View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12913_low_6 (Length: 592)

Name: NF12913_low_6
Description: NF12913
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12913_low_6
NF12913_low_6
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (12-576)||(37593492-37594056)
chr5 (12-576)||(37695883-37696447)
chr5 (11-576)||(37532387-37532952)
chr5 (12-576)||(37401306-37401870)
chr5 (12-576)||(37823192-37823756)
chr5 (12-576)||(37639034-37639598)
chr5 (64-576)||(37702023-37702535)
chr5 (38-576)||(37393185-37393723)
chr5 (43-576)||(37710823-37711356)
chr5 (11-543)||(37382667-37383199)
chr5 (139-502)||(37413547-37413910)
chr5 (11-576)||(37434997-37435562)
chr5 (11-216)||(37428339-37428543)
chr5 (492-576)||(37696498-37696582)
chr5 (495-576)||(37401171-37401252)
chr5 (495-576)||(37594110-37594191)
chr5 (495-576)||(37639652-37639733)
chr5 (495-576)||(37711410-37711491)
chr5 (80-168)||(26437679-26437767)
chr5 (80-168)||(26451048-26451136)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (43-576)||(16843304-16843837)
chr4 (11-576)||(16845968-16846536)
chr4 (11-576)||(24218039-24218604)
chr4 (492-576)||(16843169-16843253)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (38-541)||(14552686-14553189)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 553; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 553; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 576
Target Start/End: Original strand, 37593492 - 37594056
Alignment:
Q  12 acagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593492 acagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 37593591  T
Q  112 gcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593592 gcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatt 37593691  T
Q  212 tgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaat 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593692 tgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaat 37593791  T
Q  312 aaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgt 411  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593792 gaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgt 37593891  T
Q  412 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaatt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37593892 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaatt 37593991  T
Q  512 gagaacactcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaaattgttgtttg 576  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37593992 gagaacattcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagatatatctcctgtgaaattgttgtttg 37594056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 545; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 576
Target Start/End: Original strand, 37695883 - 37696447
Alignment:
Q  12 acagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 111  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37695883 acagaatcattatagtaataaccgtcacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 37695982  T
Q  112 gcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37695983 gcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatt 37696082  T
Q  212 tgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaat 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37696083 tgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaat 37696182  T
Q  312 aaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgt 411  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37696183 gaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgt 37696282  T
Q  412 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaatt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37696283 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaatt 37696382  T
Q  512 gagaacactcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaaattgttgtttg 576  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37696383 gagaacattcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagatatatctcctgtgaaattgttgtttg 37696447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 526; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 576
Target Start/End: Original strand, 37532387 - 37532952
Alignment:
Q  11 cacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgtt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  37532387 cacagaatcattatagtaataacccgcacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattcctttaaagttcttgatgcatgatatt 37532486  T
Q  111 ggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattat 210  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532487 ggcaagggcccactaaaattgttgttagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattat 37532586  T
Q  211 ttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaa 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532587 ttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaa 37532686  T
Q  311 taaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatg 410  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37532687 tgaacagtgagacaaagactggggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatg 37532786  T
Q  411 tttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaat 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37532787 tttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaat 37532886  T
Q  511 tgagaacactcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaaattgttgtttg 576  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  37532887 tgagaacattcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaagttgttatttg 37532952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 37401870 - 37401306
Alignment:
Q  12 acagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 111  Q
    ||||||||||| |||||||||    ||||| |||||||||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401870 acagaatcattgtagtaataagagtcacccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 37401771  T
Q  112 gcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37401770 gcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatt 37401671  T
Q  212 tgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaat 311  Q
    ||||||||| ||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37401670 tgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatat 37401571  T
Q  312 aaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgt 411  Q
     |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||     
T  37401570 gaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaatgc 37401471  T
Q  412 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaatt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  37401470 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaatc 37401371  T
Q  512 gagaacactcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaaattgttgtttg 576  Q
    ||| |||   ||| |||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||    
T  37401370 gagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttg 37401306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 576
Target Start/End: Original strand, 37823192 - 37823756
Alignment:
Q  12 acagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 111  Q
    ||||||||||| |||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37823192 acagaatcattgtagtaataagagtcacccatgtattgcaaaccaatttggtcgtcactcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 37823291  T
Q  112 gcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37823292 gcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatt 37823391  T
Q  212 tgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaat 311  Q
    ||||||||| ||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37823392 tgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatat 37823491  T
Q  312 aaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgt 411  Q
     |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||     
T  37823492 gaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaatgc 37823591  T
Q  412 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaatt 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  37823592 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacatgaagagaatttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaatc 37823691  T
Q  512 gagaacactcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaaattgttgtttg 576  Q
    ||| | |   ||| |||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||    
T  37823692 gagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttg 37823756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 576
Target Start/End: Original strand, 37639034 - 37639598
Alignment:
Q  12 acagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 111  Q
    ||||||||||| |||||||||    ||||| |||||||||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639034 acagaatcattgtagtaataagagtcacccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttg 37639133  T
Q  112 gcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatt 211  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37639134 gcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatt 37639233  T
Q  212 tgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaat 311  Q
    ||||||||| ||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37639234 tgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatat 37639333  T
Q  312 aaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgt 411  Q
     |||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||     
T  37639334 gaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgc 37639433  T
Q  412 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaatt 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  37639434 ttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacagtaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaatc 37639533  T
Q  512 gagaacactcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaaattgttgtttg 576  Q
    ||| | |   ||| |||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||    
T  37639534 gagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttg 37639598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 64 - 576
Target Start/End: Original strand, 37702023 - 37702535
Alignment:
Q  64 tgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttagg 163  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||    
T  37702023 tgtcatttacattaatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagaggcatcaaaaattctcaacttagg 37702122  T
Q  164 aaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttgga 263  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || || ||||||||| ||| ||||||||||||||| |||    
T  37702123 aaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacctgtaactctggtaaagtttctagccaattggga 37702222  T
Q  264 aatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaataaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattca 363  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  | |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37702223 aatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaagactgcggtaatggtccttccaattggttgccattca 37702322  T
Q  364 actttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgt 463  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |   |||  ||  |||||    
T  37702323 actttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatagagagatgaggaaatgt 37702422  T
Q  464 tcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaattgagaacactcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtg 563  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  37702423 tcccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaacttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtg 37702522  T
Q  564 aaattgttgtttg 576  Q
    || ||||||||||    
T  37702523 aagttgttgtttg 37702535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 37393723 - 37393185
Alignment:
Q  38 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgata 137  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||    
T  37393723 acccatgtattgcaaaccaatttggctgttattcacatccatcattccttgaaagttcttgaagcatgatgttggcaaggggccactaaaattgttacta 37393624  T
Q  138 gaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaact 237  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||    
T  37393623 gagacatcataaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacatgtgattgacccatgaagatgatttgatcgtaaacttagcacctgtaact 37393524  T
Q  238 cttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaataaacagtgagacaaagactgtggtaa 337  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||| || |||| | ||||||||    
T  37393523 cttgtagagtttctagccaattgggaaaagtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatatgaacagtaagccaaacattgtggtaa 37393424  T
Q  338 tggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcata 437  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  37393423 tggtccttccaattggtttccattcaattttatagtctcaaatatatttcctttggaaaaggttccaggaatgcttccacagaggttgttcatttgcata 37393324  T
Q  438 tccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaattgagaacactcaggtaacttgcattgc 537  Q
    ||||| | |   ||| |||  |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |   ||| |||| |||||||    
T  37393323 tccaaaatagagagataagaaaatgttcctagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgaggatataaagggaactagcattgc 37393224  T
Q  538 agaatgttgaagaaatatctcctgtgaaattgttgtttg 576  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37393223 agaatgttgaagaaatatctcctgtgaagttgttgtttg 37393185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 43 - 576
Target Start/End: Original strand, 37710823 - 37711356
Alignment:
Q  43 tgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaac 142  Q
    ||||||||| | ||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  37710823 tgtattgcagatcaatttttttgtcattcaccttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgctggcaagggcccactaaaattgttgttagagac 37710922  T
Q  143 atcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgt 242  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  || ||||||||| ||    
T  37710923 atcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggt 37711022  T
Q  243 agagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaataaacagtgagacaaagactgtggtaatggtc 342  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| || |||||| |||||||||| ||    
T  37711023 agagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatgatc 37711122  T
Q  343 cttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcatatccaa 442  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37711123 cttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaa 37711222  T
Q  443 tacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaattgagaacactcaggtaacttgcattgcagaat 542  Q
     ||||  |||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| |||   ||| |||| ||||||||||||    
T  37711223 aacatagagattaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgagcacataaagggaactggcattgcagaat 37711322  T
Q  543 gttgaagaaatatctcctgtgaaattgttgtttg 576  Q
    ||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||    
T  37711323 gttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttg 37711356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 11 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 37383199 - 37382667
Alignment:
Q  11 cacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgtt 110  Q
    ||||||||||||||||||||    |  |||| |||||||||||||| | |   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  37383199 cacagaatcattatagtaattggacttacccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaaattcttgatgcacgatgtt 37383100  T
Q  111 ggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattat 210  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||    
T  37383099 ggcaagggcccaataaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatggatgtttggtgctagagcatgtgattgcgccatgaagtttat 37383000  T
Q  211 ttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaa 310  Q
    |||||| ||| || || || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||       
T  37382999 ttgatcttaaactgagcacctgtaattcttgtagagtttcaagccaattgggaaaagtatcctctacgttgttgtctccaaggtccaaaacttcgagttt 37382900  T
Q  311 taaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatg 410  Q
    |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  37382899 tgtacagtgagccaaagactgtggtaatggtccttccaatcggtttccattcaactttattgtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatg 37382800  T
Q  411 tttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaat 510  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  37382799 tgtccatagaggttgttcatttgcatatccaataccgaaagagaaggaaatgttcccaagcattgtggaatcatgccagttaaattgttgtgagccaaat 37382700  T
Q  511 tgagaacactcaggtaacttgcattgcagaatg 543  Q
    |||| ||| ||||| ||||||| ||||| ||||    
T  37382699 tgagcacattcagggaacttgcgttgcacaatg 37382667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 139 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 37413910 - 37413547
Alignment:
Q  139 aaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactc 238  Q
    |||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  37413910 aaacataaaatattctcaacttgggaaatgtatgctttgtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacctgtaactc 37413811  T
Q  239 ttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaataaacagtgagacaaagactgtggtaat 338  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||  || | || ||||||||||||||||    
T  37413810 ttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatattgttgtcaccaaggtccagaacttcaagatttatgcactaagccaaagactgtggtaat 37413711  T
Q  339 ggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcatat 438  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||    
T  37413710 ggtccttccaattgatttccgttcaactttatcatctcaaatgtatttcctttggaaaaggttctaggaaagcttccatacaagttgttcatttgcatat 37413611  T
Q  439 ccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtg 502  Q
    |||||| |  ||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37413610 ccaatatagaaagagaaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatgcctgttaaattgttgtg 37413547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 11 - 576
Target Start/End: Original strand, 37434997 - 37435562
Alignment:
Q  11 cacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgtt 110  Q
    ||||||||||||||||||||    |  |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37434997 cacagaatcattatagtaattgttcttacccatgtattgcaaaccaatctggctatcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatacatgatgtt 37435096  T
Q  111 ggcaagggcccactaaaattgttgatagaa-acatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatta 209  Q
    |||||||  |||||||||||||| |  ||| |  ||||||||||| ||||||| ||| | ||| |||||| ||||||| ||||||| ||||| ||| |||    
T  37435097 ggcaaggatccactaaaattgtt-accgaagatgtcaaaaattcttaacttagaaaaaggatggttggtgttagaacaggtgattgaaccattaagttta 37435195  T
Q  210 tttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaa 309  Q
    ||||||| ||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||  ||      
T  37435196 tttgatcttaaactgagtacctgtaactcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtatccaaggtccaaaattttgagtt 37435295  T
Q  310 ataaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaat 409  Q
     |  |||||||| |||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  || |||||| || ||||||| ||| |||| ||    
T  37435296 ctgtacagtgagccaaagattgaggtaatggtccttctaattggttgccattcaactttatagtctcgaaggcatttcctctggaaaaagttttaggcat 37435395  T
Q  410 gtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaa 509  Q
    | ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||   |||| |||  |||||||||||||||| |||||| || ||||| || |||||||| ||||||    
T  37435396 gcttccattaaggttgttcatttgcatatccaaaacggaaagaaaaggaaatgttcccaggcattttggaattatgcctgtcaatttgttgtgggccaaa 37435495  T
Q  510 ttgagaacactcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaaattgttgtttg 576  Q
    ||||| ||  ||| | | ||||| | ||| ||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  37435496 ttgagcacgttcatggagcttgcttggcacaattttgaagaaatgtctcctgcgaagttgttgtttg 37435562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 11 - 216
Target Start/End: Original strand, 37428339 - 37428543
Alignment:
Q  11 cacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgtt 110  Q
    ||||||||||||||||||||   ||  |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||     
T  37428339 cacagaatcattatagtaattggccttacccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtc 37428438  T
Q  111 ggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattat 210  Q
    |||||||| ||||||||| | ||  || | |  || |||||||||||||| || |||| ||| |||||  ||||||||||||||| |||||| || ||||    
T  37428439 ggcaagggaccactaaaaattttattatagatgtcgaaaattctcaactt-gggaatggatgtttggtcatagaacaagtgattgtaccatgcagtttat 37428537  T
Q  211 ttgatc 216  Q
    ||||||    
T  37428538 ttgatc 37428543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 492 - 576
Target Start/End: Original strand, 37696498 - 37696582
Alignment:
Q  492 aaattgttgtgagccaaattgagaacactcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaaattgttgtttg 576  Q
    |||||||||||||||||||||||   |   ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  37696498 aaattgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttgtttg 37696582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 495 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 37401252 - 37401171
Alignment:
Q  495 ttgttgtgagccaaattgagaacactcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaaattgttgtttg 576  Q
    ||||||||||||||||||||   ||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||    
T  37401252 ttgttgtgagccaaattgagggtacgaagggaacttgcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttg 37401171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 495 - 576
Target Start/End: Original strand, 37594110 - 37594191
Alignment:
Q  495 ttgttgtgagccaaattgagaacactcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaaattgttgtttg 576  Q
    ||||||||||||||||||||   |   ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  37594110 ttgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttatttg 37594191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 495 - 576
Target Start/End: Original strand, 37639652 - 37639733
Alignment:
Q  495 ttgttgtgagccaaattgagaacactcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaaattgttgtttg 576  Q
    ||||||||||||||||||||   |   ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  37639652 ttgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcgttgcggaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttatttg 37639733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 495 - 576
Target Start/End: Original strand, 37711410 - 37711491
Alignment:
Q  495 ttgttgtgagccaaattgagaacactcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaaattgttgtttg 576  Q
    ||||||||||||||||||||   |   ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  37711410 ttgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcgttgcggaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttatttg 37711491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 80 - 168
Target Start/End: Original strand, 26437679 - 26437767
Alignment:
Q  80 cattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatg 168  Q
    |||||||| |||||| |||||| | | ||| ||||| |  ||||||||||| ||| | || ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  26437679 cattcctttaaagtttttgatgtacgttgtgggcaaagagccactaaaattattgttggagacatcaaaaaccctcaacttaggaaatg 26437767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 80 - 168
Target Start/End: Original strand, 26451048 - 26451136
Alignment:
Q  80 cattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatg 168  Q
    |||||||| |||||| |||||| | | ||| ||||| |  ||||||||||| ||| | || ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  26451048 cattcctttaaagtttttgatgtacgttgtgggcaaagagccactaaaattattgttggagacatcaaaaaccctcaacttaggaaatg 26451136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 16843837 - 16843304
Alignment:
Q  43 tgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaac 142  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||    
T  16843837 tgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagac 16843738  T
Q  143 atcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgt 242  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||    || || ||||||||||||    
T  16843737 atcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaaaacgagtacctgtaactcttgt 16843638  T
Q  243 agagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaataaacagtgagacaaagactgtggtaatggtc 342  Q
    |||||||| |||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16843637 agagtttcaagccaactgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagtgagacaaagactgtggtaatggtc 16843538  T
Q  343 cttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcatatccaa 442  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16843537 cttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcatttcctttggaaaaggttttaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaa 16843438  T
Q  443 tacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaattgagaacactcaggtaacttgcattgcagaat 542  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | | | |||  ||||||||||||||||    
T  16843437 tacattaagagaagttaatgttcctaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattaagcaaattaagggtacttgcattgcagaat 16843338  T
Q  543 gttgaagaaatatctcctgtgaaattgttgtttg 576  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  16843337 gttgaagaaatatctcctgtgaagttgttatttg 16843304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 11 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 16846536 - 16845968
Alignment:
Q  11 cacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgtt 110  Q
    ||||||||||||||||||||   ||   ||| |||| ||||||||| |||   | |||||| | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  16846536 cacagaatcattatagtaattgacctttcccatgtactgcaaaccagttttattatcattcgcgttcatcattccttgaaaattcttgatacatgatgtt 16846437  T
Q  111 ggcaagggcccactaaaattgttgatagaa-acatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatta 209  Q
    ||||| || ||||| || ||||| || ||| |  || ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||    
T  16846436 ggcaacggtccactgaatttgtt-atcgaagatgtccaaaattctcaattt-ggaaatggatgcttggtgctagaacatgtgattgaaccataaagttta 16846339  T
Q  210 tttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaa 309  Q
    ||||| | ||| || || || |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16846338 tttgaccttaaactgagtacatgtaactcttgtagagtttcaagccaactgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagat 16846239  T
Q  310 ataaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaat 409  Q
    || |||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||  ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16846238 atgaacagttagctaaagaccgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtgacaaacacatttcctttggaaaaggttctaggaat 16846139  T
Q  410 gtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtgga----atcatacctgttaaattgttgtgagc 505  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    ||||||| | ||||||||||||||||    
T  16846138 gcttccaaagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaagcattgtggaatatatcatacatattaaattgttgtgagc 16846039  T
Q  506 caaattgagaacactcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaaattgttgtttg 576  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||    
T  16846038 caaattgagaacaatcaggaaacttgcactgcagaatgtggaagacatatcttctgtgaagttgttgtttg 16845968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 11 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 24218604 - 24218039
Alignment:
Q  11 cacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgtt 110  Q
    ||||||||||||||| ||||   ||  |||| ||||||||||||||  ||   || |||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  24218604 cacagaatcattataataattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattcttgaggcaagatgtt 24218505  T
Q  111 ggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattat 210  Q
    |||| ||| ||||  ||||| ||   ||| |||||  ||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  24218504 ggcacggggccacggaaattattaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgattccaccatgaagatgat 24218405  T
Q  211 ttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaa 310  Q
    |||||||||| || || || ||||||||||| |||  ||||| |||||| |||||||| || | |||| ||||||| ||||||||||||||||||||       
T  24218404 ttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttg 24218305  T
Q  311 taaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatg 410  Q
    |   ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |||  ||||| ||| |||| |||    
T  24218304 tgtgcagtgagccaaagactgtggtaatggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatg 24218205  T
Q  411 tttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaat 510  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||  |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||    
T  24218204 cttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacagaaagataaggaaatgttcccaggcattgtggaatcgttcctgttaaattgttgttagccaaat 24218105  T
Q  511 tgagaacactcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaaattgttgtttg 576  Q
    |||| | | ||||| ||||||||||||| | ||   ||| ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  24218104 tgagcaaattcagggaacttgcattgcacagtgacaaagcaatgtctcctgtgaagttgttgtttg 24218039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 492 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 16843253 - 16843169
Alignment:
Q  492 aaattgttgtgagccaaattgagaacactcaggtaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaaattgttgtttg 576  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  16843253 aaattgttgtgagccaaattgagaacattcaagaaacttgcattgcagaatgttgaagaaatgtctcctgtgaagttgttgtttg 16843169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 38 - 541
Target Start/End: Original strand, 14552686 - 14553189
Alignment:
Q  38 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgata 137  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||    
T  14552686 acccatgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacgttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgtta 14552785  T
Q  138 gaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaact 237  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  14552786 gagacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttgatgctagaacaggtgattgctccgtgaagatgatttgatcgtaaacttagcacttgtaact 14552885  T
Q  238 cttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaataaacagtgagacaaagactgtggtaa 337  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||  | ||||||||| ||| ||||||||||     
T  14552886 cttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtag 14552985  T
Q  338 tggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcata 437  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14552986 tggtcctttcaattggtttccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttttgaaaaggttctaggaatgattccatagaggttgttcatttgcata 14553085  T
Q  438 tccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaattgagaacactcaggtaacttgcattgc 537  Q
    ||||| | |   |||  ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |   ||| ||||||||||||    
T  14553086 tccaaaatagagagaagaggaaatgtccccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagcatataaagggaacttgcattgc 14553185  T
Q  538 agaa 541  Q
    ||||    
T  14553186 agaa 14553189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University