View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12920_low_2 (Length: 539)

Name: NF12920_low_2
Description: NF12920
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12920_low_2
NF12920_low_2
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (13-523)||(36889122-36889632)
chr5 (82-523)||(36877053-36877476)
chr5 (82-523)||(36896020-36896443)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 503; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 503; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 523
Target Start/End: Original strand, 36889122 - 36889632
Alignment:
Q  13 attaatctagccatatagtaaattgttacattacaccttcaattaatctagccatatactatggcaatgattggtgatagtgacaacatattactcaaca 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36889122 attaatctagccatatagtaaattgttacattacaccttcaattaatctagccatatactatggcaatgattggtgatagtgacaacatattactcaaca 36889221  T
Q  113 tttcacccgatgaagtaaatgattttctaggtgagtatacatgggaaggtaaatgggaaaatgttataatgatttactatgcatttccagaacaagccca 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36889222 tttcacccgatgaagtaaatgattttctaggtgagtatacatgggaaggtaaatgggaaaatgttataatgatttattatgcatttccagaacaagccca 36889321  T
Q  213 caaagcaattatctctgattcagctggcactgcattgcatgtagccattgatttagacgaagaaattgttgttaaagagcttgtgaatgcaattttaaca 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36889322 caaagcaattatctctgattcagctggcactgcattgcatgtagccattgatttagacgaagaaattgttgttaaagagcttgtgaatgcaattttaaca 36889421  T
Q  313 cataatgtggaagttagtgatgaaagagttgaagcattggaaatggagaatgaacgtggagacacaccattgcattttgcagcatcaagaggttttgcaa 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36889422 cataatgtggaagttagtgatgaaagagttgaagcattggaaatggagaatgaacgtggagacacaccattgcattttgcagcatcaagaggttttgcaa 36889521  T
Q  413 gaatatgtaagtgtattattgggattaataatgagaggatatatttgttgagtcgtaaaaataagcatggtgagacacctctttttcaagctgctattaa 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36889522 gaatatgtaagtgtattattgggattaacaatgagaggatatatttgttgagtcgtaaaaataagcatggtgagacacctctttttcaagctgctattaa 36889621  T
Q  513 ttggagaaaac 523  Q
    |||||||||||    
T  36889622 ttggagaaaac 36889632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 82 - 523
Target Start/End: Original strand, 36877053 - 36877476
Alignment:
Q  82 attggtgatagtgacaacatattactcaacatttcacccgatgaagtaaatgattttctaggtgagtatacatgggaaggtaaatgggaaaatgttataa 181  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||| | ||| ||||    
T  36877053 attgttgatagtgataacatattactcaacatttcatccgatgaagttaacgattttataagtgagtacacattggaaggtaaatgggatagtgtaataa 36877152  T
Q  182 tgatttactatgcatttccagaacaagcccacaaagcaattatctctgattcagctggcactgcattgcatgtagccattgatttagacgaagaaattgt 281  Q
     | | ||| ||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||    
T  36877153 ggttgtacaataaatttccagaacaagctcacacagcaattatctctgattcagctggcactccattgcatgtagccatagatttggacgaagaagatgt 36877252  T
Q  282 tgttaaagagcttgtgaatgcaattttaacacataatgtggaagttagtgatgaaagagttgaagcattggaaatggagaatgaacgtggagacacacca 381  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    || |              |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36877253 tgtcaatgagcttgtgaatgcaattttaacacataat----aatt--------------ttgaggcattggaaatggtgaatgaacgtggagacacacca 36877334  T
Q  382 ttgcattttgcagcatcaagaggttttgcaagaatatgtaagtgtattattgggattaataatgagaggatatatttgttgagtcgtaaaaataagcatg 481  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| | | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  36877335 ttgcattttgcagcatcaaggggttttgcaagaatatgcaactgtataattggtagtgagaatgagaggatatatttgttgagttgtaaaaataaaaatg 36877434  T
Q  482 gtgagacacctctttttcaagctgctattaattggagaaaac 523  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36877435 gtgagacacctttttttcaagctgctgttaattggagaaaac 36877476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 82 - 523
Target Start/End: Original strand, 36896020 - 36896443
Alignment:
Q  82 attggtgatagtgacaacatattactcaacatttcacccgatgaagtaaatgattttctaggtgagtatacatgggaaggtaaatgggaaaatgttataa 181  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||| | ||| ||||    
T  36896020 attgttgatagtgataacatattactcaacatttcatccgatgaaattaacgattttataagtgagtacacattggaaggtaaatgggatagtgtaataa 36896119  T
Q  182 tgatttactatgcatttccagaacaagcccacaaagcaattatctctgattcagctggcactgcattgcatgtagccattgatttagacgaagaaattgt 281  Q
     | | ||| ||  ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |    
T  36896120 ggttgtacaataaatttccagaacaagctcacacagcaattatctctgattcagctggcactgcattacatgtagccatagatttagacgaagaattttt 36896219  T
Q  282 tgttaaagagcttgtgaatgcaattttaacacataatgtggaagttagtgatgaaagagttgaagcattggaaatggagaatgaacgtggagacacacca 381  Q
    |||  || |||||||| ||||||||||||  ||||||     | || |             || ||||||||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  36896220 tgtcgaaaagcttgtgcatgcaattttaatgcataat-----aatttg-------------gaggcattggaaattgggaatgaacatggagacacacca 36896301  T
Q  382 ttgcattttgcagcatcaagaggttttgcaagaatatgtaagtgtattattgggattaataatgagaggatatatttgttgagtcgtaaaaataagcatg 481  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  36896302 ttgcattttgcagcatcaaggggttttgcaagaatatgtaagtgtataattggtagtgagaatgagaggatatatttgttgagttgtaaaaataaaaatg 36896401  T
Q  482 gtgagacacctctttttcaagctgctattaattggagaaaac 523  Q
    | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36896402 gcgagacacctttttttcaagctgctgttaattggagaaaac 36896443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University