View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12902_low_5 (Length: 494)

Name: NF12902_low_5
Description: NF12902
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12902_low_5
NF12902_low_5
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (12-477)||(38024607-38025073)
chr3 (12-477)||(38031059-38031525)
chr3 (46-394)||(50909936-50910281)
chr3 (46-392)||(38028585-38028930)
chr3 (46-383)||(38039910-38040245)
chr3 (46-394)||(38036610-38036957)
chr3 (34-290)||(38033695-38033955)
chr3 (22-304)||(55084738-55085020)
chr3 (12-216)||(50911863-50912067)
chr3 (21-261)||(50904741-50904981)
chr3 (48-256)||(38043881-38044089)
chr3 (49-261)||(48840661-48840872)
chr3 (311-442)||(50911689-50911825)
chr3 (54-100)||(50913480-50913526)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (12-477)||(21607028-21607494)
chr8 (46-392)||(21604573-21604918)
chr8 (209-394)||(21609617-21609805)
chr8 (130-224)||(21634603-21634697)
[»] chr4 (54 HSPs)
chr4 (48-258)||(17970277-17970487)
chr4 (36-218)||(27415590-27415769)
chr4 (36-220)||(27570039-27570223)
chr4 (26-241)||(27444763-27444978)
chr4 (39-211)||(27425781-27425953)
chr4 (26-224)||(27557445-27557643)
chr4 (36-218)||(27420374-27420556)
chr4 (56-218)||(27468319-27468481)
chr4 (56-218)||(27503908-27504070)
chr4 (56-218)||(27514877-27515039)
chr4 (96-218)||(27412690-27412812)
chr4 (47-241)||(27431117-27431311)
chr4 (31-217)||(27526105-27526291)
chr4 (31-240)||(27486944-27487153)
chr4 (31-240)||(27523373-27523582)
chr4 (27-211)||(27497321-27497505)
chr4 (56-263)||(27475526-27475733)
chr4 (54-209)||(27498399-27498554)
chr4 (54-224)||(27479885-27480055)
chr4 (54-216)||(27485937-27486099)
chr4 (54-267)||(27478826-27479039)
chr4 (56-268)||(27508838-27509050)
chr4 (49-244)||(27502773-27502968)
chr4 (31-217)||(27513769-27513955)
chr4 (56-218)||(27524510-27524672)
chr4 (37-218)||(27563338-27563519)
chr4 (54-217)||(27501301-27501464)
chr4 (26-241)||(27554265-27554480)
chr4 (54-224)||(27505688-27505858)
chr4 (54-286)||(27556304-27556535)
chr4 (31-224)||(27469421-27469614)
chr4 (54-218)||(27506682-27506846)
chr4 (36-208)||(27565953-27566125)
chr4 (54-224)||(27423206-27423376)
chr4 (54-240)||(27476671-27476857)
chr4 (56-206)||(27489946-27490096)
chr4 (54-210)||(27411456-27411612)
chr4 (54-210)||(27414304-27414460)
chr4 (54-210)||(27424514-27424670)
chr4 (54-210)||(27559240-27559396)
chr4 (99-218)||(27585717-27585836)
chr4 (54-210)||(27567239-27567395)
chr4 (51-190)||(27527142-27527281)
chr4 (54-209)||(27571607-27571762)
chr4 (159-229)||(27460567-27460637)
chr4 (54-209)||(27419072-27419227)
chr4 (153-224)||(27502121-27502192)
chr4 (54-224)||(27446131-27446301)
chr4 (159-217)||(27466910-27466968)
chr4 (159-244)||(27473981-27474066)
chr4 (162-223)||(27495628-27495689)
chr4 (88-244)||(27507779-27507935)
chr4 (54-210)||(27421931-27422091)
chr4 (162-218)||(27600645-27600701)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (48-258)||(3073547-3073757)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (49-218)||(1756749-1756918)
chr5 (54-259)||(1754672-1754877)
chr5 (54-208)||(1754243-1754397)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 38025073 - 38024607
Alignment:
Q  12 tcatctacaagtagccaagcatcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatcccca 111  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38025073 tcatttacaagtagccaagcatcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatcccca 38024974  T
Q  112 tgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcac 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38024973 tgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcac 38024874  T
Q  212 agaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactata 311  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38024873 agaagacattttcatggaaattacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactata 38024774  T
Q  312 gtcatgatttagatttgt-aaagattttttcccttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattcagcaagacattgtttgt 410  Q
    |||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38024773 gtcatgatttagatttgtaaaattttttttcccttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattcagcaagagattgtttgt 38024674  T
Q  411 tgttatttctttctaattctaatcataatgacacattgtattcaacaactcaaacggctcttatatg 477  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38024673 tgttatttctttctaattctaatcataatgacacattgtattcaacaactcaaagggctcttatatg 38024607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 38031525 - 38031059
Alignment:
Q  12 tcatctacaagtagccaagcatcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatcccca 111  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38031525 tcatttacaagtagccaagcatcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatcccca 38031426  T
Q  112 tgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcac 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38031425 tgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcac 38031326  T
Q  212 agaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactata 311  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38031325 agaagacattttcatggaaattacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatattata 38031226  T
Q  312 gtcatgatttagatttgtaaagatt-ttttcccttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattcagcaagacattgtttgt 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  38031225 gtcatgatttagatttgtaaagattttttttccttttcatacctttggaatgggttagcattgtccatctgaatgacaaattcaggaagagattgtttgt 38031126  T
Q  411 tgttatttctttctaattctaatcataatgacacattgtattcaacaactcaaacggctcttatatg 477  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38031125 tattatttatttctaattctaatcataatgacacactacattcaacaactcaaagggctcttatatg 38031059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 46 - 394
Target Start/End: Original strand, 50909936 - 50910281
Alignment:
Q  46 tgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaactt 145  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  50909936 tgaatgtgccaaagggttatcttgcagtgtatgttggagagcaaatgctgcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaactt 50910035  T
Q  146 attgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttc 245  Q
     |||| |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| || |||||||||||||||||    
T  50910036 gttgaatcaagtggaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgtcttcttgcaaattacttctcgcttc 50910135  T
Q  246 aatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttaga-tttgtaaagatttt-ttccc 343  Q
    |||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||  ||| | ||||  ||| |||||||||||||| | |||||||||||||| || |     
T  50910136 aatgagctataaatctttcaataaaggagactgacatagattagcagggaaattttg--tacaatagtcatgatttatattttgtaaagattttgtttca 50910233  T
Q  344 ttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattca 394  Q
    ||||||||||  ||||||||   ||  ||||||||||||| ||||||||||    
T  50910234 ttttcctacctctggaatgg---agaattgtccatctgaatgacaaattca 50910281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 46 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 38028930 - 38028585
Alignment:
Q  46 tgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaactt 145  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  38028930 tgaatgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacct 38028831  T
Q  146 attgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttc 245  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||| || | |||||||||| ||||    
T  38028830 gttgagtcaagccgaggaagaatttggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaagacgttttcttgcatattacttctcacttc 38028731  T
Q  246 aatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttagatttgtaaagatttt-ttccct 344  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | | ||||  ||| |||||||| ||||||||||||  ||||||| || | |    
T  38028730 aatgggctataaatcttacactaaaggagactgacatagattagcaagaaaattttg--tacaatagtcatcatttagatttgtttagattttgtttcat 38028633  T
Q  345 tttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaatt 392  Q
    ||| ||||| |||||||||||||   |||||||| | || ||||||||    
T  38028632 ttttctacctttggaatgggttataattgtccatttaaatgacaaatt 38028585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 46 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 38040245 - 38039910
Alignment:
Q  46 tgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaactt 145  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  38040245 tgaatgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacct 38040146  T
Q  146 attgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttc 245  Q
     ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||| || | |||||||||| ||||    
T  38040145 gttgagtcaagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaagacgttttcttgcatattacttctcacttc 38040046  T
Q  246 aatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttagatttgtaaagatttt-ttccct 344  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | | ||||  ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||| || | |    
T  38040045 aatgggctataaatcttacactaaaggagactgacatagattagcaagaaaattttg--tacaatagtcatcatttaga-ttgtaaagattttgtttcat 38039949  T
Q  345 tttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaa 383  Q
    ||||||||  | ||||||| ||||  |||||||||||||    
T  38039948 tttcctactttaggaatggtttagaattgtccatctgaa 38039910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 46 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 38036957 - 38036610
Alignment:
Q  46 tgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaactt 145  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  38036957 tgaatgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaaacggtttgttgtccccatgccatacttgaaccaagcttcatttcaaaattt 38036858  T
Q  146 attgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttc 245  Q
     ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||| |  ||||| || | |||||||||| ||||    
T  38036857 gttgagtcaagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaatacgttttcttgcatattacttctcacttc 38036758  T
Q  246 aatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttagatttgtaaagatttt-ttccct 344  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  || | | ||||  ||| ||||| ||   ||||||||||||||||||| || | |    
T  38036757 aatgggctataaatcttacactataggagactgacatagattagaaagaaaattttg--tacaatagtgatcgcttagatttgtaaagattttatttcat 38036660  T
Q  345 tttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattca 394  Q
    ||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||| ||||||||||    
T  38036659 tttcctacctttggaatgtgttagaattgtccatctgaatgacaaattca 38036610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 34 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 38033955 - 38033695
Alignment:
Q  34 catcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttc 133  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38033955 catcaaaagcattgaatgtgccaaagggctatcttgcagtgtacattggagagcaaatgaagcggtttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttc 38033856  T
Q  134 ctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcaccc----aatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatgga 229  Q
     ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||    |||||| ||| |||| ||||| |||||||||||| ||||| || |    
T  38033855 atttcaaaacttgttgagtcaagccgaggaagaatttggatatgaccatccaattaatgggcggcatcacaattccctgcacagaagatgttttcttgca 38033756  T
Q  230 aattacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagc 290  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38033755 tattacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaaggagactgacatagattagc 38033695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 22 - 304
Target Start/End: Original strand, 55084738 - 55085020
Alignment:
Q  22 gtagccaagcatcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatactt 121  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| || | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  55084738 gtagccaaacatcatcaaaatctgtgaatgtgccaaaagggtgtcttgcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcttactt 55084837  T
Q  122 gaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatatt 221  Q
    ||||||| | || |||||| |||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  55084838 gaaccaaccatcatttcaagacttgttgagtcgggcggaggaagaatttggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgtt 55084937  T
Q  222 ttcatggaaattacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgta 304  Q
    ||| |  | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  55084938 ttctttcatattacttctcgcttcaatgaactataaatcttacactgaaagagattgacatagattagctaggacattttgta 55085020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 12 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 50912067 - 50911863
Alignment:
Q  12 tcatctacaagtagccaagcatcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatcccca 111  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||| |||||||    
T  50912067 tcatttacaggtagccaagcatcatcaaaagttgtgaatgtgccaaagggctatcttgcggtatatgttggagacaagatgaaacggtttgtgatcccca 50911968  T
Q  112 tgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcac 211  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  50911967 agtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgttgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctaacaattccttgcac 50911868  T
Q  212 agaag 216  Q
    |||||    
T  50911867 agaag 50911863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 21 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 50904981 - 50904741
Alignment:
Q  21 agtagccaagcatcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatact 120  Q
    ||||||||||||||| |||||||    ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||| ||||  ||||| ||||    
T  50904981 agtagccaagcatcaacaaaagcgacaaatgtgccaaagggatatcttgcagtgtacgttggagaagaaatgaagcggtttgtgatccatatgtcctact 50904882  T
Q  121 tgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatat 220  Q
    |||||||| |||| |||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |    
T  50904881 tgaaccaaacttcatttcaagacttgttgagtcgagcagaggatgaattcggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcagagaagaggt 50904782  T
Q  221 tttcatggaaattacttctcgcttcaatgggctataaatct 261  Q
    |||  || | || |||||||||||||||||||| |||||||    
T  50904781 ttttttgcatatcacttctcgcttcaatgggctgtaaatct 50904741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 48 - 256
Target Start/End: Original strand, 38043881 - 38044089
Alignment:
Q  48 aatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttat 147  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||| ||  |||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||| ||||      
T  38043881 aatgtgccaaagagctatcttgcagtgtactttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcatacttgaatcaaacttcgtttcaagacttgc 38043980  T
Q  148 tgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaa 247  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||| | ||||| ||    ||||||||||||||||    
T  38043981 tgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggcggcctcacaattccttgcaccgaaggtgttttcttgcgtgttacttctcgcttcaa 38044080  T
Q  248 tgggctata 256  Q
    |||| ||||    
T  38044081 tgggatata 38044089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 49 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 48840872 - 48840661
Alignment:
Q  49 atgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttatt 148  Q
    |||| |||||||| ||||||||| | || || |||||| | |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| || |||||| |||| ||    
T  48840872 atgtgccaaagggatatcttgcattgtacgtcggagaggagatgaagcgatttgtaatccccatgccatacttgaaccaagcctcatttcaagacttgtt 48840773  T
Q  149 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaat 248  Q
    |||| |||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || | ||||||  | ||||||||    
T  48840772 gagt-aagtggagaaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgttttcttgcacattactgttagcttcaat 48840674  T
Q  249 gggctataaatct 261  Q
    |||||||||||||    
T  48840673 gggctataaatct 48840661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 311 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 50911825 - 50911689
Alignment:
Q  311 agtcatgatttagatttgtaaagattttttcccttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattcagcaagacattgtttgt 410  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||| |||    
T  50911825 agtcatgatttagatttgtaaagaatttttcccctttcctgcctttggaatgggttagcattgtccatctgaaggacaatttcaggaagagattgtatgt 50911726  T
Q  411 tgttatttc-----tttctaattctaatcataatgac 442  Q
    | ||||||      |||| ||||||||||||||||||    
T  50911725 tattatttactttatttccaattctaatcataatgac 50911689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 54 - 100
Target Start/End: Original strand, 50913480 - 50913526
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtt 100  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||    
T  50913480 ccaaaaggctatcttgcagtgtatgttggagagaaaatgaagaggtt 50913526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 21607494 - 21607028
Alignment:
Q  12 tcatctacaagtagccaagcatcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatcccca 111  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21607494 tcatttacaagtagccaagcatcatcaaaagttgtgaatgtaccaaagggatatcttgcggtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatcccca 21607395  T
Q  112 tgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcac 211  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21607394 tgtcatacttgaaccgagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacggttccttgcac 21607295  T
Q  212 agaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactata 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21607294 agaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatattata 21607195  T
Q  312 gtcatgatttagatttgtaaagatt-ttttcccttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattcagcaagacattgtttgt 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  21607194 gtcatgatttagatttgtaaagattttttttccttttcatacctttggaatgggttagcattgtccatctgaatgacaaattcaggaagagattgtttgt 21607095  T
Q  411 tgttatttctttctaattctaatcataatgacacattgtattcaacaactcaaacggctcttatatg 477  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21607094 tattatttatttctaattctaatcataatgacacactacattcaacaactcaaagggctcttatatg 21607028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 46 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 21604918 - 21604573
Alignment:
Q  46 tgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaactt 145  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  21604918 tgaatgtgccaaagggctatcttgcagtgtaagtaggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacat 21604819  T
Q  146 attgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttc 245  Q
     ||||||||||  ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||| || | |||||||||| ||||    
T  21604818 gttgagtcaagacgaggaagaattaggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaagacgttttcttgcatattacttctcacttc 21604719  T
Q  246 aatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttagatttgtaaagatttt-ttccct 344  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | | ||||  ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| || | |    
T  21604718 aatgggctataaatcttacactaaaggagactgacatagattagcaagaaaattttg--tacaatagtcatcatttagatttgtatagattttgtttcat 21604621  T
Q  345 tttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaatt 392  Q
    ||| ||||| |||||||||||||   |||||||| | || ||||||||    
T  21604620 ttttctacctttggaatgggttataattgtccatttaaatgacaaatt 21604573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 209 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 21609805 - 21609617
Alignment:
Q  209 cacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatact 308  Q
    ||||||||| |||||| || | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | | ||||  |||     
T  21609805 cacagaagacattttcttgcatattacttctcacttcaatgggctataaatcttacactaaaggagactgacatagattagcaagaaaattttg--taca 21609708  T
Q  309 atagtcatgatt----tagatttgtaaagatttt-ttcccttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattca 394  Q
    |||||||| |||    |||||||||||||||||| || | |||||||||| | ||||||| ||||  ||||||| ||||| | ||||||||    
T  21609707 atagtcatcatttagctagatttgtaaagattttgtttcattttcctaccttaggaatggtttagaattgtccacctgaatggcaaattca 21609617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 130 - 224
Target Start/End: Original strand, 21634603 - 21634697
Alignment:
Q  130 cttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 224  Q
    |||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| |||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  21634603 cttcgtttcaagacttgctgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatcgaatgggcggcttcacaattccttgcaccgaagatgttttc 21634697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 54)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 48 - 258
Target Start/End: Original strand, 17970277 - 17970487
Alignment:
Q  48 aatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttat 147  Q
    ||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||| |||||| ||||      
T  17970277 aatgtgccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgc 17970376  T
Q  148 tgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaa 247  Q
    ||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  || |  |||||||| |||||||    
T  17970377 tgagtcgggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgtttttttgcatgttacttctagcttcaa 17970476  T
Q  248 tgggctataaa 258  Q
    ||| |||||||    
T  17970477 tggtctataaa 17970487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 36 - 218
Target Start/End: Original strand, 27415590 - 27415769
Alignment:
Q  36 tcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 135  Q
    ||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||   |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| | || |    
T  27415590 tcaaaagttgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggaaaacaaa---agcgatttgtgatccccatatcatacttgaaccaaccatcgt 27415686  T
Q  136 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 218  Q
    ||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27415687 ttcaagacttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcattccatgggtggcctcaccattccttgcacagaagat 27415769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 36 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27570223 - 27570039
Alignment:
Q  36 tcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 135  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  || ||||| ||| |||||| | |||||||| | |||| |||| |    
T  27570223 tcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcat 27570124  T
Q  136 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatat 220  Q
    ||||| ||||  |||||||||| |||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  27570123 ttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatat 27570039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 26 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 27444978 - 27444763
Alignment:
Q  26 ccaagcatcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaac 125  Q
    |||| |||| |||||||  ||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||| |    
T  27444978 ccaaacatcttcaaaaggcgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatacgttggagaggaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgagc 27444879  T
Q  126 caagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttca 225  Q
    ||| | || |||||| | ||||||| |||||| |||||| |||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||  |||||     
T  27444878 caatcatcatttcaagaattattgaatcaagccgaggaacaattcggatatgaccatccaatgggtggtctcacaattccttgcagagaagacgttttct 27444779  T
Q  226 tggaaattacttctcg 241  Q
    | || |||||||||||    
T  27444778 tagatattacttctcg 27444763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 39 - 211
Target Start/End: Original strand, 27425781 - 27425953
Alignment:
Q  39 aaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttc 138  Q
    ||||||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||   ||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||| | || ||||    
T  27425781 aaagctgtggacgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacaaaagcggtatgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcatttc 27425880  T
Q  139 aaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcac 211  Q
    || ||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||    
T  27425881 aagacttattgagtcaatttgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcac 27425953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 26 - 224
Target Start/End: Original strand, 27557445 - 27557643
Alignment:
Q  26 ccaagcatcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaac 125  Q
    ||||||||| ||||| | |||| |||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||    
T  27557445 ccaagcatcttcaaagggtgtggatgtgccaaggggatatcttgccgtatatgttggagaggaaatgaagaggtttgtgatcccaatgtcatacttaaac 27557544  T
Q  126 caagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 224  Q
    ||| | || |||||| | ||  ||| |||||| |||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||| |||||    
T  27557545 caaccatcatttcaagaattgctgaatcaagctgaggaacaatttgaatatgttcatccaatgggtggtctcactattccatgcagagaagatgttttc 27557643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 36 - 218
Target Start/End: Original strand, 27420374 - 27420556
Alignment:
Q  36 tcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 135  Q
    |||||| ||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  || ||||| | | |||||| | |||||||||| |||| |||| |    
T  27420374 tcaaaatctgtggacgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagaaacagacgcggtatttaatccccgtatcatacttgagccaaccttcat 27420473  T
Q  136 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 218  Q
    |||||  |||  |||||||||  |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27420474 ttcaaggcttgctgagtcaagttgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcacggaagat 27420556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 56 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 27468481 - 27468319
Alignment:
Q  56 aaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 155  Q
    |||||||||| |||| || |||||||||||| || ||  |||||||||  ||||  | |||||||| |||||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  27468481 aaagggctatgttgcggtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatcatacttaaaccaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27468382  T
Q  156 gcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 218  Q
     | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27468381 tccgaggaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcacggaagat 27468319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 56 - 218
Target Start/End: Original strand, 27503908 - 27504070
Alignment:
Q  56 aaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 155  Q
    |||||||||| || | || |||||||||||| || ||  |||||||||  | ||  | ||||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  27503908 aaagggctatgtttccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatcatacttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27504007  T
Q  156 gcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 218  Q
    || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27504008 gccgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagat 27504070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 56 - 218
Target Start/End: Original strand, 27514877 - 27515039
Alignment:
Q  56 aaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 155  Q
    |||||||||| |||| || |||||||||||| || ||  |||||||||  ||||  | ||||||||||| ||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  27514877 aaagggctatgttgcggtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatcatacttgaatcaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27514976  T
Q  156 gcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 218  Q
     | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  27514977 tccgaggaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgtacagaagat 27515039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 96 - 218
Target Start/End: Original strand, 27412690 - 27412812
Alignment:
Q  96 cggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcc 195  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||||||| | |  |||||| |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  27412690 cggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccattatttcaagacttattgagtcaagctgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcc 27412789  T
Q  196 tcacgattccttgcacagaagat 218  Q
    |||| ||||||||||| ||||||    
T  27412790 tcaccattccttgcacggaagat 27412812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 47 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 27431311 - 27431117
Alignment:
Q  47 gaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaactta 146  Q
    |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||| | || |||||| | ||     
T  27431311 gaatgtgccaaagggatatattgcagtatatgttggggatgaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccgtcatttcaagaattg 27431212  T
Q  147 ttgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcg 241  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||||||| || ||||  ||||| ||||| |||||||||| ||||||  ||||| |  | |||||||||||    
T  27431211 ttgaatcaagccgaggaacaatttggatatgaccatccaaccggtggtctcacaattccttgcagagaagacgttttcttaaatattacttctcg 27431117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 31 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 27526291 - 27526105
Alignment:
Q  31 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 130  Q
    |||| ||||||| |||  |||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| || ||  | ||||||||||||||| |    
T  27526291 catcttcaaaaggtgtcgatgttccaaagggatatctagcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaac 27526192  T
Q  131 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 217  Q
     || || ||| | || ||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  27526191 ctcattccaagaattgttgagccaagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaacgggtggtctcactattccttgcagagaaga 27526105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 31 - 240
Target Start/End: Original strand, 27486944 - 27487153
Alignment:
Q  31 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 130  Q
    |||| |||||||||||| | || |||||||| ||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||| |||||  | |||||||| |||||| |    
T  27486944 catcttcaaaagctgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctttatcatacttaaaccaacc 27487043  T
Q  131 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaa 230  Q
     || |||||| | || ||||  ||||| || ||| |||||| ||||||||| ||||||||||| || || |||||||||| |||||| |||||| | ||     
T  27487044 atcgtttcaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtcttactattccttgcaaagaagacattttcttagat 27487143  T
Q  231 attacttctc 240  Q
    ||||||||||    
T  27487144 attacttctc 27487153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 31 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 27523582 - 27523373
Alignment:
Q  31 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 130  Q
    |||| |||||||||||| | || |||||||||||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||| || ||  | ||||| ||||||||| |    
T  27523582 catcttcaaaagctgtggacgttccaaagggctatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatatttgaaccaaac 27523483  T
Q  131 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaa 230  Q
    ||| || ||| | || |||||  |||| |||||| |||||| |||||| || ||||||||||| || || |||||||||| |||||| |||||| | ||     
T  27523482 ttcattccaagaattgttgagcgaagccgaggaacaatttgaatatgaccatccaatgggtggtctaactattccttgcaaagaagacattttcttagat 27523383  T
Q  231 attacttctc 240  Q
    ||||||||||    
T  27523382 attacttctc 27523373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 27 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 27497505 - 27497321
Alignment:
Q  27 caagcatcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaacc 126  Q
    ||||||||||||||| ||||  | || |||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||   ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  27497505 caagcatcatcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaacc 27497406  T
Q  127 aagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcac 211  Q
    || | |  |||||| | || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |  ||||||||||| |||||||||||    
T  27497405 aaccattgtttcaatatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcaccattccttgcac 27497321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 56 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 27475733 - 27475526
Alignment:
Q  56 aaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 155  Q
    |||||||||| |||| || |||||||||||| || ||  |||||||||  | ||  | ||||||||||| ||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  27475733 aaagggctatgttgccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatcatacttgaatcaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27475634  T
Q  156 gcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaatgggctat 255  Q
    || |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| | |||||| | |||    | || |||||| |||| ||||||||||    
T  27475633 gccgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgctccgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgggctat 27475534  T
Q  256 aaatctta 263  Q
     |||||||    
T  27475533 gaatctta 27475526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 54 - 209
Target Start/End: Original strand, 27498399 - 27498554
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||||| | || || ||| |||| ||||  |    
T  27498399 ccaaagggatatctagcagtatatgttggagaggaaatgaaacgttttgtgatccctatatcatacttgaaccaaccatcgttccaagacttgttgaacc 27498498  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgc 209  Q
    |||| |||||| |||| | ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  27498499 aagccgaggaacaattcgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgc 27498554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 54 - 224
Target Start/End: Original strand, 27479885 - 27480055
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    ||||| |||||||| |||||||| || |||||| |||||||||| ||||| || ||  | ||||||||||||||| | || || ||||| || ||||  |    
T  27479885 ccaaaaggctatctagcagtatacgtaggagagaaaatgaagcgttttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacatcattccaaaagttgttgaacc 27479984  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 224  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||    
T  27479985 aagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttgcagagaagacattttc 27480055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 54 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 27486099 - 27485937
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| | |  |||||| | ||  |   ||    
T  27486099 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatacttgaaccaaccattgtttcaagaattgctacatc 27486000  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaag 216  Q
    |||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  27485999 aagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcactgaag 27485937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 54 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 27479039 - 27478826
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| | |  |||||| | ||  |   ||    
T  27479039 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatacttgaaccaaccattgtttcaagaattgctacatc 27478940  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaatgggct 253  Q
    |||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| | |||||| | |||    | || |||||| |||| ||||||||    
T  27478939 aagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgctccgaagatgtgttccaacatataacttcttgcttgaatgggct 27478840  T
Q  254 ataaatcttacact 267  Q
    || | |||||||||    
T  27478839 atgattcttacact 27478826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 56 - 268
Target Start/End: Original strand, 27508838 - 27509050
Alignment:
Q  56 aaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 155  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||| ||| |||||  | ||  ||||||| ||||||||| |||| |||||| |||| |||| |||     
T  27508838 aaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcgttttgtcgttcctgtgtcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcag 27508937  T
Q  156 gcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaatgggctat 255  Q
    || |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||| | |||||| | |||    | || |||||| |||||||||| ||||    
T  27508938 gctgaggaagagtttggatatgatcatccaacgggtggcctcaccattccatgctccgaagatgtgttccaacatataacttcttgcttcaatggactat 27509037  T
Q  256 aaatcttacacta 268  Q
     ||||||| ||||    
T  27509038 gaatcttatacta 27509050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 49 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 27502968 - 27502773
Alignment:
Q  49 atgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttatt 148  Q
    |||| ||||| || |||||||| || ||||| |||||| | |||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||| |||| |||||| ||||  |    
T  27502968 atgtgccaaaaggatatcttgccgtttatgtaggagagaagatgaagcggtttgtgattccaatgtcatatttgaatcaaacttcatttcaagacttgct 27502869  T
Q  149 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgctt 244  Q
    ||| ||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||| || || ||||||||   ||||||| ||||| | || || |||||||||||    
T  27502868 gagccaagctgtggaagaatttggatatgaccatccaatgggtggtcttactattccttgtgaagaagattttttcgtagatatcacttctcgctt 27502773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 31 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 27513955 - 27513769
Alignment:
Q  31 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 130  Q
    |||| |||||||||||  | || ||||| || ||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |    
T  27513955 catcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaac 27513856  T
Q  131 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 217  Q
     || || ||| | || ||||  ||||| || ||| ||| || ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  27513855 ctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatatgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaaga 27513769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 56 - 218
Target Start/End: Original strand, 27524510 - 27524672
Alignment:
Q  56 aaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 155  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||||| || ||| ||||||  |  | ||  | ||||| ||||||||| |||| |||||| |||| |||| ||||    
T  27524510 aaagggctacgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcggttcatagttcctgtatcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaa 27524609  T
Q  156 gcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 218  Q
    || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  27524610 gctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccgtgcaccgaagat 27524672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 37 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 27563519 - 27563338
Alignment:
Q  37 caaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctt 136  Q
    |||||| |||| | || |||||||||||||||||||| || ||||||||  ||   ||| |  |||| |||||| | ||||||||||||||| | |  ||    
T  27563519 caaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaacattgtt 27563420  T
Q  137 tcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 218  Q
    |||| | ||  |||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27563419 tcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagat 27563338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 54 - 217
Target Start/End: Original strand, 27501301 - 27501464
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    |||||||| | ||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||| | |  |||||| |||| ||||  |    
T  27501301 ccaaagggatgtctagcagtatatgttggagaggaaatgaaacggtttgtgatcccaatatcatacttaaaccaaccattgtttcaagacttgttgaacc 27501400  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 217  Q
    |||| |||||| |||||| ||| ||||| |||| |||||| ||||| |||||||| | ||||||    
T  27501401 aagccgaggaacaatttgaatacgatcatccaacgggtggtctcactattccttgtagagaaga 27501464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 26 - 241
Target Start/End: Original strand, 27554265 - 27554480
Alignment:
Q  26 ccaagcatcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaac 125  Q
    ||||||||| |||||||  ||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  | || || |  || | |    
T  27554265 ccaagcatcttcaaaaggagtggatgtgccaaagggataccttgcagtatatgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatatcaatttctttgttaagc 27554364  T
Q  126 caagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttca 225  Q
    ||| | || |||||| | ||  ||| |||||| |||||| |||||||||||||||| |||| |||| | ||||| |||||||| | ||||||  |||||     
T  27554365 caaccatcgtttcaagaattgctgaatcaagctgaggaacaatttggatatgatcatccaacgggtagtctcacaattccttgtagagaagacgttttct 27554464  T
Q  226 tggaaattacttctcg 241  Q
    | || |||||||||||    
T  27554465 tagatattacttctcg 27554480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 54 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 27505858 - 27505688
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    |||||||| ||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||| || ||  | ||||||||||||||| | || || ||| | || ||||  |    
T  27505858 ccaaaggggtatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaattgttgaacc 27505759  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 224  Q
    |||| |||||| |||||| |||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||    
T  27505758 aagctgaggaacaatttgaatatgaccatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagagattttc 27505688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 54 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 27556535 - 27556304
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| ||||| || ||||| ||||  ||||||||| |||| |||||| | ||| |   ||    
T  27556535 ccaaaaggctatctcgcagtttatgttggagaaaaaatgaagcgatttgtgattcccatttcattattgaaccaaccttcatttcaagaattactacatc 27556436  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctc-gcttcaatgggc 252  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||| ||||| ||||  ||||||  |||| |  || |  |||||| |||||||||       
T  27556435 aagcagaagaagaatttggatatgatcattctatgggtggtctcacaattccatgcagtgaagatgctttcttacaactctcttctcggcttcaatgtta 27556336  T
Q  253 tataaatcttacactaaagaagactgacatagat 286  Q
     |||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  27556335 aataaatctt--actaaagaagactgacatagat 27556304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 31 - 224
Target Start/End: Original strand, 27469421 - 27469614
Alignment:
Q  31 catcatcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagc 130  Q
    |||| |||||||||||| | || |||||||| ||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||| |    
T  27469421 catcttcaaaagctgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatatcatatttgaagcaaac 27469520  T
Q  131 ttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 224  Q
     || || ||| |  | ||||| ||||| || ||| |||||| |||||| || ||||||||||| || || |||||||||| |||||| ||||||    
T  27469521 atcattacaagaactgttgagccaagctgaagaacaatttgaatatgaacatccaatgggtggtctaactattccttgcagagaagaaattttc 27469614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 54 - 218
Target Start/End: Original strand, 27506682 - 27506846
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||  || ||||||||| ||||| || |||||||| |||||| | |  |||||| | ||  |   ||    
T  27506682 ccaaagggctatgttgcagtatatgtcggagagaaacagacgcggtttgtgatcccaatatcatacttaaaccaaccattgtttcaagaattgctacatc 27506781  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 218  Q
    |||| || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  27506782 aagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggactcaccattccttgcactgaagat 27506846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 36 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 27566125 - 27565953
Alignment:
Q  36 tcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 135  Q
    ||||||| |||| | || |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||   ||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||| | |  |    
T  27566125 tcaaaagttgtggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtgatccccatatcatacctgaaccaaccattgt 27566026  T
Q  136 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttg 208  Q
    ||||| ||||  |||  ||||  ||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  27566025 ttcaagacttgctgatacaagttgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttg 27565953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 54 - 224
Target Start/End: Original strand, 27423206 - 27423376
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||||| || ||  ||  |||  ||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||| | || |||||||    
T  27423206 ccaaagagatatcttgctgtatatgttggatagaaacagacacggcatgtgatccgcatatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgttgagtc 27423305  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 224  Q
    |||| |||||||| ||||| ||  |||| || ||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||    
T  27423306 aagccgaggaagagtttggttacaatcatcccatgggtggcctcaccgttccttgcacggaagatgttttc 27423376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 54 - 240
Target Start/End: Original strand, 27476671 - 27476857
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| || ||  | ||||||||||||||| | || || ||| |  |  |||| |    
T  27476671 ccaaagggatatctagcagtgtatgttggtgagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaacctcattccaagaactgctgagcc 27476770  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctc 240  Q
    ||   |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| || || |||||||||| |||||| |||||| |||| ||||| ||||    
T  27476771 aaagtgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctaactattccttgcagagaagacattttcttggatattacctctc 27476857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 56 - 206
Target Start/End: Original strand, 27489946 - 27490096
Alignment:
Q  56 aaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 155  Q
    |||||||||| ||| ||| |||||||||||| ||   || ||||||||  ||||  |||||||||| ||| || | || |||||| | || |||| ||||    
T  27489946 aaagggctatgttgtagtgtatgttggagagaaacaaaaacggtttgtagtccctgtgtcatacttaaacaaaccatcatttcaagatttgttgaatcaa 27490045  T
Q  156 gcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattcct 206  Q
    || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  27490046 gccgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattcct 27490096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 54 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 27411612 - 27411456
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||   |||||  ||||| || || ||  | ||||||||||||||| | || |||||| | ||| | | ||    
T  27411612 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgagacggttcgtgattccagtatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagaattactaaatc 27411513  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgca 210  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||    
T  27411512 aagcagaagaagaatttggatatgatcatcctatgggtggtctcacaattccttgca 27411456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 54 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 27414460 - 27414304
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||||||||  ||||||  |||||||| || ||  | ||||||||||||||| | || |||||| | ||| | | ||    
T  27414460 ccaaaaggctatcttgcagtctacgttggagataaaatgagacggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaccctcatttcaagaattactaaatc 27414361  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgca 210  Q
    || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||    
T  27414360 aatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtcttacaattccgtgca 27414304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 54 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 27424670 - 27424514
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| || ||  | ||||||||||||||| |||| |||||| | ||  | | ||    
T  27424670 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatcaaatgaggcggtttgtgattccagtatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgctaaatc 27424571  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgca 210  Q
    || | || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||    
T  27424570 aatctgaagaagaatatggatatgatcatccaatgggtggtcttaccattccgtgca 27424514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 54 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 27559396 - 27559240
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||| | ||| | || || || ||||  ||||| ||| |||| |||||| | ||||| || |    
T  27559396 ccaaaaggctatctcgcagtttatgttggagacaaaatgaagagatttctgattcctatttcattattgaatcaatcttcatttcaatagttattaagcc 27559297  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgca 210  Q
    || |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27559296 aatcagaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgca 27559240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 99 - 218
Target Start/End: Original strand, 27585717 - 27585836
Alignment:
Q  99 tttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctca 198  Q
    ||||| |||||| | ||||||||||||||| | |  |||||| | ||  |||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||    
T  27585717 tttgtgatccccgtatcatacttgaaccaaccattgtttcaagatttgatgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggaggtctca 27585816  T
Q  199 cgattccttgcacagaagat 218  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  27585817 ccattccttgcacagaagat 27585836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 54 - 210
Target Start/End: Original strand, 27567239 - 27567395
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||   |||||  ||||| || || ||  | ||||||||||||||| | || |||||| | ||| | | ||    
T  27567239 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgagacggttcgtgattccagtatcatacttgaaccaaccatcgtttcaagaattactaaatc 27567338  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgca 210  Q
    || |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27567339 aaacagaagaagaatttggttatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgca 27567395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 51 - 190
Target Start/End: Original strand, 27527142 - 27527281
Alignment:
Q  51 gtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattga 150  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||  ||  ||| |||||||| ||||| || ||| |||| |||||| | || |||| | | ||  |||    
T  27527142 gtaccaaagggctatcttgcggtgtatgttggagataaacagaaacggtttgtgatcccaatatcacacttaaaccaaccatcgtttctagagttgctga 27527241  T
Q  151 gtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatggg 190  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  27527242 gtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccatggg 27527281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 209
Target Start/End: Original strand, 27571607 - 27571762
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||   ||||| |||||| || || ||  | ||||| |||| |||  | || |||||| | ||| | | ||    
T  27571607 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgaggcggttcgtgattccagtatcatatttgagccagccatcgtttcaagaattactaaatc 27571706  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgc 209  Q
    || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  27571707 aatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgc 27571762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 159 - 229
Target Start/End: Original strand, 27460567 - 27460637
Alignment:
Q  159 gaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatgga 229  Q
    |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||| ||||    
T  27460567 gaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttgcagagaagacattttcttgga 27460637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 54 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 27419227 - 27419072
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||   ||||| |||||| || || ||  | ||||| |||| |||  | || |||||| | ||| | | ||    
T  27419227 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgaggcggttcgtgattccagtatcatatttgagccagccatcgtttcaagaattactaaatc 27419128  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgc 209  Q
    || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||    
T  27419127 aatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtcttacaattccttgc 27419072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 153 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 27502192 - 27502121
Alignment:
Q  153 caagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 224  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| || || |||||||||| |||||| ||||||    
T  27502192 caagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctaactattccttgcagagaagacattttc 27502121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 224
Target Start/End: Original strand, 27446131 - 27446301
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||||||||  |||||||||| ||||| || || |  ||||  ||||| ||| |||| |||||| | |  || || |    
T  27446131 ccaaaaggctatcttgcggtttatgttggagaaaaaatgaagcgatttgtgattccaacttcattattgaatcaaccttcatttcaagagtcgttaagcc 27446230  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 224  Q
    || |||| ||||| |||| ||||||||| | ||||| ||| ||| ||||||||||||  |||||| |||||    
T  27446231 aatcagaagaagagtttgaatatgatcatcgaatggatggtctctcgattccttgcagtgaagatgttttc 27446301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 159 - 217
Target Start/End: Original strand, 27466910 - 27466968
Alignment:
Q  159 gaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 217  Q
    |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  27466910 gaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaaga 27466968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 159 - 244
Target Start/End: Original strand, 27473981 - 27474066
Alignment:
Q  159 gaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgctt 244  Q
    |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||  ||||| | || || |||||||||||    
T  27473981 gaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttgcggagaagacgttttcttagacatcacttctcgctt 27474066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 162 - 223
Target Start/End: Original strand, 27495628 - 27495689
Alignment:
Q  162 gaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatatttt 223  Q
    ||||| ||||||| | |||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  27495628 gaagagtttggatttaatcatccaatgggtggtctcaccattccttgcagagaagatatttt 27495689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 88 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 27507935 - 27507779
Alignment:
Q  88 aaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaat 187  Q
    |||||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||| ||||  ||||| | ||  | || || || |  ||||||||||||||||| || |||||    
T  27507935 aaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaaacttcacttcaagagttgctcagccaggctgtcgaagaatttggatatgaccatccaat 27507836  T
Q  188 gggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgctt 244  Q
    |||||| || || ||||||||   ||||||| ||||| | || || |||||||||||    
T  27507835 gggtggtcttacaattccttgtgaagaagatcttttcttagatatcacttctcgctt 27507779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #53
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 54 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 27422091 - 27421931
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||||   |||||| ||||| || || ||  | ||||||||||||||| | |  |||||| | ||| | | ||    
T  27422091 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgaaacggttcgtgattccagtatcatacttgaaccaaccattatttcaagaattactaaatc 27421992  T
Q  154 aagcagaggaagaatt----tggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgca 210  Q
    ||||||| ||||||||    |||||| ||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||    
T  27421991 aagcagaagaagaatttggatggatacgatcatccaacgggtggtctcacaattccttgca 27421931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #54
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 162 - 218
Target Start/End: Original strand, 27600645 - 27600701
Alignment:
Q  162 gaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 218  Q
    ||||||||||| ||  |||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||    
T  27600645 gaagaatttggttacaatcatccaatgggtggtctcacaattccttgcaaagaagat 27600701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 48 - 258
Target Start/End: Original strand, 3073547 - 3073757
Alignment:
Q  48 aatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttat 147  Q
    ||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||| |||||| ||||      
T  3073547 aatgtgccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgc 3073646  T
Q  148 tgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaa 247  Q
    ||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  || |  |||||||| |||||||    
T  3073647 tgagtcgggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgtttttttgcatgttacttctagcttcaa 3073746  T
Q  248 tgggctataaa 258  Q
    ||| |||||||    
T  3073747 tggtctataaa 3073757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 98; Significance: 5e-48; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 49 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 1756918 - 1756749
Alignment:
Q  49 atgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttatt 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||  |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | || |||||| |||| ||    
T  1756918 atgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaatacttgtt 1756819  T
Q  149 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 218  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  1756818 gagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagat 1756749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 54 - 259
Target Start/End: Original strand, 1754672 - 1754877
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||  ||| |||  ||| ||||| || ||||||||||| ||| | || ||||||  ||| |||||||    
T  1754672 ccaaagggctatgttgcagtgtatattggagagaaacagaaacggcatgtgatcccaatatcatacttgaatcaaccatcgtttcaatccttgttgagtc 1754771  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaattacttctcgcttcaatgggct 253  Q
    |||| | |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | |||    | || |||||| |||| ||||||||    
T  1754772 aagctgcggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattctttgcacagaagatgtcttcgaaaatataacttctagcttaaatgggct 1754871  T
Q  254 ataaat 259  Q
    ||||||    
T  1754872 ataaat 1754877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 54 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 1754397 - 1754243
Alignment:
Q  54 ccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 153  Q
    ||||| || ||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| | || |||||||| ||  | |       
T  1754397 ccaaaaggatatctagctgtatatgttggagaagaaatgaagcggtttgtgatccccgtatcatacttgaaccaatcgtcatttcaaaaattgctaaaca 1754298  T
Q  154 aagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttg 208  Q
    || | |||||| | |||| ||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||    
T  1754297 aatctgaggaacagtttgaatatgatcatccgatgggtggtctcactattccttg 1754243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University