View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12919_low_2 (Length: 564)

Name: NF12919_low_2
Description: NF12919
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12919_low_2
NF12919_low_2
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (1-564)||(5455069-5455634)
chr3 (1-550)||(5446521-5447072)
chr3 (1-562)||(5503061-5503624)
chr3 (1-564)||(5490246-5490811)
chr3 (2-562)||(5853647-5854209)
chr3 (1-562)||(5525898-5526464)
chr3 (6-562)||(5848350-5848908)
chr3 (1-562)||(5827616-5828179)
chr3 (4-327)||(5485062-5485387)
chr3 (1-562)||(5801942-5802511)
chr3 (134-558)||(20343695-20344119)
chr3 (361-562)||(5484854-5485055)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-550)||(25808740-25809291)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (505-564)||(34205796-34205855)
chr2 (521-562)||(34194298-34194339)
chr2 (521-562)||(34217237-34217278)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 539; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 5455634 - 5455069
Alignment:
Q  1 ctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgca--gagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaag 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455634 ctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgcatagagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaag 5455535  T
Q  99 aaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggac 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455534 aaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtactagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggac 5455435  T
Q  199 acagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaata 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455434 acagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaata 5455335  T
Q  299 tgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctcc 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5455334 tgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacatttaaattgtctcc 5455235  T
Q  399 atgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtg 498  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455234 atggagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtg 5455135  T
Q  499 tttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggtgggagtggctgcat 564  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5455134 tttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatgatgggagtggctgcat 5455069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 5447072 - 5446521
Alignment:
Q  1 ctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgca--gagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaag 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  5447072 ctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagagtgcatagagtcatgaatttctctgtaatattcactgacaaag 5446973  T
Q  99 aaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggac 198  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  5446972 aaatctcttaccaatatgaaactttgagcagttcaattattactagagtcgtgctagacccaaatggaatatcacaacgcttacaatggacagataagac 5446873  T
Q  199 acagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaata 298  Q
    |||| ||||||  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5446872 acaggattgggcggctttagccaaacgtcctgcagaccagtgtgatgcttataccttttgtggtatcaattctaactgcaatatgaatgactttccaata 5446773  T
Q  299 tgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctcc 398  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  5446772 tgtgtatgtttggaaggtttcaggccaaaatttcaactgaagtgggaggcatcagattggtctggtgggtgcgtaaggaaaacacatttaaattgtctcc 5446673  T
Q  399 atgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtg 498  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||| | |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5446672 atggagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttaccagatacatcatcatcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtg 5446573  T
Q  499 tttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggt 550  Q
    ||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5446572 tttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatcagatatggt 5446521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 1 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 5503624 - 5503061
Alignment:
Q  1 ctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgc--agagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaag 98  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |  |||| |||||||    
T  5503624 ctgtatagaggagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagactgcgtagagtcttgaatttctcagtagtagtcaccgacaaag 5503525  T
Q  99 aaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggac 198  Q
    || |||||||  |||||||||| || ||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| |||||   ||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  5503524 aattctcttatcaatatgaaactttaaacagttcaattaatactagattggtgctagatccatatggaacttcacaacgttttcaatggtcagataggac 5503425  T
Q  199 acagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaata 298  Q
    ||||| |||||| ||| ||     || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||  | ||  ||||||||||    
T  5503424 acagatttgggaggctatatatgctcttcctgcagaccagtgtgatgcttatgacttgtgtggtaacaattctaactgcaatggtgatatctttccaata 5503325  T
Q  299 tgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctcc 398  Q
    |||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| || |||||||||||    
T  5503324 tgtgaatgcttagaaggtttcgtgccaaaatctcaaccagagtgggagtcatcaaattggtctggtgggtgcataaggaaaacacgtttaaattgtctcc 5503225  T
Q  399 atgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtg 498  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||  | ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5503224 atggcgatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagacacgtcaacatcttggtatgacaggagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtg 5503125  T
Q  499 tttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggtgggagtggctgc 562  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5503124 tttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaattcagatatcagagatggtgggagtggctgc 5503061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 1 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 5490811 - 5490246
Alignment:
Q  1 ctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgca--gagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaag 98  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||    
T  5490811 ctgtatagaggagggtcatggaatggatttcttttcaccggtgtttcttggctaagactgcatagagtcttgaatttctcggtagtggtcactgacaaag 5490712  T
Q  99 aaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggac 198  Q
    || |||||||  |||||||||| || ||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| |||||   |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5490711 aattctcttatcaatatgaaactttaaacagttcaattaatactagattggtgctagatccatatggaacttcacaacgtttacaatggtcagataggac 5490612  T
Q  199 acagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaata 298  Q
    ||||| |||||| ||| ||     || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||  | ||  ||||||||||    
T  5490611 acagatttgggaggctatatattctcttcctgcagaccagtgtgatgcttatgacttgtgtggtaacaattctaactgcaatggtgatatctttccaata 5490512  T
Q  299 tgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctcc 398  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||| || |||||||||||    
T  5490511 tgtgaatgcttagaaggtttcatgccaaaatttcaactagagtgggattcatcaaattggtctggtggatgtctaagaaaaacacgtttaaattgtctcc 5490412  T
Q  399 atgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtg 498  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | | |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5490411 atggcgatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacatcatcatcgtattataacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtg 5490312  T
Q  499 tttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggtgggagtggctgcat 564  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5490311 tttgaaaaactgtacttgcactgcatatgcaaattcagatatcaaagatggtgggagtggctgcat 5490246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 2 - 562
Target Start/End: Original strand, 5853647 - 5854209
Alignment:
Q  2 tgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgca--gagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaaga 99  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5853647 tgtatagaggagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgcacagagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaaga 5853746  T
Q  100 aatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggaca 199  Q
    | |||||||  ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| |||   |||   ||||||||| | | |||| |||||| ||||    
T  5853747 attctcttatcaatatgaaactatgaaccgttcaattattactagaatggagctagatccatccggaaattcacaacgtcttctatggtcagatacgaca 5853846  T
Q  200 cagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatat 299  Q
    || | |||||| ||| || |   ||||||||||||||| ||||||  ||||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  5853847 caaatttgggaggctatatcttctcgtcctgcagaccaatgtgataattatgccttgtgcggtatcaactctaactgcaatagtaataactttccaacat 5853946  T
Q  300 gtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctcca 399  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| || |    
T  5853947 gtgaatgcttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccagagtgggagtcatcaaattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacaagtttaaattgtgtcta 5854046  T
Q  400 tgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtgt 499  Q
    || |||||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| |||| |||||    
T  5854047 tggagatgggtttttaccatacgcaaacatgaagttaccagacacgtcagcatcgtggtttgacaagagcttgagccttgaggaatgtatgacagtgtgt 5854146  T
Q  500 ttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggtgggagtggctgc 562  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  5854147 ttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaatttagatatcagatatgttggaagtggctgc 5854209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 5526464 - 5525898
Alignment:
Q  1 ctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgc--agagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaag 98  Q
    |||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||  | | ||||||||  ||   ||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||    
T  5526464 ctgtatagaggaggaccatggaatggatttcttttcagtggttctccctggcaaagtttgtctagagtcttgaatttctcagtagttttcagtgacaaag 5526365  T
Q  99 aaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggac 198  Q
    || |||||||  |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||| ||| | ||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  5526364 aagtctcttatcaatatgaaactttgaacagttcaattaatactagactggtgctagattcaaacggaatttcacaacgtcttcaatggtcagataggac 5526265  T
Q  199 acagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaata 298  Q
    ||| | |||||| ||| || |   |||||||| ||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||| |||||| || ||  ||||||||||    
T  5526264 acaaacttgggaggctatatcttctcgtcctgtagaccagtgtgatccttatgacacttgtggtatcaattctaattgcaatgttgatatctttccaata 5526165  T
Q  299 tgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtct-- 396  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||| ||||| || ||||||||||||||||||||| || |||||||||      
T  5526164 tgtaaatgcttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccagagtggcagttgtcaaattgggctagtgggtgtgtaaggaaaacacctttaaattgtctcg 5526065  T
Q  397 -ccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaat 495  Q
     | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||    
T  5526064 acgatggggatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagacacgtcaacatcttggtatgacaagagcttgagcctcgaggaatgtaagacaat 5525965  T
Q  496 gtgtttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggtgggagtggctgc 562  Q
    |||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||    
T  5525964 gtgtttgaaaaattgttcttgcactgcatatgcaaattcagatgtcagagatggtgggagtggctgc 5525898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 6 - 562
Target Start/End: Original strand, 5848350 - 5848908
Alignment:
Q  6 tagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgcagagtct--tgaatttctcagtaatgttcactgacaaagaaatc 103  Q
    ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||| | | ||||||||||||   | | | |  |||||| |||| |  |||| |||||||||||| ||    
T  5848350 tagaggagggtcgtggaatggatatcttttcactggagctacttggcaaagaaattataatatattgaattactcatttgtgttaactgacaaagaagtc 5848449  T
Q  104 tcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggacacaga 203  Q
     |||   |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||| | ||| |||||   ||||||||| | |||||| | |||  |||||| |    
T  5848450 acttttcaatatgaaactttaaacagtttaattattactagagttgtgctaaatccatatggaacttcacaacgtcttcaatggtcggatcagacacaaa 5848549  T
Q  204 attgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatatgtga 303  Q
    |||||||   | |  | |||  |||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5848550 attgggagattattactaatgctcctgcagaccagtgtgatgattatgccttgtgcggtatcaactctaactgcaatattaataactttccaatatgtga 5848649  T
Q  304 atgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgta 403  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||   ||||||||||||||||  | |||| |||| | |  ||||||| |  ||      
T  5848650 atgcttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaaatggaagtcattgaattggtctggtgggtgcctcaggagaacaaaattgaattgtcacactggg 5848749  T
Q  404 gatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttga 503  Q
    ||||| ||| |   |||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  5848750 gatggctttctgaagtacacaagcatgaagttgccagacacgtcaacatcttggtatgacaagagcttgagccttgaggaatgtaagacactgtgcttga 5848849  T
Q  504 aaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggtgggagtggctgc 562  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5848850 aaaactgtacttgcactgcatatgcaaatttagatatcagagatggtgggagtggctgc 5848908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 562
Target Start/End: Original strand, 5827616 - 5828179
Alignment:
Q  1 ctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgca--gagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaag 98  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||||| | | ||  |||||||||||| |||| | ||||| ||||| ||||    
T  5827616 ctgtatagaggtgggtcatggaatggatatcatttcaatggagtttcttggcaaatagttcatagagtcttgaattactcattcatgttaactgataaag 5827715  T
Q  99 aaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggac 198  Q
    || |  ||||  |||||| ||| || ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||| |  || | |||||   |||| |||||  ||     
T  5827716 aagttacttatcaatatgcaacgtttaacagttcaatgattactagatttgtgctagatccatatggaattccaaaccgttttatatggtcagatcagaa 5827815  T
Q  199 acagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaata 298  Q
    ||| |||||||  ||| || | | |||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||| |||| || || || |||||||||||||| |||||| ||    
T  5827816 acaaaattgggtggctatatctagtcgtgctgtagaccagtgtgaagattatgccttttgtagtattaactcaaattgcaatattaatgattttccagta 5827915  T
Q  299 tgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctcc 398  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||  |||||||||||||||||   |||| |||| | |  ||||| |||     
T  5827916 tgtgaatgcttggaaggtttcatgccaaaatttcaaacaaaatggaagtcgtcgaattggtctggtgggtgtcggaggagaacaaaattgaattgcctca 5828015  T
Q  399 atgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtg 498  Q
    |||  ||||| |||||   |||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5828016 atggtgatggctttttgaagtacacaagcatgaagttgccagacacgtcaacatcttggtatgacaagaacttgagccttgaggaatgtaagacaatgtg 5828115  T
Q  499 tttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggtgggagtggctgc 562  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  5828116 tttgaaaaactgttcttgcattgcatatgcaaattctgatatcagagatggtgggagtggctgc 5828179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 4 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 5485387 - 5485062
Alignment:
Q  4 tatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgc--agagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaagaaa 101  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |  |||| |||||||||     
T  5485387 tatagaggagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagactgcgtagagtcttgaatttctcagtagtagtcaccgacaaagaat 5485288  T
Q  102 tctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggacaca 201  Q
    |||||||  |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  5485287 tctcttatcaatatgaaactttgaacagttcaattaatactagattggtgctagatccatatggaatgtcacaacgttttcaatggtcagataggacaca 5485188  T
Q  202 gaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatatgt 301  Q
     | |||||| ||| || |   ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    |   |||||||||||||    
T  5485187 aatttgggaggctatatcttctcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgacttgtgtggtatcaattctaactgcaatggcgaaagctttccaatatgt 5485088  T
Q  302 gaatgtttggaaggtttcatgccaaa 327  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||    
T  5485087 gaatgcttggaaggtttcatgtcaaa 5485062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 562
Target Start/End: Original strand, 5801942 - 5802511
Alignment:
Q  1 ctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggca-----aag-----aatgcagagtcttgaatttctcagtaatgttcac 90  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||     |||     |||  | |||| |||||||| ||||| | ||||     
T  5801942 ctgtatagaggagggtcatggaatggatttcttttcagtagtgtttcctggcattggcaagtaacaaat--aaagtcatgaatttcacagtagtcttcaa 5802039  T
Q  91 tgacaaagaaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggaca 190  Q
    |||||||||| ||||||| |||||  ||||| ||||||  ||||||||| | ||| || | ||||| ||| | |||   ||||||||||| | |||| ||    
T  5802040 tgacaaagaattctcttatgaataccaaaccgtgaacaagtcaattattgcaagaatgatactagatccatacggaaattcacaacgttttctatggtca 5802139  T
Q  191 gataggacacagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgact 290  Q
    ||||| ||||| | |||| | ||| || |   |||||| |||||||||||||||| |||| |||| || |||||||| || || |||||||||||||| |    
T  5802140 gatagcacacaaatttggaaggctatatcttctcgtccggcagaccagtgtgatgattattccttatgcggtatcaactcaaattgcaatattaatgaat 5802239  T
Q  291 ttccaatatgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaa 390  Q
    ||||| ||||||||||  |||||||||||||||| |||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| | |  ||    
T  5802240 ttccagtatgtgaatgcgtggaaggtttcatgccgaaatttgaactacagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtctgaggagaacaaaattgaa 5802339  T
Q  391 ttgtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaag 490  Q
    ||||||| |||  ||||| |||||   |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||  | | |||| | ||| |||||||| |||||||||    
T  5802340 ttgtctcaatggtgatggctttttgaagtacacaaacatgaagttaccagatacatcatcatcgtattataacaagagctttagccttgaagaatgtaag 5802439  T
Q  491 acaatgtgtttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggtgggagtggctgc 562  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| || ||||||||| |||||||| |||||||||    
T  5802440 acaatgtgtttgaaaaactgttcttgcaccgcatatgcaaattcagatatcagggatggtggtagtggctgc 5802511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 134 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 20344119 - 20343695
Alignment:
Q  134 attattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggacacagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcag 233  Q
    |||||||||||| | ||||||||  || |||||    ||||||||||   |||| | ||| ||||||| |||||||| |||  ||| | |||||||  ||    
T  20344119 attattactagatttgtgctagatacatatggaactccacaacgttttatatggtcggattggacacaaaattgggaggctacagctactcgtcctatag 20344020  T
Q  234 accagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatatgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttca 333  Q
    |||||||||| |  ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  20344019 accagtgtgaagagtatgcctgttgtgggatcaactctaactgcaatattaatgaatctccaatttgtgaatgcttggaaggtttcacgccaaaatttca 20343920  T
Q  334 accaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaag 433  Q
    | |||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||| | |||| |||| | |  ||||||||| ||| ||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  20343919 atcaaaatggaagtcatcggattggtctggcgggtgtctgaggagaacaaaattgaattgtctcaatggagatggatttttgaagtacacaaacatgaag 20343820  T
Q  434 ttgccagatacgtcagcatcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactt 533  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||| |||||| | ||| |||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||    
T  20343819 ttgccagacacgtcggcatcatggtatgacaagagcttgagccttcaggaatgtaagacgacgtgtttgaaaaattgtaattgcactgcatatgcaaatt 20343720  T
Q  534 tagatatcagagatggtgggagtgg 558  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  20343719 tagatatcagagatggtgggagtgg 20343695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 361 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 5485055 - 5484854
Alignment:
Q  361 tggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatcgtggttt 460  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5485055 tggtgggtgtgtaaggaaaacgcatttaaattgtcccgatggagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatcgtggttt 5484956  T
Q  461 gacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggtgggagtggct 560  Q
    ||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5484955 gacaagagcttgagccttaaggaatgtaagacaatgtgtttgaaaaactgttcttgcactgcatatgcaaatttagatatcagagatggtgggagtggct 5484856  T
Q  561 gc 562  Q
    ||    
T  5484855 gc 5484854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 550
Target Start/End: Original strand, 25808740 - 25809291
Alignment:
Q  1 ctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgca--gagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaag 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  25808740 ctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagagtgcatagagtcatgaatttctctgtaatattcactgacaaag 25808839  T
Q  99 aaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggac 198  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  25808840 aaatctcttaccaatatgaaactttgagcagttcaattattactagagtcgtgctagacccaaatggaatatcacaacgcttacaatggacagataagac 25808939  T
Q  199 acagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaata 298  Q
    |||| ||||||  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25808940 acaggattgggcggctttagccaaacgtcctgcagaccagtgtgatgcttataccttttgtggtatcaattctaactgcaatatgaatgactttccaata 25809039  T
Q  299 tgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctcc 398  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  25809040 tgtgtatgtttggaaggtttcaggccaaaatttcaactgaagtgggaggcatcagattggtctggtgggtgcgtaaggaaaacacatttaaattgtctcc 25809139  T
Q  399 atgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttgccagatacgtcagcatcgtggtttgacaaaaccttaagccttgaggaatgtaagacaatgtg 498  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||| | |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25809140 atggagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttaccagatacatcatcatcatggtataacaagatcttgagccttgaggaatgtaagacaatgtg 25809239  T
Q  499 tttgaaaaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggt 550  Q
    ||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25809240 tttgaaaaactgttcttgttctgcatatgcaactttagatatcagatatggt 25809291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 505 - 564
Target Start/End: Original strand, 34205796 - 34205855
Alignment:
Q  505 aaactgtacttgcaatgcatatgcaactttagatatcagagatggtgggagtggctgcat 564  Q
    |||||||| |||||  |||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||    
T  34205796 aaactgtaattgcacagcatatgcaagtttagatgtcagagatggtggaagtggttgcat 34205855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 521 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 34194339 - 34194298
Alignment:
Q  521 gcatatgcaactttagatatcagagatggtgggagtggctgc 562  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  34194339 gcatatgcaaatttagatgtcagagatggtggaagtggctgc 34194298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 521 - 562
Target Start/End: Original strand, 34217237 - 34217278
Alignment:
Q  521 gcatatgcaactttagatatcagagatggtgggagtggctgc 562  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  34217237 gcatatgcaaatttagatgtcagagatggtggaagtggctgc 34217278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University