View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12921_high_4 (Length: 677)

Name: NF12921_high_4
Description: NF12921
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12921_high_4
NF12921_high_4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-664)||(42183841-42184486)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 557; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 557; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 42184486 - 42183841
Alignment:
Q  20 cattcagcatccactccaagccccttttcattcattcaattcaccaaatcaataacaaactagaaaaagtccatattattaacaacataaaacaaaacat 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  42184486 cattcagcatccactccaagccccttttcattca----attcaccaaatcaataacaaactagaaaaagtccatattattaacaacataaaacaaagcat 42184391  T
Q  120 ttatctctgaagagtgaatttcatagaggnnnnnnnn-----tcaagctttattatgttgattttgtttttgttttagagtttagagtctttagaccaaa 214  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42184390 ttatctctgaagagtgaatttaatagaggaagaaaaaaaaaatcaagctttattatgttgattttgtttttgttttagagtttagagtctttagaccaaa 42184291  T
Q  215 tcacaacaaaacatgaaagtgaataagggaaaatcagataaactaaatcaaaagtacaaaacaaaacataggcatagtacatgtttggattcatgataaa 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42184290 tcacaacaaaacatgaaagtgaataagggaaaatcagataaactaaatcaaaagtacaaaacaaaacataggcatagtacatgtttggattcatgataaa 42184191  T
Q  315 tttagaagaaccacagattttagcaaaagctatactttgaagcttaagccttcaacaaaatcacattggcaacctgatttcatgaaactcatatgatatg 414  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42184190 tttagaagaatcacagattttagcaaaagctatacttagaagcttaagccttcaacaaaatcacattggcaacctgatttcatgaaactcatatgatatg 42184091  T
Q  415 aatcaaaacatgtgattctaaacagatatagcaaaagacagatataaactcaccttggttgcttatttgaaccctcaaagctgctattatgcaaagcaag 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  42184090 aatcaaaacatgtgattctaaacagatatagcaaaatacagatataaactcaccttggttgcttatttgaaccctcaaagctgctattatgcaaagaaag 42183991  T
Q  515 ggaagattggagataaggatgaaggggagtagaagcaagaaaatgtgatgaagatccatattttcttgtagttggattaggagcagccatagtaaaatca 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  42183990 ggaagattggagataaggatgaaggggagtagaagcaagaaaatgtgatgaagatccatattttcttgtagttggattaggaacagccacagtaaaatca 42183891  T
Q  615 ggcacagaaaaagggttagaatcacaacgagcctttttgatttgatgatg 664  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42183890 ggcacagaaaaagggttagaatcacaacgagcctttttgatttgatgatg 42183841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University