View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1290R-Insertion-1 (Length: 789)

Name: NF1290R-Insertion-1
Description: NF1290R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1290R-Insertion-1
NF1290R-Insertion-1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (9-789)||(23165346-23166135)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 717; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 717; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 789
Target Start/End: Complemental strand, 23166135 - 23165346
Alignment:
Q  9 gtaagagatgaagatttggcatgccgtgccacaaatgactccacaagtgggttcacaagctgaggtgcttcatccttcatgaagtggacagttaacaaag 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23166135 gtaagagatgaagatttggcatgccgtgccacaaatgactccacaagtgggttcacaagctgaggtgcttcatccttcatgaagtggacagttaacaaag 23166036  T
Q  109 taagaagattattgcaaacaaaatagagttattcatttgattagatatgaccacttaatgttgcaataggttctaacataaagatagaaatgagagaaa- 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  23166035 taagaagattattgcaaacaaaatagagttattcatttgattagatatgaccacttaatgttgcaataggttctaacataaagatagaaatgagagaaag 23165936  T
Q  208 ---ataaacataccaaaacaagcattgaagaaaaatgatatatttatgtaaaccatcattatgaagcaatattgaatcttaattcactatcaatggacat 304  Q
       |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23165935 aaaataaacataccaaaacaaacattgaagaaaaatgatatatttatgtaaaccatcattatggagcaatattgaatcttaattcactatcaatggacat 23165836  T
Q  305 ttctggtataagaaatgaaaaagatgtatagttttatccaagttaaaaccacttttaatgtgaacggtcacttatatctgattggtataagaggcactct 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23165835 ttctggtataagaaatgaaaaagatgtatagttttatccaagttaaaaccacttttaatttgaacggtcacttatatctgattggtataagaggcactct 23165736  T
Q  405 ggtaattttgtgattattctcatagtcaaaataggatgacttcagagttttttctacaaatagatg-----ttgttgtgcagaacaaaaatcagtagaca 499  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23165735 ggtaattatgtgattattctcatagtcaaaataggatgacttcagagttttttctacaaatagatgaattgttgttgtgcacaacaaaaatcagtagaca 23165636  T
Q  500 gatagggtaagtacctgttcaacacttaaacgatcaagtcatttttggtcttaaaataatagtataggacaatggatgtaactatgagagcatataagtc 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23165635 gatagggtaagtacctgttcaacacttaaacaatcaagtcatttttggtcttaaaataatagtatagaacaatggatgtaactatgagagcatataagtc 23165536  T
Q  600 ctccgtatatagatgacagattgaacctagtgacatcgtggtcattttcagctgaactccactatctgtatgacatggtagggctggaagatgtaactag 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23165535 ctccgtatatagatgacagattgaacctagtgacatcgtggtcattttcggctgaactccactatctgtatgacatggtagggctggaagatgtaactag 23165436  T
Q  700 aatatagggatgtgcatgaaaggaatgacttctgaggggaatatcacagaacattttagaggaacgtttacaaatagtgcaaggtatgtt 789  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23165435 aatatagggatgtgcatgaaaggaatgacttctgaggggaatatcacagaacgttttagaggaacgtttacaaatagtgcaaggtatgtt 23165346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University