaagaggacttg 5447619  T
Q  320 gaacaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctc 419  Q
    ||||| ||| |||||||||||| |||| | |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||  ||||| ||||| || ||||||||||||||||||     
T  5447620 gaacagatggaatctttaaccactctgcttgcaaataatacttcaataacaacagtgcccttttcggtagttaggtcgaagagcattggatatatttctt 5447719  T
Q  420 tgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaa 485  Q
    |||| || | |||||||| ||| |  ||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  5447720 tgtgcggatttgaaggatcctcgcatgatgtgtttccatctattattcggtcttggatgtcaccaa 5447785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 41 - 488
Target Start/End: Original strand, 5433789 - 5434236
Alignment:
Q  41 atggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtactcgtgg 140  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| |||| |||||| || ||||||||  | || ||||||||||||||||||||||||   |    
T  5433789 atggagaagctgaaaattcttaaccttagtcattgtcattatctgacacaaacaccagacttttcaaatttgcctaatcttgaaaagttagtactcacag 5433888  T
Q  141 attgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcctgccaag 240  Q
    ||||||||||| | | ||||||||||| |||||||||  |||||||  |||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||    
T  5433889 attgtccaagtctttctgagatttctcctagcattggccatctcaatgaaattcttctgataaatttggaagattgtattggcctatgtaacctcccaag 5433988  T
Q  241 aagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaacc 340  Q
    |||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||| ||| | || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||    
T  5433989 aagcatatataagttgaaatctttgaaaactctcatccttactggctgtttaaagattgacaatttggaagatgacttggaacatatggaatctttaacc 5434088  T
Q  341 attctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattct 440  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||| || ||| ||  ||| |||| | || |||||||||||||||||||| ||| |||| || |||||||||||||    
T  5434089 actctgcttgcaaataacactgcaataaaaagagtgcctctttcagtactgagatcaaaaagcattggatatatctctttgtgcggttatgaaggattct 5434188  T
Q  441 cacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    ||| |||| ||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||    
T  5434189 cacacgatttatttccatttatcattcagtcttggatgtcaccaacaa 5434236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 41 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 5354941 - 5354494
Alignment:
Q  41 atggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtactcgtgg 140  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||   |    
T  5354941 atggagcatctgaaaattctcaatcttagtcattcacattgtctgacacatacccctgacttttcttacatgcctaatcttgaaaagcttgtactcaaag 5354842  T
Q  141 attgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcctgccaag 240  Q
    |||||||||  || | |||  ||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||  ||||||| |||| ||| | |||||| |||||    
T  5354841 attgtccaatgttatctgaagtttctccaagcattggacatctcaataaaattcttctgataaatttcaaagactgcattaacctttctagcctcccaag 5354742  T
Q  241 aagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaacc 340  Q
    ||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||  |||| | |||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||    
T  5354741 aagcatctacaagttgaaatctttgaaaactctcattctttctggttgtaaaaagttagacaagttggaagaggacttggaacaattggaatctttaacc 5354642  T
Q  341 attctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattct 440  Q
    |  ||| | |||||| ||||||||||||||| ||| ||||| | | |||| || || ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  5354641 accctgcttgcaaatgacactgcaataacaagagtacccttctcaatagttagttccaaaagcattggatatatttctttatgtggctatgaaggattct 5354542  T
Q  441 cacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5354541 cacgtgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaacaa 5354494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 35 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 5067027 - 5066574
Alignment:
Q  35 cagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtac 134  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||| || ||||| |||||||| ||  | ||||||||||||||| ||||||    
T  5067027 cagaggatggaaaagctgaaaattctaaatcttagccattctcattgtctgatgcacacccctgacttttcatatatgcctaatcttgaaaagctagtac 5066928  T
Q  135 tcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcct 234  Q
    ||   ||||||||||  ||||  ||| |||||| ||  || ||| | ||||   |||||||||| ||  |||||||||| ||| |||||||  ||| |||    
T  5066927 tcaaagattgtccaatattgtccgaggtttctcctacaataggaaaactcagtgaaattcttctaatagatttggaagattgtgttagccttcgtaacct 5066828  T
Q  235 gccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatct 334  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||    
T  5066827 tccaagaagcatctataagttgaaatctcttaaaactctcattctttctgggtgtataatgattgacaagttagaagaggacatagaacaaatggaatct 5066728  T
Q  335 ttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaag 434  Q
    ||||||| |||| | ||| |||| |||||||||| || | | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||    
T  5066727 ttaaccactctgcttgcacataaaactgcaataaaaagaatacccttttcagtagtaaggtcaaaaagcattggatacatctctttgtgcggctatgaag 5066628  T
Q  435 gattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  5066627 gattctcgcgtgatgtgtttccatctatcattttgtcttggatgtcaccaacaa 5066574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 35 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 5157961 - 5157508
Alignment:
Q  35 cagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtac 134  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||  || ||||| |||||||| ||| | ||||||||||| ||| | ||||    
T  5157961 cagatgatggaaaagctaaaaattctaaatcttagtcattctcattgtctgacgcacaccccagacttttcatacatgcctaatcttgagaagctggtac 5157862  T
Q  135 tcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcct 234  Q
    ||   ||||||||||  |||| |||| |||||| |||||||||| ||||||   |||||||||| ||  |||||||||| ||| |||||||  | |||||    
T  5157861 tcaaagattgtccaatgttgtctgaggtttctcctagcattggaaatctcagtgaaattcttctaatagatttggaagattgtgttagccttcgaagcct 5157762  T
Q  235 gccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatct 334  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | | |||||||| || ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  5157761 tccaagaagcatctataagttgaaatctctgaaaattttaattctttcagggtgtataatgattgacaagttggaagaggacatagaacagatggaatct 5157662  T
Q  335 ttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaag 434  Q
    ||||||| |||| | ||| |  |||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| || | ||||||||||    
T  5157661 ttaaccactctgcttgcacacgacactgcaataaaaagagtacccttttcagtagtaaggtcaaaaagcattggatacatctctttgggcggctatgaag 5157562  T
Q  435 gattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    |||| || || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5157561 gattttctcgtgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaacaa 5157508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 22 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 5284735 - 5284269
Alignment:
Q  22 atttatgttctaacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatctt 121  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || | || || ||| ||||||||  || | |||||||||    
T  5284735 atttatgttcttgcagaggatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattcccattatctcacacgaagccctgacttttcgaacatgcctaatctt 5284636  T
Q  122 gaaaagttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtatta 221  Q
    |||||| |||| |||   |||||||||||  | | |||| |||| | |||||||||| ||||||| ||||||  | | || ||||| ||||  |||||||    
T  5284635 gaaaagctagtgctcaaagattgtccaaggctatctgaggtttcacctagcattggaaatctcaataaaattgctttgataaattttgaaggttgtatta 5284536  T
Q  222 gcctatgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttaga 321  Q
    || |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||  || |||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  5284535 gcttatgtagcctcccacgaagcatctataagttgaaatctctaaaaactttcattctttttgggtgttcaatgattgacaagttggaagaggacttaga 5284436  T
Q  322 acaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctg 421  Q
    ||| |||| ||||||||||| |||||| || |||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| || ||    
T  5284435 acagatgacatctttaaccactctgatagctaataacaccgcaataacaagagtgcccttttcagtagtaaggtcgaaaagcattggatatattgctttg 5284336  T
Q  422 tgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    || || ||||| ||| | ||| ||||||| |||||||  || || | ||| ||||||||| ||||||    
T  5284335 tgcggttatgagggactttcaagcgatgtgtttccattaataattttgtcatggatgtcagcaacaa 5284269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 20 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 5182275 - 5181807
Alignment:
Q  20 acatttatgttctaacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatc 119  Q
    |||||| ||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  | | || || ||||||||  |||| ||||| |    
T  5182275 acatttctgttcttgcagaggctggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattttctgtcaaagactccagacttttcaaacttgcctaacc 5182176  T
Q  120 ttgaaaagttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtat 219  Q
    ||||| |||||||||||   |||||||| |  |||| |||  |||| || || |||||||||||||| ||||| ||| | || ||||||||||| || ||    
T  5182175 ttgaacagttagtactcacagattgtccgaagttgtctgaagtttcccaaagtattggagatctcaataaaatacttttgataaatttggaagattgcat 5182076  T
Q  220 tagcctatgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggactta 319  Q
    ||||||    ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  |||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| ||     
T  5182075 tagccttcaaagccttccaagaagcatctataatttgaaatcattaaacactctcattctttctgggtgtttaatgattgacaagttggaagaggatttg 5181976  T
Q  320 gaacaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctc 419  Q
    ||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||||      
T  5181975 gaacaaatgaaatctttaaccacattgattgcaaataacactgcaataacaagagtgccgttttcagtagtaaagtccaaaagcattgcatatatttcct 5181876  T
Q  420 tgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  5181875 tgtgtggatatgaaggattctcacatgatgtgtttccagcgatcatttggtcttggatgtcaccgacaa 5181807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 173; E-Value: 9e-93
Query Start/End: Original strand, 40 - 488
Target Start/End: Original strand, 5425663 - 5426111
Alignment:
Q  40 gatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtactcgtg 139  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||  |  ||||| |||||| | | | | ||||||||||||||| | || |||       
T  5425663 gatggaaaagctgaaaattctaaatcttagtcattctcattgtctgacgcgcacccctgactttacattcatgcctaatcttgaaaagctggtgctcaaa 5425762  T
Q  140 gattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcctgccaa 239  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||| ||||||   |||||||||| || ||||| ||||| ||| || ||||    ||||| ||||    
T  5425763 gattgtccaatgttgtctgagatttctcctagcattggaaatctcagagaaattcttctaataaatttagaagattgtgttcgccttcaaagccttccaa 5425862  T
Q  240 gaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaac 339  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  5425863 gaaacatctataagttgaaatctctgaaaactctcattctttctgggtgtgtaatgattgacaagttggaagaggacatagaacaaatggaatctttaac 5425962  T
Q  340 cattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattc 439  Q
    || |||||| ||| |||| |||||||||| || ||| ||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||     
T  5425963 cactctgattgcacataaaactgcaataaaaagagtacccttttcagtggtaatgtcacaaagcattggatacatctctttgtgcggctatgaaggattt 5426062  T
Q  440 tcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    ||||| ||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5426063 tcacgtgatgtgtttccagcgatcatttggtcttggatgtcaccaacaa 5426111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 35 - 488
Target Start/End: Original strand, 5370319 - 5370772
Alignment:
Q  35 cagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtac 134  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||  || ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  5370319 cagatgatggaaaagctaaaaattctaaatcttagtcattctcattgtctgacgcacaccccagacttttcatacttgcctaagcttgaaaagttagtac 5370418  T
Q  135 tcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcct 234  Q
    ||   |||||| |||   ||| |||| |||||| |||||||||  |||||    |||||||||| ||  |||| ||||| ||| |||||||  ||| |||    
T  5370419 tcaaagattgttcaatgctgtctgaggtttctcctagcattgggaatctcggcgaaattcttctaatagattttgaagattgtgttagccttcgtaacct 5370518  T
Q  235 gccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatct 334  Q
     ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||| ||| |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||| ||||     
T  5370519 tccaagaagcatttataagttgaaatctctaaagactcttattctttcagggtgtgtaatgattgagaagttggaagaggatatagaacagatggaatca 5370618  T
Q  335 ttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaag 434  Q
    ||||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||  || ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||||||| ||| ||    
T  5370619 ttaaccactctgcttgcaaataacactgcaataaaaagggtacccttttcagtagtacggtcaaaaagcattggatacatttcattgtgtggccatgtag 5370718  T
Q  435 gattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    |||| ||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5370719 gattttcacatgatgtttttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaacaa 5370772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 40 - 450
Target Start/End: Original strand, 5350149 - 5350557
Alignment:
Q  40 gatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtactcgtg 139  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||  |||| ||| ||||  |||||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||       
T  5350149 gatggaaaagctgaaaattctaaatcttagtcattcttgttgtctgacacacaccc--gacttttcatacatgcctaatcttgaaaagctagtactcaaa 5350246  T
Q  140 gattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcctgccaa 239  Q
    ||||||||||  ||||  ||| |||||| |||||||||||||||||   |||||||||| ||  ||||||| || ||| |||||||    ||||| ||||    
T  5350247 gattgtccaatgttgtccgaggtttctcctagcattggagatctcagtgaaattcttctaatagatttggaggattgtgttagccttcaaagccttccaa 5350346  T
Q  240 gaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaac 339  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  5350347 gaagcatctttaagttgaaatctctcaaaactctcattctttcagggtgtataatgattgacaagttggaagaggacatagaacaaatggaatctttaac 5350446  T
Q  340 cattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattc 439  Q
    || |||| | ||| |||| |||||||||| || | | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||     
T  5350447 cactctgcttgcacataaaactgcaataaaaagaatacccttttcagtagtaaggtcaaaaagcattggatacatctctttgtgcggctatgaaggattt 5350546  T
Q  440 tcacgcgatgt 450  Q
    ||||| |||||    
T  5350547 tcacgtgatgt 5350557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 22 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 5257680 - 5257297
Alignment:
Q  22 atttatgttctaacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatctt 121  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  || | |  || ||| ||||||||  || | |||||||||    
T  5257680 atttatgttcttgcagaggatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattcccgttgtctcacaagaagccctgacttttccaacatgcctaatctt 5257581  T
Q  122 gaaaagttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtatta 221  Q
    |||||||||||||||   ||||||||||   | | |  | |||||   ||||||||| |||||||||||||| || | || ||||||||||| |||||||    
T  5257580 gaaaagttagtactcaaagattgtccaatgctatctagggtttcttcaagcattggaaatctcaagaaaattgttttgataaatttggaagattgtatta 5257481  T
Q  222 gcctatgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttaga 321  Q
    || ||||    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || |||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  5257480 gcttatgcgaactcccaagaagcatctataagttgaaatctctaaaaactttcattctttctgggtgttcaatgattgacaagttggaagaggacttaga 5257381  T
Q  322 acaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcat 405  Q
    ||| |||| ||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||| || || | |||  |||| |||||||||||    
T  5257380 acagatgacatctttaaccactctaattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattatcagttttaagatcaaaaagcat 5257297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 367 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 5243914 - 5243746
Alignment:
Q  367 aacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatc 466  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5243914 aacaagagtgcccttttcagtagtaaggtcaaaaagcatcggatatatttctttgtgtggctatgaaggattttcacgcgatgtatttccatctatcatc 5243815  T
Q  467 tggtcttggatgtcaccaacaagttctctttcattcgaagttcaaatatctcctgcaatgtcatctctg 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  5243814 tggtcttggatgtcaccaacaagttctctttcatcccaagttcaaacatctcctgcgatgtcatctctg 5243746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 35 - 371
Target Start/End: Original strand, 5446905 - 5447241
Alignment:
Q  35 cagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtac 134  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || || | ||||| ||| ||||||||  ||   ||||||||| ||||  ||||||    
T  5446905 cagaggatggagaagctaaaaattctcaatcttagccattcgcactatctcacacaaagccctgacttttcaaacacgcctaatcttcaaaaactagtac 5447004  T
Q  135 tcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcct 234  Q
    ||   ||||| |||   |||| |||| |||| | ||||||  || ||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5447005 tcaaagattgcccactgttgtctgaggtttcacctagcatcagacatctcaataaaattcttctgataaacttggaagactgcattagcctatgtagcct 5447104  T
Q  235 gccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatct 334  Q
     |||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  ||||| |||||    
T  5447105 cccaaaaagcatctataagttgaaatctttgaaaactctcgttctttctggttgtttaaagattgacaaggtggaagaggacttcgagaaaatggaatct 5447204  T
Q  335 ttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaa 371  Q
    ||||||| |||  | |||||||||||| |||||||||    
T  5447205 ttaaccactcttcttgcaaataacacttcaataacaa 5447241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 22 - 488
Target Start/End: Original strand, 5396685 - 5397151
Alignment:
Q  22 atttatgttctaacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatctt 121  Q
    |||||||||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||| ||||||||  || | |||||||||    
T  5396685 atttatgttcttgcagaggctggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattatttgacacagaccccagacttttcaaacatgcctaatctt 5396784  T
Q  122 gaaaagttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtatta 221  Q
    ||| |  ||||| ||   ||||||||||  ||||  ||  |||| ||||  ||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||  | |||||||    
T  5396785 gaacaactagtagtcactgattgtccaaagttgtcagaagtttcccataatattggagatctgaaaaaaatacttctaataaatttggagaattgtatta 5396884  T
Q  222 gcctatgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttaga 321  Q
      ||    ||||| |||||||| || ||||||||||| || ||| |||||||  ||||||| || ||||||  ||||||||| |||||||| || || ||    
T  5396885 agcttcaaagccttccaagaagtatttataagttgaaatcactacaaactcttcttctttctgggtgtttactgattgacaaattggaagaagatttgga 5396984  T
Q  322 acaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctg 421  Q
    ||| ||| ||||||||||||   || | ||||||||||||||||||| || ||| || |||| | |  |||||| |||||||||||||| ||| ||| ||    
T  5396985 acagatggaatctttaaccaccttggttgcaaataacactgcaataaaaagagtgccgttttcaattttaaggttaaaaagcattggatttatctctttg 5397084  T
Q  422 tgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    || || ||||||||||| ||| | || || |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  5397085 tgcggatatgaaggattttcatgtgaagtgtttccagctatcatttcgtcttggatgtcaccaacaa 5397151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 37 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 5244198 - 5243910
Alignment:
Q  37 gatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtactc 136  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||  || ||||| |||||||| ||| |  | |||||||||||| ||||||||    
T  5244198 gatgatggaaaagctaaaaattctaaatcttagtcattctcattgtctgacgcacaccccagacttttcatacatgtcaaatcttgaaaagctagtactc 5244099  T
Q  137 gtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcctgc 236  Q
       |||||| ||   ||||  |||||||||| |||||||||  ||||||   |||||||||| ||  |||||||||| ||| |||||||  | ||||| |    
T  5244098 aaagattgttcagtgttgtccgagatttctcctagcattgggaatctcagtgaaattcttctaatagatttggaagattgtgttagccttcgaagccttc 5243999  T
Q  237 caagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaa 325  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| || || ||| ||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  5243998 caagaagcatctataagttgaaatctctgaaaactttcattctctcagggtgtataatgattgagaagttggaagaggacttggaacaa 5243910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 267 - 477
Target Start/End: Original strand, 5179521 - 5179731
Alignment:
Q  267 aaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaat 366  Q
    ||||||| |||||||| || |||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| ||||| |  ||||| || ||| ||||||||||    
T  5179521 aaactctgattctttctgggtgttcaaagattaacaagttggaagaggacttggaagaaatggaatccttaacgaccctgattgctaatgacactgcaat 5179620  T
Q  367 aacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatc 466  Q
    ||| | ||||||||||  ||||| |||||  |||| |||||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||     
T  5179621 aactagagttccctttgcagtaggaaggttgaaaaacattggatatatttctttctgcggctataaaggattctcacgtgatgtagttccatatatcatt 5179720  T
Q  467 tggtcttggat 477  Q
     ||||||||||    
T  5179721 cggtcttggat 5179731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 267 - 477
Target Start/End: Original strand, 5281280 - 5281490
Alignment:
Q  267 aaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaat 366  Q
    ||||||| |||||||| || |||| || |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |  ||||| || ||| ||||||||||    
T  5281280 aaactctgattctttctgggtgttcaatgattaacaagttagaagaggacttggaacaaatggaatccttaacgaccctgattgctaatgacactgcaat 5281379  T
Q  367 aacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatc 466  Q
    ||||| ||||||||||  ||||| |||||  |||| |||||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||     
T  5281380 aacaagagttccctttgcagtaggaaggttgaaaaacattggatatatttctttctgcggctataaaggattctcacgtgatgtagttccatatatcatt 5281479  T
Q  467 tggtcttggat 477  Q
     ||||||||||    
T  5281480 cggtcttggat 5281490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 25 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 5147239 - 5147006
Alignment:
Q  25 tatgttctaacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaa 124  Q
    ||||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||  ||| ||| |||||  ||||||   |||| ||||||||||||    
T  5147239 tatgttcttgcagaggatggagaagctaaaaattctcaagcttagtcactctcattatttgacacagaccccaaactttttaaacttgcctaatcttgaa 5147140  T
Q  125 aagttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcc 224  Q
     |  ||||||||   ||||||||||  |||| |||  |||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||| |||||    
T  5147139 caactagtactctctgattgtccaatgttgtctgaagtttctcatagtattggatatctcaataaaattcttctgataaatttggaagattgtactagcc 5147040  T
Q  225 tatgtagcctgccaagaagcatctataagttgaa 258  Q
    |  | || || |||||||| || |||| ||||||    
T  5147039 ttcgaagtcttccaagaagtatatataggttgaa 5147006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 25)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 35 - 488
Target Start/End: Original strand, 4344394 - 4344847
Alignment:
Q  35 cagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtac 134  Q
    |||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  4344394 cagaggatggatcagctgaaaattctcaatctcagtcattctcattgtctgacacagacgcctgacttttcatacttgcctaatcttgaaaagctagtac 4344493  T
Q  135 tcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcct 234  Q
    ||   |||||||||||  ||| ||||||||| || || |||||| ||||||| ||||||||| | || |||||| || | ||||||||||| |||| |||    
T  4344494 tcaaagattgtccaaggctgtctgagatttcccaaagtattggacatctcaacaaaattcttttgataaatttgaaaaattgtattagcctttgtaacct 4344593  T
Q  235 gccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatct 334  Q
     ||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  4344594 tccaagaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgtttaatgattgacaagttggaagaggacttggaacaaatggaatct 4344693  T
Q  335 ttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaag 434  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| |||||||    
T  4344694 ttaaccactctgattgcaaataacactgctataacaaaagtacccttttcagtagtaaggtcaaaacgcattggatttatttctttgtgtggatatgaag 4344793  T
Q  435 gattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    |||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4344794 gattctcacgtgatgtgtttccttctatcatttggtcttggatgtcaccaacaa 4344847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 35 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 4320952 - 4320502
Alignment:
Q  35 cagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtac 134  Q
    |||| ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |  ||| ||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| |    
T  4320952 cagaggatggagcagctgaagattctaaatcttagtcattctcatcatttgacacagacccctgacttttcatacttgcctaatcttgaaaagctagtgc 4320853  T
Q  135 tcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcct 234  Q
    |||  ||||| |||||  ||| | || |||| |||||||||||| ||||||| ||| || || | || |||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  4320852 tcgaagattgcccaaggctgtctcaggtttcccatagcattggacatctcaaaaaagttgttttgataaatttgaaagattgtattagcctttgtagcct 4320753  T
Q  235 gccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatct 334  Q
     ||||||| |||||||| ||||||  |||| || ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  4320752 tccaagaaacatctatacgttgaaaactctgaatactctcattctatcgggatgtttaatgattgacaagttggaagaggacttggaacaaatggaatct 4320653  T
Q  335 ttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaag 434  Q
    |||||||  ||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  4320652 ttaaccaccctgattgcaaataatactggtataacaaaagttcccttttcattagtaaggtcaaaaagcattggatttatttctctgtgtggatatgaag 4320553  T
Q  435 gattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaa 485  Q
    |||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  4320552 gattctcacgtgatgtgtttccttctatcatttggtcttggatgtcaccaa 4320502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 40 - 488
Target Start/End: Original strand, 4360830 - 4361278
Alignment:
Q  40 gatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtactcgtg 139  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||        
T  4360830 gatggagcagctgaaaattctcaatcttagtcattctcaatatctgacacagacgcctgacttttcatacttgcctaatcttgaaaagctagtacttaaa 4360929  T
Q  140 gattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcctgccaa 239  Q
    |||||||||||  ||| ||||||||| || || |||||| ||||||||||||||||| | || |||||| |||| || |||||||| |||| ||| ||||    
T  4360930 gattgtccaaggctgtctgagatttcccaaagtattggacatctcaagaaaattcttttgataaatttgaaagattgcattagcctttgtaaccttccaa 4361029  T
Q  240 gaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaac 339  Q
    ||| |||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| || || |||| || |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  4361030 gaaacatctatacgttgaaatctctgaaaactctcattctatctggatgttcaatgattgacacgttggaagaggacttggaacaaatggaatctttaac 4361129  T
Q  340 cattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattc 439  Q
    || |||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||||| | | ||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  4361130 cactctgattgcaaataacactggtataacaaaagtacccttttcaattgtaagatcaaaacgcattggatttatttctttgtgtggatatgaaggattc 4361229  T
Q  440 tcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  4361230 tcacgtgatgtgtttccttctatcatttcgtcttggatgtcaccaacaa 4361278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 41 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 4124266 - 4123819
Alignment:
Q  41 atggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtactcgtgg 140  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||| | ||||||   |    
T  4124266 atggagcagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacacagacccctgacttttcatacttgcctaaccttgaaaagctggtactcaaag 4124167  T
Q  141 attgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcctgccaag 240  Q
    ||||||||||  ||| |||| | || ||||  |||||| |||| |||||| ||||| | || |||||| |||| |||| |||||| | || ||| |||||    
T  4124166 attgtccaaggctgtctgaggtatcccatacaattggacatcttaagaaagttcttttgataaatttgaaagattgtactagcctttctaaccttccaag 4124067  T
Q  241 aagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaacc 340  Q
    || ||| |||  |||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  4124066 aaacatttattcgttgaaatctctgaaaactctcattctatcgggatgtttaatgattgacaagttggaagaggagttggaacaaatggaatctttaacc 4123967  T
Q  341 attctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattct 440  Q
    | |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4123966 actctgattgcaaataatactgctataacaaaagtgcccttttcggtagtaaggtcaaaaagcattggatttatttctctgtgtggatatgaaggattct 4123867  T
Q  441 cacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    | || ||||| ||||| |||||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  4123866 ctcgtgatgtgtttccttctatcatttcgtcttggatgttaccaacaa 4123819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 35 - 488
Target Start/End: Original strand, 4335093 - 4335546
Alignment:
Q  35 cagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtac 134  Q
    |||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||    
T  4335093 cagaggatggagcagttgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctaacacagacccctgatttttcatacttgcctaatcttgaaaacctagtac 4335192  T
Q  135 tcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcct 234  Q
    ||   |||||||| ||  ||| |||| | || ||||  |||||| |||| |||||| ||||| | || |||||| |||| || |||||||| |||| |||    
T  4335193 tcaaagattgtccgaggctgtctgaggtatcccatacaattggacatcttaagaaagttcttttgataaatttgaaagattgcattagcctttgtaacct 4335292  T
Q  235 gccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatct 334  Q
     ||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  4335293 tccaagaaacatctatacgttgaagtctctgaaaactctcattctatcaggatgtttaaagattgacaagttggaagaggacttggaacaaatggaatct 4335392  T
Q  335 ttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaag 434  Q
    ||||||| ||| || ||| |||||||||  ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||    
T  4335393 ttaaccactctcatggcagataacactggtataacaaaagtgcccttttcagtagtaaagtcaaaaagcattggctatatctctttgtgtgggtatgaag 4335492  T
Q  435 gattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    ||||||| || ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||  ||||||||    
T  4335493 gattctcccgtgatgtgtttccttctataatttggtcttggatggtaccaacaa 4335546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 20 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 4133771 - 4133367
Alignment:
Q  20 acatttatgttctaacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatc 119  Q
    |||||| ||||||  |||| | ||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||  ||  |||| ||||| || |||||  || | |||||||    
T  4133771 acatttttgttcttgcagaggctggagaatctaaaatttctcaatcttagtcattctcattgtctagtacagaccccagatttttcacacatgcctaatc 4133672  T
Q  120 ttgaaaagttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtat 219  Q
    | |||||  || |||||   |||||||||||  ||| |||| |||| |||| ||||||  ||||| | ||| ||||  | || |||||| |||||||||     
T  4133671 tagaaaaactaatactcaaagattgtccaaggctgtctgaggtttcccataccattggtcatctccataaagttctcattataaatttgaaagactgtac 4133572  T
Q  220 tagcctatgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggactta 319  Q
    ||||||  ||| ||| ||||||| |||||||  |||||| ||||| |||||||| |||||||| || |||||||  |||||||| |||||||  |||||     
T  4133571 tagccttcgtaaccttccaagaaccatctattcgttgaaatctctgaaaactcttattctttctggctgtttaattattgacaaattggaag--gacttg 4133474  T
Q  320 gaacaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctc 419  Q
    ||||||||| | |||||||||| |||||| |   |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4133473 gaacaaatggagtctttaaccactctgattgtggataacactgcaataacaaaagtgcccttttcagtcgcaaggtcaaaaagcattgaatatatttctc 4133374  T
Q  420 tgtgtgg 426  Q
    | |||||    
T  4133373 tttgtgg 4133367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 35 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 6498859 - 6498410
Alignment:
Q  35 cagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtac 134  Q
    |||||| | ||||| || |||||||| |||||||||||||||||  |  ||||  ||||||| |||||| | ||||| |||||| |||||||| ||||||    
T  6498859 cagatgctagagaatcttaaaattcttaatcttagtcattctcagaatttgattgaaaccccagactttacgtacttgcctaatattgaaaagctagtac 6498760  T
Q  135 tcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcct 234  Q
    ||   || ||||||||||||| |  | | || ||||||||||||  ||||   ||| ||||  | |||||||||   ||||| | | | ||    | |||    
T  6498759 tcaaagactgtccaagtttgtctacggtctcccatagcattggatctctctgtaaacttctaatgattaatttgacggactgcactggtcttcaaaacct 6498660  T
Q  235 gccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatct 334  Q
     || |||||||||||||| || || |||||| ||||| | |||||||| || ||||  ||||||||||| ||||| |||||| | ||||| ||| ||||     
T  6498659 tccgagaagcatctataaattaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttccaagattgacaaattggaggaggacgtggaacagatggaatca 6498560  T
Q  335 ttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaag 434  Q
    || || |   |||| ||  |||| ||||| ||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |  |||| | | |||    
T  6498559 ttgacaaccttgattgcggataagactgctataacaaaagttcccttttcaatagtaagatcaaaaagcattggatacatttctttaggtggatttaaag 6498460  T
Q  435 gattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcacca 484  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||| ||||  |||||||||||||||||    
T  6498459 gattttcacgtgatgtatttccttctctcattcggtcttggatgtcacca 6498410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 239 - 484
Target Start/End: Original strand, 6651019 - 6651264
Alignment:
Q  239 agaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaa 338  Q
    |||||||| ||||| || || |||||| ||||| | |||||||| || ||||  ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||| |||| || |    
T  6651019 agaagcatatataaattaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttccaagattgacaaattggaggaggacttggaacagatggaatcattga 6651118  T
Q  339 ccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggatt 438  Q
      |   |||| ||  |||| ||||| ||||||||||| || |||| | ||||||| | || || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  6651119 aaaccttgattgcggataagactgctataacaaaagtgccgttttcaatagtaagattaagaaacattggatatatttctctatgtggctttgaaggatt 6651218  T
Q  439 ctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcacca 484  Q
     ||||| ||||||||||| | | || |  |||||||||||||||||    
T  6651219 ttcacgagatgtatttccttttctcgttcggtcttggatgtcacca 6651264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 236 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 6621639 - 6621419
Alignment:
Q  236 ccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctt 335  Q
    ||||||||||||||||| || || |||||| ||||| | |||||||| || ||||  | ||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||| |||| |    
T  6621639 ccaagaagcatctataaattaaaatctctagaaactttaattctttcaggatgttccatgattgacaaattggaggaggacttggaacagatggaatcat 6621540  T
Q  336 taaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaagg 435  Q
    | || |   |||| ||  |||| ||||| ||||||||||||||||||| | ||||| | || |||| |||||||||||||||| | ||||| | ||||||    
T  6621539 tgacaaccttgattgcggataagactgctataacaaaagttcccttttcaatagtacgatctaaaaacattggatatatttctttatgtggatttgaagg 6621440  T
Q  436 attctcacgcgatgtatttcc 456  Q
    ||| ||||| ||||| |||||    
T  6621439 attttcacgggatgtgtttcc 6621419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 241 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 6545575 - 6545332
Alignment:
Q  241 aagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaacc 340  Q
    |||||||||||| || || |||||| ||||| | ||||||||||| ||||  |||||| |||| ||||| |||||||| ||||| ||| |||| || |      
T  6545575 aagcatctataaattaaaatctctagaaactttgattctttcgggatgttccaagattaacaaattggaggaggacttggaacagatggaatcgttgaaa 6545476  T
Q  341 attctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattct 440  Q
    |   |||| ||  |||| ||||| ||||||||||| ||||||| | |||| || |  ||||||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| |    
T  6545475 accttgattgcggataagactgctataacaaaagtgcccttttcaatagttagattgaaaagcattggatatatttcttttcgtggctttgaaggatttt 6545376  T
Q  441 cacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcacca 484  Q
    |||| |||||||| || ||| ||||  |||||||| ||||||||    
T  6545375 cacgtgatgtattcccttctctcattcggtcttggctgtcacca 6545332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 46 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 7885713 - 7885322
Alignment:
Q  46 gaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtactcgtggattgt 145  Q
    ||||||||||||||| ||| | |||||||||||  || ||| ||| ||||| ||||||||  | || || ||||||||||||||| ||||   |||||||    
T  7885713 gaagctgaaaattcttaatttgagtcattctcacaacttgagacatacccccgacttttcaaaattgccaaatcttgaaaagttaatacttaaggattgt 7885614  T
Q  146 ccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcctgccaagaagca 245  Q
    || ||||||| |  | |||||  ||  || ||| ||||||| || |||||| | || |||||| |||| ||||   ||||  |    || ||||| ||||    
T  7885613 cccagtttgtcttcggtttcttctaatataggacatctcaaaaagattcttttaataaatttgaaagattgtacaggccttcgagaacttccaaggagca 7885514  T
Q  246 tctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaaccattct 345  Q
    | ||||||||  | || || ||||| |||||||| || || |||  ||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||   |    
T  7885513 tatataagttagactcgctgaaaacactcattctgtctggatgtacaaaaattgacaagttagaagaggatatagaacaaatgaaatctttaaccacctt 7885414  T
Q  346 gatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggat 437  Q
    | | ||  || ||||||| || |||| ||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  7885413 ggttgcggatgacactgctatcacaagagtgccctttgcagtagtaagatcaaaaagcattgcatttatttctctatgtggttataaaggat 7885322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 90 - 477
Target Start/End: Original strand, 6796590 - 6796977
Alignment:
Q  90 aaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaa 189  Q
    ||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||| |||||||     ||||||||||||||| |  | | || ||||||||||||  |||  | ||    
T  6796590 aaaccccagactttacatacttaccaaatcttgaaaagctagtactaaaaaattgtccaagtttgtctacggtctcccatagcattggatctctacataa 6796689  T
Q  190 aattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgt 289  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||| ||  | ||  | |  || ||||||||||||||||  || || |||||| ||||| | |||||||| || |||    
T  6796690 aattcttctcataaatttgacagactgcataggtcttcggaaacttccaagaagcatctatacattaaaatctctagaaactttgattctttctggatgt 6796789  T
Q  290 ttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtag 389  Q
       | |||||| || ||||| |||||||| ||||| ||| |||| || |  | | |||| ||| |||| ||| | || |||||||| || |||| | |||    
T  6796790 accatgattgaaaaattggaggaggacttggaacagatggaatcattgattactttgattgcagataagacttctatcacaaaagtgccattttcaatag 6796889  T
Q  390 taaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggat 477  Q
    |||| |  ||||  ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| |||||||| ||||| || ||| ||||  ||||||||||    
T  6796890 taagattgaaaaatattggatatatttctttttgtggctttgaaggattttcacgcgacgtattcccttctctcattcggtcttggat 6796977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 243 - 477
Target Start/End: Original strand, 6752916 - 6753150
Alignment:
Q  243 gcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaaccat 342  Q
    |||| ||||| || || |||||| ||||| | |||||||| || ||||  | ||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||| |||| || |  |     
T  6752916 gcatatataaattaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttccatgattgacaaattggaggaggacttggaacagatggaatcattgattac 6753015  T
Q  343 tctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctca 442  Q
      |||| ||  |||| ||||| ||||||||||| ||||||| | ||||||| |  ||||||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| |||    
T  6753016 cttgattgcggataagactgctataacaaaagtgcccttttcaatagtaagattgaaaagcattggatatatttcttttcgtggctttgaaggattttca 6753115  T
Q  443 cgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggat 477  Q
    || |||||||| || ||| ||||  ||||||||||    
T  6753116 cgtgatgtattcccttctctcattcggtcttggat 6753150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 236 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 6532364 - 6532116
Alignment:
Q  236 ccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctt 335  Q
    |||||||| || ||||| || || |||||| ||||  | |||||||| || ||||  |||||| |||| ||||| |||||| ||||||| ||| |||| |    
T  6532364 ccaagaagtatttataaattaaaatctctagaaaccttgattctttcaggatgttccaagattaacaaattggaggaggacatagaacagatggaatcgt 6532265  T
Q  336 taaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaagg 435  Q
    | || |   |||| ||  |||| ||||| ||| || |||| ||||||| | |||||||  |||||| ||||| |||||||||| | || |||| ||||||    
T  6532264 tgacaaccttgattgcggataagactgctatagcagaagtccccttttcaatagtaagaccaaaaaacattgaatatatttctatttgcggctttgaagg 6532165  T
Q  436 attctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcacca 484  Q
    ||| |||   ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||    
T  6532164 attttcaaatgatgtatttccttctatcattcggtcttggatgtcacca 6532116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 260 - 484
Target Start/End: Original strand, 6675676 - 6675900
Alignment:
Q  260 tctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataaca 359  Q
    |||||| ||||| | |||||||| || ||||  ||||||||||| ||||| |||||| | ||||| ||| ||||  | || |   |||| ||| |||| |    
T  6675676 tctctagaaactttgattctttctggatgttccaagattgacaaattggaggaggacgtggaacagatggaatcaatgacaaccttgattgcagataaaa 6675775  T
Q  360 ctgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatc 459  Q
    | || |||| |||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||||  || ||| | ||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||| ||    
T  6675776 cagctataataaaagttcccttttcaatagtaagatcaaagagcattggattcatctctttatgtggctttgaaggattttcacttgatgtatttccttc 6675875  T
Q  460 tatcatctggtcttggatgtcacca 484  Q
    | ||||   ||||||||||||||||    
T  6675876 tctcattaagtcttggatgtcacca 6675900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 236 - 480
Target Start/End: Original strand, 6728355 - 6728599
Alignment:
Q  236 ccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctt 335  Q
    ||||||| |||||| ||||| || |||||| ||||| | |||||||| || ||||  | ||||||||| ||||| |||||| | ||||| ||| |||| |    
T  6728355 ccaagaaacatctacaagttaaaatctctagaaactttgattctttcaggatgttccatgattgacaaattggaggaggacgtggaacagatggaatcat 6728454  T
Q  336 taaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaagg 435  Q
    | || |   |||| ||  |||| ||||| ||||||||||| || |||| | ||||||| |  ||||| ||||||||||||||| |  |||||| ||||||    
T  6728455 tgacaaccttgattgcggataagactgctataacaaaagtgccattttcaatagtaagattgaaaagtattggatatatttcttttcgtggctttgaagg 6728554  T
Q  436 attctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtc 480  Q
    ||| ||||| |||||||| || ||| |  | ||||||||||||||    
T  6728555 attttcacgtgatgtattcccttctcttgtttggtcttggatgtc 6728599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 354 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 6588210 - 6588084
Alignment:
Q  354 ataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatt 453  Q
    |||| ||||| || |||||||| || |||| | ||||||||   ||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||    
T  6588210 ataagactgccatcacaaaagtgccattttcaatagtaaggatgaaaagcattggatatatttctttttgtggctttgaaggattttcacgtgatgtatt 6588111  T
Q  454 tccatctatcatctggtcttggatgtc 480  Q
     || ||| ||||  |||||||||||||    
T  6588110 cccttctctcattcggtcttggatgtc 6588084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 236 - 484
Target Start/End: Original strand, 6815419 - 6815667
Alignment:
Q  236 ccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctt 335  Q
    |||||||||| |||||| || || |||||| ||||| | |||||||| || ||||  | |||||| || ||||| |||||||| ||||| ||| ||||||    
T  6815419 ccaagaagcaactataaattaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttccatgattgaaaaattggaggaggacttggaacagatggaatctt 6815518  T
Q  336 taaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaagg 435  Q
    | |  |   |||| ||  |||| ||||| |||| |||||| || |||| ||| ||||| |  ||||||||||||||||||||| |  |||||| ||||||    
T  6815519 tgattaccttgattgctgataagactgctataaaaaaagtgccattttcagtggtaagattgaaaagcattggatatatttctttaggtggctttgaagg 6815618  T
Q  436 attctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcacca 484  Q
    |||  |||| ||||||||| | ||| || |  | |||||||||||||||    
T  6815619 atttacacgtgatgtattttcttctctcgttcgctcttggatgtcacca 6815667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 293 - 488
Target Start/End: Original strand, 6758730 - 6758925
Alignment:
Q  293 aagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaa 392  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||| |||| || |  |   |||| ||  |||| |||||||||||  |||| ||| ||| | || |||    
T  6758730 aagattgacaaattggaggaggacttggaacagatggaatcattgattacattgattgcggataagactgcaataacggaagtacccatttcaatattaa 6758829  T
Q  393 ggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    | | |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||| ||| ||||||| | | ||||  ||||| |||||||||||||||    
T  6758830 gattaaaaagcattagatttatttctctgtgtggctttgaaggatttgcacgtgatatatttccttttgtcattcggtctaggatgtcaccaacaa 6758925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 35 - 155
Target Start/End: Original strand, 6772852 - 6772972
Alignment:
Q  35 cagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtac 134  Q
    |||||| | ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||| |  |||   ||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||    
T  6772852 cagatgctagagaatctaaaaattcttaatcttagtcattcccatgatttgaccgaaaccccagacttttcatacttgccgaatcttgaaaagctagtac 6772951  T
Q  135 tcgtggattgtccaagtttgt 155  Q
    ||  | |||||||||||||||    
T  6772952 tcaagaattgtccaagtttgt 6772972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 239 - 480
Target Start/End: Original strand, 6837226 - 6837467
Alignment:
Q  239 agaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaa 338  Q
    |||||||||||||  || || |||||| ||||| | |||||||| || ||||  | ||||||||| ||||| ||||| || | ||| ||| ||||| | |    
T  6837226 agaagcatctatacattaaaatctctacaaactttgattctttctggatgttccatgattgacaaattggaggaggatttggtacagatggaatctctta 6837325  T
Q  339 ccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggatt 438  Q
      |   |||| ||| |||| ||||| |||| ||||||||| |||| | |||||||    |||| |||||||||||||||| |  | |||| |||||||||    
T  6837326 ttaccttgattgcagataagactgctataaaaaaagttccattttcaatagtaagaatgaaaaacattggatatatttctttaagcggctttgaaggatt 6837425  T
Q  439 ctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtc 480  Q
     ||||| |||||||| || ||| ||||  | |||||||||||    
T  6837426 ttcacgtgatgtattcccttctctcattcgctcttggatgtc 6837467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 113 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 6532487 - 6532384
Alignment:
Q  113 cctaatcttgaaaagttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaag 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||   || ||||||||||||| || | | || ||||||||||||  |||| | ||| ||||||| || ||||||  ||    
T  6532487 cctaatcttgaaaagttagtactcaaagactgtccaagtttgtctgcggtctcccatagcattggatctctccaaaaacttcttctgataaatttgacag 6532388  T
Q  213 actg 216  Q
    ||||    
T  6532387 actg 6532384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 398 - 453
Target Start/End: Original strand, 6822802 - 6822857
Alignment:
Q  398 aaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatt 453  Q
    ||||||||||||||||||||| | || |||| ||||||||| ||||| ||||||||    
T  6822802 aaaagcattggatatatttctttatgcggctttgaaggattttcacgtgatgtatt 6822857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 53 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 6588511 - 6588437
Alignment:
Q  53 aaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaag 127  Q
    |||||||| ||||||||||||||||   |  |||   ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6588511 aaaattcttaatcttagtcattctctagatttgactgaaaccccagacttttcctacttacctaatcttgaaaag 6588437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 53 - 127
Target Start/End: Original strand, 6728172 - 6728246
Alignment:
Q  53 aaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaag 127  Q
    |||||||| ||||||||||||||||   |  |||   ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6728172 aaaattcttaatcttagtcattctctggatttgactgaaaccccagacttttcctacttacctaatcttgaaaag 6728246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0294 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: scaffold0294
Description:

Target: scaffold0294; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 46 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 9222 - 8780
Alignment:
Q  46 gaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtactcgtggattgt 145  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||| |||||||| || || ||||||||||||||| ||||||||   ||||||    
T  9222 gaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattatttgatgcataccccagacttttcatatttgcctaatcttgaaaagctagtactcaaagattgt 9123  T
Q  146 ccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcctgccaagaagca 245  Q
    ||||  |||   ||| ||||||||| |||||||||||||    |||| ||||| ||  |||||||||| ||| |||||||  ||||||| ||||||||||    
T  9122 ccaatgttgaccgaggtttctcataccattggagatctcggtgaaatacttctaatagatttggaagattgtgttagccttcgtagccttccaagaagca 9023  T
Q  246 tctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaaccattct 345  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |||    
T  9022 tctataagttgaaatctctgaaaactctcattctttctgggtgtataatgattgacaagttggaagaggacatagaacagatggaatctttaaccactct 8923  T
Q  346 gatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgc 445  Q
    | | ||| ||||||||||| |||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||     
T  8922 gcttgcagataacactgcattaacaagagtgcccttttcaatagtaaggtcaaaaagtattgtatatatttctttgtgcggccatgaaggattctcacgt 8823  T
Q  446 gatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    ||||| ||||||||||||||   |||||||||||| |||||||    
T  8822 gatgtgtttccatctatcattaagtcttggatgtctccaacaa 8780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 17 - 488
Target Start/End: Original strand, 8877339 - 8877810
Alignment:
Q  17 atcacatttatgttctaacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttaccta 116  Q
    |||| |||||||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| | |||| |||||| || |||||||   |||| ||||    
T  8877339 atcaaatttatgttcttgcagaggatggagaagctaaaaattctcaatcttagccactctcatcatctgacacaaactccagactttttaaacttgccta 8877438  T
Q  117 atcttgaaaagttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactg 216  Q
    ||||||||||| ||||||||   |||||||| || |||   |||||||| ||||  || |||  ||| || ||| ||||| | || ||||||||||| ||    
T  8877439 atcttgaaaagctagtactcaaagattgtccgaggttgatagagatttcgcatactataggacttctgaataaagttcttttgataaatttggaagattg 8877538  T
Q  217 tattagcctatgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggac 316  Q
    |||||||||  | ||||| |||||||| || || |||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  8877539 tattagccttcggagccttccaagaagtatatacaagttgaaatctctaaaatctctcattctttctgggtgttcaatgattgacaagttggaggaggac 8877638  T
Q  317 ttagaacaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatattt 416  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| || ||| || |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8877639 ttagaacagatgaaatctttaaccactctgcttgcaaataacactgcaataaaaagagtaccattttcattagtaaggtcaaaaagcattggatatattt 8877738  T
Q  417 ctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    || |||| |||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8877739 ctttgtgcggctatgaaggattttcgcgtgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaacaa 8877810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 395 - 486
Target Start/End: Original strand, 20838740 - 20838831
Alignment:
Q  395 tcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaac 486  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||  ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  20838740 tcaaaaagcattggatatatatcactatgtggatatgaaggattatcacatgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 20838831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 398 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 12599142 - 12599054
Alignment:
Q  398 aaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaac 486  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| |||  ||||||||||||||||||||    
T  12599142 aaaagcattggatatatatccttgtgtggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcaattggtcttggatgtcaccaac 12599054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 395 - 486
Target Start/End: Original strand, 20812385 - 20812476
Alignment:
Q  395 tcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaac 486  Q
    ||||||||||||| |||||| || || ||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  20812385 tcaaaaagcattgcatatatatcactatgtggatacgaaggattatcacgtgatgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 20812476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 395 - 484
Target Start/End: Original strand, 15803019 - 15803108
Alignment:
Q  395 tcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcacca 484  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| ||||  ||||| ||||| ||| ||||  |||||||||| ||||||    
T  15803019 tcaaaaagcattggatatatatctctatgtggatataaaggattatcacatgatgtttttccttctctcattaggtcttggatatcacca 15803108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 266 - 312
Target Start/End: Original strand, 20812256 - 20812302
Alignment:
Q  266 aaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaaga 312  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  20812256 aaaactcttattctttctggttgttcaaagattgagaagttggaaga 20812302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 398 - 488
Target Start/End: Original strand, 30417931 - 30418021
Alignment:
Q  398 aaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    ||||||||||  ||||| || |||||||| | |||||||||  |||| ||||| ||||| | | ||||  |||||||||||||||||||||    
T  30417931 aaaagcattgtttatatatccctgtgtggatttgaaggatttgcacgtgatgtttttccttgtctcatacggtcttggatgtcaccaacaa 30418021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 20 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 36214177 - 36213709
Alignment:
Q  20 acatttatgttctaacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatc 119  Q
    |||||| ||||||  |||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | || || || |||||  || | ||||| |    
T  36214177 acatttctgttcttgcagaggctggaaaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattatctgacaaagactccagatttttcaaacatgcctaacc 36214078  T
Q  120 ttgaaaagttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtat 219  Q
    |||||||  ||||||||   ||||||||||| |||| |||| |||| || || |||||| ||||||| ||| ||||||| || ||||||||||| |||||    
T  36214077 ttgaaaaactagtactcacagattgtccaagattgtctgaggtttcccacagtattggacatctcaataaagttcttctaataaatttggaagattgtat 36213978  T
Q  220 tagcctatgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggactta 319  Q
    ||||||    ||||| || | | | ||||||||||| || |  || ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| |||||||||||| |     
T  36213977 tagccttcaaagccttcctaaaggtatctataagttaaaattacttaaaactctcattctttctggatgttcaaagattgacaaattggaagaggacatg 36213878  T
Q  320 gaacaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctc 419  Q
    ||||| ||| ||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||||| || |||||||| |  ||||| |||     
T  36213877 gaacagatggaatctttaaccaccttgattgcaaataacactgcaataacaagagtgccattttcagtagtaagatctaaaagcatcgcttatatatctt 36213778  T
Q  420 tgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36213777 tgtgcggctatgaaggattctcacatgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaacaa 36213709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 48 - 488
Target Start/End: Original strand, 18935147 - 18935587
Alignment:
Q  48 agctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtactcgtggattgtcc 147  Q
    |||||||  |||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||  |||| || ||||||||||||||| |||||   ||||| ||    
T  18935147 agctgaagtttcttaatcttagtcattctcataacctgagacaaaccccgaacttttcaaacttgccgaatcttgaaaagttaatactcaaagattgccc 18935246  T
Q  148 aagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcctgccaagaagcatc 247  Q
    ||||||||    | |||||||||| || |||  |||||||||||||||| | || |||||| |||||||||   |||| |||   || ||||||||||||    
T  18935247 aagtttgtcctcggtttctcatagtataggacttctcaagaaaattcttttaataaatttgaaagactgtacaggcctttgtgaacttccaagaagcatc 18935346  T
Q  248 tataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaaccattctga 347  Q
    ||||| ||  | ||  | ||| |||||||| | || || |||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||  |||     
T  18935347 tataaattagagtcggtcaaagctctcattttatctggatgtacaaaaattgacaagttggaagaggacatagaacagatgacatctttgaccaccctgg 18935446  T
Q  348 tcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcga 447  Q
    | ||  |||| |||||  |||||| ||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| | |||||||||  ||||  |    
T  18935447 ttgcggataagactgctgtaacaagagtgccctttgcagtagtaagatcaaaaagcattggatttatttcactgtgtggatttgaaggattagcacgtaa 18935546  T
Q  448 tgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    ||| ||||| || || ||   |||||||||||| |||||||    
T  18935547 tgtgtttccttcaattattcagtcttggatgtctccaacaa 18935587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 48 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 34724906 - 34724516
Alignment:
Q  48 agctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaaagttagtactcgtggattgtcc 147  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||| |||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||   ||||||||    
T  34724906 agctgaaatttcttaatcttagtcattctcataacttgaaacaaacaccagacttttcatacttgccaaatcttgaaaagttaatactcaaagattgtcc 34724807  T
Q  148 aagtttgtg-tgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcctgccaagaagcat 246  Q
    || |||||  | || |||||| ||  || ||| ||||||||||||||||  | || |||||| |||||||||   |||| |||   || |||||||||||    
T  34724806 aaatttgtcctcag-tttctcctaatataggaaatctcaagaaaattctattgataaatttgaaagactgtacaggcctttgtgagcttccaagaagcat 34724708  T
Q  247 ctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaaccattctg 346  Q
    |||||| ||||| ||  |||||||||||||| | || || |||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||     
T  34724707 ctataaattgaagtcagtaaaaactctcattgtgtctggatgtacaaaaattgacaagttggaagaggacatagaacaaatgacttctttgaccattcta 34724608  T
Q  347 atcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggatt 438  Q
     | ||  |||| ||| |  ||||||  ||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||| |||||| || ||||| | |||||||||    
T  34724607 gttgcggataagacttctgtaacaagggttccatttgcagtagtaagatcaaaaagcattggatttatttcactttgtggatttgaaggatt 34724516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 26 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 47987194 - 47986752
Alignment:
Q  26 atgttctaacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaa 125  Q
    |||||||  |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | || || ||  ||||||||  || | |||||||| ||||    
T  47987194 atgttcttgcagaagatggaaaagctaaaaattctcaatcttagtcattctcattatctcacacgaagccttgacttttcaaacatgcctaatctcgaaa 47987095  T
Q  126 agttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcct 225  Q
    || ||||||||   ||||| ||||  || | ||||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  47987094 agctagtactcaaagattgcccaatgttatctgagatttctcctagcattggacatctcgacaaaattcttctgataaatttggaagactgtattagcct 47986995  T
Q  226 atgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaa 325  Q
    ||||||||| ||||||||||  || || || || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||    
T  47986994 atgtagcctcccaagaagcacatacaaattaaaatctctaaaaactctcattctttctggctgtttaaagattaacaagttggaagaggacatggaataa 47986895  T
Q  326 atgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtg 425  Q
    |||||||||||||| | | || | |||||||||||||| ||||||| ||| || || | |||||| ||||||                     ||||| |    
T  47986894 atgaaatctttaactactttggttgcaaataacactgcgataacaagagtgcctttatcagtagtgaggtca--------------------cctgtgcg 47986815  T
Q  426 gctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  47986814 gctatgaaggattttcacgtgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaacaa 47986752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 26 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 47996481 - 47996039
Alignment:
Q  26 atgttctaacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaa 125  Q
    |||||||  |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | || || ||  ||||||||  || | |||||||| ||||    
T  47996481 atgttcttgcagaagatggaaaagctaaaaattctcaatcttagtcattctcattatctcacacgaagccttgacttttcaaacatgcctaatctcgaaa 47996382  T
Q  126 agttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcct 225  Q
    || ||||||||   ||||| ||||  || | ||||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  47996381 agctagtactcaaagattgcccaatgttatctgagatttctcctagcattggacatctcgacaaaattcttctgataaatttggaagactgtattagcct 47996282  T
Q  226 atgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaa 325  Q
    ||||||||| ||||||||||  || || || || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||    
T  47996281 atgtagcctcccaagaagcacatacaaattaaaatctctaaaaactctcattctttctggctgtttaaagattaacaagttggaagaggacatggaataa 47996182  T
Q  326 atgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtg 425  Q
    |||||||||||||| | | || | |||||||||||||| ||||||| ||| || || | |||||| ||||||                     ||||| |    
T  47996181 atgaaatctttaactactttggttgcaaataacactgcgataacaagagtgcctttatcagtagtgaggtca--------------------cctgtgcg 47996102  T
Q  426 gctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  47996101 gctatgaaggattttcacgtgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaacaa 47996039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 26 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 48005768 - 48005326
Alignment:
Q  26 atgttctaacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaa 125  Q
    |||||||  |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | || || ||  ||||||||  || | |||||||| ||||    
T  48005768 atgttcttgcagaagatggaaaagctaaaaattctcaatcttagtcattctcattatctcacacgaagccttgacttttcaaacatgcctaatctcgaaa 48005669  T
Q  126 agttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcct 225  Q
    || ||||||||   ||||| ||||  || | ||||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  48005668 agctagtactcaaagattgcccaatgttatctgagatttctcctagcattggacatctcgacaaaattcttctgataaatttggaagactgtattagcct 48005569  T
Q  226 atgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaa 325  Q
    ||||||||| ||||||||||  || || || || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||    
T  48005568 atgtagcctcccaagaagcacatacaaattaaaatctctaaaaactctcattctttctggctgtttaaagattaacaagttggaagaggacatggaataa 48005469  T
Q  326 atgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtg 425  Q
    |||||||||||||| | | || | |||||||||||||| ||||||| ||| || || | |||||| ||||||                     ||||| |    
T  48005468 atgaaatctttaactactttggttgcaaataacactgcgataacaagagtgcctttatcagtagtgaggtca--------------------cctgtgcg 48005389  T
Q  426 gctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  48005388 gctatgaaggattttcacgtgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaacaa 48005326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 26 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 48015053 - 48014611
Alignment:
Q  26 atgttctaacagatgatggagaagctgaaaattctcaatcttagtcattctcattacctgatacaaaccccggacttttcttacttacctaatcttgaaa 125  Q
    |||||||  |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | || || ||  ||||||||  || | |||||||| ||||    
T  48015053 atgttcttgcagaagatggaaaagctaaaaattctcaatcttagtcattctcattatctcacacgaagccttgacttttcaaacatgcctaatctcgaaa 48014954  T
Q  126 agttagtactcgtggattgtccaagtttgtgtgagatttctcatagcattggagatctcaagaaaattcttctcattaatttggaagactgtattagcct 225  Q
    || ||||||||   ||||| ||||  || | ||||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  48014953 agctagtactcaaagattgcccaatgttatctgagatttctcctagcattggacatctcgacaaaattcttctgataaatttggaagactgtattagcct 48014854  T
Q  226 atgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaa 325  Q
    ||||||||| ||||||||||  || || || || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||    
T  48014853 atgtagcctcccaagaagcacatacaaattaaaatctctaaaaactctcattctttctggctgtttaaagattaacaagttggaagaggacatggaataa 48014754  T
Q  326 atgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtg 425  Q
    |||||||||||||| | | || | |||||||||||||| ||||||| ||| || || | |||||| ||||||                     ||||| |    
T  48014753 atgaaatctttaactactttggttgcaaataacactgcgataacaagagtgcctttatcagtagtgaggtca--------------------cctgtgcg 48014674  T
Q  426 gctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  48014673 gctatgaaggattttcacgtgatgtgtttccatctatcatttggtcttggatgtcaccaacaa 48014611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 387 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 32411184 - 32411083
Alignment:
Q  387 tagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaac 486  Q
    ||||||| || |||||||| | |||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||  || |||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||||    
T  32411184 tagtaagatcgaaaagcatcgcatatatatctctatgtggatatgaaggattatcacatgaagtatttccctctctcatttggtcttagatgtcaccaac 32411085  T
Q  487 aa 488  Q
    ||    
T  32411084 aa 32411083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 395 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 6905899 - 6905806
Alignment:
Q  395 tcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    |||||||||||||  ||||| || || || || ||||||||||| ||||| ||| | ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  6905899 tcaaaaagcattgtgtatatatccctatgcggatatgaaggattatcacgtgatatttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaacaa 6905806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 115; Significance: 4e-58; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 192 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 22584390 - 22584092
Alignment:
Q  192 ttcttctcattaatttggaagactgtattagcctatgtagcctgccaagaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgttt 291  Q
    ||||||| || |||||| |||||||| | ||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||| || ||||     
T  22584390 ttcttctaataaatttgcaagactgtttaagcctttgtagcctcccaagaaacatctacaagttgaaatctttgaaaactctcattctttctggctgtta 22584291  T
Q  292 aaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagta 391  Q
    |||  || | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||| | |||||| | |||||||||| |||||| || |||| | || |     
T  22584290 aaaactttataagttggaagaggacttggaacaaatggaatctttaaccactctgcttgcaaatgaaactgcaataaaaaaagtgccattttcaatattt 22584191  T
Q  392 aggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaagt 490  Q
    ||||||||||  ||| | || |||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||    
T  22584190 aggtcaaaaactatttggtacatttctttgtgtggctatgaaggactcttaagcgatgtagttccatctatgatttggtcttggatgtcatcaacaagt 22584092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0813 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0813
Description:

Target: scaffold0813; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 239 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 4955 - 4710
Alignment:
Q  239 agaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaa 338  Q
    |||||||| ||||| || || |||||| ||||| | |||||||| || ||||  ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||| |||| || |    
T  4955 agaagcatatataaattaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttccaagattgacaaattggaggaggacttggaacagatggaatcattga 4856  T
Q  339 ccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggatt 438  Q
      |   |||| ||  |||| ||||| ||||||||||| || |||| | ||||||| | || || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  4855 aaaccttgattgcggataagactgctataacaaaagtgccgttttcaatagtaagattaagaaacattggatatatttctctatgtggctttgaaggatt 4756  T
Q  439 ctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcacca 484  Q
     ||||| ||||||||||| | | || |  |||||||||||||||||    
T  4755 ttcacgagatgtatttccttttctcgttcggtcttggatgtcacca 4710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 269 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 3286734 - 3286516
Alignment:
Q  269 actctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaataa 368  Q
    |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||  || ||| |||| || || |  ||||| |||||||| || ||  | |    
T  3286734 actctcatcctttctggttgttcaaagattgacaagttggaagaagacatagtgcagatggaatccttgacaacactgattgcaaataatacagctgtta 3286635  T
Q  369 caaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctg 468  Q
     | |||| ||||||| | | ||||| |||||||||||  ||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||  ||||| |||| |||| ||||  |    
T  3286634 aagaagtgcccttttcaattgtaagatcaaaaagcatcagatatatatccctatgtggatatgaaggattatcacatgatgtttttcaatctctcattag 3286535  T
Q  469 gtcttggatgtcaccaaca 487  Q
    |||||||||||||||||||    
T  3286534 gtcttggatgtcaccaaca 3286516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 387 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 3262727 - 3262629
Alignment:
Q  387 tagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaac 486  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3262727 tagtaagatcaaaaagcattggatatatatccctatgtggatatga-ggattttcacgtgatgtttttccctctatcatttggtcttggatgtcaccaac 3262629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 397 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 3325091 - 3325003
Alignment:
Q  397 aaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaa 485  Q
    |||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||| | |||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  3325091 aaaaagcattggatatatatccctctgtggatatgaaggactatcacacgatgtttttccttctatcatttggtcttggatgtcaccaa 3325003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 395 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 3391629 - 3391536
Alignment:
Q  395 tcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||   |||| ||||| ||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  3391629 tcaaaaagcattggatatatatctctatgtggatatgaaggattatcacatcatgtttttccttctctcattaggtcttggatgtcaccaacaa 3391536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 266 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 7164874 - 7164654
Alignment:
Q  266 aaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaaccattctgatcgcaaataacactgcaa 365  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| | |||||||||| ||| ||   || |||||||| || || |  |||||||||||| | || ||      
T  7164874 aaaactctcatcctttctggttgttcaaagattgcctagttggaagaagacataatgcagatgaaatccttgacaacactgatcgcaaatgatacagctg 7164775  T
Q  366 taacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcat 465  Q
    ||| | |||| |||| |||| ||||||| |||||||||||||||||  | || || ||| | |||||||| || ||  | ||||| ||||| ||| | ||    
T  7164774 taaaagaagtgccctgtttattagtaagatcaaaaagcattggatacttatccctatgtagatatgaagggttatcctgtgatgtttttccttctcttat 7164675  T
Q  466 ctggtcttggatgtcaccaac 486  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  7164674 ttggtcttggatgtcaccaac 7164654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 395 - 486
Target Start/End: Original strand, 31175955 - 31176046
Alignment:
Q  395 tcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaac 486  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||| | || || ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  31175955 tcaaaaagcattgcatatatatctctatgtggatatgaaggattatcatgtgacgtttttccttctctcatttggtcttggatgtcaccaac 31176046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 395 - 485
Target Start/End: Original strand, 3314966 - 3315056
Alignment:
Q  395 tcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaa 485  Q
    ||||||| |||||||||||| || || ||||  |||||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  3314966 tcaaaaaacattggatatatatccctatgtgaatatgaaggtttatcacgtgatgtttttccttctatcatttggtcttggatgtcaccaa 3315056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 395 - 488
Target Start/End: Original strand, 3364277 - 3364370
Alignment:
Q  395 tcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||   |||| ||||| ||| ||||  |||||||||| ||||||||||    
T  3364277 tcaaaaagcattggatatatatctctatgtggatatgaaggattatcacatcatgtttttccttctctcattaggtcttggatatcaccaacaa 3364370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 411 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 3407400 - 3407323
Alignment:
Q  411 atatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    |||| ||||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3407400 atatatctctatgtggatatcaaggattatcacgtgatgtttttccttctatcatttggtcttggatgtcaccaacaa 3407323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 395 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 3398613 - 3398522
Alignment:
Q  395 tcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaac 486  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||| ||||||| ||    ||||| ||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  3398613 tcaaaaagcattgcatatatatctctatgtggatataaaggattatcgtctgatgtttttccttctctcatttggtcatggatgtcaccaac 3398522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 398 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 3267288 - 3267198
Alignment:
Q  398 aaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||   ||||| ||||  ||||| ||   ||||||||||||||||||||    
T  3267288 aaaagcatcggatatatatctctatgtggatatgaaggattatcagaagatgtttttcattctattattcagtcttggatgtcaccaacaa 3267198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 266 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 3398742 - 3398696
Alignment:
Q  266 aaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaaga 312  Q
    |||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  3398742 aaaactctcattatttctggttgttcaaagattgacaaattggaaga 3398696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 267 - 312
Target Start/End: Original strand, 3364149 - 3364194
Alignment:
Q  267 aaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaaga 312  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  3364149 aaactctcatcctttctggttgttcaaagattgacaaattggaaga 3364194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 267 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 3391757 - 3391712
Alignment:
Q  267 aaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaaga 312  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  3391757 aaactctcatcctttctggttgttcaaagattgacaaattggaaga 3391712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0286 (Bit Score: 54; Significance: 9e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0286
Description:

Target: scaffold0286; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 239 - 456
Target Start/End: Original strand, 6611 - 6828
Alignment:
Q  239 agaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaa 338  Q
    |||||||| ||||| || || |||||| ||||| | |||||||| || ||||  ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||| |||| || |    
T  6611 agaagcatatataaattaaaatctctagaaactttgattctttctggatgttccaagattgacaaattggaggaggacttggaacagatggaatcattga 6710  T
Q  339 ccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggatt 438  Q
      |   |||| ||  |||| ||||| ||||||||||||||||||| | ||||| | || |||| |||||||||||||||| | ||||| | |||||||||    
T  6711 aaaccttgattgcggataagactgctataacaaaagttcccttttcaatagtacgatctaaaaacattggatatatttctttatgtggatttgaaggatt 6810  T
Q  439 ctcacgcgatgtatttcc 456  Q
     ||||| ||||| |||||    
T  6811 ttcacgggatgtgtttcc 6828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0468 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0468
Description:

Target: scaffold0468; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 395 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 6239 - 6146
Alignment:
Q  395 tcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggattctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtcaccaacaa 488  Q
    |||||||||||||  ||||| || || || || ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||  | || ||||||||||||||||||||||    
T  6239 tcaaaaagcattgtgtatatatccctatgcggatatgaaggattatcacgtgatgtttttccttcccttatttggtcttggatgtcaccaacaa 6146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0373 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0373
Description:

Target: scaffold0373; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 239 - 480
Target Start/End: Original strand, 9642 - 9883
Alignment:
Q  239 agaagcatctataagttgaattctctaaaaactctcattctttcgggttgtttaaagattgacaagttggaagaggacttagaacaaatgaaatctttaa 338  Q
    |||||||||||||  || || |||||| ||||| | |||||||| || ||||  | ||||||||| ||||| ||||| || | ||| ||| ||||| | |    
T  9642 agaagcatctatacattaaaatctctacaaactttgattctttctggatgttccatgattgacaaattggaggaggatttggtacagatggaatctctta 9741  T
Q  339 ccattctgatcgcaaataacactgcaataacaaaagttccctttttagtagtaaggtcaaaaagcattggatatatttctctgtgtggctatgaaggatt 438  Q
      |   |||| ||| |||| ||||| |||| ||||||||| |||| | |||||||    |||| |||||||||||||||| |  | |||| |||||||||    
T  9742 ttaccttgattgcagataagactgctataaaaaaagttccattttcaatagtaagaatgaaaaacattggatatatttctttaagcggctttgaaggatt 9841  T
Q  439 ctcacgcgatgtatttccatctatcatctggtcttggatgtc 480  Q
     ||||| |||||||| || ||| ||||  | |||||||||||    
T  9842 ttcacgtgatgtattcccttctctcattcgctcttggatgtc 9883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University