View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1289_low_8 (Length: 457)

Name: NF1289_low_8
Description: NF1289
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1289_low_8
NF1289_low_8
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (9-448)||(909701-910140)
chr1 (31-448)||(936451-936874)
chr1 (14-446)||(924236-924668)
chr1 (26-448)||(419479-419904)
chr1 (26-448)||(975257-975682)
chr1 (28-448)||(960332-960758)
chr1 (19-446)||(916185-916612)
chr1 (28-448)||(942371-942797)
chr1 (35-448)||(971641-972060)
chr1 (28-448)||(949360-949786)
[»] scaffold0312 (1 HSPs)
scaffold0312 (26-448)||(10667-11092)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 432; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 910140 - 909701
Alignment:
Q  9 gaagaagatggaattggtgtttttacttggaaaaccaaacaacttgaccctgttgtaggatgtggcaaactggaaaagttccttgttgaactttgagcac 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  910140 gaagaagatggaattggtgtttttacttggaaaaccaaacaacttgaccctgttgtaggatgtggcaaactggaaaagttccttgttgaactttgagcac 910041  T
Q  109 ttgaaaagccaaatgtttagggctccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagag 208  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  910040 ttgaaaagccaaatgtttaaggctccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagag 909941  T
Q  209 taaactttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaactgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattgttctctcccattttcttcactc 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  909940 taaactttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaactgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattgttctctcccattttcttcactc 909841  T
Q  309 cgtttgctattacatattgttgtaaaccactttctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccat 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  909840 cgtttgctattacatattgttgtaaaccactttctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaatcat 909741  T
Q  409 agattccaatgatgtcacacaaagcttttcctctcctttg 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  909740 agattccaatgatgtcacacaaagcttttcctctcctttg 909701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 31 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 936874 - 936451
Alignment:
Q  31 ttacttggaaaaccaaacaacttgaccctgttgtaggatgtggcaaactggaaaagttccttgttgaactttgagcacttgaaaagccaaatgtttaggg 130  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||| ||||  | |||| ||| |||||||||| ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  936874 ttacttggaaacccaaacaacatgatcctgaggaaggaagtgacaaactggaacagttccaggttgaacattgagcacttgaaaagccaaatgtttagga 936775  T
Q  131 ctccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctgttt 230  Q
     |||||||||||||||||| ||| || | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  936774 ttccattgtgaagtatcagtgtgacacacagcaacagctttaactctacttccatcaacaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgaatcagttt 936675  T
Q  231 tgtgacagtaaaaaactgcataagggtaattccgtttgtggcac---acaaccaaattgttctctcccattttcttcactccgtttgctattacatattg 327  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||   ||| |   ||| || ||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||     
T  936674 tatgacagtaaaaaactgcataagggtaactctctttgtgacacactacagctttattcttttctcccaatttcttcacaccttttgccattacatattc 936575  T
Q  328 ttgtaa---accactttctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatgtc 424  Q
    ||| ||   ||  ||||||   || ||||||||||||||||  || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  936574 ttgcaagtcactgctttcttttttcacttctgttgaaacagcttcgacattgtttccaagtttcgaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatgtt 936475  T
Q  425 acacaaagcttttcctctcctttg 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  936474 acacaaagcttttcctctcctttg 936451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 14 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 924668 - 924236
Alignment:
Q  14 agatggaattggtgtttttacttggaaaaccaaacaacttgaccctgttgtaggatgtggcaaactggaaaagttccttgttgaactttgagcacttgaa 113  Q
    ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||  |||||| |||||| |||||||    
T  924668 agatgaaattggtggttttattttgaaaaccaaacaacatgaccctgtggtaagaagtggcaaactggaacagttccaggttgaattttgagtacttgaa 924569  T
Q  114 aagccaaatgtttagggctccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaac 213  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||| ||||| | |||||||    
T  924568 aagccaaatgtttaggactccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactttggttccatcaacaccttccataggcaaatagtaaac 924469  T
Q  214 tttagttgcatctgttttgtgacagtaaaaaactgcataagggtaattccgtttg-tggcacacaaccaaattgttctctcccattttcttcactccgtt 312  Q
    ||||||||||  |  ||||||||| ||||| |||| ||| || ||| ||| || | ||||||||||| |  |||||||| ||||  ||||| ||||| ||    
T  924468 tttagttgcacgtagtttgtgacaataaaacactgtatatggataa-tccattggatggcacacaacaattttgttctcacccaacttcttaactccttt 924370  T
Q  313 tgctattacatattgttgtaaaccactttctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagat 412  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||||||||   || ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||     
T  924369 tgctattatatattgttgtatatcactttctttgttcacttctgttgaaacagcttcaacattgtttccaagcttagaagtagtgaaatcaaccattgac 924270  T
Q  413 tccaatgatgtcacacaaagcttttcctctcctt 446  Q
    || |||||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  924269 tctaatgatgttacacaactcttttcctctcctt 924236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 26 - 448
Target Start/End: Original strand, 419479 - 419904
Alignment:
Q  26 tgtttttacttggaaaaccaaacaacttgaccctgttgtaggatgtggcaaactggaaaagttccttgttgaactttgagcacttgaaaagccaaatgtt 125  Q
    ||||| ||||||  || ||||||||| ||| |||   |||||| ||| |||||||||| ||| ||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  419479 tgtttctacttgcgaatccaaacaacatgatcctcaggtaggaggtgacaaactggaacagtcccaggttgaactttgagtacttgaaatgccaaatgtt 419578  T
Q  126 tagggctccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatc 225  Q
    | ||| |||||| ||| ||||||| ||| || | ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  419579 ttgggttccattctgatgtatcagtgtgacacacagcaatagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacagagtaagctttagttgtatc 419678  T
Q  226 tgttttgtgacagtaaaaaactgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattg---ttctctcccattttcttcactccgtttgctattaca 322  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||    |||   ||||| ||||  |||||||||||   |||||||  |    
T  419679 tgttttgtgacagtaaaacactgcataagggtaattctctttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttcttcactccagatgctattgta 419778  T
Q  323 tattgttgtaaaccactttctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatg 422  Q
    ||||||||||||  |||||||   || ||||||||||||||||  |||||||| || ||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  419779 tattgttgtaaattactttctttgttcacttctgttgaaacagcctcaacatttttaccaagtttagaagtagtgaaatcaaccatagactccaatgatg 419878  T
Q  423 tcacacaaagcttttcctctcctttg 448  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||    
T  419879 ttacacaaaccttttcctctcctttg 419904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 26 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 975682 - 975257
Alignment:
Q  26 tgtttttacttggaaaaccaaacaacttgaccctgttgtaggatgtggcaaactggaaaagttccttgttgaactttgagcacttgaaaagccaaatgtt 125  Q
    ||||| ||||||  || ||||||||| ||| |||   |||||| ||| |||||||||| ||| ||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  975682 tgtttctacttgcgaatccaaacaacatgatcctcaggtaggaggtgacaaactggaacagtcccaggttgaactttgagtacttgaaatgccaaatgtt 975583  T
Q  126 tagggctccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatc 225  Q
    | ||| |||||| ||| ||||||| ||| || | ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  975582 ttgggttccattctgatgtatcagtgtgacacacagcaatagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacagagtaagctttagttgtatc 975483  T
Q  226 tgttttgtgacagtaaaaaactgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattg---ttctctcccattttcttcactccgtttgctattaca 322  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||    |||   ||||| ||||  |||||||||||   |||||||  |    
T  975482 tgttttgtgacagtaaaacactgcataagggtaattctctttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttcttcactccagatgctattgta 975383  T
Q  323 tattgttgtaaaccactttctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatg 422  Q
    ||||||||||||  |||||||   || ||||||||||||||||  |||||||| || ||||| ||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  975382 tattgttgtaaattactttctttgttcacttctgttgaaacagcctcaacatttttaccaagtttagaagtcgtgaaatcaaccatagactccaatgatg 975283  T
Q  423 tcacacaaagcttttcctctcctttg 448  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||    
T  975282 ttacacaaaccttttcctctcctttg 975257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 28 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 960758 - 960332
Alignment:
Q  28 tttttacttggaaaaccaaacaacttgaccctgttgtaggatgtggcaaactggaaaagttccttgttgaactttgagcacttgaaaagccaaatgttta 127  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||| | |||||||| ||||  |||| ||| ||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||    
T  960758 ttttcacttggaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcacataaaaagccaaatgttta 960659  T
Q  128 gggctccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctg 227  Q
    ||  |||||| ||| ||||||| ||| |||| ||||| || ||||||  |  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |    
T  960658 ggattccattctgatgtatcagtgtgacaaacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaaacttcagttgaatcag 960559  T
Q  228 ttttgtgacagtaaaaaactgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattg---ttctctcccattttcttcactccgtttgctattacata 324  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||     |||   ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  960558 ttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctattacata 960459  T
Q  325 ttgttgtaaacc---actttctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgat 421  Q
    |||||| |||||   ||| | |  ||  ||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||||||||||     
T  960458 ttgttgcaaaccattactatttttatccacttctgttgaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaa 960359  T
Q  422 gtcacacaaagcttttcctctcctttg 448  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||    
T  960358 gttacacaaagcttttcctcacctttg 960332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 19 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 916612 - 916185
Alignment:
Q  19 gaattggtgtttttacttggaaaaccaaacaacttgaccctgttgtaggatgtggcaaactggaaaagttccttgttgaactttgagcacttgaaaagcc 118  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||| || |||||||||    
T  916612 gaattggtggttttattttgaaaaccaaataacatgaccatgttgtaggaagtggcaaactggaacagttccaggttgaaccttgagtacatgaaaagcc 916513  T
Q  119 aaatgtttagggctccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttag 218  Q
    ||||| || || ||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||| |  | ||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  916512 aaatgcttgggactccattgtgaagtatcattgtggcaaatagcagcagttttaactttggtaccatcaataccttccataggcaaatagtaaactttag 916413  T
Q  219 ttgcatctgttttgtgacagtaaaaaactgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattgttctctcccattttcttcactccgtttgctat 318  Q
    ||||   |  ||||||||| ||||| |||||||| || ||| || ||   ||||||||||| |  |||||||| | ||  ||||| ||||| ||||||||    
T  916412 ttgcccgtaatttgtgacaataaaacactgcatatggataactcagtagatggcacacaacaattttgttctcactcaacttcttaactccttttgctat 916313  T
Q  319 tacatattgttgtaaaccactttctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaat 418  Q
    || ||||||||||  | ||||||||   ||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  916312 tatatattgttgtttatcactttctttgttcgcttctgttgaaacagcttcaacattgtttccaagcttagaagtagtgaaatcaaccattgattctaat 916213  T
Q  419 gatgtcacacaaagcttttcctctcctt 446  Q
    ||||| ||||||  ||||||||||||||    
T  916212 gatgttacacaactcttttcctctcctt 916185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 28 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 942797 - 942371
Alignment:
Q  28 tttttacttggaaaaccaaacaacttgaccctgttgtaggatgtggcaaactggaaaagttccttgttgaactttgagcacttgaaaagccaaatgttta 127  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||| | |||||||| ||||  |||| ||| ||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||    
T  942797 ttttcacttggaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcacataaaaagccaaatgttta 942698  T
Q  128 gggctccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctg 227  Q
    ||  |||||| ||| ||||||| ||| |||| ||||| || ||||||  |  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |    
T  942697 ggattccattctgatgtatcagtgtgacaaacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaaacttcagttgaatcag 942598  T
Q  228 ttttgtgacagtaaaaaactgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattg---ttctctcccattttcttcactccgtttgctattacata 324  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||     |||   ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  942597 ttttatgacagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttcttcactccttttgctattacata 942498  T
Q  325 ttgttgtaaacc---actttctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgat 421  Q
    |||||| |||||   ||| | |  ||  ||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||| || | ||||||||||||||||||||||||||     
T  942497 ttgttgcaaaccattactatttttatccacttctgttgaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatggtgaaatcaaccatagattccaatgaa 942398  T
Q  422 gtcacacaaagcttttcctctcctttg 448  Q
    || | ||||||||||||||| ||||||    
T  942397 gttatacaaagcttttcctcacctttg 942371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 35 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 972060 - 971641
Alignment:
Q  35 ttggaaaaccaaacaacttgaccctgttgtaggatgtggcaaactggaaaagttccttgttgaactttgagcacttgaaaagccaaatgtttagggctcc 134  Q
    ||||||| ||||||||| ||| ||||| | |||||||| ||||  |||| ||| ||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||  |||    
T  972060 ttggaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttaagcacataaaaagccaaatgtttaggattcc 971961  T
Q  135 attgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctgttttgtg 234  Q
    ||| ||| ||||||| ||| |||| ||||| || ||||||  |  |||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||    
T  971960 attctgatgtatcagtgtgacaaacagcaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaatggcacagagtaaacttcagttgaatcagttttatg 971861  T
Q  235 acagtaaaaaactgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattg---ttctctcccattttcttcactccgtttgctattacatattgttgt 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||     |||   ||||| |||| ||| |||||||| |||||||| |||||||||||     
T  971860 acagtaaaaaactgcataagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacatattgttgc 971761  T
Q  332 aaacc---actttctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatgtcacac 428  Q
    |||||   ||| | |  ||  ||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||| || | |||||||||||||||||||||||||| || | ||    
T  971760 aaaccattactatttttatccacttctgttgaaacagcttcaacattgtttccgagtttcgaaatggtgaaatcaaccatagattccaatgaagttatac 971661  T
Q  429 aaagcttttcctctcctttg 448  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  971660 aaagcttttcctcacctttg 971641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 28 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 949786 - 949360
Alignment:
Q  28 tttttacttggaaaaccaaacaacttgaccctgttgtaggatgtggcaaactggaaaagttccttgttgaactttgagcacttgaaaagccaaatgttta 127  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||| | |||||||| ||||  |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  949786 ttttcacttggaaacccaaacaacatgatcctgtgggaggatgtgacaaataggaacagtccctggttgaactttgagcacttgaaaagccaaatgttta 949687  T
Q  128 gggctccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatctg 227  Q
    ||| |||||| ||| ||||||| ||| |||| | ||| || ||||||  |  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||| |    
T  949686 gggttccattctgatgtatcagtgtgacaaacaacaatagttttaaccatgtttccatcaacaccttccaagggcacagagtaaacttcggttgaatcag 949587  T
Q  228 ttttgtgacagtaaaaaactgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattg---ttctctcccattttcttcactccgtttgctattacata 324  Q
    |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||  |||||| |||||||     |||   ||||| |||| ||| |||||||| |||||||| |||||    
T  949586 ttttatgacagtaaaaaactgtgtaagggtaattctctttgtgacacacaatagttttgttcttctcacccaatttattcactccttttgctataacata 949487  T
Q  325 ttgttgtaaacc---actttctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgat 421  Q
    |||||| |||||   ||| | |  ||  |||||||| |||| ||  |||||||||||||| || ||  || ||||||||||||||||||||||||||||     
T  949486 ttgttgcaaaccattactatttttatccacttctgtggaaatagcttcaacattgtttccgagttttgaaatagtgaaatcaaccatagattccaatgaa 949387  T
Q  422 gtcacacaaagcttttcctctcctttg 448  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||    
T  949386 gttacacaaagcttttcctcacctttg 949360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0312 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 1)
Name: scaffold0312
Description:

Target: scaffold0312; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 26 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 11092 - 10667
Alignment:
Q  26 tgtttttacttggaaaaccaaacaacttgaccctgttgtaggatgtggcaaactggaaaagttccttgttgaactttgagcacttgaaaagccaaatgtt 125  Q
    ||||| ||||||  || ||||||||| ||| |||   |||||| ||| |||||||||| ||| ||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  11092 tgtttctacttgcgaatccaaacaacatgatcctcaggtaggaggtgacaaactggaacagtcccaggttgaactttgagtacttgaaatgccaaatgtt 10993  T
Q  126 tagggctccattgtgaagtatcagagtggcaaatagcaacagctttaactctacttccatcagcaccttccaaaggcacagagtaaactttagttgcatc 225  Q
    | ||| |||||| ||| ||||||| ||| || | ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  10992 ttgggttccattctgatgtatcagtgtgacacacagcaatagctttaactctgcttccatcagcaccctccaaaggcacagagtaagctttagttgtatc 10893  T
Q  226 tgttttgtgacagtaaaaaactgcataagggtaattccgtttgtggcacacaaccaaattg---ttctctcccattttcttcactccgtttgctattaca 322  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||||||    |||   ||||| ||||  |||||||||||   |||||||  |    
T  10892 tgttttgtgacagtaaaacactgcataagggtaattctctttgtgacacacaacagctttgttcttctcacccaacttcttcactccagatgctattgta 10793  T
Q  323 tattgttgtaaaccactttctccatttacttctgttgaaacagtgtcaacattgtttccaagcttcaaagtagtgaaatcaaccatagattccaatgatg 422  Q
    ||||||||||||  |||||||   || ||||||||||||||||  |||||||| || ||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10792 tattgttgtaaattactttctttgttcacttctgttgaaacagcctcaacatttttaccaagtttagaagtagtgaaatcaaccatagactccaatgatg 10693  T
Q  423 tcacacaaagcttttcctctcctttg 448  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||    
T  10692 ttacacaaaccttttcctctcctttg 10667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University