View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12902_high_5 (Length: 474)

Name: NF12902_high_5
Description: NF12902
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12902_high_5
NF12902_high_5
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (11-457)||(38024607-38025054)
chr3 (11-457)||(38031059-38031506)
chr3 (26-374)||(50909936-50910281)
chr3 (26-372)||(38028585-38028930)
chr3 (26-363)||(38039910-38040245)
chr3 (26-374)||(38036610-38036957)
chr3 (14-270)||(38033695-38033955)
chr3 (10-284)||(55084746-55085020)
chr3 (11-196)||(50911863-50912048)
chr3 (28-236)||(38043881-38044089)
chr3 (28-241)||(50904741-50904954)
chr3 (29-241)||(48840661-48840872)
chr3 (291-422)||(50911689-50911825)
chr3 (34-80)||(50913480-50913526)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (11-457)||(21607028-21607475)
chr8 (26-372)||(21604573-21604918)
chr8 (189-374)||(21609617-21609805)
chr8 (110-204)||(21634603-21634697)
[»] chr4 (54 HSPs)
chr4 (28-238)||(17970277-17970487)
chr4 (16-198)||(27415590-27415769)
chr4 (16-200)||(27570039-27570223)
chr4 (10-221)||(27444763-27444974)
chr4 (19-191)||(27425781-27425953)
chr4 (16-198)||(27420374-27420556)
chr4 (36-198)||(27468319-27468481)
chr4 (36-198)||(27503908-27504070)
chr4 (36-198)||(27514877-27515039)
chr4 (11-204)||(27557450-27557643)
chr4 (76-198)||(27412690-27412812)
chr4 (27-221)||(27431117-27431311)
chr4 (11-197)||(27526105-27526291)
chr4 (11-220)||(27486944-27487153)
chr4 (11-220)||(27523373-27523582)
chr4 (36-243)||(27475526-27475733)
chr4 (34-189)||(27498399-27498554)
chr4 (34-204)||(27479885-27480055)
chr4 (34-196)||(27485937-27486099)
chr4 (34-247)||(27478826-27479039)
chr4 (11-191)||(27497321-27497501)
chr4 (36-248)||(27508838-27509050)
chr4 (29-224)||(27502773-27502968)
chr4 (11-197)||(27513769-27513955)
chr4 (36-198)||(27524510-27524672)
chr4 (17-198)||(27563338-27563519)
chr4 (34-197)||(27501301-27501464)
chr4 (34-204)||(27505688-27505858)
chr4 (34-266)||(27556304-27556535)
chr4 (11-204)||(27469421-27469614)
chr4 (34-198)||(27506682-27506846)
chr4 (16-188)||(27565953-27566125)
chr4 (34-204)||(27423206-27423376)
chr4 (34-220)||(27476671-27476857)
chr4 (36-186)||(27489946-27490096)
chr4 (11-221)||(27554270-27554480)
chr4 (34-190)||(27411456-27411612)
chr4 (34-190)||(27414304-27414460)
chr4 (34-190)||(27424514-27424670)
chr4 (34-190)||(27559240-27559396)
chr4 (79-198)||(27585717-27585836)
chr4 (34-190)||(27567239-27567395)
chr4 (31-170)||(27527142-27527281)
chr4 (34-189)||(27571607-27571762)
chr4 (139-209)||(27460567-27460637)
chr4 (34-189)||(27419072-27419227)
chr4 (133-204)||(27502121-27502192)
chr4 (34-204)||(27446131-27446301)
chr4 (139-197)||(27466910-27466968)
chr4 (139-224)||(27473981-27474066)
chr4 (142-203)||(27495628-27495689)
chr4 (68-224)||(27507779-27507935)
chr4 (34-190)||(27421931-27422091)
chr4 (142-198)||(27600645-27600701)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (28-238)||(3073547-3073757)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (29-198)||(1756749-1756918)
chr5 (34-239)||(1754672-1754877)
chr5 (34-188)||(1754243-1754397)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 38025054 - 38024607
Alignment:
Q  11 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38025054 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 38024955  T
Q  111 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38024954 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagacattttcatggaa 38024855  T
Q  211 attacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttagatttgt- 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  38024854 attacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttagatttgta 38024755  T
Q  310 aaagattttttcccttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattcagcaagacattgtttgttgttatttctttctaattc 409  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38024754 aaattttttttcccttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattcagcaagagattgtttgttgttatttctttctaattc 38024655  T
Q  410 taatcataatgacacattgtattcaacaactcaaacggctcttatatg 457  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38024654 taatcataatgacacattgtattcaacaactcaaagggctcttatatg 38024607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 38031506 - 38031059
Alignment:
Q  11 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38031506 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 38031407  T
Q  111 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38031406 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagacattttcatggaa 38031307  T
Q  211 attacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttagatttgta 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38031306 attacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatattatagtcatgatttagatttgta 38031207  T
Q  311 aagatt-ttttcccttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattcagcaagacattgtttgttgttatttctttctaattc 409  Q
    |||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||||||||    
T  38031206 aagattttttttccttttcatacctttggaatgggttagcattgtccatctgaatgacaaattcaggaagagattgtttgttattatttatttctaattc 38031107  T
Q  410 taatcataatgacacattgtattcaacaactcaaacggctcttatatg 457  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38031106 taatcataatgacacactacattcaacaactcaaagggctcttatatg 38031059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 26 - 374
Target Start/End: Original strand, 50909936 - 50910281
Alignment:
Q  26 tgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaactt 125  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  50909936 tgaatgtgccaaagggttatcttgcagtgtatgttggagagcaaatgctgcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaactt 50910035  T
Q  126 attgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttc 225  Q
     |||| |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| || |||||||||||||||||    
T  50910036 gttgaatcaagtggaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgtcttcttgcaaattacttctcgcttc 50910135  T
Q  226 aatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttaga-tttgtaaagatttt-ttccc 323  Q
    |||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||  ||| | ||||  ||| |||||||||||||| | |||||||||||||| || |     
T  50910136 aatgagctataaatctttcaataaaggagactgacatagattagcagggaaattttg--tacaatagtcatgatttatattttgtaaagattttgtttca 50910233  T
Q  324 ttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattca 374  Q
    ||||||||||  ||||||||   ||  ||||||||||||| ||||||||||    
T  50910234 ttttcctacctctggaatgg---agaattgtccatctgaatgacaaattca 50910281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 26 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 38028930 - 38028585
Alignment:
Q  26 tgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaactt 125  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  38028930 tgaatgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacct 38028831  T
Q  126 attgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttc 225  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||| || | |||||||||| ||||    
T  38028830 gttgagtcaagccgaggaagaatttggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaagacgttttcttgcatattacttctcacttc 38028731  T
Q  226 aatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttagatttgtaaagatttt-ttccct 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | | ||||  ||| |||||||| ||||||||||||  ||||||| || | |    
T  38028730 aatgggctataaatcttacactaaaggagactgacatagattagcaagaaaattttg--tacaatagtcatcatttagatttgtttagattttgtttcat 38028633  T
Q  325 tttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaatt 372  Q
    ||| ||||| |||||||||||||   |||||||| | || ||||||||    
T  38028632 ttttctacctttggaatgggttataattgtccatttaaatgacaaatt 38028585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 26 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 38040245 - 38039910
Alignment:
Q  26 tgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaactt 125  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  38040245 tgaatgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacct 38040146  T
Q  126 attgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttc 225  Q
     ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||| || | |||||||||| ||||    
T  38040145 gttgagtcaagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaagacgttttcttgcatattacttctcacttc 38040046  T
Q  226 aatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttagatttgtaaagatttt-ttccct 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | | ||||  ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| || | |    
T  38040045 aatgggctataaatcttacactaaaggagactgacatagattagcaagaaaattttg--tacaatagtcatcatttaga-ttgtaaagattttgtttcat 38039949  T
Q  325 tttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaa 363  Q
    ||||||||  | ||||||| ||||  |||||||||||||    
T  38039948 tttcctactttaggaatggtttagaattgtccatctgaa 38039910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 26 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 38036957 - 38036610
Alignment:
Q  26 tgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaactt 125  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  38036957 tgaatgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaaacggtttgttgtccccatgccatacttgaaccaagcttcatttcaaaattt 38036858  T
Q  126 attgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttc 225  Q
     ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||| |  ||||| || | |||||||||| ||||    
T  38036857 gttgagtcaagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaatacgttttcttgcatattacttctcacttc 38036758  T
Q  226 aatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttagatttgtaaagatttt-ttccct 324  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  || | | ||||  ||| ||||| ||   ||||||||||||||||||| || | |    
T  38036757 aatgggctataaatcttacactataggagactgacatagattagaaagaaaattttg--tacaatagtgatcgcttagatttgtaaagattttatttcat 38036660  T
Q  325 tttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattca 374  Q
    ||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||    
T  38036659 tttcctacctttggaatgtgttagaattgtccatctgaatgacaaattca 38036610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 14 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 38033955 - 38033695
Alignment:
Q  14 catcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttc 113  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38033955 catcaaaagcattgaatgtgccaaagggctatcttgcagtgtacattggagagcaaatgaagcggtttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttc 38033856  T
Q  114 ctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcaccc----aatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatgga 209  Q
     ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||    |||||| ||| |||| ||||| |||||||||||| ||||| || |    
T  38033855 atttcaaaacttgttgagtcaagccgaggaagaatttggatatgaccatccaattaatgggcggcatcacaattccctgcacagaagatgttttcttgca 38033756  T
Q  210 aattacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagc 270  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38033755 tattacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaaggagactgacatagattagc 38033695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 10 - 284
Target Start/End: Original strand, 55084746 - 55085020
Alignment:
Q  10 acatcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaag 109  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| || | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||     
T  55084746 acatcatcaaaatctgtgaatgtgccaaaagggtgtcttgcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcttacttgaaccaac 55084845  T
Q  110 cttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatgga 209  Q
    | || |||||| |||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |  |    
T  55084846 catcatttcaagacttgttgagtcgggcggaggaagaatttggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgttttctttca 55084945  T
Q  210 aattacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgta 284  Q
     |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  55084946 tattacttctcgcttcaatgaactataaatcttacactgaaagagattgacatagattagctaggacattttgta 55085020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 11 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 50912048 - 50911863
Alignment:
Q  11 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 110  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  50912048 catcatcaaaagttgtgaatgtgccaaagggctatcttgcggtatatgttggagacaagatgaaacggtttgtgatccccaagtcatacttgaaccaagc 50911949  T
Q  111 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaag 196  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  50911948 ttcatttcaaaacttgttgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctaacaattccttgcacagaag 50911863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 28 - 236
Target Start/End: Original strand, 38043881 - 38044089
Alignment:
Q  28 aatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttat 127  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||| ||  |||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||| ||||      
T  38043881 aatgtgccaaagagctatcttgcagtgtactttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcatacttgaatcaaacttcgtttcaagacttgc 38043980  T
Q  128 tgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaa 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||| | ||||| ||    ||||||||||||||||    
T  38043981 tgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggcggcctcacaattccttgcaccgaaggtgttttcttgcgtgttacttctcgcttcaa 38044080  T
Q  228 tgggctata 236  Q
    |||| ||||    
T  38044081 tgggatata 38044089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 28 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 50904954 - 50904741
Alignment:
Q  28 aatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttat 127  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||| |||| |||||| |||| |    
T  50904954 aatgtgccaaagggatatcttgcagtgtacgttggagaagaaatgaagcggtttgtgatccatatgtcctacttgaaccaaacttcatttcaagacttgt 50904855  T
Q  128 tgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaa 227  Q
    |||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||  || | || ||||||||||||||    
T  50904854 tgagtcgagcagaggatgaattcggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcagagaagaggtttttttgcatatcacttctcgcttcaa 50904755  T
Q  228 tgggctataaatct 241  Q
    |||||| |||||||    
T  50904754 tgggctgtaaatct 50904741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 29 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 48840872 - 48840661
Alignment:
Q  29 atgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttatt 128  Q
    |||| |||||||| ||||||||| | || || |||||| | |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| || |||||| |||| ||    
T  48840872 atgtgccaaagggatatcttgcattgtacgtcggagaggagatgaagcgatttgtaatccccatgccatacttgaaccaagcctcatttcaagacttgtt 48840773  T
Q  129 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaat 228  Q
    |||| |||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || | ||||||  | ||||||||    
T  48840772 gagt-aagtggagaaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgttttcttgcacattactgttagcttcaat 48840674  T
Q  229 gggctataaatct 241  Q
    |||||||||||||    
T  48840673 gggctataaatct 48840661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 291 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 50911825 - 50911689
Alignment:
Q  291 agtcatgatttagatttgtaaagattttttcccttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattcagcaagacattgtttgt 390  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||| |||    
T  50911825 agtcatgatttagatttgtaaagaatttttcccctttcctgcctttggaatgggttagcattgtccatctgaaggacaatttcaggaagagattgtatgt 50911726  T
Q  391 tgttatttc-----tttctaattctaatcataatgac 422  Q
    | ||||||      |||| ||||||||||||||||||    
T  50911725 tattatttactttatttccaattctaatcataatgac 50911689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 34 - 80
Target Start/End: Original strand, 50913480 - 50913526
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtt 80  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||    
T  50913480 ccaaaaggctatcttgcagtgtatgttggagagaaaatgaagaggtt 50913526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 21607475 - 21607028
Alignment:
Q  11 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 110  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21607475 catcatcaaaagttgtgaatgtaccaaagggatatcttgcggtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccgagc 21607376  T
Q  111 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaa 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21607375 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacggttccttgcacagaagatattttcatggaa 21607276  T
Q  211 attacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttagatttgta 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21607275 attacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatattatagtcatgatttagatttgta 21607176  T
Q  311 aagatt-ttttcccttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattcagcaagacattgtttgttgttatttctttctaattc 409  Q
    |||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||| ||||||||||    
T  21607175 aagattttttttccttttcatacctttggaatgggttagcattgtccatctgaatgacaaattcaggaagagattgtttgttattatttatttctaattc 21607076  T
Q  410 taatcataatgacacattgtattcaacaactcaaacggctcttatatg 457  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21607075 taatcataatgacacactacattcaacaactcaaagggctcttatatg 21607028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 26 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 21604918 - 21604573
Alignment:
Q  26 tgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaactt 125  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  21604918 tgaatgtgccaaagggctatcttgcagtgtaagtaggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacat 21604819  T
Q  126 attgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttc 225  Q
     ||||||||||  ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||| || | |||||||||| ||||    
T  21604818 gttgagtcaagacgaggaagaattaggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaagacgttttcttgcatattacttctcacttc 21604719  T
Q  226 aatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttagatttgtaaagatttt-ttccct 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | | ||||  ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| || | |    
T  21604718 aatgggctataaatcttacactaaaggagactgacatagattagcaagaaaattttg--tacaatagtcatcatttagatttgtatagattttgtttcat 21604621  T
Q  325 tttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaatt 372  Q
    ||| ||||| |||||||||||||   |||||||| | || ||||||||    
T  21604620 ttttctacctttggaatgggttataattgtccatttaaatgacaaatt 21604573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 189 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 21609805 - 21609617
Alignment:
Q  189 cacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatact 288  Q
    ||||||||| |||||| || | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | | ||||  |||     
T  21609805 cacagaagacattttcttgcatattacttctcacttcaatgggctataaatcttacactaaaggagactgacatagattagcaagaaaattttg--taca 21609708  T
Q  289 atagtcatgatt----tagatttgtaaagatttt-ttcccttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattca 374  Q
    |||||||| |||    |||||||||||||||||| || | |||||||||| | ||||||| ||||  ||||||| ||||| | ||||||||    
T  21609707 atagtcatcatttagctagatttgtaaagattttgtttcattttcctaccttaggaatggtttagaattgtccacctgaatggcaaattca 21609617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 110 - 204
Target Start/End: Original strand, 21634603 - 21634697
Alignment:
Q  110 cttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 204  Q
    |||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| |||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  21634603 cttcgtttcaagacttgctgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatcgaatgggcggcttcacaattccttgcaccgaagatgttttc 21634697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 54)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 28 - 238
Target Start/End: Original strand, 17970277 - 17970487
Alignment:
Q  28 aatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttat 127  Q
    ||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||| |||||| ||||      
T  17970277 aatgtgccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgc 17970376  T
Q  128 tgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaa 227  Q
    ||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  || |  |||||||| |||||||    
T  17970377 tgagtcgggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgtttttttgcatgttacttctagcttcaa 17970476  T
Q  228 tgggctataaa 238  Q
    ||| |||||||    
T  17970477 tggtctataaa 17970487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 198
Target Start/End: Original strand, 27415590 - 27415769
Alignment:
Q  16 tcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 115  Q
    ||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||   |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| | || |    
T  27415590 tcaaaagttgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggaaaacaaa---agcgatttgtgatccccatatcatacttgaaccaaccatcgt 27415686  T
Q  116 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 198  Q
    ||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27415687 ttcaagacttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcattccatgggtggcctcaccattccttgcacagaagat 27415769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 27570223 - 27570039
Alignment:
Q  16 tcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 115  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  || ||||| ||| |||||| | |||||||| | |||| |||| |    
T  27570223 tcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcat 27570124  T
Q  116 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatat 200  Q
    ||||| ||||  |||||||||| |||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  27570123 ttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatat 27570039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 10 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27444974 - 27444763
Alignment:
Q  10 acatcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaag 109  Q
    ||||| |||||||  ||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||| ||||     
T  27444974 acatcttcaaaaggcgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatacgttggagaggaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgagccaat 27444875  T
Q  110 cttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatgga 209  Q
    | || |||||| | ||||||| |||||| |||||| |||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||  ||||| | ||    
T  27444874 catcatttcaagaattattgaatcaagccgaggaacaattcggatatgaccatccaatgggtggtctcacaattccttgcagagaagacgttttcttaga 27444775  T
Q  210 aattacttctcg 221  Q
     |||||||||||    
T  27444774 tattacttctcg 27444763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 19 - 191
Target Start/End: Original strand, 27425781 - 27425953
Alignment:
Q  19 aaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttc 118  Q
    ||||||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||   ||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||| | || ||||    
T  27425781 aaagctgtggacgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacaaaagcggtatgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcatttc 27425880  T
Q  119 aaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcac 191  Q
    || ||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||    
T  27425881 aagacttattgagtcaatttgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcac 27425953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 16 - 198
Target Start/End: Original strand, 27420374 - 27420556
Alignment:
Q  16 tcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 115  Q
    |||||| ||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  || ||||| | | |||||| | |||||||||| |||| |||| |    
T  27420374 tcaaaatctgtggacgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatttaatccccgtatcatacttgagccaaccttcat 27420473  T
Q  116 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 198  Q
    |||||  |||  |||||||||  |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27420474 ttcaaggcttgctgagtcaagttgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcacggaagat 27420556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 36 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 27468481 - 27468319
Alignment:
Q  36 aaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 135  Q
    |||||||||| |||| || |||||||||||| || ||  |||||||||  ||||  | |||||||| |||||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  27468481 aaagggctatgttgcggtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatcatacttaaaccaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27468382  T
Q  136 gcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 198  Q
     | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27468381 tccgaggaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcacggaagat 27468319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 36 - 198
Target Start/End: Original strand, 27503908 - 27504070
Alignment:
Q  36 aaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 135  Q
    |||||||||| || | || |||||||||||| || ||  |||||||||  | ||  | ||||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  27503908 aaagggctatgtttccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatcatacttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27504007  T
Q  136 gcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 198  Q
    || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27504008 gccgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagat 27504070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 36 - 198
Target Start/End: Original strand, 27514877 - 27515039
Alignment:
Q  36 aaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 135  Q
    |||||||||| |||| || |||||||||||| || ||  |||||||||  ||||  | ||||||||||| ||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  27514877 aaagggctatgttgcggtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatcatacttgaatcaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27514976  T
Q  136 gcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 198  Q
     | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  27514977 tccgaggaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgtacagaagat 27515039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 11 - 204
Target Start/End: Original strand, 27557450 - 27557643
Alignment:
Q  11 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 110  Q
    |||| ||||| | |||| |||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |    
T  27557450 catcttcaaagggtgtggatgtgccaaggggatatcttgccgtatatgttggagaggaaatgaagaggtttgtgatcccaatgtcatacttaaaccaacc 27557549  T
Q  111 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 204  Q
     || |||||| | ||  ||| |||||| |||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||| |||||    
T  27557550 atcatttcaagaattgctgaatcaagctgaggaacaatttgaatatgttcatccaatgggtggtctcactattccatgcagagaagatgttttc 27557643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 76 - 198
Target Start/End: Original strand, 27412690 - 27412812
Alignment:
Q  76 cggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcc 175  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||||||| | |  |||||| |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  27412690 cggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccattatttcaagacttattgagtcaagctgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcc 27412789  T
Q  176 tcacgattccttgcacagaagat 198  Q
    |||| ||||||||||| ||||||    
T  27412790 tcaccattccttgcacggaagat 27412812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 27 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 27431311 - 27431117
Alignment:
Q  27 gaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaactta 126  Q
    |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||| | || |||||| | ||     
T  27431311 gaatgtgccaaagggatatattgcagtatatgttggggatgaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccgtcatttcaagaattg 27431212  T
Q  127 ttgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcg 221  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||||||| || ||||  ||||| ||||| |||||||||| ||||||  ||||| |  | |||||||||||    
T  27431211 ttgaatcaagccgaggaacaatttggatatgaccatccaaccggtggtctcacaattccttgcagagaagacgttttcttaaatattacttctcg 27431117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 11 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 27526291 - 27526105
Alignment:
Q  11 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 110  Q
    |||| ||||||| |||  |||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| || ||  | ||||||||||||||| |    
T  27526291 catcttcaaaaggtgtcgatgttccaaagggatatctagcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaac 27526192  T
Q  111 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 197  Q
     || || ||| | || ||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  27526191 ctcattccaagaattgttgagccaagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaacgggtggtctcactattccttgcagagaaga 27526105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 11 - 220
Target Start/End: Original strand, 27486944 - 27487153
Alignment:
Q  11 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 110  Q
    |||| |||||||||||| | || |||||||| ||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||| |    
T  27486944 catcttcaaaagctgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctttatcatacttaaaccaacc 27487043  T
Q  111 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaa 210  Q
     || |||||| | || ||||  ||||| || ||| |||||| ||||||||| ||||||||||| || || |||||||||| |||||| |||||| | ||     
T  27487044 atcgtttcaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtcttactattccttgcaaagaagacattttcttagat 27487143  T
Q  211 attacttctc 220  Q
    ||||||||||    
T  27487144 attacttctc 27487153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 11 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27523582 - 27523373
Alignment:
Q  11 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 110  Q
    |||| |||||||||||| | || |||||||||||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||| || ||  | ||||| ||||||||| |    
T  27523582 catcttcaaaagctgtggacgttccaaagggctatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatatttgaaccaaac 27523483  T
Q  111 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaa 210  Q
    ||| || ||| | || |||||  |||| |||||| |||||| |||||| || ||||||||||| || || |||||||||| |||||| |||||| | ||     
T  27523482 ttcattccaagaattgttgagcgaagccgaggaacaatttgaatatgaccatccaatgggtggtctaactattccttgcaaagaagacattttcttagat 27523383  T
Q  211 attacttctc 220  Q
    ||||||||||    
T  27523382 attacttctc 27523373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 36 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 27475733 - 27475526
Alignment:
Q  36 aaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 135  Q
    |||||||||| |||| || |||||||||||| || ||  |||||||||  | ||  | ||||||||||| ||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  27475733 aaagggctatgttgccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatcatacttgaatcaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27475634  T
Q  136 gcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaatgggctat 235  Q
    || |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| | |||||| | |||    | || |||||| |||| ||||||||||    
T  27475633 gccgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgctccgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgggctat 27475534  T
Q  236 aaatctta 243  Q
     |||||||    
T  27475533 gaatctta 27475526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 34 - 189
Target Start/End: Original strand, 27498399 - 27498554
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||||| | || || ||| |||| ||||  |    
T  27498399 ccaaagggatatctagcagtatatgttggagaggaaatgaaacgttttgtgatccctatatcatacttgaaccaaccatcgttccaagacttgttgaacc 27498498  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgc 189  Q
    |||| |||||| |||| | ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  27498499 aagccgaggaacaattcgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgc 27498554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 34 - 204
Target Start/End: Original strand, 27479885 - 27480055
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    ||||| |||||||| |||||||| || |||||| |||||||||| ||||| || ||  | ||||||||||||||| | || || ||||| || ||||  |    
T  27479885 ccaaaaggctatctagcagtatacgtaggagagaaaatgaagcgttttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacatcattccaaaagttgttgaacc 27479984  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 204  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||    
T  27479985 aagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttgcagagaagacattttc 27480055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 34 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 27486099 - 27485937
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| | |  |||||| | ||  |   ||    
T  27486099 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatacttgaaccaaccattgtttcaagaattgctacatc 27486000  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaag 196  Q
    |||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  27485999 aagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcactgaag 27485937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 34 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 27479039 - 27478826
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| | |  |||||| | ||  |   ||    
T  27479039 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatacttgaaccaaccattgtttcaagaattgctacatc 27478940  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaatgggct 233  Q
    |||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| | |||||| | |||    | || |||||| |||| ||||||||    
T  27478939 aagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgctccgaagatgtgttccaacatataacttcttgcttgaatgggct 27478840  T
Q  234 ataaatcttacact 247  Q
    || | |||||||||    
T  27478839 atgattcttacact 27478826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 11 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 27497501 - 27497321
Alignment:
Q  11 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 110  Q
    ||||||||||| ||||  | || |||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||   ||||||||||| ||||| || |||||||| |||||| |    
T  27497501 catcatcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaacc 27497402  T
Q  111 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcac 191  Q
     |  |||||| | || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |  ||||||||||| |||||||||||    
T  27497401 attgtttcaatatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcaccattccttgcac 27497321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 36 - 248
Target Start/End: Original strand, 27508838 - 27509050
Alignment:
Q  36 aaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 135  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||| ||| |||||  | ||  ||||||| ||||||||| |||| |||||| |||| |||| |||     
T  27508838 aaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcgttttgtcgttcctgtgtcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcag 27508937  T
Q  136 gcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaatgggctat 235  Q
    || |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||| | |||||| | |||    | || |||||| |||||||||| ||||    
T  27508938 gctgaggaagagtttggatatgatcatccaacgggtggcctcaccattccatgctccgaagatgtgttccaacatataacttcttgcttcaatggactat 27509037  T
Q  236 aaatcttacacta 248  Q
     ||||||| ||||    
T  27509038 gaatcttatacta 27509050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 29 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 27502968 - 27502773
Alignment:
Q  29 atgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttatt 128  Q
    |||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||| | |||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||| |||| |||||| ||||  |    
T  27502968 atgtgccaaaaggatatcttgccgtttatgtaggagagaagatgaagcggtttgtgattccaatgtcatatttgaatcaaacttcatttcaagacttgct 27502869  T
Q  129 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgctt 224  Q
    ||| ||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||| || || ||||||||   ||||||| ||||| | || || |||||||||||    
T  27502868 gagccaagctgtggaagaatttggatatgaccatccaatgggtggtcttactattccttgtgaagaagattttttcgtagatatcacttctcgctt 27502773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 11 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 27513955 - 27513769
Alignment:
Q  11 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 110  Q
    |||| |||||||||||  | || ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |    
T  27513955 catcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaac 27513856  T
Q  111 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 197  Q
     || || ||| | || ||||  ||||| || ||| ||| || ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  27513855 ctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatatgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaaga 27513769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 36 - 198
Target Start/End: Original strand, 27524510 - 27524672
Alignment:
Q  36 aaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 135  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||||| || ||| ||||||  |  | ||  | ||||| ||||||||| |||| |||||| |||| |||| ||||    
T  27524510 aaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaa 27524609  T
Q  136 gcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 198  Q
    || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  27524610 gctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccgtgcaccgaagat 27524672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 17 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 27563519 - 27563338
Alignment:
Q  17 caaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctt 116  Q
    |||||| |||| | || |||||||||||||||||||| || ||||||||  ||   ||| |  |||| |||||| | ||||||||||||||| | |  ||    
T  27563519 caaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaacattgtt 27563420  T
Q  117 tcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 198  Q
    |||| | ||  |||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27563419 tcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagat 27563338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 34 - 197
Target Start/End: Original strand, 27501301 - 27501464
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    |||||||| | ||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||| | |  |||||| |||| ||||  |    
T  27501301 ccaaagggatgtctagcagtatatgttggagaggaaatgaaacggtttgtgatcccaatatcatacttaaaccaaccattgtttcaagacttgttgaacc 27501400  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 197  Q
    |||| |||||| |||||| ||| ||||| |||| |||||| ||||| |||||||| | ||||||    
T  27501401 aagccgaggaacaatttgaatacgatcatccaacgggtggtctcactattccttgtagagaaga 27501464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 34 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 27505858 - 27505688
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    |||||||| ||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||| || ||  | ||||||||||||||| | || || ||| | || ||||  |    
T  27505858 ccaaaggggtatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaattgttgaacc 27505759  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 204  Q
    |||| |||||| |||||| |||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||    
T  27505758 aagctgaggaacaatttgaatatgaccatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagagattttc 27505688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 34 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 27556535 - 27556304
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| ||||| || ||||| ||||  ||||||||| |||| |||||| | ||| |   ||    
T  27556535 ccaaaaggctatctcgcagtttatgttggagaaaaaatgaagcgatttgtgattcccatttcattattgaaccaaccttcatttcaagaattactacatc 27556436  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctc-gcttcaatgggc 232  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||| ||||| ||||  ||||||  |||| |  || |  |||||| |||||||||       
T  27556435 aagcagaagaagaatttggatatgatcattctatgggtggtctcacaattccatgcagtgaagatgctttcttacaactctcttctcggcttcaatgtta 27556336  T
Q  233 tataaatcttacactaaagaagactgacatagat 266  Q
     |||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  27556335 aataaatctt--actaaagaagactgacatagat 27556304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 11 - 204
Target Start/End: Original strand, 27469421 - 27469614
Alignment:
Q  11 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 110  Q
    |||| |||||||||||| | || |||||||| ||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||| |    
T  27469421 catcttcaaaagctgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatatcatatttgaagcaaac 27469520  T
Q  111 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 204  Q
     || || ||| |  | ||||| ||||| || ||| |||||| |||||| || ||||||||||| || || |||||||||| |||||| ||||||    
T  27469521 atcattacaagaactgttgagccaagctgaagaacaatttgaatatgaacatccaatgggtggtctaactattccttgcagagaagaaattttc 27469614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 34 - 198
Target Start/End: Original strand, 27506682 - 27506846
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||  || ||||||||| ||||| || |||||||| |||||| | |  |||||| | ||  |   ||    
T  27506682 ccaaagggctatgttgcagtatatgtcggagagaaacagacgcggtttgtgatcccaatatcatacttaaaccaaccattgtttcaagaattgctacatc 27506781  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 198  Q
    |||| || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  27506782 aagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggactcaccattccttgcactgaagat 27506846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 16 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 27566125 - 27565953
Alignment:
Q  16 tcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 115  Q
    ||||||| |||| | || |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||   ||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||| | |  |    
T  27566125 tcaaaagttgtggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccattgt 27566026  T
Q  116 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttg 188  Q
    ||||| ||||  |||  ||||  ||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  27566025 ttcaagacttgctgatacaagttgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 27565953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 34 - 204
Target Start/End: Original strand, 27423206 - 27423376
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||||| || ||  ||  |||  ||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||| | || |||||||    
T  27423206 ccaaagagatatcttgctgtatatgttggatagaaacagacacggcatgtgatccgcatatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgttgagtc 27423305  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 204  Q
    |||| |||||||| ||||| ||  |||| || ||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||    
T  27423306 aagccgaggaagagtttggttacaatcatcccatgggtggcctcaccgttccttgcacggaagatgttttc 27423376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 34 - 220
Target Start/End: Original strand, 27476671 - 27476857
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| || ||  | ||||||||||||||| | || || ||| |  |  |||| |    
T  27476671 ccaaagggatatctagcagtgtatgttggtgagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaactgctgagcc 27476770  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctc 220  Q
    ||   |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| || || |||||||||| |||||| |||||| |||| ||||| ||||    
T  27476771 aaagtgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctaactattccttgcagagaagacattttcttggatattacctctc 27476857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 36 - 186
Target Start/End: Original strand, 27489946 - 27490096
Alignment:
Q  36 aaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 135  Q
    |||||||||| ||| ||| |||||||||||| ||   || ||||||||  ||||  |||||||||| ||| || | || |||||| | || |||| ||||    
T  27489946 aaagggctatgttgtagtgtatgttggagagaaacaaaaacggtttgtagtccctgtgtcatacttaaacaaaccatcatttcaagatttgttgaatcaa 27490045  T
Q  136 gcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattcct 186  Q
    || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  27490046 gccgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattcct 27490096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Original strand, 27554270 - 27554480
Alignment:
Q  11 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 110  Q
    |||| |||||||  ||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  | || || |  || | |||| |    
T  27554270 catcttcaaaaggagtggatgtgccaaagggataccttgcagtatatgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatatcaatttctttgttaagccaacc 27554369  T
Q  111 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaa 210  Q
     || |||||| | ||  ||| |||||| |||||| |||||||||||||||| |||| |||| | ||||| |||||||| | ||||||  ||||| | ||     
T  27554370 atcgtttcaagaattgctgaatcaagctgaggaacaatttggatatgatcatccaacgggtagtctcacaattccttgtagagaagacgttttcttagat 27554469  T
Q  211 attacttctcg 221  Q
    |||||||||||    
T  27554470 attacttctcg 27554480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 34 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 27411612 - 27411456
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||   |||||  ||||| || || ||  | ||||||||||||||| | || |||||| | ||| | | ||    
T  27411612 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgagacggttcgtgattccagtatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagaattactaaatc 27411513  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgca 190  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||    
T  27411512 aagcagaagaagaatttggatatgatcatcctatgggtggtctcacaattccttgca 27411456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 34 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 27414460 - 27414304
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||||||||  ||||||  |||||||| || ||  | ||||||||||||||| | || |||||| | ||| | | ||    
T  27414460 ccaaaaggctatcttgcagtctacgttggagataaaatgagacggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaccctcatttcaagaattactaaatc 27414361  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgca 190  Q
    || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||    
T  27414360 aatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtcttacaattccgtgca 27414304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 34 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 27424670 - 27424514
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| || ||  | ||||||||||||||| |||| |||||| | ||  | | ||    
T  27424670 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatcaaatgaggcggtttgtgattccagtatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgctaaatc 27424571  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgca 190  Q
    || | || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||    
T  27424570 aatctgaagaagaatatggatatgatcatccaatgggtggtcttaccattccgtgca 27424514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 34 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 27559396 - 27559240
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||| | ||| | || || || ||||  ||||| ||| |||| |||||| | ||||| || |    
T  27559396 ccaaaaggctatctcgcagtttatgttggagacaaaatgaagagatttctgattcctatttcattattgaatcaatcttcatttcaatagttattaagcc 27559297  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgca 190  Q
    || |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27559296 aatcagaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgca 27559240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 79 - 198
Target Start/End: Original strand, 27585717 - 27585836
Alignment:
Q  79 tttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctca 178  Q
    ||||| |||||| | ||||||||||||||| | |  |||||| | ||  |||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||    
T  27585717 tttgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgatgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggaggtctca 27585816  T
Q  179 cgattccttgcacagaagat 198  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  27585817 ccattccttgcacagaagat 27585836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 34 - 190
Target Start/End: Original strand, 27567239 - 27567395
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||   |||||  ||||| || || ||  | ||||||||||||||| | || |||||| | ||| | | ||    
T  27567239 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgagacggttcgtgattccagtatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagaattactaaatc 27567338  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgca 190  Q
    || |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27567339 aaacagaagaagaatttggttatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgca 27567395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 31 - 170
Target Start/End: Original strand, 27527142 - 27527281
Alignment:
Q  31 gtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattga 130  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||  ||  ||| |||||||| ||||| || ||| |||| |||||| | || |||| | | ||  |||    
T  27527142 gtaccaaagggctatcttgcggtgtatgttggagataaacagaaacggtttgtgatcccaatatcacacttaaaccaaccatcgtttctagagttgctga 27527241  T
Q  131 gtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatggg 170  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  27527242 gtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccatggg 27527281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 189
Target Start/End: Original strand, 27571607 - 27571762
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||   ||||| |||||| || || ||  | ||||| |||| |||  | || |||||| | ||| | | ||    
T  27571607 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgaggcggttcgtgattccagtatcatatttgagccagccatcgtttcaagaattactaaatc 27571706  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgc 189  Q
    || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  27571707 aatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgc 27571762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 139 - 209
Target Start/End: Original strand, 27460567 - 27460637
Alignment:
Q  139 gaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatgga 209  Q
    |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||| ||||    
T  27460567 gaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttgcagagaagacattttcttgga 27460637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 34 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 27419227 - 27419072
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||   ||||| |||||| || || ||  | ||||| |||| |||  | || |||||| | ||| | | ||    
T  27419227 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgaggcggttcgtgattccagtatcatatttgagccagccatcgtttcaagaattactaaatc 27419128  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgc 189  Q
    || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||    
T  27419127 aatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtcttacaattccttgc 27419072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 133 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 27502192 - 27502121
Alignment:
Q  133 caagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 204  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| || || |||||||||| |||||| ||||||    
T  27502192 caagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctaactattccttgcagagaagacattttc 27502121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 204
Target Start/End: Original strand, 27446131 - 27446301
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||||||||  |||||||||| ||||| || || |  ||||  ||||| ||| |||| |||||| | |  || || |    
T  27446131 ccaaaaggctatcttgcggtttatgttggagaaaaaatgaagcgatttgtgattccaacttcattattgaatcaaccttcatttcaagagtcgttaagcc 27446230  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 204  Q
    || |||| ||||| |||| ||||||||| | ||||| ||| ||| ||||||||||||  |||||| |||||    
T  27446231 aatcagaagaagagtttgaatatgatcatcgaatggatggtctctcgattccttgcagtgaagatgttttc 27446301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 197
Target Start/End: Original strand, 27466910 - 27466968
Alignment:
Q  139 gaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 197  Q
    |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  27466910 gaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaaga 27466968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 139 - 224
Target Start/End: Original strand, 27473981 - 27474066
Alignment:
Q  139 gaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgctt 224  Q
    |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||  ||||| | || || |||||||||||    
T  27473981 gaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttgcggagaagacgttttcttagacatcacttctcgctt 27474066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 142 - 203
Target Start/End: Original strand, 27495628 - 27495689
Alignment:
Q  142 gaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatatttt 203  Q
    ||||| ||||||| | |||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  27495628 gaagagtttggatttaatcatccaatgggtggtctcaccattccttgcagagaagatatttt 27495689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 68 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 27507935 - 27507779
Alignment:
Q  68 aaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaat 167  Q
    |||||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||| ||||  ||||| | ||  | || || || |  ||||||||||||||||| || |||||    
T  27507935 aaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctcagccaggctgtcgaagaatttggatatgaccatccaat 27507836  T
Q  168 gggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgctt 224  Q
    |||||| || || ||||||||   ||||||| ||||| | || || |||||||||||    
T  27507835 gggtggtcttacaattccttgtgaagaagatcttttcttagatatcacttctcgctt 27507779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #53
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 34 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 27422091 - 27421931
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||   |||||| ||||| || || ||  | ||||||||||||||| | |  |||||| | ||| | | ||    
T  27422091 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgaaacggttcgtgattccagtatcatacttgaaccaaccattatttcaagaattactaaatc 27421992  T
Q  134 aagcagaggaagaatt----tggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgca 190  Q
    ||||||| ||||||||    |||||| ||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||    
T  27421991 aagcagaagaagaatttggatggatacgatcatccaacgggtggtctcacaattccttgca 27421931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #54
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 142 - 198
Target Start/End: Original strand, 27600645 - 27600701
Alignment:
Q  142 gaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 198  Q
    ||||||||||| ||  |||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||    
T  27600645 gaagaatttggttacaatcatccaatgggtggtctcacaattccttgcaaagaagat 27600701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 28 - 238
Target Start/End: Original strand, 3073547 - 3073757
Alignment:
Q  28 aatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttat 127  Q
    ||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||| |||||| ||||      
T  3073547 aatgtgccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgc 3073646  T
Q  128 tgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaa 227  Q
    ||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  || |  |||||||| |||||||    
T  3073647 tgagtcgggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgtttttttgcatgttacttctagcttcaa 3073746  T
Q  228 tgggctataaa 238  Q
    ||| |||||||    
T  3073747 tggtctataaa 3073757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 29 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 1756918 - 1756749
Alignment:
Q  29 atgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttatt 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||  |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | || |||||| |||| ||    
T  1756918 atgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaatacttgtt 1756819  T
Q  129 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 198  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  1756818 gagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagat 1756749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 34 - 239
Target Start/End: Original strand, 1754672 - 1754877
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||  ||| |||  ||| ||||| || ||||||||||| ||| | || ||||||  ||| |||||||    
T  1754672 ccaaagggctatgttgcagtgtatattggagagaaacagaaacggcatgtgatcccaatatcatacttgaatcaaccatcgtttcaatccttgttgagtc 1754771  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaatgggct 233  Q
    |||| | |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | |||    | || |||||| |||| ||||||||    
T  1754772 aagctgcggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattctttgcacagaagatgtcttcgaaaatataacttctagcttaaatgggct 1754871  T
Q  234 ataaat 239  Q
    ||||||    
T  1754872 ataaat 1754877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 34 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 1754397 - 1754243
Alignment:
Q  34 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 133  Q
    ||||| || ||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| | || |||||||| ||  | |       
T  1754397 ccaaaaggatatctagctgtatatgttggagaagaaatgaagcggtttgtgatccccgtatcatacttgaaccaatcgtcatttcaaaaattgctaaaca 1754298  T
Q  134 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttg 188  Q
    || | |||||| | |||| ||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||    
T  1754297 aatctgaggaacagtttgaatatgatcatccgatgggtggtctcactattccttg 1754243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University