View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12904_high_12 (Length: 272)

Name: NF12904_high_12
Description: NF12904
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12904_high_12
NF12904_high_12
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (13-245)||(17030044-17030276)
chr8 (13-245)||(17560480-17560712)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (69-245)||(15004622-15004796)
chr1 (69-245)||(15044414-15044588)
chr1 (83-245)||(15019186-15019346)
chr1 (83-245)||(15026304-15026464)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 13 - 245
Target Start/End: Original strand, 17030044 - 17030276
Alignment:
Q  13 aatatgtaaaggtttgtccttgaacaagaccaaacatgatcatgcaatggtttgattccattataaccggtaccctttgcacgagcaggatctgttcttg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17030044 aatatgtaaaggtttgtccttgaacaagaccaaacatgatcatgcaatggtttgattccattataaccggtaccctttgcacgagcaggatctgttcttg 17030143  T
Q  113 aattgatgtggaagcgacttgagtctcttagtatgatcacatgttcaacaatcatggatatgtaggttatggcactatgaaaatctccgcaaatgcgtaa 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17030144 aattgatgtggaagcgacttgagtctcttagtatgatcacatgttcaacaatcatggatatgtaggttatggcactatgaaaatctccgcaaatgcgtaa 17030243  T
Q  213 gttcttagtgattcaaatagatgcacctggggg 245  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17030244 gttcttagtgattcaaataggtgcacctggggg 17030276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 13 - 245
Target Start/End: Original strand, 17560480 - 17560712
Alignment:
Q  13 aatatgtaaaggtttgtccttgaacaagaccaaacatgatcatgcaatggtttgattccattataaccggtaccctttgcacgagcaggatctgttcttg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17560480 aatatgtaaaggtttgtccttgaacaagaccaaacatgatcatgcaatggtttgattccattataaccggtaccctttgcacgagcaggatctgttcttg 17560579  T
Q  113 aattgatgtggaagcgacttgagtctcttagtatgatcacatgttcaacaatcatggatatgtaggttatggcactatgaaaatctccgcaaatgcgtaa 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17560580 aattgatgtggaagcgacttgagtctcttagtatgatcacatgttcaacaatcatggatatgtaggttatggcactatgaaaatctccgcaaatgcgtaa 17560679  T
Q  213 gttcttagtgattcaaatagatgcacctggggg 245  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17560680 gttcttagtgattcaaataggtgcacctggggg 17560712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 69 - 245
Target Start/End: Original strand, 15004622 - 15004796
Alignment:
Q  69 tccattataaccggtaccctttgcacgagcaggatctgttcttgaattgatgtggaagcgacttgagtctcttagtatgatcacatgttcaacaatcatg 168  Q
    |||||| | ||| |||||||||||||||||| ||||  || |||||||||||   ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  15004622 tccattttcaccagtaccctttgcacgagcaagatccatttttgaattgatga--aagcgacttgaatctctgagtatgatctcatgttcaacaatcatg 15004719  T
Q  169 gatatgtaggttatggcactatgaaaatctccgcaaatgcgtaagttcttagtgattcaaatagatgcacctggggg 245  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  15004720 gatatataggttatggcactatgaaaatctccacagatgcgtaaattcttagtgattcgaataggtgcacctggggg 15004796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 69 - 245
Target Start/End: Original strand, 15044414 - 15044588
Alignment:
Q  69 tccattataaccggtaccctttgcacgagcaggatctgttcttgaattgatgtggaagcgacttgagtctcttagtatgatcacatgttcaacaatcatg 168  Q
    |||||| | ||| |||||||||||||||||| ||||  || ||||| |||||  ||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  15044414 tccattttcaccagtaccctttgcacgagcaagatccatttttgaaatgatg--gaatcgactcgagtctctgagtatgatctcatgttcaacaatcatg 15044511  T
Q  169 gatatgtaggttatggcactatgaaaatctccgcaaatgcgtaagttcttagtgattcaaatagatgcacctggggg 245  Q
    ||||| |||||||||||||||||  |||| || || |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  15044512 gatatataggttatggcactatggcaatcaccacagatgcgtaaattcttagtgattcgaataggtgcacctggggg 15044588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 83 - 245
Target Start/End: Original strand, 15019186 - 15019346
Alignment:
Q  83 taccctttgcacgagcaggatctgttcttgaattgatgtggaagcgacttgagtctcttagtatgatcacatgttcaacaatcatggatatgtaggttat 182  Q
    ||||||||||||||||| ||||  || ||||| |||||  |||||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15019186 taccctttgcacgagcaagatccatttttgaaatgatg--gaagcgccttgagtctctgagtatgacctcatgttcaacaatcatggatatgtaggatat 15019283  T
Q  183 ggcactatgaaaatctccgcaaatgcgtaagttcttagtgattcaaatagatgcacctggggg 245  Q
    |||||||||  |||| || || |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  15019284 ggcactatggcaatcaccacagatgcgtaaattcttagtgattcgaataggtgcacctggggg 15019346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 83 - 245
Target Start/End: Original strand, 15026304 - 15026464
Alignment:
Q  83 taccctttgcacgagcaggatctgttcttgaattgatgtggaagcgacttgagtctcttagtatgatcacatgttcaacaatcatggatatgtaggttat 182  Q
    ||||||||||||||||| ||||  || ||||| |||||  |||||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15026304 taccctttgcacgagcaagatccatttttgaaatgatg--gaagcgccttgagtctctgagtatgacctcatgttcaacaatcatggatatgtaggatat 15026401  T
Q  183 ggcactatgaaaatctccgcaaatgcgtaagttcttagtgattcaaatagatgcacctggggg 245  Q
    |||||||||  |||| || || |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  15026402 ggcactatggcaatcaccacagatgcgtaaattcttagtgattcgaataggtgcacctggggg 15026464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University