View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12911_low_2 (Length: 758)

Name: NF12911_low_2
Description: NF12911
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12911_low_2
NF12911_low_2
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (10-661)||(31604991-31605639)
chr5 (57-655)||(31595226-31595828)
chr5 (112-650)||(31579373-31579911)
chr5 (78-650)||(31563836-31564411)
chr5 (667-742)||(31604829-31604904)
chr5 (677-743)||(31594580-31594646)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 610; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 610; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 31605639 - 31604991
Alignment:
Q  10 gcacagagacaagcaaattcaaggaaagatagttcttctatagattcgatgacaatttgtttgctggctatgattgctttcacaatatgtgttttacgtc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605639 gcacagagacaagcaaattcaaggaaagatagttcttctatagattcgatgacaatttgtttgctggctatgattgctttcacaatatgtgttttacgtc 31605540  T
Q  110 ccataatgttttggatgataagacaaacaccagaagggaaacaaattaaagaatcgtacatattttcggtatttttaatgttattaggctgctcgttatt 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605539 ccataatgttttggatgataagacaaacaccagaagggaaacaaattaaagaatcgtacatactttcggtatttttaatgttattaggctgctcgttatt 31605440  T
Q  210 tagtgaagttattggagaacattttatgcttggtcctgtaatttttggcatggctgtacctgatggaccgccattaggatcagcattgactgaaagattg 309  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605439 tagtgaggttattggagaacattttatgcttggtcctgtaatttttggcatggctgtacctgatggaccgccattaggatcagcattgactgaaagattg 31605340  T
Q  310 gaaacaatggtgtcaacaatatttttgccactgtactttctttatagtggtgctagtttcaaaattttcataattgatgctcgtacctttgcaattgtac 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605339 gaaacaatggtgtcaacaatatttttgccattgtactttctttatagtggtgctagtttcaaatttttcgtaattgatgctcgtacctttgcaattgtac 31605240  T
Q  410 aagttgttgctgtagttgcatatttggggaaggttggtggtactatgttgccttcaatttattggaagatgccagttaatgatgttctatttttaggact 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31605239 aagttgttgctgtagttgcatatttggggaaggttggtggtactatgttgccttcaatttattcgaagatgccagttaatgatgttctatttttaggact 31605140  T
Q  510 acttatgagtgctcaaggcatcacacaagtactttacttgcagacttctttcaacctttatgtaagattcaatatacccttcttctaattttccattatg 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  31605139 acttatgagtgctcaaggcatcacacaagtactttacttgcagacttctttcaacctttatgtaagattcaatatac---tcttctaattttccattatg 31605043  T
Q  610 tatgtgattaatttgcatagagagaaaaatgaggaataaacgatgatttagt 661  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31605042 tatgtgattaatttgcatagagagaaaaatgaggaataaactatgatttagt 31604991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 57 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 31595828 - 31595226
Alignment:
Q  57 gatgacaatttgtttgctggctatgattgctttcacaatatgtgttttacgtcccataatgttttggatgataagacaaacaccagaagggaaacaaatt 156  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  31595828 gatgacaatttgtttgctagctatgattgccttcacaatatgtgttctacgtcccataatgttgtggatggtaagacaaacacccgaagggcaaccaatt 31595729  T
Q  157 aaagaatcgtacatattttcggtatttttaatgttattaggctgctcgttatttagtgaagttattggagaacattttatgcttggtcctgtaatttttg 256  Q
    |||||||| ||| || |||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||  || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||    
T  31595728 aaagaatcatacgtactttcggtaattttaatgttattggggtgctcattatttatggaggttattggagaacattttacgcttgggcctgtaattcttg 31595629  T
Q  257 gcatggctgtacctgatggaccgccattaggatcagcattgactgaaagattggaaacaatggtgtcaacaatatttttgccactgtactttctttatag 356  Q
    || ||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | |    
T  31595628 gcttggctgtacctgacgggcctccattaggatcagcattgactgaaagattggaaacaatggtgtcaaaaatatttttgccattgtactttcttttttg 31595529  T
Q  357 tggtgctagtttcaaaattttcataattgatgctcgtacctttgcaattgtacaagttgttgctgtagttgcatatttggggaaggttggtggtactatg 456  Q
    |||||| ||||||||| | ||  |||||||| |||||  ||||| || ||| ||| || |||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  31595528 tggtgcaagtttcaaattgtttttaattgattctcgttgctttgtaactgtgcaaattattgctgtatttgcatttttgggaaaggttggtggtactatg 31595429  T
Q  457 ttgccttcaatttattggaagatgccagttaatgatgttctatttttaggactacttatgagtgctcaaggcatcacacaagtactttacttgcagactt 556  Q
     ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31595428 ctgccttcaatttatttgaagatgccacttactgatgttctatctttaggactactcatgagttgtcaaggcatcacacaattactttacttgcagactt 31595329  T
Q  557 ctttcaacctttatgtaagattcaatatacccttcttctaattttccattatgtatgtgat----taatttgcatagagagaaaaatgaggaataaacga 652  Q
    || |   |||| | ||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||| |    || |||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  31595328 ctatagcccttgaagtaagattccatatacccttcttttagttttccattatgtatgtggttttatattttgcatagaaagaaaaatgaggaataaacca 31595229  T
Q  653 tga 655  Q
    |||    
T  31595228 tga 31595226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 112 - 650
Target Start/End: Complemental strand, 31579911 - 31579373
Alignment:
Q  112 ataatgttttggatgataagacaaacaccagaagggaaacaaattaaagaatcgtacatattttcggtatttttaatgttattaggctgctcgttattta 211  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||| |||||||    
T  31579911 ataatgttttggatgataagaaaaacacctgaaggaaaaccaatcaaagaatcatacatattttcagtgtttttaatgatattgggctgctcattattta 31579812  T
Q  212 gtgaagttattggagaacattttatgcttggtcctgtaatttttggcatggctgtacctgatggaccgccattaggatcagcattgactgaaagattgga 311  Q
    |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31579811 gtgaggttattggagaacattatatgattggtcctgtaattttaggtctggctgtacctgatgggcctccattaggatcagcattgactgaaaggttgga 31579712  T
Q  312 aacaatggtgtcaacaatatttttgccactgtactttctttatagtggtgctagtttcaaaattttcataattgatgctcgtacctttgcaattgtacaa 411  Q
      |||| |||||| |  | || |||||| |||| || |||| || |||||||| |||||| |||||  ||||| || |||||| ||||| ||| || |||    
T  31579711 tgcaattgtgtcagcggttttcttgccattgtatttcctttttaatggtgctaatttcaatatttttctaattaatactcgtagctttgtaatagtgcaa 31579612  T
Q  412 gttgttgctgtagttgcatatttggggaaggttggtggtactatgttgccttcaatttattggaagatgccagttaatgatgttctatttttaggactac 511  Q
     |||||||| || |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  31579611 attgttgctatatttgcatctttggggaaggttgctggaactatgttgccttcaatttattggaagatgccagttactgatgttctatctttaggactac 31579512  T
Q  512 ttatgagtgctcaaggcatcacacaagtactttacttgcagacttctttcaacctttatgtaagattcaatatacccttcttctaattttccattatgta 611  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| || |  | ||| |||||||| ||| ||||   |||||||| ||||| || |||||    
T  31579511 ttatgagtgctcaaggcatcacacaattgatttacttgcagactgctctatatcttcatgtaagaatcactataattttcttctatttttcaatcatgta 31579412  T
Q  612 tgtgattaatttgcatagagagaaaaatgaggaataaac 650  Q
    | || |||  ||||||| ||| ||||||  |||||||||    
T  31579411 tctggttatgttgcataaagataaaaatagggaataaac 31579373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 78 - 650
Target Start/End: Complemental strand, 31564411 - 31563836
Alignment:
Q  78 tatgattgctttcacaatatgtgttttacgtcccataatgttttggatgataagacaaacaccagaagggaaacaaattaaagaatcgtacatattttcg 177  Q
    |||| ||| ||||| |||||||||| |  | ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||| | ||     
T  31564411 tatggttgttttcataatatgtgttcttagacccataatgctttggatggtaagaaaaacaccagaaggaaaaccaatcaaagaatcatacataatgtct 31564312  T
Q  178 gtatttttaatgttattaggctgctcgttatttagtgaagttattggagaacattttatgcttggtcctgtaatttttggcatggctgtacctgatggac 277  Q
    || |||||||||||| | |||||| | ||  |||||||  | || |||||||||| | |  | ||  |||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  31564311 gtgtttttaatgttactcggctgcgcatttgttagtgagttaatcggagaacattatttagtcgggactgttattttcggtatggctgtacctgatggac 31564212  T
Q  278 cgccattaggatcagcattgactgaaagattggaaacaatggtgtcaacaatatttttgccactgtactttctttatagtggtgctagtttcaaaatttt 377  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||  || | |  |||||| |||| ||||||||||  | |  ||  |||||| | ||    
T  31564211 ctccattaggatcagcattgactgatagattggatacaatggtatcggcattttacttgccattgtattttctttatatggctaataaattcaaattgtt 31564112  T
Q  378 cataattgatgctcgtacctttgcaattgtacaagttgttgctgtagttgcatatttggggaaggttggtggtactatg---ttgccttcaatttattgg 474  Q
      ||||||| ||||||| ||||  ||| ||||||| | ||||| || |||||  |||||||||| ||| ||| ||||||   ||||||||||||| ||||    
T  31564111 tctaattgacgctcgtagctttttaatagtacaagctattgctataattgcaactttggggaagattgctggaactatgatgttgccttcaattttttgg 31564012  T
Q  475 aagatgccagttaatgatgttctatttttaggactacttatgagtgctcaaggcatcacacaagtactttacttgcagacttctttcaacctttatgtaa 574  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||  | |||||| |  |||||||||||||| || | || | | | ||||    
T  31564011 aagatgccagttagtgatgttctatctttaggactacttatgagtgctaatggacttacacaattcatttacttgcagactgctctaaatcataaggtaa 31563912  T
Q  575 gattcaatatacccttcttctaattttccattatgtatgtgattaatttgcatagagagaaaaatgaggaataaac 650  Q
    ||  || |||| | ||||||| |||||| || ||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||    
T  31563911 gaaacattataactttcttctcattttcaatcatgtatgtggttaaattggataaagagaaaaatgaggagtaaac 31563836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 667 - 742
Target Start/End: Complemental strand, 31604904 - 31604829
Alignment:
Q  667 tttagggattaatccatggtttgtttgaaaaatgagtgcaataatgttgatcaataatagatgcatatatgaatat 742  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31604904 tttagggattaatccatggtttgtttgaaaaatgagtgcaataatgttgatcaataatagatgcatatatgaatat 31604829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 677 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 31594646 - 31594580
Alignment:
Q  677 aatccatggtttgtttgaaaaatgagtgcaataatgttgatcaataatagatgcatatatgaatatt 743  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||    
T  31594646 aatcgatggtttgtttgaaaaatgagtgcaataatgttgatcaatagtagctgcatacttgaatatt 31594580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University