View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1290-Insertion-5 (Length: 850)

Name: NF1290-Insertion-5
Description: NF1290
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1290-Insertion-5
NF1290-Insertion-5
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-843)||(45169672-45170506)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 765; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 765; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 843
Target Start/End: Original strand, 45169672 - 45170506
Alignment:
Q  8 gtaacgatagtatcaatgattgatatcagtaacagccaaagaccaagaagagtannnnnnnatgatgacaaggtaaaccataaatcttgtaattttgttt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45169672 gtaacgatagtatcaatgattgatatcagtaacagccaaagaccaagaagagtatttttttatgatgacaaggtaaaccataaatcttgtaattttgttt 45169771  T
Q  108 tattccgttgaccttgatgacctacttatactctccaaaccttcccaaaaaggttacagaagctttctcccactctatcctcttcctcctccccagtgac 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45169772 tattccgttgaccttgatgacctacttatactctccaaaccttcccaaaaaggttacagaagctttctcccactctatcctcttcctcctccccagtgac 45169871  T
Q  208 atagaaaccatgccatcttcaagctggatttgtactaataatacaaagaccatgcttcttcggattgtccatcccggtggtcgtgttgaggttcatgaca 307  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45169872 a--gaaaccatgccatcttcaagctggatttgtactaataatacaaagaccatgcttcttcggattgtccatcccggtggtcgtgttgaggttcatgaca 45169969  T
Q  308 gacctgtgactgcagctgagatcatgtgccgcaacccgagatgctgtgttgcacatccgtttgtatttcagcaaccatgggcagttgttgaaccagacac 407  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45169970 gacctgtgactgcagctgagattatgtgccgcaacccgagatgctgtgttgcacatccgtttgtatttcagcaaccatgggcagttgttgaaccagacac 45170069  T
Q  408 ggtgctcatgcttggacaaaagttctatgtagtaccaataagcacaatacgaaagcttcaaggtctttctccaaggaattctccttctcctgctcgtgaa 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  45170070 ggtgctcatgcttggacaaaagttctatgtagtaccaataagcacaatacgaaagcttcaaggtctttctccaaggaactctccttctcctgctcgtgaa 45170169  T
Q  508 atgacaatcggttctttactcgatgagactagaaacacacaatcacgcacaatgaaggaagatgatggtatgatctctacttgctgtatctttaggaaga 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45170170 atgacaatcggttctttactcgatgagactagaaacacacaatcccgcacagtgaaggaagatgatggtatgatctctacttgctgtatctttaggaaga 45170269  T
Q  608 aacgtattgcgaagaaagctaacaactacaagcaaagttcaaaaaacgagagcaagaaatcagaaaccagatcggatgttagaaatcagagtgtagatgt 707  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45170270 aacatattgcgaagaaagctaacaactacaagcaacgttcaaaaaacgagagcaagaaatcagaaaccagatcggatgttagaaatcagagtgtagatgt 45170369  T
Q  708 aaatgaaacaaatggcagtttaccttatgataaattttttgtgcgcctatttaacggaggtgtgactaaagcaaatgtcagtaatgcaac-aaggaaaca 806  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  45170370 aaatgaaacaaatggcagtttatcttatgataaaatttttgtgcgcctatttaacggaggtgtgactaaagcaaatgtcagtaatgcaacaaaggaaaca 45170469  T
Q  807 agaacatcatcgagcagcactgaccttcgtgatagca 843  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45170470 agaacatcatcgagcagcactgaccttcgtgatagca 45170506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University