View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12907_low_2 (Length: 639)

Name: NF12907_low_2
Description: NF12907
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12907_low_2
NF12907_low_2
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (18-629)||(45319819-45320430)
chr8 (228-629)||(40916447-40916848)
chr8 (19-85)||(40916959-40917025)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (228-629)||(34841322-34841723)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (338-621)||(11732027-11732310)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (416-629)||(53146175-53146388)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (228-629)||(5532253-5532654)
chr4 (228-612)||(5921396-5921780)
chr4 (440-606)||(38177186-38177352)
chr4 (518-612)||(5934856-5934950)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (359-629)||(45452581-45452851)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 596; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 596; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 629
Target Start/End: Original strand, 45319819 - 45320430
Alignment:
Q  18 ccttgataatgaagcactctatgacatctgcttcaggaccctcaaactcaccacaccaagttgtaagtaattataacatatagtataagatacatataat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45319819 ccttgataatgaagcactctatgacatctgcttcaggaccctcaaactcaccacaccaagttgtaagtaattataacatatagtataagatacatataat 45319918  T
Q  118 ttaatttatatggcaattgattgcatgtagtataattaagtgagcacctcatgttatattatatatgaactcttttgttcttgaatatgatttaccaaat 217  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45319919 ttaatttatatggcaattgatcgcatgtagtataattaagtgagcacctcatgttatattatatatgaaatcttttgttcttgaatatgatttaccaaat 45320018  T
Q  218 taattttttccagttggagatttgaatcatttgatctcagcaacaatgagtggagtgacttgttgcttaagattcccgggtcagctaaattcagacctgc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45320019 taattttttccagttggagatttgaatcatttgatctcagcaacaatgagtggagtgacttgttgcttaagattcccgggtcagctaaattcagacctgc 45320118  T
Q  318 ggaagctagcagtgaacttgatcccatttccacgccttcacttcttcatggtgggtttcgctcccctgacatctcgaggatcgcagaactaccgtgcact 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45320119 ggaagctagcagtgaacttgatcccatttccacgccttcacttcttcatggtgggtttcgctcccctgacatctcaaggatcgcagaactaccgtgcact 45320218  T
Q  418 tactgtaccagaacttacacaacagatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgcggcggatccacgccatggccgttatttaacagcctcagcggtgttt 517  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45320219 taccgtaccagaacttacacaacagatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgcggcggatccacgccatggccgttatttaacagcctcagcggtgttt 45320318  T
Q  518 agagggaaaatgagcacaaaagaagtggatgaacaggtaatgaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgtgaagt 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45320319 agagggaaaatgagcacaaaagaagtggatgaacaggtaatgaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgtgaagt 45320418  T
Q  618 ccagtgtctgtg 629  Q
    ||||||||||||    
T  45320419 ccagtgtctgtg 45320430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 228 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 40916848 - 40916447
Alignment:
Q  228 cagttggagatttgaatcatttgatctcagcaacaatgagtggagtgacttgttgcttaagattcccgggtcagctaaattcagacctgcggaagctagc 327  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| || |||||| |  |||| || || || || || || || ||  ||||  ||||    
T  40916848 cagttggtgatttgaaccatttgatatcaacaacaatgagtggagtaacatgttgcctccgatttcctggccaactcaactctgatcttaggaaattagc 40916749  T
Q  328 agtgaacttgatcccatttccacgccttcacttcttcatggtgggtttcgctcccctgacatctcgaggatcgcagaactaccgtgcacttactgtacca 427  Q
    ||| ||| | ||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||| | |||||  | || || ||  | ||| || | || ||  | |||    
T  40916748 agttaacctcatccctttcccacgtctacactttttcatggttggttttgctcccttaacatcaaggggttctcaacagtacagttccctcaccattcca 40916649  T
Q  428 gaacttacacaacagatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgcggcggatccacgccatggccgttatttaacagcctcagcggtgtttagagggaaaa 527  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||| |  |||||||||||||| || |||||| | |||||  | ||| |||||||||| ||  ||||  | || ||||    
T  40916648 gaactcacacagcaaatgtgggatgcaagaaacatgatgtgtgctgctgatccaagacatggtaggtatctaacagcctcggcaatgttccgtggcaaaa 40916549  T
Q  528 tgagcacaaaagaagtggatgaacaggtaatgaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgtgaagtccagtgtctg 627  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| | || ||||| ||||||||||| || |||||||| || ||||||||||| || |||||||| || ||||| ||    
T  40916548 tgagcacaaaagaagttgatcaacagatgataaatgttcagaacaagaactcgtcttactttgtggaatggattccaaacaatgtgaaatcaagtgtttg 40916449  T
Q  628 tg 629  Q
    ||    
T  40916448 tg 40916447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 19 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 40917025 - 40916959
Alignment:
Q  19 cttgataatgaagcactctatgacatctgcttcaggaccctcaaactcaccacaccaagttgtaagt 85  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| |  |||||||||||||    
T  40917025 cttgataatgaggcactctatgatatctgtttcagaacactcaagctcactaatccaagttgtaagt 40916959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 90; Significance: 4e-43; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 228 - 629
Target Start/End: Original strand, 34841322 - 34841723
Alignment:
Q  228 cagttggagatttgaatcatttgatctcagcaacaatgagtggagtgacttgttgcttaagattcccgggtcagctaaattcagacctgcggaagctagc 327  Q
    ||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |  | ||||||||||| || || || || || ||||| || ||    
T  34841322 cagttggtgacttgaaccacttgatctcagcaaccatgagtggagtgacttgctgccttcgtttcccgggtcaactcaactctgatctccggaaactggc 34841421  T
Q  328 agtgaacttgatcccatttccacgccttcacttcttcatggtgggtttcgctcccctgacatctcgaggatcgcagaactaccgtgcacttactgtacca 427  Q
    ||||||  | |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || || || ||| | ||||||||| | ||||| |||    
T  34841422 agtgaatctcatcccattccctcgcctgcacttcttcatggttggttttgctcctcttacatcccgtggctctcagcaataccgtgcattgactgttcca 34841521  T
Q  428 gaacttacacaacagatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgcggcggatccacgccatggccgttatttaacagcctcagcggtgtttagagggaaaa 527  Q
    ||||| || || |||||||||||| |||| |||||||||||||| || |||||  | ||||| || ||  | || || || ||  |||| || || || |    
T  34841522 gaactcacccagcagatgtgggattccaaaaacatgatgtgtgctgctgatcctaggcatggtcgatacctcactgcgtctgccatgttcaggggtaaga 34841621  T
Q  528 tgagcacaaaagaagtggatgaacaggtaatgaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgtgaagtccagtgtctg 627  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||  | || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||    
T  34841622 tgagcaccaaagaggtggatgagcaaatgataaatgtccagaacaagaactcttcctactttgttgagtggatccccaacaatgttaagtcaagtgtttg 34841721  T
Q  628 tg 629  Q
    ||    
T  34841722 tg 34841723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 80; Significance: 3e-37; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 338 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 11732310 - 11732027
Alignment:
Q  338 atcccatttccacgccttcacttcttcatggtgggtttcgctcccctgacatctcgaggatcgcagaactaccgtgcacttactgtaccagaacttacac 437  Q
    |||||||| || || || || ||||||||||| || || || ||| |||||||  ||||||| ||| | || |||||  | |||||||||||| | || |    
T  11732310 atcccattccctcggctccatttcttcatggttgggtttgcacccttgacatcaagaggatcccagcaatatcgtgctttgactgtaccagaattgactc 11732211  T
Q  438 aacagatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgcggcggatccacgccatggccgttatttaacagcctcagcggtgtttagagggaaaatgagcacaaa 537  Q
    | |||||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || |||||  ||||  | || || |||||||||||    
T  11732210 agcagatgtgggattcaaagaacatgatgtgtgctgctgatccacgccatggccgttatttgaccgcatcagcaatgttccgtggtaagatgagcacaaa 11732111  T
Q  538 agaagtggatgaacaggtaatgaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgtgaagtccag 621  Q
     ||||| ||||| ||| | || |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||||    
T  11732110 ggaagtagatgagcagatgatcaatgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtccag 11732027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 74; Significance: 1e-33; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 416 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 53146388 - 53146175
Alignment:
Q  416 cttactgtaccagaacttacacaacagatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgcggcggatccacgccatggccgttatttaacagcctcagcggtgt 515  Q
    |||||||| || ||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || || || || ||||| || || ||||| || || ||  |||    
T  53146388 cttactgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgt 53146289  T
Q  516 ttagagggaaaatgagcacaaaagaagtggatgaacaggtaatgaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgtgaa 615  Q
    | ||||| || |||||||| ||||| || ||||||||  | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  53146288 tcagaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaa 53146189  T
Q  616 gtccagtgtctgtg 629  Q
    ||| ||||| ||||    
T  53146188 gtctagtgtgtgtg 53146175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 228 - 629
Target Start/End: Original strand, 5532253 - 5532654
Alignment:
Q  228 cagttggagatttgaatcatttgatctcagcaacaatgagtggagtgacttgttgcttaagattcccgggtcagctaaattcagacctgcggaagctagc 327  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| |||||||| |||  ||| || || ||||| || || ||||| |||||||| || || || ||  ||||||| ||    
T  5532253 cagttggtgatttgaatcatctgatatcagcaactatgtctggtgtcacctgttgtttgaggttccctggtcagctgaactctgatcttaggaagcttgc 5532352  T
Q  328 agtgaacttgatcccatttccacgccttcacttcttcatggtgggtttcgctcccctgacatctcgaggatcgcagaactaccgtgcacttactgtacca 427  Q
     |||||  | || ||||| || || |||||||| ||||||||||| || |||||  |||| || || || || ||| | ||| |  | || | ||| ||     
T  5532353 tgtgaatctcattccattcccgcgtcttcactttttcatggtgggatttgctcctttgacttcccgtggctcccagcagtacaggactctaagtgtccct 5532452  T
Q  428 gaacttacacaacagatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgcggcggatccacgccatggccgttatttaacagcctcagcggtgtttagagggaaaa 527  Q
    || || || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||  | ||||| || ||  | || || |||||  |||||||||| || |    
T  5532453 gagctcactcaacaaatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgctgctgaccctaggcatgggcgatacctcactgcttcagccatgtttagaggcaaga 5532552  T
Q  528 tgagcacaaaagaagtggatgaacaggtaatgaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgtgaagtccagtgtctg 627  Q
    ||||||| || || || ||||||||  | |||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||    
T  5532553 tgagcaccaaggaggttgatgaacaaatgatgaatgtccagaacaagaactcatcctactttgttgaatggattccaaacaatgtgaagtctactgtctg 5532652  T
Q  628 tg 629  Q
    ||    
T  5532653 tg 5532654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 228 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 5921780 - 5921396
Alignment:
Q  228 cagttggagatttgaatcatttgatctcagcaacaatgagtggagtgacttgttgcttaagattcccgggtcagctaaattcagacctgcggaagctagc 327  Q
    ||||||| ||| | || |||||||| |||||||| |||  ||| || || ||||| || || ||||| ||||||||||| || || ||| ||||||| ||    
T  5921780 cagttggtgatcttaaccatttgatatcagcaaccatgtctggtgtcacatgttgtttgaggttccctggtcagctaaactccgatctgaggaagcttgc 5921681  T
Q  328 agtgaacttgatcccatttccacgccttcacttcttcatggtgggtttcgctcccctgacatctcgaggatcgcagaactaccgtgcacttactgtacca 427  Q
     |||||  | || ||||| || || |||||||| |||||| ||||||| || ||  |||| ||  |||| || ||| | ||||||||  | | |||||||    
T  5921680 tgtgaatctcattccattccctcgtcttcactttttcatgttgggttttgcacctttgacttcaagaggttctcagcagtaccgtgctttgagtgtacca 5921581  T
Q  428 gaacttacacaacagatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgcggcggatccacgccatggccgttatttaacagcctcagcggtgtttagagggaaaa 527  Q
    || || || || || ||||||||| ||||||| ||||||||||| || || ||  | || || || ||  | || || |||||  | || ||||| ||||    
T  5921580 gagctcactcagcaaatgtgggattccaagaatatgatgtgtgctgccgaccctagacacggacgatacctcactgcatcagccatcttcagaggcaaaa 5921481  T
Q  528 tgagcacaaaagaagtggatgaacaggtaatgaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgt 612  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||  | || ||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| || |||||    
T  5921480 tgagcactaaagaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgtcgaatggattccaaacaatgt 5921396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 440 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 38177352 - 38177186
Alignment:
Q  440 cagatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgcggcggatccacgccatggccgttatttaacagcctcagcggtgtttagagggaaaatgagcacaaaag 539  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| || |||||||| || || |||||  ||||  | || || |||||||| || |    
T  38177352 cagatgtgggatgctaagaatatgatgtgcgctgcagatccacgccacggtcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgagcaccaagg 38177253  T
Q  540 aagtggatgaacaggtaatgaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaa 606  Q
    | ||||| || ||| | || ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| |||||    
T  38177252 aggtggacgagcagatgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaa 38177186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 518 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 5934950 - 5934856
Alignment:
Q  518 agagggaaaatgagcacaaaagaagtggatgaacaggtaatgaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgt 612  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||  | || ||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||| || |||||    
T  5934950 agaggcaagatgagcacaaaggaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgttgaatggattccaaacaatgt 5934856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 359 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 45452851 - 45452581
Alignment:
Q  359 ttcttcatggtgggtttcgctcccctgacatctcgaggatcgcagaactaccgtgcacttactgtaccagaacttacacaacagatgtgggatgccaaga 458  Q
    |||||||||||||| || || || || || ||||| || || ||| | ||| | || ||||||||||| || || || || |||||||||||| | ||||    
T  45452851 ttcttcatggtgggatttgccccactcacttctcgtggttcacagcagtacagagctcttactgtacctgagctgacccagcagatgtgggattcaaaga 45452752  T
Q  459 acatgatgtgtgcggcggatccacgccatggccgttatttaacagcctcagcggtgtttagagggaaaatgagcacaaaagaagtggatgaacaggtaat 558  Q
    |||||||||| || || ||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||  ||||  | || || |||||||| || || || ||||| ||| | ||    
T  45452751 acatgatgtgcgccgctgatcctcgccacggtcgttatttgacagcatctgccatgttccgtggtaagatgagcaccaaggaggttgatgagcagatgat 45452652  T
Q  559 gaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgtgaagtccagtgtctgtg 629  Q
     ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||    
T  45452651 caatgttcagaacaagaattcatcatactttgttgagtggattcccaacaatgtgaaatccactgtctgtg 45452581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University