View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12929_high_1 (Length: 2410)

Name: NF12929_high_1
Description: NF12929
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12929_high_1
NF12929_high_1
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (18-2157)||(42078548-42080685)
chr8 (2177-2401)||(42080713-42080937)
chr8 (391-725)||(23519737-23520071)
chr8 (99-303)||(23520176-23520381)
chr8 (1856-2003)||(20526245-20526393)
chr8 (88-202)||(11220410-11220524)
chr8 (1057-1172)||(35284158-35284273)
chr8 (1936-2082)||(37590031-37590177)
chr8 (1957-1999)||(23558673-23558715)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (741-1494)||(17392571-17393320)
chr6 (1691-2072)||(17391994-17392374)
chr6 (806-946)||(18690113-18690253)
chr6 (1936-2100)||(17397770-17397929)
chr6 (1057-1154)||(9958351-9958448)
chr6 (1243-1282)||(30141837-30141876)
chr6 (1935-1997)||(16416600-16416662)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (1197-2083)||(13948782-13949668)
chr5 (1691-2040)||(40299656-40300006)
chr5 (1045-1356)||(27393754-27394065)
chr5 (1622-1953)||(27393101-27393433)
chr5 (1669-1904)||(3051098-3051337)
chr5 (1940-2087)||(3050946-3051093)
chr5 (831-1006)||(26679609-26679784)
chr5 (831-1006)||(26951216-26951391)
chr5 (1400-1495)||(27393616-27393711)
chr5 (1924-2087)||(29754943-29755105)
chr5 (1918-2003)||(26683459-26683544)
chr5 (1935-2031)||(2157822-2157918)
chr5 (171-221)||(29614091-29614141)
chr5 (985-1022)||(27492280-27492317)
[»] scaffold0013 (3 HSPs)
scaffold0013 (727-1498)||(42879-43649)
scaffold0013 (1676-1910)||(43857-44091)
scaffold0013 (1933-2007)||(42499-42573)
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (88-725)||(41488721-41489376)
chr1 (1867-2091)||(34696088-34696313)
chr1 (468-724)||(29806682-29806937)
chr1 (88-350)||(45433813-45434076)
chr1 (89-328)||(29806302-29806542)
chr1 (88-346)||(16476724-16476983)
chr1 (467-713)||(16477120-16477364)
chr1 (445-729)||(45434187-45434471)
chr1 (153-352)||(22097074-22097273)
chr1 (1936-2003)||(2002610-2002677)
chr1 (1945-1995)||(30981235-30981285)
chr1 (1935-2031)||(4614889-4614985)
chr1 (18-77)||(21266013-21266070)
chr1 (1943-2082)||(24065220-24065359)
chr1 (1935-2006)||(41117188-41117259)
chr1 (19-52)||(9538442-9538475)
chr1 (452-533)||(32938508-32938588)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (1060-1496)||(14994157-14994592)
chr2 (1584-1779)||(14995003-14995197)
chr2 (868-1292)||(2974354-2974778)
chr2 (1935-1988)||(14995196-14995249)
chr2 (1054-1151)||(11501444-11501541)
chr2 (1870-1988)||(10973636-10973755)
chr2 (1935-2050)||(11818469-11818584)
chr2 (1814-1954)||(2973541-2973682)
chr2 (1924-2087)||(14231011-14231177)
chr2 (1936-1997)||(11502322-11502383)
[»] scaffold0019 (4 HSPs)
scaffold0019 (1808-2091)||(73323-73607)
scaffold0019 (1025-1226)||(73677-73878)
scaffold0019 (843-973)||(73879-74009)
scaffold0019 (1255-1312)||(73605-73662)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (142-729)||(19126448-19127060)
chr4 (89-351)||(14156732-14156995)
chr4 (438-729)||(14165985-14166276)
chr4 (18-86)||(41947420-41947488)
chr4 (868-1282)||(12354094-12354508)
chr4 (152-351)||(8280620-8280817)
chr4 (1673-2087)||(12354960-12355375)
chr4 (1924-2067)||(54027711-54027854)
chr4 (1784-1841)||(49746142-49746199)
chr4 (1935-2031)||(37061094-37061190)
chr4 (18-53)||(8362680-8362715)
chr4 (91-201)||(12719893-12720004)
chr4 (1936-2083)||(18878174-18878321)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (89-643)||(55255570-55256141)
chr3 (438-725)||(14166878-14167164)
chr3 (1091-1282)||(12371637-12371828)
chr3 (967-1227)||(49498430-49498690)
chr3 (18-86)||(15997456-15997521)
chr3 (1927-2067)||(45680113-45680253)
chr3 (1935-2031)||(18357106-18357203)
chr3 (1936-1997)||(53437536-53437597)
chr3 (1057-1172)||(31808286-31808401)
chr3 (1054-1151)||(31951043-31951140)
chr3 (1935-2012)||(49499409-49499486)
chr3 (18-77)||(16974248-16974305)
chr3 (1057-1150)||(8565138-8565231)
chr3 (1054-1151)||(31934385-31934482)
chr3 (1936-1997)||(53394835-53394896)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (349-728)||(20187227-20187605)
chr7 (179-303)||(20187037-20187161)
chr7 (1935-2031)||(48100785-48100881)
chr7 (571-713)||(6739032-6739172)
chr7 (1935-2027)||(15633228-15633320)
chr7 (1057-1172)||(8119700-8119815)
chr7 (1935-2099)||(30622473-30622637)
chr7 (1936-2082)||(32480215-32480361)
chr7 (168-201)||(6739558-6739591)
chr7 (1936-2005)||(26016528-26016597)
[»] scaffold1532 (1 HSPs)
scaffold1532 (180-517)||(1-354)
[»] scaffold1838 (1 HSPs)
scaffold1838 (141-268)||(1180-1307)
[»] scaffold1964 (2 HSPs)
scaffold1964 (1814-1994)||(989-1170)
scaffold1964 (1198-1292)||(277-371)
[»] scaffold0252 (1 HSPs)
scaffold0252 (1057-1151)||(7043-7137)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 1854; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 1854; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 2157
Target Start/End: Original strand, 42078548 - 42080685
Alignment:
Q  18 acaactaagtgacaagtcaagaaaataatttaaaaagaaaatacgtatataaaatattggagcgttacaagatttaaggcaatatgcaacgcagcttgac 117  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  42078548 acaactaagtgacaagttaagaaaataatttaaaaa-aaaatatgtatataaaatattggagcgttacaagatttgaggcaatatgcaacgcagattgac 42078646  T
Q  118 tatcacatataacgtcgttgaatgtgcttccttgaattgaagttccttaagtaactgtttcaaccaaatgagctcacatgttactagtgtcatggcccta 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42078647 tatcacatataacgtcgttgaatgtgcttcctcgaattgaagttccttaagtaactgtttcaaccaaatgagctcacatgttactagtgtcatgacccta 42078746  T
Q  218 tattcgacctctacgcttgatcttgcagttacattttgtttcttacccttccagaatatcagatttccgccaacaagtacacaatatccaaaaatagatt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  42078747 tattcgacctctacgcttgatcttgcagttacattttgtttcttacccttccagaatatcaggtttccgccaacaaatacacagtatccaaaaatagatt 42078846  T
Q  318 gtctatcaatggatgaacttgctcaatcagcatctaagtatgttatttatcctcataaatgtggcnnnnnnnnggagcaccttcgatgtatttaaaaatc 417  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||        |||||||||||||||||||||| ||||    
T  42078847 gtctatcaatggatgaacttgcccaatcagcatctaagtatgttgtttatcctcgtaaatgtggcctgtttttggagcaccttcgatgtatttaagaatc 42078946  T
Q  418 tgaattaaagtatttgtgttttcttgacaaggagaattaaaaattggcttaccacactaactgcaaaggaaatgtctggacgagtgattgtgagataatt 517  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  42078947 cgaattaaagtatttgtgttttcttgacaaggagaattaaaaattggcttaccacactaactgcaaaggaaatgtttggacgagtaattgtgagataatt 42079046  T
Q  518 taatttttccaaccaaattattatatcttattgaatatgatagaggctccc-tttattaggttgaagtttgacatttggatccatgtgaatatcaattgg 616  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42079047 caatttttccaaccaaattcttatatcttattgaatctgatagaggctcccctttattaggttgaagtctgacatttggatccatgtgaatatcaattgg 42079146  T
Q  617 cttgacattcaatagacatgtttcttctataatattcatagcatatttctttttgtgaaattacaataccatccttggattgggctacctcaatacctaa 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42079147 cttgacattcaatagacatgtttcttctataatattcatagcatatttctttt-gtgaaattacaataccatccttggattgggctacctcaatacctaa 42079245  T
Q  717 caagtaacgaagtattggttttggtactcgtattcctattcttgatgaaccttggctaaataatggtgagcgtattgacggtaatattccaggagctcat 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42079246 caagtaacgaagtattggttttggtactcgtattcctattcttgatgaaccttggctaaataatggtgagcgtattgacggtaatattctaggagctcat 42079345  T
Q  817 tttgttcgtaatgcctcgataaattatcttttggattcttatgttaaaagttggaatgaacctgttgtgcgtcaagtcttcagtgaggatttagctttta 916  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42079346 tttgttcgtaatgcctcgataaattgtcttttggattcttatgttaaaagttggaatgaacctattgtgcgtcaagtcttcagtgaggatttagctttta 42079445  T
Q  917 aaattctcaacacgcctctatttgagcaggttcatcatgataagatgatttggaaagttgaaaagaatggtcattattcggtgcgtagtgcttaccgttt 1016  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||    
T  42079446 aaattctcaacacgcctctatttgagcaggttcatcatgataagatgatttggaaagttgaaaagaatggtcgttatttggtgcgtagtgcttaccggtt 42079545  T
Q  1017 gtgtgttactgagttagtggacttattacatcttcatcgtccggggtattggtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgata 1116  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42079546 gtgtgttactgagttagcggacttattacatcttcatcgtccggggtattggtcgggaatttggaagctcaaatctccgtcaaaggttaagaatttgata 42079645  T
Q  1117 tggcggatgtgacgaggctgcctaccaacccgtgttcgacttcttgataaaggcgttcaatattcgacccaatgtgttagctgtgattctaatcatgaag 1216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42079646 tggcggatgtgacgaggctgcctaccaacccgtgttcgacttcttgataaaggcgttcaatattcgacccaatgtgttagctgtgattctaatcatgaag 42079745  T
Q  1217 atttagctcacattttttccgaatgtccttttgctgttcaggtttggtctatggcaggtatatggcatgaaattcagaatgtagtagcaacatctccttt 1316  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42079746 atttagctcacattttttccaaatgtccttttgctgttcaggtttggtctatgacaggtatatggcatgaaattcagaatgtagtagcaacatctccttc 42079845  T
Q  1317 ggctattaaagttattttctccttgttgcattctttatctaccacactttcttaaaggatgactacaannnnnnnggagtatttggaagcataggaatgt 1416  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  42079846 ggctattgaagttattttctcctttttgcattctttatctaccacactttcttaaaggatggctacaa-ttttttggagtatttggaagcataggaatgt 42079944  T
Q  1417 caaagtgtaggaagacaaaacataaacctgtgcaacggtggttgaaagagctaggtccatggtagaagattggaagctcgcggatgttccatgttccaac 1516  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42079945 caaagtgtgggaagacaaaacataaacttgtgcaacggtggttgaaagagctaggtccatgttagaagattggaagctcgcgaatgttccatgttccaac 42080044  T
Q  1517 gtgcaagctgcgcctactgctaatcatattacagcagctgctcacgtaactcctactgtcacgactactgttcaggttcgttggcagcctcctgcgcaag 1616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42080045 gtgcaagctgcgcctactgctaatcatattacaacagctgctcacgtaactcctactgtcacgactactgttcaggttcgttggcagcctcctgcgcaag 42080144  T
Q  1617 gtcaaatgaaatgtaatattgacgccgtgttttcaaaccatcataacaaaaccgacattggtatctgtatccgagatgaaggtggtgtgtttgtactggc 1716  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42080145 gtcaaatgaaatgtaatattgacgccgtgttttcaaaccatcataacaaaaccgacattggtatttgtattcgagatgaaggtggtgtgtttgtactggc 42080244  T
Q  1717 caaaacaatcagctttgttggtgtttacttcgttgatattggcgaggctttgggtctctatcacgccttgcaatgggttagcgacatgcaactcgacaat 1816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42080245 caaaacaatcagctttgttggtgtttacttcgttgatattggcgaggctttgggtctctatcacgccttgcaatgggttagcgacatgcaactcgacaat 42080344  T
Q  1817 atcgactttgaagttgattccaaaaccacgaaagttggcatttactgaggtagggaagacatctctgaattaggtaatattatcacggcttcccggttct 1916  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  42080345 atcgactttgaagttgattccaaaaccacgaaagttggcatttactcaggtagggaagacatctctgaattaggtaatattataatggcttcccggttct 42080444  T
Q  1917 tctctcttccaagttcaacaactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaat 2016  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42080445 tctctcttccaagttcaacaactctcgggtggagtttgctaggagacaagcaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacatttgtagccaat 42080544  T
Q  2017 tccgttgtttattttcatacaccaaattatattggaattttgattattaataatatgcaataagcacctttatttcataaaaatgtttaatcctaactnn 2116  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  42080545 cccgttgtttattttcatacaccaaattatattggaactttgattattaataatatgcaataagcacctttatttcataaaaatgtttaatcctaactaa 42080644  T
Q  2117 nnnnntttaaactccgagaatgcctgattgtccaaataatc 2157  Q
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42080645 aaaaatttaaactccgagaatgcctgattgtccaaataatc 42080685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 2177 - 2401
Target Start/End: Original strand, 42080713 - 42080937
Alignment:
Q  2177 gcttgttttggtcttcgaatttccgtgcctcggtttcatcaaaacccttccagtttcacaaattgaataacgataaacaattttggttcctaaattactt 2276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42080713 gcttgttttggtcttcgaatttccgtgcctcggtttcatcaaaacccttccagtttcacaaattgaataactataaacaattttggttcctaaattactt 42080812  T
Q  2277 tgccgttcttcgaatcgatagaattcgtttcagcgaaatcgtgtattagataacgcgattctcaatggaatcagatttcgagacgaacgatatgctcaca 2376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42080813 tgccgttcttcgaatcgatagaattcgtttcagcgaaatcgtgtattagataacgcgattctcaatggaatcagatttcgagacgaacgatatgctcaca 42080912  T
Q  2377 ctctcacaggattcatttgatgatg 2401  Q
    |||||||| ||||||||||||||||    
T  42080913 ctctcacaagattcatttgatgatg 42080937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 391 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 23520071 - 23519737
Alignment:
Q  391 ggagcaccttcgatgtatttaaaaatctgaattaaagtatttgtgttttcttgacaaggagaattaaa-aattggcttaccacactaactgcaaaggaaa 489  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||  |||  ||| |||||| |||| |||||| || |||| |||||| ||||||||||||||| |||    
T  23520071 ggagcacctttgatgtatttaagaattcgaattaaaacattcatgtattcttggcaagaagaatttaataattagcttacaacactaactgcaaagaaaa 23519972  T
Q  490 tgtctggacgagtgattgtgagataatttaatttttccaaccaaattattatatcttattgaatatgatagaggctccctttattag-gttgaagtttga 588  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||  |  ||||||||  |||||||||||||||||||   ||||   || |||| ||||    
T  23519971 tgtttggacgagggattgtgagataattcaatttttc-aaccaatctcctatatcttcctgaatatgatagaggctcctcctatttttgtagaagcttga 23519873  T
Q  589 catttggatccatgtgaatatcaattggcttgacattcaatagacatgtttcttctataatattcatagcatatttctttttgtgaaattacaataccat 688  Q
    |||||||||||||  || |||||| |||||||  | |||||||||  |||||||| | ||||| |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  23519872 catttggatccataggagtatcaactggcttggaaatcaatagaccagtttcttcaagaatatccatagcgtatttccttt-gtgaaattacaataccat 23519774  T
Q  689 ccttggattgggctacctcaatacctaacaagtaacg 725  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  23519773 ccttggattgggctacctcaatacccaaaaagtaacg 23519737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 99 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 23520381 - 23520176
Alignment:
Q  99 atatgcaacgcagcttgactatcacatataa-cgtcgttgaatgtgcttccttgaattgaagttccttaagtaactgtttcaaccaaatgagctcacatg 197  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||||  |||| |||  | |||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  23520381 atatgcaaagcggcttgattatcacatataggcgtcattggttatgcttcttcgaattgaagttccttgagtaactgcttcaaccaaatgagttcacatg 23520282  T
Q  198 ttactagtgtcatggccctatattcgacctctacgcttgatcttgcagttacattttgtttcttacccttccagaatatcagatttccgccaacaagtac 297  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  23520281 ttactagtgtcatgaccctatattcggcctcaacgcttgatcttgcaactacatttggtttcttactcttccaggatatcagatttcctccaacaagtac 23520182  T
Q  298 acaata 303  Q
    ||||||    
T  23520181 acaata 23520176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 1856 - 2003
Target Start/End: Complemental strand, 20526393 - 20526245
Alignment:
Q  1856 atttactgaggtagggaagacatctctgaattaggtaatattatcacggcttcccggttctt-ctctcttccaagttcaacaactctcgggtggagtttg 1954  Q
    |||||||  ||| ||||||||||  ||||| | ||||| |||||||  ||||||||||| || ||||| | ||| || | ||||||||||||||||||||    
T  20526393 atttactcgggtcgggaagacataactgaagtcggtaacattatcattgcttcccggtttttgctctcgttcaaatttaccaactctcgggtggagtttg 20526294  T
Q  1955 ctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccac 2003  Q
     | || ||||||| |||||| | ||||||||||| ||||| ||| ||||    
T  20526293 ttcggcgacaagttaatgtggtggctcatactctcgcaggggaggccac 20526245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 88 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 11220524 - 11220410
Alignment:
Q  88 gatttaaggcaatatgcaacgcagcttgactatcacatataacgtcgttgaatgtgcttccttgaattgaagttccttaagtaactgtttcaaccaaatg 187  Q
    ||||| ||| |||||||||  || ||||| |||||||||||  ||| |||   ||||||| | ||||||||| | |||||||||||  ||||||||||||    
T  11220524 gatttcaggaaatatgcaatacaacttgattatcacatatagtgtcattggtcgtgcttcttcgaattgaagcttcttaagtaactaattcaaccaaatg 11220425  T
Q  188 agctcacatgttact 202  Q
    |||||| ||||||||    
T  11220424 agctcatatgttact 11220410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 1057 - 1172
Target Start/End: Original strand, 35284158 - 35284273
Alignment:
Q  1057 ccggggtattggtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggatgtgacgaggctgcctaccaacccgtgttcgac 1156  Q
    |||||||||||||| || |||||||| || ||| |||| || |||||||||||||| || ||||| ||||| || || || ||||||||||| || || |    
T  35284158 ccggggtattggtcaggcatttggaaccttaaagctccaccgaaggttaagaatttaatctggcgtatgtgccggggatgtctaccaacccgcgtacgtc 35284257  T
Q  1157 ttcttgataaaggcgt 1172  Q
    |  | |||||||||||    
T  35284258 tgttggataaaggcgt 35284273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 1936 - 2082
Target Start/End: Complemental strand, 37590177 - 37590031
Alignment:
Q  1936 aactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgtttattttcata 2035  Q
    |||||| |||||||||||| |||| ||||||  || ||| |||||||| |||||||| | ||| |||||| | |||| | |||||  ||||||||| |||    
T  37590177 aactctagggtggagtttgttaggcgacaagccaacgtggttgctcatgctcttgcaagggaggccacgtctttagctagttccgccgtttattttaata 37590078  T
Q  2036 caccaaattatattggaattttgattattaataatatgcaataagca 2082  Q
     ||| |||| ||||| || | | ||||||||| | |||| |||||||    
T  37590077 tacccaattgtattgaaactcttattattaatgaaatgctataagca 37590031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1957 - 1999
Target Start/End: Original strand, 23558673 - 23558715
Alignment:
Q  1957 aggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagaga 1999  Q
    |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  23558673 aggagacaagcaaatgtggttgttcatactcttgcaggagaga 23558715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 741 - 1494
Target Start/End: Complemental strand, 17393320 - 17392571
Alignment:
Q  741 tactcgtattcctattcttgatgaaccttggctaaataatggtgagcgtattgacggtaatattccaggagctcattttgttcgtaatgcctcgataaat 840  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||| | |  ||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  17393320 tacttgtattcctatccttgatgaaccttcgttgcataatggtgagtgtattgacaataatatttcaggagctcattttgtttgtaatgcttcgataaat 17393221  T
Q  841 tatcttttggattcttatgttaaaagttggaatgaacctgttgtgcgtcaagtcttcagtgaggatttagcttttaaaattctcaacacgcctctatttg 940  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||| |||    
T  17393220 tgtcttttggatacttatgttaaaagttgtaatgaacctgctgttcgacaagtcttcagtgatgacttagcttctaaaattctcaacacacctctaattg 17393121  T
Q  941 agcaggttcatcatgataagatgatttggaaagttgaaaagaatggtcattattcggtgcgtagtgcttaccgtttgtgtgttactgagttagtggactt 1040  Q
    |||| | ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||    
T  17393120 agcaagctcaacatgatatgatgatttggaaagctgaaaagaatggtcgttattcagtgcgtagtgcttaccggttgtgtgttaccgagttagtagattt 17393021  T
Q  1041 attacatcttcatcgtccggggtattggtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggatgtgacgaggctgccta 1140  Q
    || ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||  |||||||| ||    
T  17393020 atcacatctttattgtccggggtattggtcggggatttggaaactcatatctcctccaaaggttaaaaatttgatatagcggatgtgttgaggctgctta 17392921  T
Q  1141 ccaacccgtgttcgacttcttgataaaggcgttcaatattcgacccaatgtgttagctgtgattctaatcatgaagatttagctcacattttttccgaat 1240  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| | | ||| | |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | ||| ||||| |  ||||    
T  17392920 ccaacttgtgttcgacttcttgataaaggcattcaatgtcctacctagtgtgttagttgtgactctaatcatgatgattttggtcatattttat--gaat 17392823  T
Q  1241 gtccttttgctgttcaggtttggtctatggcaggtatatggcatgaaattcagaatgtagtagcaacatctcctttggctattaaagttattttctcctt 1340  Q
    ||||||||| |||||  |||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||||| | | | ||||||||||| | ||||| ||| ||| ||||| ||    
T  17392822 gtccttttgttgttccagtttggtctatgacaggtatgtggcacaaaattcagaatgcaatcgaaacatctccttcgactattgaagctatcttctcatt 17392723  T
Q  1341 gttgcattctttatctaccacactttcttaaaggatgactacaannnnnnnggagtatttggaagcataggaatgtcaaagtgtaggaagacaaaacata 1440  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| | |  |       |||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| |||||||    
T  17392722 gttgcattctttatctgccacgctttctcaaaggatggc-agcactattttggagcatttggaagcataggaatgttaaagtgtgggatgacgaaacata 17392624  T
Q  1441 aacctgtgcaacggtggttgaaagagctaggtccatggtagaagattggaagct 1494  Q
    ||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  17392623 aacttgtgtgatggtggttgaaagagctaggtccatggt-gaatattggaagct 17392571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 1691 - 2072
Target Start/End: Complemental strand, 17392374 - 17391994
Alignment:
Q  1691 gatgaaggtggtgtgtttgtactggccaaaacaatcagctttgttggtgtttacttcgttgatattggcgaggctttgggtctctatcacgccttgcaat 1790  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17392374 gatgaaggtggcgtgtttcttctggccaaaacaatcagctttattggtgtttaatcggttgatattggtgaagctttgggtctctatcacgccttgcaat 17392275  T
Q  1791 gggttagcgacatgcaactcgacaatatcgactttgaagttgattccaaaaccacg-aaagttggcatttactgaggtagggaagacatctctgaattag 1889  Q
    || | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||  | | |||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  17392274 ggttgagtgacatgcaactcgacaatatcgactttgaagttgattccaaaaacccgaaaagaggtcgtttactcaggtagggaagaaatctctgaattag 17392175  T
Q  1890 gtaatattatcacggcttcccg-gttcttctctcttccaagttcaacaactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactct 1988  Q
    |||     |||||  |||||||   |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||    
T  17392174 gta----catcacaacttcccgaaatcttctctcttccaggttcaacaactatcgggtgaagttttctaggagataagcaaatgtggttgctcatagtct 17392079  T
Q  1989 tgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgtttattt-tcatacaccaaattatattggaattttgattattaataatat 2072  Q
     ||||||||| | |||||| |  | | | |||||||||||||  |||| |||  ||| ||||| || ||||||||||||| ||||    
T  17392078 cgcaggagaggctacgtttttttctagtcccgttgtttatttcccatataccctattgtattgaaactttgattattaatgatat 17391994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 806 - 946
Target Start/End: Original strand, 18690113 - 18690253
Alignment:
Q  806 caggagctcattttgttcgtaatgcctcgataaattatcttttggattcttatgttaaaagttggaatgaacctgttgtgcgtcaagtcttcagtgagga 905  Q
    |||||||| |||||||   | |||| |||||||||  |||| ||||| ||||| | ||| | ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  18690113 caggagctaattttgtgaatcatgcttcgataaatagtcttatggatccttatttcaaacggtggaacgaacctgttgtccgacaagttttcagtgagga 18690212  T
Q  906 tttagcttttaaaattctcaacacgcctctatttgagcagg 946  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||    
T  18690213 tttagcttctaaaattcttaacacccctttatttgagcagg 18690253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 1936 - 2100
Target Start/End: Complemental strand, 17397929 - 17397770
Alignment:
Q  1936 aactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgtttattttcata 2035  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||  ||||||       |||| ||| ||| ||||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||    
T  17397929 aactctcgggtggagtttgttaggagaaaaacaaatgt-------catagtctcgcaagagagactacgtttctagctagttccgttgtttattttcata 17397837  T
Q  2036 caccaaattatattggaattttgattattaata--atatgcaataagcacctttatttcataaaaat 2100  Q
     |||  ||| ||||  |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||| ||| | ||||||    
T  17397836 taccttattgtattaaaattttgattattaatatgatatgctataagcacctttttttaaaaaaaat 17397770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1057 - 1154
Target Start/End: Original strand, 9958351 - 9958448
Alignment:
Q  1057 ccggggtattggtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggatgtgacgaggctgcctaccaacccgtgttcg 1154  Q
    |||||||||||||| || |||||||| || |||  ||| || |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||  ||||||||||||||||    
T  9958351 ccggggtattggtctggtatttggaaccttaaagttccaccgaaggttaagaatttaatttggcgtatgtgtcgaggatgtttaccaacccgtgttcg 9958448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 1243 - 1282
Target Start/End: Complemental strand, 30141876 - 30141837
Alignment:
Q  1243 ccttttgctgttcaggtttggtctatggcaggtatatggc 1282  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  30141876 ccttttgctgttcaggtctggtctatggcaggtttatggc 30141837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1935 - 1997
Target Start/End: Original strand, 16416600 - 16416662
Alignment:
Q  1935 caactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggaga 1997  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||| | |||||| || ||||||||||||    
T  16416600 caactctagggtgtagtttgttaggcgacaagtaaatgaggttgctcgtattcttgcaggaga 16416662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 318; Significance: 1e-178; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 1197 - 2083
Target Start/End: Complemental strand, 13949668 - 13948782
Alignment:
Q  1197 ctgtgattctaatcatgaagatttagctcacattttttccgaatgtccttttgctgttcaggtttggtctatggcaggtatatggcatgaaattcagaat 1296  Q
    |||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||   |||||  |||| |||||||||||||||||||| || |||| | ||| |||||||| |||    
T  13949668 ctgtgactttaatcatgaggatttacctcacatttttttttaatgtttttttactgttcaggtttggtctatgacatgtatgtagcacgaaattcataat 13949569  T
Q  1297 gtagtagcaacatctcctttggctattaaagttattttctccttgttgcattctttatctaccacactttcttaaaggatgactacaannnnnnnggagt 1396  Q
    | | | |||||||||| |||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||| || ||        |||||    
T  13949568 gcaatggcaacatctcttttggctattgaagctattttttccttgttgcattctttatctttcacgcattcttaaaggatggctgca-cttttttggagt 13949470  T
Q  1397 atttggaagcataggaatgtcaaagtgtaggaagacaaaacataaacctgtgcaacggtggttgaaagagctaggtccatggtagaagattggaagctcg 1496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||| | ||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  13949469 atttggaagcataggaatgtcaaagtgtgggaaaacataacagaaacttatgcgacagtggttgaaagagctaggttcatggttgaagattggaagctcg 13949370  T
Q  1497 cggatgttccatgttccaacgtgcaagctgcgcctactgctaatcatattacagcagctgctcacgtaactcctactgtcacgactactgttcaggttcg 1596  Q
     | |||| || ||| |||| | ||||| || ||||||||||  |||||||| | |||||||||||| |||| || || ||||| |||| |||||||||||    
T  13949369 tgaatgtcccttgtaccaatgggcaagttgtgcctactgctggtcatattataacagctgctcacgcaacttctgctatcacggctaccgttcaggttcg 13949270  T
Q  1597 ttggcagcctcctgcgcaaggtcaaatgaaatgtaatattgacgccgtgttttcaaaccatcataacaaaaccgacattggtatctgtatccgagatgaa 1696  Q
    |||||||||||| |||||||||  ||||| |||| |||||||||| |  |||| |||||||| ||| | ||||| | ||||||||| | || ||||||||    
T  13949269 ttggcagcctcccgcgcaaggttgaatgatatgtgatattgacgctgcatttttaaaccatcgtaatagaaccggcgttggtatctatctctgagatgaa 13949170  T
Q  1697 ggtgg--tgtgtttgtactggccaaaacaatcagctttgttggtgtttacttcgttgatattggcgaggctttgggtctctatcacgccttgcaatgggt 1794  Q
    |||||  || ||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13949169 ggtggtatgcgtttgcactggccagaacaatcaactttgttggtttttactcggttgatattggcgagactttgggtctctatcaagccttgcaatgggt 13949070  T
Q  1795 tagcgacatgcaactcgacaatatcgactttgaagttgattccaaaaccacgaaagttggcatttactgaggtagggaagacatctctgaattaggtaat 1894  Q
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  || | |||||| | |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  13949069 gtgtgacatgcaactcgacaatatcgactttgaagttgattccaaaaccataaaatatgtcgtttactca-gtagggaaaacatctttgaattaggtaat 13948971  T
Q  1895 attatcacggcttc-ccggttcttctctcttccaagttcaacaactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcag 1993  Q
     |||| || ||||| |   |||||||||||||||||||||| |||| | || || |||||| ||||||||||| ||||||  || |||||||||| |||     
T  13948970 gttat-actgcttctcaaattcttctctcttccaagttcaataactattggatgaagtttgttaggagacaagcaaatgtagtttctcatactctcgcat 13948872  T
Q  1994 gagagaccacgtttgtagccaattccgttgtttattttcatacaccaaattatattggaattttgattattaataatatgcaataagcac 2083  Q
    |||||  ||||||| |||| | |||||||||||||||||||| |||  ||| ||||| || ||||||||||| | |||||| ||||||||    
T  13948871 gagaggtcacgtttctagctagttccgttgtttattttcatataccctattgtattgaaactttgattattattgatatgctataagcac 13948782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 1691 - 2040
Target Start/End: Original strand, 40299656 - 40300006
Alignment:
Q  1691 gatgaaggtggtgtgtttgtactggccaaaacaatcagctttgttggtgtttacttcgttgatattggcgaggctttgggtctctatcacgccttgcaat 1790  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||  | |||||   ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||    
T  40299656 gatgaaggtggtgtgtttgttctggccaaaataatcaactttgttgtcgcttactcaattgatattggcgaagccttgggtctctatcacgcctagcaat 40299755  T
Q  1791 gggttagcgacatgcaactcgacaatatcgactttgaagttgattccaaaaccacgaaagttggcatttactgaggtagggaagacatctctgaattagg 1890  Q
    |||| || |||||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||| ||| | || ||  ||||||| ||  | ||||||||| | |||||||||    
T  40299756 gggtgagtgacatgcaactcgacaatattggttttgaaattgattccaaaagcacaagagatgcgatttactcagacaaggaagacatttatgaattagg 40299855  T
Q  1891 taatattatcacggcttcc-cggttcttctctcttccaagttcaacaactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactctt 1989  Q
     ||||| | |||  |||||   ||| | || || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||| ||| |||||||||||||     
T  40299856 caatatcaccacaacttccgaagttatgctttcctccaagttcaacaactctcgggtggagtttgttaggcgacaagcaaacgtggttgctcatactctc 40299955  T
Q  1990 gcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgtttattttcatacacca 2040  Q
    | || |||| |||| ||| | || | |||||||||||||||||||| ||||    
T  40299956 gtagaagaggccacatttctcgctagttccgttgtttattttcatatacca 40300006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 1045 - 1356
Target Start/End: Complemental strand, 27394065 - 27393754
Alignment:
Q  1045 catcttcatcgtccggggtattggtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggatgtgacgaggctgcctaccaa 1144  Q
    |||||||| ||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||    
T  27394065 catcttcaccgtctcgggtattgatcgagaatttggaagctcaaatctccgtcaaagggtaagaatttgatatggtggatgtgtcgaggctgcttaccaa 27393966  T
Q  1145 cccgtgttcgacttcttgataaaggcgttcaatattcgacccaatgtgttagctgtgattctaatcatgaagatttagctcacattttttccgaatgtcc 1244  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||||||||| | | ||  | ||||| || ||||| ||||||||||| |||| |||||| || |||| |||||||||    
T  27393965 cccgtgttctatttcttaataaaggcgttcaatgtcctacttagtgtgtaagttgtgactctaatcatgaggattgagctcatatatttttcgaatgtcc 27393866  T
Q  1245 ttttgctgttcaggtttggtctatggcaggtatatggcatgaaattcagaatgtagtagcaacatctcctttggctattaaagttattttctccttgttg 1344  Q
    ||||| |||  | |||||||||||||| ||||| |||| || |||||| ||||| || | ||| | | ||| | ||| ||||| ||||||||| || |||    
T  27393865 ttttgatgtatatgtttggtctatggcgggtatgtggcctggaattcaaaatgtcgtggtaacgttttcttcgactactaaagctattttctctttattg 27393766  T
Q  1345 cattctttatct 1356  Q
    || |||||||||    
T  27393765 cactctttatct 27393754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 1622 - 1953
Target Start/End: Complemental strand, 27393433 - 27393101
Alignment:
Q  1622 atgaaatgtaatattgacgccgtgttttcaaaccatcataacaaaaccgacattggtatctgtatccgagatgaaggtggtgtgtttgtactggccaaaa 1721  Q
    ||||||||||| ||||| | | ||||| | |||| || ||| | || ||| || ||||| ||| | || ||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  27393433 atgaaatgtaacattgatgtcatgtttcctaaccttcgtaatagaatcgatatcggtatatgtcttcgtgatgaaggtggtgtgtttgttttggccaaaa 27393334  T
Q  1722 caatcagctttgttggtgtttacttcgttgatattggcgaggctttgggtctctatcacgccttgcaatgggttagcgacatgcaactcgacaatatcga 1821  Q
    |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||| ||  |||||||||||    
T  27393333 caatcagctttgttggtgtttacccggttgatattggcgaagccttgggtctctatcacgtcttgcaatgggtgattgacatgc-accagacaatatcga 27393235  T
Q  1822 ctttgaagttgattccaaaaccacgaa-agttggcatttactgaggtagggaagacatctctgaattaggtaatattatcacggcttcccg-gttcttct 1919  Q
     ||||||||||||| ||||| ||| || || ||  ||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||  | ||| | ||    
T  27393234 ttttgaagttgatttcaaaagcacaaagagatgtaatttacgcaggcagggaagacatttctgaattaggcaatatcatcacagcttcttgagttttact 27393135  T
Q  1920 ctcttccaagttcaacaactctcgggtggagttt 1953  Q
     || | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27393134 ttccttcaagttcaacaactctcgggtggagttt 27393101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 1669 - 1904
Target Start/End: Complemental strand, 3051337 - 3051098
Alignment:
Q  1669 cgacattggtatctgtatccgagatgaaggtggtgtgtttgtactggccaaaacaatcagctttgttggtgtttacttcgttgatattggcgaggctttg 1768  Q
    |||| ||||||| ||| | ||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||    
T  3051337 cgacgttggtatttgtcttcgagatgaaggcggtgggtttgttctagccaaaacaatcaactttgttggtgtttactcgattgatattgacgaggctttg 3051238  T
Q  1769 ggtctc----tatcacgccttgcaatgggttagcgacatgcaactcgacaatatcgactttgaagttgattccaaaaccacgaaagttggcatttactga 1864  Q
    ||||||    |||||||||||| ||||||  || |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    |||||||| |    
T  3051237 ggtctctatctatcacgccttgtaatgggcgagtgacatgcaacccgataatatcgactttgaaattgattccaaaaccacgaaagagaccatttactca 3051138  T
Q  1865 ggtagggaagacatctctgaattaggtaatattatcacgg 1904  Q
    ||||| ||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  3051137 ggtagagaaaacatatctgatttaggtactattatcacgg 3051098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 1940 - 2087
Target Start/End: Complemental strand, 3051093 - 3050946
Alignment:
Q  1940 ctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgtttattttcatacacc 2039  Q
    |||||||||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| | |||||||| || |||  |||| ||| |||| ||||||||||||  |||    
T  3051093 ctcgggtggattttgctaggagacaaacaaatgtggttgctcatactctcgtaggagagatcatgttcctagctaatcccgtcgtttattttcatctacc 3050994  T
Q  2040 aaattatattggaattttgattattaataatatgcaataagcaccttt 2087  Q
      ||| ||||| || |||||| |||||| |||||| |||| |||||||    
T  3050993 ttattgtattgaaactttgatcattaatgatatgctataaacaccttt 3050946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 831 - 1006
Target Start/End: Original strand, 26679609 - 26679784
Alignment:
Q  831 ctcgataaattatcttttggattcttatgttaaaagttggaatgaacctgttgtgcgtcaagtcttcagtgaggatttagcttttaaaattctcaacacg 930  Q
    ||||||||||  |||| | ||| ||||  ||||| ||||||| |||| ||||||  | |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||     
T  26679609 ctcgataaatagtcttatagatccttactttaaacgttggaacgaacatgttgtttgacaagtctttagcgaggatttagcttctaaaattctcaacaca 26679708  T
Q  931 cctctatttgagcaggttcatcatgataagatgatttggaaagttgaaaagaatggtcattattcggtgcgtagtg 1006  Q
      ||||||||| |||||||| ||||||| | |  ||||||| | | | |||||||| | |||||| ||||||||||    
T  26679709 tatctatttgaacaggttcaacatgatacgttactttggaatgctaagaagaatgggcgttattcagtgcgtagtg 26679784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 831 - 1006
Target Start/End: Original strand, 26951216 - 26951391
Alignment:
Q  831 ctcgataaattatcttttggattcttatgttaaaagttggaatgaacctgttgtgcgtcaagtcttcagtgaggatttagcttttaaaattctcaacacg 930  Q
    ||||||||||  |||| | ||| ||||  ||||| ||||||| |||| ||||||  | |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||     
T  26951216 ctcgataaatagtcttatagatccttactttaaacgttggaacgaacatgttgtttgacaagtctttagcgaggatttagcttctaaaattctcaacaca 26951315  T
Q  931 cctctatttgagcaggttcatcatgataagatgatttggaaagttgaaaagaatggtcattattcggtgcgtagtg 1006  Q
      ||||||||| |||||||| ||||||| | |  ||||||| | | | |||||||| | |||||| ||||||||||    
T  26951316 tatctatttgaacaggttcaacatgatacgttactttggaatgctaagaagaatgggcgttattcagtgcgtagtg 26951391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 1400 - 1495
Target Start/End: Complemental strand, 27393711 - 27393616
Alignment:
Q  1400 tggaagcataggaatgtcaaagtgtaggaagacaaaacataaacctgtgcaacggtggttgaaagagctaggtccatggtagaagattggaagctc 1495  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||| | || | ||| |||||||||||  ||| |||||||||||| || |||||| |||||    
T  27393711 tggaaacataggaatgtcaaagtgtgggaagacataacaaagacttatgcgacggtggttgaccgagttaggtccatggttgaggattggcagctc 27393616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 1924 - 2087
Target Start/End: Complemental strand, 29755105 - 29754943
Alignment:
Q  1924 tccaagttcaacaactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttg 2023  Q
    |||||||| | ||||||| |||||||||||| |||| ||||||  |||||| | ||||| |||||||||  |||  |||| ||| | || | | ||| |     
T  29755105 tccaagtttaccaactctagggtggagtttgttaggcgacaagctaatgtggtggctcacactcttgcaa-agaagccacatttctcgctagtcccgcta 29755007  T
Q  2024 tttattttcatacaccaaattatattggaattttgattattaataatatgcaataagcaccttt 2087  Q
    | |||||||||| ||| |||| ||||| || ||||||||||||| | |||| ||||||||||||    
T  29755006 tctattttcatatacccaattgtattgaaactttgattattaatgaaatgctataagcaccttt 29754943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 1918 - 2003
Target Start/End: Original strand, 26683459 - 26683544
Alignment:
Q  1918 ctctcttccaagttcaacaactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccac 2003  Q
    ||||| ||||||||   |||||||||||||||||||| |  | ||||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  26683459 ctctcgtccaagttttccaactctcgggtggagtttgttccgcgacaagttaatgtggtggctcatactcttgcaggggaggccac 26683544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1935 - 2031
Target Start/End: Complemental strand, 2157918 - 2157822
Alignment:
Q  1935 caactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgtttatttt 2031  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||  || | ||||||| || |||||||| ||||  |||||||  |||| | | ||||||||||||||    
T  2157918 caactctcgggtggagtttgttaggcgacaagccaacgagattgcttatgctcttgcaagagaagccacgttactagctagtcccgttgtttatttt 2157822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 171 - 221
Target Start/End: Original strand, 29614091 - 29614141
Alignment:
Q  171 actgtttcaaccaaatgagctcacatgttactagtgtcatggccctatatt 221  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||||    
T  29614091 actgtttcaactaaatgagctcacatgttactaatgcaatgaccctatatt 29614141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 985 - 1022
Target Start/End: Original strand, 27492280 - 27492317
Alignment:
Q  985 ggtcattattcggtgcgtagtgcttaccgtttgtgtgt 1022  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  27492280 ggtcattattcggttcgtagtgcttaccgtttatgtgt 27492317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 279; Significance: 1e-155; HSPs: 3)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 727 - 1498
Target Start/End: Original strand, 42879 - 43649
Alignment:
Q  727 agtattggttttggtactcgtattcctattcttgatgaaccttggctaaataatggtgagcgtattgacggtaatattccaggagctcattttgttcgta 826  Q
    |||||||| | ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |  ||| | ||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  42879 agtattgggtctggtacttgtattcctatccttgatgaaccttggttgcatactagtgagcgtattgacaataatactccatgagctcattttgttcgta 42978  T
Q  827 atgcctcgataaattatcttttggattcttatgttaaaagttggaatgaacctgttgtgcgtcaagtcttcagtgaggatttagcttttaaaattctcaa 926  Q
    |||| |||||||||| |||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||| || ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42979 atgcttcgataaattgtcttgtggatccttctattaaaagttggaatgaaccttttgttcgacaagtatttagtgaggatttagcttctaaaattctcaa 43078  T
Q  927 cacgcctctatttgagcaggttcatcatgataagatgatttggaaagttgaaaagaatggtcattattcggtgcgtagtgcttaccgtttgtgtgttact 1026  Q
    || ||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| || |  |||||||| ||     
T  43079 catgcctccatttgagcaggttcaacatgatagaatgatttggaaagctgaaaagaatggacgttattcggtgcgtagtgcctatctgttgtgtgtcaca 43178  T
Q  1027 gagttagtggacttattacatcttcatcgtccggggtattggtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggatgt 1126  Q
     |  || | || ||||  |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43179 aaactaatagatttatcgcatcttcaccttccggggtattggtcgggaatttggaagctgaaatcttcgcaaaagattaagaatttgatatggcggatgt 43278  T
Q  1127 gacgaggctgcctaccaacccgtgttcgacttcttgataaaggcgttcaatattcgacccaatgtgttagctgtgattctaatcatgaagatttagctca 1226  Q
    | ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||| | |  ||| ||| || || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  43279 gtcgaggctgcttaccaacctgtgtccgacttcttgataaagacttctaatgttctactcagtgtgttagttgtgagtctaatcatgaggatttagctca 43378  T
Q  1227 cattttttccgaatgtccttttgctgttcaggtttggtctatggcaggtatatggcatgaaattcagaatgtagtagcaacatctcctttggctattaaa 1326  Q
    ||| || | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||| | ||    
T  43379 catattcttcgaatgtccttttgctgtacaggtttggtcgatggcagaaatgtggcatgaaattcagaatgcagtggtaacatctccttcggctaatgaa 43478  T
Q  1327 gttattttctccttgttgcattctttatctaccacactttcttaaaggatgactacaannnnnnnggagtatttggaagcataggaatgtcaaagtgtag 1426  Q
      ||||||||| |||||    ||||||||   ||| || ||| || | ||| || | |       ||||  | ||||| ||||||||||||||| ||| |    
T  43479 tctattttctctttgttctgctctttatcagtcacgctctctcaacgaatggctgc-actactttggagcttgtggaaacataggaatgtcaaattgtgg 43577  T
Q  1427 gaagacaaaacataaacctgtgcaacggtggttgaaagagctaggtccatggtagaagattggaagctcgcg 1498  Q
    ||||||| |||| |||| ||||| | ||||||||   |||||||||||||||| || |||||| ||||||||    
T  43578 gaagacataacagaaacttgtgcgatggtggttggttgagctaggtccatggttgaggattggcagctcgcg 43649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 1676 - 1910
Target Start/End: Original strand, 43857 - 44091
Alignment:
Q  1676 ggtatctgtatccgagatgaaggtggtgtgtttgtactggccaaaacaatcagctttgttggtgtttacttcgttgatattggcgaggctttgggtctct 1775  Q
    ||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||  | ||||||||||| ||||||  ||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||||    
T  43857 ggtatatgtctccgagacgaaagtggtgtgtttgttttagccaaaacaataagcttttatggtgttaactccattgatattggcgaagctttgggtctct 43956  T
Q  1776 atcacgccttgcaatgggttagcgacatgcaactcgacaatatcgactttgaagttgattccaaaaccacgaaagttggcatttactgaggtagggaaga 1875  Q
    ||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| | || ||  ||||||| | ||||||||||    
T  43957 atcacgccttgcaatggatgagtgacatgcaactcgacaatatcgattttgaagttgattgcaaaaacacaagagatgtgatttactcatgtagggaaga 44056  T
Q  1876 catctctgaattaggtaatattatcacggcttccc 1910  Q
    | | |||| |||||| | ||| ||||| |||||||    
T  44057 cttttctgtattaggcattatcatcacagcttccc 44091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 1933 - 2007
Target Start/End: Complemental strand, 42573 - 42499
Alignment:
Q  1933 aacaactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgttt 2007  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||| ||| ||||||||| | ||||||| ||||||||    
T  42573 aacaactctcgggtggagtttgctaggcgacaaacaaacgtggttgttcatactctcgtaggagaggccacgttt 42499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 213; Significance: 1e-116; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 88 - 725
Target Start/End: Original strand, 41488721 - 41489376
Alignment:
Q  88 gatttaaggcaatatgcaacgcagcttgactatcacatataa-cgtcgttgaatgtgcttccttgaattgaagttccttaagtaactgtttcaaccaaat 186  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||   ||||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  41488721 gatttgaggcgatatgcaacgcagcttgattatcacatataagcgtcattggtcgtgcttcttcgaattgaagttccttaagtagctgcttcaaccaaat 41488820  T
Q  187 gagctcacatgttactagtgtcatggccctatattcgacctctacgcttgatcttgcagttacattttgtttcttacccttccagaatatcagatttccg 286  Q
    ||| |||||||||||||||  ||||||| | |||||  ||||  | ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||     
T  41488821 gagttcacatgttactagtaccatggccttgtattctgcctcagcacttgatcttgcaactacattttgtttcttactcttccaggatatcaggtttcct 41488920  T
Q  287 ccaacaagtacacaatatccaaaaatagattgtctatcaatggatgaacttgctcaatcagcatctaagta----------------tgttatttatcct 370  Q
    ||||||||||| ||||| ||| || | ||  |||||||||||| ||||| ||| || ||||||||| ||||                |||  ||||||||    
T  41488921 ccaacaagtacgcaatacccagaagtggaccgtctatcaatgggtgaacctgcccagtcagcatctgagtaaccaactatctgagtatgtcctttatcct 41489020  T
Q  371 cataaatgtggcnnnnnnnnggagcaccttc-gatgtatttaaaaatctgaattaaagtatttgtgttttcttgacaaggagaattaaa-aattggctta 468  Q
    |||||||| | |        ||||||||||  ||||||||||| |||  ||||||||| |||  ||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||    
T  41489021 cataaatgagaccttttcccggagcaccttttgatgtatttaagaattcgaattaaagcattcatgtgttcttggcaaggagaatttaagaattggctta 41489120  T
Q  469 ccacactaactgcaaaggaaatgtctggacgagtgattgtgagataatttaatttttccaaccaaattattatatcttattgaatatgatagaggct-cc 567  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||  |   |||||||  ||||| ||||| ||||| ||    
T  41489121 ccacactaactgcaaaggaaatgtctggacgagtgactgtgagataattcaa-ttttccaaccaatcttccatatcttcctgaatctgataaaggctccc 41489219  T
Q  568 ctttattaggttgaagtttgacatttggatccatgtgaatatcaattggcttgacattcaatagacatgtttcttctataatattcatagcatatttctt 667  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||| || ||||||||||      
T  41489220 cttgattaggtagaagtttgacatttggatccatcggagtatcaatcggcttggcattcaatagacctgtttcttcaagaatatccaaagcatatttc-c 41489318  T
Q  668 tttgtgaaattacaataccatccttggattgggctacctcaatacctaacaagtaacg 725  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  41489319 tttgtgaaattacaataccatccttggattgggctacatcaatacccaaaaagtaacg 41489376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 1867 - 2091
Target Start/End: Complemental strand, 34696313 - 34696088
Alignment:
Q  1867 tagggaagacatctctgaattaggtaatattatcacggcttcccgg-ttcttctctcttccaagttcaacaactctcgggtggagtttgctaggagacaa 1965  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34696313 tagggaagacatctctttattatgtaatattatcacggcttcccggattcttctctcttccaagttcaacaactctcgggtggagtttgctaggagacaa 34696214  T
Q  1966 gtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgtttattttcatacaccaaattatattggaattttgattatta 2065  Q
    | ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||| | |  ||||||||||||||||| |||  ||| ||||| || |||||||||||    
T  34696213 gaaaatgtggttgctcatactctcgaaggagagaccacgtttctagctagtctcgttgtttattttcatataccccattgtattgaaactttgattatta 34696114  T
Q  2066 ataatatgcaataagcacctttattt 2091  Q
    || |||||  ||||||||||||||||    
T  34696113 atgatatgatataagcacctttattt 34696088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 468 - 724
Target Start/End: Original strand, 29806682 - 29806937
Alignment:
Q  468 accacactaactgcaaaggaaatgtctggacgagtgattgtgagataatttaatttttccaaccaaattattatatcttattgaatatgatagaggctcc 567  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| || ||||| ||||||  |  |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  29806682 accacactaactgcaaaggaaatgtctggacgagtgactctgagataattcaaattttc-aaccaatctcctatatcttcttgaatctgatagaggctcc 29806780  T
Q  568 -ctttattaggttgaagtttgacatttggatccatgtgaatatcaattggcttgacattcaatagacatgtttcttctataatattcatagcatatttct 666  Q
     | | ||||||| ||| ||||||||||||||||||  || |||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||     
T  29806781 tcctgattaggtagaaatttgacatttggatccataggagtatcaactggtttggcattcaatagacatgtttcttcatgaatattcatagcatatttc- 29806879  T
Q  667 ttttgtgaaattacaataccatccttggattgggctacctcaatacctaacaagtaac 724  Q
     |||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||| ||||| || |||||||    
T  29806880 ctttgtgaaatcataataccatccatggattgggctacctcgatacccaaaaagtaac 29806937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 88 - 350
Target Start/End: Original strand, 45433813 - 45434076
Alignment:
Q  88 gatttaaggcaatatgcaacgcagcttgactatcacatataac-gtcgttgaatgtgcttccttgaattgaagttccttaagtaactgtttcaaccaaat 186  Q
    ||||| |||||||||||||| | |||||| | ||||||||||  ||| |||   ||||||| |  ||||||||||| || ||||| || |||||||||||    
T  45433813 gatttgaggcaatatgcaacacggcttgattgtcacatataagtgtcattggtcgtgcttcttcaaattgaagttctttgagtaattgcttcaaccaaat 45433912  T
Q  187 gagctcacatgttactagtgtcatggccctatattcgacctctacgcttgatcttgcagttacattttgtttcttacccttccagaatatcagatttccg 286  Q
    ||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||| |||||     
T  45433913 gagttcacatgttactagtgccatagccctatattctgcctcaacgcttgatcttgcaattacattctgtttcttactcttccaggataccaggtttccc 45434012  T
Q  287 ccaacaagtacacaatatccaaaaatagattgtctatcaatggatgaacttgctcaatcagcat 350  Q
    ||||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||| | ||| | ||| ||||||||||    
T  45434013 ccaacaagtacacaatacccagaagtagatcgtctatcaataggtgagcctgcccaatcagcat 45434076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 89 - 328
Target Start/End: Original strand, 29806302 - 29806542
Alignment:
Q  89 atttaaggcaatatgcaacgcagcttgactatcacatataa-cgtcgttgaatgtgcttccttgaattgaagttccttaagtaactgtttcaaccaaatg 187  Q
    |||| ||||||||||||| |  |||||| |||||||||||| | || |||   ||||||| |  |||||||||||||| |||||||| |||||| | |||    
T  29806302 atttgaggcaatatgcaatgaggcttgattatcacatataagcatcattggtcgtgcttcttcaaattgaagttccttgagtaactggttcaacaacatg 29806401  T
Q  188 agctcacatgttactagtgtcatggccctatattcgacctctacgcttgatcttgcagttacattttgtttcttacccttccagaatatcagatttccgc 287  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||| ||| | ||||| ||||| |    
T  29806402 agttcacatgttactagtgttatggccctatattctgcctcaacgcttgatcttacaattatattttgtttcttactctttcaggacatcaggtttcctc 29806501  T
Q  288 caacaagtacacaatatccaaaaatagattgtctatcaatg 328  Q
     ||||| ||||||| | ||| |||| ||| |||||||||||    
T  29806502 taacaaatacacaacacccataaatggatcgtctatcaatg 29806542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 88 - 346
Target Start/End: Original strand, 16476724 - 16476983
Alignment:
Q  88 gatttaaggcaatatgcaacgcagcttgactatcacatataac-gtcgttgaatgtgcttccttgaattgaagttccttaagtaactgtttcaaccaaat 186  Q
    ||||| |||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||  ||| |||   ||||||| | |||| |||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  16476724 gattttaggcaatatgcaacacgacttgattatcacatataagtgtcattggtcgtgcttcttcgaatcgaagttccttgagtaactacttcaaccaaat 16476823  T
Q  187 gagctcacatgttactagtgtcatggccctatattcgacctctacgcttgatcttgcagttacattttgtttcttacccttccagaatatcagatttccg 286  Q
    ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||   | ||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||||     
T  16476824 gagttcacatgttactagggacatggccctatattatgcttcagcgcttgatcttgcaaatacattttgtttcttactcttccatgatatcaggtttcct 16476923  T
Q  287 ccaacaagtacacaatatccaaaaatagattgtctatcaatggatgaacttgctcaatca 346  Q
    |||| |||||| ||||| ||  || | ||| |||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  16476924 ccaaaaagtacgcaataccctgaagtggatcgtctatcaatgggtgaacctgcccaatca 16476983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 467 - 713
Target Start/End: Original strand, 16477120 - 16477364
Alignment:
Q  467 taccacactaactgcaaaggaaatgtctggacgagtgattgtgagataatttaatttttccaaccaaattattatatcttattgaatatgatagaggct- 565  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  |  ||||||||  || || ||||||||| |     
T  16477120 taccacactaactgcaaaggaaatgtatgaacgagtgattgtgagataatttaa-tcttccaaccaatctcctatatcttcctg-atctgatagaggatc 16477217  T
Q  566 ccctttattaggttgaagtttgacatttggatccatgtgaatatcaattggcttgacattcaatagacatgtttcttctataatattcatagcatatttc 665  Q
    ||| | ||||||| |||| |||||||||  ||||   ||| |||||||||||||| ||||||||  | |||||||||| | ||||| ||||  | |||||    
T  16477218 cccctgattaggtagaagattgacatttacatccgcatgagtatcaattggcttggcattcaatttatatgtttcttcaagaatatacatacaacatttc 16477317  T
Q  666 tttttgtgaaattacaataccatccttggattgggctacctcaatacc 713  Q
      ||||||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||||||||    
T  16477318 -ctttgtgaaattacaatatcatctttggattagactacctcaatacc 16477364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 445 - 729
Target Start/End: Original strand, 45434187 - 45434471
Alignment:
Q  445 caaggagaattaaa-aattggcttaccacactaactgcaaaggaaatgtctggacgagtgattgtgagataatttaatttttccaaccaaattattatat 543  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||||| ||| || ||||| |||||  ||||||||  |  ||||     
T  45434187 caaggagaatttaagaattggcttaccacactaaccgcaaacgaaatgttcggacgagtgactgtaaggtaattcaatttc-ccaaccaatctcctatac 45434285  T
Q  544 cttattgaatatgatagaggctcccttt-attaggttgaagtttgacatttggatccatgtgaatatcaattggcttgacattcaatagacatgtttctt 642  Q
    ||   |||||  ||||  | |||||  | ||| ||| ||||||||||||| ||||||||  || |||||| ||||||| | ||||| |||||||||||||    
T  45434286 ctccctgaatcagataacgactccccatgattgggtagaagtttgacattaggatccataggagtatcaactggcttggcgttcaaaagacatgtttctt 45434385  T
Q  643 ctataatattcatagcatatttctttttgtgaaattacaataccatccttggattgggctacctcaatacctaacaagtaacgaagt 729  Q
    | | ||||| |||||||||||| |  |||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  45434386 caagaatatccatagcatattt-tcgttgtgatattactagaccatccttagattgggctacctcaatacccaaaaaataacgaagt 45434471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 153 - 352
Target Start/End: Original strand, 22097074 - 22097273
Alignment:
Q  153 attgaagttccttaagtaactgtttcaaccaaatgagctcacatgttactagtgtcatggccctatattcgacctctacgcttgatcttgcagttacatt 252  Q
    ||||||| | ||| ||||| || ||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| | |||||||  ||||   ||| |||||||||  ||||||    
T  22097074 attgaagcttcttgagtaaatgcttcaaccaaatgagctcacatatttctagtgccatgggcttatattctccctcagtgctagatcttgcaactacatt 22097173  T
Q  253 ttgtttcttacccttccagaatatcagatttccgccaacaagtacacaatatccaaaaatagattgtctatcaatggatgaacttgctcaatcagcatct 352  Q
    ||| ||||||| |||   | ||||||| ||||| | |||| ||||| | || | |||||| ||||| |||||||||||| ||| || ||| |||||||||    
T  22097174 ttgcttcttactctttttggatatcaggtttcctctaacatgtacatattacctaaaaatggattgcctatcaatggattaacctgttcagtcagcatct 22097273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 1936 - 2003
Target Start/End: Complemental strand, 2002677 - 2002610
Alignment:
Q  1936 aactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccac 2003  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  2002677 aactctcgggtggagtttgtcaggagacaagcaaatgtggttgctcatactctcgcatgagagaccac 2002610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 1945 - 1995
Target Start/End: Original strand, 30981235 - 30981285
Alignment:
Q  1945 gtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcagga 1995  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  30981235 gtggagtttgttaggagacaaataaatgtggttgctcatactctcgcagga 30981285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1935 - 2031
Target Start/End: Original strand, 4614889 - 4614985
Alignment:
Q  1935 caactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgtttatttt 2031  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||   ||||||| |||  |||||||| || | | |||||||||| |||||    
T  4614889 caactctagggtggagtttgctaggcgacaaacaaatgtggttgctcatgtgcttgcagaagaagccacgtttctaactagttccgttgttgatttt 4614985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 77
Target Start/End: Original strand, 21266013 - 21266070
Alignment:
Q  18 acaactaagtgacaagtcaagaaaataatttaaaaagaaaatacgtatataaaatattgg 77  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||||    
T  21266013 acaactaggtgacaactcaagaaaatcatttaaaaa--aaatacatatataaaatattgg 21266070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 1943 - 2082
Target Start/End: Original strand, 24065220 - 24065359
Alignment:
Q  1943 gggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgtttattttcatacaccaaa 2042  Q
    |||||||||||| |||| |||||| ||| | | ||||||||  ||||||||||||  |||||||  |||| | | |||||||||||||||| | |||  |    
T  24065220 gggtggagtttgttaggcgacaagcaaacgaggttgctcatgttcttgcaggagaagccacgttactagctagtcccgttgtttattttcacatacccga 24065319  T
Q  2043 ttatattggaattttgattattaataatatgcaataagca 2082  Q
    || ||||| | || | ||||||||| | |||| |||||||    
T  24065320 ttgtattgaacttcttattattaatgaaatgctataagca 24065359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 1935 - 2006
Target Start/End: Original strand, 41117188 - 41117259
Alignment:
Q  1935 caactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtt 2006  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||| | |||||||| |||||||| ||||  |||||||    
T  41117188 caactctcgggtggagtttgttaggcgacaagccaatgaggttgctcatgctcttgcaagagaagccacgtt 41117259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 19 - 52
Target Start/End: Original strand, 9538442 - 9538475
Alignment:
Q  19 caactaagtgacaagtcaagaaaataatttaaaa 52  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9538442 caactaagtgacaagtcaagaaaatcatttaaaa 9538475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 452 - 533
Target Start/End: Original strand, 32938508 - 32938588
Alignment:
Q  452 aattaaaaattggcttaccacactaactgcaaaggaaatgtctggacgagtgattgtgagataatttaatttttccaaccaa 533  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||| | |||| |||||| | ||||||| || || ||||||||||||    
T  32938508 aattaaaaaatggcttaccacactaactataaagaaaatatttggaagagtgactatgagatagttcaa-ttttccaaccaa 32938588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1060 - 1496
Target Start/End: Original strand, 14994157 - 14994592
Alignment:
Q  1060 gggtattggtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggatgtgacgaggctgcctaccaacccgtgttcgacttc 1159  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||| |||||| || |||| |||    
T  14994157 gggtattggttgggaatttgaaagctcaaatctccgtcaaaggttaagaatttgatatggtagatgtgtcgaggctgcctatcaacccatgctcgatttc 14994256  T
Q  1160 ttgataaaggcgttcaatattcgacccaatgtgttagctgtgattctaatcatgaagatttagctcacattttttccgaatgtccttttgctgttcaggt 1259  Q
    ||| |||||| ||||||| | | || || |||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| |||  ||    
T  14994257 ttggtaaaggtgttcaatgtcctactcagtgtgttagttgtgactctaattatgaggatttagctcacatctttttcgaatgtcattttgctattccagt 14994356  T
Q  1260 ttggtctatggcaggtatatggcatgaaattcagaatgtagtagcaacatctcctttggctattaaagttattttctccttgttgcattctttatctacc 1359  Q
    |||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||| ||| ||||||||||||| |  |||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||  ||    
T  14994357 ttggtctatggcaggtatgtggcacaaaattcataatgcagtggcaacatctccttcgtttattgaagctattttctcattgttgcattctttatccgcc 14994456  T
Q  1360 acactttcttaaaggatgactacaannnnnnnggagtatttggaagcataggaatgtcaaagtgtaggaagacaaaacataaacctgtgcaacggtggtt 1459  Q
    ||||||||| ||||||||||| | |       |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||| |||| | ||| |||||||||    
T  14994457 acactttctcaaaggatgactgc-actattttggagtatttggaagcataggaatgtcaaagtgtgcgaagacatcacagaaacttatgcgacggtggtt 14994555  T
Q  1460 gaaagagctaggtccatggtagaagattggaagctcg 1496  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14994556 gaaagagttaggtcgatggtagaagattggaagctcg 14994592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1584 - 1779
Target Start/End: Original strand, 14995003 - 14995197
Alignment:
Q  1584 ctgttcaggttcgttggcagcctcctgcgcaaggtcaaatgaaatgtaatattgacgccgtgttttcaaaccatcataacaaaaccgacattggtatctg 1683  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| |||| ||||||||| ||| |||   ||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||| ||    
T  14995003 ctgttcaggtgcgttggcagcctcccacgcaaggtcgaatgtaatgtaatactga-gccacattttcaaaccatcgtaatagaaccggcattggtatttg 14995101  T
Q  1684 tatccgagatgaaggtggtgtgtttgtactggccaaaacaatcagctttgttggtgtttacttcgttgatattggcgaggctttgggtctctatca 1779  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |   |||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  14995102 tctccgagatgagggtggtgtgtttgtactggtcaaaacaatcatctttgttggtgtttattcaattgatattggtgaagctttgggcctctatca 14995197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 868 - 1292
Target Start/End: Complemental strand, 2974778 - 2974354
Alignment:
Q  868 tggaatgaacctgttgtgcgtcaagtcttcagtgaggatttagcttttaaaattctcaacacgcctctatttgagcaggttcatcatgataagatgattt 967  Q
    ||||| ||| ||||||| || |||||||| |||||||| || |||  ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| | | |  |||    
T  2974778 tggaacgaatctgttgtccgacaagtctttagtgaggacttggctgctaaaattcttaacacccctctctttgagcaggttcagcatgacacgttacttt 2974679  T
Q  968 ggaaagttgaaaagaatggtcattattcggtgcgtagtgcttaccgtttgtgtgttactgagttagtggacttattacatcttcatcgtccggggtattg 1067  Q
    |||| | ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||   ||||||| | ||||||||| || || |  || |||||    | ||| |||||    
T  2974678 ggaaggctgagaagaatgggcgttattcggtgcgtagtgcttaccaactgtgtgtcaatgagttagtagatttgtcccaccttcacaaactgggatattg 2974579  T
Q  1068 gtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggatgtgacgaggctgcctaccaacccgtgttcgacttcttgataaa 1167  Q
    | | || ||||||||||| ||| |||| || || ||||| ||| |||| ||||| ||||| || |||||  ||||||||||||||||  |  | ||||||    
T  2974578 gactggcatttggaagcttaaaactcccccgaaagttaaaaatctgatttggcgtatgtgtcggggctgtttaccaacccgtgttcggttgttggataaa 2974479  T
Q  1168 ggcgttcaatattcgacccaatgtgttagctgtgattctaatcatgaagatttagctcacattttttccgaatgtccttttgctgttcaggtttggtcta 1267  Q
    || ||||||| | | || |  || || || ||||| ||||||||||| |||||| ||||  | ||||  || ||  ||||||| |||||||| || ||||    
T  2974478 ggtgttcaatttcctactcggtgcgtaagttgtgactctaatcatgaggatttatctcatgtattttttgagtgctcttttgcagttcaggtatgctcta 2974379  T
Q  1268 tggcaggtatatggcatgaaattca 1292  Q
     || |||| |||||||||| |||||    
T  2974378 cggtaggtttatggcatgagattca 2974354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 1935 - 1988
Target Start/End: Original strand, 14995196 - 14995249
Alignment:
Q  1935 caactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactct 1988  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14995196 caactctcgggtggagtttgctaggagacaaggaaatgtgattgctcatactct 14995249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1054 - 1151
Target Start/End: Original strand, 11501444 - 11501541
Alignment:
Q  1054 cgtccggggtattggtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggatgtgacgaggctgcctaccaacccgtgt 1151  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| || |||  ||| || |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| || || ||||||||    
T  11501444 cgtccggggtattggtctggtatttggaaacttaaagttcctccgaaggttaagaatttaatttggcgtatgtgtcgaggctgtcttccgacccgtgt 11501541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 1870 - 1988
Target Start/End: Complemental strand, 10973755 - 10973636
Alignment:
Q  1870 ggaagacatctctgaattaggtaatattatcacggcttcccggttctt-ctctcttccaagttcaacaactctcgggtggagtttgctaggagacaagta 1968  Q
    |||||||||  | ||||| ||||| || ||||||||||||||||  || ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| | || ||||||      
T  10973755 ggaagacataacagaatttggtaacatcatcacggcttcccggtctttgctctcgtccaagtttaccaactctcgggtggagtttgttcggcgacaagct 10973656  T
Q  1969 aatgtgattgctcatactct 1988  Q
    |||||| | ||||| |||||    
T  10973655 aatgtggtggctcacactct 10973636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 1935 - 2050
Target Start/End: Complemental strand, 11818584 - 11818469
Alignment:
Q  1935 caactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgtttattttcat 2034  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||| | | ||||||||  ||||||||||||  |||||||  |||| | | ||||| ||||||||||     
T  11818584 caactctagggtggagtttgttaggcgacaagcaaacgaggttgctcatgttcttgcaggagaagccacgttactagctagtcccgttatttattttcag 11818485  T
Q  2035 acaccaaattatattg 2050  Q
    | ||| ||||||||||    
T  11818484 atacccaattatattg 11818469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 1814 - 1954
Target Start/End: Complemental strand, 2973682 - 2973541
Alignment:
Q  1814 aatatcgactttgaagttgattccaaaaccacgaaagttggcatttactgaggtagggaagacatctctgaattaggtaatattatcacggcttcccggt 1913  Q
    ||||| || |||||||| || ||||||||||| |||| ||   ||||||  ||| ||||||||||  ||||||| || || || ||||||||||||  ||    
T  2973682 aatattgattttgaagtcgactccaaaaccacaaaagatgctctttactcgggtcgggaagacataactgaatttggcaacatcatcacggcttcctagt 2973583  T
Q  1914 tctt-ctctcttccaagttcaacaactctcgggtggagtttg 1954  Q
      || ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  2973582 ctttgctctcgtccaagtttaccaactctcgggtggagtttg 2973541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1924 - 2087
Target Start/End: Original strand, 14231011 - 14231177
Alignment:
Q  1924 tccaagttcaacaactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttg 2023  Q
    |||||||| | ||||||| | |||||||||| |||| ||||||  |||||| | ||||| ||||||||| | ||  |||| ||| | || | | |||||     
T  14231011 tccaagtttaccaactctagagtggagtttgttaggcgacaagctaatgtggtggctcacactcttgcaagggaagccacatttctcgctagtcccgtta 14231110  T
Q  2024 tttattttcatacaccaaattatattggaattttgattattaataat---atgcaataagcaccttt 2087  Q
    | |||||||||| ||| |||| ||||| || ||||||||||||| ||   |||| ||||||||||||    
T  14231111 tctattttcatatacccaattgtattgaaactttgattattaatgatgaaatgctataagcaccttt 14231177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 1936 - 1997
Target Start/End: Original strand, 11502322 - 11502383
Alignment:
Q  1936 aactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggaga 1997  Q
    |||||| |||||||||||| |||| ||||||  || ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  11502322 aactctagggtggagtttgttaggcgacaagccaacgtggttgctcatactcttgcaagaga 11502383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 161; Significance: 6e-85; HSPs: 4)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-85
Query Start/End: Original strand, 1808 - 2091
Target Start/End: Complemental strand, 73607 - 73323
Alignment:
Q  1808 ctcgacaatatcgactttgaagttgattccaaaaccacgaaagttggcatttactgaggtagggaagacatctctgaattaggtaatattatcacggctt 1907  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  73607 ctcgacaatatcaactttgaagttgattccaaaaccacgaaagatgccatttacccaggaagggaagacatctctgaattaggaaatattatcacggctt 73508  T
Q  1908 cccgg-ttcttctctcttccaagttcaacaactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtt 2006  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| |||| || |||||||||||||||||    
T  73507 ctcgggttcttctctcttccaagttcaacaactctcgggtggagtttgctaagagacaagcaaatgtggttgctgatacactcgcaggagagaccacgtt 73408  T
Q  2007 tgtagccaattccgttgtttattttcatacaccaaattatattggaattttgattattaataatatgcaataagcacctttattt 2091  Q
    | |||| | | |||||||||| ||| ||| ||| |||| ||||| || ||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||    
T  73407 tctagctagtcccgttgtttacttttatatacccaattgtattgaaactttgattattaatgatatgttataaacacctttattt 73323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 9e-81
Query Start/End: Original strand, 1025 - 1226
Target Start/End: Complemental strand, 73878 - 73677
Alignment:
Q  1025 ctgagttagtggacttattacatcttcatcgtccggggtattggtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggat 1124  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  73878 ctgagttagtggacttaccacatcttcatcgttcggggtattggtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggat 73779  T
Q  1125 gtgacgaggctgcctaccaacccgtgttcgacttcttgataaaggcgttcaatattcgacccaatgtgttagctgtgattctaatcatgaagatttagct 1224  Q
    ||  ||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  73778 gtatcgaggctacctaccaacatatgttcgacttcttgataaaggcgttcaatgtccgacccagtgtgttagctgtgattctaatcatgaagatttagct 73679  T
Q  1225 ca 1226  Q
    ||    
T  73678 ca 73677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 843 - 973
Target Start/End: Complemental strand, 74009 - 73879
Alignment:
Q  843 tcttttggattcttatgttaaaagttggaatgaacctgttgtgcgtcaagtcttcagtgaggatttagcttttaaaattctcaacacgcctctatttgag 942  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  74009 tcttttggatccttatattaaaagttggaatgaatctgttgtgcaccaagtcttcagtgaggatttaacttctaaaattctcaacacgcctctgtttgag 73910  T
Q  943 caggttcatcatgataagatgatttggaaag 973  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  73909 cgggttcatcatgataacatgatttggaaag 73879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 1255 - 1312
Target Start/End: Complemental strand, 73662 - 73605
Alignment:
Q  1255 caggtttggtctatggcaggtatatggcatgaaattcagaatgtagtagcaacatctc 1312  Q
    ||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  73662 caggtttggtctatgacatgtatatgacatgaaattcagaatgcagtagcaacatctc 73605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 161; Significance: 6e-85; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-85
Query Start/End: Original strand, 142 - 729
Target Start/End: Complemental strand, 19127060 - 19126448
Alignment:
Q  142 tgcttccttgaattgaagttccttaagtaactgtttcaaccaaatgagctcacatgttactagtgtcatggccctatattcgacctctacgcttgatctt 241  Q
    |||||| | |||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  | || | ||||||||||    
T  19127060 tgcttcttcgaattgaagttctttgagtaaatgcttcaaccaaatgagttcacatgttactagtgtcatgaccctatattctgcatcaaagcttgatctt 19126961  T
Q  242 gcagttacattttgtttcttacccttccagaatatcagatttccgccaacaagtacacaatatccaaaaatagattgtctatcaatggatgaacttgctc 341  Q
    |||  ||||||||||||||||| |||||| |||| ||| ||||| | ||||||||||||||| ||| || | ||| || |||||||||  |||| |||      
T  19126960 gcaactacattttgtttcttactcttccaaaataacaggtttcctcaaacaagtacacaatacccataagtggatcgtttatcaatgggcgaacctgcct 19126861  T
Q  342 aatcagcatctaagta-----------------tgttatttatcctcataaatgtggcnnnnnnnnggagcaccttcgatgtatttaaaaatctgaatta 424  Q
    | |||| |||| ||||                 |||  |||||||||||||||| | |        |||||||||| ||||||||||| |||  ||||||    
T  19126860 agtcaggatctgagtaaccaacctatctgagtatgtcctttatcctcataaatgagacattttcctggagcacctttgatgtatttaagaattcgaatta 19126761  T
Q  425 aagtatttgtgttttcttgacaaggagaa-ttaaaaattggcttaccacactaactgcaaaggaaatgtctggacgagtgattgtgagataatttaattt 523  Q
    ||| |||  ||| ||||||  |||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||    
T  19126760 aagcattcatgtgttcttggaaaggagaaattaagaattggcttactacactaactgcaaaggaaatgtctggacgagtgactgtgagataattcaa-tt 19126662  T
Q  524 ttccaaccaaattattatatcttattgaatatgatagaggct-ccctttattaggttgaagtttgacatttggatccat-gt-------gaatatcaatt 614  Q
    ||||||||||  |  ||||||||  ||||||| | ||||||| ||| | ||||||| ||| |||||||||||||||||| ||       || ||||||||    
T  19126661 ttccaaccaatctcctatatcttcctgaatattacagaggctccccctgattaggtagaaatttgacatttggatccatagtaccataggagtatcaatt 19126562  T
Q  615 ggcttgacattcaatagacatgtttcttctataatattcatagcatatttctttttgtgaaattacaataccatccttggattgggctacctcaatacct 714  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||     
T  19126561 ggcttggcattcaatagacatgtttcttcaagaatattcatagcatatttc-ccttgtgaaattacaacaccatccttggattgagctatctcaataccc 19126463  T
Q  715 aacaagtaacgaagt 729  Q
    || ||||||| ||||    
T  19126462 aaaaagtaactaagt 19126448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 89 - 351
Target Start/End: Original strand, 14156732 - 14156995
Alignment:
Q  89 atttaaggcaatatgcaacgcagcttgactatcacatataac-gtcgttgaatgtgcttccttgaattgaagttccttaagtaactgtttcaaccaaatg 187  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||| | ||||||||||  ||| |||   || |||| |  ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  14156732 atttgaggcaatatgcaacgcggcttgattgtcacatataagagtcattggtcgtacttcttcaaattgaagttctttgagtaactgcttcaaccaaatg 14156831  T
Q  188 agctcacatgttactagtgtcatggccctatattcgacctctacgcttgatcttgcagttacattttgtttcttacccttccagaatatcagatttccgc 287  Q
    || |||||||||||||||| ||| |||||||||||  ||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||| |    
T  14156832 agttcacatgttactagtgccatagccctatattctgcctcagcgcttgatcttgcaactacattttgtttcttactcttccaggataccaggtttcccc 14156931  T
Q  288 caacaagtacacaatatccaaaaatagattgtctatcaatggatgaacttgctcaatcagcatc 351  Q
    |||||||||||||||| | | || ||||| |||||||||| | ||| | ||| |||||||||||    
T  14156932 caacaagtacacaatacctagaagtagatcgtctatcaataggtgagcctgcccaatcagcatc 14156995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 438 - 729
Target Start/End: Original strand, 14165985 - 14166276
Alignment:
Q  438 ttcttgacaaggagaattaaa-aattggcttaccacactaactgcaaaggaaatgtctggacgagtgattgtgagataatttaatttttccaaccaaatt 536  Q
    |||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| ||| || ||||| |||||  |||||||   |    
T  14165985 ttcttggcaaggagaatttaagaattggcttaccacactaactgcaaacgaaatttccggacgagtgactgtaaggtaattcaatttc-ccaaccactct 14166083  T
Q  537 attatatcttattgaatatgatagaggctcccttt-attaggttgaagtttgacatttggatccatgtgaatatcaattggcttgacattcaatagacat 635  Q
      |||| ||   |||||  ||||  |||||||  | ||| ||| ||||||||||||| ||| | ||  || |||||| ||||||| | ||||| |||| |    
T  14166084 cctatacctccctgaatcagataacggctccccctgattgggtagaagtttgacattaggaacaataggagtatcaactggcttggcgttcaaaagacct 14166183  T
Q  636 gtttcttctataatattcatagcatatttctttttgtgaaattacaataccatccttggattgggctacctcaatacctaacaagtaacgaagt 729  Q
    |||||||| | ||||| |||||||||||| |  |||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  14166184 gtttcttcaagaatatccatagcatattt-tcgttgtgatattactagaccatccttagattgggctacctcaatacccaaaaaataacgaagt 14166276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 86
Target Start/End: Original strand, 41947420 - 41947488
Alignment:
Q  18 acaactaagtgacaagtcaagaaaataatttaaaaagaaaatacgtatataaaatattggagcgttaca 86  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41947420 acaactaagtgacaagtcaagaaaataattttaaaaaaaaatacgtatataaaatattggagcgttaca 41947488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 868 - 1282
Target Start/End: Original strand, 12354094 - 12354508
Alignment:
Q  868 tggaatgaacctgttgtgcgtcaagtcttcagtgaggatttagcttttaaaattctcaacacgcctctatttgagcaggttcatcatgataagatgattt 967  Q
    |||||||  |||||||| || ||||| || |||||||||||||||| |||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||   | ||||    
T  12354094 tggaatgttcctgttgtccgacaagtttttagtgaggatttagcttctaaaatccttaacactcctctttttgagcaggttcaacatgatactcttattt 12354193  T
Q  968 ggaaagttgaaaagaatggtcattattcggtgcgtagtgcttaccgtttgtgtgttactgagttagtggacttattacatcttcatcgtccggggtattg 1067  Q
    |||| |   |||||||||| |  || ||  || ||||||||||||| || ||||| | ||||||||| || || |  || ||||||   ||||| |||||    
T  12354194 ggaaggccaaaaagaatgggcgctactctatgtgtagtgcttaccgcttatgtgtcagtgagttagtagatttgtcccaccttcataaaccgggatattg 12354293  T
Q  1068 gtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggatgtgacgaggctgcctaccaacccgtgttcgacttcttgataaa 1167  Q
    |   ||||||||||| || ||| | || || || ||||| ||| |||| ||||| ||||| ||  ||||  ||||||||  ||||||  |  | ||||||    
T  12354294 gaatggaatttggaaacttaaaacccccccgaaagttaaaaatctgatttggcgtatgtgtcggagctgtttaccaacctatgttcgtttgttggataaa 12354393  T
Q  1168 ggcgttcaatattcgacccaatgtgttagctgtgattctaatcatgaagatttagctcacattttttccgaatgtccttttgctgttcaggtttggtcta 1267  Q
    || ||||| | | | || || ||||| |  ||||||||||||||||| |||||| ||||  | ||||  || || ||||||  ||||||||| |||||||    
T  12354394 ggtgttcattgtaccactcagtgtgtaaattgtgattctaatcatgaggatttaactcatgtattttttgagtgccctttttttgttcaggtctggtcta 12354493  T
Q  1268 tggcaggtatatggc 1282  Q
    |||||||| ||||||    
T  12354494 tggcaggtttatggc 12354508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 152 - 351
Target Start/End: Original strand, 8280620 - 8280817
Alignment:
Q  152 aattgaagttccttaagtaactgtttcaaccaaatgagctcacatgttactagtgtcatggccctatattcgacctctacgcttgatcttgcagttacat 251  Q
    |||||||||||||  ||||| || |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||  |||| |||||||||||||||  |  |     
T  8280620 aattgaagttcctcgagtaaatgcttcaaccaaatgagctcacaagttattagtgccatgaccctatattctgcctcaacgcttgatcttgcaact--ag 8280717  T
Q  252 tttgtttcttacccttccagaatatcagatttccgccaacaagtacacaatatccaaaaatagattgtctatcaatggatgaacttgctcaatcagcatc 351  Q
    ||| |||||| | ||||||  ||||||  ||||| |||||||||||| |||| |||  | | |||   ||||||||| |||||| ||| |||||||||||    
T  8280718 tttttttcttgctcttccaagatatcaagtttcctccaacaagtacataatacccattattggatcacctatcaatgaatgaacctgcccaatcagcatc 8280817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 1673 - 2087
Target Start/End: Original strand, 12354960 - 12355375
Alignment:
Q  1673 attggtatctgtatccgagatgaaggtggtgtgtttgtactggccaaaacaatcagctttgttggtgtttacttcgttgatattggcgaggctttgggtc 1772  Q
    |||||||| || ||||| || ||||| || || |||||  |||| | |||||| |||||| ||||||| ||    ||||| ||||| || |||||||| |    
T  12354960 attggtatttgcatccgtgacgaagggggagtttttgtgttggctagaacaattagctttattggtgtctatccggttgacattggggaagctttgggcc 12355059  T
Q  1773 tctatcacgccttgcaatgggttagcgacatgcaactcgacaatatcgactttgaagttgattccaaaaccacgaaagttggcatttactgaggtaggga 1872  Q
    | || || ||  | |||||||  ||||| ||||| || || || || || |||||||| || || |||||||| |||| |||  |||| |  ||| ||||    
T  12355060 tttaccatgcgattcaatgggcgagcgatatgcaccttgataacattgattttgaagtcgactctaaaaccacaaaagatggtctttattcgggtcggga 12355159  T
Q  1873 agacatctctgaattaggtaatattatcacggcttcccggttctt-ctctcttccaagttcaacaactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaat 1971  Q
    ||||||  | ||||| || ||||| ||||| |||||||||| ||| || |  |||||||| | ||||||| |||||||||||| |||| ||||||  |||    
T  12355160 agacataacggaatttggaaatatcatcacagcttcccggtccttgcttttgtccaagtttaccaactctagggtggagtttgttaggcgacaaggtaat 12355259  T
Q  1972 gtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgtttattttcatacaccaaattatattggaattttgattattaataata 2071  Q
    ||| | ||||| |||||| ||   || ||||| ||| | || | | ||  | | |||||||||| ||| |||| ||||| || ||||||||||||| | |    
T  12355260 gtggtggctcacactcttccaaaggaaaccacatttctcgctagtcccactatctattttcatatacccaattgtattgaaactttgattattaatgaaa 12355359  T
Q  2072 tgcaataagcaccttt 2087  Q
    |||  |||||||||||    
T  12355360 tgctttaagcaccttt 12355375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 1924 - 2067
Target Start/End: Complemental strand, 54027854 - 54027711
Alignment:
Q  1924 tccaagttcaacaactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttg 2023  Q
    |||||||| | ||||||| |||||||||||  |||| ||||||  |||||| | ||||| ||||||| ||| ||  |||| ||| | || | | ||| |     
T  54027854 tccaagtttaccaactctagggtggagttttttaggcgacaagctaatgtggtggctcacactcttgtaggggaagccacatttctcgctactcccgcta 54027755  T
Q  2024 tttattttcatacaccaaattatattggaattttgattattaat 2067  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||||||||    
T  54027754 tttattttcatatacccaattatattgaaactttgattattaat 54027711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 1784 - 1841
Target Start/End: Complemental strand, 49746199 - 49746142
Alignment:
Q  1784 ttgcaatgggttagcgacatgcaactcgacaatatcgactttgaagttgattccaaaa 1841  Q
    |||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  49746199 ttgcaatgggttagtgatctgcaacttgacaatatcgattttgaagttgattcaaaaa 49746142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1935 - 2031
Target Start/End: Complemental strand, 37061190 - 37061094
Alignment:
Q  1935 caactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgtttatttt 2031  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||   |||||| ||||  ||| |||| |||| | | ||||||||||||||    
T  37061190 caactctagggtggagtttgctaggtgacaaacaaatgtggttgctcatgtgcttgcaagagaagccatgtttctagctagtcccgttgtttatttt 37061094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 18 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 8362715 - 8362680
Alignment:
Q  18 acaactaagtgacaagtcaagaaaataatttaaaaa 53  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8362715 acaactaagtgacaagtcaagaaaatcatttaaaaa 8362680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 91 - 201
Target Start/End: Original strand, 12719893 - 12720004
Alignment:
Q  91 ttaaggcaatatgcaacgcagcttgactatcacatataac-gtcgttgaatgtgcttccttgaattgaagttccttaagtaactgtttcaaccaaatgag 189  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||  | | ||   |||||||| |  |||||||||||  | |||| ||| ||||||||||||||    
T  12719893 ttaaggcaatatgcaacgtgccttgactatcacatacaaatgacattatttgtgcttcttctaattgaagttctctgagtagctgattcaaccaaatgag 12719992  T
Q  190 ctcacatgttac 201  Q
    ||||||||||||    
T  12719993 ctcacatgttac 12720004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 1936 - 2083
Target Start/End: Original strand, 18878174 - 18878321
Alignment:
Q  1936 aactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgtttattttcata 2035  Q
    |||||| |||||||||||| |||| ||||||| ||||   |||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||| |||  ||| ||||||| | |||    
T  18878174 aactctagggtggagtttgttaggcgacaagtcaatgcagttgctcatgcttttgcacgagaggccacgtttttagctaatctcgtcgtttattatgata 18878273  T
Q  2036 caccaaattatattggaattttgattattaataatatgcaataagcac 2083  Q
     ||| | || ||||| || | | ||||||||| | |||| ||||||||    
T  18878274 tacccacttgtattgaaactattattattaatgaaatgctataagcac 18878321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 157; Significance: 1e-82; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 89 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 55256141 - 55255570
Alignment:
Q  89 atttaaggcaatatgcaacgcagcttgactatcacatataa-cgtcgttgaatgtgcttccttgaattgaagttccttaagtaactgtttcaaccaaatg 187  Q
    |||| |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| |||   ||||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  55256141 attttaggcgatatgca-cgcagcttgattatcacatataagcgtcattggtcgtgcttcttcgaattgaagttccttaagtagctgcttcaaccaaatg 55256043  T
Q  188 agctcacatgttactagtgtcatggccctatattcgacctctacgcttgatcttgcagttacattttgtttcttacccttccagaatatcagatttccgc 287  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||| |    
T  55256042 agttcacatgttactagtgccatggccctatattctgcctcagcgcttgatcttgcaactacattttgtttcttactcttccaggatgtcaggtttcctc 55255943  T
Q  288 caacaagtacacaatatccaaaaatagattgtctatcaatggatgaacttgctcaatcagc----------------atctaagtatgttatttatcctc 371  Q
    |||||||||||||||| ||| || | |||  ||||||||||| ||||| ||| ||||||||                |||| |||||||  |||||||||    
T  55255942 caacaagtacacaatacccagaagtggatcatctatcaatgggtgaacgtgcccaatcagcatctgagtaaccaactatctgagtatgtcctttatcctc 55255843  T
Q  372 ataaatgtggcnnnnnnnnggagcaccttcgatgtatttaaaaatctgaattaaagtatttgtgttttcttgacaaggagaa-ttaaaaattggcttacc 470  Q
    ||||||| | |        |||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||| |||  ||| |||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||    
T  55255842 ataaatgagaccttttcccggagcacctttgatgtatttaagaattcgaattaaagcattcatgtgttcttggcaaagagaatttaagaattggcttacc 55255743  T
Q  471 acactaactgcaaaggaaatgtctggacgagtgattgtgagataatttaatttttccaaccaaattattatatcttattgaatatgatagaggct-ccct 569  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||  |  ||||||||  | ||| ||||| ||||| |||     
T  55255742 acactaactacaaaggaaatgtttggacgagtgactgtgagataattcaa-ttttccaaccaatctcctatatcttcctaaatctgataaaggctccccc 55255644  T
Q  570 ttattaggttgaagtttgacatttggatccatgtgaatatcaattggcttgacattcaatagacatgtttcttc 643  Q
    | || ||||  ||||||||||||| |||||||  || |||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||    
T  55255643 tgataaggtacaagtttgacatttagatccataggagtatcaactggcttggcattcaatatacctgtttcttc 55255570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 438 - 725
Target Start/End: Original strand, 14166878 - 14167164
Alignment:
Q  438 ttcttgacaaggagaattaaa-aattggcttaccacactaactgcaaaggaaatgtctggacgagtgattgtgagataatttaatttttccaaccaaatt 536  Q
    |||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||| |||||| |||| |||  |    
T  14166878 ttcttggcaaggagaatttaagaattggcttaccatactaacctcaaaggaaatgtctggacaagtgactatgagataattcaatttt-ccaatcaatct 14166976  T
Q  537 attatatcttattgaatatgatagaggctccct-ttattaggttgaagtttgacatttggatccatgtgaatatcaattggcttgacattcaatagacat 635  Q
     |||||||||  ||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||  ||| ||||||||||||||  || |||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  14166977 cttatatcttcctgaatctgatagaggctcccccttattaggtagat-tttaacatttggatccataggagtatcaactggcttggcattcaatatacat 14167075  T
Q  636 gtttcttctataatattcatagcatatttctttttgtgaaattacaataccatccttggattgggctacctcaatacctaacaagtaacg 725  Q
    |||||||| | ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| | || ||||||||    
T  14167076 gtttcttcaagaatatccatagcatatttc-ctttgtgaaattacaataccatccatggattgggttacctcaatatccaaaaagtaacg 14167164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 1091 - 1282
Target Start/End: Complemental strand, 12371828 - 12371637
Alignment:
Q  1091 ctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggatgtgacgaggctgcctaccaacccgtgttcgacttcttgataaaggcgttcaatattcgacccaatg 1190  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||||  ||||| || || || ||| |||| ||||||||  | ||||||||||||||| | | | | || || ||    
T  12371828 ctccgccgaaggttaaaaatttgatttggcatatgtgtcgggggtgtctatcaactcgtgttcggttgcttgataaaggcgttaattgtcccactcagtg 12371729  T
Q  1191 tgttagctgtgattctaatcatgaagatttagctcacattttttccgaatgtccttttgctgttcaggtttggtctatggcaggtatatggc 1282  Q
    ||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| |  ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||    
T  12371728 tgtaagttgtgactctaatcatgaggatttagctcatatatttttcgatttcccttttgctgttcgggtatggtctatggcaggtttatggc 12371637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 967 - 1227
Target Start/End: Original strand, 49498430 - 49498690
Alignment:
Q  967 tggaaagttgaaaagaatggtcattattcggtgcgtagtgcttaccgtttgtgtgttactgagttagtggacttattacatcttcatcgtccggggtatt 1066  Q
    |||||||  ||||| ||||||| |||||| || ||||||||||| ||  | ||||||| ||||||| | || |  |  ||||| | |||||| || | ||    
T  49498430 tggaaagcagaaaaaaatggtcgttattctgtacgtagtgcttatcggctatgtgttaatgagttaattgattcttctcatctccgtcgtccaggttctt 49498529  T
Q  1067 ggtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggatgtgacgaggctgcctaccaacccgtgttcgacttcttgataa 1166  Q
    |||| |||||||||||||| |||  ||| || || ||||| |||||  | ||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||||| ||    
T  49498530 ggtcaggaatttggaagcttaaagttcctcctaaagttaaaaatttagtgtggcgtatgtgtcggggctgcctaccaactcgtgttcgtctccttgacaa 49498629  T
Q  1167 aggcgttcaatattcgacccaatgtgttagctgtgattctaatcatgaagatttagctcac 1227  Q
    ||| || |||| ||| || || |||||||| ||| | || || ||||||||| | ||||||    
T  49498630 aggagtccaatgttctacacattgtgttagttgtaactcgaaccatgaagatcttgctcac 49498690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 18 - 86
Target Start/End: Original strand, 15997456 - 15997521
Alignment:
Q  18 acaactaagtgacaagtcaagaaaataatttaaaaagaaaatacgtatataaaatattggagcgttaca 86  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  15997456 acaactaagtgacaagtcaag-aaataatttaaaa--aaaatacgtatataaaatattagggcgttaca 15997521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 1927 - 2067
Target Start/End: Complemental strand, 45680253 - 45680113
Alignment:
Q  1927 aagttcaacaactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgttt 2026  Q
    ||||||| ||| | ||| ||| ||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| | || | | || ||||||    
T  45680253 aagttcatcaaatttcgagtgaagtttgctaggagaataacaaatgtgattgctcatactcttgcaagagaggccacattttttgctagtccctttgttt 45680154  T
Q  2027 attttcatacaccaaattatattggaattttgattattaat 2067  Q
    |||||| || ||| |||| |||||  | |||||||||||||    
T  45680153 attttcgtatacccaattgtattgagactttgattattaat 45680113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1935 - 2031
Target Start/End: Original strand, 18357106 - 18357203
Alignment:
Q  1935 caactctcgggtggagtttgctaggagacaagt-aaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgtttatttt 2031  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| || |||  ||| | |||||||||| |||||||||||||  |||||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  18357106 caactctagggtggagtttgttaggtgataagccaaacgggattgctcatgctcttgcaggagaagccacgttactagctaattccgttgtttatttt 18357203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1936 - 1997
Target Start/End: Original strand, 53437536 - 53437597
Alignment:
Q  1936 aactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggaga 1997  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  53437536 aactctagggtggagtttgttaggagacaagtcaatgcgattgctcatgctcttgcaagaga 53437597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 1057 - 1172
Target Start/End: Original strand, 31808286 - 31808401
Alignment:
Q  1057 ccggggtattggtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggatgtgacgaggctgcctaccaacccgtgttcgac 1156  Q
    |||||||||||||| || |||||||| || |||  ||| || |||||||||||||| || ||||| ||||| || || || |||||||||||||| || |    
T  31808286 ccggggtattggtctggtatttggaaccttaaagttccaccgaaggttaagaatttaatttggcgtatgtgtcgcggatgtctaccaacccgtgtacgtc 31808385  T
Q  1157 ttcttgataaaggcgt 1172  Q
    |  | |||||||||||    
T  31808386 tgttggataaaggcgt 31808401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 1054 - 1151
Target Start/End: Original strand, 31951043 - 31951140
Alignment:
Q  1054 cgtccggggtattggtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggatgtgacgaggctgcctaccaacccgtgt 1151  Q
    |||| |||||||||||| || |||||||| || |||  ||| || |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||    
T  31951043 cgtctggggtattggtctggtatttggaaccttaaagttccaccgaaggttaagaatttaatttggcgcatgtgtcgaggatgattaccaacccgtgt 31951140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 1935 - 2012
Target Start/End: Original strand, 49499409 - 49499486
Alignment:
Q  1935 caactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagc 2012  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||  ||||||| ||||  |||||||| ||||    
T  49499409 caactctagggtggagtttgctaggcgacaagcaaatgtggctgctcatgttcttgcaagagaagccacgtttctagc 49499486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 16974305 - 16974248
Alignment:
Q  18 acaactaagtgacaagtcaagaaaataatttaaaaagaaaatacgtatataaaatattgg 77  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||  ||||||| |||||||||||||||    
T  16974305 acaactaagtggcaagtcaagaagattatttaaaa--aaaatacatatataaaatattgg 16974248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 1057 - 1150
Target Start/End: Original strand, 8565138 - 8565231
Alignment:
Q  1057 ccggggtattggtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggatgtgacgaggctgcctaccaacccgtg 1150  Q
    |||||||||||||| || |||||||| || |||  ||| || |||||||||||||| || ||||| ||||| || || || ||||| |||||||    
T  8565138 ccggggtattggtctggtatttggaatcttaaagttccaccgaaggttaagaatttaatttggcgtatgtgtcgtggatgtctacccacccgtg 8565231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 1054 - 1151
Target Start/End: Original strand, 31934385 - 31934482
Alignment:
Q  1054 cgtccggggtattggtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggatgtgacgaggctgcctaccaacccgtgt 1151  Q
    |||| |||||||||||| || |||||||| || |||  ||| || |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| ||  |||| ||||||||    
T  31934385 cgtctggggtattggtctggtatttggaaccttaaagttccaccgaaggttaagaatttaatttggcgcatgtgtcgaggatgtttaccgacccgtgt 31934482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 1936 - 1997
Target Start/End: Original strand, 53394835 - 53394896
Alignment:
Q  1936 aactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggaga 1997  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||||||| |||| | |||||||| |||||||| ||||    
T  53394835 aactctagggtggagttttttaggagacaagtgaatgcggttgctcatgctcttgcaagaga 53394896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 114; Significance: 7e-57; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 349 - 728
Target Start/End: Original strand, 20187227 - 20187605
Alignment:
Q  349 atctaagtatgttatttatcctcataaatgtggcnnnnnnnnggagcaccttcgatgtatttaaaaatctgaattaaagtatttgtgttttcttgacaag 448  Q
    |||| |||||||  |||||||||||||||| |||        |||||| | | ||||||||| ||||||  |||||||| |||  ||| |||||| || |    
T  20187227 atctgagtatgtcttttatcctcataaatgaggcatttccatggagcatcgttgatgtattttaaaatcataattaaagcattcatgtgttcttggcagg 20187326  T
Q  449 gagaattaaa-aattggcttaccacactaactgcaaaggaaatgtctggacgagtgattgtgagataatttaatttttccaaccaaattattatatctta 547  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||||||  |  ||||||||     
T  20187327 gagaatttaagaattggtttaccacactaactgcaaagaaaatgtttggacgagcgat-gtgagataattcaatttt-ccaaccaatctcatatatcttc 20187424  T
Q  548 ttgaatatgatagaggctcccttta-ttaggttgaagtttgacatttggatccatgtgaatatcaattggcttgacattcaatagacatgtttcttctat 646  Q
      |||  ||||||||||||||  || |||||| || ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||  ||||||||||||||||| |||| |     
T  20187425 ccgaacctgatagaggctccccctaattaggtagacgtttgacatttggattcatatgagtatcaattgacttagcattcaatagacatgttacttcaag 20187524  T
Q  647 aatattcatagcatatttctttttgtgaaattacaataccatccttggattgggctacctcaatacctaacaagtaacgaag 728  Q
    ||||  ||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  20187525 aataaccatagcatatttccttt-gtgaacttacaatatcatccttggattgggctacctcaatacctagaaagtaacgaag 20187605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 179 - 303
Target Start/End: Original strand, 20187037 - 20187161
Alignment:
Q  179 aaccaaatgagctcacatgttactagtgtcatggccctatattcgacctctacgcttgatcttgcagttacattttgtttcttacccttccagaatatca 278  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||   | | | ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  20187037 aaccaattgagctcacatgttaccagtgacatagccctatattatccatttgcgcttgatcttgcaactacattttgtttcttacacttctacaatatca 20187136  T
Q  279 gatttccgccaacaagtacacaata 303  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||    
T  20187137 gatttcctccaacaagtagacaata 20187161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 1935 - 2031
Target Start/End: Complemental strand, 48100881 - 48100785
Alignment:
Q  1935 caactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgtttatttt 2031  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||   |||||||||||  |||||||| |||  | | ||||||||||||||    
T  48100881 caactctagggtggagtttgctaggcgacaagcaaatgtggttgctcatgtgcttgcaggagaatccacgtttctagttagtcccgttgtttatttt 48100785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 571 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 6739172 - 6739032
Alignment:
Q  571 tattaggttgaagtttgacatttggatccatgtgaatatcaattggcttgacattcaatagacatgtttcttctataatattcatagcatatttcttttt 670  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||  ||  || |||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||| | |||||  ||| ||||||||||| |    
T  6739172 tattaggtagaattttgacatttggatttataagagtatcaactgt-ttgacattaaatagacatgtttcttcaagaatatctataacatatttctttct 6739074  T
Q  671 gtgaaattacaataccatccttggattgggctacctcaatacc 713  Q
     | | |||| || |||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  6739073 -tcatattagaagaccatcattggattgggttacctcaatacc 6739032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 1935 - 2027
Target Start/End: Original strand, 15633228 - 15633320
Alignment:
Q  1935 caactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgttta 2027  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||| | ||||||||||||||||| ||||  |||||||  |||| | | ||||||||||    
T  15633228 caactctcgggtggagtttgttaggcgacaagccaatgaggttgctcatactcttgcaagagaagccacgttactagctagtcccgttgttta 15633320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 1057 - 1172
Target Start/End: Complemental strand, 8119815 - 8119700
Alignment:
Q  1057 ccggggtattggtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggatgtgacgaggctgcctaccaacccgtgttcgac 1156  Q
    |||||||||||||| || |||||||| || |||  ||| || |||||||||||||| || ||||| ||||| || || || |||||||||||||| || |    
T  8119815 ccggggtattggtctggtatttggaaccttaaagttccaccgaaggttaagaatttaatttggcgtatgtgccgtggatgtctaccaacccgtgtacgtc 8119716  T
Q  1157 ttcttgataaaggcgt 1172  Q
    |  | |||||||||||    
T  8119715 tgttggataaaggcgt 8119700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1935 - 2099
Target Start/End: Complemental strand, 30622637 - 30622473
Alignment:
Q  1935 caactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgtttattttcat 2034  Q
    |||||||||||||||||| |  ||| |||||| | ||||| | ||||||| ||||||| ||||| |||| ||  |||| ||| |||||  ||||| |  |    
T  30622637 caactctcgggtggagttcgtcaggcgacaagcatatgtggtagctcataatcttgcaagagaggccacattattagctaatcccgtttcttattatgct 30622538  T
Q  2035 acaccaaattatattggaattttgattattaataatatgcaataagcacctttatttcataaaaa 2099  Q
    | ||| |||| ||||| |  |||||| || ||||| |||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  30622537 atacccaattgtattgaatctttgatcatcaataaaatgctataagcacatttctttcataaaaa 30622473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1936 - 2082
Target Start/End: Original strand, 32480215 - 32480361
Alignment:
Q  1936 aactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgtttgtagccaattccgttgtttattttcata 2035  Q
    |||||| |||||||||||| |||| ||||||  || ||| ||||||||||||||||| | ||| |||||| | |||| | | |||  ||||||||| |||    
T  32480215 aactctagggtggagtttgttaggcgacaagccaacgtggttgctcatactcttgcaagggaggccacgtctttagctagtcccgcagtttattttaata 32480314  T
Q  2036 caccaaattatattggaattttgattattaataatatgcaataagca 2082  Q
     ||  |||| ||||| || | | ||||||||| | |||| |||||||    
T  32480315 tactcaattgtattgaaactcttattattaatgaaatgctataagca 32480361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 168 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 6739591 - 6739558
Alignment:
Q  168 gtaactgtttcaaccaaatgagctcacatgttac 201  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6739591 gtaactatttcaaccaaatgagctcacatgttac 6739558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 1936 - 2005
Target Start/End: Original strand, 26016528 - 26016597
Alignment:
Q  1936 aactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcaggagagaccacgt 2005  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||| |||| | || ||||| | ||| || ||||||||||||    
T  26016528 aactctagggtggagtttgttaggagacaagtcaatgcggttactcatgcacttacaagagagaccacgt 26016597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1532 (Bit Score: 78; Significance: 2e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold1532
Description:

Target: scaffold1532; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 180 - 517
Target Start/End: Original strand, 1 - 354
Alignment:
Q  180 accaaatgagctcacatgttactagtgtcatggccctatattcgacctctacgcttgatcttgcagttacattttgtttcttacccttccagaatatcag 279  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||| | ||||||||  || |  ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| || |||||||    
T  1 accaaatgagttcacatgttactagtgccatgactctatattctgccacagcgcttgatcttgcaactacattttgtttcttactcttctaggatatcag 100  T
Q  280 atttccgccaacaagtacacaatatccaaaaatagattgtctatcaatggatgaacttgctcaatcagcatctaagta----------------tgttat 363  Q
     | |||  |||||||||||||||| ||| |  | ||| |||||||||||  ||||| ||  || ||||||||||||||                |||  |    
T  101 gtctccttcaacaagtacacaata-ccagatgtggatcgtctatcaatgagtgaacctgtccagtcagcatctaagtaatcaactatatgagtatgtcct 199  T
Q  364 ttatcctcataaatgtggcnnnnnnnnggagcaccttcgatgtatttaaaaatctgaattaaagtatttgtgttttcttgacaaggagaattaaa-aatt 462  Q
    ||||| ||||||||| | |        |||||||||| |||||| |||| |||   |||||||| |||| ||| |||||| ||||||||||| || ||||    
T  200 ttatcgtcataaatgagaccttttcatggagcacctttgatgtacttaagaattcaaattaaagcatttatgtgttcttggcaaggagaatttaagaatt 299  T
Q  463 ggcttaccacactaactgcaaaggaaatgtctggacgagtgattgtgagataatt 517  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  300 ggcttaccacactaactacaaaggaaatgtctggacgagtgattgtgagataatt 354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1838 (Bit Score: 56; Significance: 3e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold1838
Description:

Target: scaffold1838; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 141 - 268
Target Start/End: Original strand, 1180 - 1307
Alignment:
Q  141 gtgcttccttgaattgaagttccttaagtaactgtttcaaccaaatgagctcacatgttactagtgtcatggccctatattcgacctctacgcttgatct 240  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||||| || ||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| | ||||||||  || |  ||||||||||    
T  1180 gtgcttcttcgaattgaagttccttgagtaaatgcttctaccaaatgagttcacatgttactagtgccatgactctatattctgccacagcgcttgatct 1279  T
Q  241 tgcagttacattttgtttcttacccttc 268  Q
    ||||  ||||||||||||||||| ||||    
T  1280 tgcaactacattttgtttcttactcttc 1307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1964 (Bit Score: 38; Significance: 0.00000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold1964
Description:

Target: scaffold1964; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1814 - 1994
Target Start/End: Original strand, 989 - 1170
Alignment:
Q  1814 aatatcgactttgaagttgattccaaaaccacgaaagttggcatttactgaggtagggaagacatctctgaattaggtaatattatcacggcttcccggt 1913  Q
    ||||| || |||||||| || ||||||||||| ||||  |   ||||||  ||| ||||||||||  ||||||| || || ||||||||||||| || ||    
T  989 aatattgattttgaagtcgactccaaaaccacaaaagacgctctttactcgggtcgggaagacataactgaatttggcaacattatcacggctttccagt 1088  T
Q  1914 tctt-ctctcttccaagttcaacaactctcgggtggagtttgctaggagacaagtaaatgtgattgctcatactcttgcagg 1994  Q
      || ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| | || ||||||  |||||| | ||||| ||||| |||||    
T  1089 ctttgctctcgtccaagtttaccaactctcgggtggagtttgttcggcgacaagctaatgtggtggctcacactctcgcagg 1170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1964; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1198 - 1292
Target Start/End: Original strand, 277 - 371
Alignment:
Q  1198 tgtgattctaatcatgaagatttagctcacattttttccgaatgtccttttgctgttcaggtttggtctatggcaggtatatggcatgaaattca 1292  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| ||||  | ||||  || ||  ||||||| |||||||| || |||||||||||| |||||||||| |||||    
T  277 tgtgactctaatcatgaggatttatctcatgtattttttgagtgctcttttgcagttcaggtatgatctatggcaggtttatggcatgagattca 371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0252 (Bit Score: 31; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0252
Description:

Target: scaffold0252; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1057 - 1151
Target Start/End: Original strand, 7043 - 7137
Alignment:
Q  1057 ccggggtattggtcgggaatttggaagctcaaatctccgccaaaggttaagaatttgatatggcggatgtgacgaggctgcctaccaacccgtgt 1151  Q
    |||||||||||||| || |||||||| || |||  ||| || |||||||||||||| || ||| | ||||| ||||| || ||||| ||||||||    
T  7043 ccggggtattggtctggtatttggaaccttaaagttccaccgaaggttaagaatttaatttggtgtatgtgtcgaggatgtctaccgacccgtgt 7137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University