View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12911_low_3 (Length: 711)

Name: NF12911_low_3
Description: NF12911
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12911_low_3
NF12911_low_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-694)||(35695840-35696542)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 603; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 603; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 35696542 - 35695840
Alignment:
Q  1 ataatgacagactcttctgataggaggaaatcatcgtcgacgcggaaaacaaatttttcattccaggtagggttgttatgaccatgagggtctgcttggg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35696542 ataatgacagactcttctgataggaggaaatcatcgtcgacgcggaaaacaaatttttcattccaggtagggttgttatgaccatgagggtctgcttggg 35696443  T
Q  101 tggtaagtttacgttctggattgagccatgcaactgcataggctttgattgatttagaaacgggtgcgaggtcttgtgctgatatgacgttgatttctag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35696442 tggtaagtttacgttctggattgagccatgcaactgcataggctttgattgatttagaaacgggtgcgaggtcttgtgctgatatgacgttgatttctag 35696343  T
Q  201 gagttggaagggaggtgctagcatcgacattgttgtgatgaggttgattttgttgtgaaaattgaaatgataatgctatggggtgattgatggaggggga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35696342 gagttggaagggaggtgctagcatcgacattgttgtgatgaggttgattttgttgtgaaaattgaaatgataatgctatggggtgattgatggaggggga 35696243  T
Q  301 gcagccggtgttatggctgagactcacccaccaccttgtgaattggacaaatggaaatgattctttctttctctctaaggggataaacaacatgatttgg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35696242 gcagccggtgttatggctgagactcacccaccaccttgtgaattggacaaatggaaatgattctttctttctctctaaggggataaacaacatgatttgg 35696143  T
Q  401 ttatgatggaaagctaaaaatggcatgnnnnnnnnnnnnnnnngggtttgattcatgcatggaaagattggatgaaggagagaatagtggttgttgagat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35696142 ttatgatggaaagctaaaaatggcat--ttttattttatttttgggtttgattcatgcatgaaaagattggatgaaggagagaatagtggttgttgagat 35696045  T
Q  501 aaattggttttggtatctgtcatggacaatttcttatga-----------ttttactcaactagttaagaaccttctaccaaaaataggatagaaaatgg 589  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35696044 aaattggttttggtatctgtcatggacaatttcttatgatttcattgattttttactcaactagttaagaaccttctaccaaaaataggatagaaaatgg 35695945  T
Q  590 atcacaaccgtgttgtttgcatttcaaccggttaatttcggccattcatttgagatcgagaggagaaaatcacacggtatgttttttacattaaaatgat 689  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35695944 atcacaaccgtgttgtttgcatttcaaccggttaatttcggccattcatctgagatcgagaggagaaaatcacacggtatgttttttacattaaaatgat 35695845  T
Q  690 ctcag 694  Q
    |||||    
T  35695844 ctcag 35695840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University