View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF12915_low_7 (Length: 415)
Name: NF12915_low_7
Description: NF12915
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12915_low_7 |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 400
Target Start/End: Original strand, 9836379 - 9836770
Alignment:
| Q |
9 |
agcacagaactgcaaatacctatgatgctatcatacatttttaacattaaaacttttaaatttgtatataaatgttgacaaaaaagctggaccagtgttc |
108 |
Q |
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| T |
9836379 |
agcacagaactgcaaatacctatgatgctatcatacatttttaacattaaaacttttaaatttgtatataaatgttgacaaaaaagctggaccagtgttc |
9836478 |
T |
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| Q |
109 |
tcaataaaatttatagacaataaacacttcagtaagtgctttatagagcttttttcaacaaaccctaaactaacttatgaaaacaatgaaaatagattat |
208 |
Q |
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| T |
9836479 |
tcaataaaatttatagacaataaacacttcagtaagtgctttatagagcttttttcaacaaaccctaaactaacttatgaaaacaatgaaaatagattat |
9836578 |
T |
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| Q |
209 |
ccaaatgcctcctttgattgtagaattacattatacataagctctaaattaagctatttactcaaacacattattaatgtgtgctatatcatgatcaagt |
308 |
Q |
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| T |
9836579 |
ccaaatgcctcctttgattgtagaattacattatacataagctctaaattaagctatttactcaaacacattattaatgtgtgctatatcatgatcaagt |
9836678 |
T |
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| Q |
309 |
atgcttcttgtagttatcatttacttttattaaccctcaccatttactgtcacagcttttatgaatggattggagctctgttccattgaaac |
400 |
Q |
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| T |
9836679 |
atgcttcttgtagttatcatttacttttattaaccctcaccatttactgtcacagcttttatgaatggattggagctctgttccattgaaac |
9836770 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 400
Target Start/End: Original strand, 9847257 - 9847648
Alignment:
| Q |
9 |
agcacagaactgcaaatacctatgatgctatcatacatttttaacattaaaacttttaaatttgtatataaatgttgacaaaaaagctggaccagtgttc |
108 |
Q |
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| T |
9847257 |
agcacagaactgcaaatacctatgatgctatcatacatttttaacattaaaacttttaaatttgtatataaatgttgacaaaaaagctggaccagtgttc |
9847356 |
T |
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| Q |
109 |
tcaataaaatttatagacaataaacacttcagtaagtgctttatagagcttttttcaacaaaccctaaactaacttatgaaaacaatgaaaatagattat |
208 |
Q |
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| T |
9847357 |
tcaataaaatttatagacaataaacacttcagtaagtgctttatagagcttttttcaacaaaccctaaactaacttatgaaaacaatgaaaatagattat |
9847456 |
T |
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| Q |
209 |
ccaaatgcctcctttgattgtagaattacattatacataagctctaaattaagctatttactcaaacacattattaatgtgtgctatatcatgatcaagt |
308 |
Q |
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| T |
9847457 |
ccaaatgcctcctttgattgtagaattacattatacataagctctaaattaagctatttactcaaacacattattaatgtgtgctatatcatgatcaagt |
9847556 |
T |
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| Q |
309 |
atgcttcttgtagttatcatttacttttattaaccctcaccatttactgtcacagcttttatgaatggattggagctctgttccattgaaac |
400 |
Q |
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| T |
9847557 |
atgcttcttgtagttatcatttacttttattaaccctcaccatttactgtcacagcttttatgaatggattggagctctgttccattgaaac |
9847648 |
T |
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