View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1290R-Insertion-7 (Length: 402)

Name: NF1290R-Insertion-7
Description: NF1290R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1290R-Insertion-7
NF1290R-Insertion-7
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (32-402)||(32627687-32628057)
chr8 (31-402)||(32703910-32704285)
chr8 (35-359)||(7297849-7298173)
chr8 (31-359)||(32709624-32709952)
chr8 (33-259)||(7293373-7293599)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (31-367)||(5811331-5811667)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (31-382)||(27736650-27737001)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (31-356)||(20115800-20116125)
chr6 (27-356)||(21943542-21943859)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 351; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 402
Target Start/End: Original strand, 32627687 - 32628057
Alignment:
Q  32 caaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgaga 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32627687 caaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgaagaggaaaaattctaccatgaaaggaaccaggaactcctgaga 32627786  T
Q  132 agaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagatc 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32627787 agaagcatggacccatttcagtccccatttcatcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacgtaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagatc 32627886  T
Q  232 gttcaaaaatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttgat 331  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32627887 gttcaaatatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttgat 32627986  T
Q  332 ccagaagagcaacctaagtctgcaattgtcaagcttttggagagtgtgttgttgtacatgctggttatggc 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32627987 ccagaagagcaacctaagtctgcaattgtcaagcttttggagagtgtgttgttgtacatgctggttatggc 32628057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 31 - 402
Target Start/End: Original strand, 32703910 - 32704285
Alignment:
Q  31 acaaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgag 130  Q
    ||||||||||||||   | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||  ||    
T  32703910 acaaaccttagatagaaacttaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaacttttattaggaaaaatcctgccatagaaggaaccgggaaccccaaag 32704009  T
Q  131 aagaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagat 230  Q
    ||| |||| ||  ||||||| ||  |||||||  |  |||| |||||||||||  |||| |||||| ||||||   |||||||||| || || |||||||    
T  32704010 aagtagcaaggtaccatttcggtttccatttcagcctgtagattttctttgaacgtgtcgagggacctaaatacattgttgaagtcgttccctggtagat 32704109  T
Q  231 cgttcaaaaatatc----atatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgt 326  Q
    |||||||||| | |    |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  32704110 cgttcaaaaagaccttatatatattcaggagatttatgattaagctctcgacaaatcttttccacaaccttgatagtatctgagatcgccaacaaagtgt 32704209  T
Q  327 ttgatccagaagagcaacctaagtctgcaattgtcaagcttttggagagtgtgttgttgtacatgctggttatggc 402  Q
    ||| |||| |||||||||| || |||||||||| ||||||| ||| |||||| || ||||||||| | ||||||||    
T  32704210 ttggtccataagagcaacccaaatctgcaattgccaagcttatggggagtgttttattgtacatgtttgttatggc 32704285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 35 - 359
Target Start/End: Original strand, 7297849 - 7298173
Alignment:
Q  35 accttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgagaaga 134  Q
    ||||| |||| ||| |||||||| | |||||||||||  ||||| |||||| ||  |||||||| ||||| ||| || ||||||||||| ||  | |||     
T  7297849 acctttgatagccactgaaggctgtgagaggaatgaatgaaatgtaaacttcgattaggaaaaactctactatagaaagaaccaggaaccccaaaaaagt 7297948  T
Q  135 agcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagatcgtt 234  Q
    |||| | || ||||| |||    ||||| ||  | ||||| ||||| ||  ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |  | ||| ||    
T  7297949 agcaagaactcattttagttttgatttcatcttgcagtttctctttaaagttgtcaagtgacttaaatatgttgttgaagtcatttccagaaacatcatt 7298048  T
Q  235 caaaaatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttgatcca 334  Q
     ||||||||| | || |||||||||  ||| || | || | | |||||||| ||||||||  ||||||||||| | | ||| ||||||||||||| ||||    
T  7298049 aaaaaatatcttgtactcgggagatgaatggttcaattgttggcaaagcttctccacaaccatgataatatctgataccacaaacaaagtgtttggtcca 7298148  T
Q  335 gaagagcaacctaagtctgcaattg 359  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||    
T  7298149 gaagaacaacctaaatctgcaattg 7298173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 31 - 359
Target Start/End: Original strand, 32709624 - 32709952
Alignment:
Q  31 acaaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgag 130  Q
    |||||||||||||| |||   |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||     
T  32709624 acaaaccttagatagccacataaggctgtaagaggaatggacaaaatgcaaactttgattaggaaaaatcctgccatagaaagaaccaggaactccagat 32709723  T
Q  131 aagaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagat 230  Q
    |   | ||  || ||||||||||  |  ||||  |  | ||| | | ||||||  | ||||| ||  |||| ||| | |||||||| || ||||| | ||    
T  32709724 atataacactgatccatttcagtttctgtttcaccgtgcagtctctttttgaagttatcaagagatctaaagatgttattgaagtcgttacccggcaaat 32709823  T
Q  231 cgttcaaaaatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttga 330  Q
    ||||||| || | | | ||||||||||||| |||||| |  | |||||||||||||||||| || |||||||  ||| | | |||||||||||||||||     
T  32709824 cgttcaagaagaccttgtattcgggagattcatgattcaactctcgacaaagcttttccacgaccttgataaattctgataccaccaacaaagtgtttgg 32709923  T
Q  331 tccagaagagcaacctaagtctgcaattg 359  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||    
T  32709924 cccagaagagcaacccaagtctgcaattg 32709952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 33 - 259
Target Start/End: Original strand, 7293373 - 7293599
Alignment:
Q  33 aaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgagaa 132  Q
    ||||||| |||| ||| ||||| || |||||| | || || ||||||| |||| ||  |||||||| |||| |||| || ||||||||||| ||  ||||    
T  7293373 aaacctttgatagccagtgaagactgtaagagcagtggacgaaatgcagacttcgatcaggaaaaactctatcatagaaagaaccaggaacaccaaagaa 7293472  T
Q  133 gaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagatcg 232  Q
    | |||| || | |||||||||    ||||| ||||||||||| | ||| ||  | ||||| |||||||| ||| ||||||||||||| || |  ||||||    
T  7293473 gtagcaagggctcatttcagttttgatttcatcaagtagtttatgtttaaagctatcaagtgacttaaaaatgttgttgaagtcattccctgaaagatcg 7293572  T
Q  233 ttcaaaaatatcatatattcgggagat 259  Q
    || ||||| ||| | ||||||||||||    
T  7293573 ttaaaaaagatcttgtattcgggagat 7293599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 161; Significance: 9e-86; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 9e-86
Query Start/End: Original strand, 31 - 367
Target Start/End: Original strand, 5811331 - 5811667
Alignment:
Q  31 acaaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgag 130  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||| |   ||||| || |||| ||||||||| |||||||| || |||    
T  5811331 acaaaccttagataaccattgaagactgtaagaagaatgcacaaaatgcaaacttttatctggaaagatcctactataaaaggatccaggaacaccagag 5811430  T
Q  131 aagaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagat 230  Q
    ||| |||| ||||||||||||||  ||||||| | | ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| |  |||||| ||||||||||||||||    
T  5811431 aagtagcaaggacccatttcagtttccatttcattacgtagtttttctttgaaggtgtcaagggacataaatacgtcgttgaaatcatttcccggtagat 5811530  T
Q  231 cgttcaaaaatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttga 330  Q
    |||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||  |||||||||| ||||||||||     
T  5811531 cgttcaaaaagactttatattcgggagatttatgattaagttctcgacaaagcttttcaacaaccttgataatttcagagatcaccaagaaagtgtttgg 5811630  T
Q  331 tccagaagagcaacctaagtctgcaattgtcaagctt 367  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  5811631 tccaaaagagcaacccaagtctgcaattgccaagctt 5811667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 31 - 382
Target Start/End: Original strand, 27736650 - 27737001
Alignment:
Q  31 acaaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgag 130  Q
    |||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |   ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||    
T  27736650 acaaaccttagatagccattgaagactatacgaggaatgaacaaaatgcaaactattatctggaaaaattctgccataaaatgaaccaggaactccatag 27736749  T
Q  131 aagaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagat 230  Q
    ||| |||| || || |||| |||  ||||||| ||| ||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  27736750 aagtagcacgggcctattttagtttccatttcatcacgtagtttctctttgaaggtgtcaagggacttgaatacgttgttgaagtcatttcccggtagat 27736849  T
Q  231 cgttcaaaaatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttga 330  Q
    | ||||||||||   ||||||| ||||||||||||| | |   | ||||||| ||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||     
T  27736850 cattcaaaaatactttatattcaggagatttatgatgatgcacttgacaaagtttttccacacctttgataatttctgatatcaccaacatagtgtttgg 27736949  T
Q  331 tccagaagagcaacctaagtctgcaattgtcaagcttttggagagtgtgttg 382  Q
     ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||  |||||||||    
T  27736950 cccaaaagagcaacccaagtctgcaattgccaagcttctgggaagtgtgttg 27737001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 31 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 20116125 - 20115800
Alignment:
Q  31 acaaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgag 130  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||| | |  ||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || |||    
T  20116125 acaaaccttagataaccaatgaatgctatatgaggaatgaactaaatgtaaactctcattagggaaaattctgccataaaaggaaccgggaacaccagag 20116026  T
Q  131 aagaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagat 230  Q
    ||| |||| |||||||||| | |  ||| ||| | |   || |||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| | |||||    
T  20116025 aagtagcaaggacccattttattttccaattcattagaaagcttttctttgaaggtgtcaagggacttaaatatgccgttgaagtcgtttccggatagat 20115926  T
Q  231 cgttcaaaaatatcat-atattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttg 329  Q
    |||||||| | | ||| |||||| ||||||| |||||| | || |  |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||    
T  20115925 cgttcaaagaga-catcatattcaggagattcatgattcaattctatacaaagcttttccacaaccttgataatttctgagatcaccaacaaggtgtttg 20115827  T
Q  330 atccagaagagcaacctaagtctgcaa 356  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||    
T  20115826 gtcctgaagagcaacctaagtctgcaa 20115800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 27 - 356
Target Start/End: Original strand, 21943542 - 21943859
Alignment:
Q  27 atatacaaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcc 126  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||| ||  |||||| ||||| |||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||    
T  21943542 atatacaaaccttagagagccaatgaagactgcaagaggcatgaataaaatgcaaactttggtaaggaaaaattctgccataaaaggaaccgggaacacc 21943641  T
Q  127 tgagaagaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggt 226  Q
      ||||| |||| ||||| |||||| | |          ||  ||||||||||||||  | ||||||||| |||||| | ||||||| || ||||| |||    
T  21943642 aaagaagtagcaaggaccaatttcattac----------aa--agtttttctttgaaggtctcaagggacctaaatacgttgttgaaatcgtttccgggt 21943729  T
Q  227 agatcgttcaaaaatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgt 326  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| |  | | ||||||||||||||||||| || ||||| ||  |||||||||||||||| |    
T  21943730 agatcgttcaaaaataccttatattcgggagattcatgattcaactcttgacaaagcttttccacaacatttataatctccgagatcaccaacaaagtat 21943829  T
Q  327 ttgatccagaagagcaacctaagtctgcaa 356  Q
    ||  ||||||||| ||||| ||||||||||    
T  21943830 ttagtccagaagaacaacccaagtctgcaa 21943859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University