View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12924_high_7 (Length: 518)

Name: NF12924_high_7
Description: NF12924
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12924_high_7
NF12924_high_7
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (19-509)||(353158-353648)
chr7 (19-509)||(10579938-10580425)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-509)||(24578345-24578832)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 458; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 353648 - 353158
Alignment:
Q  19 tgatcaaccatctcctcgaacagattgaatgcccacttgcatctatctgctctgcagagcccatgaattagcaatgtataggttgaaaggtcaagaccaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  353648 tgatcaaccatctcctcgaacagattgaatgcccacttgcatctatctgctctgcagagcccatgaattagcaatgtataggttgaaaggtcaagaccaa 353549  T
Q  119 tatgatatttatttaccatgtcacttaatatatcattcaaccaagtatctacttttctcattttaaagcatgacttgatcaatgggtgataatatgtctg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  353548 tatgatatttatttaccatgtcacttaatatatcattcaaccaagtatctacttttctcattttaaagcatgacttgatcaatgggtgataataagtctg 353449  T
Q  219 aatatcaggcttacatagacctgatttttccatctccttcagtatgtcaaaagctctctctttttgtgcatagtaacaaaacatagaaatcattgagtta 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  353448 aatatcaggcttacatagacctgatttttccatctccttcagtatgtcaaaagctctctctttttgtgcatagtaacaaaacatagaaatcattgagtta 353349  T
Q  319 taggtcgatgtatttggggccacactggccttcggcatcgcaaccttgaatatatgtgtagcatcatctattctgcctgctctccccatcgtataaatga 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  353348 taggtcgatgtatttggggccacactggccttcggcatcgcaaccttgaatatatgtgtagcatcatctattctgcctgctctccccatcgtataaatga 353249  T
Q  419 acgaattgnnnnnnngtgtatcaggtctacacccaacagcattcattctttcgacaatttgtaaagcttcgtcaaatttctctgcctttgc 509  Q
    ||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  353248 acgaattgaaaaaaagtgtatcaggtctacacccaacagcattcattctttcgacaacttgtaaagcttcatcaaatttctctgcctttgc 353158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 10580425 - 10579938
Alignment:
Q  19 tgatcaaccatctcctcgaacagattgaatgcccacttgcatctatctgctctgcagagcccatgaattagcaatgtataggttgaaaggtcaagaccaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10580425 tgatcaaccatctcctcgaacagatcgaatgcccacttgcatctatctgctctgcaaagcccatgaattagcaatgaataggttgaaaggtcaagaccaa 10580326  T
Q  119 tatgatatttatttaccatgtcacttaatatatcattcaaccaagtatctacttttctcattttaaagcatgacttgatcaatgggtgataatatgtctg 218  Q
    | ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||    
T  10580325 tctgatatttatttaccatatcatttaatatatcattcaaccaagtatctatttctctcattttaaagcatgacttgatcaatgggtgaaaa---gtctg 10580229  T
Q  219 aatatcaggcttacatagacctgatttttccatctccttcagtatgtcaaaagctctctctttttgtgcatagtaacaaaacatagaaatcattgagtta 318  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10580228 aatatccggcttacaaagacctgatttttccatctccttcagtattccaaaagctctctcttcacgtgcatagtaacaaaacatagaaaccattgagtta 10580129  T
Q  319 taggtcgatgtatttggggccacactggccttcggcatcgcaaccttgaatatatgtgtagcatcatctattctgcctgctctccccatcgtataaatga 418  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10580128 taggtcgatgtatttggggccacattggccttcggcatcgcaaccttgaatacatatgtagcatcatctattctgcctgctctccccaacgtataaatga 10580029  T
Q  419 acgaattgnnnnnnngtgtatcaggtctacacccaacagcattcattctttcgacaatttgtaaagcttcgtcaaatttctctgcctttgc 509  Q
    ||||||||       | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10580028 acgaattgaaaaagagcgtatcaggcctacatccaacagcattcattctttcgacaacttgtaaagcttcgtcaaatttctctgcttttgc 10579938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 24578832 - 24578345
Alignment:
Q  19 tgatcaaccatctcctcgaacagattgaatgcccacttgcatctatctgctctgcagagcccatgaattagcaatgtataggttgaaaggtcaagaccaa 118  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24578832 tgatcagccatctcctcgaacagatcgaatgcccacttgcatctatctgctctgtaaagcccatgaattagcaatgtataggttgaaaggtcaagaccaa 24578733  T
Q  119 tatgatatttatttaccatgtcacttaatatatcattcaaccaagtatctacttttctcattttaaagcatgacttgatcaatgggtgataatatgtctg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||    
T  24578732 tatgatatttatttaccatgtcatttaatatatcattcaaccaagtatctatttccctcattttaaagcatgacttgatcaatgggtgataa---gtctg 24578636  T
Q  219 aatatcaggcttacatagacctgatttttccatctccttcagtatgtcaaaagctctctctttttgtgcatagtaacaaaacatagaaatcattgagtta 318  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24578635 aatatcaggcttacaaagacctgatttttccatctccttcagtatgccaaaagctctctcttcttgtgcatagtaacaaaacatagaaatcattgagtta 24578536  T
Q  319 taggtcgatgtatttggggccacactggccttcggcatcgcaaccttgaatatatgtgtagcatcatctattctgcctgctctccccatcgtataaatga 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  24578535 taggtcgatgtatttggggccacactggccttcggcatcgcaaccttgaatacatgtgtagcatcatctattctgcctgctctccccaatgtataaatga 24578436  T
Q  419 acgaattgnnnnnnngtgtatcaggtctacacccaacagcattcattctttcgacaatttgtaaagcttcgtcaaatttctctgcctttgc 509  Q
     |||||||       |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  24578435 gcgaattgaaaaagagtgtatcaggcctacatccaacagcattcattctttcgacaacttgtaaagcttcttcaaatttttctgcttttgc 24578345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University