View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12928_low_11 (Length: 449)

Name: NF12928_low_11
Description: NF12928
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12928_low_11
NF12928_low_11
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (22-446)||(31575791-31576215)
chr7 (18-449)||(31608048-31608479)
chr7 (22-449)||(31618061-31618485)
chr7 (22-447)||(31604459-31604881)
chr7 (22-449)||(31614332-31614756)
chr7 (20-449)||(31594848-31595274)
chr7 (22-449)||(31585198-31585625)
chr7 (22-444)||(31540818-31541237)
chr7 (55-444)||(31532192-31532581)
chr7 (22-444)||(33305162-33305578)
chr7 (22-444)||(31572853-31573266)
chr7 (22-444)||(31439030-31439449)
chr7 (325-405)||(21898582-21898662)
chr7 (154-206)||(21898417-21898469)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (18-449)||(52174320-52174748)
chr1 (22-128)||(49710780-49710886)
chr1 (25-128)||(49683173-49683276)
chr1 (145-185)||(49728741-49728781)
[»] scaffold0394 (1 HSPs)
scaffold0394 (22-444)||(1738-2157)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (22-444)||(15063377-15063796)
chr4 (329-386)||(29083729-29083786)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (22-71)||(31201383-31201432)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 31576215 - 31575791
Alignment:
Q  22 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatgg 121  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| | ||  |||||||||| |||||||||||||    
T  31576215 ttttgcccaaaaatctctgattttggactagcgaaaatatgccaaaagaaggatagtattgtgtcaatattaggggcaagaggaacaataggatatatgg 31576116  T
Q  122 ctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaa 221  Q
    | ||||||| ||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31576115 caccagaagcatttaatagatcatttggtggagtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaggaagaa 31576016  T
Q  222 ctatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgaca 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31576015 ctatgacactggagggtcgtgtactccggaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgaca 31575916  T
Q  322 tcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaa 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||    
T  31575915 tcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgtattcaaaccaaaccattagacaggccaccgatgaataaagtaa 31575816  T
Q  422 tagaaatgttgcaaggaccactttc 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  31575815 tagaaatgttgcaaggaccactttc 31575791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 18 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 31608479 - 31608048
Alignment:
Q  18 agacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatat 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| | || ||| |||||||||||||||||    
T  31608479 agacttttgtccaaaaatatctgattttggacttgctaaaatatgtcaaaggaaggacagtattgtgtcaatattggggacacgaggaactataggatat 31608380  T
Q  118 atggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaaga 217  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  31608379 atggcgccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgattggaggaagga 31608280  T
Q  218 agaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtat 317  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||| ||  |  |    
T  31608279 agaactacgacactggcgggtcatgtacttctgaaatgtactttccagactggatttataaggatcttgagcaaggtaaccatactgttttaaatgggtt 31608180  T
Q  318 gacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaa 417  Q
    ||||   |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  31608179 gacaatctcaacggaagaaaatgatatggttagaaagattactatggtgagtctatggtgcattcaaacgaatccatcagatagaccaccaatgaataaa 31608080  T
Q  418 gtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatc 449  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  31608079 gtaatagaaatgttgcaaggaccgctgtcatc 31608048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 22 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 31618485 - 31618061
Alignment:
Q  22 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatgg 121  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||| | ||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  31618485 ttttgtccaaaaatctcagattttggactagctaaaatatgccaaaggaaggatagtattgtgtcaatattaggggcaagaggaactataggatacatgg 31618386  T
Q  122 ctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaa 221  Q
    | |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31618385 caccagaaatatttagtagagcgtttggtggagtttcgtacagatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaggaagaa 31618286  T
Q  222 ctatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgaca 321  Q
    ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |   ||||| || |||   |||    
T  31618285 ctacgacacgggagggtcatgtacttctgaaatgtactttccagattggatttataaggatcttgagcaagggaatact---cttttaaattgttcaaca 31618189  T
Q  322 tcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaa 421  Q
       || |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31618188 atctcggaggaagaaaatgatatgatcagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaa 31618089  T
Q  422 tagaaatgttgcaaggaccactttcatc 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31618088 tagaaatgttgcaaggaccactttcatc 31618061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 22 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 31604881 - 31604459
Alignment:
Q  22 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatgg 121  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| | ||  |||||||||| |||||||||||||    
T  31604881 ttttgcccaaaaatctctgattttggactagcgaaaatatgccaaaagaaggatagtattgtgtcaatattaggggcaagaggaacaataggatatatgg 31604782  T
Q  122 ctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaa 221  Q
    | ||||||| ||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31604781 caccagaagcatttaatagatcatttggtggagtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaggaagaa 31604682  T
Q  222 ctatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgaca 321  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||| || |||  ||||    
T  31604681 ctacgacactggcgggtcatgtacttctgaaatgtactttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaatact---cttttaaattgttcgaca 31604585  T
Q  322 tcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaa 421  Q
       || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31604584 gtctcggaggaagaaaatgatatggtcagaaagattactttggtgagtctgtggcgcattcaaactaaactatcagatagaccaccgatgaataaagtaa 31604485  T
Q  422 tagaaatgttgcaaggaccactttca 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  31604484 tagaaatgttgcaaggaccactttca 31604459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 22 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 31614756 - 31614332
Alignment:
Q  22 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatgg 121  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31614756 ttttgcccaaaaatctctgattttggactagcgaaaatatgccaaaagaaggatagtattgtgtcaatattaggtacaagaggaactataggatatatgg 31614657  T
Q  122 ctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaa 221  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||    
T  31614656 caccagaagtatttagcagagcatttggcggagtttcttacaaatctgatgtatatagttatggaatgttgattcttgaaatgattggaggaagaaagaa 31614557  T
Q  222 ctatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgaca 321  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||| |  ||||| || ||| |||||    
T  31614556 ctatgacactggagggtcatgcacttctgaaatgtactttccagattggatttataagaatcttgagcaa---aataacactcttttaaattgtttgaca 31614460  T
Q  322 tcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaa 421  Q
       ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  31614459 atctcagaggaagaaaatgatatgattagaaagatcactttggtgagtgtttggtgcattcaaactaaaccattagacagaccaccgatgaataaagtaa 31614360  T
Q  422 tagaaatgttgcaaggaccactttcatc 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31614359 tagaaatgttgcaaggaccactttcatc 31614332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 20 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 31595274 - 31594848
Alignment:
Q  20 acttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatat 119  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||    
T  31595274 acttttgcccaaaaatctctgattttggactagcaaaaatatgtcaaatgaatgatagtattgtgtcaataccggggacaagaggaactataggatatat 31595175  T
Q  120 ggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaag 219  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||    
T  31595174 ggcgccagaagtatttagcagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatacagttatggtatgttgattcttgaaatgattggaggaagaaag 31595075  T
Q  220 aactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatga 319  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||| || | | |||    
T  31595074 aactatcaaactggagggtcgtgtacttctgaaatgtactttccagactggatttataaggatcttgagcaaggtaatgat---cttttaaattctttga 31594978  T
Q  320 catcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagt 419  Q
    ||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| |||||||||||    
T  31594977 caatttcagaggaagaaaatgatatggttaaaaagattactatggtgagcctatggtgcattcaaacaaatccattagatagaccaccaatgaataaagt 31594878  T
Q  420 aatagaaatgttgcaaggaccactttcatc 449  Q
    ||| |||||| | |||||||| ||||||||    
T  31594877 aattgaaatgctacaaggaccgctttcatc 31594848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 22 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 31585625 - 31585198
Alignment:
Q  22 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatgg 121  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || | || ||||||||||| ||| ||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||    
T  31585625 ttttgtccaaaaatatctgattttggactagcaaaaatatgccgaaagaaggatagtactgtgtcaatgctaggggcaagaggaactataggatatatgg 31585526  T
Q  122 ctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaa 221  Q
    | |||||| |||| | |||||| |||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| | ||||||    
T  31585525 caccagaaatattcattagagcctttggtggagtttctcacaagtctgatgtgtatagttatggcatgctgattctagaaattatcggaggtaggaagaa 31585426  T
Q  222 ctatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgaca 321  Q
    ||| ||||| ||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    ||||| || ||| |||||    
T  31585425 ctacgacacaggaggttcatgtgcttctgaaatgtactttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaatgaacctcttttaaattgtttgaca 31585326  T
Q  322 tcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaa 421  Q
       || || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  31585325 atctccgaagaagaaaatgacatggttagaaagattactatggtaagtctatggtgcattcaaacgaatccatcggacagaccaccgatgaataaagtaa 31585226  T
Q  422 tagaaatgttgcaaggaccactttcatc 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31585225 tagaaatgttgcaaggaccactttcatc 31585198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 22 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 31541237 - 31540818
Alignment:
Q  22 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatgg 121  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||| | || |||||||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  31541237 ttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagtattgtgtctttacttggcacaagaggaactataggatatatag 31541138  T
Q  122 ctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaa 221  Q
    | ||||||||||| ||  || ||| |||||| |||||| | || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| | || ||||  |||||    
T  31541137 caccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttctcataagtctgatgtatatagttatggtatgttaattctagaaatggttgggggaagaaagaa 31541038  T
Q  222 ctatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgaca 321  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||  ||| ||| |  ||    
T  31541037 ttatgacactggagggtcatgtacttctgaaatgtgttttccagattggatttataaggatcttgagcaag---ctaataaccttgctaattgtttagca 31540941  T
Q  322 tcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaa 421  Q
       ||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||| | |||| |||||||     
T  31540940 aactcaaaggaagaaaatgatatggtaagaatgattactatggtgagtctatggtgcattcaaacaaatccagccgatagaccatcaatgagtaaagtat 31540841  T
Q  422 tagaaatgttgcaaggaccactt 444  Q
    |||||||| | ||||||||||||    
T  31540840 tagaaatgctacaaggaccactt 31540818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 55 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 31532581 - 31532192
Alignment:
Q  55 aaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtg 154  Q
    ||||| || |||| ||| || |||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| || || |||||||| |||||| || ||| |||||| |    
T  31532581 aaaatatgccaaaagaatgacagtattgtgtctatacttggcacaagaggaaccataggatacatagcaccagaagtgtttagtcgaacatatggtggag 31532482  T
Q  155 tttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaat 254  Q
    ||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31532481 tttctcacaagtctgatgtatacagttatgggatgttaattctagaaatgattggaggaagaaagaattatgacactggagggtcatgtacttctgaaat 31532382  T
Q  255 gtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaag 354  Q
    ||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || | | |   |   ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31532381 gtactttcctgactggatttataaggatcttgaacaaggtaataataaccttgtgaattatttagaaaattcagaggaagaaaatgatatggtgagaaag 31532282  T
Q  355 attactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaatagaaatgttgcaaggaccactt 444  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||| | |||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||    
T  31532281 attactatggtgagtttatggtgcattcaaacaaacccatccgatagaccatcaatgagtaaagtaacagaaatgctacaaggaccactt 31532192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 22 - 444
Target Start/End: Original strand, 33305162 - 33305578
Alignment:
Q  22 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatgg 121  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  33305162 ttttgcccaaaaatctcagattttggactagctcaaatatgtcaaaggaaggatagcattgtatccatacttggtacaagaggaactataggatacatag 33305261  T
Q  122 ctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaa 221  Q
    | || |||||||||||| || |||||||||| |||||| | || || |||||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||  |||||    
T  33305262 caccggaagtatttagtcgaacatttggtggagtttctcataagtccgatgtatacagttatggtatgttaatactagaaatgatcgggggaagaaagaa 33305361  T
Q  222 ctatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgaca 321  Q
     |||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |   | ||||||||   |||| |||    ||    
T  33305362 ttatgacacgggagggtcatgtacatcggaaatgtacttttcagattggatttataaggatcttgagcta---agtaataacc---ttaattgttctgca 33305455  T
Q  322 tcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaa 421  Q
       ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| || | ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| | |||| |||||| |    
T  33305456 aactcagaagaagaaaatgatatggcaagaaagattactatgattagtctttggtgcattcaaacgaatccatcagatagaccatcaatgagtaaagtga 33305555  T
Q  422 tagaaatgttgcaaggaccactt 444  Q
    |||||||| | ||||||||||||    
T  33305556 tagaaatgcttcaaggaccactt 33305578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 22 - 444
Target Start/End: Original strand, 31572853 - 31573266
Alignment:
Q  22 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatgg 121  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| || |    
T  31572853 ttttgcccaaaaatctctgattttggactagctcaaatatgccaaaggaaggatagtattgtgtccatacttggcacaaggggaactataggatacatag 31572952  T
Q  122 ctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaa 221  Q
    |||| ||||||||||| ||||  |||||||| |||||| |||| |||||||||      ||||| ||||| ||| | |||||||| || ||||  |||||    
T  31572953 ctcctgaagtatttagcagagtgtttggtggagtttctcacaagtctgatgta------tatggtatgttaattttagaaatgattggtggaagaaagaa 31573046  T
Q  222 ctatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgaca 321  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |   | ||||||| || | ||  || |  ||    
T  31573047 ctatgacacaggagggtcgtgtacttctgaaatgtactttccagattggatttataatgatcttgagcta---agtaataactttgtgaatggtttagca 31573143  T
Q  322 tcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaa 421  Q
       || |||||||||| ||||||||| |||||| | ||| |||| |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| |||||| |||||||     
T  31573144 aactccgaggaagaaactgatatggtaagaaagttaactatggttagtctatggtgcattcaaacgaacccattagatagaccatcgatgagtaaagtat 31573243  T
Q  422 tagaaatgttgcaaggaccactt 444  Q
    |||||||| | ||||||||||||    
T  31573244 tagaaatgctacaaggaccactt 31573266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 22 - 444
Target Start/End: Original strand, 31439030 - 31439449
Alignment:
Q  22 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatgg 121  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||| || ||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |  || |    
T  31439030 ttttgtccaaaaatatctgattttggtctagctaaaatatgtcaaaagaaagagagtgttgtttccctacttggcacaagaggaactataggcttcatag 31439129  T
Q  122 ctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaa 221  Q
    | || || ||||| ||| ||||||||||||| |||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| | ||||| ||  ||||     
T  31439130 cacccgaggtattcagtcgagcatttggtggagtttcttctaagtctgatgtatacagttatggcatgttgactctcgaaataaccggagaaagaaagag 31439229  T
Q  222 ctatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgaca 321  Q
       ||| ||| |||||||   ||   |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |   ||||  ||   | | |||    
T  31439230 tcgtgatactagagggtctgatatgactgaaatgtactttccggattggatatataaggatcttgagcaaggtaatact---ctttcaaataatttaaca 31439326  T
Q  322 tcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaa 421  Q
       || || |||||||||||||| || |  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||| | |||| ||||||||    
T  31439327 atctccgaagaagaaaatgatatcgtaaagaagattactatggtgagtttatggtgcattcaaacaaatccatcagagagaccatcaatgagtaaagtaa 31439426  T
Q  422 tagaaatgttgcaaggaccactt 444  Q
    |||||||| | ||||||||||||    
T  31439427 tagaaatgctacaaggaccactt 31439449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 325 - 405
Target Start/End: Original strand, 21898582 - 21898662
Alignment:
Q  325 tcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagacca 405  Q
    ||||||||||| ||||||||  |  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||   |||| | ||||||||||||    
T  21898582 tcagaggaagagaatgatataatacgaaagattactatggtgtgtctatggtgcattcagtttaaagcgtcagatagacca 21898662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 154 - 206
Target Start/End: Original strand, 21898417 - 21898469
Alignment:
Q  154 gtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgat 206  Q
    |||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  21898417 gtttctgaaaaatctgatatatatagttatggaatgttgattattgacatgat 21898469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 18 - 449
Target Start/End: Original strand, 52174320 - 52174748
Alignment:
Q  18 agacttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatat 117  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  52174320 agacttttgcccaaaaatatctgatttcggactagcaaaaatatgccaaaggaaggatagtgttgtgtcaatacttggcacaagaggaactataggatat 52174419  T
Q  118 atggctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaaga 217  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |    
T  52174420 atggcgccagaagtatatagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatatatacagttatggcatgttgattcttgaaatgattggaggaagaa 52174519  T
Q  218 agaactatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtat 317  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |   ||||  || ||| |    
T  52174520 agaactatgacactggagggtcatgtacttcagaaatgtactttccagactggatttataaggatcttgagcaaggaaatact---ctttcaaattgttt 52174616  T
Q  318 gacatcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaa 417  Q
    ||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  52174617 gacaatctcagaggaagaaaatgatatggttataaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaacgaaaccatcggatagaccacagatgaataaa 52174716  T
Q  418 gtaatagaaatgttgcaaggaccactttcatc 449  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  52174717 gtaatagaaatgttggaagggccactttcatc 52174748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 22 - 128
Target Start/End: Original strand, 49710780 - 49710886
Alignment:
Q  22 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatgg 121  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||| || || || ||||| |||||| ||||| |||| |||||   ||||||||| |    
T  49710780 ttttgtccaaaaatttcagattttggacttgctaaaatatgtctaagaaaagaaagcattgtatcaatatttggtgcaaggggaacaccaggatatattg 49710879  T
Q  122 ctccaga 128  Q
    |||||||    
T  49710880 ctccaga 49710886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 128
Target Start/End: Original strand, 49683173 - 49683276
Alignment:
Q  25 tgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatggctc 124  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||| ||| || || || ||||| |||||| ||||| |||| || ||   ||||||||| ||||    
T  49683173 tgtccaaaaatttcagattttggacttgctaaaatatgtccaagaaaagaaagcattgtatcaatatttggtgcaagggggacaccaggatatattgctc 49683272  T
Q  125 caga 128  Q
    ||||    
T  49683273 caga 49683276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 185
Target Start/End: Original strand, 49728741 - 49728781
Alignment:
Q  145 tttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatgg 185  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49728741 tttggtggcgtctctcacaaatctgatgtatatagttatgg 49728781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0394 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0394
Description:

Target: scaffold0394; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 22 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 2157 - 1738
Alignment:
Q  22 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatgg 121  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||| ||| || ||| |||| || || ||||| ||||||||||||||||| || ||      
T  2157 ttttgcccaaaaatatctgattttggtcttgctaaaatatgtcaaaagaaagagagtgttgtgtccatgcttgggacaagaggaactataggctacatat 2058  T
Q  122 ctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaa 221  Q
    | || |||||||||||| |||| |||||||  |||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  2057 caccggaagtatttagtcgagcttttggtgcagtttcttctaagtctgatgtatacagttatggcatgttgattcttgaaatgaccggaggaaaaaagaa 1958  T
Q  222 ctatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgaca 321  Q
     ||||||||||| |||||   | |  | ||||  || ||| | |||||||| | ||||||||||||||||||||||  |   ||||| ||  ||||| ||    
T  1957 ttatgacactggcgggtctcttgcagccgaaacatacttttcggattggatatttaaggatcttgagcaaggtaattct---cttttaaatagtatggca 1861  T
Q  322 tcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaa 421  Q
       ||||| ||||||||||||||| | |  ||||||||| ||||| || | ||||| |||||||| || ||||||||||| ||| | |||| ||||||||    
T  1860 atctcagaagaagaaaatgatatgctaaagaagattactatggtgggtttgtggtgtattcaaacgaatccatcagatagtccatcaatgagtaaagtaa 1761  T
Q  422 tagaaatgttgcaaggaccactt 444  Q
    |||||||| ||||||| ||||||    
T  1760 tagaaatgctgcaagggccactt 1738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 113; Significance: 5e-57; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 22 - 444
Target Start/End: Original strand, 15063377 - 15063796
Alignment:
Q  22 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaaggatagtattgtttcaatacttggtacaagaggaactataggatatatgg 121  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||| ||| || ||| |||| || || ||||| ||||||||||||||||| || ||      
T  15063377 ttttgcccaaaaatatctgattttggtcttgctaaaatatgtcaaaagaaagagagtgttgtgtccatgcttgggacaagaggaactataggctacatat 15063476  T
Q  122 ctccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattcttgaaatgatcggaggaaagaagaa 221  Q
    | || |||||||||||| |||| |||||||  |||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  15063477 caccggaagtatttagtcgagcttttggtgcagtttcttctaagtctgatgtatacagttatggcatgttgattcttgaaatgaccggaggaaaaaagaa 15063576  T
Q  222 ctatgacactggagggtcgtgtacttctgaaatgtattttccagattggatttataaggatcttgagcaaggtaataataacctttttaactgtatgaca 321  Q
     ||||||||||| |||||   |||  | |||   || ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||   ||||  |||||| ||  || || ||    
T  15063577 ttatgacactggcgggtctcatacaaccgaagcatactttccggattggatatttaaggatcttgagcaagg---taattcccttttaaatagtttggca 15063673  T
Q  322 tcgtcagaggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaactaaaccatcagatagaccaccgatgaataaagtaa 421  Q
       ||||| ||||||||||||||| | |  ||||||||| |||||  | | ||||| |||||||| || |||||||| |||||| | |||| ||||||||    
T  15063674 atctcagaagaagaaaatgatatgctaaagaagattactatggtggctttgtggtgtattcaaacgaatccatcagacagaccatcaatgagtaaagtaa 15063773  T
Q  422 tagaaatgttgcaaggaccactt 444  Q
    |||||||| ||||||| ||||||    
T  15063774 tagaaatgctgcaagggccactt 15063796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 329 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 29083786 - 29083729
Alignment:
Q  329 aggaagaaaatgatatggttagaaagattactttggtgagtctatggtgcattcaaac 386  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||  || ||||||||| || |||||||||    
T  29083786 aggaagaaaatgatatggtgagatagattacaatgatgagtctatcgtacattcaaac 29083729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 31201432 - 31201383
Alignment:
Q  22 ttttgtccaaaaatttctgattttggactagcaaaaatttgtcaaaggaa 71  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||||    
T  31201432 ttttgtccaaagatttcagattttggacttgcaaaactttgtccaaggaa 31201383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University