View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12902_low_4 (Length: 550)

Name: NF12902_low_4
Description: NF12902
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12902_low_4
NF12902_low_4
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (1-359)||(24641761-24642119)
chr3 (1-359)||(24693130-24693488)
chr3 (23-321)||(24733205-24733509)
chr3 (24-356)||(24648551-24648887)
chr3 (425-538)||(24642185-24642298)
chr3 (244-359)||(24694459-24694574)
chr3 (14-192)||(24720686-24720867)
chr3 (54-266)||(24656350-24656562)
chr3 (462-503)||(24695466-24695507)
chr3 (104-223)||(24634296-24634415)
chr3 (24-121)||(18157716-18157813)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (24-121)||(15282104-15282201)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (24-121)||(24223602-24223699)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 359
Target Start/End: Original strand, 24641761 - 24642119
Alignment:
Q  1 atgaaagtttatgaaccaacttgatgcagttggtgtgacagagaaaagtaaccactaaaatgaatgagttgacgatacaccaattcgagatctgagaaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24641761 atgaaagtttatgaaccaacttgatgcagttggtgtgacagagaaaagtaaccactaaaatgaatgagttgacgatacaccaattcgagatctgagaaag 24641860  T
Q  101 gataatccacaaaagtgtctcacatccaacaacaccagaaaagtgaaagatatatatagtagctgacaagctcatatcagctgtggatgaaactgcgtga 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24641861 gattatccacaaaagtgtctcacatccaacaacaccagaaaagtgaaagatatatatagtagctgacaagctcatatcagctgtggatgaaactgcgtga 24641960  T
Q  201 caacatagagatgtcaaaaacagcaacattgttggggatagtggttgaaacgggttggtgtttaaagcttcatacttagttgaagctaaagtcaccaaca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24641961 caacatagagatgtcaaaaacagcaacattgttggggatagtggttgaaacgggttggtgtttaaagcttcatacttagttgaagctaaagtcaccaaca 24642060  T
Q  301 aacccatcagaataaagtaagctttgtaattacgcgtaatcattttgttttgattgaac 359  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24642061 aacccatcagaaaaaagtaagctttgtaattacgcgtaatcattctgttttgattgaac 24642119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 359
Target Start/End: Original strand, 24693130 - 24693488
Alignment:
Q  1 atgaaagtttatgaaccaacttgatgcagttggtgtgacagagaaaagtaaccactaaaatgaatgagttgacgatacaccaattcgagatctgagaaag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  24693130 atgaaagtttatgaaccaacttgatgcagttggtgtgacagacaaaagtaaccactaaaatgaatgagttgacgatacaccaattcgagaactgagagag 24693229  T
Q  101 gataatccacaaaagtgtctcacatccaacaacaccagaaaagtgaaagatatatatagtagctgacaagctcatatcagctgtggatgaaactgcgtga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24693230 gataatccacaaaagtgtctcacatccaacaacaccagaaaagtgaaagatatatatagtagctggcaagctcatatcagctgtggatgaaactgcgtga 24693329  T
Q  201 caacatagagatgtcaaaaacagcaacattgttggggatagtggttgaaacgggttggtgtttaaagcttcatacttagttgaagctaaagtcaccaaca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24693330 caacatagagatgtcaaaaacagcaacatagttggagatagtggtttaaatgggttagtgtttaaagcttcatacttagttgaagctaaattcaccaaca 24693429  T
Q  301 aacccatcagaataaagtaagctttgtaattacgcgtaatcattttgttttgattgaac 359  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  24693430 aacccatcaaaataaaataagctttgtaattatgcgtaatcattctgttttgattgaac 24693488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 23 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 24733509 - 24733205
Alignment:
Q  23 gatgcagttggtgtgacagagaaaagtaaccactaaaatgaatgagttgacgatacaccaattcgagatctgagaaaggataatccacaaaagtgtctca 122  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||     
T  24733509 gatgcagttggtgtggcagactaaagtaaccactaaaacgaatgagttgatgatacaccaattcgaaaactgagagaggataatccacaaaagtgtgtcg 24733410  T
Q  123 catccaacaacaccagaaaagtgaaagatatatatagtagctgacaagctcatatcagctgtggatgaaactgcgtgacaacatagagatgtcaaaaaca 222  Q
       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24733409 accccaacaacaccagaaatgtgaaagatatatatagtagctggcaagctcatatcagctgtggatgaaactgtgtgacaacatagagatgtcaaaaaca 24733310  T
Q  223 gcaacattgttggggatagtggttgaaacgggt------tggtgtttaaagcttcatacttagttgaagctaaagtcaccaacaaacccatcagaataaa 316  Q
    ||||||  |||||||||  ||||||||| ||||      | || ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||  ||||| ||||||||    
T  24733309 gcaacaaagttggggatgatggttgaaatgggttagtactagtttttaaagcttcatacttcgttgcagctaaagccaccaacatgcccattagaataaa 24733210  T
Q  317 gtaag 321  Q
     ||||    
T  24733209 ataag 24733205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 24 - 356
Target Start/End: Original strand, 24648551 - 24648887
Alignment:
Q  24 atgcagttggtgtgacagagaaaagtaaccactaaaatgaatgagttgacgatacaccaattcgagatctgagaaaggataatccacaaaagtgtctcac 123  Q
    |||||||| | ||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| ||      
T  24648551 atgcagttagagtgacagaataaagtaaccactaaaacgaatgagttgatgatacaccaattcgagaactgagagatgataatccacaaaagtgtgtcga 24648650  T
Q  124 atccaacaacaccagaaaagtgaaagatatatatagtagctgacaagctcatatcagctgtggatgaaactgcgtgacaacatagagatgtcaaaaacag 223  Q
      ||||||||||| || |  ||||||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||||| ||| |||||| |||| | |||||||||||||||||||    
T  24648651 ccccaacaacaccggagatatgaaagatatatatagtagttgggaagctcatgtcagctgtgaatgcaactgcatgactaaatagagatgtcaaaaacag 24648750  T
Q  224 caacattgttggggatagtggttgaaacgggttggtgtttaaagcttcatactt-agttgaagctaaagtcaccaacaaacccatcagaataaagtaagc 322  Q
     | |||||||  || | ||||||| || ||||| ||||||||| ||| ||| ||   ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  24648751 tagcattgttatgggtggtggttggaatgggttagtgtttaaaccttgatatttccattgcagctaaaggcaccaacaaacccatcagaataaaataaac 24648850  T
Q  323 ttt---gtaattacgcgtaatcattttgttttgattg 356  Q
    |||   ||| ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  24648851 tttatagtacttatgcgtaatcattttattttgattg 24648887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 425 - 538
Target Start/End: Original strand, 24642185 - 24642298
Alignment:
Q  425 cattgttagtggacaatggtgggaaggtttaataaaacacagagaaggataaagtcagttaattatttgaatagtcatcctggtcatggttggctgacag 524  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24642185 cattgttagtggacaatggtgggaaggtttgataaaacacagagaaggataaagtcagttaattatttgaatagtcatcctggtcatggttggctgacag 24642284  T
Q  525 gagccgaggatatt 538  Q
    ||||||||||||||    
T  24642285 gagccgaggatatt 24642298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 244 - 359
Target Start/End: Original strand, 24694459 - 24694574
Alignment:
Q  244 gttgaaacgggttggtgtttaaagcttcatacttagttgaagctaaagtcaccaacaaacccatcagaataaagtaagctttgtaattacgcgtaatcat 343  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24694459 gttgaaacgggttagtgtttaaagcttcatacttagttgaagctaaagacaccaacaaacccatcagaataaaataagctttgtaattacgcgtaatcat 24694558  T
Q  344 tttgttttgattgaac 359  Q
    | ||||||||||||||    
T  24694559 tctgttttgattgaac 24694574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 14 - 192
Target Start/End: Original strand, 24720686 - 24720867
Alignment:
Q  14 aaccaacttgatgcagttggtgtgacagagaaaagtaaccactaaaatgaatgagttgacgatacaccaattcg---agatctgagaaaggataatccac 110  Q
    |||||| | ||||||||||||||| ||||  |||||||| ||| ||| |||| |||| | |||| ||||||||    |||||||||||||||| ||||||    
T  24720686 aaccaattcgatgcagttggtgtggcagactaaagtaacgactgaaacgaataagttaatgataaaccaattcctccagatctgagaaaggattatccac 24720785  T
Q  111 aaaagtgtctcacatccaacaacaccagaaaagtgaaagatatatatagtagctgacaagctcatatcagctgtggatgaaa 192  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24720786 agaagcgtctcacatccaacaacaccagaaatgtgaaagatatatatagtagctggcaagctcatatcagctgtggatgaaa 24720867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 54 - 266
Target Start/End: Original strand, 24656350 - 24656562
Alignment:
Q  54 actaaaatgaatgagttgacgatacaccaattcgagatctgagaaaggataatccacaaaagtgtctcacatccaacaacaccagaaaagtgaaagatat 153  Q
    ||||||| |||| |||||| |||| |||||||| |||  | ||  || | |||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||      
T  24656350 actaaaaggaataagttgatgatataccaattccagaaatcagggagcagaatccaaagaagtgtctcacatccaataacaccagaaaagtgaaatatga 24656449  T
Q  154 atatagtagctgacaagctcatatcagctgtggatgaaactgcgtgacaacatagagatgtcaaaaacagcaacattgttggggatagtggttgaaacgg 253  Q
    | ||||||| |   |||||||| |||||  ||| || |||||| |||||| ||  ||  |||||||||||||||||   |||||||| | |||| || ||    
T  24656450 acatagtagttaggaagctcatgtcagccatggttgcaactgcatgacaaaatctagcagtcaaaaacagcaacataagtggggataattgttggaaggg 24656549  T
Q  254 gttggtgtttaaa 266  Q
    |||||||||||||    
T  24656550 gttggtgtttaaa 24656562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 462 - 503
Target Start/End: Original strand, 24695466 - 24695507
Alignment:
Q  462 cacagagaaggataaagtcagttaattatttgaatagtcatc 503  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24695466 cacaaagaaggataaagtccgttaattatttgaatagtcatc 24695507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 104 - 223
Target Start/End: Original strand, 24634296 - 24634415
Alignment:
Q  104 aatccacaaaagtgtctcacatccaacaacaccagaaaagtgaaagatatatatagtagctgacaagctcatatcagctgtggatgaaactgcgtgacaa 203  Q
    |||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||    ||||||| ||  |||||||| |||||  ||| || |||||| ||||||    
T  24634296 aatccaaagaagtgtctcacatccaataacaccagaaaagtggaatatgatcatagtagttggtaagctcatgtcagccatggttgcaactgcatgacaa 24634395  T
Q  204 catagagatgtcaaaaacag 223  Q
     ||| ||| || ||||||||    
T  24634396 aatacagaagtaaaaaacag 24634415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 18157813 - 18157716
Alignment:
Q  24 atgcagttggtgtgacagagaaaagtaaccactaaaatgaatgagttgacgatacaccaattcgagatctgagaaaggataatccacaaaagtgtctc 121  Q
    ||||||||||||||  |||  |||||||| ||||||| |||||| ||||  |||||||||| ||||||| | || | ||| ||| ||||||| |||||    
T  18157813 atgcagttggtgtggaagactaaagtaactactaaaacgaatgacttgataatacaccaatacgagatccgggagacgattatcaacaaaagcgtctc 18157716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 15282201 - 15282104
Alignment:
Q  24 atgcagttggtgtgacagagaaaagtaaccactaaaatgaatgagttgacgatacaccaattcgagatctgagaaaggataatccacaaaagtgtctc 121  Q
    ||||||||||||||  |||  |||||||| ||||||| |||||| ||||  |||||||||| ||||||| | || | ||| ||| ||||||| |||||    
T  15282201 atgcagttggtgtggaagactaaagtaactactaaaacgaatgacttgataatacaccaatacgagatccgggagacgattatcaacaaaagcgtctc 15282104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 24223699 - 24223602
Alignment:
Q  24 atgcagttggtgtgacagagaaaagtaaccactaaaatgaatgagttgacgatacaccaattcgagatctgagaaaggataatccacaaaagtgtctc 121  Q
    ||||||||||||||  |||  |||||||| ||||||| |||||| ||||  |||||||||| ||||||| | || | ||| ||| ||||||| |||||    
T  24223699 atgcagttggtgtggaagactaaagtaactactaaaacgaatgacttgataatacaccaatacgagatccgggagacgattatcaacaaaagcgtctc 24223602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University